Reference sequence (1): NC_045512.2__SARS2
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                        cov    pid     1 [        .         .         .         .         :         .         .         . 80   
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGT--AACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTG-TAGATCTGTTCTCTAAACGAACTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATATTAGGTTTTTACCTACCCAGG----AAAAGCCAACCAAC-CTCGATCTCTTG-TAGATCTGTTCTCTAAACGAACTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -------GATTTAAGTGAATAGCTT--GGCTATCTCACTTCCCCTCGTTCTCTTG-CAGAACTTTGATTTTAACGAACTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------ATTGTGAGCGATTTGCGTGCGTGCATCCCGCTTCACT--GATCTCTTGTTAGATCTTTTTGTAATCTAAACTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ------GAGTTTGAGCGATTGACGTTCGTACCGTCTATCAGCTTACGATCTCTTGTCAGATCTCATTA-AATCTAAACTT      
  consensus/100%                         .......usTsssAsssssssuss....ssssssssusssss.s..GsTCTCTTG.sAGAsCTsssss.sssssuAACTT      
  consensus/90%                          .......usTsssAsssssssuss....ssssssssusssss.s..GsTCTCTTG.sAGAsCTsssss.sssssuAACTT      
  consensus/80%                          .......usTTTsAsCsAsssusGT..usssAsCCsACsssCsssCGATCTCTTG.sAGATCTsTTssssAsssuAACTT      
  consensus/70%                          .......usTTTsAsCsAsssusGT..usssAsCCsACsssCsssCGATCTCTTG.sAGATCTsTTssssAsssuAACTT      

                        cov    pid    81          .         1         .         .         .         .         :         . 160  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAAAATCT-----------------------------GTGTGGCTGT---------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAAAATCT-----------------------------GTGTAGCTGT---------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAATAAAA-----------------------------GCCCTGTTGTTTAGCGTATCGTTGCACTTGTCTGGTGGGATTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATAAAAACATCCACTCCCTGTAATCTATGCTTGTGGGCGTAGATTT---------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTAAACA---AGATTCCCTGTTATCCATGCTTGTGAGTGTGGTTTA---------------------------------      
  consensus/100%                         ssssAsss.............................GssssGsTss.................................      
  consensus/90%                          ssssAsss.............................GssssGsTss.................................      
  consensus/80%                          TAsAAsss.............................GsGTuGsTsT.................................      
  consensus/70%                          TAsAAsss.............................GsGTuGsTsT.................................      

                        cov    pid   161          .         .         .         2         .         .         .         . 240  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------CACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAA--TTACTGTCGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------CGCTCGGCTGCATGCCTAGTGCACCTACGCAGTATAAACAATAATAAATTTTACTGTCGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGCATTAATTTGCCTGCTCATCTAGGCAGTGGACATATGCTCAACACTGGGTATAATTCTAATTGAATACTATTTTTCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ---------------------------------------------TTCATAGTGGTGTTTATATTCATTTCTGCTGTTAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ---------------------------------------------ATCATAATCTTG--TATTTTACTTTCCACACTTTT      
  consensus/100%                         .............................................ssCssuuTsssu..sssssssss..ssusssTsss      
  consensus/90%                          .............................................ssCssuuTsssu..sssssssss..ssusssTsss      
  consensus/80%                          .............................................ssCusAGTuTsusssATAsTsAsTssTACTsTsss      
  consensus/70%                          .............................................ssCusAGTuTsusssATAsTsAsTssTACTsTsss      

                        cov    pid   241          :         .         .         .         .         3         .         . 320  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGACAGGACACGAGTAACTCGTCT-ATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGACAAGAAACGAGTAACTCGTCC-CTCTTCTGCAGACTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGTCGATCATCAGCATAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTAGAGCGTCGTGTCTCTTGTAC-GTCTCGGTCACAATAC--ACGGTTTCGTCCGGTGCGTGGCAATTCGGGGCACATC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGCTTTCAGCCAGGGACGTGTTGTATCCTAGGCAGTGGCC---------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CATCTCTCTGCCAGTGACGTGTTG-GTTGTCCTCAGCGTCC---------------------------------------      
  consensus/100%                         ssssssssssCssGsssCssGTss.sTssssssCAsssssC.......................................      
  consensus/90%                          ssssssssssCssGsssCssGTss.sTssssssCAsssssC.......................................      
  consensus/80%                          susCsssssuCsAGTuACssGTss.uTCsTsssCAGssTsC.......................................      
  consensus/70%                          susCsssssuCsAGTuACssGTss.uTCsTsssCAGssTsC.......................................      

                        cov    pid   321          .         .         :         .         .         .         .         4 400  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTAGGTTTCGT-CCGGGTGTGAC--CGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTAGGTTTCGT-CCGGGTGTGAC--CGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTTCTTGGTGTCAACGAGAAAACACACGTCCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGTCTTTCGTGGCTGGTGTGACCGCGCAAGGTGCGCGCGGTACGTATCGAGCAGCGCTCAACTCTGAAAAACAT-----      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ----------------------------------------------------------------------CGCCCATAGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ----------------------------------------------------------------------CTCCCATAGG      
  consensus/100%                         ......................................................................ssCss.....      
  consensus/90%                          ......................................................................ssCss.....      
  consensus/80%                          ......................................................................CuCsCuTssu      
  consensus/70%                          ......................................................................CuCsCuTssu      

                        cov    pid   401          .         .         .         .         :         .         .         . 480  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGG----AGGTCTTATCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTCAGTTTGCCTGTCCTTCAGGTTAGAGACGTGCTAGTGCGTGGCTTCGGGGACTCTGTGGAAG----AGGCCCTATCG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ----------CAAGACCATGTGTCTCTAACTGTGCCACTCTGTGGTTCAGGAAACCTGGTTGAAA----AACTTTCACCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCACAATGTCGAAGATCAACAAATACGGTCTCGAACTACACTGGGCTCCAGAATTTCCATGGATGTTTGAGGACGCAGAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCGCAATGATTAAAACCAGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAGTGGGCGCCAGAATTTCGTTGGCTGCTTCCGGATGCAGCG      
  consensus/100%                         ..........sssusssssssusssssssssssusssssssssGGssssuGuussssssTsGssu....susssssAssu      
  consensus/90%                          ..........sssusssssssusssssssssssusssssssssGGssssuGuussssssTsGssu....susssssAssu      
  consensus/80%                          sCsCAuTssssssGssCssCAuuTsCGusssssGCssssusssGGCTssuGAussTCsuTGGAsG....AGGssssAsCu      
  consensus/70%                          sCsCAuTssssssGssCssCAuuTsCGusssssGCssssusssGGCTssuGAussTCsuTGGAsG....AGGssssAsCu      

                        cov    pid   481          .         5         .         .         .         .         :         . 560  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GAGGCACGTGAACACCTCAAAAATGGCACTTGTGGTCTAGTAGAGCTGGAAAAAGGCGTACTGCCCCAGCTTGAACAGCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGG------------TTCATGGATGGCGAAAATGCCTATGAAGTGGTGAAGGCCATGTTACTTAAAAAGGAGCCACTTCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAG----------------------------------------------------------------AAGTTGGATAACC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GAG----------------------------------------------------------------GAGTTGGCTAGTC      
  consensus/100%                         suG................................................................uusssssssssss      
  consensus/90%                          suG................................................................uusssssssssss      
  consensus/80%                          GAG................................................................AusTTGuAsAuCC      
  consensus/70%                          GAG................................................................AusTTGuAsAuCC      

                        cov    pid   561          .         .         .         6         .         .         .         . 640  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGG---------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTATGTGTTCATTAAACGTTCTGATGCCTTAAGCACCAATCACGGCCACAAGGTCGTTGAGCTGG---------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTATGTGCCCATCCGGCTGGCTGGACACACTAGACACCTCCCAGGTCCTCGTGTGTACCTGGTTGAGAGGCTCATTGCTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTAGTAGTTCAGAGGTGGATATGAT-----TTGCTCCACCACTGCGCAAAAGCTGGAAACAGACGG------AATTTGTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTATGAAGTCAGATGAGGGTGGGTT-----ATGCCCCTCTACTGGTCAAGCGATGGAAAGTGTTGG------ATTCGTTT      
  consensus/100%                         CTAsssussCAsssusssssssGss.....sssssssssssssGssCssssssTssssssssssG...............      
  consensus/90%                          CTAsssussCAsssusssssssGss.....sssssssssssssGssCssssssTssssssssssG...............      
  consensus/80%                          CTATGsGsTCAsssuusGsTssGuT.....ssGssCCssssssGGsCAsussuTGGssususTsG...............      
  consensus/70%                          CTATGsGsTCAsssuusGsTssGuT.....ssGssCCssssssGGsCAsussuTGGssususTsG...............      

                        cov    pid   641          :         .         .         .         .         7         .         . 720  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ----------------------------------------TAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGT--GGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ----------------------------------------TTGCAGAAATGGACGGCATTCAGTACGGTCGTAGC--GGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGAAAATCCATTCATGGTTAACCAATTGGCTTATAGCTCTAGTGCAAATGGCAGCCTGGTTGGCACAACTTTGCAGGGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTGAAAATCATGTGATGGT----GGATTGTCGCCGACTTCTTAAACAAGAGTGTTGTGTGCAGTCTAGCCTAATA--CGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGATAATCATGTGAAGAT----AGATTGTCGCTGCATTCTTGGACAAGAATGGCATGTGCAGTCAAATCTTATC--CGT      
  consensus/100%                         ........................................TsususAAssssssssssssssGssssusCsssss..sGs      
  consensus/90%                          ........................................TsususAAssssssssssssssGssssusCsssss..sGs      
  consensus/80%                          ........................................TsGsAsAAususussusuTsCAGTssuusCsTAss..sGT      
  consensus/70%                          ........................................TsGsAsAAususussusuTsCAGTssuusCsTAss..sGT      

                        cov    pid   721          .         .         :         .         .         .         .         8 800  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGT------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATAACACTGGGAGTACTCGTGCCACATGTGGGCGAAACCCCAAT------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAGCCTATTGGTATGTTCTTCCCTTATGACATCGAACTTGTCAC------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAAATTGTTATGAATGCAAGTCCATATGATTTGGAGGTGCTACTTCAAGATGCTTTGCAGTCCCGTGAAGCAGTTTTGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GATATTTTTGTTCATGAAGATCTACATGTTGTAGAAGTTCTAACTAAAACAGCCGTAAAGTCCGGTACGGCAATTTTAAT      
  consensus/100%                         ussssssTsusssssssssssCsssATGsssssGAussssssss....................................      
  consensus/90%                          ussssssTsusssssssssssCsssATGsssssGAussssssss....................................      
  consensus/80%                          uAuAsssTTGssusssssussCCssATGssussGAAuTsCsAus....................................      
  consensus/70%                          uAuAsssTTGssusssssussCCssATGssussGAAuTsCsAus....................................      

                        cov    pid   801          .         .         .         .         :         .         .         . 880  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TACAACCCCCTTAGGTATGTCTTTAGAGGCATGCTATGTGAGAGGTTGTAATCCTAAAGGATGGACCATGGGTTTGTTTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAAATCACCTTTGCATAGCTT---------------------GGGTGGTTTTCCTAAAGGGTATGTTATGGGCTTGTTCC      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid   881          .         9         .         .         .         .         :         . 960  
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGCGTAGAAGTGTGTGTAACACTGGTCGTTGCACTGTTAATAAGCATGTGGCCTATCAGTTATATATGATTGATCCTGCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ------------------------GTTCATACAAGACTAAACGTTATGTTGTACATCATCTTTCTATGA------CTACA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid   961          .         .         .         0         .         .         .         . 1040 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTGTCTGTCTTGGTGCAGGTCAATTCGTGGGTTGGGTCATACCCTTAGCCTTTATGCCTGTGCAATCCCGGAAATTTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCTACTACTAATTTTGGTGAAGATTTTTTGGGTTGGATTGTACCTTTTGGTTTTATGCCATCTTATGTTCACAAATGGTT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  1041          :         .         .         .         .         1         .         . 1120 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ---------------------GGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ---------------------TGCATACCGCAATGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAGGGAGCCGGTGGTCATAGCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ---------------------AGGAAAGCAAAATATTCTCCTGCGCAAGTA---------------TGGCCGTGGTGGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTCCATGGGTTATGTACTTGCGTAAGCGTGGCGAAAAGGGTGCTTACAATAAAGATCATGGACGTGGCGGTTTTGGAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCAATTCTGTAGGTTGTATATTGAAGAGAGTGATTTAATAATTTCAAATTTTAAATTTGATGA-----------------      
  consensus/100%                         .....................sssssAssusuussssssssssssssAsss.............................      
  consensus/90%                          .....................sssssAssusuussssssssssssssAsss.............................      
  consensus/80%                          .....................sGsssAsCGsuAsuTssTssTTsssAAssAsuusssTsAsGu...sGGssGsssTuGss      
  consensus/70%                          .....................sGsssAsCGsuAsuTssTssTTsssAAssAsuusssTsAsGu...sGGssGsssTuGss      

                        cov    pid  1121          .         .         :         .         .         .         .         2 1200 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGGCATCGATCTAAAGTCTTATGACTTAGGTGACGAGCTTGGCACTGATCCCATTGAAGATTATGAACAAAACTGGAAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATCACTACACCCCATTCCACTATGAGCGAGACAACACCTCTTGCCCTGAGTGGATGGACGATTTTGAGGCGGATCCTAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGTTTATGATTTTAAAGTTGAAGATGCTTATGACCAGGTGCATGATGAGCCTAAGGGTAAGTTTTCTAAGAAGGCTTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ----TTATGATTTTAGTGTAGAAGATGCTTATGCTGAGGTTCATGCTGAGCCTAAAGGTAAATATTCACAAAAAGCTTAT      
  consensus/100%                         ....ssssussssssssssssssGAsssssususssssssssusssTGAsssssssGusuAsTsTsssssuuAsssssAs      
  consensus/90%                          ....ssssussssssssssssssGAsssssususssssssssusssTGAsssssssGusuAsTsTsssssuuAsssssAs      
  consensus/80%                          AsssssssGATsTsAusssssAsGAsssssusGACuAGsTTsusuCTGAsCCsAssGusuAsTsTssusAuAAsssssAs      
  consensus/70%                          AsssssssGATsTsAusssssAsGAsssssusGACuAGsTTsusuCTGAsCCsAssGusuAsTsTssusAuAAsssssAs      

                        cov    pid  1201          .         .         .         .         :         .         .         . 1280 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTAAGCATGGCAGTGGTGCACTCCGTGAACTCACTCGTGAGCTCAATGGAGGTGCAGTCACTCGCTATGTCGACAACAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGCAAATATG------------CCCAGAATCTGCTTAAGAAGTTGATTGGCGGTGATGTCACTCCA---GTTGACCAATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCTTTAATTA---------------------------GAGGGTATCGTGGTGTTAAACCACTTCTCTATGTAGACCAGTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCTTTACTTA---------------------------GACAATATCGTGGTATTAAACCCGTACTTTTTGTAGACCAGTA      
  consensus/100%                         ussssussTu...........................ussuussssssGGsussussssssssCss...GTsGAssAssA      
  consensus/90%                          ussssussTu...........................ussuussssssGGsussussssssssCss...GTsGAssAssA      
  consensus/80%                          uCTssAssTu...........................GsuAGssssuTGGsGsTusAssCusTCssTsTGTsGACsAssA      
  consensus/70%                          uCTssAssTu...........................GsuAGssssuTGGsGsTusAssCusTCssTsTGTsGACsAssA      

                        cov    pid  1281          .         3         .         .         .         .         :         . 1360 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTCTGTGGCCCAGATGGGTACCCTCTTGATTGCATCAAAGATTTTCTCGCACGCGCGGGCAAGTCAATGTGCACTCTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CATGTGTGGCGTTGATGGAAAACCCATTAGTGCCTACGCATTTTTAATGGCCAAGGATGGAATAACCAAACTGGCTGATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGGTTGTGATTATACTGGTAGTCTTGCAGATGGCTTAGAGGCTTATGCTGATAAGACATTGCAAGAAATGAAGGCATTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGGTTGTGACTATTCTGGTAAATTAGCAGATTGTCTTCAAGCTTATGGTCATTATTCTTTGCAAGATATGAGACAAAAGC      
  consensus/100%                         ssssTGTGussssssTGGssusssssssuusssssssssusssssssssssssusssssssssusssssussssssssss      
  consensus/90%                          ssssTGTGussssssTGGssusssssssuusssssssssusssssssssssssusssssssssusssssussssssssss      
  consensus/80%                          ssssTGTGuCssTusTGGssAsCsssssGATsGCsTsuAAGsTTsTsssGsssusuCsssssAAussAsususuCsssss      
  consensus/70%                          ssssTGTGuCssTusTGGssAsCsssssGATsGCsTsuAAGsTTsTsssGsssusuCsssssAAussAsususuCsssss      

                        cov    pid  1361          .         .         .         4         .         .         .         . 1440 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCGAA---CAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCGAA---CAACTTGATTACATCGAGTCGAAGAGAGGTGTCTACTGCTGCCGTGACCATGAGCATGAAATTGCCTGGTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGAAGCGGACGTCGCAGCACGTGCTGATGACGAAGGCTTCATCACATTAAAGAACAATCTATATAGATTGGTTTGGCAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTCCTACTTGGAGTCAGGAACTCCTTTTTGATGTAATTGTGGCATGGCATGTTGTGCGTGATCCACGTTATGTTATGAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGTCTGTATGGCTTGCCAATTGTGACTTTGATATTGTAGTGGCTTGGCATGTAGTTCGTGATTCACGATTTGTTATGCGC      
  consensus/100%                         sssss...susssssssssssssssssssuAsussusssTsssssssssssssusssuTsssssssussssGssssGsss      
  consensus/90%                          sssss...susssssssssssssssssssuAsussusssTsssssssssssssusssuTsssssssussssGssssGsss      
  consensus/80%                          sssss...suusTsGssssssssGssssTuAsusuGssGTssssTGssussssGssCuTGAsssssuAsTTGsTssGsus      
  consensus/70%                          sssss...suusTsGssssssssGssssTuAsusuGssGTssssTGssussssGssCuTGAsssssuAsTTGsTssGsus      

                        cov    pid  1441          :         .         .         .         .         5         .         . 1520 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTGAGCGCTCTGATAAGAGCTACGAGCACCAGACACCCTTCGAAATTAAGAGTGCCAAGAAATTTGACACTTTCAAAGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTGAGCGTAAAGACGTTCCATATCCTAAGCAATCTATTTTTACTATTAATAGTGTGGTCCAAAAGGATGGTGTTGAAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGCAGAGTGCTGCTACTATACGTAGTGTTGCATATGTTGCTAATCCTACTGAAGACTTGTGTGATGGTTCTGTTGTTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTGCAGACTATAGCTACTATTTGTGGTATTAAATATGTTGCACAACCTACAGAAGATGTAGTAGATGGAGATGTAGTTAT      
  consensus/100%                         ssssAussssssGssussssssusssssssssussssssssssssssTAsssssGsssssssssssGusssssTsussus      
  consensus/90%                          ssssAussssssGssussssssusssssssssussssssssssssssTAsssssGsssssssssssGusssssTsussus      
  consensus/80%                          ssssAGsGTsssGssAssAssTuTuusssssAusssssTsssuAsssTAssuusGssususuAssTGususTsTsussus      
  consensus/70%                          ssssAGsGTsssGssAssAssTuTuusssssAusssssTsssuAsssTAssuusGssususuAssTGususTsTsussus      

                        cov    pid  1521          .         .         :         .         .         .         .         6 1600 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGAATGCCCAAAGTTTGTGTTTCCTCTTAACTCAAAAGTCAAAGTCATTCAACCACGTGTTGAAAAGAAAAAGACTGAGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CACTCCTCCTCACTAT---TTTACTCTTGGATGCAAAATTTTAACGCTCACCCCACGCAACAAGTGGAGTGGCGTTTCTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAAAGAACCTGTGCATGTTTATGCAGATGACTCTATTATTTTA---CGTCAATATAATTTAGTTGACATTATGAGTCATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACGTGAACCTGTACATTTATTATCTGCTGATGCAATAGTTTTA---AAGCTTCCTAGTTTGATGAAAGTTATGACTCATA      
  consensus/100%                         sssssssCCssssssT...TsssCssssuussssAssuTsssu...ssssssssssussssusssusussussssTssss      
  consensus/90%                          sssssssCCssssssT...TsssCssssuussssAssuTsssu...ssssssssssussssusssusussussssTssss      
  consensus/80%                          uuussusCCsussssTsTsTTTsCsssTuAsTCsAsAuTsssA...sssCssCCssGssTsusuuAuAssAsGusTsATu      
  consensus/70%                          uuussusCCsussssTsTsTTTsCsssTuAsTCsAsAuTsssA...sssCssCCssGssTsusuuAuAssAsGusTsATu      

                        cov    pid  1601          .         .         .         .         :         .         .         . 1680 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTTTATGGGTAGA---------ATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTTTCATGGGGCGT---------ATACGCTCTGTGTACCCTGTTGCATCTCCACAGGAGTGTAACAATATGCACTTGTCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACTTGTCCCTCAAACAAAAACTCCTTTACACCTTCTATGGTAAGGAGTCACTTGAGAACCCAACCTACATTTACCACTCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTATATGGAGGCAGATACAGTTGTAAATGCTTTTTATGGTGTTGCTT---TGAAAGATTGCGGTTTTGTTATGCAGTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       T---------GGATGATTTTTCTATTAAATCTATATATAATGTTGATT---TGTGTGATTGTGGTTTTGTTATGCAGTAT      
  consensus/100%                         s.........ssss.........sTssussCssTsTAssssussGssT...sssusuAssssusssssuTsssssssTss      
  consensus/90%                          s.........ssss.........sTssussCssTsTAssssussGssT...sssusuAssssusssssuTsssssssTss      
  consensus/80%                          ssTssssssssuus.........uTssussCTsTsTATssTGTTGssT...susAsGAsTGsuussssuTssssCssTss      
  consensus/70%                          ssTssssssssuus.........uTssussCTsTsTATssTGTTGssT...susAsGAsTGsuussssuTssssCssTss      

                        cov    pid  1681          .         7         .         .         .         .         :         . 1760 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTCTCATGAAGTGTGATCA------TTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCA---CTTGCGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACCTTGATGAAATGTAATCA------TTGCGATGAAGTTTCATGGCAGACGTGCGACTTTCTGAAAGCCA---CTTGTGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCATTCATTGAGTGTGGAAG------TTGTGGTAATGATTCCTGGCTTACAGGGAATGCTATCCAAGGGT---TTGCCTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTTACATTGATTGCGAACAAGACTCGTGTGATTTTAAAGGTTGGATTCCTGGTAACATGATAGATGGTTTTGCTTGCAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGTTATGTAGATTGTTTTAATGATAATTGTGATTTTTATGGTTGGGTTTCAGGTAATATGATGGATGGTTTTTCTTGTCC      
  consensus/100%                         usssssuTsuAsTGsssssu......sTGsGuTsssssssssTGGssssCssGsuAsssssTssAsGsss...sTsssss      
  consensus/90%                          usssssuTsuAsTGsssssu......sTGsGuTsssssssssTGGssssCssGsuAsssssTssAsGsss...sTsssss      
  consensus/80%                          ussTssATsuAsTGTuussA......TTGTGuTsssusTsssTGGssssCuGGsuAssTsuTsuAsGsss...CTTGsss      
  consensus/70%                          ussTssATsuAsTGTuussA......TTGTGuTsssusTsssTGGssssCuGGsuAssTsuTsuAsGsss...CTTGsss      

                        cov    pid  1761          .         .         .         8         .         .         .         . 1840 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGA---AGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACATTGTGGCACTGAAAATTTAGTTATTGA---AGGACCTACTACATGTGGGTACCTACCTACTAATGCTGTAGTGAAAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGATGTGGGGCATCATATACAGCTAATGATGTCGAAGTCCAATCATCTGGCATGATTAAGCCAAATGCTCTTCTTTGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CACTTGTGGTCATGTTTATGAAGTAGGTGATTTGATGGCACAATCTTCAGGTGTTTTGCCTGTTAACCCTGTATTGCATA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTGTGTTGTACAGTTTATGACTCTAGCGAAGTTAAAGCCCAATCATCTGGTGTTATTCCTGAAAATCCTGTGTTATTTA      
  consensus/100%                         ssssTGTsGssssssssATssssssussGA...susssssssssCsTssGGsssssTsssssssAAssCTsTssTssssu      
  consensus/90%                          ssssTGTsGssssssssATssssssussGA...susssssssssCsTssGGsssssTsssssssAAssCTsTssTssssu      
  consensus/80%                          ssssTGTGGsuCsGsssATssuusTAusGA...suuuGCsssssCsTsTGGsssssTsCCssssAATsCTGTssTssusA      
  consensus/70%                          ssssTGTGGsuCsGsssATssuusTAusGA...suuuGCsssssCsTsTGGsssssTsCCssssAATsCTGTssTssusA      

                        cov    pid  1841          :         .         .         .         .         9         .         . 1920 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCCATGTCCTGCCTGTCAAGACCCAGAGATTGGACCTGAGCATAGTGTTGCAGATTATCACAACCACTCAAACATTGAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTACTTGCCCC---------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTAAGAGTGCA---------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTAATAGTAC----------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ssssssGssC......................................................................      
  consensus/90%                          ssssssGssC......................................................................      
  consensus/80%                          sTssssGTsCs.....................................................................      
  consensus/70%                          sTssssGTsCs.....................................................................      

                        cov    pid  1921          .         .         :         .         .         .         .         0 2000 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGC--------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTCGACTCCGCAAGGGAGGTAGG--------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ------TTTGCTAAGGGTGATAGCTGTTCTTCTAATTGCAAACATTCAGTTGCTCAGTTGGTTAGTTACCTTTCTGAACG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ---------------GCAGGCTATGGTGGTTTTGGTTGTAAAGATTCTTTTACTCTGTATGGCCAAACT-----------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------TGATACTGTTAACCATGATTCTTTTAATTTGTATGGTTATTCT-----------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ...............GssGussus........................................................      
  consensus/70%                          ...............GssGussus........................................................      

                        cov    pid  2001          .         .         .         .         :         .         .         . 2080 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------------------------------ACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------------------------------ACTAGATGTTTTGGAGGCTGTGTGTTTGCCTATGTTGGCTGCTATAATA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTGTAATGTTATTGCTGATTCTAAGTCCTTCACACTTATCTTTGGTGGCGTAGCTTACGCCTACTTTGGATGTGAGGAAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------------------------------GTAGTTTATTTTGGAGGTTGTGTGTATTGGAGTCCAGCACGTAATATAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -------------------------------GTCACACCATTTGGTTCTTGTATATATTGGTCGCCGCGTCCTGGATTGT      
  consensus/100%                         ...............................ussssssssTTTGGsssssssussTssssssssssssssssssusssss      
  consensus/90%                          ...............................ussssssssTTTGGsssssssussTssssssssssssssssssusssss      
  consensus/80%                          ...............................ussusssssTTTGGsGGsTGTGTuTsssssTussssGGssGssAsusss      
  consensus/70%                          ...............................ussusssssTTTGGsGGsTGTGTuTsssssTussssGGssGssAsusss      

                        cov    pid  2081          .         1         .         .         .         .         :         . 2160 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACAT------------AGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGCGTGCCTACTGGGTTCCTCGTGCTAGTGCTGATAT------------TGGCTCAGGCCATACTGGCATTACTGGTGAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTACTATGTACTTTGTGCCTAGAGCTAAGTCTGTTGTCTCAAGGATTGGAGACTCCATCTTTACAGGCTGTACTGG---C      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGATTCCTATATTAAAATCCTCTGTTAAGTCATATGA------------CAGTTTGGTTTATACTGGAGTTTTAGG----      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGATTCCTATAATTAAATCTTCAGTCAAGTCTTATGA------------TGATTTGGTTTATTCAGGTGTAGTAGG----      
  consensus/100%                         usssTsssssssssusssCssssGssAussCssssus............suusTssussssTsCsGGsssssssGG....      
  consensus/90%                          usssTsssssssssusssCssssGssAussCssssus............suusTssussssTsCsGGsssssssGG....      
  consensus/80%                          uGssTsCssssTssusssCssssGsTAussCTsATus............sGusTssusssATACsGGsuTTussGG....      
  consensus/70%                          uGssTsCssssTssusssCssssGsTAussCTsATus............sGusTssusssATACsGGsuTTussGG....      

                        cov    pid  2161          .         .         .         2         .         .         .         . 2240 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AATGTGGAGACCTTGAATGAGGATCTCCTTGAGATACTGAGTCGTGAACGTGTTAACATTAACATTGTTGGCGATTTTCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCTTGGAACAAGGTCACTCAAATTGCTAACATGTTCTTGGAACAGACTCAGCATTCCCTTAACTTTGTGGGAGAGTTCGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------TTGCAAGGCTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------TTGTAAATCTAT      
  consensus/100%                         ....................................................................ssGsuAssssss      
  consensus/90%                          ....................................................................ssGsuAssssss      
  consensus/80%                          ....................................................................TsGsuAsTsTus      
  consensus/70%                          ....................................................................TsGsuAsTsTus      

                        cov    pid  2241          :         .         .         .         .         3         .         . 2320 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCA---------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTGAATGAAGAGGTTGCCATCATTTTGGCATCTTTCTCTGCTTCTA---------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTCAACGATGTTGTCCTC---------GCAATTCTCTCTGGAACCA---------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTAAAGGAAACAAATCTCATTTGCAAAGCTTTGTACCTTGATTATGTTCAACACAAGTGTGGCAATTTACACCAACGGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTAAAGAAACTGCTCTTATTACTCATGCACTTTACTTAGATTATGTTCAATGTAAGTGTGGTAATCTTGAACAAAATC      
  consensus/100%                         ssTsAAsGAsussusssss.........GCssssssssssGsssssu.................................      
  consensus/90%                          ssTsAAsGAsussusssss.........GCssssssssssGsssssu.................................      
  consensus/80%                          TsTsAAsGAAussussssCATsssssssGCAssTTsCTsTGsTTssu.................................      
  consensus/70%                          TsTsAAsGAAussussssCATsssssssGCAssTTsCTsTGsTTssu.................................      

                        cov    pid  2321          .         .         :         .         .         .         .         4 2400 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ---------------------------------------------------------------------CAAGTGCTTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ---------------------------------------------------------------------CAAGTGCCTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ---------------------------------------------------------------------CAACTAATGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGTTGCTAGGTGTTTCAGATGTGTGGCATAAACAATTGCTATTAAATAGAGGTGTTTATAAACCTCTGTTAGAGAATATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATATTCTTGGCGTTAATAATTCTTGGTGTAGGCAACTGTTGCTTAATAGAGGTGATTATAATATGCTTCTAAAAAATATT      
  consensus/100%                         .....................................................................sAussusssTT      
  consensus/90%                          .....................................................................sAussusssTT      
  consensus/80%                          .....................................................................sAAususTsTT      
  consensus/70%                          .....................................................................sAAususTsTT      

                        cov    pid  2401          .         .         .         .         :         .         .         . 2480 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACA-----      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATTGACACTATAAAGAGTCTTGATTACAAGTCTTTCAAAACCATTGTTGAGTCCTGCGGTAACTATAAAGTTACC-----      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GACAAAATACGCCAGCTTCTCAAAGGTGTCACCCTTGACAAGTTGCGTGATTATTTAGCTGACTATGACGTAGCAGTCAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATTATTTTAATATGCGGCGCGCTAAATTTAGTTTAGAAACTTTTACTGTTTGTGCAGATGGCTTTATGCCTTTT-----      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GACTTGTTTGTTAAGCGTCGTGCTGATTTTGCTT---GCAAGTTTGCAGTTTGTGGAGATGGTTTTGTACCTTTT-----      
  consensus/100%                         usssssssssssssussssssusssussssssss...usssssTssssGssTsssssGsTuusTsTussssssss.....      
  consensus/90%                          usssssssssssssussssssusssussssssss...usssssTssssGssTsssssGsTuusTsTussssssss.....      
  consensus/80%                          GsssAsssTussAAGsGTCssGsTsAssssuCsTTsuAsAsssTTusTGssTsssssGuTuusTsTusussTsss.....      
  consensus/70%                          GsssAsssTussAAGsGTCssGsTsAssssuCsTTsuAsAsssTTusTGssTsssssGuTuusTsTusussTsss.....      

                        cov    pid  2481          .         5         .         .         .         .         :         . 2560 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ------------AAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ------------AAGGGAAAGCCCGTAAAAGGTGCTTGGAACATTGGACAACAGAGATCAGTTTTAACACCACTGTGTGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCCGGCCCATTCATGGATAATGCTATTAATGTTGGTGGTACA--GGATTACAGTATGCCGCCATTACTGCACCTTATGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ---------------------------------------------CTTTTAGATGATTTAGTTCCACGCGCATATTATTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ---------------------------------------------TTACTAGATGGTTTAATTCCCCGTAGTTATTATCT      
  consensus/100%                         .............................................sssssAsAssussssussssssssssssssTuTss      
  consensus/90%                          .............................................sssssAsAssussssussssssssssssssTuTss      
  consensus/80%                          .............................................sssssAsAsuusTsAuTssssssssCsssTTATss      
  consensus/70%                          .............................................sssssAsAsuusTsAuTssssssssCsssTTATss      

                        cov    pid  2561          .         .         .         6         .         .         .         . 2640 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       A-------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       T-------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTTCTCACTGGCTTAGGTGAGTCCTTTAAGAAAGTTGCAACCATACCGTATAAGGTTTGCAACTCTGTTAAGGATACTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGCAGTAAGTGGTCAAGCATTTTGTGATTATGCAGATAAA----------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATTCAGAGTGGTATTTTCTTTACATCTTTGATGTCTCAA----------------------------------------      
  consensus/100%                         s...............................................................................      
  consensus/90%                          s...............................................................................      
  consensus/80%                          u...............................................................................      
  consensus/70%                          u...............................................................................      

                        cov    pid  2641          :         .         .         .         .         7         .         . 2720 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -----------------------------------TTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -----------------------------------TTTCCCTCACAGGCTGCTGGTGTTATCAGATCAATTTTTGCGCGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGCTTATTATGCTCACAGCGTGTTGTACAGAGTTTTTCCTTATGACATGGATTCTGGTGTGTCATCCTTTAGTGAACTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -----------------------------------CTTTGCCATGCCGTTGTGTCTAAGAGTAAAGAGTTACTTGATGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -----------------------------------TTTTCACAAGAAGTTTCTGATATGTGTTTAAAAATGTGTATTTTG      
  consensus/100%                         ...................................sTTsssssssssusssssssTusssssssAssssTssssssssss      
  consensus/90%                          ...................................sTTsssssssssusssssssTusssssssAssssTssssssssss      
  consensus/80%                          ...................................TTTsCssssGAsGsTGsTssTussussssAssusTsssTusssss      
  consensus/70%                          ...................................TTTsCssssGAsGsTGsTssTussussssAssusTsssTusssss      

                        cov    pid  2721          .         .         :         .         .         .         .         8 2800 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTT-----------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACACTTGATGCAGCAAACCACTCAATTCCTGAT-----------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTTTTTGATTGCGTTGATCTTTCAGTAGCTTCTACCTATTTTTTAGTCCGCATCTTGCAAGATAAGACTGGCGACTTTAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCTCTGGATTCTTTAGGTGCAGCTATACATTATTTGAATTCTAAGATTGTTGATTTGGCTCAACATTTTAGTGATTTTGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTATGGACAGAGTTTCAGTTGCTACATTTTATATAGAGCATTATGTTAATAGGTTGGTTACTCAATTTAAGTTATTGGG      
  consensus/100%                         ssssTsGAssssssssssssssCsussssTssT...............................................      
  consensus/90%                          ssssTsGAssssssssssssssCsussssTssT...............................................      
  consensus/80%                          ssTsTsGAssssGsssusssssCsuTussTssT...............................................      
  consensus/70%                          ssTsTsGAssssGsssusssssCsuTussTssT...............................................      

                        cov    pid  2801          .         .         .         .         :         .         .         . 2880 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------------------TTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------------------TTGCAAAGAGCAGCTGTCACCATACTTGATGGTATTTCTGAACAGTCATTACGTCTTGTCG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTCTACAATTATTACTTCCTGCCAAACTGCTGTTAGTAAGCTTCTAGATACATGTTTTGAAGCTACAGAAGCAACATTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AACAAGTTTCGTTTCTAAAATTGTTCATTTCTTTAAGACTTTTACTACTAGCACTGCTCTTGCATTTGCATGGGTTTTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACTACACTTGTTAATAAAATGGTTAATTGGTTTAATACCATGTTAGATGCTAGTGCACCTGCTACAGGCTGGCTTCTTT      
  consensus/100%                         ...................ssssssssssssssTussAsssTssssusTussssTssssssssssssssssssssssTss      
  consensus/90%                          ...................ssssssssssssssTussAsssTssssusTussssTssssssssssssssssssssssTss      
  consensus/80%                          ...................sTssssAussssssTAssACssTssTsGATussAsTsCssssssssCAssusGusTssTss      
  consensus/70%                          ...................sTssssAussssssTAssACssTssTsGATussAsTsCssssssssCAssusGusTssTss      

                        cov    pid  2881          .         9         .         .         .         .         :         . 2960 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACGCCATGGTTTATACTTCAGACCTGCTCACCAACAGTGTCATTATTATGGCATATGTAACTGGTGGTCTTGTACAACAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACTTCTTGTTAGATTTGGCAGGATTGTTCAGAATCTTTCTC---------------------CGCAATGCCTATGTGTAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTCATGTTTTGCATGGTGCTTATATAGTAGTGGAGAGTGAT---------------------ATATATTTTGTTAAAAAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACCAATTATTGAATGGTCTTTTTGTAGTATCTCAAGCCAAC---------------------TTTAATTTTGTTGCTTTA      
  consensus/100%                         ssssssTssTssssssssssssssTusssssssssssssss.....................ssssuTssssssssssss      
  consensus/90%                          ssssssTssTssssssssssssssTusssssssssssssss.....................ssssuTssssssssssss      
  consensus/80%                          AsssssTusTusATusssCssussTusTsussuAsusTsss.....................sssuuTsTTGTTssusss      
  consensus/70%                          AsssssTusTusATusssCssussTusTsussuAsusTsss.....................sssuuTsTTGTTssusss      

                        cov    pid  2961          .         .         .         0         .         .         .         . 3040 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTTCTCAGTGGTTGTCTAATCTTTTGGGCACTACTGTTGAAAAACTCAGGCCTATCTTTGAATGGATTGAGGCGAAACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACTTCACAAGGGTTTGTGGTGGTCAATGGCAAAGTTTCTACACTTGTCAAACAAGTGTTAGACTTGCTTAATAAG-----      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTCCTCGTTATGCTAGTGCTGTTGCACAAGCATTTCAGAGTGTTGCTAAAGTTGTACTGGACTCTTTAAGAGTTACTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATACCTGATTATGCTAAAATTTTAGTTAATAAATTTTACACTTTTTTTAAGTTATTATTAGAGTGTGTTACAGTTGATGT      
  consensus/100%                         AsssCssussusssssssusssTsssssusussssTsssussssssssAuussssTssTsGAsTsssTsussuss.....      
  consensus/90%                          AsssCssussusssssssusssTsssssusussssTsssussssssssAuussssTssTsGAsTsssTsussuss.....      
  consensus/80%                          AsTsCsCAsTussssussusssTssssuusAsssTTsssussssssTsAAusssuTssTsGAsTsssTTuuuGssusssT      
  consensus/70%                          AsTsCsCAsTussssussusssTssssuusAsssTTsssussssssTsAAusssuTssTsGAsTsssTTuuuGssusssT      

                        cov    pid  3041          :         .         .         .         .         1         .         . 3120 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAGTGCAGGAGTTGAATTTCTCAAGGATGCTTGGGAGATTCTCAAATTTCTCATTACAGGTGTTTTTGACATCGTCAAGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATTGATGGCCTTTCTTGTTTTAAGATTGGACGTAGAAGAATTTGTCTTTCAGGCAGAAAAATTTATGAAGTTGAGCGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTAAAAGATATGCCTGTTCTTAAAACTATTAATGGTTTAGTTTGTATTGTAGGCAATAAGTTTTATAACGTTAGTACAG      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          TsssussGussTssssssTsTsAuuussusssusuusssssTssussTTssssssAsssusssTTsTuAsuTsusssssG      
  consensus/70%                          TsssussGussTssssssTsTsAuuussusssusuusssssTssussTTssssssAsssusssTTsTuAsuTsusssssG      

                        cov    pid  3121          .         .         :         .         .         .         .         2 3200 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTCAAATACAGGTTGCTTCAGATAACATCAAGGATTGTGTAAAATGCTTCATTGATGTTGTTAACAAGGCACTCGAAATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ----------------------GGTATGCAACTTTTGCATACAAAGGTCTCCTGGGCTGGTTCTAAAATCATTGCTGTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCTTGTTACATTCATCCCAATTGCCATTAGATGTTTATGATTTAACCATGCCTAGTCAAGTTCAGAAAGCCAAGCAAAAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGTTAATTCCTGGTTTTGTTTTACCATGTAATGCACAGG---------------------------------AACAACAA      
  consensus/100%                         ......................sssssssuAsssssusu.................................sssssssu      
  consensus/90%                          ......................sssssssuAsssssusu.................................sssssssu      
  consensus/80%                          GsssusTsssssssssssssssussAsssAAsGsssusGssssussssssssTuussssGTssssAAusssssussussu      
  consensus/70%                          GsssusTsssssssssssssssussAsssAAsGsssusGssssussssssssTuussssGTssssAAusssssussussu      

                        cov    pid  3201          .         .         .         .         :         .         .         . 3280 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGA----------ATTTAGGTGAAACA--TTTGTCAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCATTGATCAAGTCACTATCGCTGGCGCAAAGTTGCGATCACTCA----------ACTTAGGTGAAGTC--TTCATCGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCTACAGCGGCAGGGAGTCTCTAATATTCCCATCGGGAACCTATTACTGTGTCACCACTAAGGCTAAGTCCGTTCAACAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CCTATTTATTTAAAAGGTTCTGGTTCTGATTTTTCATTAGCGGATAGTGTAGTTGAAGTTGTTACAACTT----------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTTATTTTTTTGAAGGCGTTGCAGAATCTGTTATAGTAGAAGATGATGTTATTGAGAATGTCAAATCTT----------      
  consensus/100%                         ssssssssssssussussssssssssssssssssssssAssssssu..........usssussssAssss..........      
  consensus/90%                          ssssssssssssussussssssssssssssssssssssAssssssu..........usssussssAssss..........      
  consensus/80%                          ssTusTssssssussusTsTsGsssussCssssssussAsCssssA..........AsTTussssAAsTs..........      
  consensus/70%                          ssTusTssssssussusTsTsGsssussCssssssussAsCssssA..........AsTTussssAAsTs..........      

                        cov    pid  3281          .         3         .         .         .         .         :         . 3360 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCAAAGCAAGGGACTTTACCGTCAGTGTATACGTGGCAAGGAGCAGCTGCAACTACTCATGCCTCTTAAGGCACCAAAAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GATCTTGACGTTATTTTGCCTGGTGAGTTT----TCCAAGAAGCAGTTAGGACTGCTCCAACCTACTGACAATTCTACAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ----------------------------------CACTTACACCATGTGGTTATTCTGA-ACCACCTAAAGTTGCAGCTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ----------------------------------CTTTATCATCTTATGAGTATTGTCA-ACCACCTAAATCTGTAGAAA      
  consensus/100%                         ..................................sssssssAsssssssssssTssTss.uCCssssuAsssssssussu      
  consensus/90%                          ..................................sssssssAsssssssssssTssTss.uCCssssuAsssssssussu      
  consensus/80%                          ..................................ssCsuusAsCAssTuuussTsCTCA.uCCsCsTAAuusssCAusAu      
  consensus/70%                          ..................................ssCsuusAsCAssTuuussTsCTCA.uCCsCsTAAuusssCAusAu      

                        cov    pid  3361          .         .         .         4         .         .         .         . 3440 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAATTATCTTCTTAGA------------GGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAGTAACCTTTCTTGA------------AGGTGATTCACATGACACAGTACTTACCTCTGAGGAGGTTGTTCTCAAGAAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTGTTAGTGTTACTG------------------------------------TATCCAGTAACATGGTTGAAACTGTTGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAATTTGCATTGTGGATAATGTTTATATGGCCAAGGCTGGTGACAAATATTACCCTGTTG---TGGTTGATGATCATGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAATTTGTATTATAGATAATATGTACATGGGTAAGTGTGGTGATAAATTTTTCCCTATTGTCATGAATGATAAAAATATT      
  consensus/100%                         ssuTsssssTssssG....................................ssssssssu...suusTGssssssssuss      
  consensus/90%                          ssuTsssssTssssG....................................ssssssssu...suusTGssssssssuss      
  consensus/80%                          AAuTTssssTTsTsGA............uGssuAssssssTsssAsAssssTssCsusTGssusGGTTGsssssuAsuss      
  consensus/70%                          AAuTTssssTTsTsGA............uGssuAssssssTsssAsAssssTssCsusTGssusGGTTGsssssuAsuss      

                        cov    pid  3441          :         .         .         .         .         5         .         . 3520 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGTGAACTCGAAGCACTCGAGACGCCCGTTGATAGCTTCACAAATGGAGCTATCGTTGGCACACCAGTCTGTGTAAATGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGTCAACTTGAGCAAACTAATATGCATAGTCCTGATGTTATAGTAGGTGACTATGTCATTA------TTAGTGAAAAATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGACTCTTGGATCAAGCATGGAGAGTTCCTTGTGCTGGAAGGCGTGTTACATTTAAGGAAC-------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTCTTTTAGATCAGGCTTGGCGTTTTCCATGTGCAGGTAGAAAAGTTAATTTTAACGAGA-------------------      
  consensus/100%                         sGsssssTssAsssussssussssssssssssTusssssusssssGssssssssussusss...................      
  consensus/90%                          sGsssssTssAsssussssussssssssssssTusssssusssssGssssssssussusss...................      
  consensus/80%                          GGTssssTsGAsCsAssssuussussTssTsuTGssGssAsuuusGsTussTTsussGusA...................      
  consensus/70%                          GGTssssTsGAsCsAssssuussussTssTsuTGssGssAsuuusGsTussTTsussGusA...................      

                        cov    pid  3521          .         .         :         .         .         .         .         6 3600 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCTCATGCTCTTAGAGATTAAGGACAAAGAACAATACTGCGCATTGTCTCCTGGTTTACTGGCTACAAACAATGTCTTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTTGTGCGTAGTAAGGAAGAAGACGGATTTGCCTTCTACCCTGCTTGCACTAATGGTCATGCTGTACCGACTCTCTTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  3601          .         .         .         .         :         .         .         . 3680 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTT---ACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTAC---AAGAGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTTAAAAGGGGGTGCACCAATTAAAGGTGTAACCTTTGGAGAAGATACTGTTTGGGAAGTTCAAGGTTAC---AAGAAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GACTTAAGGGAGGTGCACCTGTAAAAAAAGTAGCCTTTGGCGGTGATCAAGTACATGAGGTTGCTGCTGTA---AGAAGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ------------------------------------------AGCCTACAGTAAAGGAGATTATAAGCATGCCTAAGATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ------------------------------------------AACCTGTTGTTATGGAGATTCCGTCTTTG---ATGACA      
  consensus/100%                         ..........................................usssssssGTssssGAuuTssssssssss...AsuAss      
  consensus/90%                          ..........................................usssssssGTssssGAuuTssssssssss...AsuAss      
  consensus/80%                          ..........................................AsssTussGTsssuGAuuTTssuusTsss...AuGAsT      
  consensus/70%                          ..........................................AsssTussGTsssuGAuuTTssuusTsss...AuGAsT      

                        cov    pid  3681          .         7         .         .         .         .         :         . 3760 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCT---GCCTATACAGTTGAACT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGAGAATCACATTTGAGCTTGATGAACGTGTTGACAAAGTGCTTAATGAAAAGTGCTCT---GTCTACACTGTTGAATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTACTGTCGAGTACAACATTCATGCTGTATTAGACACACTACTTGCTTCTTCTAGTCTTAGAACCTTTGTTGTAGATAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTAAGGTTTTTTATGAGCTTGACAACGATTTTAATACTATTTTAAATACTGCGTGTGGA---GTGTTTGAAGTGGATGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTAAGGTTATGTTTGATTTAGATTCTACTTTTGATGATATTTTAGGTAAAGTTTGTTCA---GAATTTGAAGTAGAAAA      
  consensus/100%                         uTsAssuTssssTssuAssTssAssssssssTsuAsusssTssTsusTsssssssGssss...ussTssussGTsGAsss      
  consensus/90%                          uTsAssuTssssTssuAssTssAssssssssTsuAsusssTssTsusTsssssssGssss...ussTssussGTsGAsss      
  consensus/80%                          GTsAusuTsussTsTGAssTTGATussusssTTGAsAssuTssTsuuTussussTGssss...GssTsTussGTsGAsss      
  consensus/70%                          GTsAusuTsussTsTGAssTTGATussusssTTGAsAssuTssTsuuTussussTGssss...GssTsTussGTsGAsss      

                        cov    pid  3761          .         .         .         8         .         .         .         . 3840 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAG---------TATCTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGGTACCGAAGTTACTGAGTTTGCATGTGTTGTAGCAGAGGCTGTTGTGAAGACTTTACAACCAG---------TTTCTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTCTTTGTCAATTGAGGAGTTTGCTGACGTAGTAAAGGAACAAGTCTCAGACTTGCTTGTTAAAT---------TACTGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TACTGTTGATATGGAGGAATTTTATGCTGTGGTGATTGATGCCATAGAAGAGAAACTTTCTCCATGTAAGGAGCTTGAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGGTGTTACTGTAGATGATTTTGTTGCTGTTGTTTGTGATGCTATAGAGAATGCTTTAAACTCTTGTAAAGAGCATCCAG      
  consensus/100%                         sssTssssssuTsussGAsTTsssssssGTsGTssssGAssssuTsssuuAsssssTssssssss.........ssssss      
  consensus/90%                          sssTssssssuTsussGAsTTsssssssGTsGTssssGAssssuTsssuuAsssssTssssssss.........ssssss      
  consensus/80%                          susTussussuTsuAsGAuTTTGssssTGTsGTuussGAsGCsuTsusuuAsusssTsssssCAs.........TssssG      
  consensus/70%                          susTussussuTsuAsGAuTTTGssssTGTsGTuussGAsGCsuTsusuuAsusssTsssssCAs.........TssssG      

                        cov    pid  3841          :         .         .         .         .         9         .         . 3920 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATCTCCTTACCAACATGGGTATTGATCTTGATGAGTGGAGTGTAGCTACATTCTACTTATTTGATGATGCTGGTGAAGAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGGAATGCCGATTCCAGATTTTGATTTAGACGATTTTATTGACGCACCATGCTATTGCTTTAACGCTGAGGGTGATGCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTGTAGGTGCTAAAGTTAGTGCCTTTTTACAGAAATTAGAGGATAATCCCCTATTTTTATTTGATGAGGCTGGCGAGGAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGGTTGGTTATCAAGTTCGTGCATTTTTAAATAAACTTAATGAGAATGTTGTTTATTTATTTGATGAGGCTGGTGATGAA      
  consensus/100%                         ssssssssssssssssssussssssTsTssAsuAssssussussussssssssTssTssTTTuAsGsssssGGsGAssss      
  consensus/90%                          ssssssssssssssssssussssssTsTssAsuAssssussussussssssssTssTssTTTuAsGsssssGGsGAssss      
  consensus/80%                          ussTsssTsCsssssTsuGTussssTTTAuAsuAuTssAuTGssusTsCssssTAsTTATTTGATGAsGCTGGTGAsGsA      
  consensus/70%                          ussTsssTsCsssssTsuGTussssTTTAuAsuAuTssAuTGssusTsCssssTAsTTATTTGATGAsGCTGGTGAsGsA      

                        cov    pid  3921          .         .         :         .         .         .         .         0 4000 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTC---TACCCTCCAGATGAGGA------------TGAAGAAGAAGGT---GA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACTTTTCATCACGTATGTATTGTTCCTTT---TACCCTCCAGATGAGGA------------AGAAGAGGACGATGCAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCCTGGTCTTCTACTATGATCTTCTCTCTT---CACCCCGTCGAGTGTGACGAGGAGTGTTCTGAAGTAGAGGCTTCAGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTCTTGCTCCTAAATTGTATTGTGCCTTTACAGCTCCTGAAGATGATGA------------CTTTCTTGAGGAAAGTGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCAATGGCCTCTCGTATGTATTGTACTTTT---GCTATTGAGGATGTTGA------------AGACGTTATCAGTAGTGA      
  consensus/100%                         sssssssCssCsssssTGsssTsssCssTs...sssssssssGAssssGA............sssssssussuss...GA      
  consensus/90%                          sssssssCssCsssssTGsssTsssCssTs...sssssssssGAssssGA............sssssssussuss...GA      
  consensus/80%                          usssTssCsTCssuTATGTATTGTsCsTTT...sssCCTssuGATGusGA............sGAsGssGAsGuTsssGA      
  consensus/70%                          usssTssCsTCssuTATGTATTGTsCsTTT...sssCCTssuGATGusGA............sGAsGssGAsGuTsssGA      

                        cov    pid  4001          .         .         .         .         :         .         .         . 4080 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAG---------------------------------------------CCATCAACTCAAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGTGAGGAAGAAGAAATTGAT---------------------------------------------GAAACCTGTGAAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTAGAAGAAGGTGAATCAGAGTG---CATTTCTGAGACTTCAACTGAACAAGTTGACGTTTCTCATGAGACTTCTGACG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTGAAGAAGATGATGTAGAAGGT-------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGCTGTCGAAGATACTATTGATGGTGTCGTTGAAGACACTATTAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACG      
  consensus/100%                         ssssGssGAAGususssssGAs..........................................................      
  consensus/90%                          ssssGssGAAGususssssGAs..........................................................      
  consensus/80%                          sssTGAuGAAGAsGAssTsGAs.............................................ssssssssTsAss      
  consensus/70%                          sssTGAuGAAGAsGAssTsGAs.............................................ssssssssTsAss      

                        cov    pid  4081          .         1         .         .         .         .         :         . 4160 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACT------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGAGTACGGTACAGAGGATGATTATCAAGGTCTCCCTCTGGAATTTGGTGCCTCA------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACGAGTGGGCTGCTGCAGTTGATGAAGCGTTCCCTCTCGATGAAGCAGAAGATGTT------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          AsGAususGsTussussGsTGAssAssssssssssssssssGsssssGusGsssss........................      
  consensus/70%                          AsGAususGsTussussGsTGAssAssssssssssssssssGsssssGusGsssss........................      

                        cov    pid  4161          .         .         .         2         .         .         .         . 4240 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  4241          :         .         .         .         .         3         .         . 4320 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------------------TCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------------------GCTGAAACAGTTCGAGTTGAGGAAGAAGAAGAGGAAGACTGGCTGGATGATACTACTGAGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -------------------ACTGAATCTGTGCAAGAAGAAGCACAACCAGTAGAAGTACCTGTTGAAGATATTGCGCAG-      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------------------GAGGAAACTGATTTAACTGTCACAAGTGCTGGACAGCCTTGTGTTGCTAGTGAACAGGAGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACG      
  consensus/100%                         ...................sssGssssssssssssssGssusssussssGsssAusssssssTsussuuTussssssAs.      
  consensus/90%                          ...................sssGssssssssssssssGssusssussssGsssAusssssssTsussuuTussssssAs.      
  consensus/80%                          ...................usTGAAuCTGTTssAusTGusGsAuAssssGuuGAAGssssssTsGsTGuTussusssAus      
  consensus/70%                          ...................usTGAAuCTGTTssAusTGusGsAuAssssGuuGAAGssssssTsGsTGuTussusssAus      

                        cov    pid  4321          .         .         :         .         .         .         .         4 4400 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AATC---------------------------------------------------------------------------A      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -----GTTGTCATAGCTGACACCTTACAGGAAACTC------CTGTTGTGCCTGATACTGTTGAAGTCCCACCGCAAGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGTCTTCTGAAGTCTTAGAGGACACTTTGGATGATGGTCCAAGTGTGGAGACATCTGATTCACAAGTTGAAGAAGATGTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGT      
  consensus/100%                         ...............................................................................s      
  consensus/90%                          ...............................................................................s      
  consensus/80%                          Asss.ssTGssssssssGususCssssssGAsusss......sTussussssssssussssssAuGsssssssssssssu      
  consensus/70%                          Asss.ssTGssssssssGususCssssssGAsusss......sTussussssssssussssssAuGsssssssssssssu      

                        cov    pid  4401          .         .         .         .         :         .         .         . 4480 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGA---AGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAAC-------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GAGATTGAGCCAGAACCAGAACCTACACCTGAAGAACCAGTTAATCAGTTTACTGGTTATTTAAAAC-------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGA---AACTTCCGTCTGCACCTCAGACTATCCAGCCCGAGGTAAAAGAAGTTGCACCTGTCTATGAGGCTGATACC--      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAAATGTCGGATTTTGTTGATCTTGAATCTGTGATTCAGGATTATGAAAATGTTTGTTTTGAGTTTTATACTACAGAG--      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATAACGATGAAGAGAT      
  consensus/100%                         GssA...sssssssssssGssssTsssssTussss...sGssssssussssusTsssssTsssssss.............      
  consensus/90%                          GssA...sssssssssssGssssTsssssTussss...sGssssssussssusTsssssTsssssss.............      
  consensus/80%                          GAuAsssAussTssusssGssssTssusCTussuAssssGssuAsuAsssTusTusTssTssssAss.............      
  consensus/70%                          GAuAsssAussTssusssGssssTssusCTussuAssssGssuAsuAsssTusTusTssTssssAss.............      

                        cov    pid  4481          .         5         .         .         .         .         :         . 4560 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTACTGGTGACAATGATGACCAAATTGTTGTTACTGGTGATGATGTAGATGATATTGAAAGTATTTATGACTTTGATA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  4561          .         .         .         6         .         .         .         . 4640 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -----------------------------------------------------------------------------CCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTTATAAAGCTCTTTTAGTTTTTAATGATGTCTATAATGATGCTTTGTTTGTTAGTTATGGTTCTAGTGTTGAAACAGAA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  4641          :         .         .         .         .         7         .         . 4720 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAATTTGTTAAAGTTTTGGGTCTGTATGTGCCTAAAGCAACTCGCAACAATTGCTGGTTGCGATCAGTTTTGGCAGTGAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACATATTTTAAAGTTAATGGTTTATGGTCACCTACTATTACACATACTAATTGTTGGTTGCGTTCTGTGTTACTTGTAAT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  4721          .         .         :         .         .         .         .         8 4800 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCAGAAATTGCCCTGTCAATTTAAAGATAAAAATTTGCAGGATCTTTGGGTGTTATACAAGCAACAGTATAGTCAGTTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCAGAAATTACCTTTTAAGTTTAAGGATTTAGCTATTGAAAATATGTGGTTATCTTATAAGGTGGGTTATAATCAAAGTT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  4801          .         .         .         .         :         .         .         . 4880 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGTTGATACCTTGGTTAATAAGATACCTGCTAATATTGTACTTCCACAAGGTGGTTATGTTGCTGATTTTGCATATTGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGTTGATTATTTACTGACCACTATTCCTAAAGCTATTGTTTTGCCTCAAGGTGGTTTTGTAGCTGATTTTGCTTATTGG      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  4881          .         9         .         .         .         .         :         . 4960 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTTTAACCTTATGTGATTGGCAGTGTGTTGCATACTGGAAATGCATTAAATGTGATTTAGCTCTTAAGCTTAAAGGCTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTTAAACCAGTTTGATATTAATGCGTATGCTAATTGGTGTTGTTTAAAATGTGGTTTTTCTTTTGATTTAAATGGTTT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  4961          .         .         .         0         .         .         .         . 5040 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGATGCTATGTTCTTTTATGGTGATGTTGTTTCACATATATGCAAGTGTGGTGAGTCTATGGTACTTATTGATGTTGATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGATGCTTTGTTTTTTTATGGAGATATTGTGTCTCATGTTTGTAAGTGTGGACATAATATGACTCTAATAGCAGCGGACT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  5041          :         .         .         .         .         1         .         . 5120 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGCCATTTACAGCCCACTTTGCTCTTAAAGATAAGTTGTTTTGTGCATTTATTACTAAGCGTATTGTGTATAAAGCAGCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACCTTGTACATTACATTTTTCATTATTTGATGACAATTTTTGTGCTTTTTGCACCCCTAAAAAAATTTTTATTGCTGCA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  5121          .         .         :         .         .         .         .         2 5200 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTGTTGTGGATGTTAATGATAGTCATTCTATGGCTGTTGTTGATGGTAAACAAATTGATGATCATCGTATCACTAGTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTGCTGTGGATGTAAACGTTTGTCATTCTGTAGCTGTTATAGGTGATGAACAAATAGATGGTAAGTTTGTTACTAAATT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  5201          .         .         .         .         :         .         .         . 5280 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ----GAACAGACACAGAATGTTACTGTTAAACCTAAGAGGTTACGCAAAAAGCGTAATGTTGACCCTTTGTCCAATTTTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TACTAGTGATAAGTTTGATTTTATTATTGGGCATGGTATGTCATTTTCAATGACTACTTTTGAA---ATTGCCCAATTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGTGGTGATAAATTTGATTTTATAGTAGGTTATGGAATGTCATTTAGTATGTCTTCTTTTGAG---TTACCTCAATTGT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  5281          .         3         .         .         .         .         :         . 5360 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ------------TTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ------------TTACTGACAATGTTGCCATTAAATGTGTTGACATCGTTAAGGAGGCACAAAGTGCTAATCCTATGGTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AACATAAGGTTATTACAGAGTGCGTTACCATAGTTTTAGGTGACGCAATTCAAGTAGCCAAGTGCTATGGGGAGTCTGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGTTCTTGTATAACACCTAATGTGTGTTTTGTTAAAGGTGATATAATTAAAGTATCTAAGCTTGTTAAAGCAGAAGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGGTTTGTGTATAACACCTAATGTATGTTTTGTTAAAGGTGATATTATAAATGTTGCTAGACTTGTTAAAGCTGATGTT      
  consensus/100%                         ............TsACsssssusGTsssssTsusssssGssGAsussuTssAsGsssCssuussssssuusssssssGTs      
  consensus/90%                          ............TsACsssssusGTsssssTsusssssGssGAsussuTssAsGsssCssuussssssuusssssssGTs      
  consensus/80%                          ............TsACssssAATGTsssssTTusssusGsTGAsATsuTsuAuGsuGCsAAusssGsTAAusCsussGTs      
  consensus/70%                          ............TsACssssAATGTsssssTTusssusGsTGAsATsuTsuAuGsuGCsAAusssGsTAAusCsussGTs      

                        cov    pid  5361          .         .         .         4         .         .         .         . 5440 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATTGTAAATGCTGCTAACATACACCTGAAACATGGTGGTGGTGTAGCAGGTGCACTCAACAAGGCAACCAATGGTGCCAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTAGTTAATGCTGCTAACACACATCTTAAGCATGGCGGTGGTATCGCTGGTGCTATTAATGCGGCTTCAAAAGGGGCTGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTGTAAACCCTGCTAATGGCCATATGGCACATGGTGGTGGTGTTGCAAAAGCTATTGCAGTAGCAGCTGGACAGCAGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTGTTAATCCTGCTAATGGGCATATGCTCCATGGTGGTGGAGTTGCAAAAGCTATAGCTGTAGCTGCAGGTAAAAAATT      
  consensus/100%                         sTsGTsAAssCsGCsAAsusssAssTssssCATGGsGGsGGsuTsGCsuusGCssTsussusuGCssCsuussusssssT      
  consensus/90%                          sTsGTsAAssCsGCsAAsusssAssTssssCATGGsGGsGGsuTsGCsuusGCssTsussusuGCssCsuussusssssT      
  consensus/80%                          uTTGTsAATsCTGCTAAsussCAssTsusuCATGGsGGTGGTGTsGCAuusGCssTsussusuGCsuCsuusuususssT      
  consensus/70%                          uTTGTsAATsCTGCTAAsussCAssTsusuCATGGsGGTGGTGTsGCAuusGCssTsussusuGCsuCsuusuususssT      

                        cov    pid  5441          :         .         .         .         .         5         .         . 5520 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCAAAAGGAGAGTGATGATTACATTAAGCTAAATGGCCCTCTTACAGTAGGAGGGTCTTGTTTGCTTTCTGGACATAATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCAAAAAGAGTCAGATGAGTATATTCTGGCTAAAGGGCCGTTACAAGTAGGAGATTCAGTTCTCTTGCAAGGCCATTCTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTAAAGAGACTACCGATATGGTTAAGTCTAAAGGAGTTTGTGCTACTGGAGATTGTTATGTCTCTACAGGGGGCAAAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTCTAAAGAAACTGCTGCTATGGTTAAATCTAAAGGTGTTTGCCAAGTAGGAGATTGTTATGTTTCTACCGGTGGTAAAT      
  consensus/100%                         ssssussGAusssussGsssssuTsssssssAAsGGssssssssssussGGsGussssssTsTsssssssGGssusssss      
  consensus/90%                          ssssussGAusssussGsssssuTsssssssAAsGGssssssssssussGGsGussssssTsTsssssssGGssusssss      
  consensus/80%                          ssssAAuGAusCTGsTGATsssuTTususCTAAsGGsssssssssAGTuGGAGuTTsTTuTsTsTsssssGGssusAAss      
  consensus/70%                          ssssAAuGAusCTGsTGATsssuTTususCTAAsGGsssssssssAGTuGGAGuTTsTTuTsTsTsssssGGssusAAss      

                        cov    pid  5521          .         .         :         .         .         .         .         6 5600 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTA------ACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGCTAAGAAGTGTCTGCATGTTGTTGGACCTAACCTAA------ATGCAGGTGAGGACATCCAGCTTCTTAAGGCAGCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAGCTAAGAATATCCTGCATGTCGTAGGCCCAGATGCCC------GCGCTAAACAGGATGTTTCTCTCCTTAGTAAGTGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATGTAAAACTGTGCTTAATGTTGTTGGACCTGATGCGAGAACACAGGGTAAACAAAGTTATGTATTGTTAGAGCGTGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATGTAAAACAATTCTTAATATTGTAGGCCCTGATGCTAGACAAGATGGAAGACAATCTTATGTTTTGTTAGCACGTGCT      
  consensus/100%                         TsssTAAussssssCTssATuTsGTsGGsCCsuAsssss......usussuussAussssssssssTssTsussssssss      
  consensus/90%                          TsssTAAussssssCTssATuTsGTsGGsCCsuAsssss......usussuussAussssssssssTssTsussssssss      
  consensus/80%                          TsssTAAuAsssssCTssATGTTGTsGGsCCsuATGssA......AsGssuussAuuusssTssssTssTsuuususGss      
  consensus/70%                          TsssTAAuAsssssCTssATGTTGTsGGsCCsuATGssA......AsGssuussAuuusssTssssTssTsuuususGss      

                        cov    pid  5601          .         .         .         .         :         .         .         . 5680 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TATGAAAATTTCAATTCACAGGACATCTTACTTGCACCATTGTTGTCAGCAGGCATATTTGGTGCTAAACCACTTCAGTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATAAGGCTATGAATGCATATCCTCTTGTAGTCACTCCTCTTGTTTCAGCAGGCATATTTGGTGTAAAACCAGCTGTGTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATAAACATCTTAACAACTATGACTGTGTTGTTACAACTTTGATCTCAGCTGGTATATTTAGTGTGCCTTCTGATGTGTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATAAGCATCTTAATAATTATGATTGTTGTTTGTCTACTCTCATATCGGCTGGTATATTTAGTGTTCCTGCTGATGTGTC      
  consensus/100%                         TATuAussTsTsAAsssssAsssssssssssTssCssCssTssTsTCuGCsGGsATsTTTuGTGssssssCsssssssTC      
  consensus/90%                          TATuAussTsTsAAsssssAsssssssssssTssCssCssTssTsTCuGCsGGsATsTTTuGTGssssssCsssssssTC      
  consensus/80%                          TATuAusATsTsAATssssAsGAsssTsTssTsuCssCssTssTsTCAGCsGGsATATTTuGTGssssssCsusTssGTC      
  consensus/70%                          TATuAusATsTsAATssssAsGAsssTsTssTsuCssCssTssTsTCAGCsGGsATATTTuGTGssssssCsusTssGTC      

                        cov    pid  5681          .         7         .         .         .         .         :         . 5760 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTACAAGTGTGCGTGCAGACGGTTCGTACACAGGTTTATATTGCAGTCAATGACAAAGCTCTTTATGAGCAGGTTGTCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTTGATTATCTTATTAGGGAGGCTAAGACTAGAGTTTTAGTCGTCGTTAATTCCCAAGATGTCTATAAGAGTCTTACCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTAACATATCTACTTGGTACTGCTAAGAAACAAGTTGTTCTTGTTAGCAATAATCAAGA--------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTAACTTACCTTCTAGGTGTTGTTGATAAACAAGTTATCCTTGTTAGTAATAATAAAGA--------------------      
  consensus/100%                         sTTsssssssssssTssusussGsTsusAsssusGTsssssTsGssussssTssssAAus....................      
  consensus/90%                          sTTsssssssssssTssusussGsTsusAsssusGTsssssTsGssussssTssssAAus....................      
  consensus/80%                          TTTAusssssssssTsuusussGsTsusAsAsAuGTTssssTsGssussAATuAssAAGA....................      
  consensus/70%                          TTTAusssssssssTsuusussGsTsusAsAsAuGTTssssTsGssussAATuAssAAGA....................      

                        cov    pid  5761          .         .         .         8         .         .         .         . 5840 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGGATTATCTTGATAACCTGAAGCCTAGAGTGGAAGCACCTAAACAAGAGGAGCCACCAAACACAGAAGAT------TCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAGTTGACATTCCACAGAGTTTGACTTTTTCATATGATGGGTTACGTGGCGCAATACGTAAAGCTAAAGAT---------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  5841          :         .         .         .         .         9         .         . 5920 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAAACTGAGGAGAAATCTGTCGTACAGAAGCCTGTCGATGTGAAGCCAAAAATTAAGGCCTGCATTGATGAGGTTACCAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  5921          .         .         :         .         .         .         .         0 6000 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACACTGGAAGAAACTAAGTTTCTTACCAATAAGTTACTCTTGTTTGCTGATATCAATGGTAAGCTTTACCATGATTCTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -------------------------------------------------------------------------TATGGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  6001          .         .         .         .         :         .         .         . 6080 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGAACATGCTTAGAGGTGAAGATATGTCTTTCCTTGAGAAGGATGCACCTTACATGGTAGGTGATGTTATCACTAGTGGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTACTGTTTTTGTGTGCACAGACAACTCTGCTAACACTAAAGTTCTTAGGAACAAGGGTGTTGATTATACTAAGAAGTTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------------------------------------------------------GGATTTTGATCTTATTTCTAAGTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -------------------------------------------------------AGATTTTGATATTATTCAAAAATGT      
  consensus/100%                         .......................................................uGssssTGATssTusssssuusssT      
  consensus/90%                          .......................................................uGssssTGATssTusssssuusssT      
  consensus/80%                          .......................................................uGssssTGATsTTATTsssAAusGT      
  consensus/70%                          .......................................................uGssssTGATsTTATTsssAAusGT      

                        cov    pid  6081          .         1         .         .         .         .         :         . 6160 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GATATCACTTGTGTTGTAATACCCTCCAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAGATGCTCTCAAGAGCTTTGAAGAAAGTGCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTTACAGTTG----------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGATAACTGCTGTTGAGGGCACTAAGAAATTGGCAGCGCGTCTTTCTTTTAATGTTGGACGTTCCATTGTTTACGAAAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAAATTACTTCAGTTGTTGGTACTAAAGCATTGGCTGTTAGATTAACTGCTAATGTAGGCCGTGTTATTAAATTTGAGAC      
  consensus/100%                         ssssssusTs......................................................................      
  consensus/90%                          ssssssusTs......................................................................      
  consensus/80%                          sssATsACTsssGTsGssusssCssssusAssGGCsGsssGsssssCTsssAsssTsssssusssssTsusssssGsusC      
  consensus/70%                          sssATsACTsssGTsGssusssCssssusAssGGCsGsssGsssssCTsssAsssTsssssusssssTsusssssGsusC      

                        cov    pid  6161          .         .         .         2         .         .         .         . 6240 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACAGACAATTA------TATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGTTGATGAGTA------TATAACCACGTACCCTGGACAAGGATGTGCTGGTTATACACTTGAGGAAGCTAAGACTGCTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGATGCTAATAAGTTGATTTTAATCAATGACGTTGCATTTGTTTCGACATTTAATGTTTTACAGGATGTTTTATCCTTAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGATGCATACAAACTTTTTTTGAGTGGTGATGATTGTTTTGTTTCAAATTCTTCTGTTATACAAGAAGTTTTATTGCTTC      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          AussGsssAssA......TsTuAssusssAssssssssssGssTssussssTsssusssTssAuGAsGssssusssssss      
  consensus/70%                          AussGsssAssA......TsTuAssusssAssssssssssGssTssussssTsssusssTssAuGAsGssssusssssss      

                        cov    pid  6241          :         .         .         .         .         3         .         . 6320 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTAAGAAATGCAAATCTGCATTTTATGTACTACCTTCAGAAGCACCTAATGCTAAGGAAGAGATTCTAGGAACTGTATCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GACATGATATAGCACTTGATGATGATGCACGAACCTTCGTTCAGAGCAATGTTGA---------TGTTGTACCTGAGGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTCATGATATACAATTGAATAATGACGTTCGTGATTATTTGTTGTCTAAGATGAC---------TAGTCTTCCTAAAGAT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          sssAsuAssssssAsssussssTsAsussCsssssTsssssssssssAAsussus.........TsssssssCTusssss      
  consensus/70%                          sssAsuAssssssAsssussssTsAsussCsssssTsssssssssssAAsussus.........TsssssssCTusssss      

                        cov    pid  6321          .         .         :         .         .         .         .         4 6400 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGGAATTTGAGAGAAATGCTTGCTCATGCTGAAGAGACAAGAAAATTAATGCCTATATGCATGGATGTTAGAGCCATAAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGGCGTGTTGTCAATAAGTTTTATCAAATTAATGGTGTTAGAACCGTTAAGTAT---TTTGAGTGTACTGGAGGCATAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGGCGTCTTATCAATAAATTTGATGTTATTAACGGTGTTAAAACTGTTAAGTAT---TTTGAGTGTCCTAATTCTATTTA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          TGGsuTsTssssuAsAsusTTssssssussuAsGususssusAsssTsAsGssT...TssusGsusssTuussssATsss      
  consensus/70%                          TGGsuTsTssssuAsAsusTTssssssussuAsGususssusAsssTsAsGssT...TssusGsusssTuussssATsss      

                        cov    pid  6401          .         .         .         .         :         .         .         . 6480 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGCAACCATCCAACGTAAGTATAAAGGAATTAAAATTCAAGAGGGCATCGTTGACTATGGTGTCCGATTCTTCTTTTATA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------ACGGTGTGCAATATTATTGCTACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATATGCAGCCAGGATAAAGTTT---------------------------------TTGGTTATGTACAGCAGGGTATTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATATGTAGTCAGGGTAAAGACT---------------------------------TTGGTTATGTATGTGATGGTTCTT      
  consensus/100%                         ........................................................ssGGTsssssAsssssssssssss      
  consensus/90%                          ........................................................ssGGTsssssAsssssssssssss      
  consensus/80%                          sssAsssAssCAusuTAAussss.................................sTGGTsssssATsssAsssTTsss      
  consensus/70%                          sssAsssAssCAusuTAAussss.................................sTGGTsssssATsssAsssTTsss      

                        cov    pid  6481          .         5         .         .         .         .         :         . 6560 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTAGTAAAGAGCCTGTAGCTTCTATTATTACGAAGCTGAACTCTCTAAATGAGCCGCTTGTCACAATGCCAATTGGTTAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CGTCTAAGGACACTTTAGATGATATCTTACAACAGGCTAA---TAAGTCTGTTGGTATTATATCTATGCCTTTGGGATAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTAATAAGGCTACTGTTGCTCAAATTAAAGCCTTGTTTTT----------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTATAAAGCAACTGTTAATCAAGTTTGTGTTTTATTAGC----------------------------------------      
  consensus/100%                         ssssTAAuusssCTsTsussssssTsssssssssusssss........................................      
  consensus/90%                          ssssTAAuusssCTsTsussssssTsssssssssusssss........................................      
  consensus/80%                          sssuTAAuGssACTGTsGsTsssuTTsssussssusTsus........................................      
  consensus/70%                          sssuTAAuGssACTGTsGsTsssuTTsssussssusTsus........................................      

                        cov    pid  6561          .         .         .         6         .         .         .         . 6640 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGACACATGGTTTTAATCTTGAAGAGGCTGCGCGCTGTATGCGTTCTCTTAAAGCTCCTGCCGTAGTGTCAGTATCATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGTCTCATGGTTTAGACTTAATGCAAGCAGGGAGTGTCGTGCGTAGAGTTAACGTGCCCTACG-----TGTGTCTCCTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  6641          :         .         .         .         .         7         .         . 6720 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACCAGATGCTGTTACTACATATAATGGATACCTCACTTCGTCATCAAAGACATCTGAGGAGCACTTTGTAGAAACAGTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTAATAAAGAGCAAGAAGCTATTTTGATGTCTGAAGACGTTAAGTTAAAC-CCTTCAGAAGATTTTATAAAGCACGTCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  6721          .         .         :         .         .         .         .         8 6800 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAAT---------------TT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTTTGGCTGGCTCTTACAGAGATTGGTCCTATTCAGGACAGCGTACAGAGTTAGGTGTTGAAT---------------TT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCACTAATGGTGGTTACAATTCTTGG---CATTTAGTCGAGGGTGAACTATTGGTGCAAGACTTACGCTTAAATAAGCTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  6801          .         .         .         .         :         .         .         . 6880 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTA---GTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTTAAGCGTGGTGACAAAATTGTGTACCACACTCTGGAGAGCCCCGTCGAGTTTCATCTTGACGGTGAGGTTCTTTCACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTGCATTGGTCTGATCAAACCATATGCTACAAGG---ATAGTGTGTTTTATGTTGTAAAGAATAGTACAGCTTTTCCATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid  6881          .         9         .         .         .         .         :         . 6960 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTACA---------------ACAGTAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGACAAACTAAAGAGTCTCTTATCCCTGCGGGAGGTTAAGACTATAAAAGTGTTCACA---------------ACTGTGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGAAACACTTTCAGCATGTCGTGCGTATTTGGATTCACGCACGACACAGCAGTTAACAATCGAAGTCTTAGTGACTGTCG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ---------------------------------------------------GGATAAAGTGGACATCTTGCTAACTGTTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ---------------------------------------------------TAAGAAGATAGATGTTTTGCTTACTGTAG      
  consensus/100%                         ...................................................ssssAsu...............ACsGTsG      
  consensus/90%                          ...................................................ssssAsu...............ACsGTsG      
  consensus/80%                          ...................................................GsssAsA...............ACTGTsG      
  consensus/70%                          ...................................................GsssAsA...............ACTGTsG      

                        cov    pid  6961          .         .         .         0         .         .         .         . 7040 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACAACACTAATCTCCACACACAGCTTGTGGATATGTCTATGACATATGGACAGCAGTTTGGTCCAACATACTTGGATGGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGGTGTAAATTTTAGAACAGTCGTTCTAAATAATAAGAACACTTATAGATCACAGCTTGGATGCGTTTTCTTTAATGGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGTGTTAATTTCACTAATAGGTTTGTGCCTGTTGGTGAAAGTTTTGGTAAGAGTCTAGGAAATGTGTTTTGTGATGGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGGTGTTAATTTTAAATCTATTTCTCTTACTGTAGGTGAAGTTTTTGGTAAAATACTTGGTAATGTTTTCTGTGATGGC      
  consensus/100%                         AsuusussAAssTssssssssssssTsTssssusssssussussTsTuGsssussssTsGGssssussTssTssuATGGs      
  consensus/90%                          AsuusussAAssTssssssssssssTsTssssusssssussussTsTuGsssussssTsGGssssussTssTssuATGGs      
  consensus/80%                          AsuusuTTAATsTssusACsssssTTsTuusTuTssssusuAssTsTGGssAusuusTTGGssssussTssTssGATGGs      
  consensus/70%                          AsuusuTTAATsTssusACsssssTTsTuusTuTssssusuAssTsTGGssAusuusTTGGssssussTssTssGATGGs      

                        cov    pid  7041          :         .         .         .         .         1         .         . 7120 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTGATGTTACAAAAATTAAACCTCATGTAAATCATGAGGGTAAGACTTTCTTTGTACTACCTAGTGATGACACACTACG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTGATATTTCTGACACCATTCCTGATGAGAAACAGAATGGTCACAGTTTATATCTAGCAGACAATTTGACTGCTGATGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTAATGTCACGAAGCATAAGTGTGATATAAATTATAAAGGTAAAGTCTTTTTCCAGTTTGATAATCTTTCTAGTGAAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTGATGTTACTAAGTTAAAGTGTAGTGATTTTTATGCCGATAAAATTTTATATCAGTATGAAAATTTGTCTTTAGCTGA      
  consensus/100%                         usTuATuTssCsuAssssAssssTsuTussssssAsussGuTsAsussTTsTsssssssssssAuTsssssssssssssu      
  consensus/90%                          usTuATuTssCsuAssssAssssTsuTussssssAsussGuTsAsussTTsTsssssssssssAuTsssssssssssssu      
  consensus/80%                          GsTGATGTTACsAAusssAAussTsATussssssATuAsGGTAAuAssTTsTsTssussssssAATssssssussssssu      
  consensus/70%                          GsTGATGTTACsAAusssAAussTsATussssssATuAsGGTAAuAssTTsTsTssussssssAATssssssussssssu      

                        cov    pid  7121          .         .         :         .         .         .         .         2 7200 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTTGAGGCTTTT---GAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTAGGTACATGTCAGCATTAAATCACACTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAGTGAAGCTTTC---GAGTACTACCATACTCTTGATGAGAGTTTTCTTGGTAGGTACATGTCTGCTTTAAACCACACAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AACAAAGGCGCTTAAAGAGTTATATGGCCCCGTTGATCCTACTTTCTTACACAGATTCTATTCACTTAAGGCTGCAGTCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTAAAGGCTGTAAGAAGTTCCTTTAATTTTGATCAGAAGGAATTGCTTGCCTATTACAACATGCTTGTTAATTGTTTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATTTCTGCTGTACAAAGTTCATTTGGGTTTGATCAGCAACAATTGCTTGCTTATTATAAT---TTTTTAACAGTATGTA      
  consensus/100%                         sssssssGCssTs...uusTssTsssussssssTsAsssssssTTssTsssssusTsssss...ssssssusssssssss      
  consensus/90%                          sssssssGCssTs...uusTssTsssussssssTsAsssssssTTssTsssssusTsssss...ssssssusssssssss      
  consensus/80%                          TussuAuGCTsTs...uusTssTsssussssusTsAssssuusTTsCTsGsssusTACAsssssssTsTuAssssssssA      
  consensus/70%                          TussuAuGCTsTs...uusTssTsssussssusTsAssssuusTTsCTsGsssusTACAsssssssTsTuAssssssssA      

                        cov    pid  7201          .         .         .         .         :         .         .         . 7280 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAACTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATCTTGCCACTGCATTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGAAATGGAAATTTCCTCAAGTTGGTGGTTTAACTTCAATTAAATGGGCTGATAACAATTGTTATTTGTCTAGTGTTTTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGGGTGGAAGATGGTTGTGTGTGATAAGGTACGTTCTCTCAAATTGAGTGATAATAATTGTTATCTTAATGCAGTTATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       A---GTGGCAGGTTGTTGTTAATGGTAAGTATTTCACTTTTAAGCAAGCTAATAACAATTGTTTTGTTAATGTTTCTTGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       A---ATGGTCTGTAGTTGTTAACGGTCCATTTTTTTCTTTTGAACAGTCTCATAATAATTGTTATGTGAATGTAGCTTGT      
  consensus/100%                         A...uTGGsssssssssssssssuuTssssssssssCssTsuAussussssATAAsAAsTGTTsTsTssssussssssss      
  consensus/90%                          A...uTGGsssssssssssssssuuTssssssssssCssTsuAussussssATAAsAAsTGTTsTsTssssussssssss      
  consensus/80%                          A...uTGGsAusTsssTsssusTGuTuusTTsssTTCTsTTAAAsuGuCTuATAAsAATTGTTATsTsusTussGsTTss      
  consensus/70%                          A...uTGGsAusTsssTsssusTGuTuusTTsssTTCTsTTAAAsuGuCTuATAAsAATTGTTATsTsusTussGsTTss      

                        cov    pid  7281          .         3         .         .         .         .         :         . 7360 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTAACACTCCA---ACAAATAGAGTTGAAGTTTAATCCACCTGCTCTACAAGATGCTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTAGCACTTCA---ACAGCTTGAAGTCAAATTCAATGCACCAGCACTTCAAGAGGCTTATTATAGAGCCCGTGCTGGTGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGACACTTGATTTATTGAAGGACATTAAATTTGTTATACCTGCTCTACAGCATGCATTTATGAAACATAAGGGCGGTGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTAATGCTCCA---GAGTTTGCATCTGACATTTAAAATTGTTCAATGGCAAGAGGCATGGCTTGAATTTCGTTCTGGCCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTTATGTTGCA---GCATATTAATCTTAAATTTAATAAATGGCAGTGGCAGGAAGCATGGTATGAATTTCGTGCTGGCAG      
  consensus/100%                         sTsususTssA...usssssssAssTsAsuTTsussssssssssssssCAusAsGCsTsssssuuAssssussssGGssu      
  consensus/90%                          sTsususTssA...usssssssAssTsAsuTTsussssssssssssssCAusAsGCsTsssssuuAssssussssGGssu      
  consensus/80%                          sTuAsuCTsCA...usussTsuAssTsAAATTTAATusAssssssssuCAuGAsGCsTussssuuAssssGsGCTGGsuu      
  consensus/70%                          sTuAsuCTsCA...usussTsuAssTsAAATTTAATusAssssssssuCAuGAsGCsTussssuuAssssGsGCTGGsuu      

                        cov    pid  7361          .         .         .         4         .         .         .         . 7440 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGCTGCTAACTTTTGTGCACTTATCTTAGCCTACTGTAATAAGACAGTAGGTGAGTTAGGTGATGTTAGAGAAACAATGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCTGCTAACTTTTGTGCACTCATACTCGCTTACAGTAATAAAACTGTTGGCGAGCTTGGTGATGTCAGAGAAACTATGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCAACTGACTTCATAGCCCTCATTATGGCTTATGGCAATTGCACATTTGGTGCTCCAGATGATGCCTCTCGGTTACTTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CCCTGCTAGATTTGTAGCTTTGGTTTTGGCCAAAGGTGGGTTTAAATTTGGAGATCCTGCTGATTCTAGAGATTTCTTGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACCACATAGGTTAGTTGCTCTTGTTTTAGCTAAAGGTCATTTTAAATTTGATGAACCATCAGATGCTACTGATTTTATTC      
  consensus/100%                         ssCsssTuusTTssssGCssTsuTssTsGCssAssGssussssAsssTsGusGssssssssGATsssssssusssssTss      
  consensus/90%                          ssCsssTuusTTssssGCssTsuTssTsGCssAssGssussssAsssTsGusGssssssssGATsssssssusssssTss      
  consensus/80%                          ssCsuCTAusTTssssGCsCTsuTssTuGCssAsuGTuATsssAsAsTTGGsGAsCssGsTGATGssAssGAsssssTss      
  consensus/70%                          ssCsuCTAusTTssssGCsCTsuTssTuGCssAsuGTuATsssAsAsTTGGsGAsCssGsTGATGssAssGAsssssTss      

                        cov    pid  7441          :         .         .         .         .         5         .         . 7520 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTACTTGTTTCAACATGCCAATTTA---GATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTGTAAAACTTGTGGACAACAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCCATCTTCTACAGCATGCTAATTTG---GAATCTGCAAAGCGAGTTCTTAATGTGGTGTGTAAACATTGTGGTCAGAAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATACCGTGCTTGCAAAGGCTGAGTTATGCTGTTCTGCACGCATGGTTTGGAGAGAGTGGTGCAATGTCTGTGGCATAAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTGTTGTGTTTAGTCAAGTTGATTTG---ACTGGGGCAATATGTGATTTTGAAATTGCATGTAAA---TGTGGTGTAAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTGTTGTTTTGAAACAAGCTGATTTA---TCAGGTGCAATTTGTGAATTAGAACTTATTTGTGAT---TGTGGTATTAAA      
  consensus/100%                         ssssssTssTsssssAsGssuAsTTu...sssssssssssssssGsssssuusssssssTGsuAs...TGTGGsssssAu      
  consensus/90%                          ssssssTssTsssssAsGssuAsTTu...sssssssssssssssGsssssuusssssssTGsuAs...TGTGGsssssAu      
  consensus/80%                          uTssssTssTssuuCAsGCTuATTTu...sssssTGCAAsssGsGssTTsuAsuTsusuTGTAAs...TGTGGsssuAAu      
  consensus/70%                          uTssssTssTssuuCAsGCTuATTTu...sssssTGCAAsssGsGssTTsuAsuTsusuTGTAAs...TGTGGsssuAAu      

                        cov    pid  7521          .         .         :         .         .         .         .         6 7600 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAGACAACCCTTAAGGGTGTAGAAGCTGTTATGTACATGGGCACACTTTCTTATGAACAATTTAAGAAAGGTGTTCAGAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTACTACCTTAACGGGTGTAGAAGCTGTGATGTATATGGGTACTCTATCTTATGATAATCTTAAGACAGGTGTTTCCAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GATGTTGTTCTACAAGGCTTAAAAGCTTGTTGTTACGTGGGTGTGCAAACTGTTGAAGATCTGCGTGCTCGCATGACATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGGAACAGCGTACTGGTCTGGACGCTGTTATGCATTTTGGTACATTGAGTCGTGAAGATCTTGAGATTGGTTATACCGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAAGAAAGTCGTGTTGGTGTTGATGCTGTTATGCATTTTGGTACATTAGCAAAGACTGATCTTTTTAATGGTTATAAGAT      
  consensus/100%                         sssusssssssssssGGssTsuAsGCTsssssssAssTsGGsusssssssssssusssAssTssssusssGsssssssss      
  consensus/90%                          sssusssssssssssGGssTsuAsGCTsssssssAssTsGGsusssssssssssusssAssTssssusssGsssssssss      
  consensus/80%                          sAsussussCssussGGTsTuGAsGCTGTTATGsAssTsGGTACusTusCTsuTGAsuATCTTsusAssGGTssTsssuT      
  consensus/70%                          sAsussussCssussGGTsTuGAsGCTGTTATGsAssTsGGTACusTusCTsuTGAsuATCTTsusAssGGTssTsssuT      

                        cov    pid  7601          .         .         .         .         :         .         .         . 7680 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACCTTGTACGTGTGGTAAACAAGCTACAAAATATCTAGTACAACAGGAGTCACCTTTTGTTATGATGTCAGCACCACCTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCCATGTGTGTGTGGTCGTGATGCTACACAATATCTAGTACAACAAGAGTCTTCTTTTGTTATGATGTCTGCACCACCTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTATGCCAGTGTGGTGGTGAACGTCATCGGCAATTAGTCGAACACACCACCCCCTGGTTGCTGCTCTCAGGCACACCAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGACTGTTCTTGCGGTAAAAAGCTAATTCATTGTGTACGATTTGATGTACCATTTTTAATTTGCAGTAATACACCTGCTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGGCTGTAATTGTGCAGGTAGAATTGTCCATTGTACTAAATTGAATGTACCATTTTTGATTTGTTCTAATACTCCTCTGA      
  consensus/100%                         ssssTGssssTGsGsssussussssssssussusssssssssssAsusssCssssTsssTssssssssssusssCssssu      
  consensus/90%                          ssssTGssssTGsGsssussussssssssussusssssssssssAsusssCssssTsssTssssssssssusssCssssu      
  consensus/80%                          ssssTGTsssTGTGGTuusuAussTussCAsTuTsTAusAssusAsGsusCsssTTTsuTTsssssssssuCsCCsCCsu      
  consensus/70%                          ssssTGTsssTGTGGTuusuAussTussCAsTuTsTAusAssusAsGsusCsssTTTsuTTsssssssssuCsCCsCCsu      

                        cov    pid  7681          .         7         .         .         .         .         :         . 7760 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTCAGTA-----TGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGTGAGTACA---CTGGTAATTACCAGTG----TGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTGAGTA-----TAAATTACAGCAAGGTACATTCTTATGTGCGAATGAGTACA---CTGGTAACTATCAGTG----TGGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGAAAAATTGGTGACAACCTCCACGGCGCCTGATTTTGTAGCATTTAATGTCTTTCAGGGCATTGAAACGGCTGTTGGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTGTAAA------------------ATTACCTAAGGGTGTAGGAAGTGCAAAT---ATTTTTATAGGTGATAAGGTTGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTAAGGA------------------TTTACCTGATGATGTTGTTGCAGCTAAC---ATGTTTATGGGTGTAGGTGTAGGC      
  consensus/100%                         sTssusA..................sssuCsTsssssTGTsssssssussuss...ssssssAssussussu....sGGs      
  consensus/90%                          sTssusA..................sssuCsTsssssTGTsssssssussuss...ssssssAssussussu....sGGs      
  consensus/80%                          sTuAusA..................usTACsTsssssTGTussAussusTAss...sTGsTsATsussussG....TGGs      
  consensus/70%                          sTuAusA..................usTACsTsssssTGTussAussusTAss...sTGsTsATsussussG....TGGs      

                        cov    pid  7761          .         .         .         8         .         .         .         . 7840 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CACTATAAACATATAACTTCTAAAGAAACTTTGTATTGCA---TAGACGGTGCTTTACTTACAAAGTCCTCAGAATACAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATTACACTCATATAACTGCTAAGGAGACCCTCTATCGTA---TTGACGGAGCTCACCTTACAAAGATGTCAGAGTACAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CATTATGTTCATGCTCGCCTGAAGGGTGGTCTTATTTTAAAGTTTGACTCTGGCACCGTTAGCAAGACTTCAGACTGGAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CATTATGTTCATGTTAAGTGTGAACAATCTTATCAGCTTT---ATGATGCTTCTAATGTTAAGAAGGTTACAGATGTTAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CATTATACACATTTGAAATGTGGTTCACCTTACCAACATT---ATGATGCTTGTAGTGTTAAAAAATATACAGGTGTTAG      
  consensus/100%                         CAsTAsussCATsssssssssuusssssssssssssssss...ssGAsssssssssssTTAssAAussssCAGussssAs      
  consensus/90%                          CAsTAsussCATsssssssssuusssssssssssssssss...ssGAsssssssssssTTAssAAussssCAGussssAs      
  consensus/80%                          CATTATussCATuTsAssssTuAusuusCTssssAsssss...sTGAsGsTssTssssTTAsuAAGssssCAGAssssAu      
  consensus/70%                          CATTATussCATuTsAssssTuAusuusCTssssAsssss...sTGAsGsTssTssssTTAsuAAGssssCAGAssssAu      

                        cov    pid  7841          :         .         .         .         .         9         .         . 7920 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGGTCCTATTACGGATGTTTTCTACAAAGAAAA---CAGTTACACAACAACCATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGGACCAGTGACTGATGTTTTCTACAAGGAAAC---ATCTTACACTACAACCATCAAGCCTGTGTCGTATAAACTCGATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGCAAGGTGACAGATGTACTTTTCCCCGGCCA---AAAATACAGTAGCGATTGTAATGTCGTACGGTATTCTTTGGACG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGGCAAGTTGTCAGATTGTCTGTATCTTAAAAATTTGAAACAAACTTTTAAATCGGTGTTAACCACCTATTATTTGGATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGGTTGTTTAACTGACTGCTTGTATCTTAAAAATTTAACCCAGACTTTTACATCTATGTTGACTAATTATTTTTTGGATG      
  consensus/100%                         ssGsssssTssCsGAsssssTsTsssssuusss...sssssAsAsssssusssssusssssusssssTATssssTsGAsG      
  consensus/90%                          ssGsssssTssCsGAsssssTsTsssssuusss...sssssAsAsssssusssssusssssusssssTATssssTsGAsG      
  consensus/80%                          sGGsssssTuACsGATssssTsTAssssuAAAA...uAsssAsACTsssAsssssAsusssusssssTATsssTTGGATG      
  consensus/70%                          sGGsssssTuACsGATssssTsTAssssuAAAA...uAsssAsACTsssAsssssAsusssusssssTATsssTTGGATG      

                        cov    pid  7921          .         .         :         .         .         .         .         0 8000 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTGTTGTTTGTACAGAAATTGACCCTAAGTTGGACAATTATTATAAGAAAGACAATTCTTATTTCACA---GAGCAACCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GAGTTACTTACACAGAGATTGAACCAAAATTGGATGGGTATTATAAAAAGGATAATGCTTACTATACA---GAGCAGCCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTAATTTCAGAACAGAGGTTGATCCCGACCTATCTGCTTTCTATGTTAAGGATGGTAAATACTTTACAAGTGAACCACCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGTTAAGAAAATTGAGTATAAACCTGACTTGTCACAATATTATTGTGACGGAGGTAAGTATTATACT------CAGCGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGTTGAAATGGTTGCTTATAACCCTGATCTTTCACAATATTATTGTGATAATGGTAAGTATTATACA------AAACCT      
  consensus/100%                         ususTssssssussGssssTuAsCCsuAssTsssssssTssTATsssuAsuusuuTsssTAsTssACs......ssuCss      
  consensus/90%                          ususTssssssussGssssTuAsCCsuAssTsssssssTssTATsssuAsuusuuTsssTAsTssACs......ssuCss      
  consensus/80%                          uTGTTusssusAssGAussTuAsCCsuAssTussssusTATTATsusuAsGAsuuTussTAsTsTACA......CAuCCs      
  consensus/70%                          uTGTTusssusAssGAussTuAsCCsuAssTussssusTATTATsusuAsGAsuuTussTAsTsTACA......CAuCCs      

                        cov    pid  8001          .         .         .         .         :         .         .         . 8080 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATTGATCTTGTACCAAACCAACCATATCC------AAACGCAAGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGTGATAATATCAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATAGACCTTGTACCAACTCAACCATTACC------AAATGCGAGTTTTGATAATTTCAAACTCACATGTTCTAACACAAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTAACATATTCACCAGCTACAATTTTAGC------TGGTAGTGTCTACACTAATAGCTGCCTTGTATCGTCTGATGGACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTATTAAAGCCCAATTTAAAACATTCGAGAAAGTAGATGGTGTGTATACTAATTTTAAATTGATAGGACACACCGTC--      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTATAAAGGCTCAGTTTAAACCATTTGCTAAAGTTGACGGTGTTTATACTAACTTTAAGTTAGTTGGACATGATATT--      
  consensus/100%                         uTsussssssssCsusssssAsssTssss......suusussussTssusTAAsssssussTsussssssssussuss..      
  consensus/90%                          uTsussssssssCsusssssAsssTssss......suusussussTssusTAAsssssussTsussssssssussuss..      
  consensus/80%                          ATsusssssGssCsAssTsAAsCATTssC......suAsGssussTssusTAATTTsAAusTsuTAsGsssTuAsuss..      
  consensus/70%                          ATsusssssGssCsAssTsAAsCATTssC......suAsGssussTssusTAATTTsAAusTsuTAsGsssTuAsuss..      

                        cov    pid  8081          .         1         .         .         .         .         :         . 8160 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATTTGCTGATGATTTAAACCAGTTAAC---------------------TGGTTATAAGAAACCTGCTTCAAGAGAGCTTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATTTGCTGATGATTTAAATCAAATGAC---------------------AGGCTTCACAAAGCCAGCTTCACGAGAGCTAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACCTGGCGGTGATGCTATTAGTTTGAGTTTTAATAACCTTTTAGGGTTTGATTCTAGTAAACCAGTCACTAAGAAATACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -TGTGACAGTCTTAATGCTAAGTTGGGTTTTGATAGCTCTAAAGAGTTTGTT---------------------GAATATA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -TGTGCTCAATTGAATGATAAGTTAGGTTTTAATGTAGATTTGCCGTTTGTT---------------------GAGTACA      
  consensus/100%                         .ssTGsssusssssssusssussTuus.....................sGss.....................uAussss      
  consensus/90%                          .ssTGsssusssssssusssussTuus.....................sGss.....................uAussss      
  consensus/80%                          .TsTGssuuTssTsssusTsAuTTuus.....................TGsT.....................GAusssA      
  consensus/70%                          .TsTGssuuTssTsssusTsAuTTuus.....................TGsT.....................GAusssA      

                        cov    pid  8161          .         .         .         2         .         .         .         . 8240 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAGTTACATTTTTCCCTGACTTAAATGGTGATGTGGTGGCTATTGATTATAAACACTACACACCCTCTTTTAAGAAAGGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTGTCACATTCTTCCCAGACTTGAATGGCGATGTAGTGGCTATTGACTATAGACACTATTCAGCGAGTTTCAAGAAAGGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTTACTCCTTCTTGCCTAAAGAAGACGGCGATGTGTTGTTGGCTGAGTTTGACACTTATGACCCTATTTATAAGAATGGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGATTACTGAGTGGCCAACAGCTACAGGTGATGTGGTGTTGGCTACTGATGATTTGTATGTTAAGAGATATGAGAGGGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAGTAACAGTCTGGCCTGTAGCTACTGGTGATGTTGTTTTGGCATCTGATGATTTATATGTGAAACGTTATTTTAAAGGA      
  consensus/100%                         ssssssCssssTssCCsusssssussGGsGATGTssTssssusssssssTuussssTAssssssssssTsssssAusGGs      
  consensus/90%                          ssssssCssssTssCCsusssssussGGsGATGTssTssssusssssssTuussssTAssssssssssTsssssAusGGs      
  consensus/80%                          ssuTsACssTsTssCCsusssssAssGGsGATGTuGTGsssusTusssATuAssssTATusssssssTTsTuAGAAuGGs      
  consensus/70%                          ssuTsACssTsTssCCsusssssAssGGsGATGTuGTGsssusTusssATuAssssTATusssssssTTsTuAGAAuGGs      

                        cov    pid  8241          :         .         .         .         .         3         .         . 8320 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTAAATTGTTACATAAACCTATTGTTTGGCATGTTAACAATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACCAAATACCTGGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTAAATTACTGCATAAGCCAATTGTTTGGCACATTAACCAGGCTACAACCAAGACAACGTTCAAACCAAACACTTGGTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCCATGTATAAAGGCAAACCAATTCTTTGGGTCAATAAAGCATCTTATGATACTAATCTTAATAAGTTCAATAGAGCTAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTATTACTTTTGGTAAACCTGTTATATGGTTAAGCCATGAGAAAGCTTCCCTCAATTCTTTAACATA------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTGAAACTTTTGGTAAGCCTGTTATTTGGTTTTGTCATGATGAAGCATCATTGAATTCTCTTACTTA------------      
  consensus/100%                         sssusssssssssusAAuCCsuTTsTsTGGsssssssAssssssssssssssssussssssssAssss............      
  consensus/90%                          sssusssssssssusAAuCCsuTTsTsTGGsssssssAssssssssssssssssussssssssAssss............      
  consensus/80%                          ssTAsussssTssuTAAuCCsuTTuTTTGGsssusTsAsuAsussuCsssssssAsssCssssAsuss............      
  consensus/70%                          ssTAsussssTssuTAAuCCsuTTuTTTGGsssusTsAsuAsussuCsssssssAsssCssssAsuss............      

                        cov    pid  8321          .         .         :         .         .         .         .         4 8400 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TATACGTTGTCTTTGGAGCACAAAACCAGTTGAAACATCAAATTCGTTTGATGTACTGAAGTCAGAGGACGCGCAGGGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTACGTTGTCTTTGGAGTACAAAGCCAGTAGATACTTCAAATTCATTTGAAGTTCTGGCAGTAGAAGACACACAAGGAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTGCGTCAAATTTTTGACGTAGCCCCCATTGAACTCGAAAATAAATTCACACCTTTGAGTGTGGAGTCTACACCAG---      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ------------TTTTAATAGACCTTCATTGGTTGATGATAATAAATTTGATGTTTTAAAAGTGGATGATGTTGACG---      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ------------TTTTAATAAACCTAGTTTTAAATCTGAAAATAGATATAGTGTTTTGTCTGTTGATTCTGTATCTG---      
  consensus/100%                         ............TTssuususAsssssssTsussssssssAATssuTssussssssTussssssGAssssusssssG...      
  consensus/90%                          ............TTssuususAsssssssTsussssssssAATssuTssussssssTussssssGAssssusssssG...      
  consensus/80%                          ............TTssAusAsAssssCssTsGAssssssAAATssATTTuusGTTsTGussGTuGAssssususssG...      
  consensus/70%                          ............TTssAusAsAssssCssTsGAssssssAAATssATTTuusGTTsTGussGTuGAssssususssG...      

                        cov    pid  8401          .         .         .         .         :         .         .         . 8480 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGGATAATCTTGCCTGCGAAGATCTAAAACCAGTCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGAAAGACGTTCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGGACAATCTTGCTTGTGAAAGTCAACAACCCACCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGAAGGAAGTCATA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ------------------------TTGAACCTCCAACTGTAGATGTGGTAGCACTTCAACAGGAAATGACAATTGTCAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ---------------ATGGTGGTGACAGCTCAGAGAGTGGTGCCAAAGAAACCAAAGAAATCAACATTA------TTAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ---------------AGGAGTCACAAGGTAATGTGGTTACTTCTGTTATGGAATCGCAGATTAGTACTAAAGAGGTTAAG      
  consensus/100%                         ........................sssusssssssssTusssssussusuusssssssssssusssssA......Tssss      
  consensus/90%                          ........................sssusssssssssTusssssussusuusssssssssssusssssA......Tssss      
  consensus/80%                          ...............usGusssssssuussCsussssTGssGssGTuGTuGsAsssCssAssAsssssAsuussGTsAsu      
  consensus/70%                          ...............usGusssssssuussCsussssTGssGssGTuGTuGsAsssCssAssAsssssAsuussGTsAsu      

                        cov    pid  8481          .         5         .         .         .         .         :         . 8560 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAGTGTAATGTGAAAACTACCG---AAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTAAAAATTACAGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GAGTGTGACGTGAAAACTACCG---AAGTTGTAGGCAATGTCATACTTAAACCATCAGATGAAGGTGTTAAAGTAACACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTAAGGGTTTAAATAAACCTT---TCGTGAAGGACAATGTCAGTTTCGTTGCTGATGATTCAGGTACTCCCGTTGTTGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTAAGTGGTGTTAAAAAACCATTTAAGGTTGAAGATAGTGTCATTGTTAATGATGATACTAGTGAAACCAAATATGTTAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTAAAGGGTGTTAGAAAGACTGTTAAAATAGAAGATGCTATTATTGTTAATGATGAAAATAGTTCTATTAAGGTTGTTAA      
  consensus/100%                         ssssusuussTsAusAsssCss...ssuTsusuGusussuTsAsssTsussssssssusTsssssssssssssssusssA      
  consensus/90%                          ssssusuussTsAusAsssCss...ssuTsusuGusussuTsAsssTsussssssssusTsssssssssssssssusssA      
  consensus/80%                          ssususGuTGTsAAAAsssCss...AuGTsGsAGusuuTuTsATssTTAAssssGssuATuusuuTussAAuuTTussuA      
  consensus/70%                          ssususGuTGTsAAAAsssCss...AuGTsGsAGusuuTuTsATssTTAAssssGssuATuusuuTussAAuuTTussuA      

                        cov    pid  8561          .         .         .         6         .         .         .         . 8640 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATT-----CTAGTCTTACTATTAAGAAACCTAATGAATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGAGTTAGGTCATGAGGATCTTATGGCTGCTTATGTGGAAAACA-----CAAGCATTACCATTAAGAAACCTAATGAGCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTATCTGTCTAAAGAAGACCTACATACATTGTATGTAGACCCTAAGTATCAAGTCATTGTCTTAAAAGAC--AATGTACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAGTTTGTCTATTGTTGATGTGTATGATATGTGGCTTACAGGTT-----GTAAGTATGTTGTTAGAACTGCTAATGCTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAGTTTATCTTTAGTTGATGTTTGGGATATGTATTTGACAGGTT-----GTGATTATGTTGTTTGGGTTGCTAATGAATT      
  consensus/100%                         usussTsssssssussGAssTssssusssssTussTsussssss.....ssuusssTssssTTsuuusss..AATGsssT      
  consensus/90%                          usussTsssssssussGAssTssssusssssTussTsussssss.....ssuusssTssssTTsuuusss..AATGsssT      
  consensus/80%                          uuussTussTsssGssGATsTssssGsTussTATsTuussuuTs.....ssAusssTusTuTTAuuAsssCTAATGsusT      
  consensus/70%                          uuussTussTsssGssGATsTssssGsTussTATsTuussuuTs.....ssAusssTusTuTTAuuAsssCTAATGsusT      

                        cov    pid  8641          :         .         .         .         .         7         .         . 8720 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTCATGGTTTAGCTGCTGTT-----------AATAGTGTCCCTTGGGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTCACTAGCCTTAGGTTTAAAAACAATTGCCACTCATGGTATTGCTGCAATT-----------AATAGTGTTCCTTGGAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCTTCTATGCTTAGATTGCACACCGTTGAGTCAGGTGATATTAACGTTGTTGCAGCTTCCGGATCTTTGACACGTAAAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAGCAGAGCAGTTAACGTACCTACAAT-----------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTCACGCCTAGTTAAATCACCAACAGT-----------------------------------------------------      
  consensus/100%                         sssssssssssTsuusssusssACssT.....................................................      
  consensus/90%                          sssssssssssTsuusssusssACssT.....................................................      
  consensus/80%                          sTCssssususTsuusTTusssACsuT.....................................................      
  consensus/70%                          sTCssssususTsuusTTusssACsuT.....................................................      

                        cov    pid  8721          .         .         :         .         .         .         .         8 8800 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTTTTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAAC-      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAAAATTTTGGCTTATGTCAAACCATTCTTAGGACAAGCAGCAATTACAACATCAAATTGCGCTAAGAGATTAGCACAA-      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGAAGTTACTATTTAGGGC--TTCATTTTATTTCAAAGAATTTGCTACCCGCACTTTCACTGCTACCACTGCTGTAGGT-      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ---------------------ACGTAAGTTTATAAAATTTGGTATGACTCTTGTTAGTATACCAATTGATTTGTTAAATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ---------------------TAGGGAATATATACGATATGGTATTAAACCTATTACTATACCTATAGATTTGTTATGTT      
  consensus/100%                         .....................ssssssssssssssuAssssssussAsssssssssssssssssAssssssssssAsus.      
  consensus/90%                          .....................ssssssssssssssuAssssssussAsssssssssssssssssAssssssssssAsus.      
  consensus/80%                          .....................sssssssTsTusssAAsssGsTAsTACssssusTAssAsssCTAssuusTsssTAsus.      
  consensus/70%                          .....................sssssssTsTusssAAsssGsTAsTACssssusTAssAsssCTAssuusTsssTAsus.      

                        cov    pid  8801          .         .         .         .         :         .         .         . 8880 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --CGTGTTTGTACTAATTATATGCCTTATTT-------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --CGTGTGTTTAACAATTATATGCCTTATGT-------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --AGTTGTATAAAGAGTGTAGTGCGGCATCTAGGTGTTACTAAAGGCATATTGACAGGCTGTTTTAGTTTTGCCAAGATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAAGAGAGATTAAGCCTGCTGTTAATGTGGTTAAAGCTGTGCGAAATAAAATTTCTGTATGCTTTAATTTTATTAAATGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAAGAGATGATAATCAAACTCTTTTAGTTCCTAAAATTTTTAAAGCAAGAGCTATAGAATTTTATGGTTTTTTGAAGTGG      
  consensus/100%                         ..sGsssssssAsssssssssTsssssssss.................................................      
  consensus/90%                          ..sGsssssssAsssssssssTsssssssss.................................................      
  consensus/80%                          ..sGsGssssTAAssuTssTuTssssssTsT.................................................      
  consensus/70%                          ..sGsGssssTAAssuTssTuTssssssTsT.................................................      

                        cov    pid  8881          .         9         .         .         .         .         :         . 8960 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ------------------CTTTACTTTATTGCTACAATTGT-----GTACTTTTACTAGAAGTACAAATTCTAGAATTAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ------------------GTTTACATTATTGTTCCAATTGT-----GTACTTTTACTAAAAGTACCAATTCTAGAATTAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTATTTATGCTTCCACTAGCTTACTTTAGTGATTCAAAACTCGGCACCACAGAGGTTAAAGTGAGTGCTTTGAAAACAGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTTTTTGTCTTATTATTTGGCTGGATTAAAATATCCGCTGA---------------------------------TAATAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGTTTATTTATGTTTTTAGTTTATTACATTTTACAAATGA---------------------------------TAAAAC      
  consensus/100%                         ..................sssTsssTssssssssCsussss.................................sAssus      
  consensus/90%                          ..................sssTsssTssssssssCsussss.................................sAssus      
  consensus/80%                          ..................usTTussTTAsTusTsCAAsTGs.................................sAssAs      
  consensus/70%                          ..................usTTussTTAsTusTsCAAsTGs.................................sAssAs      

                        cov    pid  8961          .         .         .         0         .         .         .         . 9040 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGAATACTGTTAAGAGTGTCGGTAAATTTTGTCTAGAGGCTT---CATTTAATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGCTTCACTACCTACAACTATTGCTAAAAATAGTGTTAAGAGTGTTGCTAAATTATGTTTGGATGCCG---GCATTAATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CGGCGTTGTGACAGGTAATGTTGTAAAACAGTGTTGCACTGCTGCTGTTGATTTAAGTATGGATAAGTTGCGCCGTGTGG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGTAATCTACACCACAGAAATTGCATCAAAGCTTACGTGTAAGCTTGTAGCTTTAGCTTTTAAAAATG---CATTTTTGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CATTTTTTATACTACAGAAATAGCTTCTAAGTTTACTTTTAATTTGTTTTGTTTGGCTCTTAAAAATG---CTTTTCAGA      
  consensus/100%                         susssssssssCsussussuTsGssssssAsssTssssssusssssssssssTTsssTsTsuAsusss...ssssTssss      
  consensus/90%                          susssssssssCsussussuTsGssssssAsssTssssssusssssssssssTTsssTsTsuAsusss...ssssTssss      
  consensus/80%                          sGsssssssssCsACsussATsGCsssuAAsssTusssssAuTsTsGsTuusTTussTsTsuAsusss...sssTTssss      
  consensus/70%                          sGsssssssssCsACsussATsGCsssuAAsssTusssssAuTsTsGsTuusTTussTsTsuAsusss...sssTTssss      

                        cov    pid  9041          :         .         .         .         .         1         .         . 9120 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATTTGAAGTCACCTAATTTTTCTAAACTGATAAATATTATAATTTGGTTTTTACTATTAAGTGTTTGCCTAGGTTCTTTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGTGAAGTCACCCAAATTTTCTAAATTGTTCACAATCGCTATGTGGCTATTGTTGTTAAGTATTTGCTTAGGTTCTCTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTGGAAATCAACCCTACGGTTGTTACTTATGTTATGCACAACTATGGTATTGTTGTCTTCTGTGTATCACTTGTATGTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CATTTAAGTGGAGTATGGTTGCTAGAGGTGCTTGCATTATAGCGACTATATTTCTATTGTGGTTTAATTTTATATATGCC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CATTTAGATGGAGTATATTTATAAAAGGTTTTCTTGTTGTAGCCACTGTGTTTTTGTTTTGGTTTAATTTTTTGTATATA      
  consensus/100%                         sssssAuuTsussssssssssssssAssssssssssssussussssssTsTTssTuTssssssTssusssssssTsTsss      
  consensus/90%                          sssssAuuTsussssssssssssssAssssssssssssussussssssTsTTssTuTssssssTssusssssssTsTsss      
  consensus/80%                          ssTTsAAuTsusssAsusTTsssAuAssssTssssuTsusAussssssTuTTssTuTTssGssTTsussTssssTsTsTs      
  consensus/70%                          ssTTsAAuTsusssAsusTTsssAuAssssTssssuTsusAussssssTuTTssTuTTssGssTTsussTssssTsTsTs      

                        cov    pid  9121          .         .         :         .         .         .         .         2 9200 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATCTACTCAACCGCTGCTTTAGGTGTTTTAAT------------------------------------------GTCTAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATCTGTGTAACTGCTGCTTTTGGTGTACTCTT------------------------------------------ATCTAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCAATCAGGTCTTATCAAGTGATGTTATGTTTGAAGATGCCCAAGGTTTGAAAAAGTTCTACAAAGAAGTTAGAGCTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       A------ATGTAATTTTTAGTGATTTTTATTT------------------------------------------GCCTAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       A------ATGTTATTTTTAGTGACTTTTATCT------------------------------------------TCCTAA      
  consensus/100%                         s......ssusssssssssssGussTsssssT..........................................ssCTsA      
  consensus/90%                          s......ssusssssssssssGussTsssssT..........................................ssCTsA      
  consensus/80%                          A......ssussusTssTssTGuTsTTssssT..........................................usCTAA      
  consensus/70%                          A......ssussusTssTssTGuTsTTssssT..........................................usCTAA      

                        cov    pid  9201          .         .         .         .         :         .         .         . 9280 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTAGGCATGCCTTCTTACTGTACTGGTTACAGAGAAGGCTATTTGAACTCTACTAATGTCACTATTGCAACCTA-----      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTTGGTGCTCCTTCTTATTGTAATGGCGTTAGAGAATTGTATCTTAATTCGTCTAACGTTACTACTATGGATTT-----      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCTAGGAATCTCTTCTGCTTGTGACGGTCTTGCTTCAGCTTATAGGGCGAATTCCTTTGATGTACCTACATTCTG-----      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATCGGTTTCTTGCCGACTTTTGTTGGTAAGATTGCACAGTGGATTAAGAACACTTTTAGTCTTGTAACTATTTGTGATC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATTAGTGTTTTTCCTATTTTTGTGGGAAGAATTGTTATGTGGATAAAGGCTACTTTTGGTTTGGTTACAATTTGTGATT      
  consensus/100%                         ssTsuGssssssssCssssTsTussGGssssussssssssTussssussssssCssssussssssssusssssTs.....      
  consensus/90%                          ssTsuGssssssssCssssTsTussGGssssussssssssTussssussssssCssssussssssssusssssTs.....      
  consensus/80%                          ssTsGGsuTsssTsCTssTTsTussGGssssAssGsAsssTussTsAAsssssCTssTGsTsssusTACuussTu.....      
  consensus/70%                          ssTsGGsuTsssTsCTssTTsTussGGssssAssGsAsssTussTsAAsssssCTssTGsTsssusTACuussTu.....      

                        cov    pid  9281          .         3         .         .         .         .         :         . 9360 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------------------------------------CTGTACTGGTTCTATACCTTGTAGTGTTTGTCTTAGTGGTTTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------------------------------------CTGTGAAGGTTCTTTTCCTTGCAGCATTTGTTTAAGTGGATTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -------------------------------------CGCAAACCGTTCTGCAATGTGTAATTGGTGCTTGATTAGCCAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATATTCCATTCAGGATGTGGGTTTTAAGAATCAGTATTGTAATGGAAGTATTGCATGTCAGTTCTGCTTGGCAGGATTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTATTCTAAGTTAGGTGTAGGTTTTACAAGTCATTTTTGTAATGGTAGTTTTATATGTGAATTGTGTCATTCTGGTTTT      
  consensus/100%                         .....................................ssssusssGsssTssssssTGssussssTGsssssssuGssss      
  consensus/90%                          .....................................ssssusssGsssTssssssTGssussssTGsssssssuGssss      
  consensus/80%                          .....................................sTGTAAsGGTssTsTssssTGTuussTsTGssTsusTGGsTTs      
  consensus/70%                          .....................................sTGTAAsGGTssTsTssssTGTuussTsTGssTsusTGGsTTs      

                        cov    pid  9361          .         .         .         4         .         .         .         . 9440 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GATTCTTTAGACACCTATCCTTCTTTAGAAACTATAC------AAATTACCATTTCATCTTTTAAATGGGATTTAACTGC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GACTCCCTTGATTCTTATCCAGCTCTTGAAACCATTC------AGGTGACGATTTCATCGTACAAGCTAGACTTGACAAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GATTCCATAACTCACTACCCAGCTCTTAAGATGGTTC------AAACACATCTTAGCCACTATGTTCTTAACATAGATTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATATGTTAGATAATTATAAAGCCATTGATGTAGTACAGTATGAAGCTGATAGGAGAGCATTTGTTGATTATACAGGTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GATATGTTGGATACATATGCAGCTATAGATTTTGTTCAGTATGAAGTAGATAGACGTGTTTTATTTGATTATGTTAGTTT      
  consensus/100%                         GAsssssTsusssssTAsssssCssTsuAssssuTsC......AuussssssssssssssTsssssssssAssssussss      
  consensus/90%                          GAsssssTsusssssTAsssssCssTsuAssssuTsC......AuussssssssssssssTsssssssssAssssussss      
  consensus/80%                          GATssssTuGATsssTATsCAGCTsTsGAsussuTsC......AAussussAssssssssTssussssssAssTuusTss      
  consensus/70%                          GATssssTuGATsssTATsCAGCTsTsGAsussuTsC......AAussussAssssssssTssussssssAssTuusTss      

                        cov    pid  9441          :         .         .         .         .         5         .         . 9520 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTTGGCTTAGTTGCAGAGTGGTTTTTGGCATATATTCTTTTCACTAGGTTTTTCTATGTACTTGGATTGGCTGCAATCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTAGGTCTGGCCGCTGAGTGGGTTTTGGCATATATGTTGTTCACAAAATTCTTTTATTTATTAGGTCTTTCAGCTATAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTGTGGTTTGCATTTGAGACTGGTTTGGCATACATGCTCTATACCTCGGCCTTCAACTGGTTGTTGTTGGCAGGTACAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTAAAGATTGTCATTGAATTGATAGTTAGTTACGCCCTGTATACGGCATGGTTTTATCCATTGTTTGCCCTTATCAGTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGTCAAATTAATTGTTGAACTCGTTATTGGTTATTCATTATACACAGTATGGTTTTATCCATTATTTTGTCTTATTGGTT      
  consensus/100%                         ssTssussTsusssssGAusssssssTsussTAsssssTsTssACsssusssTTssAsssusTssssssssssussusss      
  consensus/90%                          ssTssussTsusssssGAusssssssTsussTAsssssTsTssACsssusssTTssAsssusTssssssssssussusss      
  consensus/80%                          sTTsuussTsGssusTGAusssuTTsTsGssTAsusssTsTssACsusuTssTTsTATssATTusssssssssussAsss      
  consensus/70%                          sTTsuussTsGssusTGAusssuTTsTsGssTAsusssTsTssACsusuTssTTsTATssATTusssssssssussAsss      

                        cov    pid  9521          .         .         :         .         .         .         .         6 9600 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGCAATTGTT-----TTTCAGCTATTTTGCAGTACATTT-TATTAGTAATTCTTGGCTTATGTGGTTAATAATTAATCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCAGGTGTT-----CTTTGGCTATTTTGCTAGTCATTT-CATCAGCAATTCTTGGCTCATGTGGTTTATCATTAGTATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCATTATTT-----CTTTGCACAGACTTCCATATTTGTAGACTGGCGGTCATACAATTATGCTGTGTCTAGTGCCTTCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTCAGATCTTGACCACTTGGCTGCCTGAGCTTTTTATGCTTAGTACATTACATTGGAGTTTTAGGTTGCTGGTGGCTTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACAATTATTTACTACATGGTTGCCTGATTTGTTTATGTTAGAAACTATGCATTGGTTGATTAGATTTATTGTATTTGTA      
  consensus/100%                         TsCAssssTT.....ssTsussssssssssssssssTss.sussusssssssTssussssTsssuTsssTsuTsssTsss      
  consensus/90%                          TsCAssssTT.....ssTsussssssssssssssssTss.sussusssssssTssussssTsssuTsssTsuTsssTsss      
  consensus/80%                          TuCAusTsTT.....CTTsGsssssTsssCsuTssATsT.sAssAssussssTTGGsTsATssGGTTssTsuTsssTsTs      
  consensus/70%                          TuCAusTsTT.....CTTsGsssssTsssCsuTssATsT.sAssAssussssTTGGsTsATssGGTTssTsuTsssTsTs      

                        cov    pid  9601          .         .         .         .         :         .         .         . 9680 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTACAAATGGCC-----CCGATTTCAGCTATGGTTAGAATGTACATCTTCTTTGCATCATTTTATTATGTATGGAAAAGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTACAAATGGCA-----CCCGTTTCTGCAATGGTTAGGATGTACATCTTCTTTGCTTCTTTCTACTACATATGGAAGAGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGTTATTCACCCACATTCCAATGGCGGGTTTGGTACGAATGTATAATTTGTTAGCATGCCTTTGGCTTTTACGCAAGTTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCTAATATGTTA-----CCAGCACATGTGTTTATGAGGTTTTATATTATTATTGCCTCTTTTATTAAGCTCTTTAGCTTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCTAATATGTTA-----CCTGCTTTTGTCTTGTTGCGGTTTTATATAGTTGTTACTGCTATGTATAAAGTAGTTGGTTTT      
  consensus/100%                         GsssAsssusss.....CCsusssssGsssTssTssGusTsTAsAsssTssTsuCsssssTssssssssTssssuussss      
  consensus/90%                          GsssAsssusss.....CCsusssssGsssTssTssGusTsTAsAsssTssTsuCsssssTssssssssTssssuussss      
  consensus/80%                          GsssAsATGsss.....CCsusssssGsssTGuTssGusTsTAsATssTssTTGCsTCssTsTussAssTAsssAussss      
  consensus/70%                          GsssAsATGsss.....CCsusssssGsssTGuTssGusTsTAsATssTssTTGCsTCssTsTussAssTAsssAussss      

                        cov    pid  9681          .         7         .         .         .         .         :         . 9760 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TATGTGCATGTTGTAGACGGTTGTAATTCATCAACTTGTATGATGTGTTACAAACGTAATAGAGCAACAAGAGTCGAATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TATGTTCATATCATGGATGGTTGCACCTCTTCGACTTGCATGATGTGCTATAAGCGCAATCGTGCCACACGCGTTGAGTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATCAGCATGTAATCAATGGTTGCAAAGATACGGCATGCTTGCTCTGCTATAAGAGGAACCGACTTACTAGAGTTGAAGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTAGGCATGTTGCCTATGGTTGTAGTAAATCTGGTTGTTTGTTTTGTTACAAGAGGAATCGTAGTCTACGTGTTAAATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTAGGCATATTGTCTATGGTTGTAATAAAGCTGGTTGTTTATTTTGTTATAAACGAAATTGTAGTGTTCGTGTTAAGTG      
  consensus/100%                         ssTsssCATuTsusssAsGGTTGsAssssssCsussTGssTusTsTGsTAsAAusGsAAssGssssssssGsGTsuAuss      
  consensus/90%                          ssTsssCATuTsusssAsGGTTGsAssssssCsussTGssTusTsTGsTAsAAusGsAAssGssssssssGsGTsuAuss      
  consensus/80%                          TsTusGCATuTsuTssATGGTTGsAusssssCsusTTGssTGsTsTGsTAsAAusGsAATsGsussusssGsGTTuAuTG      
  consensus/70%                          TsTusGCATuTsuTssATGGTTGsAusssssCsusTTGssTGsTsTGsTAsAAusGsAATsGsussusssGsGTTuAuTG      

                        cov    pid  9761          .         .         .         8         .         .         .         . 9840 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TACAACTATTGTTAATGGTGTTAGAAGGTCCTTTTATGTCTATGCTAATGGAGGTAAAGGCTTTTGCAAACTACACAATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TACAACTATTGTTAATGGCATGAAGAGATCTTTCTATGTCTATGCAAATGGAGGCCGTGGCTTCTGCAAGACTCACAATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCTACCGTTGTCTGTGGTGGAAAACGTACGTTTTATATCACAGCAAATGGCGGTATTTCATTCTGTCGTAGGCATAATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAGTACTATCGTTGGTGGCATGATACGCTATTACGATGTTATGGCTAATGGTGGCACTGGCTTTTGTTCAAAACATCAAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGTACTATTGTTGGTGGTGTAATTCGTTATTATGATATTACTGCTAATGGTGGTACTGGTTTTTGTGTTAAACATCAAT      
  consensus/100%                         TsssACsuTsGTssuTGGsussAsssGssssTsssATuTssssGCsAATGGsGGsssssssTTsTGsssssssCAssAsT      
  consensus/90%                          TsssACsuTsGTssuTGGsussAsssGssssTsssATuTssssGCsAATGGsGGsssssssTTsTGsssssssCAssAsT      
  consensus/80%                          TAssACTATTGTTuuTGGsuTuAsusGsTssTsssATuTssssGCsAATGGsGGsAsTGGsTTsTGssssAsuCAssAsT      
  consensus/70%                          TAssACTATTGTTuuTGGsuTuAsusGsTssTsssATuTssssGCsAATGGsGGsAsTGGsTTsTGssssAsuCAssAsT      

                        cov    pid  9841          :         .         .         .         .         9         .         . 9920 
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGAATTGTGTTAATTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTATTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGAATTGTCTCAATTGTGACACATTTTGCACTGGTAGTACATTCATTAGTGATGAAGTTGCTCGTGATTTGTCACTCCAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGAATTGTGTGGATTGTGACACTGCAGGTGTGGGGAATACCTTCATCTGTGAAGAAGTCGCAAATGACCTCACTACCGCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGAATTGCATTGATTGTGATTCTTATAAACCAGGTAATACTTTTATTACTGTTGAGGCCGCTCTTGATCTATCTAAGGAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGAATTGTTTTAATTGCCATTCTTTTAAACCAGGTAACACTTTTATAACTGTAGAAGCTGCTATAGAACTTTCTAAAGAG      
  consensus/100%                         GGAATTGssTsuATTGssAssCsssssussssGGsAusACsTTsATsssTGssGAuGssGCssssGAssTssCsssssss      
  consensus/90%                          GGAATTGssTsuATTGssAssCsssssussssGGsAusACsTTsATsssTGssGAuGssGCssssGAssTssCsssssss      
  consensus/80%                          GGAATTGTsTsuATTGTGAssCsTsssussCsGGTAuTACsTTsATsAsTGssGAAGssGCssssGAssTsTCsssssAu      
  consensus/70%                          GGAATTGTsTsuATTGTGAssCsTsssussCsGGTAuTACsTTsATsAsTGssGAAGssGCssssGAssTsTCsssssAu      

                        cov    pid  9921          .         .         :         .         .         .         .         0 10000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTAAAAGACCAATAAATCCTACTGACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTAAAAGACCAATCAACCCTACTGACCAGTCATCGTATATTGTTGATAGTGTTGCTGTGAAAAATGGCGCGCTTCACCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTACGCAGGCCTATTAACGCTACGGATAGATCACATTATTATGTGGATTCCGTTACAGTTAAAGAGACTGTTGTTCAGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGAAACGGCCCATTCAGCCTACAGATGTTGCTTATCATACGGTTACTGATGTTAAGCAAGTTGGTTGTTCTATGCGCTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTTAAACGACCTGTAAATCCAACTGATGCTTCACATTATGTAGTTACTGATATTAAGCAAGTTGGTTGTATGATGCGTTT      
  consensus/100%                         sTssussGuCCsuTssAssCsACsGAsssssCsssssAssssGTsusTsssuTTusssssussuussssssssTsCussT      
  consensus/90%                          sTssussGuCCsuTssAssCsACsGAsssssCsssssAssssGTsusTsssuTTusssssussuussssssssTsCussT      
  consensus/80%                          sTsAAAsGuCCsATsAAsCCTACsGAssssTCsssTTATussGTTusTuuTGTTAsussuussuuTsGTsssuTsCussT      
  consensus/70%                          sTsAAAsGuCCsATsAAsCCTACsGAssssTCsssTTATussGTTusTuuTGTTAsussuussuuTsGTsssuTsCussT      

                        cov    pid 10001          .         .         .         .         :         .         .         . 10080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTACTTTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAGACAACCTGAG-----      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTACTTTGACAAGGCTGGTCAAAAGACCTATGAGAGACATCCGCTCTCCCATTTTGTCAATTTAGACAATTTGAG-----      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAATTATCGTAGAGACGGTCAACCATTCTACGAGCGGTTTCCCCTCTGCGCTTTTACAAATCTAGATAAGTTGAAGTTCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTCTATGATCGTGATGGACAGCGCACATATGATGATGTTAATGCTAGTTTGTTTGTGGATTATAGTAATTTGCT-----      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTCTATGATAGAGATGGACAGCGTGTTTACGATGATGTTGATGCTAGTTTATTTGTAGATATTAATAATCTGTT-----      
  consensus/100%                         ssssTsTsussusGssGGsCAussssssTAsGAssusssTssssssssssssTTTussuAssssuusAAssTGss.....      
  consensus/90%                          ssssTsTsussusGssGGsCAussssssTAsGAssusssTssssssssssssTTTussuAssssuusAAssTGss.....      
  consensus/80%                          sTsCTsTGATAuuGsTGGsCAususussTAsGAsuusssTssssssssssssTTTGTsuATsTsuAsAAssTGss.....      
  consensus/70%                          sTsCTsTGATAuuGsTGGsCAususussTAsGAsuusssTssssssssssssTTTGTsuATsTsuAsAAssTGss.....      

                        cov    pid 10081          .         1         .         .         .         .         :         . 10160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------AGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATGGTAAATCAAAATGTGAAGAATCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------AGCTAACAACACTAAAGGTTCACTGCCTATTAATGTCATAGTTTTTGATGGCAAGTCCAAATGCGACGAGTCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAGAGGTCTGTAAAACTACTACTGGTATACCTGAATACAACTTTATCATCTACGACTCATCAGATCGTGGCCAGGAAAGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------------ACATTCTAAGGTTAAGAGTGTGCCTAATATGCATGTTGTGGTAGTGGAAAATGATGCTGATAAAGCC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -------------ACATTCTAAAGTTAAAGTTGTTCCTAATTTGTATGTAGTTGTAGTAGAGAGTGATGCTGATAGAGCT      
  consensus/100%                         .............sssssCTAssGsTssusssssssssAAssTssssuTssssGsssssssussssusssssAsuuusss      
  consensus/90%                          .............sssssCTAssGsTssusssssssssAAssTssssuTssssGsssssssussssusssssAsuuusss      
  consensus/80%                          .............ssAssCTAAuGsTssAssssssssTAATsTssssGTssTsGssGssuAusssuAssssGAsuAAsCs      
  consensus/70%                          .............ssAssCTAAuGsTssAssssssssTAATsTssssGTssTsGssGssuAusssuAssssGAsuAAsCs      

                        cov    pid 10161          .         .         .         2         .         .         .         . 10240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTATGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTTCTAAGTCTGCTTCTGTGTACTACAGTCAGCTGATGTGCCAACCTATTCTGTTGCTTGACCAAGCTCTTGTATCAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTAGCTAGGTCTGCATGTGTTTATTATTCTCAAGTCTTGTGTAAATCAATTCTTTTGGTTGACTCAAGTTTGGTTACTTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATTTTCTGAATGCTGCTGTATTTTATGCACAGTCTTTGTTTAGACCTATTTTAATGGTTGATAAAAATCTGATAACTAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATTTTCTGAATGCTGTTGTGTTTTATGCACAATCATTGTATAGGCCTATATTACTTGTAGACAAAAAGTTAATTACTAC      
  consensus/100%                         ssssssssusssGCsssTGTsTssTAssssCAussssTGTsssuusCsATssTssTssTsGAsssuusssTsuTssCsss      
  consensus/90%                          ssssssssusssGCsssTGTsTssTAssssCAussssTGTsssuusCsATssTssTssTsGAsssuusssTsuTssCsss      
  consensus/80%                          ssTssTssGssTGCsssTGTsTssTAsussCAussssTGTuTsuACCTATssTusTusTsGAssAAusssTuuTssCTus      
  consensus/70%                          ssTssTssGssTGCsssTGTsTssTAsussCAussssTGTuTsuACCTATssTusTusTsGAssAAusssTuuTssCTus      

                        cov    pid 10241          :         .         .         .         .         3         .         . 10320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTTGGTGATAGTGCGGAAGTTGCAGTTAAAATGTTTGATGCTTACGTTAATACGTTTTCATCAACTTTTAACGTACCAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGTTGGAGATAGTACTGAAGTTTCCGTTAAGATGTTTGATGCTTATGTCGACACCTTTTCAGCAACTTTTAGTGTTCCTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTTGGTGATTCTAGTGAAATCGCCACTAAAATGTTTGATTCCTTTGTTAATAGTTTCGTCTCGCTGTATAATGTCACAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGCTAACACTGGTACGTCTGTTACAGAAACTATGTTTGATGTTTATGTGGATACATTTTTGTCTATGTTTGATGTGGATA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGCTTGTAATGGTATCTCTGTAACCCAGACTATGTTTGATGTTTATGTTGATACTTTTATGTCTCATTTTGATGTTGATA      
  consensus/100%                         sGsTsususTssTusssssuTssCssssAssATGTTTGATsssTssGTsuAsAssTTsssssCssssTsTuusGTsssss      
  consensus/90%                          sGsTsususTssTusssssuTssCssssAssATGTTTGATsssTssGTsuAsAssTTsssssCssssTsTuusGTsssss      
  consensus/80%                          sGsTuGsuATuGTAsssssGTsuCsussAssATGTTTGATGsTTATGTsuATACsTTTssuTCssssTTTuATGTssssA      
  consensus/70%                          sGsTuGsuATuGTAsssssGTsuCsussAssATGTTTGATGsTTATGTsuATACsTTTssuTCssssTTTuATGTssssA      

                        cov    pid 10321          .         .         :         .         .         .         .         4 10400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGGAAAAACTCAAAACACTAGTTGCAACTGCAGAAGCTGAACTTGCAAAGAATGTGTCCTTAGACAATGTCTTATCTACT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGGAAAAACTTAAGGCACTTGTTGCTACAGCTCACAGCGAGTTAGCAAAGGGTGTAGCTTTAGATGGTGTCCTTTCTACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCGATAAGTTGGAAAAACTTATCTCTACTGCTCGTGATGGCGTAAGGCGAGGCGATAACTTCCATAGTGTCTTAACAACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAAAGAGTCTTAATGCTTTAATAGCAACTGCGCATTCTTCTATAAAACAGGGTACGCAGATTTATAAAGTTTTGGATACC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GAAAGAGTTTTAATAATTTTGTTAACATTGCTCATGCTTCTCTTAGAGAGGGTGTGCAATTAGAAAAGGTTTTAGATACT      
  consensus/100%                         ssuAsAussTsuAsusssTsuTssssAssGCssussssssssTsususuuuusussssssTssAsuusGTssTssssACs      
  consensus/90%                          ssuAsAussTsuAsusssTsuTssssAssGCssussssssssTsususuuuusussssssTssAsuusGTssTssssACs      
  consensus/80%                          suuAuAussTsAAsusssTsuTsuCsACTGCsCAsusTssssTsusAsAGGGTGsusssTTssAsAusGTsTTussTACs      
  consensus/70%                          suuAuAussTsAAsusssTsuTsuCsACTGCsCAsusTssssTsusAsAGGGTGsusssTTssAsAusGTsTTussTACs      

                        cov    pid 10401          .         .         .         .         :         .         .         . 10480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTATTTCAGCAGCTCGG---CAAGGGTTTGTTGATTCAGATGTAGAAACTAAAGATGTTGTTGAATGTCTTAAATTGTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTCGTGTCAGCTGCCCGA---CAAGGTGTTGTTGATACCGATGTTGACACAAAGGATGTTATTGAATGTCTCAAACTTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCATTGACGCAGCACGAGGCCCCGCAGGTGTGGAGTCTGATGTTGAGACCAATGAAATTGTTGACTCTGTGCAGTATGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTTTAAGCTGTGCTCGTAAAAGTTGTTCTATTGATTCAGATGTTGATACTAAGTGTTTAGCTGATTCTGTCATGTCTGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTGTGGGATGTGTACGTAAATGTTGTTCCATTGATTCAGATGTTGAAACAAGATTTATTACTAAATCTATGATATCTGC      
  consensus/100%                         TTssTsssssssGssCGs...sssssssssuTsGAssCsGATGTsGAsACsAusssssTsusTuAsTsTsTsssussssC      
  consensus/90%                          TTssTsssssssGssCGs...sssssssssuTsGAssCsGATGTsGAsACsAusssssTsusTuAsTsTsTsssussssC      
  consensus/80%                          TTsuTsssssssGCsCGs...sussGsssTuTTGATTCsGATGTTGAsACsAAusuTuTTusTGAsTsTsTsAsuTsTsC      
  consensus/70%                          TTsuTsssssssGCsCGs...sussGsssTuTTGATTCsGATGTTGAsACsAAusuTuTTusTGAsTsTsTsAsuTsTsC      

                        cov    pid 10481          .         5         .         .         .         .         :         . 10560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACATCAATCTGACATAGAAGTTACTGGCGATAGTTGTAATAACTATATGCTCACCTATAACAAAGTTGAAAACATGACAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACATCACTCTGACTTAGAAGTGACAGGTGACAGTTGTAACAATTTCATGCTCACCTATAATAAGGTTGAAAACATGACGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCATAAACATGACATACAAATTACTAATGAGAGCTACAATAATTATGTACCCTCATATGTTAAACCTGATAGTGTGTCTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTATCGGCAGGTCTTGAATTGACGGATGAAAGTTGTAATAACTTGGTGCCAACATATTTGAAGAGTGACAACATTGTGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGTAGCTGCTGGTTTGGAATTTACTGATGAAAATTATAACAATTTGGTACCTACATATTTAAAGAGTGATAATATTGTAG      
  consensus/100%                         ssssssssssGussTssAAsTsACsuusGAsAusTusAAsAAsTssuTuCsssCsTATsssAAussTGAsAusuTsssss      
  consensus/90%                          ssssssssssGussTssAAsTsACsuusGAsAusTusAAsAAsTssuTuCsssCsTATsssAAussTGAsAusuTsssss      
  consensus/80%                          ssssssssCTGussTuGAAsTsACsGuTGAsAGTTuTAAsAAsTssuTuCssACsTATsssAAuusTGAsAAsATsusus      
  consensus/70%                          ssssssssCTGussTuGAAsTsACsGuTGAsAGTTuTAAsAAsTssuTuCssACsTATsssAAuusTGAsAAsATsusus      

                        cov    pid 10561          .         .         .         6         .         .         .         . 10640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCCGTGACCTTGGTGCTTGTATTGACTGTAGTGCGCGTCATATTAATGCGCAGGTAGCAAAAAGTCACAACATTGCTTTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCAGAGATCTTGGCGCATGTATTGACTGTAATGCAAGGCATATCAATGCCCAAGTAGCAAAAAGTCACAATGTTTCACTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCAGCGATTTAGGTAGTCTCATTGATTGTAATGCGGCTTCAGTTAACCAAATTGTCTTGCGTAATTCTAATGGTGCTTGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGCTGATTTAGGTGTTCTGATTCAAAATTCTGCAAAGCATGTGCAGGGTAATGTTGCTAAAATAGCTGGTGTTTCCTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTGCTGATTTAGGTGTTCTTATACAGAATGGTGCTAAGCATGTACAGGGTAATGTTGCTAAGGCAGCTAATATTTCTTGT      
  consensus/100%                         CssssGAssTsGGsusssssATssAssuTssTGCsssssssuTssAsssssssGTsssssususssssuususTsCssss      
  consensus/90%                          CssssGAssTsGGsusssssATssAssuTssTGCsssssssuTssAsssssssGTsssssususssssuususTsCssss      
  consensus/80%                          CsussGATsTsGGTGsTsssATTsAssuTuuTGCuuusCATuTssAsGsssAsGTsGCsAAuAsssssAATuTTsCsTss      
  consensus/70%                          CsussGATsTsGGTGsTsssATTsAssuTuuTGCuuusCATuTssAsGsssAsGTsGCsAAuAsssssAATuTTsCsTss      

                        cov    pid 10641          :         .         .         .         .         7         .         . 10720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATATGGAACGTTAAAGATTTCATGTCATTGTCTGAACAACTACGAAAACAAATACGTAGTGCTGCTAAAAAGAATAACTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATCTGGAATGTAAAAGACTACATGTCTTTATCTGAACAGCTGCGTAAACAAATTCGTAGTGCTGCCAAGAAGAACAACAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTTGGAACGCTGCTGCATATATGAAACTCTCGGATGCACTTAAACGACAGATTCGCATTGCATGCCGTAAGTGTAATTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATATGGTCTGTGGATGCTTTTAATCAGTTTAGTTCTGATTTCCAGCATAAATTGAAGAAAGCATGTTGTAAAACTGGTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATATGGTTTATTGATGCTTTTAATCAACTTACTGCTGATTTACAGCATAAATTAAAAAAAGCATGTGTTAAAACTGGCTT      
  consensus/100%                         ATsTGGsssussussGssTssAssssssTsssssssssssTssussussAusTssusAssGCsssssssAAusssuussT      
  consensus/90%                          ATsTGGsssussussGssTssAssssssTsssssssssssTssussussAusTssusAssGCsssssssAAusssuussT      
  consensus/80%                          ATsTGGsssGTsuAsGssTssAssssusTssCTGsssAssTsCuusAssAAsTssusAusGCsssssusAAuAsTuusTT      
  consensus/70%                          ATsTGGsssGTsuAsGssTssAssssusTssCTGsssAssTsCuusAssAAsTssusAusGCsssssusAAuAsTuusTT      

                        cov    pid 10721          .         .         :         .         .         .         .         8 10800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACCTTTTAAGTTGACATGTGCAACTACTAGACAAGTTGTTAATGTTGTAACAACAAAGATA---GCACTTAAGGGTGGTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACCTTTTAGACTAACTTGTGCTACAACTAGACAGGTTGTCAATGTCATAACTACTAAAATC---TCACTCAAGGGTGGTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGCTTTCCGGTTAACCACCTCAAAGCTACGCGCTAATGATAATATCTTATCAGTTAGATTCACTGCTAACAAAATTGTTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAAACTGAAGCTTACTTATAATAAGCAGATGGCTAATGTCTCTGTTTTAACTACACCCTTT---AGTCTTAAAGGGGGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GAAGTTAAAATTGACTTTTAATAAGCAAGAGGCAAGTGTCCCTATTCTTACAACACCCTTT---TCACTTAAAGGAGGTG      
  consensus/100%                         ussssTssuusTsACsssssssAsssssssssssusTGssssTuTssTssCsussssssTs...ssssssAAuussGsTu      
  consensus/90%                          ussssTssuusTsACsssssssAsssssssssssusTGssssTuTssTssCsussssssTs...ssssssAAuussGsTu      
  consensus/80%                          usssTTsAuusTuACsTsTussAsusssuuusssusTGTsssTuTssTAACsACsssssTs...sCsCTsAAuGGsGGTu      
  consensus/70%                          usssTTsAuusTuACsTsTussAsusssuuusssusTGTsssTuTssTAACsACsssssTs...sCsCTsAAuGGsGGTu      

                        cov    pid 10801          .         .         .         .         :         .         .         . 10880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAATTGTTAATAATTGGTTGAAGCAGTTAATTAAAGTTACACTTGTGTTCCTTTTTGTTGCTGCTATTTTC---------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGATTGTTAGTACTTGTTTTAAACTTATGCTTAAGGCCACATTATTGTGCGTTCTTGCTGCATTGGTTTGT---------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGGTGCTCCTACATGGTTTAATGCGTTGCGTGACTTTACGTTAAAGGGTTATGTTCTTGCTACCATTATTGTGTTTCTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGTTTTTAGTTATTTTGTTTATGTGTGTTTTGTGTTGAGTTTGGTCTGTTTTATTGGACTGTGGTGCTTA---------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGTATTGAGTAATTTGTTATATATATTATTTTTTGTTAGTTTAATCTGTTTTATATTATTGTGGGCTTTA---------      
  consensus/100%                         ssusssssssTsssTsssTssAsssssssssTssssssAsssTsssssssssTsTssssssssssssssss.........      
  consensus/90%                          ssusssssssTsssTsssTssAsssssssssTssssssAsssTsssssssssTsTssssssssssssssss.........      
  consensus/80%                          ssuTTsTTAuTAsTTssTTssAsssuTTusTTusssTsAssTTuuTsTGssTTsTTsssssssssusTTTs.........      
  consensus/70%                          ssuTTsTTAuTAsTTssTTssAsssuTTusTTusssTsAssTTuuTsTGssTTsTTsssssssssusTTTs.........      

                        cov    pid 10881          .         9         .         .         .         .         :         . 10960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ---------------TATTTAATAACACCTGTTCATGTCATGTCTAAACATACTGACTTTTCAAGTGAAATCATAGGATA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ---------------TATATCGTTATGCCAGTACATACATTGTCAATCCATGATGGTTACACAAATGAAATCATTGGTTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTGCTGTACTGATGTATTTGTGTTTACCTACATTTTCTATGGCACCTGTTGAATTTTATGAAGACCGCATCTTGGACTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ------------------------ATGCCCACTTACACAGTACACAAATCAGATTTTCAGCTTCCCGTTTATGCCAGTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ------------------------TTGCCTACATATAGTGTTTATAAGTCTGATATTCATTTGCCTGCTTATGCTAGTTT      
  consensus/100%                         ........................ssuCCsusssssssssTssssssssssusssssssssssssssssssssssuusTs      
  consensus/90%                          ........................ssuCCsusssssssssTssssssssssusssssssssssssssssssssssuusTs      
  consensus/80%                          ........................sTuCCsusssATussuTusssAssssTGATssTsAsssusssGsssssussuGsTs      
  consensus/70%                          ........................sTuCCsusssATussuTusssAssssTGATssTsAsssusssGsssssussuGsTs      

                        cov    pid 10961          .         .         .         0         .         .         .         . 11040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAGGCTATTGATGGTGGTGTCACTCGTGACATAGCATCTACAGATACTTGTTTTGCTAACAAACATGCTGATTTTGACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAAAGCCATTCAGGATGGTGTCACTCGTGACATCATTTCTACTGATGATTGTTTTGCAAATAAACATGCTGGTTTTGACG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAAAGTTCTTGATAATGGTATCATTAGGGATGTAAATCCTGATGATAAGTGCTTTGCTAATAAGCACCGGTCCTTCACAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAAAGTTTTAGATAATGGTGTTATTAGAGATGTTAGCGTTGAAGATGTTTGTTTCGCTAACAAATTTGAACAATTTGATC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAAAGTTATTGATAATGGTGTTGTTAGAGATATTTCAGTTAATGATTTATGTTTTGCTAATAAATTTTTCCAATTTGATC      
  consensus/100%                         sAAuGsssTssAsuuTGGTuTsusTsGsGAsuTssssssTussGATsssTGsTTsGCsAAsAAusssssssssTTsusss      
  consensus/90%                          sAAuGsssTssAsuuTGGTuTsusTsGsGAsuTssssssTussGATsssTGsTTsGCsAAsAAusssssssssTTsusss      
  consensus/80%                          sAAAGsTsTTGATuATGGTGTsAsTsGsGAsuTsussssTussGATussTGTTTTGCTAAsAAAssTssssusTTTGAss      
  consensus/70%                          sAAAGsTsTTGATuATGGTGTsAsTsGsGAsuTsussssTussGATussTGTTTTGCTAAsAAAssTssssusTTTGAss      

                        cov    pid 11041          :         .         .         .         .         1         .         . 11120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATGGTTTAGCCAGCGTGGTGGTAGT------TATACTAATGACAAAGCTTGCCCATTGATTGCTGCAGTCATAACAAGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATGGTTTAGCCAGCGTGGTGGTTCA------TACAAAAATGACAAAAGCTGCCCTGTAGTAGCTGCTATCATTACAAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AATGGTATCATGAGCATGTTGGTGGTGT---CTATGACAACTCTATCACATGCCCATTGACAGTTGCAGTAATTGCTGGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATGGTATGAGTCTACATTTGGTCTAAGTTATTATAGTAACAGTATGGCTTGTCCCATTGTTGTTGCTGTAATAGATCAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATGGTATGAGTCCACTTTTGGGTCTGTTTACTATCATAATTCTATGGATTGCCCTATTGTAGTGGCAGTTATGGATGAA      
  consensus/100%                         sATGGTsTsusssssssssTGGssss......TAssssAAssssAssussTGsCCssTsussGssGCsuTsATsusssuu      
  consensus/90%                          sATGGTsTsusssssssssTGGssss......TAssssAAssssAssussTGsCCssTsussGssGCsuTsATsusssuu      
  consensus/80%                          sATGGTsTuussssssTssTGGTsss......TATuusAAssssAsuussTGCCCssTsuTsGsTGCsGTsATsussuuA      
  consensus/70%                          sATGGTsTuussssssTssTGGTsss......TATuusAAssssAsuussTGCCCssTsuTsGsTGCsGTsATsussuuA      

                        cov    pid 11121          .         .         :         .         .         .         .         2 11200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAAGTGGGTTTTGTCGTGCCTGGTTTGCCTGGCACGATATTACGCACAACTAATGGTGACTTTTTGCATTTCTTACCTAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GAGATTGGTTTCATAGTGCCTGGCTTACCGGGTACTGTGCTGAGAGCAATCAATGGTGACTTCTTGCATTTTCTACCTCG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTGCTGGTGCTCGCATTCCAGACGTACCTACTACATTGGCTTGGGTGAACAATCAGATAATTTTC---TTTGTTTCTCG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATTTTGGCTCTACAGTGTTTAATGTCCCTACCAAAGTGTTACGATATGGTTATCATG---TGTTGCACTTTATTACACA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GATATCGGTTCTACTATGTTTAATGTTCCTACTAAAGTTTTGAGACATGGCTTTCATG---TTTTACATTTTTTAACTTA      
  consensus/100%                         GsssssGGsssssssuTssssuussTsCCsussAsssTsssssGssssussssTsusu...TsTTs...TTssTssCssu      
  consensus/90%                          GsssssGGsssssssuTssssuussTsCCsussAsssTsssssGssssussssTsusu...TsTTs...TTssTssCssu      
  consensus/80%                          GAsuTsGGTTsTussuTGssTuussTsCCTussAsuuTusTusGusssusssATsuTG...TsTTuCAsTTTsTssCTsu      
  consensus/70%                          GAsuTsGGTTsTussuTGssTuussTsCCTussAsuuTusTusGusssusssATsuTG...TsTTuCAsTTTsTssCTsu      

                        cov    pid 11201          .         .         .         .         :         .         .         . 11280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGTTTTTAGTGCAGTTGGTAACATCTGTTACACACCATCAAAACTTATAGAGTACACTGACTTTGCAACATCAGCTTGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTTTTTAGTGCTGTTGGCAACATTTGCTACACACCTTCCAAACTCATTGAGTATAGTGATTTTGCTACCTCTGCTTGCG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTCTTTGCTAATACAGGCAGTGTTTGCTACACTCCTATAGATGAGATACCCTATAAGAGTTTCTCTGATAGTGGTTGCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGCACTTTCTGCTGATGGAGTGCAGTGTTATACGCCACATAGTCAAATATCGTATTCTAATTTTTATGCTAGTGGCTGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGCATTTGCTAGTGATAGTGTTCAGTGCTATACACCACATATTCAGATTTCTTATAATGATTTTTATGCTAGTGGTTGTG      
  consensus/100%                         sGsssTTssTussussuGsusssssTGsTAsACsCCssssusssssATssssTAssssuusTTssssusssssGssTGsu      
  consensus/90%                          sGsssTTssTussussuGsusssssTGsTAsACsCCssssusssssATssssTAssssuusTTssssusssssGssTGsu      
  consensus/80%                          sGssTTTusTusTGsTGGsusssssTGsTAsACuCCssssAusCssATssssTATAsTuATTTTssTuCsssTGsTTGsG      
  consensus/70%                          sGssTTTusTusTGsTGGsusssssTGsTAsACuCCssssAusCssATssssTATAsTuATTTTssTuCsssTGsTTGsG      

                        cov    pid 11281          .         3         .         .         .         .         :         . 11360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTTGGCTGCTGAATGTACAATTTTTAAAGATGCTTCTGGTAAGCCAGTACCATATTGTTATGATACCAATGTACTAGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTCTTGCTGCTGAGTGTACAATTTTTAAGGATGCTATGGGCAAACCTGTGCCATATTGTTATGACACTAATTTGCTAGAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCTTCCATCTGAGTGCACTATGTTTAGGGATGCAGAGGGCCGTATGACACCATACTGCCATGATCCTACTGTTTTGCCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGCTTTCCTCTGCTTGCACTATGTTTACAATGGCCGATGGTAGTCCACAACCTTATTGTTATACAGAGGGGCTTATGCAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTATCATCTTTGTGTACTATGTTTAAAAGAGGTGATGGTACACCACATCCTTATTGTTATTCAGATGGTGTTATGAAG      
  consensus/100%                         TssTssCssCTsssTGsACsATsTTTAsuussGsssssGGssssssssssCCsTAsTGssATssssssusssTssTusss      
  consensus/90%                          TssTssCssCTsssTGsACsATsTTTAsuussGsssssGGssssssssssCCsTAsTGssATssssssusssTssTusss      
  consensus/80%                          TTsTssCssCTGsuTGsACsATsTTTAuuuusGCsussGGsAusCCussuCCsTATTGTTATussussuuTsTssTusAu      
  consensus/70%                          TTsTssCssCTGsuTGsACsATsTTTAuuuusGCsussGGsAusCCussuCCsTATTGTTATussussuuTsTssTusAu      

                        cov    pid 11361          .         .         .         4         .         .         .         . 11440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTTCTGTTGCTTATGAAAGTTTACGCCCTGACACACGTTATGTGCTCATGGATGGCTCTA---TTATTCAATTTCCTAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGTTCTATTTCTTATAGTGAGCTTCGTCCAGACACTCGTTATGTGCTTATGGATGGTTCCA---TCATACAGTTTCCTAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGGGCTTTTGCGTACAGTCAGATGAGGCCTCATGTTCGTTACGACTTGTATGATGGTAACATGTTTATTAAATTTCCTGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATGCTTCTCTGTATAGTTCATTGGTACCTCACGTGCGGTATAATCTTGCTAATGCTAAAGGTTTTATCCGTTTTCCAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATGCTTCTTTGTATACATCTTTGGTTCCACATACACGTTATAGCCTTGCTAATTCTAATGGTTTTATAAGATTTCCTGA      
  consensus/100%                         uussCTssTsssTAsussssssTssssCCssAsussCGsTAsusssTssssuATssssssu...TsATssusTTTCCsuA      
  consensus/90%                          uussCTssTsssTAsussssssTssssCCssAsussCGsTAsusssTssssuATssssssu...TsATssusTTTCCsuA      
  consensus/80%                          uuTsCTssTsssTATAusssssTusssCCssAsussCGTTATussCTsussuATGsTsssu...TTATssuuTTTCCTuA      
  consensus/70%                          uuTsCTssTsssTATAusssssTusssCCssAsussCGTTATussCTsussuATGsTsssu...TTATssuuTTTCCTuA      

                        cov    pid 11441          :         .         .         .         .         5         .         . 11520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CACCTACCTTGAAGGTTCTGTTAGAGTGGTAACAACTTTTGATTCTGAGTACTGTAGGCACGGCACTTGTGAAAGATCAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CACTTACCTGGAGGGTTCTGTTAGAGTAGTAACAACTTTTGATGCTGAGTACTGTAGACATGGTACATGCGAAAGGTCAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTAGTATTTGAAAGTACACTTAGGATTACTAGAACTCTGTCAACTCAGTACTGCCGGTTCGGTAGTTGTGAGTATGCAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGTGTTGCGAGAAGGGCTTGTACGTATCGTGCGTACTCGTTCTATGTCGTATTGCAGAGTTGGATTATGTGAGGAAGCTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTATTAGTGAAGGTATTGTACGTATTGTAAGAACGCGCTCTATGACTTATTGTAGAGTGGGTGCATGTGAATACGCCG      
  consensus/100%                         sussssssssGAuuGsssssTssGsuTsusssssACsssssssssssssTAsTGssGusssGGssssTGsGAusussCss      
  consensus/90%                          sussssssssGAuuGsssssTssGsuTsusssssACsssssssssssssTAsTGssGusssGGssssTGsGAusussCss      
  consensus/80%                          sussssssssGAAGGTssTGTssGsuTsGTuAsAACTsssssTussssGTAsTGsAGusssGGsussTGTGAusussCsG      
  consensus/70%                          sussssssssGAAGGTssTGTssGsuTsGTuAsAACTsssssTussssGTAsTGsAGusssGGsussTGTGAusussCsG      

                        cov    pid 11521          .         .         :         .         .         .         .         6 11600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAGCTGGTGTTTGTGTATCTACTAGTGGTAGATGGGTACTTAACAATGATTATTACAGATCTTTACCAGGAGTTTTCTGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAGTAGGTATTTGCCTATCTACCAGTGGTAGATGGGTTCTTAATAATGAGCATTACAGAGCTCTATCAGGAGTTTTCTGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAGAGGGTGTTTGTATTACCACAAATGGCTCGTGGGCCATTTTTAATGACCACCATCTTAATAGACCTGGTGTCTATTGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGAGGGTATATGCTTTAATTTTAATGGTTCTTGGGTGCTTAATAATGATTATTATAGATCATTGCCTGGGACCTTTTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAGAGGGTATATGTTTTAATTTTAATAGTTCCTGGGTTTTGAATAATGATTATTATAGAAGTATGCCTGGAACTTTTTGT      
  consensus/100%                         AsGssGGTuTsTGssTsssssssAuTuGssssTGGGsssTssssAATGAssAssAsssssssssusCsGGsussTssTGT      
  consensus/90%                          AsGssGGTuTsTGssTsssssssAuTuGssssTGGGsssTssssAATGAssAssAsssssssssusCsGGsussTssTGT      
  consensus/80%                          AAGsuGGTuTsTGssTsssTsssAuTGGTsssTGGGTssTTAATAATGAssATTAsAGAssTsTuCCsGGuussTTsTGT      
  consensus/70%                          AAGsuGGTuTsTGssTsssTsssAuTGGTsssTGGGTssTTAATAATGAssATTAsAGAssTsTuCCsGGuussTTsTGT      

                        cov    pid 11601          .         .         .         .         :         .         .         . 11680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTGTAGATGCTGTAAATTTACTTACTAATATGTTTACACCACTAATTCAACCTATTGGTGCTTTGGACATATCAGCATC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGTGTTGATGCGATGAATCTCATAGCTAACATCTTTACTCCTCTTGTGCAACCTGTGGGTGCTTTAGATGTGTCTGCTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGCTCTGATTTTATTGACATTGTCAGGCGGTTAGCAGTATCACTGTTCCAGCCTATTACTTATTTCCAATTGACTACCTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTAGAGATGTTTTTGATTTAATTTATCAGCTATTTAAAGGTTTAGCACAGCCTGTGGATTTTTTGGCATTGACTGCTAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGTAGAGATCTTTTTGATTTGTTTTATCAATTTTTTAGTAGTTTAATTCGTCCTATAGATTTCTTTTCTCTTACTGCTAG      
  consensus/100%                         GGssssGATssssTsuAssTssTsssssussTssssussssssTssssCusCCTuTsusTsssTTsssssTssCsuCsss      
  consensus/90%                          GGssssGATssssTsuAssTssTsssssussTssssussssssTssssCusCCTuTsusTsssTTsssssTssCsuCsss      
  consensus/80%                          GGTussGATssTsTsuATsTssTsssTsAssTsTTTAssssssTuuTsCAuCCTuTsGuTssTTTsssssTusCTGCsss      
  consensus/70%                          GGTussGATssTsTsuATsTssTsssTsAssTsTTTAssssssTuuTsCAuCCTuTsGuTssTTTsssssTusCTGCsss      

                        cov    pid 11681          .         7         .         .         .         .         :         . 11760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TATAGTAGCTGGTGGTATTGTAGCTATCGTAGTAACATGCCTTGCCTACTATTTTATGAGGTTTAGAAGAGCTTTTGGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGTAGTGGCTGGTGGTATTATTGCCATATTGGTGACTTGTGCTGCCTACTACTTTATGAAATTCAGACGTGTTTTTGGTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTGGTCTTGGGTATAGGTTTGTGTGCGTTCCTGACTTTGCTCTTCTATTATATTAATAAAGTAAAACGTGCTTTTGCAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTCCATTGCTGGTGCTATACTCGCTGTAATTGTTGTTTTGGTGTTTTATTACCTAATAAAGCTTAAACGTGCTTTTGGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTCTATTTTTGGAGCTATATTGGCTATAGTTGTTGTCTTGGTTTTTTATTATTTAATAAAACTTAAGCGTGCTTTTGGAG      
  consensus/100%                         ssssuTssssGGsussusssTssssusssTssTsussTssssssssTAsTAssTsAssAuusTsAuusGsGsTTTTGssG      
  consensus/90%                          ssssuTssssGGsussusssTssssusssTssTsussTssssssssTAsTAssTsAssAuusTsAuusGsGsTTTTGssG      
  consensus/80%                          ssssuTsssTGGTGsTATssTsGCTuTusTsGTsussTsssTssssTAsTAssTsATuAAusTsAuACGTGCTTTTGGsG      
  consensus/70%                          ssssuTsssTGGTGsTATssTsGCTuTusTsGTsussTsssTssssTAsTAssTsATuAAusTsAuACGTGCTTTTGGsG      

                        cov    pid 11761          .         .         .         8         .         .         .         . 11840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AATACAGTCATGTAGTTGCCTTTAATACTTTACTATTCCTTATGTCATTCACTGTACTCTGTTTAACACCAGTTTACTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGTACAACCATGTTGTTGCTGCTAATGCACTTTTGTTTTTGATGTCTTTCACTATACTCTGTCTGGTACCAGCTTACAGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTACACCCAGTGTGCTGTAATTGCTGTTGTTGCTGCTGTTCTTAATAGCTTGTGCATCTGCTTTGTTACCTCTATACCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTACACCAGTGTTGTTTTTGTTAACGTGATTGTGTGGTGTGTAAATTTTATGATGCTTTTTGTGTTTCAAGTTTACCCC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTATACTAGTGTTGTAGTTATAAATGTTGTTGTTTGGTGTATTAATTTTCTTATGCTTTTTGTTTTTCAAGTTTATCCT      
  consensus/100%                         AsTAsAsssussssGssssssssussusssTsssssssssssTssssssssssssssTsTsssTsssssssssTssssss      
  consensus/90%                          AsTAsAsssussssGssssssssussusssTsssssssssssTssssssssssssssTsTsssTsssssssssTssssss      
  consensus/80%                          AsTACAsssuTGTTGTTGssuTTAATGsssTTsTsTssssTuTsssTTTssssuTuCTsTsTsTssTsCsAGsTTAssCs      
  consensus/70%                          AsTACAsssuTGTTGTTGssuTTAATGsssTTsTsTssssTuTsssTTTssssuTuCTsTsTsTssTsCsAGsTTAssCs      

                        cov    pid 11841          :         .         .         .         .         9         .         . 11920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTCTTACCTGGTGTTTATTCTGTTATTTACTTGTACTTGACATTTTATCTTACTAATGATGTTTCTTTTTTAGCACATAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTCTGCCGGGAGTCTACTCAGTCTTTTACTTGTACTTGACATTCTATTTCACCAATGATGTTTCATTCTTGGCTCACCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGTGTATAGTACCTTACACTGCATTGTACTATTATGCTACATTCTATTTTACTAATGAGCCTGCATTTATTATGCATGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATACTTTCTTGTGTATATGCTATTTGTTATTTTTATGCCACGCTTTATTTCCCTTCGGAGATAAGTGTGATAATGCACTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTTGTGCATGTGTTTATGCTTGTTTTTATTTTTATGTAACATTGTATTTTCCTTCTGAAATTAGTGTAATTATGCATTT      
  consensus/100%                         sTsssssssssssssTAssCsssssssTAsTssTAssssACusTsTATsTssCssssGAssssssssTssTsussCAssT      
  consensus/90%                          sTsssssssssssssTAssCsssssssTAsTssTAssssACusTsTATsTssCssssGAssssssssTssTsussCAssT      
  consensus/80%                          sTsssssCssGsGTsTAssCTussTTTTAsTTsTAssssACATTsTATTTssCTssTGAsuTTssssTssTsusuCAssT      
  consensus/70%                          sTsssssCssGsGTsTAssCTussTTTTAsTTsTAssssACATTsTATTTssCTssTGAsuTTssssTssTsusuCAssT      

                        cov    pid 11921          .         .         :         .         .         .         .         0 12000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCAGTGGATGGTTATGTTCACACCTTTAGTACCTTTCTGGATAACAATTGCTTATATCATTTGTATTTCCACAAAGCATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCAATGGTTTGCCATGTTTTCTCCTATTGTGCCTTTTTGGATAACAGCAATCTATGTATTCTGTATTTCTCTGAAGCACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCTTGGTACATTATGTTCGGGCCTATCGTTCCCATATGGATGACCTGCGTCTATACAGTTGCAATGTGCTTTAGACACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACAATGGCTAGTTATGTATGGCACTATTATGCCTTTATGGTTTTGTTTGCTATATATAGCTGTTGTTGTTTCAAATCATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCAATGGATTGTTATGTATGGTGCTATAATGCCTTTTTGGTTTTGTGTCACATATGTAGCTATGGTTATTGCAAACCATG      
  consensus/100%                         ssssTGGsssussATGTssssssCTsTsuTsCCssTsTGGsTssssssssssTATussssssssuTsssssssAusCAss      
  consensus/90%                          ssssTGGsssussATGTssssssCTsTsuTsCCssTsTGGsTssssssssssTATussssssssuTsssssssAusCAss      
  consensus/80%                          sCAuTGGsTsGTTATGTssusssCTATsuTuCCTTTsTGGsTsssssssussTATuTAusTsssuTTsssssuAAsCAss      
  consensus/70%                          sCAuTGGsTsGTTATGTssusssCTATsuTuCCTTTsTGGsTsssssssussTATuTAusTsssuTTsssssuAAsCAss      

                        cov    pid 12001          .         .         .         .         :         .         .         . 12080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCTATTGGTTCTTTAGTAATTACCTAAAGAGACGTGT---AGTCTTTAATGGTGTTTCCTTTA---GTACTTTTGAAGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCCATTGGTTCTTTAACAACTATCTTAGGAAAAGAGT---CATGTTTAATGGAGTTACATTTA---GTACCTTCGAGGAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCTTCTGGGTTTTAGCTTATTTTAGTAAGAAACATGTAGAAGTTTTTACTGATGGTAAGCTTAATTGTAGTTTCCAGGAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTTTTTGGGTATTTTCTTACTGCAGAAAGCTTGGTACTTCTGTTCGTAGTGATGGTACATTTG------------AAGAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTATGGTTATTTTCATATTGTAGGAAAATTGGTGTTAATGTATGTAGTGATAGTACATTTG------------AAGAA      
  consensus/100%                         sssssTGGsTsTTsssssAsTsssssAuussssusus...suTsssTAsTGususTssssTTu............AuGAs      
  consensus/90%                          sssssTGGsTsTTsssssAsTsssssAuussssusus...suTsssTAsTGususTssssTTu............AuGAs      
  consensus/80%                          ssTssTGGsTsTTTssssAsTussssAAGAsssGTGT...sGTsTsTAuTGuTGsTACuTTTu............AuGAu      
  consensus/70%                          ssTssTGGsTsTTTssssAsTussssAAGAsssGTGT...sGTsTsTAuTGuTGsTACuTTTu............AuGAu      

                        cov    pid 12081          .         1         .         .         .         .         :         . 12160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTGCGCTGTGCACCTTTTTGTTAAATAAAGAAATGTATCTAAAGTTGCGTAGTGATGTGCTATTACCTCTTACGCAATA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTGCTTTGTGTACCTTTTTGCTCAACAAGGAAATGTACCTAAAATTGCGTAGCGAGACACTGTTGCCACTTACACAGTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTGCCTCTAATATCTTTGTTATTAACAAGGACA-----CTTATGCAGCTCTTAGAAACTCTTTAACTAATGATGC-CTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGCTCTCACTACTTTTATGATTACAAAAGATT-----CTTATTGTAAGCTTAAGAATTCTTTGTCTGATGTTGC-TTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACATCTCTTACTACTTTTATGATTACTAAAGATT-----CTTATTGTAGATTAAAGAATTCTGTTTCTGATGTTGC-CTA      
  consensus/100%                         usssCsssssssAssTTTsTssTsAssAAuGAss.....CTsAssssussssssuusussCTsTssCsssTsssuC.sTs      
  consensus/90%                          usssCsssssssAssTTTsTssTsAssAAuGAss.....CTsAssssussssssuusussCTsTssCsssTsssuC.sTs      
  consensus/80%                          uCsGCssTsssTACsTTTsTGsTsAssAAuGAss.....CTsAsssTusussssuuuAssCTsTssCsusTsssGC.sTA      
  consensus/70%                          uCsGCssTsssTACsTTTsTGsTsAssAAuGAss.....CTsAsssTusussssuuuAssCTsTssCsusTsssGC.sTA      

                        cov    pid 12161          .         .         .         2         .         .         .         . 12240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAATAGATACTTAGCTCTTTATAATAAGTACAAGTATTTTAGTGGAGCAATGGATACAACTAGCTACAGAGAAGCTGCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAACAGGTATCTTGCTCTATATAACAAGTACAAGTATTTCAGTGGAGCCTTAGATACTACCAGCTATCGTGAAGCAGCTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCACGATTTTTGGGGTTGTTTAACAAGTATAAGTACTTCTCTGGTGCTATGGAAACAGCCGCTTATCGTGAAGCTGCAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAATAGATATTTGAGTTTGTATAATAAATATAGGTATTACAGCGGTAAAATGGATACTGCTGCATATAGGGAGGCTGCTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAATAGATATTTGAGTTTGTATAATAAGTATCGTTACTATAGTGGTAAAATGGATACTGCTGCCTATAGAGAAGCGGCGT      
  consensus/100%                         sssssGuTsssTsusssTsTsTAAsAAuTAssusTAsTsssssGGsusssTuGAsACsuCsussTAssGsGAuGCsGCss      
  consensus/90%                          sssssGuTsssTsusssTsTsTAAsAAuTAssusTAsTsssssGGsusssTuGAsACsuCsussTAssGsGAuGCsGCss      
  consensus/80%                          TAAsAGATATTTuusTsTuTATAAsAAGTAsAuGTAsTssAGTGGsussATGGATACsuCsussTATsGsGAAGCsGCsT      
  consensus/70%                          TAAsAGATATTTuusTsTuTATAAsAAGTAsAuGTAsTssAGTGGsussATGGATACsuCsussTATsGsGAAGCsGCsT      

                        cov    pid 12241          :         .         .         .         .         3         .         . 12320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTGTCATCTCGCAAAGGCTCTCAATGACTTCAGTAAC---TCAGGTTCTGATGTTCTTTACCAACCACCACAAACCTCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTGCCACTTAGCAAAGGCTCTAAATGACTTTAGCAAC---TCAGGTGCTGATGTTCTCTACCAACCACCACAGACATCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CATGTCATCTTGCTAAAGCCTTACAAACATACAGCGAG---ACTGGTAGTGATCTTCTTTACCAACCACCCAACTGTAGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCTCTCAGTTGGCTAAAGCAATGGACACATTTACCAATAATAATGGTAGTGATGTGCTTTACCAACCGCCTACTGCTTCC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTCTCAGTTAGCTAAAGCTATGGAAACATTTAATCACAATAATGGTAATGATGTCTTATACCAACCTCCTACAGCATCT      
  consensus/100%                         ssTssCAssTsGCsAAuGCssTssAsussTssAsssAs...sssGGTssTGATsTssTsTACCAACCsCCssssssssss      
  consensus/90%                          ssTssCAssTsGCsAAuGCssTssAsussTssAsssAs...sssGGTssTGATsTssTsTACCAACCsCCssssssssss      
  consensus/80%                          GsTsTCAssTsGCsAAuGCssTuuAsussTTsAusuAs...sssGGTusTGATGTsCTsTACCAACCuCCssssuCsTCs      
  consensus/70%                          GsTsTCAssTsGCsAAuGCssTuuAsussTTsAusuAs...sssGGTusTGATGTsCTsTACCAACCuCCssssuCsTCs      

                        cov    pid 12321          .         .         :         .         .         .         .         4 12400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATCACCTCAGCTGTTTTGCAGAGTGGTTTTAGAAAAATGGCATTCCCATCTGGTAAAGTTGAGGGTTGTATGGTACAAGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATCACTTCTGCTGTTCTGCAGAGTGGTTTTAGGAAAATGGCATTCCCGTCAGGCAAAGTTGAAGGGTGCATGGTACAAGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATAACCTCTGGCGTGTTGCAAAGCGGTTTGGTGAAAATGTCACATCCCAGTGGAGATGTTGAGGCTTGTATGGTTCAGGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTCTCAACTTCATTCTTGCAATCTGGTATTGTGAAAATGGTAAATCCTACTTCTAAGGTAGAACCATGTGTTGTCAGTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTTCTACATCTTTTTTGCAATCAGGTATTGTAAAGATGGTATCTCCTACGTCAAAAATTGAACCTTGTATTGTTAGTGT      
  consensus/100%                         uTssCssCsssssTssTGCAusssGGTsTsusuAAuATGssAsssCCsssssssuAsuTsGAusssTGsuTsGTssusGT      
  consensus/90%                          uTssCssCsssssTssTGCAusssGGTsTsusuAAuATGssAsssCCsssssssuAsuTsGAusssTGsuTsGTssusGT      
  consensus/80%                          uTssCssCssCssTsTTGCAusssGGTsTTusuAAAATGGsAsssCCssCssssAAuGTTGAusssTGTATsGTssusGT      
  consensus/70%                          uTssCssCssCssTsTTGCAusssGGTsTTusuAAAATGGsAsssCCssCssssAAuGTTGAusssTGTATsGTssusGT      

                        cov    pid 12401          .         .         .         .         :         .         .         . 12480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACTTGTGGTACAACTACACTTAACGGTCTTTGGCTTGATGACGTAGTTTACTGTCCAAGACATGTGATCTGCACCTCTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACCTGTGGAACTACAACTCTTAATGGATTGTGGTTGGATGACACAGTATACTGTCCAAGACATGTCATTTGCACAGCAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TACCTGCGGTAGCATGACTCTTAATGGTCTTTGGCTTGACAACACAGTCTGGTGCCCACGACACGTAATGTGCCCGGCTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TACCTATGGTAATATGACATTGAATGGTTTATGGTTGGATGACAAGGTCTACTGTCCCAGACATGTAATATGTTCTGCTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACTTATGGTAGTATGACTTTGAATGGTTTATGGTTAGATGACAAAGTTTATTGTCCTCGTCATGTTATATGTTCATCCT      
  consensus/100%                         sACsTusGGsAssAssACssTsAAsGGssTsTGGsTsGAsuACusuGTsTusTGsCCssGsCAsGTsATsTGssCssCss      
  consensus/90%                          sACsTusGGsAssAssACssTsAAsGGssTsTGGsTsGAsuACusuGTsTusTGsCCssGsCAsGTsATsTGssCssCss      
  consensus/80%                          sACsTuTGGTAssAsuACssTsAATGGTsTsTGGsTsGATGACAsAGTsTAsTGTCCssGACATGTsATsTGssCssCss      
  consensus/70%                          sACsTuTGGTAssAsuACssTsAATGGTsTsTGGsTsGATGACAsAGTsTAsTGTCCssGACATGTsATsTGssCssCss      

                        cov    pid 12481          .         5         .         .         .         .         :         . 12560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAGACATGCTTAACCCTAATTATGAAGATTTACTCATTCGTAAGTCTAATCATAATTTCTTGGTACAG---------GCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAGACATGCTTAATCCTAACTATGAAGATCTGCTCATTCGCAAATCCAACCATAGCTTTCTTGTTCAG---------GCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACCAGTTGTCTGATCCTAATTATGATGCCTTGTTGATTTCTATGACTAATCATAGTTTCAGTGTGCAAAAACACATTGGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGATATGACTAATCCAGATTATACAAATTTGTTGTGTAGAGTAACATCAAGTGATTTTACTGTATTG---------TTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTAATATGAACGAACCTGATTATTCTGCCTTATTGTGTAGAGTTACTCTAGGTGATTTTACTATAATG---------TCT      
  consensus/100%                         sssAssTGsssuAsCCsuAsTATsssusssTusTsssTsssusssCsssssuTuusTTssssuTsssu.........sss      
  consensus/90%                          sssAssTGsssuAsCCsuAsTATsssusssTusTsssTsssusssCsssssuTuusTTssssuTsssu.........sss      
  consensus/80%                          ssuAsATGssTuAsCCTuATTATussGssTTusTsssTsGsususCsssssuTuuTTTsssTGTussG.........ssT      
  consensus/70%                          ssuAsATGssTuAsCCTuATTATussGssTTusTsssTsGsususCsssssuTuuTTTsssTGTussG.........ssT      

                        cov    pid 12561          .         .         .         6         .         .         .         . 12640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTAATGTTCAACTCAGGGTTATTGGACATTCTATGCAAAATTGTGTACTTAAGCTTAAGGTTGATACAGCCAATCCTAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGCAATGTTCAACTTCGTGTTATTGGCCATTCTATGCAAAATTGTCTGCTTAGGCTTAAAGTTGATACTTCTAACCCTAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTCCAGCAAACTTGCGTGTTGTTGGTCATGCCATGCAAGGCACTCTTTTGAAGTTGACTGTCGATGTTGCTAACCCTAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATCGTCTAAGCCTTACAGTGATGTCTTATCAAATGCGGGGTTGTATGCTTGTTCTTACAGTGACCCTGCAAAATTCTCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGTCGGATGAGTTTAACAGTTGTGTCTTACCAGATGCAGGGCTGTCAACTTGTTTTGACAGTCTCTTTACAAAATCCTTA      
  consensus/100%                         GsssssssssussTssssGTsuTsssssAssssATGCuuuusssTssssTsusssTsAssGTssssssssssAAssCTsu      
  consensus/90%                          GsssssssssussTssssGTsuTsssssAssssATGCuuuusssTssssTsusssTsAssGTssssssssssAAssCTsu      
  consensus/80%                          GuTsusuTssussTssssGTTuTsssssATsssATGCAuuusTGTsTuCTTusssTsAsuGTsusTssssssAAsCCTsu      
  consensus/70%                          GuTsusuTssussTssssGTTuTsssssATsssATGCAuuusTGTsTuCTTusssTsAsuGTsusTssssssAAsCCTsu      

                        cov    pid 12641          :         .         .         .         .         7         .         . 12720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GACACCTAAGTATAAGTTTGTTCGCATTCAACCAGGACAGACTTTTTCAGTGTTAGCTTGTTACAATGGTTCACCATCTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GACACCCAAGTATAAATTTGTCCGTATCCAACCTGGTCAAACATTTTCAGTTCTAGCATGCTACAATGGTTCACCATCTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CACTCCAGCCTACACTTTTACAACAGTGAAACCTGGCGCAGCATTTAGTGTGTTAGCATGCTATAATGGTCGTCCGACTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TACGCCAAAATATACATTTGGTGTGGTTAAACCTGGTGAGACTTTTACTGTTTTAGCTGCTTATAACGGCAAACCACAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CACTCCAAAATATACTTTTGGTAATGTTAAACCTGGTGAAACTTTTACTGTTTTAGCTGCGTATAATGGCCGACCACAAG      
  consensus/100%                         sACsCCsussTAsAssTTTusssssuTssAACCsGGsssuuCsTTTsssGTssTAGCssssTAsAAsGGssssCCusssG      
  consensus/90%                          sACsCCsussTAsAssTTTusssssuTssAACCsGGsssuuCsTTTsssGTssTAGCssssTAsAAsGGssssCCusssG      
  consensus/80%                          sACsCCsAAuTATAssTTTGsssssuTssAACCTGGssAuACsTTTsCsGTsTTAGCssssTAsAATGGsssACCAsssG      
  consensus/70%                          sACsCCsAAuTATAssTTTGsssssuTssAACCTGGssAuACsTTTsCsGTsTTAGCssssTAsAATGGsssACCAsssG      

                        cov    pid 12721          .         .         :         .         .         .         .         8 12800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTGTTTACCAATGTGCTATGAGGCCCAATTTCACTATTAAGGGTTCATTCCTTAATGGTTCATGTGGTAGTGTTGGTTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGTTTATCAGTGTGCCATGAGACCTAATCATACCATTAAAGGTTCTTTCCTTAATGGATCATGTGGTAGTGTTGGTTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTACATTCACTGTTGTAATGCGCCCTAACTACACAATTAAGGGTTCCTTTCTGTGTGGTTCTTGTGGTAGTGTTGGTTAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAGCCTTTCATGTAACTATGCGTAGTAGTTATACCATTAAGGGTTCCTTTTTATGCGGATCTTGTGGATCTGTTGGTTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGGCATTTCATGTTACTATGCGTAGTAGTTATACTATTAAAGGTTCTTTTTTGTGTGGGTCATGTGGATCTGTTGGTTAT      
  consensus/100%                         GsussTssssssssussATGsGssssAussssACsATTAAuGGTTCsTTssTssusGGsTCsTGTGGsssTGTTGGTTss      
  consensus/90%                          GsussTssssssssussATGsGssssAussssACsATTAAuGGTTCsTTssTssusGGsTCsTGTGGsssTGTTGGTTss      
  consensus/80%                          GsGssTssCAsssTuCsATGsGsssTAuTTAsACsATTAAuGGTTCsTTssTssuTGGsTCsTGTGGsssTGTTGGTTsT      
  consensus/70%                          GsGssTssCAsssTuCsATGsGsssTAuTTAsACsATTAAuGGTTCsTTssTssuTGGsTCsTGTGGsssTGTTGGTTsT      

                        cov    pid 12801          .         .         .         .         :         .         .         . 12880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACATAGATTATGACTGTGTCTCTTTTTGTTACATGCACCATATGGAATTACCAACTGGAGTTCATGCTGGCACAGACTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACATTGATTATGATTGCGTGTCTTTCTGCTATATGCATCATATGGAGCTTCCAACAGGAGTACACGCTGGTACTGACTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACCAAGGAGGGTAGTGTGATCAATTTCTGTTACATGCATCAAATGGAACTTGCTAATGGTACACATACCGGTTCAGCATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTAATAATGGGTGATTGTGTTAAATTTGTTTATATGCATCAATTGGAGCTTAGTACTGGTTGTCATACTGGTACTGACTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTATTAACAGGTGATAGTGTTAAGTTTGTATATATGCATCAATTAGAGCTCAGTACTGGTTGTCACACTGGCACTGATTT      
  consensus/100%                         usssssusssuTuussssuTssssTTssssTAsATGCAsCAssTuGAusTssssAssGGssssCAsuCsGGssCsGssTT      
  consensus/90%                          usssssusssuTuussssuTssssTTssssTAsATGCAsCAssTuGAusTssssAssGGssssCAsuCsGGssCsGssTT      
  consensus/80%                          ussATuusssuTGATsGsGTssssTTssssTAsATGCATCAssTGGAuCTssssACTGGssssCAsuCTGGsACsGAsTT      
  consensus/70%                          ussATuusssuTGATsGsGTssssTTssssTAsATGCATCAssTGGAuCTssssACTGGssssCAsuCTGGsACsGAsTT      

                        cov    pid 12881          .         9         .         .         .         .         :         . 12960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGAAGGTAACTTTTATGGACCTTTTGTTGACAGGCAAACAGCACAAGCAGCTGGTACGGACACAACTATTACAGTTAATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGAAGGTAAATTCTATGGTCCATTTGTTGACAGACAAACTGCACAGGCTGCAGGTACAGACACAACCATAACATTAAATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGATGGTACTATGTATGGTGCCTTTATGGATAAACAAGTGCACCAAGTTCAGTTAACAGACAAATACTGCAGTGTTAATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAATGGGGATTTTTATGGTCCTTATAAGGATGCTCAGGTTGTTCAGTTGCTCATTCAGGATTATATACAATCTGTTAATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACTGGTAATTTTTATGGTCCATATAGAGATGCTCAAGTTGTACAGTTGCCAGTTAAGGACTACGTCCAGACTGTTAATG      
  consensus/100%                         sussGGsusssTsTATGGssCsTsTussGAsussCAuusssssCAusssssssssssuGAssssssssssssssTsAATs      
  consensus/90%                          sussGGsusssTsTATGGssCsTsTussGAsussCAuusssssCAusssssssssssuGAssssssssssssssTsAATs      
  consensus/80%                          suAsGGTAAsTTsTATGGTCCsTsTussGAsussCAAussGssCAussssssusTAsuGACsssusssssACsGTTAATG      
  consensus/70%                          suAsGGTAAsTTsTATGGTCCsTsTussGAsussCAAussGssCAussssssusTAsuGACsssusssssACsGTTAATG      

                        cov    pid 12961          .         .         .         0         .         .         .         . 13040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTTAGCTTGGTTGTACGCTGCTGTTATAAATGGAGACAGGTGGTTTCTCAATCGATTTACCACAACTCTTAATGACTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTTGGCATGGCTGTATGCTGCTGTTATCAATGGTGATAGGTGGTTTCTTAATAGATTCACCACTACTTTGAATGACTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAGTAGCTTGGCTTTACGCAGCAATACTTAATGGTTGCGCTTGGTTTGTAAAACCTAATCGCACTAGTGTTGTTTCTTTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGTAGCATGGCTTTATGCTGCTATACTTAACAATTGTAATTGGTTTGTACAAAGTGATAAGTGTTCTGTAGAAGATTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTATTGCTTGGCTCTATGCAGCTATACTTAATAATTGTGCTTGGTTTGTACAAAATGATGTTTGTTCTACTGAAGATTTT      
  consensus/100%                         TssTsGCsTGGsTsTAsGCsGCsuTssTsAAsuussusussTGGTTTsTssAsssssssssssssssTsssusssssTTT      
  consensus/90%                          TssTsGCsTGGsTsTAsGCsGCsuTssTsAAsuussusussTGGTTTsTssAsssssssssssssssTsssusssssTTT      
  consensus/80%                          TTsTuGCsTGGCTsTAsGCsGCTuTssTsAATuuTsusussTGGTTTsTssAssusssTussssTsCTsTsuAsGAsTTT      
  consensus/70%                          TTsTuGCsTGGCTsTAsGCsGCTuTssTsAATuuTsusussTGGTTTsTssAssusssTussssTsCTsTsuAsGAsTTT      

                        cov    pid 13041          :         .         .         .         .         1         .         . 13120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACCTTGTGGCTATGAAGTACAATT---ATGAACCTCTAACACAAGACCATGTTGACATACTAGGACCTCTTTCTGCTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACCTTGTGGCAATGAAGTACAACT---ATGAACCTTTGACACAAGATCATGTTGACATATTGGGACCTCTTTCTGCTCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AATGAATGGGCTCTTGCCAACCAATTCACTGAATTTGTTGGCACTCAATCCGTTGACATGTTAG---------CTGTCAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATGTGTGGGCTCTGTCCAATGGATTTAGCCAAGTTAAATCTGACCTTGTTATAGATGCTTTAG---------CTTCTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATGTTTGGGCTATGGCAAATGGTTTTAGCCAAGTAAAAGCAGATCTTGTCTTAGATGCTTTGG---------CTTCAAT      
  consensus/100%                         AAssssssGGCssTsssssAssusT...sssAAsssssssssssssssssssTsGAsusssTuG.........CTsssss      
  consensus/90%                          AAssssssGGCssTsssssAssusT...sssAAsssssssssssssssssssTsGAsusssTuG.........CTsssss      
  consensus/80%                          AAssTsssGGCTsTGusssAsuusT...ussAAssTssuuCssAsssssssuTsGAsussTTuG.........CTsCsss      
  consensus/70%                          AAssTsssGGCTsTGusssAsuusT...ussAAssTssuuCssAsssssssuTsGAsussTTuG.........CTsCsss      

                        cov    pid 13121          .         .         :         .         .         .         .         2 13200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACTGGAATTGCCGTTTTAGATATGTGTGCTTCATTAAAAGAATTACTGCAAAATGGTATGAATGGACGTACCATATTGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACAGGAATTGCCGTCTTAGATATGTGTGCTGCTTTGAAAGAGCTGCTGCAGAATGGTATGAATGGTCGTACTATCCTTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AACAGGCGTTGCTATTGAACAGCTGCTTTATGCGATCCAACA---ACTGTATACTGGGTTCCAGGGAAAGCAAATCCTTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GACTGGTGTGTCTTTGGAAACACTGTTGGCTGCTATTAAGCG---TCTTAAGAATGGTTTCCAAGGACGTCAGATTATGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GACAGGTGTTTCTATTGAAACTTTATTGGCTGCTATTAAGCG---TCTATATATGGGATTTCAAGGTCGTCAAATACTAG      
  consensus/100%                         uACsGGsuTssCssTsssAssssTusssssTsCssTssAusu...sCTssAsAssGGssTssAsGGssussssATssTsG      
  consensus/90%                          uACsGGsuTssCssTsssAssssTusssssTsCssTssAusu...sCTssAsAssGGssTssAsGGssussssATssTsG      
  consensus/80%                          uACsGGsuTTsCsuTsssAusssTGTssGCTGCssTsAAusu...sCTusAsAsTGGssTssAsGGsCGTsssATssTsG      
  consensus/70%                          uACsGGsuTTsCsuTsssAusssTGTssGCTGCssTsAAusu...sCTusAsAsTGGssTssAsGGsCGTsssATssTsG      

                        cov    pid 13201          .         .         .         .         :         .         .         . 13280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTAGTGCTTTATTAGAAGATGAATTTACACCTTTTGATGTTGTTAGACAATGCTCAGGTGTTACTTTCCAAAGTGCAGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTAGCACTATTTTAGAAGATGAGTTTACACCATTTGATGTTGTTAGACAATGCTCTGGTGTTACCTTCCAAGGTAAGTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCAGTACCATGTTGGAAGATGAATTCACACCTGAGGATGTTAATATGCAGATTATGGGTGTGGTTATGCAGAGTGGTGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTAGTTGCTCTTTTGAGGATGAATTGACACCTAGCGATGTTTATCAACAACTCGCTGGTATCAAGTTACAATCAAAACGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GAAGTTGTACTTTTGAAGATGAATTGGCACCTTCTGACGTTTATCAACAATTGGCTGGTGTTAAATTGCAATCTAAAACA      
  consensus/100%                         GsAGsssssssTTsGAuGATGAuTTsuCACCssssGAsGTTssTssuCAussssssGGTuTsusssTsCAusssusssss      
  consensus/90%                          GsAGsssssssTTsGAuGATGAuTTsuCACCssssGAsGTTssTssuCAussssssGGTuTsusssTsCAusssusssss      
  consensus/80%                          GsAGTssssssTTsGAAGATGAATTsACACCTsssGATGTTssTsuACAAssssCsGGTGTsAssTTsCAAssTuuusss      
  consensus/70%                          GsAGTssssssTTsGAAGATGAATTsACACCTsssGATGTTssTsuACAAssssCsGGTGTsAssTTsCAAssTuuusss      

                        cov    pid 13281          .         3         .         .         .         .         :         . 13360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAAAGAACAATCAAGGGTACACACCACTGGTTGTTACTCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAGAAAATTGTTAAGGGCACTCATCATTGGATGCTTTTAACTTTCTTGACATCACTATTGATTCTTGTTCAAAGTACACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGAAAAGTTACATATGGTACTGCGCATTGGTTGTTTGCGACCCTTGTCTCAACCTATGTGATAATCTTACAAGCCACTAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACTAGATTGTTTAAAGGCACTGTTTGTTGGATTATGGCTTCTACATTTTTGTTTAGTTGCATAATTACAGCATTTGTGAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAAAGATTTATTAAAGAAACAATTTATTGGATTTTGATATCTACATTTTTGTTTAGTTGTATAATTTCTGCATTTGTTAA      
  consensus/100%                         AssAuAsssssssAsGusACsssssusTGGsTssTsssssCsssssTsssssssssssssuTssTssssssusssusssA      
  consensus/90%                          AssAuAsssssssAsGusACsssssusTGGsTssTsssssCsssssTsssssssssssssuTssTssssssusssusssA      
  consensus/80%                          AuuAuAsTsuTsAAuGGsACsssssATTGGsTssTsssssCssssTTsssuTssssTTssATssTssssssAssTusssA      
  consensus/70%                          AuuAuAsTsuTsAAuGGsACsssssATTGGsTssTsssssCssssTTsssuTssssTTssATssTssssssAssTusssA      

                        cov    pid 13361          .         .         .         4         .         .         .         . 13440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGGTCTTTGTTCTTTTTTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTGCAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGGTCACTGTTTTTCTTTGTTTACGAGAATGCTTTCTTGCCATTTACTCTTGGTATTATGGCAATTGCTGCATGTGCTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTTACTTTGTGGAACTACTTGTTTGAGACTATTCCCACACAGTTGTTCCCACTCTTATTTGTGACTATGGCCTTCGTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGACTATGTTTATGTATGTAACT---ACTAATATGTTTAGTATTACGTTTTGTGCACTTTGTGTTATAAGTTTGGCCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGGACTATATTTATGTATATTAAT---ACACATATGATTGGTGTTACATTATGTGTACTTTGTTTTGTTAGTTTTATGA      
  consensus/100%                         uTsssCssTuTsssssTsssTssss...AsssssssssssssssTssssssssssssssTssssssssssussTssussA      
  consensus/90%                          uTsssCssTuTsssssTsssTssss...AsssssssssssssssTssssssssssssssTssssssssssussTssussA      
  consensus/80%                          ATGGsCTsTGTTssTsTsTsTsssT...AsTusTsTssTsssssTTuCssTssGTuTssTTsssuTTussussTTsGssA      
  consensus/70%                          ATGGsCTsTGTTssTsTsTsTsssT...AsTusTsTssTsssssTTuCssTssGTuTssTTsssuTTussussTTsGssA      

                        cov    pid 13441          :         .         .         .         .         5         .         . 13520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTGCCACTGTAGCTTATTTTAAT---      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCTGCTTGTTAAGCATAAGCACGCATTCTTGTGCTTGTTTCTGTTACCTTCTCTTGCAACAGTTGCTTACTTTAAT---      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTTGTTGGTTAAACACAAACACACCTTTTTGACACTTTTCTTGTTGCCTGTGGCTATTTGTTTGACTTATGCAAAC---      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTGTTGGTTAAGCATAAGCATCTTTATTTGACTATGTATATAACTCCTGTGCTTTTTACACTGTTGTATAACAACTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTACTAGTTAAACATAAGCATTTTTATTTGACTATGTATATAATTCCTGTACTCTGTACCTTGTTTTATGTAAATTAT      
  consensus/100%                         TGsTusTsGTsAAuCAsAAuCAssssTsssTsssssTsTsssTusssCCTsssssssssssssTssssTAssssAAs...      
  consensus/90%                          TGsTusTsGTsAAuCAsAAuCAssssTsssTsssssTsTsssTusssCCTsssssssssssssTssssTAssssAAs...      
  consensus/80%                          TGsTGsTsGTTAAuCATAAGCAssssTsTTTGssssTGTsTsTusTsCCTsssCTTsssACssTussTTATsssAAs...      
  consensus/70%                          TGsTGsTsGTTAAuCATAAGCAssssTsTTTGssssTGTsTsTusTsCCTsssCTTsssACssTussTTATsssAAs...      

                        cov    pid 13521          .         .         :         .         .         .         .         6 13600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ---ATGGTCTATATGCCTGCTAGTTG-GGTGATGCGTATTATGACATGGTTGGATATGGTTG-ATACTAGTTTGTCTGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ---ATGGTCTACATGCCTGCTAGCTG-GGTGATGCGTATCATGACATGGCTTGAATTGGCTG-ACACTAGCTTGTCTGGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ---ATAGTCTACGAGCCCACTACT----------CCCATTTCGTCAGCGCTGATTGCAGTTGCAAATTGGCTTGCCCCCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGGTTGTGTACAAGCATACATTTAGAGGCTATGTCTATGCATGGCTATCATATTATGTTCC------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTAGTTGTTTATAAGGAAGGTTTTAGAGGTTTTACTTATGTCTGGCTCTCATATTTTGTTCC------------------      
  consensus/100%                         ...uTsGTsTAsusGsssusssss..........sssATsssssssssssssussssussss..................      
  consensus/90%                          ...uTsGTsTAsusGsssusssss..........sssATsssssssssssssussssussss..................      
  consensus/80%                          ...uTsGTsTAsAsGCssuCTssTsG.GGsssTuCsTATssssussTssCssusTsTGsTss..................      
  consensus/70%                          ...uTsGTsTAsAsGCssuCTssTsG.GGsssTuCsTATssssussTssCssusTsTGsTss..................      

                        cov    pid 13601          .         .         .         .         :         .         .         . 13680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGTATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGA--T      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TATAGGCTTAAGGATTGTGTTATGTATGCTTCAGCTTTAGTTTTGCTTATTCTCATGACAGCTCGCACTGTTTATGA--T      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTAATGC------------TTATATGCGCACTACACATACTGATATTGGTGTCTACATTAGTATGTCACTTGTATTA--G      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------------------ATCAGTTGAGTACACTTATACTGATGAAGTTATTTATGGCATGTTATTGCTTGTAGGAATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -------------------TGCTGTGAATTTTACTTATGTTTATGAAGTATTTTATGGTTGTATTTTATGTGTTTTTGCT      
  consensus/100%                         ...................ssssuTssussssAssssTusTssTusssssssssAsusssssssssssssTsTssss..s      
  consensus/90%                          ...................ssssuTssussssAssssTusTssTusssssssssAsusssssssssssssTsTssss..s      
  consensus/80%                          ...................TTsTGTusussssAssTuTAsTssTussusTssTTATGusAGsssusssssTGTATsA..s      
  consensus/70%                          ...................TTsTGTusussssAssTuTAsTssTussusTssTTATGusAGsssusssssTGTATsA..s      

                        cov    pid 13681          .         7         .         .         .         .         :         . 13760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GATGGTGCTAGGAGAGTGTGGAC-ACTTATGAATGTCTTGACACTCGTTTATAAAGTTTATTATGGTAATGCTTTAGATC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GATGCTGCTAGACGTGTTTGGAC-ACTGATGAATGTCATTACACTTGTTTACAAAGTCTACTATGGTAATGCTTTAGATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCATTGTAGTGAAGAGATTGTACAACCCATCACTTTCTAACTTTGCGTTAGCATTGTGCAGTGGTGTAATGTGGTTGTAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTCTTTGTTACATTACGTAGCATTAACCATGATTTGTTTTC--TTTTATAATGTTTGTTGGTCGTTTGATTTCTGTTTTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTTTTATAACTATGCATAGTATTAATCATGACATTTTTTC--TTTGATGTTTTTGGTTGGTAGAATAGTTACTTTAATT      
  consensus/100%                         sssssssssssssssssssGsAs.AsssATsAsssssssss..sssssTssssssssssusTssssTuuTssssssssss      
  consensus/90%                          sssssssssssssssssssGsAs.AsssATsAsssssssss..sssssTssssssssssusTssssTuuTssssssssss      
  consensus/80%                          ussssTussAsussussTsGsAs.AsssATGAsTsTsTTss..sTsGsTsusussGssTusTussuTAATsssTTsusTC      
  consensus/70%                          ussssTussAsussussTsGsAs.AsssATGAsTsTsTTss..sTsGsTsusussGssTusTussuTAATsssTTsusTC      

                        cov    pid 13761          .         .         .         8         .         .         .         . 13840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       A-------------------------AGCCATTTCCATGTGGGCTCTTATAATCTCTGTTACTTCTAACTACTCAGGTGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       A-------------------------AGCTATTTCCATGTGGGCCTTAGTTATTTCTGTAACCTCTAACTATTCTGGTGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACTTATAGCATTGGAGAAGCCTCAAGCCCCATTGCCTATCTGGTTTTTGTCACTACACTCACTAGTGATTATACGATTAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCTTTGTGGTACAAGGGTTCTAACTTAGAGGAAGAAATTCTTCTTATGTTGGCTTCCCTTTTTGGTACTTACACATGGAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCTATGTGGTATTTTGGGTCGAATTTAGAAGAGGATGTTTTGTTATTTATTACAGCCTTTTTAGGTACTTATACATGGAC      
  consensus/100%                         s.........................ssssusssssssssssssssTssTsusssCssTssssssTussTAssCssssus      
  consensus/90%                          s.........................ssssusssssssssssssssTssTsusssCssTssssssTussTAssCssssus      
  consensus/80%                          s.........................AGssusssssuTsssGssssTsuTsAsssCssTssssssTAssTAssCusGsus      
  consensus/70%                          s.........................AGssusssssuTsssGssssTsuTsAsssCssTssssssTAssTAssCusGsus      

                        cov    pid 13841          :         .         .         .         .         9         .         . 13920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGTTACAACTGTCATGTTTTTGGCCAGAGGTATTGTTTTTATGTGTGTTGAGTATTGCCCTATTTTCTTCATAACTGGTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGTTACGACTATCATGTTTTTAGCTAGAGCTATAGTGTTTGTGTGTGTTGAGTATTACCCATTGTTATTTATTACTGGCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTCTTTGTTACTGTCAACCTTGCAAAAGTTTGCACTTATGCCATCTTTGCTTACTCACCACAGCTTACACTTGTGTTTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AACAGTTTTATCTATGGCTGTAGCAAAGGTTATTGCTAAGTGGGTTGCTGTGAATGTC---TTGTATTTCACAGATATAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CACTATTTTGTCATTAGCTATAGCAAAAATTGTTGCTAATTGGTTGTCTGTTAATATA---TTTTATTTTACAGATGTAC      
  consensus/100%                         sussssssssssssTsssssTsGCsAuuusTsssusssssssssssssTGsssAssss...ssssssssssssussssss      
  consensus/90%                          sussssssssssssTsssssTsGCsAuuusTsssusssssssssssssTGsssAssss...ssssssssssssussssss      
  consensus/80%                          sussussssssssuTussTsTuGCsAuAGsTuTsGsTssTssGsssssTGsssATsss...sTsTssTTsAssusTusss      
  consensus/70%                          sussussssssssuTussTsTuGCsAuAGsTuTsGsTssTssGsssssTGsssATsss...sTsTssTTsAssusTusss      

                        cov    pid 13921          .         .         :         .         .         .         .         0 14000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTTTCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCTTTTGTTTACTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACACCTTACAGTGTATCATGCTTGTTTATTGTTTCTTAGGCTATTGTTGCTGCTGCTACTTTGGCCTTTTCTGTTTACTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CGGAAGTGAAGATGATACTTTTATTATACACATGTTTAGGTTTCATGTGTACTTGCTATTTTGGTGTCTTCTCTCTTTTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTCAAATTAAGATAGTGCTTTTGTGCTATTTGTTTATTGGTTATATTATTAGCTGTTATTGGGGCTTGTTTTCCTTGATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTTATATTAAATTGATTCTCTTGAGTTACTTATTTATAGGGTATATTTTATCTTGTTATTGGGGATTTTTCTCTCTTTTA      
  consensus/100%                         ssssssTssAusssuTssTssTssssTAssssTsssTsGGsTsssssssssssTGsTAsTssGGssTsTTsTsssTssTs      
  consensus/90%                          ssssssTssAusssuTssTssTssssTAssssTsssTsGGsTsssssssssssTGsTAsTssGGssTsTTsTsssTssTs      
  consensus/80%                          ssssssTssAGsssATssTssTusssTAsTssTTssTAGGsTATsTTTsssssTGsTAsTssGGssTsTTsTsTsTssTs      
  consensus/70%                          ssssssTssAGsssATssTssTusssTAsTssTTssTAGGsTATsTTTsssssTGsTAsTssGGssTsTTsTsTsTssTs      

                        cov    pid 14001          .         .         .         .         :         .         .         . 14080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACCGCTACTTTAGACTGACTCTTGGTGTTTATGATTACTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATTCACAGGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACCGTTACTTCAGGCTTACTCTTGGTGTTTATGACTACTTGGTCTCTACACAAGAATTTAGGTATATGAACTCCCAGGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AACCTTAAGCTTAGAGCACCTATGGGTGTCTATGACTTTAAGGTCTCAACACAAGAGTTCAGATTCATGACTGCTAACAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AACAGTTTGTTTAGAATGCCTTTGGGTGTTTATAATTATAAAATTTCAGTACAGGAATTAAGATATATGAATGCTAATGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AACAGTGTTTTTAGAATGCCTATGGGTGTTTATAATTATAAAATTTCTGTTCAAGAATTGCGTTATATGAATGCTAATGG      
  consensus/100%                         AACsssssssTsAGussssCTsTsGGTGTsTATuAsTssssuuTsTCsussCAuGAuTTssGsTssATGAsssCssAsuu      
  consensus/90%                          AACsssssssTsAGussssCTsTsGGTGTsTATuAsTssssuuTsTCsussCAuGAuTTssGsTssATGAsssCssAsuu      
  consensus/80%                          AACsGTsssTTTAGAsTusCTsTsGGTGTTTATuAsTAsssuuTsTCsusACAuGAuTTsAGuTATATGAATsCssAsGG      
  consensus/70%                          AACsGTsssTTTAGAsTusCTsTsGGTGTTTATuAsTAsssuuTsTCsusACAuGAuTTsAGuTATATGAATsCssAsGG      

                        cov    pid 14081          .         1         .         .         .         .         :         . 14160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGTTGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTTTTGCCTCCTAAGAGTAGTATTGATGCTTTCAAGCTTAACATTAAGTTGTTGGGTATTGGAGGTAAACCATGTATCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCTAACTGCACCTAGAAATTCTTGGGAGGCTATGGCTCTGAACTTTAAGTTAATAGGTATTGGCGGTACACCTTGTATAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTGCGCCCTCCTAAGAATAGTTTTGAAGCCCTTATGCTTAATTTTAAGCTGTTGGGTATTGGAGGTGTTCCAATCATTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTTACGTCCACCTCGTAATAGTTTTGAGGCTATTTTGTTAAATTTAAAACTGCTTGGAATAGGTGGCGTGCCAGTTATTG      
  consensus/100%                         ssTsssssCsCCssusAuTssssssGAsGCssTsssssTsAAssTsAAusTusTsGGsuTsGGsGGsussCCssssATsu      
  consensus/90%                          ssTsssssCsCCssusAuTssssssGAsGCssTsssssTsAAssTsAAusTusTsGGsuTsGGsGGsussCCssssATsu      
  consensus/80%                          ssTusssCCsCCTAuuAATAGTsTsGAsGCssTsusuCTsAAssTTAAusTGsTuGGTATTGGsGGsusuCCsssTATsu      
  consensus/70%                          ssTusssCCsCCTAuuAATAGTsTsGAsGCssTsusuCTsAAssTTAAusTGsTuGGTATTGGsGGsusuCCsssTATsu      

                        cov    pid 14161          .         .         .         2         .         .         .         . 14240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATGTAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGGTTGCTACTGTACAGTCTAAAATGTCTGACGTAAAGTGCACATCTGTGGTACTGCTCTCGGTTCTTCAACAACTTAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGGTTGCTGCTATGCAGTCTAAACTTACAGATCTTAAATGCACATCTGTGGTTCTCCTCTCTGTGCTCCAACAGTTACAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAGTATCTCAATTTCAATCAAAATTGACTGATGTCAAATGTGCTAATGTCGTCTTGCTTAATTGCTTGCAACATTTGCAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAGTCTCCCAAATTCAATCAAAATTGACTGATGTGAAATGTGCTAATGTTGTTTTGTTAAATTGTTTACAGCATTTGCAT      
  consensus/100%                         AuGTssCsssssTsCAuTCsAAAsTssCsGAssTsAAuTGsuCssssGTsGTssTssTssssssssTsCAuCAssTssus      
  consensus/90%                          AuGTssCsssssTsCAuTCsAAAsTssCsGAssTsAAuTGsuCssssGTsGTssTssTssssssssTsCAuCAssTssus      
  consensus/80%                          AuGTssCssssuTsCAuTCsAAAsTGsCsGATGTsAAuTGsuCsssTGTsGTssTuCTssssssssTsCAACAssTssus      
  consensus/70%                          AuGTssCssssuTsCAuTCsAAAsTGsCsGATGTsAAuTGsuCsssTGTsGTssTuCTssssssssTsCAACAssTssus      

                        cov    pid 14241          :         .         .         .         .         3         .         . 14320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTAGAATCATCATCTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTACACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTACTGAAGC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTAGAGTCATCTTCTAAATTGTGGGCACAATGTGTACAACTCCACAATGATATTCTTCTTGCAAAAGACACAACTGAAGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTAGAGGCTAATAGTAGGGCCTGGGCTTTCTGTGTTAAATGCCATAATGATATATTGGCAGCAACAGACCCCAGTGAGGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTGCTTCTAATTCTAAGTTGTGGCATTATTGTAGCACTTTGCACAATGAAATACTTGCCACTTCGGATCTGAGTGTTGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTGCTTCTAATTCTAAGTTGTGGCAGTATTGTAGTGTTTTACATAATGAAATACTATCTACTTCAGATTTGAGTGTAGC      
  consensus/100%                         sTsGsssCssssssTAuusssTGGssssssTGTussssssssCAsAATGAsATssTssssuCsssuGAssssAsTGssGC      
  consensus/90%                          sTsGsssCssssssTAuusssTGGssssssTGTussssssssCAsAATGAsATssTssssuCsssuGAssssAsTGssGC      
  consensus/80%                          GTsGssTCsssTTCTAAuTTGTGGssssAsTGTusssssTTsCAsAATGAsATsCTssssuCsssAGAssssAsTGsuGC      
  consensus/70%                          GTsGssTCsssTTCTAAuTTGTGGssssAsTGTusssssTTsCAsAATGAsATsCTssssuCsssAGAssssAsTGsuGC      

                        cov    pid 14321          .         .         :         .         .         .         .         4 14400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTGTAGA------------------CATAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTCGAGAAGATGGTTTCTCTTTTGTCTGTTTTGCTATCCATGCAGGGTGCTGTAGA------------------CATTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTCGAGAAATTCGTAAGTCTCTTTGCTACTTTAATGACTTTTTCTGGTAATGTAGA------------------TCTTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTTGAAAAGCTTGCTCAGTTATTAATTGTTTTGTTTGCTAATCCAGCTGCTGTGGATAGCAAGTGCCTGACTAGTATTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTGATAAGCTTGCTCAATTATTGATTGTTTTATTCGCCAATCCTGCTGCAGTTGATACTAAGTGTCTTGCAAGTATAG      
  consensus/100%                         sTTsGAsAAusTsGssssssTssTsssTusTTTusTssCsssssssGsTussGTsGA..................ssTsu      
  consensus/90%                          sTTsGAsAAusTsGssssssTssTsssTusTTTusTssCsssssssGsTussGTsGA..................ssTsu      
  consensus/80%                          TTTsGAuAAusTsGsTssssTsTTsssTGTTTTusTssCsAssCssGsTGCTGTuGA..................sATsu      
  consensus/70%                          TTTsGAuAAusTsGsTssssTsTTsssTGTTTTusTssCsAssCssGsTGCTGTuGA..................sATsu      

                        cov    pid 14401          .         .         .         .         :         .         .         . 14480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAGCCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATAGGTTGTGCGAGGAAATGCTCGATAACCGTGCTACTCTTCAGGCTATTGCTTCAGAATTTAGTTCTTTACCATCATAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGCGTTAGCTAGTGATATTTTTGACACTCCTAGCGTACTTCAAGCTACTCTTTCTGAGTTTTCACACTTAGCTACCTTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAGAAGTTTGCGATGATTACGCAAAGGACAATACTGTTTTGCAGGCTTTACAGAGTGAATTTGTTAATATGGCTAGCTTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGAAGTTAGCGATGATTATGTTCAAGATAGTACCGTTTTGCAGGCTTTGCAAAGTGAGTTTGTAAATATGGCTAGTTTT      
  consensus/100%                         AsususTssssuusGAssssssssAsusssssussusssTsCAuGCTsssssssssGAuTTTsssssssTssCssssTss      
  consensus/90%                          AsususTssssuusGAssssssssAsusssssussusssTsCAuGCTsssssssssGAuTTTsssssssTssCssssTss      
  consensus/80%                          AsuuusTssGsGAsGAsssssTsuAsuAssuTuCsusssTsCAuGCTsTsssssssGAuTTTussssssTusCssssTsT      
  consensus/70%                          AsuuusTssGsGAsGAsssssTsuAsuAssuTuCsusssTsCAuGCTsTsssssssGAuTTTussssssTusCssssTsT      

                        cov    pid 14481          .         5         .         .         .         .         :         . 14560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATGAGCAGGCTGTTGCTAATGGTGA---TTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCCGCTTATGCCACTGCCCAGGAGGCCTATGAGCAGGCTGTAGCTAATGGTGA---TTCTGAAGTCGTTCTCAAAAAGTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTGAGTTGGAAGCTGCGCAGAAAGCCTATCAGGAAGCTATGGACTCTGGTGACACCTCACCACAAGTTCTTAAGGCTTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTGAATATGAAGTTGCTAAGAAAAATCTTGATGAGGCGCGTTTTAGTGGTTCTGCTAATCAACAGCAGTTAAAACAGCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTGAATATGAAGTCGCAAAGAAAAATTTGGCTGATGCTAAAAATAGTGGTTCTGTTAATCAACAACAGATAAAACAGTT      
  consensus/100%                         GssGssTssGssussGCssAuuAuusssssssssAsGCsssssssssTGGTss...ssssssAsssssssTsAAussssT      
  consensus/90%                          GssGssTssGssussGCssAuuAuusssssssssAsGCsssssssssTGGTss...ssssssAsssssssTsAAussssT      
  consensus/80%                          GssGssTsTGssusTGCssAGuAAussTsTGAssAuGCTussusTAuTGGTss...TssTsAAsssssssTsAAAsAGTT      
  consensus/70%                          GssGssTsTGssusTGCssAGuAAussTsTGAssAuGCTussusTAuTGGTss...TssTsAAsssssssTsAAAsAGTT      

                        cov    pid 14561          .         .         .         6         .         .         .         . 14640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAAGAAGTCTTTGAATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGGCTGATC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAAGAAATCTTTGAATGTGGCTAAATCTGAGTTTGACCGTGATGCTGCCATGCAACGCAAGTTGGAAAAGATGGCAGATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCAGAAGGCTGTTAATATAGCTAAAAACGCCTATGAGAAGGATAAGGCAGTGGCCCGTAAGTTAGAACGTATGGCTGATC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGAGAAAGCCTGTAATATTGCTAAATCTGCTTATGAACGCGACCGTGCTGTAGCAAAAAAGTTGGAGCGTATGGCTGATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGAAAAAGCATGTAATATAGCTAAGTCTGTGTATGAACGTGATAAAGCTGTAGCTCGCAAACTTGAACGTATGGCAGACC      
  consensus/100%                         usAuAAusCssssAATuTsGCTAAusssGssTsTGAssusGAssssGCsuTussssusAAusTsGAususATGGCsGAss      
  consensus/90%                          usAuAAusCssssAATuTsGCTAAusssGssTsTGAssusGAssssGCsuTussssusAAusTsGAususATGGCsGAss      
  consensus/80%                          uuAGAAusCsTssAATuTuGCTAAATCTGssTsTGAsCGsGATussGCsuTusssCGsAAGTTuGAAsusATGGCsGATC      
  consensus/70%                          uuAGAAusCsTssAATuTuGCTAAATCTGssTsTGAsCGsGATussGCsuTusssCGsAAGTTuGAAsusATGGCsGATC      

                        cov    pid 14641          :         .         .         .         .         7         .         . 14720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAGTTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGGCTATGACCCAAATGTACAAACAGGCAAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAGTAACTAGTGCTATGCAAACAATGCTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGGCTATGACTTCTATGTATAAGCAAGCACGTGCTGAAGACAAGAAAGCAAAAATTGTCAGTGCTATGCAAACTATGTTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGGCTCTCACTAATATGTATAAAGAAGCTAGAATTAATGATAAGAAGAGTAAGGTTGTTTCTGCCTTGCAAACTATGCTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGCACTTACTAACATGTATAAAGAGGCTCGGATTAATGATAAGAAGAGTAAAGTTGTTTCCGCTTTGCAGACAATGCTT      
  consensus/100%                         suGCssTsACssssATGTAsAAusAuGCssGsssTuAsGAsAAGAuuussAAuuTsusssssGCssTGCAuACsATGsTs      
  consensus/90%                          suGCssTsACssssATGTAsAAusAuGCssGsssTuAsGAsAAGAuuussAAuuTsusssssGCssTGCAuACsATGsTs      
  consensus/80%                          suGCTsTsACssAsATGTATAAAsAuGCssGussTuAsGAsAAGAuGussAAAGTTusTssTGCTsTGCAuACsATGCTs      
  consensus/70%                          suGCTsTsACssAsATGTATAAAsAuGCssGussTuAsGAsAAGAuGussAAAGTTusTssTGCTsTGCAuACsATGCTs      

                        cov    pid 14721          .         .         :         .         .         .         .         8 14800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCACTCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTCACTATGCTTAGGAAGCTTGATAATGATGCACTTAACAACATTATCAACAATGCGCGTGATGGTTGTGTTCCACTCAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTGGTATGATTAAGAAGCTCGACAACGATGTTCTTAATGGTATCATTTCTAACGCTAGGAATGGTTGTATACCTCTTAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTAGTATGGTGCGTAAGTTAGATAATCAAGCTCTGAATTCAATATTAGATAACGCTGTGAAGGGTTGTGTACCATTGAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTAGCATGGTTCGTAAATTGGATAATCAGGCTTTAAATTCTATTCTGGATAATGCTGTTAAAGGTTGTGTACCTTTGAG      
  consensus/100%                         TTsussATGsTssusAAusTsGAsAAssAsGsssTsAAssssATssTssssAAsGCssssuAsGGTTGTuTsCCssTsAu      
  consensus/90%                          TTsussATGsTssusAAusTsGAsAAssAsGsssTsAAssssATssTssssAAsGCssssuAsGGTTGTuTsCCssTsAu      
  consensus/80%                          TTsAsTATGsTTsGsAAGsTsGATAATsAsGCsCTsAAssssATssTsuAsAAsGCsussuAsGGTTGTGTsCCssTsAu      
  consensus/70%                          TTsAsTATGsTTsGsAAGsTsGATAATsAsGCsCTsAAssssATssTsuAsAAsGCsussuAsGGTTGTGTsCCssTsAu      

                        cov    pid 14801          .         .         .         .         :         .         .         . 14880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATAATACCTCTTACAACAGCAGCCAAACTAATGGTTGTCATACCAGACTATAACACATATAAAAATACGTGTGATGGTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATCATACCATTGACTACAGCAGCCAAACTCATGGTTGTTGTCCCTGATTATGGTACCTACAAGAACACTTGTGATGGTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTCATCCCACTGTGTGCTTCAAATAAACTTCGCGTTGTAATTCCTGACTTCACCGTCTGGAATCAGGTAGTCACATATC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGCAATACCTTCATTGGCAGCAAATACTCTGAATATAATTGTACCAGATAAAAGTGTTTATGACCAGGTAGTTGATAATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGCTATTCCAGCATTGGCTGCTAATACTTTAACTATAGTAATACCAGATAAACAAGTTTTTGATAAAGTTGTTGATAATG      
  consensus/100%                         sussATsCCsssssssuCssCsussAsssTssssuTsuTsuTsCCsGAsssssssussTssuAssAsusssssusssuTs      
  consensus/90%                          sussATsCCsssssssuCssCsussAsssTssssuTsuTsuTsCCsGAsssssssussTssuAssAsusssssusssuTs      
  consensus/80%                          sussATsCCsssusssuCsGCAussAssCTsAssuTsGTsuTsCCsGAssAsuusussTusuAssAsussssTGATuuTu      
  consensus/70%                          sussATsCCsssusssuCsGCAussAssCTsAssuTsGTsuTsCCsGAssAsuusussTusuAssAsussssTGATuuTu      

                        cov    pid 14881          .         9         .         .         .         .         :         . 14960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAACATTTACTTATGCATCAGCATTGTGGGAAATCCAACAGGTTGTAGATGCAGATAGTAAAATTGTTCAACTTAGTGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACACCTTTACATATGCATCTGCACTCTGGGAAATCCAGCAAGTTGTTGATGCGGATAGCAAGATTGTTCAACTTAGTGAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCTCGCTTAACTACGCTGGGGCTTTGTGGGACATTACAGTTATAAACAATGTGGACAATGAAATTGTTAAGTCTTCAGAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCTATGTTACCTATGCGGGTAATGTATGGCAGATTCAAACTATCCAGGATTCAGATGGTACAAATAAGCAGTTGAATGAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTATGTTACATATGCTGGTAGTGTATGGCATATACAGACTGTTCAAGATGCTGATGGTATTAATAAACAGTTAACTGAT      
  consensus/100%                         ssssssTTAssTAsGCssssusssTsTGGsAsATsssusssuTssssuATsssGAsuusussAsTusssAussssssGAs      
  consensus/90%                          ssssssTTAssTAsGCssssusssTsTGGsAsATsssusssuTssssuATsssGAsuusussAsTusssAussssssGAs      
  consensus/80%                          ssssssTTACsTATGCssssusssTuTGGsAsATsCAusssuTssssGATGCuGATuGTAsuAsTussCAusTsAsTGAs      
  consensus/70%                          ssssssTTACsTATGCssssusssTuTGGsAsATsCAusssuTssssGATGCuGATuGTAsuAsTussCAusTsAsTGAs      

                        cov    pid 14961          .         .         .         0         .         .         .         . 15040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATTAGTATGGACAATTCACCTAATTTAGCATGGCCTCTTATTGTAACAGCTTTAAGGG---CCAAT------TCTGCTGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATTAACATGGACAATTCACCAAATTTGGCTTGGCCTCTTATTGTTACAGCTCTAAGAG---CCAAC------TCAGCTGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTT---GTAGACAGCAATGAAAATTTAACATGGCCACTTGTTTTAGAATGCACTAGGGCATCCACT------TCTGCCGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATA------------TCTGATGATTGTAACTGGCCACTAGTTATTATTGCAAATCGGT---ATAATGAGGTATCTGCTAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATT------------AGTGTTGATTCTAATTGGCCTCTTGTTATCATTGCGAACAGGT---ATAATGAAGTTGCTAATGC      
  consensus/100%                         uTs............ssssssuATTssussTGGCCsCTsuTTsTsusssssssssGus...ssAss......sCsussus      
  consensus/90%                          uTs............ssssssuATTssussTGGCCsCTsuTTsTsusssssssssGus...ssAss......sCsussus      
  consensus/80%                          ATT............ssssssuATTssussTGGCCsCTTuTTuTsAssGCssssAGGs...ssAAT......TCTGCTGs      
  consensus/70%                          ATT............ssssssuATTssussTGGCCsCTTuTTuTsAssGCssssAGGs...ssAAT......TCTGCTGs      

                        cov    pid 15041          :         .         .         .         .         1         .         . 15120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAATTACAGAATAATGAGCTTAGTCCTGTTGCACTACGACAGATGTCTTGTGCTGCCGGTACTACACAAACTGCTTGCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAAACTACAGAATAATGAACTGAGTCCAGTAGCACTACGACAGATGTCCTGTGCGGCTGGTACCACACAAACAGCTTGTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAAGTTGCAAAATAATGAGATCAAACCTTCAGGTCTAAAAACCATGGTTGTGTCTGCGGGTCAAGAGCAAACTAACTGTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTTTGCAAAATAATGAATTAATGCCTGCTAAGTTGAAAATTCAGGTTGTTAATAGTGGTCCAGATCAGACT---TGTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTATGCAGAATAATGAGTTGATGCCTCATAAATTAAAAATACAAGTTGTTAATAGTGGTTCTGATATGAAT---TGTA      
  consensus/100%                         susssTuCAuAATAATGAusTsAssCCssssusssTusuAsssssusssssssssussGGTsssussssuAss...TGsA      
  consensus/90%                          susssTuCAuAATAATGAusTsAssCCssssusssTusuAsssssusssssssssussGGTsssussssuAss...TGsA      
  consensus/80%                          TusssTuCAuAATAATGAusTsAssCCTsssususTAsuAsssssGssTssTusTussGGTsCsussCAuACT...TGTA      
  consensus/70%                          TusssTuCAuAATAATGAusTsAssCCTsssususTAsuAsssssGssTssTusTussGGTsCsussCAuACT...TGTA      

                        cov    pid 15121          .         .         :         .         .         .         .         2 15200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTGATGACAATGCGTTAGCTTACTACAACACAACAAAGGGAGGTAGGTTTGTACTTGCACTGTTATCCGATTTACAGGAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTGATGACAATGCACTTGCCTACTATAACAATTCGAAGGGAGGTAGGTTTGTGCTGGCATTACTATCAGACCACCAAGAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATACT---AGTTCCTTAGCTTATTACGAACCTGTGCAGGGTCGTAAAATGCTGATGGCTCTTCTTTCTGATAATGCCTAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATACA---CCTACTCAATGTTACTATAATAATAGTAACAATGGGAAGATTGTTTATGCTATACTTAGTGATGTTGATGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATATT---CCTACTCAATGTTATTATAATAATGGTAGTAGTGGTAGAATAGTTTATGCTGTTCTTAGTGATGTTGATGGT      
  consensus/100%                         sTuss...ssTsCsssssssTAsTAsuAssssssssusuussGsAuusTssTssssGCssTssTssssGAssssssssuT      
  consensus/90%                          sTuss...ssTsCsssssssTAsTAsuAssssssssusuussGsAuusTssTssssGCssTssTssssGAssssssssuT      
  consensus/80%                          sTusT...ssTuCsssAssTTAsTAsAAsAsTussAAsuGsGGTAuusTsGTssssGCssTsCTssssGATssssAsGuT      
  consensus/70%                          sTusT...ssTuCsssAssTTAsTAsAAsAsTussAAsuGsGGTAuusTsGTssssGCssTsCTssssGATssssAsGuT      

                        cov    pid 15201          .         .         .         .         :         .         .         . 15280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGAAATGGGCTAGATTCCCTAAGAGTGATGGAACTGGTACTATCTATACAGAACTGGAACCACCTTGTAGGTTTGTTAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTCAAATGGGCTAGATTCCCTAAGAGTGATGGTACAGGTACAATTTACACAGAACTGGAACCACCTTGTAGGTTTGTTAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTCAAATGGGCGCGTGTTGAAGGTAAGGACGGATTTGTCAGTGT------AGAGCTACAACCTCCTTGCAAATTCTTGAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTTAAGTATACAAAAATTCTTAAAGATGATGGCAATTTTGTTGTTT---TGGAGTTAGATCCTCCTTGTAAATTTACTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTTAAGTATACTAAGATAATGAAAGATGATGGAAATTGTGTTGTTT---TAGAGCTTGATCCTCCTTGTAAATTTTCTAT      
  consensus/100%                         sTsAAuTusuCssussTssssuusuusGAsGGsssssssussuT......uGAusTssAsCCsCCTTGsAuuTTssssus      
  consensus/90%                          sTsAAuTusuCssussTssssuusuusGAsGGsssssssussuT......uGAusTssAsCCsCCTTGsAuuTTssssus      
  consensus/80%                          CTsAAuTusuCsAuusTssssAAuuuTGATGGsAsTssTusTuTsT...sAGAuCTuGAsCCsCCTTGTAuuTTTssTAs      
  consensus/70%                          CTsAAuTusuCsAuusTssssAAuuuTGATGGsAsTssTusTuTsT...sAGAuCTuGAsCCsCCTTGTAuuTTTssTAs      

                        cov    pid 15281          .         3         .         .         .         .         :         . 15360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGACACACCTAAAGGTCCTAAAGTGAAGTATTTATACTTTATTAAAGGATTAAACAACCTAAATAGAGGTATGGTACTTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGACACACCAAAAGGGCCTAAAGTGAAATACTTGTACTTCATCAAAGGCTTAAACAACCTAAATAGAGGTATGGTGCTGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCGGGACCAAAAGGACCTGAAATCCGATATCTCTATTTTGTTAAAAATCTTAACAACCTTCATCGCGGGCAAGTGTTAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCAAGATGCTAAAGGTCTTAAAATTAAGTACCTTTATTTTGTAAAAGGTTGTAACACACTAGCAAGAGGCTGGGTTGTTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACAAGATGTTAAGGGACTTAAAATTAAGTATCTTTATTTTATTAAAGGATGTAACACTTTAGCTAGAGGGTGGGTTGTTG      
  consensus/100%                         ssssusssssAAuGGsCsTuAAuTssuuTAssTsTAsTTsuTsAAAuussssAACAsssTsssssGsGGsssuGTssTsG      
  consensus/90%                          ssssusssssAAuGGsCsTuAAuTssuuTAssTsTAsTTsuTsAAAuussssAACAsssTsssssGsGGsssuGTssTsG      
  consensus/80%                          ssAsusssCsAAAGGsCsTAAAuTsAAuTAssTsTAsTTTuTsAAAGGsTssAACAssCTAusTAGAGGsssGGTssTsG      
  consensus/70%                          ssAsusssCsAAAGGsCsTAAAuTsAAuTAssTsTAsTTTuTsAAAGGsTssAACAssCTAusTAGAGGsssGGTssTsG      

                        cov    pid 15361          .         .         .         4         .         .         .         . 15440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTAGTTTAGCTGCCACAGTACGTCTACAAGCTGGTAATGCAACAGAAGTGCCTGCCAATTCAACTGTATTATCTTTCTGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCAGTTTAGCTGCTACAGTACGTCTTCAGGCTGGAAATGCTACAGAAGTACCTGCCAATTCAACTGTGCTTTCCTTCTGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGCACATTGCTGCGACTGTTAGATTGCAAGCTGGTTCTAACACCGAGTTTGCCTCTAATTCCTCGGTGTTGTCACTTGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTACAATTTCTTCTACAGTTAGATTGCAAGCTGGAACTGCTACTGAATATGCTTCCAACTCATCTATATTGTCTTTATGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTACTTTATCTTCAACAATTAGATTGCAGGCTGGTGTTGCTACTGAGTATGCAGCTAATTCTTCTATACTTTCATTATGT      
  consensus/100%                         GsssssTssCTsCsACsuTssGssTsCAuGCTGGsssTussACsGAussssCssCsAAsTCssCsuTusTsTCssTsssT      
  consensus/90%                          GsssssTssCTsCsACsuTssGssTsCAuGCTGGsssTussACsGAussssCssCsAAsTCssCsuTusTsTCssTsssT      
  consensus/80%                          GsAsssTssCTsCsACAGTssGssTuCAuGCTGGsusTGCsACsGAussssCssCsAATTCssCTuTusTsTCsTTsTGT      
  consensus/70%                          GsAsssTssCTsCsACAGTssGssTuCAuGCTGGsusTGCsACsGAussssCssCsAATTCssCTuTusTsTCsTTsTGT      

                        cov    pid 15441          :         .         .         .         .         5         .         . 15520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTTTTGCTGTAGATGCTGCTAAAGCTTACAAAGATTATCTAGCTAGTGGGGGACAACCAATCACTAATTGTGTTAAGAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTTTTGCAGTAGACCCTGCTAAAGCATATAAGGATTACCTAGCAAGTGGAGGACAACCAATCACCAACTGTGTGAAGAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AACTTCACCGTTGATCCTCAAAAAGCTTATCTCGATTTCGTCAATGCGGGAGGTGCCCCATTGACAAATTGTGTTAAGAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCGTTTTCTGTAGATCCTAAGAAAACGTATTTAGATTTTATACAACAAGGAGGAACACCTATTGCCAATTGTGTTAAAAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCATTTTCTGTAGATCCTAAGAAAACTTATTTAGATTATATACAACAAGGTGGTGTACCTATAATTAATTGTGTTAAAAT      
  consensus/100%                         ussTTssCsGTsGAssCTsssAAAuCsTAssssGATTsssTsssssssGGsGGssssCCssTsussAAsTGTGTsAAuAT      
  consensus/90%                          ussTTssCsGTsGAssCTsssAAAuCsTAssssGATTsssTsssssssGGsGGssssCCssTsussAAsTGTGTsAAuAT      
  consensus/80%                          GCsTTTsCsGTAGATCCTussAAAuCsTATssuGATTsssTAssssusGGuGGsssACCsATsACsAATTGTGTTAAuAT      
  consensus/70%                          GCsTTTsCsGTAGATCCTussAAAuCsTATssuGATTsssTAssssusGGuGGsssACCsATsACsAATTGTGTTAAuAT      

                        cov    pid 15521          .         .         :         .         .         .         .         6 15600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTGTGTACACACACTGGTACTGGTCAGGCAATAACAGTTACACCGGAAGCCAATATGGATCAAGAATCCTTTGGTGGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTTGTGTACACACACTGGTACAGGACAGGCAATTACTGTAACACCAGAAGCTAACATGGACCAAGAGTCCTTTGGTGGTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTTACTCCTAAAACTGGTACAGGTATAGCTATATCTGTTAAACCAGAGAGTACAGCTGATCAAGAGACTTATGGTGGAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTGTGTGACCATGCTGGTACCGGTATGGCCATTACTGTTAAACCCGATGCTACCACTAGTCAGGATTCATATGGTGGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCTCTGTGATCATGCTGGTACTGGTATGGCCATTACTATTAAACCTGAGGCTACTATTAACCAAGATTCTTATGGTGGTG      
  consensus/100%                         GsTsssTssssAsuCTGGTACsGGsssuGCsATssCsuTsAsACCsGAsussAssussuusCAuGAssCsTsTGGTGGsG      
  consensus/90%                          GsTsssTssssAsuCTGGTACsGGsssuGCsATssCsuTsAsACCsGAsussAssussuusCAuGAssCsTsTGGTGGsG      
  consensus/80%                          GsTsTGTussCAsuCTGGTACsGGTssGGCsATsACTGTTAsACCsGAuGCTAssAssuAsCAAGAsTCsTsTGGTGGTG      
  consensus/70%                          GsTsTGTussCAsuCTGGTACsGGTssGGCsATsACTGTTAsACCsGAuGCTAssAssuAsCAAGAsTCsTsTGGTGGTG      

                        cov    pid 15601          .         .         .         .         :         .         .         . 15680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATCGTGTTGTCTGTACTGCCGTTGCCACATAGATCATCCAAATCCTAAAGGATTTTGTGACTTAAAAGGTAAGTATGTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTTCATGTTGTCTGTATTGTAGATGCCACATTGACCATCCAAATCCTAAAGGATTCTGTGACTTGAAAGGTAAGTACGTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTTCAGTGTGTCTCTATTGCCGTGCGCATATAGAACATCCTGATGTCTCTGGTGTTTGTAAATATAAGGGTAAGTTTGTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CGTCTGTTTGTATATATTGCCGCGCACGAGTTGAACACCCAGATGTTGATGGGTTGTGCAAATTACGCGGCAAGTTTGTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CCTCAGTTTGTATTTATTGCCGTGCACGTGTAGAGCATCCAGATGTAGATGGTATATGTAAATTACGTGGTAAATTTGTA      
  consensus/100%                         CsTCssssTGTsTsTAsTGssGssssCusuTsGAsCAsCCsuATssssssGGssTsTGsuAsTsssusGGsAAuTssGTs      
  consensus/90%                          CsTCssssTGTsTsTAsTGssGssssCusuTsGAsCAsCCsuATssssssGGssTsTGsuAsTsssusGGsAAuTssGTs      
  consensus/80%                          CsTCussTTGTsTsTATTGCCGssssCusuTsGAsCATCCAuATsssuAsGGssTsTGTuAsTTususGGTAAGTsTGTs      
  consensus/70%                          CsTCussTTGTsTsTATTGCCGssssCusuTsGAsCATCCAuATsssuAsGGssTsTGTuAsTTususGGTAAGTsTGTs      

                        cov    pid 15681          .         7         .         .         .         .         :         . 15760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAATACCTACAACTTGTGCTAATGACCCTGTGGGTTTTACACTTAAAAACACAGTCTGTACCGTCTGCGGTATGTGGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAAATACCTACCACTTGTGCTAATGACCCAGTGGGTTTTACACTTAGAAACACAGTCTGTACCGTCTGCGGAATGTGGAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CAAATCCCTGCTCAGTGTGTCCGTGACCCTGTGGGATTTTGTTTGTCAAATACCCCCTGTAATGTCTGTCAATATTGGAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAAGTGCCTGTAG---GTATAAAAGATCCTGTGTCTTATGTTTTGACACATGATGTTTGTCGAGTTTGTGGATTTTGGCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAAGTCCCTTTGG---GTATAAAAGATCCTATTCTTTATGTGTTAACACATGATGTTTGTCAAGTCTGTGGTTTTTGGAG      
  consensus/100%                         CAAuTsCCTssss...GTusssusGAsCCsuTssssTsTssssTsssAsAsusssssTGTsssGTsTGssussssTGGss      
  consensus/90%                          CAAuTsCCTssss...GTusssusGAsCCsuTssssTsTssssTsssAsAsusssssTGTsssGTsTGssussssTGGss      
  consensus/80%                          CAAuTsCCTussu...GTussAAsGAsCCTGTGssTTsTusssTsAsAsAsussGTsTGTsssGTCTGsGGssTsTGGAu      
  consensus/70%                          CAAuTsCCTussu...GTussAAsGAsCCTGTGssTTsTusssTsAsAsAsussGTsTGTsssGTCTGsGGssTsTGGAu      

                        cov    pid 15761          .         .         .         8         .         .         .         . 15840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGGTTATGGCTGTAGTTGTGATCAACTCCGCGAACCCATGCTTCAGTCAGCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGGGTTTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGGTTATGGCTGTAGTTGTGACCAACTCCGCGAACCCTTGATGCAGTCTGCGGATGCATCAACGTTTTTAAACGGGTTTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGATATGGGTGCAATTGTGACTCGCTTAGGCAAGCAGCACTGCCCCAATCTAAAGATTCCAATTTTTTAAACGAGTCCG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGAT------GGAAGTTGTTCATGTGTTAGCACTGACACTACTGTTCAATCAAAAGATACTAATTTTTTAAACGGGTTCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGAT------GGCAGTTGTTCCTGTGTAGGTTCAAGTGTCGCTGTTCAATCTAAAGATTTAAATTTTTTAAACGGGTTCG      
  consensus/100%                         sGus......sGsAuTTGTsssssssTssGssssssssssssssssssssCsuAsGssssssssTTTTTAAACGuGTssG      
  consensus/90%                          sGus......sGsAuTTGTsssssssTssGssssssssssssssssssssCsuAsGssssssssTTTTTAAACGuGTssG      
  consensus/80%                          uGuT......sGsAGTTGTssssussTssGsssAsssussssssssssAsCsuAsGsssssAssTTTTTAAACGGGTTsG      
  consensus/70%                          uGuT......sGsAGTTGTssssussTssGsssAsssussssssssssAsCsuAsGsssssAssTTTTTAAACGGGTTsG      

                        cov    pid 15841          :         .         .         .         .         9         .         . 15920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CGGTGTAAGTGCA---GCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTATACAGGGCTTTTGACATCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGGTGTAAGTGCA---GCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTCTACAGGGCTTTTGATATTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGGTTCTATTGTAAATGCCCGAATAGAACCCTGTTCAAGTGGTTTGTCCACTGATGTCGTCTTTAGGGCATTTGACATCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGGTACGAGTGTAGATGCCCGTCTCGTACCCTGCGCCAGTGGTTTATCTACTGATGTACAATTAAGGGCATTTGATATTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGGTACTAGTGTGAATGCCCGGCTAGTACCCTGTGCTAGTGGTTTATCTACTGATGTTCAATTAAGGGCATTTGACATTT      
  consensus/100%                         sGGTsssAsTGsu...GCCCGssTsusACCsTGssssAssGGsssssssACTGATGTssssTssAGGGCsTTTGAsATsT      
  consensus/90%                          sGGTsssAsTGsu...GCCCGssTsusACCsTGssssAssGGsssssssACTGATGTssssTssAGGGCsTTTGAsATsT      
  consensus/80%                          sGGTussAGTGsA...GCCCGsCTsusACCsTGsGssAssGGssssssTACTGATGTssssTssAGGGCsTTTGAsATsT      
  consensus/70%                          sGGTussAGTGsA...GCCCGsCTsusACCsTGsGssAssGGssssssTACTGATGTssssTssAGGGCsTTTGAsATsT      

                        cov    pid 15921          .         .         :         .         .         .         .         0 16000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACAAT------GATAAAGTAGCTGGTTTTGCTAAATTCCTAAAAACTAATTGTTGTCGCTTCCAAGAAAAGGACGAAGAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACAAC------GAAAAAGTTGCTGGTTTTGCAAAGTTCCTAAAAACTAATTGCTGTCGCTTCCAGGAGAAGGATGAGGAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCAACTATAAGGCTAAGGTTGCTGGTATTGGAAAATACTACAAGACTAATACTTGTAGGTTTGTAGAATTAGATGACCAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACAAT------GCTAGTGTTGCTGGCATTGGTTTACATTTAAAAGTTAATTGTTGCCGTTTTCAGCGTGTTGATGAGAAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTAAT------ACCAATAGAGCTGGTATAGGTTTATATTATAAAGTGAATTGTTGCCGTTTTCAGCGTATAGATGACGAC      
  consensus/100%                         usAAs......ussAusussGCTGGssTsGssssussssssAAuussAATsssTGssGsTTsssusussssGAsGAssAs      
  consensus/90%                          usAAs......ussAusussGCTGGssTsGssssussssssAAuussAATsssTGssGsTTsssusussssGAsGAssAs      
  consensus/80%                          uCAAs......GssAAsGTsGCTGGTsTTGssssATsssssAAAusTAATTGTTGsCGsTTsCAusususuGATGAsuAs      
  consensus/70%                          uCAAs......GssAAsGTsGCTGGTsTTGssssATsssssAAAusTAATTGTTGsCGsTTsCAusususuGATGAsuAs      

                        cov    pid 16001          .         .         .         .         :         .         .         . 16080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GACAATTTAATTGATTCTTACTTTGTAGTTAAGAGACACACTTTCTCTAACTACCAACATGAAGAAACAATTTATAATTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGCAATTTATTAGACTCTTACTTTGTAGTTAAGAGGCATACTATGTCTAACTACCAACATGAAGAGACTATTTATAACTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGGCATCATTTAGACTCCTATTTTGTCGTTAAGAGGCATACTATGGAGAATTATGAACTAGAGAAGCACTGTTACGACTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTGATAAATTAGATCAGTTCTTTGTTGTTAAGAGGACAGATCTGACTATATATAATAGAGAGATGAAATGCTATGAGCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGTAATAAATTGGATAAGTTCTTTGTTGTCAAAAGAACTAATTTAGAAGTTTATAATAAAGAGAAAACTTATTATGAGTT      
  consensus/100%                         GussATssssTsGAssssTssTTTGTsGTsAAuAGusssusTsTssssussTAssAssssGAuusussssssTAsuAsss      
  consensus/90%                          GussATssssTsGAssssTssTTTGTsGTsAAuAGusssusTsTssssussTAssAssssGAuusussssssTAsuAsss      
  consensus/80%                          GGsuATssATTuGAssssTsCTTTGTsGTTAAGAGusssAsTsTusssAssTAssAssusGAuuAuAssssTTATuAsTT      
  consensus/70%                          GGsuATssATTuGAssssTsCTTTGTsGTTAAGAGusssAsTsTusssAssTAssAssusGAuuAuAssssTTATuAsTT      

                        cov    pid 16081          .         1         .         .         .         .         :         . 16160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTTAAGGATTGTCCAGCTGTTGCTAAACATGACTTCTTTAAGTTTAGAATAGACGGTGACATGGTACCACATATATCAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGTTAAAGATTGTCCAGCGGTTGCTGTCCATGACTTTTTCAAGTTTAGAGTAGATGGTGACATGGTACCACATATATCAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTACGTGACTGTGATGCTGTAGCTCCCCATGATTTCTTCATCTTTGATGTAGACAAAGTTAAAACACCTCATATTGTAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTAAAAGATTGTAAGTTTGTGGCTGAACACGATTTCTTTACATTTGATGTAGAAGGTAGTCGTGTGCCACACATTGTAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GACTAAAAGTTGTGGTGTTGTGGCTGAACATGATTTCTTTACATTTGATATTGATGGTAGTCGCGTGCCACATATAGTTC      
  consensus/100%                         sssssusuusTGTssssssGTsGCTsssCAsGAsTTsTTsAssTTTuusuTsGAsuususssssusuCCsCAsATssssC      
  consensus/90%                          sssssusuusTGTssssssGTsGCTsssCAsGAsTTsTTsAssTTTuusuTsGAsuususssssusuCCsCAsATssssC      
  consensus/80%                          usTsAAuGATTGTsssGsTGTsGCTussCATGAsTTCTTsAsuTTTuusuTAGAsGGTuussssGTuCCACATATsssAC      
  consensus/70%                          usTsAAuGATTGTsssGsTGTsGCTussCATGAsTTCTTsAsuTTTuusuTAGAsGGTuussssGTuCCACATATsssAC      

                        cov    pid 16161          .         .         .         2         .         .         .         . 16240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTCAACGTCTTACTAAATACACAATGGCAGACCTCGTCTATGCTTTAAGGCATTTTGATGAAGGTAATTGTGACACATTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTCAGCGTCTAACTAAATACACAATGGCTGATTTAGTCTATGCTCTACGTCATTTTGATGAGGGTAATTGTGATACATTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTCAGCGTTTAACTGAGTACACTATGATGGATCTTGTATATGCCCTGAGGCACTTTGATCAA---AATAGCGAAGTGCTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCAAGGATTTAACAAAGTATACTATGTTGGATCTTTGCTATGCATTGCGACATTTTGATCGCAATGATTGCATGCTGCTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTAGGAATCTTTCAAAGTATACTATGTTAGATCTTTGCTATGCATTGCGTCATTTTGATCGTAATGATTGTTCAATATTG      
  consensus/100%                         GssuusuTsTssCsuAuTAsACsATGsssGAssTssssTATGCssTusGsCAsTTTGATsus...uATsGssssssusTs      
  consensus/90%                          GssuusuTsTssCsuAuTAsACsATGsssGAssTssssTATGCssTusGsCAsTTTGATsus...uATsGssssssusTs      
  consensus/80%                          GTsAGsuTsTsACsAAuTAsACsATGssuGATCTsssCTATGCssTusGsCATTTTGATsusuuTuATTGsussususTs      
  consensus/70%                          GTsAGsuTsTsACsAAuTAsACsATGssuGATCTsssCTATGCssTusGsCATTTTGATsusuuTuATTGsussususTs      

                        cov    pid 16241          :         .         .         .         .         3         .         . 16320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAAGAAATACTTGTCACATACAATTGTTGTGATGATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATGATTTTGTAGAAAACCC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAAGAAATACTCGTCACATACAATTGCTGTGATGATGATTATTTCAATAAGAAGGATTGGTATGACTTCGTAGAGAATCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAGGCTATCTTAGTGAAGTATGGTTGCTGTGATGTTACCTACTTTGAAAATAAACTCTGGTTTGATTTTGTTGAAAATCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTGACATTCTCTCTATATATGCTGGTTGTGAACAATCCTACTTTACTAAGAAGGATTGGTATGATTTTGTTGAAAATCC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTGAAATTCTTTGTGAGTATGCTGATTGTAAAGAATCCTACTTTTCTAAGAAAGATTGGTATGATTTTGTTGAAAATCC      
  consensus/100%                         susGssATssTssssusuTAsusTsusTGTuAsssssssTAsTTssssAAsAAusssTGGTsTGAsTTsGTsGAuAAsCC      
  consensus/90%                          susGssATssTssssusuTAsusTsusTGTuAsssssssTAsTTssssAAsAAusssTGGTsTGAsTTsGTsGAuAAsCC      
  consensus/80%                          susGAsATsCTssssAsuTAsusTsGsTGTGAsGAssssTAsTTsusTAAuAAuGAsTGGTATGATTTTGTsGAAAATCC      
  consensus/70%                          susGAsATsCTssssAsuTAsusTsGsTGTGAsGAssssTAsTTsusTAAuAAuGAsTGGTATGATTTTGTsGAAAATCC      

                        cov    pid 16321          .         .         :         .         .         .         .         4 16400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGATATATTACGCGTATACGCCAACTTAGGTGAACGTGTACGCCAAGCTTTGTTAAAAACAGTACAATTCTGTGATGCCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGACATCTTACGCGTATATGCTAACTTAGGTGAGCGTGTACGCCAATCATTATTAAAGACTGTACAATTCTGCGATGCTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CAGTGTTATTGGTGTTTATCATAAACTTGGAGAACGTGTACGCCAAGCTATCTTAAACACTGTTAAATTTTGTGACCACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGATATTATTAATGTGTATAAAAAGCTAGGACCTATTTTTAATAGAGCCCTAGTTAGCGCTACTGAGTTTGCGGACAAAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGATATTATTAATATATATAAAAAATTAGGCCCTATTTTTAATAGAGCTTTACTTAATACTGTCATTTTTGCAGACACCT      
  consensus/100%                         suusuTssTssusuTsTAssssAAssTsGGssssssTsTssussuAsCssTssTsAusuCsusssssTTssssGAsssss      
  consensus/90%                          suusuTssTssusuTsTAssssAAssTsGGssssssTsTssussuAsCssTssTsAusuCsusssssTTssssGAsssss      
  consensus/80%                          sGATATssTssusGTuTATussAAssTAGGssssssTsTssussuAGCssTusTsAAsACTGTssAuTTssssGAsusss      
  consensus/70%                          sGATATssTssusGTuTATussAAssTAGGssssssTsTssussuAGCssTusTsAAsACTGTssAuTTssssGAsusss      

                        cov    pid 16401          .         .         .         .         :         .         .         . 16480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGCGAAATGCTGGTATTGTTGGTGTACTGACATTAGATAATCAAGATCTCAATGGTAACTGGTATGATTTCGGTGATTTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCGTGATGCAGGCATTGTAGGCGTACTGACATTAGATAATCAGGATCTTAATGGGAACTGGTACGATTTCGGTGATTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGTCAAGGCTGGTTTAGTCGGTGTGCTCACACTAGACAACCAGGACCTTAATGGCAAGTGGTATGATTTTGGTGACTTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGGTGGAGGTAGGCTTAGTAGGCGTTTTAACACTTGATAATCAAGATTTAAATGGTAAATGGTATGATTTTGGTGACTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGTTGAAGTAGGTTTAGTTGGTGTTTTAACTTTAGATAACCAAGATTTGTATGGTCAATGGTATGATTTTGGTGATTTT      
  consensus/100%                         TusssuAsGssGGssTsGTsGGsGTssTsACssTsGAsAAsCAuGAssTssATGGssAsTGGTAsGATTTsGGTGAsTss      
  consensus/90%                          TusssuAsGssGGssTsGTsGGsGTssTsACssTsGAsAAsCAuGAssTssATGGssAsTGGTAsGATTTsGGTGAsTss      
  consensus/80%                          TGsssuAsGssGGssTsGTsGGsGTssTuACAsTAGATAAsCAuGATsTsAATGGsAAsTGGTATGATTTsGGTGAsTTs      
  consensus/70%                          TGsssuAsGssGGssTsGTsGGsGTssTuACAsTAGATAAsCAuGATsTsAATGGsAAsTGGTATGATTTsGGTGAsTTs      

                        cov    pid 16481          .         5         .         .         .         .         :         . 16560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATACAAACCACGCCAGGTAGTGGAGTTCCTGTTGTAGATTCTTATTATTCATTGTTAATGCCTATATTAACCTTGACCAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTACAAGTAGCACCAGGCTGCGGAGTTCCTATTGTGGATTCATATTACTCATTGCTGATGCCCATCCTCACTTTGACTAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTAATCACTCAACCTGGTTCAGGAGTAGCTATAGTTGATAGCTACTATTCTTATTTGATGCCTGTGCTCTCAATGACCGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTATTGCAGCCCCAGGATGTGGTGTTGCTATAGCAGATTCTTATTATTCTTATATCATGCCTATGCTGACCATGTGTCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATACAAACAGCCCCAGGGTTTGGTGTGGCAGTTGCAGATTCTTACTATTCTTATATGATGCCTATGTTGACTATGTGTCA      
  consensus/100%                         uTssssusssssCCsGGssssGGsGTssCsuTsGssGATsssTAsTAsTCsTsssTsATGCCsuTssTssCssTGssssu      
  consensus/90%                          uTssssusssssCCsGGssssGGsGTssCsuTsGssGATsssTAsTAsTCsTsssTsATGCCsuTssTssCssTGssssu      
  consensus/80%                          uTAsssuCsuCsCCAGGsTssGGsGTssCTuTsGsuGATTCsTAsTATTCsTsssTuATGCCTATusTsACssTGssssu      
  consensus/70%                          uTAsssuCsuCsCCAGGsTssGGsGTssCTuTsGsuGATTCsTAsTATTCsTsssTuATGCCTATusTsACssTGssssu      

                        cov    pid 16561          .         .         .         6         .         .         .         . 16640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGCTTTAACTGCAGAGTCACATGTTGACACTGACTTAACAAAGCCTTACATTAAGTGGGATTTGTTAAAATATGACTTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGCATTGGCTGCTGAGTCCCATATGGATGCTGATCTCGCAAAACCACTTATTAAGTGGGATTTGCTGAAATATGATTTTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGTCTGGCCGCTGAGACACATAGGGATTGTGATTTTAATAAACCACTCATTGAGTGGCCACTTACTGAGTATGATTTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGCATTGGATTGCGAATTGTATGTGAATAATGCTTATAGACTA------------TTTGATCTTGTACAGTATGATTTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTATTAGATTGTGAATTATTTGTTAATGATAGTTATAGACAA------------TTCGATCTTGTACAGTATGATTTTA      
  consensus/100%                         sssssTuusssssGAusssssTussuAsssTusssssussssu............TssssssTsssssAuTATGAsTTsA      
  consensus/90%                          sssssTuusssssGAusssssTussuAsssTusssssussssu............TssssssTsssssAuTATGAsTTsA      
  consensus/80%                          sGssTTuGsTsssGAuTsusATuTsuATusTGuTTssAsAsAA............TssGATsTssTusAuTATGATTTTA      
  consensus/70%                          sGssTTuGsTsssGAuTsusATuTsuATusTGuTTssAsAsAA............TssGATsTssTusAuTATGATTTTA      

                        cov    pid 16641          :         .         .         .         .         7         .         . 16720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CGGAAGAGAGGTTAAAACTCTTTGACCGTTATTTTAAATATTGGGATCAGACATACCACCCAAATTGTGTTAACTGTTTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGGAAGAGAGACTTTGTCTCTTCGACCGTTATTTTAAATATTGGGACCAGACATACCATCCCAATTGTATTAACTGTTTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTGATTATAAGGTACAACTCTTTGAGAAGTACTTTAAATATTGGGATCAGACGTATCACGCAAATTGCGTTAATTGTACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTGATTACAAGCTTGAATTGTTTAATAAGTATTTTAAGCACTGGAGTATGCCATATCATCCTAACACTGTTGATTGTCAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTGATTACAAGTTAGAGTTGTTTAATAAGTATTTTAAGTATTGGGGTATGAAGTATCATCCTAATACTGTGGATTGTGAT      
  consensus/100%                         CsGAssAsAuusTssussTsTTsuAssusTAsTTTAAusAsTGGuusssGssuTAsCAssCsAAssssuTsuAsTGTsss      
  consensus/90%                          CsGAssAsAuusTssussTsTTsuAssusTAsTTTAAusAsTGGuusssGssuTAsCAssCsAAssssuTsuAsTGTsss      
  consensus/80%                          CsGAssAsAuGsTssAusTsTTTuAssusTATTTTAAuTATTGGGuTssGACuTAsCAsCCsAATssTGTTuAsTGTsss      
  consensus/70%                          CsGAssAsAuGsTssAusTsTTTuAssusTATTTTAAuTATTGGGuTssGACuTAsCAsCCsAATssTGTTuAsTGTsss      

                        cov    pid 16721          .         .         :         .         .         .         .         8 16800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GATGACAGATGCATTCTGCATTGTGCAAACTTTAATGTTTTATTCTCTACAGTGTTCCCACCTACAAGTTTTGGACCACT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GATGATAGGTGTATCCTTCATTGTGCAAACTTTAATGTGTTATTTTCTACTGTGTTTCCACCTACAAGTTTTGGACCACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GATGACCGTTGTGTGTTACATTGTGCTAATTTCAATGTATTGTTTGCTATGACCATGCCTAAGACTTGTTTCGGACCCAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATGATCGGTGTATTATACATTGTGCTAATTTTAACATACTTTTTAGTATGGTTTTACCTAATACATGTTTTGGGCCTCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATGATAGGTGTATTATTCATTGTGCTAATTTTAATATACTATTTAGTATGGTTTTACCTAATACTTGTTTTGGTCCCCT      
  consensus/100%                         uATGAssGsTGsuTssTsCATTGTGCsAAsTTsAAsuTssTsTTsssTAssusssTsCCssssACssGTTTsGGsCCssT      
  consensus/90%                          uATGAssGsTGsuTssTsCATTGTGCsAAsTTsAAsuTssTsTTsssTAssusssTsCCssssACssGTTTsGGsCCssT      
  consensus/80%                          GATGAssGuTGTATssTsCATTGTGCsAAsTTTAATuTusTuTTTssTAsuGTsTTsCCsssTACssGTTTTGGuCCsCT      
  consensus/70%                          GATGAssGuTGTATssTsCATTGTGCsAAsTTTAATuTusTuTTTssTAsuGTsTTsCCsssTACssGTTTTGGuCCsCT      

                        cov    pid 16801          .         .         .         .         :         .         .         . 16880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGTGAGAAAAATATTTGTTGATGGTGTTCCATTTGTAGTTTCAACTGGATACCACTTCAGAGAGCTAGGTGTTGTACATA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGTAAGAAAAATATTTGTAGATGGTGTTCCTTTTGTTGTTTCAACTGGATACCATTTTCGTGAGTTAGGAGTCGTACATA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTCCGAAAGATCTTTGTTGATGGCGTGCCATTTGTAGTATCTTGTGGTTATCACTACAAAGAATTAGGTTTAGTCATGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTAGGCAAATTTTTGTGGATGGTGTGCCTTTTGTTGTTTCAATTGGCTACCATTATAAAGAACTTGGTATTGTGATGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTAGACAAATTTTTGTAGATGGTGTACCGTTTGTTGTTTCTATTGGTTACCATTACAAAGAGTTAGGTGTAGTTATGA      
  consensus/100%                         sGTssGusAuATsTTTGTsGATGGsGTsCCsTTTGTsGTsTCsssTGGsTAsCAsTsssusGAusTsGGssTsGTssssA      
  consensus/90%                          sGTssGusAuATsTTTGTsGATGGsGTsCCsTTTGTsGTsTCsssTGGsTAsCAsTsssusGAusTsGGssTsGTssssA      
  consensus/80%                          sGTsAGAsAAATsTTTGTsGATGGTGTsCCsTTTGTsGTTTCsAsTGGsTACCAsTssAuAGAusTAGGTuTsGTssssA      
  consensus/70%                          sGTsAGAsAAATsTTTGTsGATGGTGTsCCsTTTGTsGTTTCsAsTGGsTACCAsTssAuAGAusTAGGTuTsGTssssA      

                        cov    pid 16881          .         9         .         .         .         .         :         . 16960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCTAGACTTAGTTTTAAGGAATTACTTGTGTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCGCGTCTCAGTTTCAAGGAACTTTTAGTGTATGCTGCTGATCCAGCTATGCATGCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATATGGATGTTAGTCTCCATAGACATAGGCTCTCTCTTAAGGAGTTGATGATGTATGCCGCTGATCCAGCCATGCACATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATATGGATGTGGATACACATCGTTATCGCTTGTCTTTAAAAGACTTGCTTTTATATGCTGCTGATCCAGCTTTGCATGTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACTTAGATGTTGACACACACCGTTATCGTTTGTCTCTTAAAGATTTACTTCTTTATGCAGCAGATCCTGCTATGCACGTT      
  consensus/100%                         AsssuGATGTsuussssCAssGsssssGssTsssTsTsAAuGAssTssTssTsTATGCsGCsGAsCCsGCssTGCAsuss      
  consensus/90%                          AsssuGATGTsuussssCAssGsssssGssTsssTsTsAAuGAssTssTssTsTATGCsGCsGAsCCsGCssTGCAsuss      
  consensus/80%                          ATssGGATGTsuAsssACATsGsTsTsGssTsssTsTsAAuGAsTTusTssTuTATGCsGCTGATCCsGCTATGCAsGss      
  consensus/70%                          ATssGGATGTsuAsssACATsGsTsTsGssTsssTsTsAAuGAsTTusTssTuTATGCsGCTGATCCsGCTATGCAsGss      

                        cov    pid 16961          .         .         .         0         .         .         .         . 17040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCACTACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTTCTGGCAATTTATTGCTAGATAAACGCACTACATGCTTTTCAGTAGCTGCACTAACAAACAATGTTGCTTTTCAAAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCCTCCTCTAACGCTTTTCTTGATTTGAGGACATCATGTTTTAGTGTCGCTGCACTTACAACTGGTTTGACTTTTCAAAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCTTCTGCTAGTGCATTGTATGATTTACGCACTTGCTGTTTTAGTGTTGCCGCTATAACAAGCGGTGTAAAATTTCAAAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCATCTGCTAGTGCTCTGCTTGATTTACGAACTTGTTGTTTTAGTGTAGCTGCCATTACAAGTGGTATAAAATTTCAAAC      
  consensus/100%                         GCsTCssssAusssssTssssGATssusGsACssssTGsTTTsssGTsGCsGCssTsACsAssuuTsTsussTTTCAAAC      
  consensus/90%                          GCsTCssssAusssssTssssGATssusGsACssssTGsTTTsssGTsGCsGCssTsACsAssuuTsTsussTTTCAAAC      
  consensus/80%                          GCsTCTGsTAuTsssTTuCTsGATssACGsACTsssTGsTTTsssGTsGCTGCssTsACAAusuuTuTsussTTTCAAAC      
  consensus/70%                          GCsTCTGsTAuTsssTTuCTsGATssACGsACTsssTGsTTTsssGTsGCTGCssTsACAAusuuTuTsussTTTCAAAC      

                        cov    pid 17041          :         .         .         .         .         1         .         . 17120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTCAAACCCGGTAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTCAAACCCGGTAATTTTAATAAAGACTTTTATGACTTTGCTGTGTCTAAAGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTGCGGCCTGGCAATTTTAACCAAGACTTCTATGATTTCGTGGTATCTAAAGGTTTCTTTAAGGAGGGCTCTTCAGTGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGTTAAACCTGGTAATTTTAATCAGGATTTTTATGATTTTGTTTTAAGTAAAGGCCTGCTTAAAGAGGGTAGCTCAGTTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTAAAACCAGGTAACTTTAACCAAGACTTTTACGAGTTTGTTAAAAGTAAAGGCTTGTTTAAAGAGGGTAGTACAGTTG      
  consensus/100%                         sGTssuuCCsGGsAAsTTTAAssAuGAsTTsTAsGAsTTsGssssussTAAuGGssTssTTAAuGAuGGsssssCsGTsu      
  consensus/90%                          sGTssuuCCsGGsAAsTTTAAssAuGAsTTsTAsGAsTTsGssssussTAAuGGssTssTTAAuGAuGGsssssCsGTsu      
  consensus/80%                          TGTsAAACCsGGTAATTTTAAssAAGACTTsTATGAsTTTGsTuTussTAAAGGsTTsTTTAAuGAuGGsAGTTCsGTTG      
  consensus/70%                          TGTsAAACCsGGTAATTTTAAssAAGACTTsTATGAsTTTGsTuTussTAAAGGsTTsTTTAAuGAuGGsAGTTCsGTTG      

                        cov    pid 17121          .         .         :         .         .         .         .         2 17200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTGCTATCAGCGATTATGACTACTATCGTTATAATCTACCAACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGCAACGCTGCTATCAGTGATTATGACTATTATCGTTATAATCTGCCAACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CGCTCAAACATTTTTTCTTTGCTCAAGATGGTAATGCTGCTATTACAGATTATAATTACTATTCTTATAATCTGCCTACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATCTGAAGCACTTTTTCTTTACACAGGATGGTAATGCTGCTATTACTGATTATAATTATTATAAGTATAATTTGCCCACC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTTGAAACATTTTTTCTTTACTCAAGATGGTAATGCTGCAATTACTGATTATAATTATTATAAGTATAATTTACCTACT      
  consensus/100%                         sssTsAAuCAsTTsTTCTTTuCsCAuGATGGsAAsGCTGCsATsAssGATTATuAsTAsTATsssTATAATsTuCCsACs      
  consensus/90%                          sssTsAAuCAsTTsTTCTTTuCsCAuGATGGsAAsGCTGCsATsAssGATTATuAsTAsTATsssTATAATsTuCCsACs      
  consensus/80%                          AssTuAAACAsTTsTTCTTTuCTCAuGATGGTAATGCTGCTATsAssGATTATuAsTAsTATsusTATAATsTuCCsACs      
  consensus/70%                          AssTuAAACAsTTsTTCTTTuCTCAuGATGGTAATGCTGCTATsAssGATTATuAsTAsTATsusTATAATsTuCCsACs      

                        cov    pid 17201          .         .         .         .         :         .         .         . 17280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGTTGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGTGTGATATCAGACAACTCCTATTCGTAGTTGAAGTTGTTGATAAATACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGTGTGACATCAAACAAATGTTGTTCTGCATGGAAGTTGTAAACAAGTACTTCGAAATCTATGACGGTGGTTGTCTTAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGTGGACATTAAGCAGTTGTTGTTTGTTTTGGAAGTTGTTTATAAGTATTTTGAGATTTATGATGGTGGGTGTATACC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGGTTGATATTAAGCAGTTATTGTTTGTATTAGAAGTTGTTTATAAATATTTTGAAATTTATGATGGTGGTTGTATACC      
  consensus/100%                         ATGsssGAsATsAuuCAusTssTuTTsssssTsGAAGTTGTssAsAAuTAsTTsGAssssTAsGAsGGTGGsTGTsTsss      
  consensus/90%                          ATGsssGAsATsAuuCAusTssTuTTsssssTsGAAGTTGTssAsAAuTAsTTsGAssssTAsGAsGGTGGsTGTsTsss      
  consensus/80%                          ATGssTGAsATsAuuCAusTusTuTTsGTssTsGAAGTTGTTsATAAuTAsTTTGAsssTTAsGATGGTGGsTGTATsss      
  consensus/70%                          ATGssTGAsATsAuuCAusTusTuTTsGTssTsGAAGTTGTTsATAAuTAsTTTGAsssTTAsGATGGTGGsTGTATsss      

                        cov    pid 17281          .         3         .         .         .         .         :         . 17360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGCTAACCAAGTCATCGTCAACAACCTAGACAAATCAGCTGGTTTTCCATTTAATAAATGGGGTAAGGCTAGACTTTATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCCAACCAAGTAATCGTTAACAATCTGGATAAATCAGCTGGTTTCCCATTTAATAAATGGGGTAAGGCTAGACTTTATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCTTCTGAAGTGGTTGTTAATAATTTAGACAAGAGTGCTGGCCATCCTTTTAATAAGTTTGGCAAAGCTCGTGTCTATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGCATCACAAGTCATTGTTAATAATTATGATAAGAGTGCTGGCTATCCATTTAACAAATTTGGAAAAGCCAGGCTCTATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGCATCACAAGTTATTGTTAATAATTATGATAAAAGTGCTGGTTATCCATTTAATAAATTTGGTAAAGCCAGACTTTATT      
  consensus/100%                         sGCsssssAAGTsuTsGTsAAsAAssssGAsAAusssGCTGGssssCCsTTTAAsAAuTssGGsAAuGCssGssTsTATT      
  consensus/90%                          sGCsssssAAGTsuTsGTsAAsAAssssGAsAAusssGCTGGssssCCsTTTAAsAAuTssGGsAAuGCssGssTsTATT      
  consensus/80%                          sGCssssCAAGTsATsGTTAAsAATsssGAsAAusssGCTGGsTsTCCATTTAATAAATssGGsAAuGCsAGuCTsTATT      
  consensus/70%                          sGCssssCAAGTsATsGTTAAsAATsssGAsAAusssGCTGGsTsTCCATTTAATAAATssGGsAAuGCsAGuCTsTATT      

                        cov    pid 17361          .         .         .         4         .         .         .         . 17440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGATTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCATATACAAAACGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGACTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCGTATACTAAGCGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGAGAGCATGTCTTACCAGGAGCAAGATGAACTTTTTGCCATGACAAAGCGTAACGTCATTCCTACCATGACTCAAATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGAAGCATTATCATTTGAGGAACAGGATGAAATTTACGCTTATACTAAGCGTAATGTCCTGCCAACACTTACTCAAATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGAGGCATTATCATTTGAGGAACAGAATGAAATTTATGCATATACTAAACGTAATGTTCTGCCCACCTTAACTCAAATG      
  consensus/100%                         ATGAsssssTusssTsssAGGAsCAuuATGsAsTTTssGCssssACsAAuCGTAAsGTssTsCCsACssTsACTCAAATG      
  consensus/90%                          ATGAsssssTusssTsssAGGAsCAuuATGsAsTTTssGCssssACsAAuCGTAAsGTssTsCCsACssTsACTCAAATG      
  consensus/80%                          ATGAssCAsTusssTsTGAGGAsCAuGATGsAsTTTssGCsTATACsAAuCGTAATGTCsTsCCsACssTuACTCAAATG      
  consensus/70%                          ATGAssCAsTusssTsTGAGGAsCAuGATGsAsTTTssGCsTATACsAAuCGTAATGTCsTsCCsACssTuACTCAAATG      

                        cov    pid 17441          :         .         .         .         .         5         .         . 17520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AATCTTAAGTATGCCATTAGTGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACCAATAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AATCTTAAGTATGCCATTAGTGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACAAATAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AATCTAAAATATGCTATTAGTGCTAAGAATAGAGCTCGCACTGTTGCAGGCGTGTCCATACTTAGCACAATGACTAATCG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATTTGAAATATGCTATTAGTGCTAAGAATAGAGCCCGCACTGTTGCTGGTGTTTCCATACTTAGTACTATGACTGGCAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATTTAAAATATGCTATCAGTGCTAAGAATAGAGCTCGCACTGTAGCAGGTGTTTCTATTCTTAGTACTATGACAGGCCG      
  consensus/100%                         AATsTsAAuTATGCsATsAGTGCsAAGAATAGAGCsCGCACsGTsGCsGGsGTsTCsATsssTAGsACsATGACsuussG      
  consensus/90%                          AATsTsAAuTATGCsATsAGTGCsAAGAATAGAGCsCGCACsGTsGCsGGsGTsTCsATsssTAGsACsATGACsuussG      
  consensus/80%                          AATsTsAAuTATGCsATTAGTGCsAAGAATAGAGCTCGCACsGTsGCsGGTGTsTCsATsssTAGTACTATGACsuussG      
  consensus/70%                          AATsTsAAuTATGCsATTAGTGCsAAGAATAGAGCTCGCACsGTsGCsGGTGTsTCsATsssTAGTACTATGACsuussG      

                        cov    pid 17521          .         .         :         .         .         .         .         6 17600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACAGTTTCATCAAAAATTATTGAAATCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTAGTAATTGGAACAAGCAAATTCTATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACAGTTTCATCAGAAATTATTGAAGTCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTGGTAATTGGAACAAGCAAGTTTTACG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCAGTACCATCAGAAAATGCTTAAGTCCATGGCTGCAACTCGTGGAGCGACTTGCGTCATTGGTACTACAAAGTTCTACG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATGTTTCATCAAAAATGTTTGAAAAGTATAGCAGCTACACGTGGTGTTCCTGTAGTTATAGGCACCACTAAATTTTATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATGTTCCATCAAAAATGTTTGAAGAGTATAGCAGCTACCCGAGGTGTTCCTGTTGTTATAGGAACCACTAAATTTTATG      
  consensus/100%                         sssGTssCATCAuAAAssssTsAAusssATuGCsGCsACssGsGGsGsssCTsssGTsATsGGsACsAssAAuTTsTAsG      
  consensus/90%                          sssGTssCATCAuAAAssssTsAAusssATuGCsGCsACssGsGGsGsssCTsssGTsATsGGsACsAssAAuTTsTAsG      
  consensus/80%                          AssGTTsCATCAuAAATssTTGAAusssATAGCsGCsACssGsGGsGsTsCTGTsGTsATsGGsACsAssAAuTTsTAsG      
  consensus/70%                          AssGTTsCATCAuAAATssTTGAAusssATAGCsGCsACssGsGGsGsTsCTGTsGTsATsGGsACsAssAAuTTsTAsG      

                        cov    pid 17601          .         .         .         .         :         .         .         . 17680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTGGTTGGCACAACATGTTAAAAACTGTTTATAGTGATGTAGAAAACCCTCACCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGGCTGGCATAATATGTTAAAAACTGTTTACAGTGATGTAGAAACTCCACACCTTATGGGTTGGGATTATCCAAAATGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGGCTGGGATTTCATGCTTAAAACATTGTACAAAGATGTTGATAATCCGCATCTTATGGGTTGGGATTACCCTAAGTGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTGGCTGGGATGATATGTTACGCCGCCTTATTAAAGATGTTGACAATCCTGTACTTATGGGTTGGGATTATCCTAAGTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTGGTTGGGACGATATGTTACGTCATCTTATAAAGGATGTTGACAACCCTGTTCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGT      
  consensus/100%                         GTGGsTGGsAssssATGsTssusssssTssssAusGATGTsGAsAssCCssssCTTATGGGTTGGGATTAsCCsAAuTGT      
  consensus/90%                          GTGGsTGGsAssssATGsTssusssssTssssAusGATGTsGAsAssCCssssCTTATGGGTTGGGATTAsCCsAAuTGT      
  consensus/80%                          GTGGsTGGsAsuAsATGTTAsusssssTTsssAusGATGTsGAsAAsCCssssCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAuTGT      
  consensus/70%                          GTGGsTGGsAsuAsATGTTAsusssssTTsssAusGATGTsGAsAAsCCssssCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAuTGT      

                        cov    pid 17681          .         7         .         .         .         .         :         . 17760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GATAGAGCCATGCCTAACATGCTTAGAATTATGGCCTCACTTGTTCTTGCTCGCAAACATACAACGTGTTGTAGCTTGTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GACAGAGCCATGCCTAACATGCTTAGGATAATGGCCTCTCTTGTTCTTGCTCGCAAACATAACACTTGCTGTAACTTATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GATAGAGCTATGCCTAATATGTGTAGAATCTTCGCTTCACTCATATTAGCTCGTAAACATGGCACTTGTTGTACTACAAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATCGTGCTATGCCAAACCTACTACGTATTGTTAGTAGTTTGGTATTAGCCCGAAAACATGAGACATGTTGTTCGCAAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GATCGTGCTATGCCAAATATTTTGCGTATTGTTAGTAGTTTAGTTTTGGCCCGCAAACATGAATTTTGTTGTTCACATGG      
  consensus/100%                         GAssGsGCsATGCCsAAssTsssssGsATssTsussssssTsuTssTsGCsCGsAAACATusssssTGsTGTssssssss      
  consensus/90%                          GAssGsGCsATGCCsAAssTsssssGsATssTsussssssTsuTssTsGCsCGsAAACATusssssTGsTGTssssssss      
  consensus/80%                          GATsGsGCsATGCCsAAsATusTssGsATsuTsussssssTsGTssTsGCsCGsAAACATuusACsTGTTGTsssssuss      
  consensus/70%                          GATsGsGCsATGCCsAAsATusTssGsATsuTsussssssTsGTssTsGCsCGsAAACATuusACsTGTTGTsssssuss      

                        cov    pid 17761          .         .         .         8         .         .         .         . 17840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACACCGTTTCTATAGATTAGCTAATGAGTGTGCTCAAGTATTGAGTGAAATGGTCATGTGTGGCGGTTCACTATATGTTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACACCGTTTCTACAGGTTAGCTAACGAGTGTGCGCAAGTATTAAGTGAGATGGTCATGTGTGGCGGCTCACTATATGTTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGACAGATTTTATCGCTTGGCAAATGAGTGTGCTCAGGTGCTAAGCGAATATGTTCTATGTGGTGGTGGTTACTACGTCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CGATAGGTTTTATCGACTTGCGAATGAATGCGCACAAGTTTTGAGTGAAATTGTTATGTGTGGTGGCTGTTATTATGTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGATAGATTTTATCGCCTTGCGAATGAATGTGCTCAAGTTTTGAGTGAAATAGTTATGTGTGGCGGTTGCTATTATGTTA      
  consensus/100%                         ssAssGsTTsTAssGssTsGCsAAsGAuTGsGCsCAuGTssTuAGsGAusssGTssTuTGTGGsGGsssssssTAsGTsA      
  consensus/90%                          ssAssGsTTsTAssGssTsGCsAAsGAuTGsGCsCAuGTssTuAGsGAusssGTssTuTGTGGsGGsssssssTAsGTsA      
  consensus/80%                          ssAssGsTTsTATsGssTsGCsAATGAuTGTGCsCAAGTsTTuAGTGAAATsGTsATGTGTGGsGGsTsssssTATGTTA      
  consensus/70%                          ssAssGsTTsTATsGssTsGCsAATGAuTGTGCsCAAGTsTTuAGTGAAATsGTsATGTGTGGsGGsTsssssTATGTTA      

                        cov    pid 17841          :         .         .         .         .         9         .         . 17920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACCAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGTTTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACCAGGTGGAACATCATCCGGTGATGCTACAACTGCTTATGCTAATAGTGTCTTTAACATTTGTCAAGCTGTTACAGCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AACCTGGAGGTACCAGTAGCGGAGATGCCACCACTGCATATGCCAATAGTGTCTTTAACATTTTGCAGGCGACAACTGCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGCCTGGTGGCACTAGTAGTGGTGATGCAACTACTGCTTTTGCTAATTCAGTCTTTAACATATGTCAAGCTGTTTCAGCC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGCCTGGTGGTACTAGCAGTGGTGATGCAACTACTGCTTTTGCTAATTCTGTTTTTAATATATGTCAGGCTGTTACTGCT      
  consensus/100%                         AuCCsGGsGGsACsssssssGGsGATGCsACsACTGCsTsTGCsAATsssGTsTTTAAsATsTssCAuGCsusssCsGCs      
  consensus/90%                          AuCCsGGsGGsACsssssssGGsGATGCsACsACTGCsTsTGCsAATsssGTsTTTAAsATsTssCAuGCsusssCsGCs      
  consensus/80%                          AuCCsGGTGGsACsssssssGGsGATGCsACsACTGCTTsTGCTAATssTGTsTTTAACATsTGTCAuGCTGTsACsGCs      
  consensus/70%                          AuCCsGGTGGsACsssssssGGsGATGCsACsACTGCTTsTGCTAATssTGTsTTTAACATsTGTCAuGCTGTsACsGCs      

                        cov    pid 17921          .         .         :         .         .         .         .         0 18000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAACAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AATGTAAATGCACTTCTTTCAACTGATGGTAATAAGATAGCTGACAAGTATGTCCGCAATCTACAACACAGGCTCTATGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AATGTCAGTGCACTTATGGGTGCTAATGGCAACAAGATTGTTGACAAAGAAGTTAAAGACATGCAGTTTGATTTGTATGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATGTATGTGCCTTAATGTCATGCAATGGCAATAAGATTGAAGATCTTAGTATACGTGCTCTTCAGAAGCGCTTATACTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATGTTTGTTCTCTTATGGCCTGTAATGGCCATAAGATTGAAGATTTAAGTATACGCAATTTACAAAAACGCTTATACTC      
  consensus/100%                         AATGTssuTsCssTssTsssssssuATGGssAsAAuATsGssGAsssssusuTssususssTsCAussssussTsTAsss      
  consensus/90%                          AATGTssuTsCssTssTsssssssuATGGssAsAAuATsGssGAsssssusuTssususssTsCAussssussTsTAsss      
  consensus/80%                          AATGTssuTGCsCTTsTusCsssTuATGGsAAsAAGATTGssGAsssusuTuTsCGsuATsTuCAusAssGssTsTAsss      
  consensus/70%                          AATGTssuTGCsCTTsTusCsssTuATGGsAAsAAGATTGssGAsssusuTuTsCGsuATsTuCAusAssGssTsTAsss      

                        cov    pid 18001          .         .         .         .         :         .         .         . 18080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTGTCTCTATAGAAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTTCTCAATGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGTCTCTATAGAAATAGGGATGTTGATCATGAATTCGTGGATGAGTTTTACGCTTACCTGCGTAAACATTTCTCCATGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CAATGTTTACAGGAGCACTAGCCCAGACCCCAAATTTGTTGATAAATACTATGCTTTTCTTAATAAGCACTTTTCTATGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACATGTGTATAGAAGTGATAAGGTTGATTCAACCTTTGTCACAGAATATTATGAATTTTTAAATAAGCATTTTAGTATGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAATGTTTATCGTACAGATTATGTTGATTATACATTTGTTAATGAGTATTATGAATTTTTATGTAAGCATTTTAGTATGA      
  consensus/100%                         ssuTsTsTAssGsAssusssussssGAssssussTTsGTsussuAuTssTAsGssTsssTssuTAAuCAsTTssssATGA      
  consensus/90%                          ssuTsTsTAssGsAssusssussssGAssssussTTsGTsussuAuTssTAsGssTsssTssuTAAuCAsTTssssATGA      
  consensus/80%                          ssuTsTsTATAGuAusuusuAsGTTGAssssussTTTGTsuATGAuTsTTAsGssTsTsTusuTAAuCATTTssssATGA      
  consensus/70%                          ssuTsTsTATAGuAusuusuAsGTTGAssssussTTTGTsuATGAuTsTTAsGssTsTsTusuTAAuCATTTssssATGA      

                        cov    pid 18081          .         1         .         .         .         .         :         . 18160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCAAGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGATTCTTTCTGATGATGCCGTTGTGTGCTATAACAGTAACTATGCGGCTCAAGGTTTAGTAGCTAGCATTAAGAACTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGATACTGTCTGATGACGGTGTCGTTTGCTATAATAGTGATTATGCAGCTAAGGGTTACATTGCTGGAATACAGAATTTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGATTTTGAGTGATGATGGGGTTGTGTGTTATAATTCTGATTATGCGTCCAAAGGGTATATTGCTAATATAAGTGCCTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGATTTTGAGTGATGATGGTGTTGTCTGTTATAACTCTGATTATGCTAGTAAGGGTTATATAGCTAATATAAGTGTTTTT      
  consensus/100%                         TGATssTsssTGAsGAsGssGTsGTsTGsTssAAssssussTATGCsssssAuGGssssuTsGCTuusATssusussTTT      
  consensus/90%                          TGATssTsssTGAsGAsGssGTsGTsTGsTssAAssssussTATGCsssssAuGGssssuTsGCTuusATssusussTTT      
  consensus/80%                          TGATssTsssTGATGATGssGTTGTsTGsTATAAsssTuATTATGCusCTsAuGGTTssuTsGCTAusATAAusussTTT      
  consensus/70%                          TGATssTsssTGATGATGssGTTGTsTGsTATAAsssTuATTATGCusCTsAuGGTTssuTsGCTAusATAAusussTTT      

                        cov    pid 18161          .         .         .         2         .         .         .         . 18240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTTTATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAGGCAGTTCTTTATTATCAAAATAATGTGTTCATGTCTGAGGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAGGAAACGCTGTATTATCAGAACAATGTCTTTATGTCTGAAGCTAAATGCTGGGTGGAAACCGATCTGAAGAAAGGGCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAACAGGTATTATATTATCAAAATAACGTTTTTATGTCAGAATCCAAATGTTGGGTTGAACATGACATAAATAATGGACC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAACAAGTTTTGTACTATCAGAATAATGTCTTTATGTCTGAATCTAAATGTTGGGTTGAAAATGATATTACTAATGGTCC      
  consensus/100%                         sAussuusssTsTAsTATCAuAAsAAsGTsTTsATGTCsGAusCsAAATGsTGGussGAusssGAssTsAssAAsGGsCC      
  consensus/90%                          sAussuusssTsTAsTATCAuAAsAAsGTsTTsATGTCsGAusCsAAATGsTGGussGAusssGAssTsAssAAsGGsCC      
  consensus/80%                          sAussAGTssTsTATTATCAuAAsAATGTsTTTATGTCTGAAsCsAAATGTTGGusTGAuAsTGAssTsAsTAAsGGuCC      
  consensus/70%                          sAussAGTssTsTATTATCAuAAsAATGTsTTTATGTCTGAAsCsAAATGTTGGusTGAuAsTGAssTsAsTAAsGGuCC      

                        cov    pid 18241          :         .         .         .         .         3         .         . 18320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCATGAATTTTGCTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGATCCATCAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCACGAATTTTGCTCACAGCATACAATGCTAGTTAAACAAGGAGATGATTACGTGTACCTGCCTTACCCAGATCCATCAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACATGAATTCTGTTCACAGCATACGCTTTATATTAAGGATGGCGACGATGGTTACTTCCTTCCTTATCCAGACCCTTCAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCATGAATTCTGTTCACAACACACAATGCTTGTAAAGATGGATGGTGACGATGTCTACCTTCCATATCCTAATCCTAGTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCATGAATTTTGTTCCCAACATACTATGTTAGTTAAGATAGATGGTGATTATGTTTATTTACCATATCCAGATCCTTCTA      
  consensus/100%                         sCAsGAATTsTGsTCsCAuCAsACssTssssuTsAAusssGusGusGAssussssTsssTsCCsTAsCCsuAsCCsssss      
  consensus/90%                          sCAsGAATTsTGsTCsCAuCAsACssTssssuTsAAusssGusGusGAssussssTsssTsCCsTAsCCsuAsCCsssss      
  consensus/80%                          TCATGAATTsTGsTCsCAuCATACuATGsTsGTTAAussuGusGuTGATsATGTsTACCTsCCsTAsCCAGATCCsTCsA      
  consensus/70%                          TCATGAATTsTGsTCsCAuCATACuATGsTsGTTAAussuGusGuTGATsATGTsTACCTsCCsTAsCCAGATCCsTCsA      

                        cov    pid 18321          .         .         :         .         .         .         .         4 18400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GAATATTAGGCGCAGGCTGTTTTGTCGATGATATTGTCAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAAAGGTTCGTGTCACTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GAATTTTGTCTGCCGGTTGCTTTGTAGATGATATCGTTAAGACTGACGGTACACTCATGGTAGAGCGGTTTGTGTCTTTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTATATTAGGAGCTGGATGTTTTGTAGATGATTTGTTAAAGACTGATAGTGTTCTTTTAATAGAACGATTTGTAAGTCTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GAATTTTAGGAGCTGGTTGTTTTGTTGATGATTTATTGAAGACTGACAGTGTTCTTTTGATAGAGCGCTTTGTAAGTCTA      
  consensus/100%                         GsATssTusssGCsGGsTGsTTTGTsGATGATsTssTsAAuACsGAsuGTussCTssTuuTsGAusGsTTsGTussssTs      
  consensus/90%                          GsATssTusssGCsGGsTGsTTTGTsGATGATsTssTsAAuACsGAsuGTussCTssTuuTsGAusGsTTsGTussssTs      
  consensus/80%                          GAATsTTAGGsGCsGGsTGTTTTGTsGATGATsTssTsAAuACsGAsuGTussCTTsTGATsGAuCGuTTsGTussTsTu      
  consensus/70%                          GAATsTTAGGsGCsGGsTGTTTTGTsGATGATsTssTsAAuACsGAsuGTussCTTsTGATsGAuCGuTTsGTussTsTu      

                        cov    pid 18401          .         .         .         .         :         .         .         . 18480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCCTAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTATTGATGCTTACCCACTTACAAAACATCCTAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCACTTGTATTTACAATACATTAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTATAGATGCTTACCCTCTCACAAAGCATGAAGATATAGAATACCAGAATGTATTCTGGGTCTACTTACAGTATATAGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCAATAGATGCTTATCCACTTGTGTATCATGAAAATGAAGAATACCAAAAGGTTTTTCGTGTTTATTTGGCGTATATAAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCTATAGATGCTTACCCTTTAGTACATCATGAAAATGAAGAATACCAAAAAGTCTTTCGTGTATATTTAGAATATATAAA      
  consensus/100%                         GCsATsGATGCTTAsCCssTsusssAsCATsssuATssuGAuTAssssuAsGTsTTssussTsTAsTTussuTAsATsuu      
  consensus/90%                          GCsATsGATGCTTAsCCssTsusssAsCATsssuATssuGAuTAssssuAsGTsTTssussTsTAsTTussuTAsATsuu      
  consensus/80%                          GCTATAGATGCTTACCCsCTsususAsCATsssAATsAuGAuTAssssuAsGTsTTTCussTsTAsTTAsAuTAsATAAu      
  consensus/70%                          GCTATAGATGCTTACCCsCTsususAsCATsssAATsAuGAuTAssssuAsGTsTTTCussTsTAsTTAsAuTAsATAAu      

                        cov    pid 18481          .         5         .         .         .         .         :         . 18560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAAGCTACATGATGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTCAAGGTATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAAGTTACATGATGAGCTTACTGGCCACATGTTGGACATGTATTCCGTAATGCTAACTAATGATAACACCTCACGGTACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAAACTGTATAAAGACCTTACAGGACACATGCTTGACAGTTATTCTGTCATGCTATGTGGTGATAATTCTGCTAAGTTTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAAGTTGTACAATGACCTGGGTAATCAGATCTTGGATAGCTACAGTGTTATTTTAAGTACTTGTGATGGACAAAAGTTCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAAACTGTATAATGATCTTGGTACTCAGATCTTAGATAGTTATAGTGTTATTTTAAGTACTTGTGATGGTTTAAAGTTTA      
  consensus/100%                         uAAusTusAsuAsGAssTsussussCAsATssTsGAsAssTAssssGTsATssTsssTusTsuTuAssssssssuGTsss      
  consensus/90%                          uAAusTusAsuAsGAssTsussussCAsATssTsGAsAssTAssssGTsATssTsssTusTsuTuAssssssssuGTsss      
  consensus/80%                          AAAusTusATuATGAsCTsussuusCAsATsTTuGAsAssTATssTGTsATssTAAsTAsTsuTuAsussssAAuGTsss      
  consensus/70%                          AAAusTusATuATGAsCTsussuusCAsATsTTuGAsAssTATssTGTsATssTAAsTAsTsuTuAsussssAAuGTsss      

                        cov    pid 18561          .         .         .         6         .         .         .         . 18640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGCTGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCACATACAGTCTTGCAGGCTGTAGGTGCTTGTGTATTGTGCAATTCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGGAAGAGGCATTCTATAGAGATCTCTATAGTTCGCCTACCACTTTGCAGGCTGTCGGTTCATGCGTTGTATGCCATTCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTGATGAGTCCTTTTACAAGAACATGTATTTAAGAAGTGCAGTTATGCAGAGTGTTGGAGCTTGCGTGGTCTGCTCTTCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTGAAGAATCATTTTACAAGAATATGTATTTAAAAAGTGCCGTGATGCAGAGTGTAGGTGCATGCGTTGTTTGTTCATCA      
  consensus/100%                         ssGAsssssssTTsTAsuuuusssTsTAssssssussTuCsusssTuCAGusTGTsGGssCsTGsGTssTsTGssssTCs      
  consensus/90%                          ssGAsssssssTTsTAsuuuusssTsTAssssssussTuCsusssTuCAGusTGTsGGssCsTGsGTssTsTGssssTCs      
  consensus/80%                          ssGAAsssssuTTTTAsuAGusTATGTAsssAssusuTuCsGTssTGCAGusTGTsGGsGCsTGsGTssTsTGCssTTCA      
  consensus/70%                          ssGAAsssssuTTTTAsuAGusTATGTAsssAssusuTuCsGTssTGCAGusTGTsGGsGCsTGsGTssTsTGCssTTCA      

                        cov    pid 18641          :         .         .         .         .         7         .         . 18720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACGTAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAGACTTCACTTCGTTGCGGTGCCTGTATTAGGAGACCATTCCTATGTTGCAAGTGCTGCTATGACCATGTCATTTCAAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CAGACTTCCCTACGCTGTGGGACATGCATCCGTAGACCATTTCTCTGCTGTAAATGCTGCTATGATCATGTTATAGCAAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAAACATCATTACGTTGTGGCAGTTGCATCAGAAAGCCTCTTCTTTGCTGCAAGTGTTGTTATGATCATGTTATGGCGAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAAACTTCTTTGCGTTGTGGCAGTTGTATACGTAAGCCTTTGTTATGTTGTAAATGTTGTTATGACCATGTTATGGCAAC      
  consensus/100%                         CAuACsTCssTssGsTGsGGsussTGsATssGsAuuCCssTssTsTGsTGsAAuTGsTGsTAsGAsCATGTsATssCuAC      
  consensus/90%                          CAuACsTCssTssGsTGsGGsussTGsATssGsAuuCCssTssTsTGsTGsAAuTGsTGsTAsGAsCATGTsATssCuAC      
  consensus/80%                          CAuACTTCssTuCGsTGTGGsussTGsATssGsAuuCCsTTssTsTGsTGsAAuTGsTGsTATGAsCATGTsATusCAAC      
  consensus/70%                          CAuACTTCssTuCGsTGTGGsussTGsATssGsAuuCCsTTssTsTGsTGsAAuTGsTGsTATGAsCATGTsATusCAAC      

                        cov    pid 18721          .         .         :         .         .         .         .         8 18800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATCACATAAATTAGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGACTCAACTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATCACACAAATTAGTGTTGTCTGTTAATCCCTATGTTTGCAATGCCCCAGGTTGTGATGTCACTGATGTGACACAACTGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCCACATAAGATGGTTTTGTCTGTTTCTCCTTACGTTTGTAATGCCCCTGGTTGTGGCGTTTCAGACGTTACTAAGCTAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGATCATAAATATGTCTTGAGTGTTTCACCATATGTGTGTAATGCACCAGGATGTGATGTAAATGATGTTACCAAATTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAATCATAAATATGTTTTGAGTGTCTCACCTTACGTTTGTAATGCACCTAACTGTGATGTGAGTGATGTCACCAAATTAT      
  consensus/100%                         ssssCAsAAusssGTsTTGssTGTssssCCsTAsGTsTGsAATGCsCCsuusTGTGusGTssssGAsGTsACssAusTsT      
  consensus/90%                          ssssCAsAAusssGTsTTGssTGTssssCCsTAsGTsTGsAATGCsCCsuusTGTGusGTssssGAsGTsACssAusTsT      
  consensus/80%                          ssssCATAAATssGTsTTGssTGTTsssCCsTAsGTTTGsAATGCsCCsGGsTGTGATGTsAssGATGTsACssAAsTuT      
  consensus/70%                          ssssCATAAATssGTsTTGssTGTTsssCCsTAsGTTTGsAATGCsCCsGGsTGTGATGTsAssGATGTsACssAAsTuT      

                        cov    pid 18801          .         .         .         .         :         .         .         . 18880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTTTCCATTGTGTGCTAATGGACAAGTTTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATCTAGGAGGTATGAGCTATTATTGCAAGTCACATAAGCCTCCCATTAGTTTTCCATTATGTGCTAATGGTCAGGTTTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTTAGGTGGTATGAGCTACTTTTGTGTAGATCATAGACCTGTGTGTAGTTTTCCACTTTGCGCTAATGGTCTTGTATTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATCTAGGTGGTATGTCATATTATTGTGAAGACCATAAGCCACAATATTCATTCAAGTTGGTAATGAATGGTCTGGTTTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTTGGGCGGTATGTCTTACTATTGTGAAAACCATAAACCCCATTATTCATTTAAGTTAGTTATGAATGGTATGGTCTTT      
  consensus/100%                         AssTuGGsGGTATGsssTAsTsTTGsususssCATAuuCCssssssTsssTTsssusTssssussAATGGssssGTsTTs      
  consensus/90%                          AssTuGGsGGTATGsssTAsTsTTGsususssCATAuuCCssssssTsssTTsssusTssssussAATGGssssGTsTTs      
  consensus/80%                          ATsTAGGsGGTATGsssTAsTATTGTuAAsssCATAAuCCsCssssTsssTTTssuTTusssussAATGGTCsuGTsTTT      
  consensus/70%                          ATsTAGGsGGTATGsssTAsTATTGTuAAsssCATAAuCCsCssssTsssTTTssuTTusssussAATGGTCsuGTsTTT      

                        cov    pid 18881          .         9         .         .         .         .         :         . 18960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTTTATATAAAAATACATGTGTTGGTAGCGATAATGTTACTGACTTTAATGCAATTGCAACATGTGACTGGACAAATGC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGTTTATACAAAAACACATGTGTAGGCAGTGACAATGTCACTGACTTCAATGCGATAGCAACATGTGATTGGACTAATGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGCTTATACAAGAATATGTGCACAGGTAGTCCTTCTATAGTTGAATTTAATAGGTTGGCTACCTGTGACTGGACTGAAAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTCTATATAAACAATCTTGTACAGGATCTCCGTACATAGACGATTTTAATCGTATAGCTAGTTGTAAATGGACCGATGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGTTTGTATAAACAATCTTGCACGGGTTCACCTTATATAGATGATTTTAATAAGATAGCTAGTTGTAAATGGACAGAAGT      
  consensus/100%                         GGssTuTAsAAusAssssTGsussGGssssssssssuTsussGAsTTsAATssssTsGCsAssTGTuAsTGGACsuAsus      
  consensus/90%                          GGssTuTAsAAusAssssTGsussGGssssssssssuTsussGAsTTsAATssssTsGCsAssTGTuAsTGGACsuAsus      
  consensus/80%                          GGTTTATAsAAAsAssCsTGsusuGGssssssssATuTsusTGAsTTTAATusuATuGCsAssTGTuAsTGGACsuAsGs      
  consensus/70%                          GGTTTATAsAAAsAssCsTGsusuGGssssssssATuTsusTGAsTTTAATusuATuGCsAssTGTuAsTGGACsuAsGs      

                        cov    pid 18961          .         .         .         0         .         .         .         . 19040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGGTGATTACATTTTAGCTAACACCTGTACTGAAAGACTCAAGCTTTTTGCAGCAGAAACGCTCAAAGCTACTGAGGAGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGGCGATTACATACTTGCCAACACTTGTACTGAGAGACTCAAGCTTTTCGCAGCAGAAACGCTCAAAGCCACTGAGGAAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGTGATTACACCCTTGCCAATACTACAACAGAACCACTCAAACTTTTTGCTGCTGAGACTTTACGTGCCACTGAAGAGG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGATGATTACATACTAGCTAATGAATGTACAGAGCGCTTGAAATTGTTTGCTGCAGAAACGCAAAAGGCAACCGAGGAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGATGATTATGTTCTGGCAAATGAGTGTATTGAACGTTTAAAGTTATTTGCTGCAGAAACTCAAAAGGCAACTGAAGAGG      
  consensus/100%                         sGusGATTAsusssTsGCsAAsusssssAssGAussssTsAAusTsTTsGCsGCsGAuACsssssusGCsACsGAuGAuu      
  consensus/90%                          sGusGATTAsusssTsGCsAAsusssssAssGAussssTsAAusTsTTsGCsGCsGAuACsssssusGCsACsGAuGAuu      
  consensus/80%                          TGuTGATTACATsCTsGCsAAsussTGTACsGAusGssTsAAusTsTTTGCsGCAGAAACsCssAAuGCsACTGAuGAuu      
  consensus/70%                          TGuTGATTACATsCTsGCsAAsussTGTACsGAusGssTsAAusTsTTTGCsGCAGAAACsCssAAuGCsACTGAuGAuu      

                        cov    pid 19041          :         .         .         .         .         1         .         . 19120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATTTAAACTGTCTTATGGTATTGCTACTGTACGTGAAGTGCTGTCTGACAGAGAATTACATCTTTCATGGGAAGTTGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATTTAAGCTGTCATATGGTATTGCCACTGTACGCGAAGTACTCTCTGACAGAGAATTGCATCTTTCATGGGAGGTTGGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CGTCTAAGCAGTCTTATGCTATTGCCACCATCAAAGAAATTGTTGGTGAGCGCCAACTATTACTTGTGTGGGAGGCTGGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CCTTTAAGCAGAGTTATGCATCAGCAACAATACAAGAGATTGTTAGTGAGCGCGAATTGATTCTCTCTTGGGAGATTGGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTTTTAAACAAAGCTATGCTTCTGCTACCATTCAAGAGATTGTTAGTGATAGAGAAGTTATTTTGTGTTGGGAGACAGGT      
  consensus/100%                         CsTsTAAuCsusssTATGsssssGCsACsuTssusGAuuTssTsssTGAssGssAAsTsssssTssssTGGGAuussGGs      
  consensus/90%                          CsTsTAAuCsusssTATGsssssGCsACsuTssusGAuuTssTsssTGAssGssAAsTsssssTssssTGGGAuussGGs      
  consensus/80%                          CsTTTAAuCsGsssTATGsTssTGCsACsuTsCusGAuuTssTsssTGAssGsGAAsTussTCTsTssTGGGAGusTGGs      
  consensus/70%                          CsTTTAAuCsGsssTATGsTssTGCsACsuTsCusGAuuTssTsssTGAssGsGAAsTussTCTsTssTGGGAGusTGGs      

                        cov    pid 19121          .         .         :         .         .         .         .         2 19200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAACCTAGACCACCACTTAACCGAAATTATGTCTTTACTGGTTATCGTGTAACTAAAAACAGTAAAGTACAAATAGGAGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAACCTAGACCACCATTGAACAGAAACTATGTCTTTACTGGTTACCGTGTAACTAAAAATAGTAAAGTACAGATTGGAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAGTCCAAACCACCACTCAATCGTAATTATGTTTTTACTGGTTATCATATAACCAAAAATAGTAAAGTGCAGCTCGGTGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAAGTTAAGCCACCACTTAATAAAAATTATGTTTTTACTGGCTACCATTTTACTAAAAATGGTAAGACAGTTTTAGGTGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAAGTTAAACCACCACTTAATAAAAATTATGTTTTCACAGGCTACCATTTTACTAGTACTGGTAAGACAGTTTTAGGTGA      
  consensus/100%                         AAusssAuuCCACCAsTsAAssusAAsTATGTsTTsACsGGsTAsCuTsTsACsAusAssuGTAAuusussssTsGGsGA      
  consensus/90%                          AAusssAuuCCACCAsTsAAssusAAsTATGTsTTsACsGGsTAsCuTsTsACsAusAssuGTAAuusussssTsGGsGA      
  consensus/80%                          AAAssTAuACCACCACTsAAssuAAATTATGTsTTTACTGGsTAsCuTsTsACTAAAAATuGTAAuusAssssTsGGsGA      
  consensus/70%                          AAAssTAuACCACCACTsAAssuAAATTATGTsTTTACTGGsTAsCuTsTsACTAAAAATuGTAAuusAssssTsGGsGA      

                        cov    pid 19201          .         .         .         .         :         .         .         . 19280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTACACCTTTGAAAAAGGTGACTATGGTGATGCTGTTGTTTACCGAGGTACAACAACTTACAAATTAAATGTTGGTGATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTACACCTTTGAAAAAGGTGACTATGGTGATGCTGTTGTGTACAGAGGTACTACGACATACAAGTTGAATGTTGGTGATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTACATTTTCGAGCGCATTGATTATAGTGATGCTGTATCCTACAAGTCTAGTACAACGTATAAACTGACTGTAGGTGACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTATGTTTTTGATAAGAGTGAGTTGACTAATGGTGTGTATTATCGCGCCACAACCACTTATAAGCTATCTGTAGGAGATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTATGTTTTTGATAAAAGTGAATTAACTAACGGTGTGTATTACCGCGCTACAACTACTTATAAACTTTCTATAGGTGATG      
  consensus/100%                         GTAsussTTsGAssususTGAsTssusTuAsGsTGTssssTAssussssAssACsACsTAsAAusTsssTuTsGGsGAss      
  consensus/90%                          GTAsussTTsGAssususTGAsTssusTuAsGsTGTssssTAssussssAssACsACsTAsAAusTsssTuTsGGsGAss      
  consensus/80%                          GTAsussTTTGAsAAuuGTGAsTssusTuATGsTGTssssTACsGsGsTACsACsACsTAsAAusTussTGTsGGTGATs      
  consensus/70%                          GTAsussTTTGAsAAuuGTGAsTssusTuATGsTGTssssTACsGsGsTACsACsACsTAsAAusTussTGTsGGTGATs      

                        cov    pid 19281          .         3         .         .         .         .         :         . 19360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATTTTGTGCTGACATCACATACAGTAATGCCATTAAGTGCACCTACACTAGTGCCACAAGAGCACTATGTTAGAATTACT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTTTGTGTTGACATCTCACACTGTAATGCCACTTAGTGCACCTACTCTAGTGCCACAAGAGCACTATGTGAGAATTACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCTTCGTACTTACCTCTCACTCTGTGGCTACCTTGACGGCGCCCACAATTGTGAATCAAGAGAGGTATGTTAAAATTACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTTTGTTTTAACCTCTCATTCAGTAGCTAATTTAAGTGCTCCTACGCTTGTTCCGCAGGAGAATTATAGTAGTATTA--      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTTGTTTTAACATCACATTCTGTAGCTAGTTTAAGTGCACCTACACTTGTCCCACAAGAGAACTATGCTAGTATAA--      
  consensus/100%                         ssTTsGTssTsACsTCsCAssCsGTuussssssTsAssGCsCCsACssTsGTssssCAuGAGsusTATussAusATsA..      
  consensus/90%                          ssTTsGTssTsACsTCsCAssCsGTuussssssTsAssGCsCCsACssTsGTssssCAuGAGsusTATussAusATsA..      
  consensus/80%                          ssTTTGTssTuACsTCsCAssCsGTAusssssTTuAGTGCuCCTACuCTsGTsCCuCAAGAGsAsTATGsTAGsATTA..      
  consensus/70%                          ssTTTGTssTuACsTCsCAssCsGTAusssssTTuAGTGCuCCTACuCTsGTsCCuCAAGAGsAsTATGsTAGsATTA..      

                        cov    pid 19361          .         .         .         4         .         .         .         . 19440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGCTTATACCCAACACTCAATATCTCAGATGAGTTTTCTAGCAATGTTGCAAATTATCAAAAGGTTGGTATGCAAAAGTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGCTTGTACCCAACACTCAACATCTCAGATGAGTTTTCTAGCAATGTTGCAAATTATCAAAAGGTCGGCATGCAAAAGTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGGTTGTACCCAACCATTACGGTACCTGAAGAGTTCGCAAGTCATGTTGCCAACTTCCAAAAATCAGGTTATAGTAAATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -GATTTGCTAGTGTTTATAGTGTGCTTGAGACGTTTCAGAACAATGTTGTTAATTATCAACACATTGGTATGAAACGTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -GATTTTCTAGTGTTTATAGTGTTCCATTGGTGTTTCAAAATAATGTTGCTAATTATCAGCACATTGGAATGAAACGTTA      
  consensus/100%                         .GsTTsssssssusssssAssuTsssssssusGTTssssAussATGTTGssAAsTssCAusAssssGGsssssussusTA      
  consensus/90%                          .GsTTsssssssusssssAssuTsssssssusGTTssssAussATGTTGssAAsTssCAusAssssGGsssssussusTA      
  consensus/80%                          .GsTTsTsssssusssssAusuTssCsGAsGsGTTTsssAusAATGTTGCsAATTATCAAsAsuTsGGsATGsAAsusTA      
  consensus/70%                          .GsTTsTsssssusssssAusuTssCsGAsGsGTTTsssAusAATGTTGCsAATTATCAAsAsuTsGGsATGsAAsusTA      

                        cov    pid 19441          :         .         .         .         .         5         .         . 19520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTCTACACTCCAGGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTCTGCTCGCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTCTACACTCCAAGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCCATCGGACTTGCTCTCTATTACCCATCTGCTCGCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTCACTGTTCAGGGACCACCTGGCACTGGCAAAAGTCATTTTGCTATAGGGTTAGCGATTTACTACCCTACAGCACGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTGCACCGTGCAAGGACCTCCTGGTACAGGGAAGTCACATCTTGCTATTGGTCTTGCTGTATTCTATTGTACAGCACGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGCACTGTTCAAGGTCCCCCTGGTACGGGAAAGTCTCATCTTGCTATAGGTCTAGCTGTTTATTACTACACAGCACGTG      
  consensus/100%                         ssssACssTsCAuGGsCCsCCTGGsACsGGsAAusssCATsTTGCsATsGGssTsGCssTsTssTAsssssCsGCsCGsu      
  consensus/90%                          ssssACssTsCAuGGsCCsCCTGGsACsGGsAAusssCATsTTGCsATsGGssTsGCssTsTssTAsssssCsGCsCGsu      
  consensus/80%                          sTssACssTsCAuGGACCsCCTGGTACsGGsAAGssTCATsTTGCTATsGGsCTsGCTsTsTAsTACssssCsGCsCGsu      
  consensus/70%                          sTssACssTsCAuGGACCsCCTGGTACsGGsAAGssTCATsTTGCTATsGGsCTsGCTsTsTAsTACssssCsGCsCGsu      

                        cov    pid 19521          .         .         :         .         .         .         .         6 19600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGCATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAGTGTATACGGCATGCTCTCATGCAGCTGTTGATGCCCTATGTGAAAAGGCATTAAAATATTTGCCCATAGATAAATGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGTTTATACAGCATGTTCACACGCAGCTGTTGATGCTTTGTGTGAAAAAGCTTTTAAATATTTGAACATTGCTAAATGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGTATACACAGCGGCCAGCCATGCAGCTGTTGACGCATTGTGTGAAAAAGCATATAAATTTTTGAATATAAATGATTGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGTTTATACTGCTGCTAGTCATGCTGCTGTAGATGCATTGTGTGAAAAAGCTTATAAGTTTTTAAATATTAACGATTGT      
  consensus/100%                         TsGTsTAsACsGCsssssssCAsGCsGCTGTsGAsGCssTuTGTGAuAAuGCsTssAAuTsTTTusssATsussuAsTGs      
  consensus/90%                          TsGTsTAsACsGCsssssssCAsGCsGCTGTsGAsGCssTuTGTGAuAAuGCsTssAAuTsTTTusssATsussuAsTGs      
  consensus/80%                          TsGTsTATACuGCsssssssCATGCsGCTGTTGATGCssTuTGTGAAAAuGCsTssAAATsTTTGsssATsuATuAsTGT      
  consensus/70%                          TsGTsTATACuGCsssssssCATGCsGCTGTTGATGCssTuTGTGAAAAuGCsTssAAATsTTTGsssATsuATuAsTGT      

                        cov    pid 19601          .         .         .         .         :         .         .         . 19680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGAGTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGTAGAATCATACCTGCGCGTGCGCGCGTAGAGTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACACTAGAACAGTATGTTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCCCGTATCATTCCTGCAAAGGCACGTGTTGAGTGCTATGACAGGTTTAAAGTTAATGAGACAAATTCTCAATATTTGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACTCGTATTGTTCCGGCCAAGGTCAGGGTGGAGTGCTATGATAAGTTTAAAATTAATGACACCACTCGTAAGTATGTGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACACGTATTATTCCTGCTAAAGTTCGTGTAGATTGTTATGATAAGTTTAAAATTAATGATACCACTTGTAAGTATGTTTT      
  consensus/100%                         ssssGsATsuTsCCsGCssusGsssGsGTsGAsTGsTsTGAsAuuTTsAAAuTsAATsssACssssssssAuTATsTsTT      
  consensus/90%                          ssssGsATsuTsCCsGCssusGsssGsGTsGAsTGsTsTGAsAuuTTsAAAuTsAATsssACssssssssAuTATsTsTT      
  consensus/80%                          AsssGsATsATsCCTGCssusGssCGsGTuGAGTGsTsTGATAAuTTsAAAuTsAATsssACsssssussAGTATGTsTT      
  consensus/70%                          AsssGsATsATsCCTGCssusGssCGsGTuGAGTGsTsTGATAAuTTsAAAuTsAATsssACsssssussAGTATGTsTT      

                        cov    pid 19681          .         7         .         .         .         .         :         . 19760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGTACTGTAAATGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAATTATGATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTGCACTGTAAATGCATTGCCAGAAACAACTGCTGACATTGTAGTCTTTGATGAAATCTCTATGGCTACTAATTATGACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAGTACTATTAATGCTCTACCAGAAACTTCTGCCGATATTCTGGTGGTTGATGAGGTTAGTATGTGCACTAATTATGATC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TACTACCATAAATGCATTACCTGAGATGGTGACTGATATTGTTGTTGTAGATGAAGTTAGTATGCTTACCAATTATGAGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACCACAATAAATGCATTACCAGAGTTGGTTACAGATATTGTTGTTGTTGATGAAGTTAGTATGCTTACTAATTATGAAT      
  consensus/100%                         ssssACsuTsAATGCssTuCCsGAussssssuCsGAsATssTsGTssTsGATGAuuTssssATGsssACsAATTATGAss      
  consensus/90%                          ssssACsuTsAATGCssTuCCsGAussssssuCsGAsATssTsGTssTsGATGAuuTssssATGsssACsAATTATGAss      
  consensus/80%                          TsssACsuTAAATGCATTuCCsGAuAsuussuCsGATATTGTsGTssTTGATGAAuTTssTATGsssACsAATTATGAss      
  consensus/70%                          TsssACsuTAAATGCATTuCCsGAuAsuussuCsGATATTGTsGTssTTGATGAAuTTssTATGsssACsAATTATGAss      

                        cov    pid 19761          .         .         .         8         .         .         .         . 19840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGACCCTGCTCAATTACCTGCACCACGCACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGAGTGTTGTCAATGCTAGACTTCGTGCAAAACACTACGTCTATATTGGCGATCCTGCTCAATTACCAGCCCCCCGCACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTCAATTATTAATGCACGTATTAAAGCTAAGCACATTGTCTATGTAGGAGATCCAGCACAGTTGCCAGCTCCTAGGACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTCTGTTATTAATGCTCGTATTCGCGCTAAGCATTATGTTTATATTGGTGATCCTGCTCAATTGCCAGCACCACGTGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTCTGTTATAAATGCTCGTATTAAAGCTAAACATTATGTATATATTGGAGATCCTGCTCAATTACCTGCACCACGTGTG      
  consensus/100%                         TssssuTTuTsAATGCssGssTssusGCsAAuCAssssGTsTAsuTsGGsGAsCCsGCsCAuTTuCCsGCsCCssGsuss      
  consensus/90%                          TssssuTTuTsAATGCssGssTssusGCsAAuCAssssGTsTAsuTsGGsGAsCCsGCsCAuTTuCCsGCsCCssGsuss      
  consensus/80%                          TsssTGTTuTsAATGCssGssTTsusGCTAAuCAsTATGTsTATATTGGsGATCCTGCTCAATTuCCsGCsCCsCGsusu      
  consensus/70%                          TsssTGTTuTsAATGCssGssTTsusGCTAAuCAsTATGTsTATATTGGsGATCCTGCTCAATTuCCsGCsCCsCGsusu      

                        cov    pid 19841          :         .         .         .         .         9         .         . 19920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGCTAACTAAGGGCACACTAGAACCAGAATATTTCAATTCAGTGTGTAGACTTATGAAAACTATAGGTCCAGACATGTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGCTGACTAAAGGCACACTAGAACCAGAATATTTTAATTCAGTGTGCAGACTTATGAAAACAATAGGTCCAGACATGTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGTTGACTAGAGGCACATTGGAACCAGAAAATTTCAATAGTGTCACTAGATTGATGTGTAACTTAGGTCCTGACATATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTATTGAGCAAGGGTACACTTGAACCTAAATATTTTAACACTGTTACTAAGCTCATGTGTTGCTTAGGGCCAGACATTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTGTTGAGCAAGGGTTCTTTAGAACCTAGGCACTTCAATTCTATTACTAAAATAATGTGTTGTTTAGGTCCTGATATCTT      
  consensus/100%                         sTusTuAssAuuGGssCssTsGAACCsuuusAsTTsAAssssuTssssAuusTsATGsusssssTAGGsCCsGAsATsTT      
  consensus/90%                          sTusTuAssAuuGGssCssTsGAACCsuuusAsTTsAAssssuTssssAuusTsATGsusssssTAGGsCCsGAsATsTT      
  consensus/80%                          TTGsTGAssAAuGGsACAsTuGAACCsuAAsATTTsAATsCsGTsssTAuAsTsATGsusssssTAGGTCCsGACATsTT      
  consensus/70%                          TTGsTGAssAAuGGsACAsTuGAACCsuAAsATTTsAATsCsGTsssTAuAsTsATGsusssssTAGGTCCsGACATsTT      

                        cov    pid 19921          .         .         :         .         .         .         .         0 20000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCTCGGAACTTGTCGGCGTTGTCCTGCTGAAATTGTTGACACTGTGAGTGCTTTGGTTTATGATAATAAGCTTAAAGCAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCTTGGAACTTGTCGCCGTTGTCCTGCTGAAATTGTTGACACTGTGAGTGCTTTAGTTTATGACAATAAGCTAAAAGCAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTAAGTATGTGCTACAGGTGTCCTAAGGAAATAGTAAGCACTGTGAGCGCTCTTGTCTACAATAATAAATTGTTAGCCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCTTGGTACATGTTATAGATGTCCTAAGGAAATCGTTGATACAGTGTCCGCCTTGGTTTATGAAAATAAGCTTAAGGCTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTGGGAAATTGTTATAGGTGTCCTAAAGAAATTGTAGAAACTGTTTCAGCATTGGTTTATGATAATAAACTCAAGGCTA      
  consensus/100%                         ssTsuGsAssTGssussGsTGTCCTussGAAATsGTsuusACsGTssssGCssTsGTsTAsuAsAATAAusTsssuGCss      
  consensus/90%                          ssTsuGsAssTGssussGsTGTCCTussGAAATsGTsuusACsGTssssGCssTsGTsTAsuAsAATAAusTsssuGCss      
  consensus/80%                          ssTsGGsAssTGTsussGsTGTCCTussGAAATsGTsGAsACTGTGsssGCsTTuGTTTATGAsAATAAuCTsAAuGCss      
  consensus/70%                          ssTsGGsAssTGTsussGsTGTCCTussGAAATsGTsGAsACTGTGsssGCsTTuGTTTATGAsAATAAuCTsAAuGCss      

                        cov    pid 20001          .         .         .         .         :         .         .         . 20080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATAAAGACAAATCAGCTCAATGCTTTAAAATGTTTTATAAGGGTGTTATCACGCATGATGTTTCATCTGCAATTAACAGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACAAGGATAAGTCAGCTCAATGCTTCAAAATGTTCTACAAAGGTGTTATTACACATGATGTTTCATCTGCAATCAACAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGAAGGAGCTTTCAGGCCAGTGCTTTAAAATACTCTATAAGGGCAATGTGACGCATGATGCTAGCTCTGCCATTAATAGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGAATGAGAGTAGTTCATTGTGTTTTAAGGTCTATTATAAGGGCGTTACAACACATGAAAGTTCTAGTGCTGTAAATATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAAATGATAATAGTTCATTATGTTTTAAAGTATATTTTAAGGGACAGACAACACATGAGAGTTCAAGTGCTGTAAATATT      
  consensus/100%                         AsAAsGAssssssssssssuTGsTTsAAuuTssssTssAAuGGssssussACuCATGAsusTsssssTGCsuTsAAsAss      
  consensus/90%                          AsAAsGAssssssssssssuTGsTTsAAuuTssssTssAAuGGssssussACuCATGAsusTsssssTGCsuTsAAsAss      
  consensus/80%                          AsAAsGAsAusssssCsssuTGsTTTAAAuTuTssTATAAGGGsusTAssACuCATGAsusTTCsssTGCsuTsAAsAsu      
  consensus/70%                          AsAAsGAsAusssssCsssuTGsTTTAAAuTuTssTATAAGGGsusTAssACuCATGAsusTTCsssTGCsuTsAAsAsu      

                        cov    pid 20081          .         1         .         .         .         .         :         . 20160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCACAAATAGGCGTGGTAAGAGAATTCCTTACACGTAACCCTGCTTGGAGAAAAGCTGTCTTTATTTCACCTTATAATTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCTCAAATAGGCGTTGTAAGAGAATTTCTTACACGCAATCCTGCTTGGAGAAAAGCTGTTTTTATCTCACCTTATAATTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCACAACTCACATTTGTGAAGAATTTTATTACTGCCAATCCGGCATGGAGTAAGGCAGTCTTTATTTCGCCTTACAATTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGCAGATTTATTTGATTAATAAGTTTTTGAAGGCTAACCCTTTGTGGCATAAAGCTGTTTTTATTAGCCCATATAATAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAACAGATATATCTAATTAGTAAATTTTTAAAAGCTAATCCAGTTTGGAATAGTGCTGTTTTTATTAGTCCTTATAATAG      
  consensus/100%                         CssCAusTsssssTsuTsAusuAsTTssTsAsssssAAsCCssssTGGsusAusGCsGTsTTTATssssCCsTAsAATss      
  consensus/90%                          CssCAusTsssssTsuTsAusuAsTTssTsAsssssAAsCCssssTGGsusAusGCsGTsTTTATssssCCsTAsAATss      
  consensus/80%                          CsuCAuATssussTsuTsAusuAuTTTsTsAsusssAAsCCsGssTGGAusAAuGCTGTsTTTATTsssCCTTATAATss      
  consensus/70%                          CsuCAuATssussTsuTsAusuAuTTTsTsAsusssAAsCCsGssTGGAusAAuGCTGTsTTTATTsssCCTTATAATss      

                        cov    pid 20161          .         .         .         2         .         .         .         . 20240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACAGAATGCTGTAGCCTCAAAGATTTTGGGACTACCAACTCAAACTGTTGATTCATCACAGGGCTCAGAATATGACTATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACAGAACGCTGTAGCTTCAAAAATCTTAGGATTGCCTACGCAGACTGTTGATTCATCACAGGGTTCTGAATATGACTATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACAGAATGCTGTGTCTCGTTCAATGCTGGGTCTTACCACTCAGACTGTTGATTCCTCACAGGGTTCAGAATACCAGTACG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCAGAACTTTGCAGCTAAGCGTGTTTTGGGTTTACAAACCCAAACCGTGGATTCTGCTCAAGGTTCTGAATATGATTATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCAGAATTATGTTGCTAAGCGTGTTTTAGGTGTTCAAACACAAACTGTAGATTCTGCTCAAGGTTCGGAATATGATTATG      
  consensus/100%                         sCAGAAsssTGsssCsssssssuTssTuGGssTssssACsCAuACsGTsGATTCssCsCAuGGsTCsGAATAssAsTAsG      
  consensus/90%                          sCAGAAsssTGsssCsssssssuTssTuGGssTssssACsCAuACsGTsGATTCssCsCAuGGsTCsGAATAssAsTAsG      
  consensus/80%                          sCAGAAsssTGTuGCTssususuTsTTuGGssTsCssACsCAuACTGTsGATTCssCsCAuGGTTCsGAATATGAsTATG      
  consensus/70%                          sCAGAAsssTGTuGCTssususuTsTTuGGssTsCssACsCAuACTGTsGATTCssCsCAuGGTTCsGAATATGAsTATG      

                        cov    pid 20241          :         .         .         .         .         3         .         . 20320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCATATTCACTCAAACCACTGAAACAGCTCACTCTTGTAATGTAAACAGATTTAATGTTGCTATTACCAGAGCAAAAGTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCATATTCACACAAACTACTGAAACAGCACACTCTTGTAATGTCAACCGCTTCAATGTGGCTATCACAAGGGCAAAAATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTATCTTCTGTCAAACAGCAGATACGGCACATGCTAACAACATTAACAGATTTAATGTTGCAATCACTCGTGCCCAAAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTATATATTCACAGACTGCAGAAACAGCGCATTCTGTAAATGTTAATCGCTTCAATGTTGCTATTACTCGAGCCAAGAAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTATATATTCACAAACAGCAGAAACAGCCCATTCTGTTAATGTTAATCGATTTAATGTTGCCATAACTAGAGCCAAGAAG      
  consensus/100%                         TsATsTsssssCAuACsuCsGAsACuGCsCAssCTsssAAsuTsAAssGsTTsAATGTsGCsATsACssGsGCssAuuss      
  consensus/90%                          TsATsTsssssCAuACsuCsGAsACuGCsCAssCTsssAAsuTsAAssGsTTsAATGTsGCsATsACssGsGCssAuuss      
  consensus/80%                          TsATATsssCsCAAACsuCsGAAACAGCsCAsTCTsssAATGTsAAssGsTTsAATGTTGCsATsACssGuGCsAAuAsu      
  consensus/70%                          TsATATsssCsCAAACsuCsGAAACAGCsCAsTCTsssAATGTsAAssGsTTsAATGTTGCsATsACssGuGCsAAuAsu      

                        cov    pid 20321          .         .         :         .         .         .         .         4 20400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGCATACTTTGCATAATGTCTGATAGAGACCTTTATGACAAGTTGCAATTTACAAGTCTTGAAAT---TCCACGTAGGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGCATTTTGTGCATAATGTCTGATAGAGATCTTTATGACAAACTGCAATTTACAAGTCTAGAAAT---ACCACGTCGCAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGTATTCTTTGTGTTATGACATCTCAGGCACTCTTTGAGTCCTTAGAGTTTACTGAATTGTCTTT---TACTAATTACAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTATTCTTTGTGTTATGAGTAATATGCAGTTGTTTGAAGCATTACAGTTTACTACATTGACCTTAGATAAAGTGCCACA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGCATTTTTTGTGTTATGAGTAATATGCAATTATTTGAATCTCTTAATTTTATTACTCTACCTTTAGATAAAATTCAAAA      
  consensus/100%                         GGsATssTsTGsuTsATGsssssTssussssTsTsTGAsssssTssAsTTTAssusssTsssssT...sssssssssssA      
  consensus/90%                          GGsATssTsTGsuTsATGsssssTssussssTsTsTGAsssssTssAsTTTAssusssTsssssT...sssssssssssA      
  consensus/80%                          GGsATTsTTTGsuTsATGssTuATAsusAssTsTsTGAsssssTusAuTTTACsAsssTussssT...TssAssTsusAA      
  consensus/70%                          GGsATTsTTTGsuTsATGssTuATAsusAssTsTsTGAsssssTusAuTTTACsAsssTussssT...TssAssTsusAA      

                        cov    pid 20401          .         .         .         .         :         .         .         . 20480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTGGCAACTTTACAAGCTGAAAATGTAACAGGACTCTTTAAAGATTGTAGTAAGGTAATCACTGGGTTACATCCTACAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTGGCTACATTACAAGCAGAAAATGTAACTGGACTTTTTAAGGACTGTAGTAAGATCATTACTGGTCTTCATCCTACAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTC---------CAGTCTCAGATTGTAACTGGCCTTTTTAAAGATTGCTCTAGAGAAACTTCTGGCCTCTCACCTGCTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGCCGTCGAAACTAAAGTTCAATGTAGTACTAATTTATTTAAAGATTGTAGCAAGAGTTATAGCGGTTATCACCCAGCTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCAAACTTTACCTCGTTTGCATTGCACAACTAATCTTTTTAAAGATTGTAGTAAAAGTTGCTTAGGTTATCATCCAGCGC      
  consensus/100%                         ssss.........susssssAssssussACsuussTsTTTAAuGAsTGssssAuuussssssssGGsssssssCCsuCss      
  consensus/90%                          ssss.........susssssAssssussACsuussTsTTTAAuGAsTGssssAuuussssssssGGsssssssCCsuCss      
  consensus/80%                          ssssussssssssCAussssAusuTusAACTuusCTsTTTAAAGATTGTAGTAAuussssssssGGssssCAsCCsuCsC      
  consensus/70%                          ssssussssssssCAussssAusuTusAACTuusCTsTTTAAAGATTGTAGTAAuussssssssGGssssCAsCCsuCsC      

                        cov    pid 20481          .         5         .         .         .         .         :         . 20560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGGCACCTACACACCTCAGTGTTGACACTAAATTCAAAACTGAAGGTTTATGTGTTGACATACCTGGCATACCTAAG---      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGGCACCTACACACCTCAGCGTTGATATAAAGTTCAAGACTGAAGGATTATGTGTTGACATACCAGGCATACCAAAG---      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGCACCAACATATGTTAGTGTTGATGACAAGTATAAGACGAGTGATGAGCTTTGCGTGAATCTTAATTTACCCGCA---      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGCTCCTTCATTTTTGGCAGTAGATGACAAATATAAGGCAACTGGCGATTTAGCCGTGTGTCTTGGTATTGGTGATTCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGCCCCCTCATTTTTAGCAGTTGATGATAAATATAAGGTTAATGAAAATTTGGCTGTAAATTTAAATATTTGTGAACCT      
  consensus/100%                         AsGCsCCssCAssssTsussGTsGAsussAAuTssAAuussussGussssssssssGssssssssuussTssssuss...      
  consensus/90%                          AsGCsCCssCAssssTsussGTsGAsussAAuTssAAuussussGussssssssssGssssssssuussTssssuss...      
  consensus/80%                          AsGCsCCssCAssssTsussGTTGATussAAuTssAAGuCsuusGussssTssGssGssAssCssuusATssssuAu...      
  consensus/70%                          AsGCsCCssCAssssTsussGTTGATussAAuTssAAGuCsuusGussssTssGssGssAssCssuusATssssuAu...      

                        cov    pid 20561          .         .         .         6         .         .         .         . 20640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GACATGACCTATAGAAGACTCATCTCTATGATGGGTTTTAAAATGAATTATCAAGTTAATGGTTACCCTAACATGTTTAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GACATGACCTACCGTAGACTCATCTCTATGATGGGTTTCAAAATGAATTACCAAGTCAATGGTTACCCTAATATGTTTAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AATGTCCCATACTCTCGTGTTATTTCCAGGATGGGCTTTAAACTCGATGCAACAGTTCCTGGATATCCTAAGCTTTTCAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCTGTTACATATTCAAGATTAATATCACTCATGGGTTTTAAATTGGATGTTACCCTTGATGGGTATTGTAAGCTTTTTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTTTAACATATTCTCGTTTAATATCTCTTATGGGTTTTAAATTAGATTTGACTCTTGATGGTTATTCTAAATTGTTTAT      
  consensus/100%                         usssTssCsTAsssssGssTsATsTCssssATGGGsTTsAAAsTsuATsssssssTsssTGGsTAsssTAAssTsTTsAT      
  consensus/90%                          usssTssCsTAsssssGssTsATsTCssssATGGGsTTsAAAsTsuATsssssssTsssTGGsTAsssTAAssTsTTsAT      
  consensus/80%                          GssuTsACsTAsssssGssTsATsTCssTsATGGGTTTTAAAsTuuATsssssssTTuATGGsTAssCTAAssTsTTTAT      
  consensus/70%                          GssuTsACsTAsssssGssTsATsTCssTsATGGGTTTTAAAsTuuATsssssssTTuATGGsTAssCTAAssTsTTTAT      

                        cov    pid 20641          :         .         .         .         .         7         .         . 20720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CACCCGCGAAGAAGCTATAAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGCTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CACCCGCGAAGAAGCTATTCGTCACGTTCGTGCGTGGATTGGCTTTGATGTAGAGGGCTGTCATGCAACTAGAGATGCTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TACTCGTGAAGAGGCTGTAAGGCAAGTTCGAAGCTGGATAGGCTTCGATGTTGAGGGTGCTCATGCTTCCCGTAATGCAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AACTAAAGAAGAAGCTGTTAAACGCGTGCGTGCCTGGGTTGGCTTTGATGCTGAAGGTGCTCATGCCACGCGTGATAGCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACTAAAGATGAAGCCATTAAACGTGTTAGAGGTTGGGTTGGTTTTGATGTTGAGGGCGCTCATGCTACTCGCGAAAACA      
  consensus/100%                         sACssusGAsGAuGCsuTssusCusGTssGsussTGGuTsGGsTTsGATGssGAuGGsssTCATGCssCssGsuAsusss      
  consensus/90%                          sACssusGAsGAuGCsuTssusCusGTssGsussTGGuTsGGsTTsGATGssGAuGGsssTCATGCssCssGsuAsusss      
  consensus/80%                          sACssusGAAGAAGCTuTsAuuCusGTsCGsGssTGGuTTGGCTTsGATGTsGAGGGsssTCATGCsACssGsGAsussu      
  consensus/70%                          sACssusGAAGAAGCTuTsAuuCusGTsCGsGssTGGuTTGGCTTsGATGTsGAGGGsssTCATGCsACssGsGAsussu      

                        cov    pid 20721          .         .         :         .         .         .         .         8 20800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGTACCTACAGGTTATGTTGATACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGGGTACTAACCTACCTCTCCAGCTAGGATTTTCTACAGGTGTTAACTTAGTAGCTGTACCGACTGGTTATGTTGACACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGGCACCAATGTGCCTCTACAATTAGGATTTTCAACTGGTGTGAACTTTGTTGTTCAGCCAGTTGGTGTTGTAGACACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGGGACAAATTTCCCACTTCAATTAGGATTTTCCACAGGAATTGATTTTGTTGTGGAAGCCACTGGTTTGTTTGCTGAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGGAACAAACTTTCCACTGCAAATAGGTTTTTCAACTGGTGTGGATTTTGTAGTTGAAGCTACTGGCTTATTTGCTGAG      
  consensus/100%                         ssGGsACsAAssTsCCssTsCAusTAGGsTTTTCsACsGGsuTsuAssTsGTsGssssusCsussGGsssssTsGssuss      
  consensus/90%                          ssGGsACsAAssTsCCssTsCAusTAGGsTTTTCsACsGGsuTsuAssTsGTsGssssusCsussGGsssssTsGssuss      
  consensus/80%                          TTGGsACsAAssTsCCsCTsCAusTAGGsTTTTCsACsGGTGTsuAsTTsGTsGsTGsAsCsACTGGTTsssTTGssuss      
  consensus/70%                          TTGGsACsAAssTsCCsCTsCAusTAGGsTTTTCsACsGGTGTsuAsTTsGTsGsTGsAsCsACTGGTTsssTTGssuss      

                        cov    pid 20801          .         .         .         .         :         .         .         . 20880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACCACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GAAAATAACACAGAATTCACCAGAGTTAATGCAAAACCTCCACCAGGTGACCAGTTTAAACATCTTATACCACTCATGTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GAGTGGGGTAACATGTTAACGGGCATTGCTGCACGTCCTCCACCAGGTGAACAGTTTAAGCACCTCGTGCCTCTTATGCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGAGATGGTTACAGCTTTAAAAAGGCTGTGGCGAAAGCTCCTCCTGGTGAACAATTTAAGCACCTCATCCCTTTGATGAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGAGATTGTTATACTTTTAAAAAAACTGTAGCTAAAGCTCCTCCTGGTGAAAAATTTAAACATTTAATACCCCTTATGTC      
  consensus/100%                         ssssussussssussTTssssuususTussGCssussCsCCsCCsGGsGAssAuTTTAAuCAssTsuTsCCssTsATGss      
  consensus/90%                          ssssussussssussTTssssuususTussGCssussCsCCsCCsGGsGAssAuTTTAAuCAssTsuTsCCssTsATGss      
  consensus/80%                          uuuuATuuTsssussTTsAssAuuusTussGCsAAAsCTCCsCCsGGTGAsCAuTTTAAuCAsCTsATuCCsCTsATGss      
  consensus/70%                          uuuuATuuTsssussTTsAssAuuusTussGCsAAAsCTCCsCCsGGTGAsCAuTTTAAuCAsCTsATuCCsCTsATGss      

                        cov    pid 20881          .         9         .         .         .         .         :         . 20960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAAGGACTTCCTTGGAATGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAGAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAAAGGCTTGCCCTGGAATGTAGTGCGTATTAAGATAGTACAAATGCTCAGTGATACACTGAAAGGATTGTCAGACAGAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAAGGGGGCTGCGTGGCCTATTGTTAGACGACGTATAGTGCAAATGTTGTCAGACACTTTAGACAAATTGTCTGATTACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAGAGGTCATCGCTGGGATGTTGTTAGACCTAGAATAGTACAAATGTTTGCAGATCATTTAATTGATCTGTCTGATTGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAAAGGTCAAAAGTGGGATATTGTTAGAATTAGAATTGTTCAAATGTTATCTGATTATCTTTTAGACCTTTCTGATAGTG      
  consensus/100%                         sAuuGGsssssssTGGssTuTsGTssGsssssusATsGTsCAAATGsTssssGAsssssTssssuussTsTCsGAssuss      
  consensus/90%                          sAuuGGsssssssTGGssTuTsGTssGsssssusATsGTsCAAATGsTssssGAsssssTssssuussTsTCsGAssuss      
  consensus/80%                          sAAAGGsssssssTGGuATuTsGTssGssssAuuATsGTuCAAATGTTssssGAsssssTsussuAssTsTCTGAssGsG      
  consensus/70%                          sAAAGGsssssssTGGuATuTsGTssGssssAuuATsGTuCAAATGTTssssGAsssssTsussuAssTsTCTGAssGsG      

                        cov    pid 20961          .         .         .         0         .         .         .         . 21040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAAAATAGGACCTGAGCGCACCTGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCGTGTTCGTCCTTTGGGCGCATGGCTTTGAGCTTACATCAATGAAGTACTTTGTCAAGATTGGACCTGAAAGAACGTGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTACGTTTGTTTGTTGGGCTCATGGCTTTGAATTAACGTCTGCATCATACTTTTGCAAGATAGGTAAGGAACAGAAGTGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGTGCTAGTTACATGGGCAGCCAACTTTGAGCTCACTTGTCTCCGCTACTTTGCAAAAGTAGGGCGTGAGATTTCTTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGTATTTATTACTTGGTCTGCCAGTTTTGAACTTACTTGTTTAAGGTATTTTGCTAAATTAGGCAGAGAGCTTAATTGT      
  consensus/100%                         ssususTsuTssssTGGsCssssuusTTTGAusTsACsTssssssssTAsTTTsssAAusTsGGssssGAussssssTGT      
  consensus/90%                          ssususTsuTssssTGGsCssssuusTTTGAusTsACsTssssssssTAsTTTsssAAusTsGGssssGAussssssTGT      
  consensus/80%                          TsGTuTTsGTssssTGGGCssssuGCTTTGAusTsACsTsTsTusuuTAsTTTGssAAuuTAGGssssGAusssAssTGT      
  consensus/70%                          TsGTuTTsGTssssTGGGCssssuGCTTTGAusTsACsTsTsTusuuTAsTTTGssAAuuTAGGssssGAusssAssTGT      

                        cov    pid 21041          :         .         .         .         .         1         .         . 21120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGCTTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTCTGTGTGACAAACGTGCAACTTGCTTTTCTACTTCATCAGATACTTATGCCTGCTGGAATCATTCTGTGGGTTTTGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCATGTGCAATAGACGCGCTGCAGCGTACTCTTCACCTCTGCAATCTTATGCCTGCTGGACTCATTCCTGCGGTTATGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATGTATGCACTAAACGTGCCACAGTTTACAATTCTAGAACTGGTTACTATGGTTGTTGGCGCCATAGTGTTACATGTGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATGTGTGTTCTAATCGTGCTACATGCTACAATTCTAGAACTGGTTATTATGGTTGTTGGCGCCATAGTTATACTTGTGA      
  consensus/100%                         sussTuTGssssAusCGsGCsuCssssTssssssCssssssssussssTATGssTGsTGGsssCATssssssussTsTGA      
  consensus/90%                          sussTuTGssssAusCGsGCsuCssssTssssssCssssssssussssTATGssTGsTGGsssCATssssssussTsTGA      
  consensus/80%                          suTsTuTGsusTAuACGTGCsACAsssTssssTsCTssssCsGusssTTATGssTGsTGGsusCATssTsssussTsTGA      
  consensus/70%                          suTsTuTGsusTAuACGTGCsACAsssTssssTsCTssssCsGusssTTATGssTGsTGGsusCATssTsssussTsTGA      

                        cov    pid 21121          .         .         :         .         .         .         .         2 21200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTACGTCTATAATCCGTTTATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTATGTCTATAACCCATTTATGATTGATGTTCAGCAGTGGGGCTTTACGGGTAACCTTCAGAGTAACCATGACCAACATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTATGTCTACAACCCTTTCTTTGTCGATGTTCAACAGTGGGGTTATGTAGGCAATCTTGCTACTAATCACGATCGTTATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTACTTGTATAATCCACTTATTGTTGATATTCAACAGTGGGGATATATTGGTTCTTTATCAAGTAATCATGATTTATATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTATGTGTATAATCCACTTATTGTAGATATACAACAGTGGGGTTATACAGGTTCTTTAACTAGTAATCACGATATAATTT      
  consensus/100%                         sTAssTsTAsAAsCCssTssTsuTsGATuTsCAuCAuTGGGGsTsTussGGsssssTssssAssAAsCAsGAssssssTT      
  consensus/90%                          sTAssTsTAsAAsCCssTssTsuTsGATuTsCAuCAuTGGGGsTsTussGGsssssTssssAssAAsCAsGAssssssTT      
  consensus/80%                          TTAsGTsTATAAsCCusTTATsuTsGATuTTCAACAGTGGGGsTsTAsuGGTssssTssssAGTAAsCAsGATssusATT      
  consensus/70%                          TTAsGTsTATAAsCCusTTATsuTsGATuTTCAACAGTGGGGsTsTAsuGGTssssTssssAGTAAsCAsGATssusATT      

                        cov    pid 21201          .         .         .         .         :         .         .         . 21280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCTAGCTGTCCACGAGTGCTTTGTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCCAGGTACATGGAAATGCACATGTGGCTAGTTGTGATGCTATCATGACTAGATGTTTAGCAGTCCATGAGTGCTTTGTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTCTGTCCATCAAGGAGCTCATGTGGCTTCTAATGATGCAATAATGACTCGTTGTTTAGCTATTCATTCTTGTTTTATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTAGTGTCCATAAAGGAGCACATGTTGCTTCCTCTGATGCTATAATGACACGGTGTTTGGCCGTTTATGATTGCTTTTGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTAATGTACATAAAGGTGCACATGTTGCGTCAGCTGATGCAATTATGACTCGTTGTTTAGCAATCTATGATTGTTTTTGT      
  consensus/100%                         GssssGTsCATsusuusGCsCATGTsGCssssssTGATGCsATsATGACssGsTGTsTuGCsuTssAssssTGsTTTsss      
  consensus/90%                          GssssGTsCATsusuusGCsCATGTsGCssssssTGATGCsATsATGACssGsTGTsTuGCsuTssAssssTGsTTTsss      
  consensus/80%                          GssusGTsCATuuAuusGCACATGTsGCTsssssTGATGCsATsATGACTsGsTGTTTAGCsuTssATGAsTGsTTTsss      
  consensus/70%                          GssusGTsCATuuAuusGCACATGTsGCTsssssTGATGCsATsATGACTsGsTGTTTAGCsuTssATGAsTGsTTTsss      

                        cov    pid 21281          .         3         .         .         .         .         :         . 21360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGGTGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAGCGCGTTGATTGGTCTGTTGAATACCCTATTATAGGAGATGAACTGAGGGTTAATTCTGCTTGCAGAAAAGTACAACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GAACGTGTGGATTGGGATATAGAGTATCCTTATATCTCACATGAAAAGAAATTGAATTCCTGTTGTAGAATCGTTGAGCG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATAATATTAATTGGAATGTGGAGTATCCCATCATTTCAAATGAGTTAAGTATTAATACCTCTTGTAGGGTCTTGCAGCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAATCTGTTAATTGGAATTTAGAGTATCCAATAATTTCTAATGAGGTCAGTATAAATACATCTTGTAGGTTATTGCAGCG      
  consensus/100%                         uAssssuTsuAsTGGssTsTsGAuTAsCCssssATsssssATGAusssAussTsAATsCsssTTGsAGussssTssAuCu      
  consensus/90%                          uAssssuTsuAsTGGssTsTsGAuTAsCCssssATsssssATGAusssAussTsAATsCsssTTGsAGussssTssAuCu      
  consensus/80%                          AAusuTGTTuATTGGusTuTsGAuTATCCsATsATssssuATGAusTuAusuTsAATsCssCTTGTAGuusssTsCAuCu      
  consensus/70%                          AAusuTGTTuATTGGusTuTsGAuTATCCsATsATssssuATGAusTuAusuTsAATsCssCTTGTAGuusssTsCAuCu      

                        cov    pid 21361          .         .         .         4         .         .         .         . 21440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATGGTTGTTAAAGCTGCATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATGGTTGTGAAGTCTGCATTGCTTGCTGATAAGTTTCCAGTTCTTCATGACATTGGAAATCCAAAGGCTATCAAGTGTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CAACGTCGTACGTGCTGCTCTTCTTGCCGGTTCATTTGACAAAGTCTATGATATTGGCAATCCTAAAGGAATTCCTATTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTGATTCTTAAAGCTGCCATGCTCTGCAACAGATATACTTTGTGTTATGATATTGGCAACCCAAAAGCGATTGCCTGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTCATGCTTAAAGCTGCCATGCTATGTAATAGATACAACTTATGTTATGACATAGGCAATCCTAAAGGTTTAGCTTGTG      
  consensus/100%                         sussuTssTssussCTGCssTssTssssuusssuTssssssssssssAsGAsATsGGsAAsCCsAAuGsssTssssssTG      
  consensus/90%                          sussuTssTssussCTGCssTssTssssuusssuTssssssssssssAsGAsATsGGsAAsCCsAAuGsssTssssssTG      
  consensus/80%                          suTsuTssTsAAuGCTGCssTuCTssssuAsAuATssssssTsssTsATGAsATTGGsAAsCCsAAAGssATsussTGTG      
  consensus/70%                          suTsuTssTsAAuGCTGCssTuCTssssuAsAuATssssssTsssTsATGAsATTGGsAAsCCsAAAGssATsussTGTG      

                        cov    pid 21441          :         .         .         .         .         5         .         . 21520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGCTTATAAAATAGAAGAATTATTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCCTCAGGCTGAAGTAGAATGGAAGTTCTACGATGCTCAGCCATGTAGTGACAAAGCTTACAAAATAGAGGAACTCTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGATGACCCTGTGGTTGATTGGCATTATTTTGATGCACAGCCCTTGACCAGGAAGG---------TACAACAGCTTTTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       T------CAAAGATTTTGATTTTAAGTTCTATGATGCCCAACCAATTGTTAAGTCTG---------TTAAGACTCTTTTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       T------CAAAGATTATGAATTTAAATTTTATGATGCTTTTCCTGTAGCCAAGTCTG---------TTAAACAGTTATTT      
  consensus/100%                         T......ssssGsssssGAsTsssAsTssTssGATGCssssCCssssussuussssG.........TssAussssTsTTs      
  consensus/90%                          T......ssssGsssssGAsTsssAsTssTssGATGCssssCCssssussuussssG.........TssAussssTsTTs      
  consensus/80%                          T......sussGAssTsGAsTssAAuTTsTATGATGCsCAuCCssssussuAssssG.........TsuAusAusTsTTs      
  consensus/70%                          T......sussGAssTsGAsTssAAuTTsTATGATGCsCAuCCssssussuAssssG.........TsuAusAusTsTTs      

                        cov    pid 21521          .         .         :         .         .         .         .         6 21600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGGTGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TATTCTTATGCTACACATCACGATAAATTCACTGATGGTGTTTGTTTGTTTTGGAATTGTAACGTTGATCGTTACCCAGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATACAGAGGACATGG---CCTCAAGATTTGCTGATGGGCTCTGCTTATTTTGGAACTGTAATGTACCAAAATATCCTAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATTCTTTTGAGGCACATAAGGACTCTTTTAAAGACGGTTTGTGTATGTTTTGGAACTGTAATGTGGATAAGTATCCACC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATGTCTATGATGTGCATAAAGATAATTTTAAAGATGGTTTATGTATGTTTTGGAATTGTAATGTTGATAAATATCCATC      
  consensus/100%                         TATssssssGssusus...ssssssssTTsussGAsGGssTsTGssTuTTTTGGAAsTGsAAsGTsssssusTAsCCsss      
  consensus/90%                          TATssssssGssusus...ssssssssTTsussGAsGGssTsTGssTuTTTTGGAAsTGsAAsGTsssssusTAsCCsss      
  consensus/80%                          TATsCsTATGssusuCATsssGAsAusTTsAssGATGGTsTsTGssTuTTTTGGAAsTGTAATGTsGATAuuTATCCssC      
  consensus/70%                          TATsCsTATGssusuCATsssGAsAusTTsAssGATGGTsTsTGssTuTTTTGGAAsTGTAATGTsGATAuuTATCCssC      

                        cov    pid 21601          .         .         .         .         :         .         .         . 21680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAATTCCATTGTTTGTAGATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAATGCAATTGTGTGTAGGTTTGACACAAGAGTCTTGTCAAACTTGAACTTACCAGGCTGTGATGGTGGTAGTTTGTATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAATGCAATTGTATGCAGGTTTGACACACGTGTGCATTCTGAGTTCAATTTGCCAGGTTGTGATGGCGGTAGTTTGTATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAATGCAGTTGTATGTAGATTTGACACTAGAGTGTTGAATAATTTAAATCTTCCTGGCTGTAATGGAGGTAGTTTGTATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAATTCAATTGTTTGTAGATTTGACACTCGAGTGTTAAATAAATTAAACCTTCCTGGATGTAATGGTGGTAGTTTGTATG      
  consensus/100%                         sAATsCsuTTGTsTGsAGuTTTGACACssGsGTsssssssuAssTsAAssTsCCsGGsTGTuATGGsGGsAGTTTGTATG      
  consensus/90%                          sAATsCsuTTGTsTGsAGuTTTGACACssGsGTsssssssuAssTsAAssTsCCsGGsTGTuATGGsGGsAGTTTGTATG      
  consensus/80%                          sAATsCAATTGTsTGTAGuTTTGACACssGAGTGsTussTAAsTTsAAssTsCCsGGsTGTuATGGsGGTAGTTTGTATG      
  consensus/70%                          sAATsCAATTGTsTGTAGuTTTGACACssGAGTGsTussTAAsTTsAAssTsCCsGGsTGTuATGGsGGTAGTTTGTATG      

                        cov    pid 21681          .         7         .         .         .         .         :         . 21760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAAATAAACATGCATTCCACACACCAGCTTTTGATAAAAGTGCTTTTGTTAATTTAAAACAATTACCATTTTTCTATTAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGAATAAGCATGCATTCCACACTCCAGCTTTCGATAAAAGTGCATTTACTAATTTAAAGCAATTGCCTTTCTTTTACTAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTAACAAGCACGCTTTTCATACACCAGCATATGATGTGAGTGCATTCCGTGATCTGAAACCTTTACCATTCTTTTATTAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTAATAAACATGCATTCCACACTAAACCCTTTGCTAGGGCAGCCTTTGAGCATTTGAAGCCTATGCCATTCTTCTATTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTAATAAACATGCATTCCATACTAATCCTTTTACTAGAACTGTTTTTGAAAATCTTAAGCCTATGCCTTTTTTCTATTAT      
  consensus/100%                         TsAAsAAuCAsGCsTTsCAsACsssssCsTssusTusuussGssTTsssssATsTsAAuCsssTuCCsTTsTTsTAsTAs      
  consensus/90%                          TsAAsAAuCAsGCsTTsCAsACsssssCsTssusTusuussGssTTsssssATsTsAAuCsssTuCCsTTsTTsTAsTAs      
  consensus/80%                          TsAATAAuCATGCATTCCAsACsssAsCsTTTGsTAuuAsTGCsTTTussuATsTuAAuCsssTuCCsTTsTTsTATTAT      
  consensus/70%                          TsAATAAuCATGCATTCCAsACsssAsCsTTTGsTAuuAsTGCsTTTussuATsTuAAuCsssTuCCsTTsTTsTATTAT      

                        cov    pid 21761          .         .         .         8         .         .         .         . 21840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCTGACAGTCCATGTGAGTCTCATGGAAAACAAGTAGTG---TCAGATATAGATTATGTACCACTAAAGTCTGCTACGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCTGATAGTCCTTGTGAGTCTCATGGCAAACAAGTAGTG---TCGGATATTGATTATGTTCCACTCAAATCTGCTACGTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCTACTACACCATGTGAAGTGCATGGTAATGGTAGTATGATAGAGGATATTGATTATGTACCCCTAAAATCTGCAGTCTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCAGATACGCCTTGTGTGTATATGGATGGCATGGATGCT---AAGCAGGTTGATTATGTACCTTTGAAATCTGCCACGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCAGATACGCCTTGTGTGTACGTAGATGGTTTAGAATCT---AAACAAGTTGATTACGTTCCTTTAAGAAGCGCCACTTG      
  consensus/100%                         TCsussAssCCsTGTGsussssssGusuussssusssss...ssusAsuTsGATTAsGTsCCssTsAuusssGCsussTG      
  consensus/90%                          TCsussAssCCsTGTGsussssssGusuussssusssss...ssusAsuTsGATTAsGTsCCssTsAuusssGCsussTG      
  consensus/80%                          TCsGATAssCCsTGTGsGTsssssGusuusssuGssuss...ssusAsuTTGATTATGTsCCssTuAAATCTGCsACsTG      
  consensus/70%                          TCsGATAssCCsTGTGsGTsssssGusuusssuGssuss...ssusAsuTTGATTATGTsCCssTuAAATCTGCsACsTG      

                        cov    pid 21841          :         .         .         .         .         9         .         . 21920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TATAACACGTTGCAATTTAGGTGGTGCTGTCTGTAGACATCATGCTAATGAGTACAGATTGTATCTCGATGCTTATAACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TATTACACGATGCAATTTAGGTGGTGCTGTTTGCAGACACCATGCAAATGAGTACCGACAGTACTTGGATGCATATAATA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATTACAGCTTGTAATTTAGGGGGCGCTGTTTGTAGGAAGCATGCTACAGAGTACAGAGAGTATATGGAAGCATATAATC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CATCACAAGATGCAATTTAGGTGGTGCAGTTTGTTTAAAACATGCTGAAGAGTATCGTGAGTACTTAGAGTCTTACAATA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATCACACGGTGTAATCTAGGTGGAGCTGTTTGTTCAAAGCATGCTGAAGAATATTGTAACTACCTTGAGTCTTATAATA      
  consensus/100%                         sATsACAsssTGsAATsTAGGsGGsGCsGTsTGsssusAsCATGCsussGAuTAssGssssTAssTsGAssCsTAsAAss      
  consensus/90%                          sATsACAsssTGsAATsTAGGsGGsGCsGTsTGsssusAsCATGCsussGAuTAssGssssTAssTsGAssCsTAsAAss      
  consensus/80%                          TATsACAsGsTGsAATTTAGGTGGsGCTGTTTGTssAsAsCATGCTuAsGAGTAssGssAGTAssTsGAssCsTATAATA      
  consensus/70%                          TATsACAsGsTGsAATTTAGGTGGsGCTGTTTGTssAsAsCATGCTuAsGAGTAssGssAGTAssTsGAssCsTATAATA      

                        cov    pid 21921          .         .         :         .         .         .         .         0 22000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGATGATCTCAGCTGGCTTTAGCTTGTGGGTTTACAAACAATTTGATACTTATAACCTCTGGAACACTTTTACAAGACTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGATGATTTCTGCTGGATTTAGCCTATGGATTTACAAACAATTTGATACTTATAACCTGTGGAATACATTTACCAGGTTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGTCTCTGCATCAGGTTTCCGCCTTTGGTGTTATAAGACCTTTGATATTTATAATCTCTGGTCTACTTTTACAAAAGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGCTACTACAGCAGGTTTTACTTTTTGGGTCTATAAGACATTTGATTTTTATAATTTGTGGAATACGTTCACCAAGCTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGTTACTACAGCAGGCTTTACTTTTTGGGTTTATAAGAATTTTGATTTTTATAATTTATGGAACACTTTTACTACGTTA      
  consensus/100%                         ssussssssCssCsGGsTTsssssTsTGGsssTAsAAusssTTTGATssTTATAAssTsTGGsssACsTTsACsAsusTs      
  consensus/90%                          ssussssssCssCsGGsTTsssssTsTGGsssTAsAAusssTTTGATssTTATAAssTsTGGsssACsTTsACsAsusTs      
  consensus/80%                          TuuTsAsTsCAGCsGGsTTTAsssTsTGGuTTTAsAAusssTTTGATssTTATAAssTsTGGAAsACsTTTACsAuusTs      
  consensus/70%                          TuuTsAsTsCAGCsGGsTTTAsssTsTGGuTTTAsAAusssTTTGATssTTATAAssTsTGGAAsACsTTTACsAuusTs      

                        cov    pid 22001          .         .         .         .         :         .         .         . 22080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAGAGTTTAGAAAATGTGGCTTTTAATGTTGTAAATAAGGGACACTTTGATGGACAACAGGGTGAAGTACCAGTTTCTAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAGAGTTTAGAAAATGTGGCTTATAATGTTGTTAATAAAGGACACTTTGATGGACACGCCGGCGAAGCACCTGTTTCCAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CAAGGTTTGGAAAACATTGCTTTTAATGTTGTTAAACAAGGCCATTTTATTGGTGTTGAGGGTGAACTACCTGTAGCTGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAAAGCTTGGAGAATGTTGTATATAATTTAGTCAAGACTGGTCATTATACAGGACAGGCTGGTGAAATGCCTTGTGCCAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAGAGTTTAGAAAACGTAATATATAACTTGGTTAATGTTGGTCATTATGATGGACGTACAGGTGAATTACCTTGTGCTAT      
  consensus/100%                         CAuuGsTTuGAuAAsuTsussTsTAAssTsGTsAAssssGGsCAsTsTussGGsssssssGGsGAAssuCCsssssCsuT      
  consensus/90%                          CAuuGsTTuGAuAAsuTsussTsTAAssTsGTsAAssssGGsCAsTsTussGGsssssssGGsGAAssuCCsssssCsuT      
  consensus/80%                          CAuAGTTTuGAAAAsGTsGssTsTAATsTsGTsAAsussGGsCAsTsTusTGGACusussGGTGAAsTACCTssTsCsAT      
  consensus/70%                          CAuAGTTTuGAAAAsGTsGssTsTAATsTsGTsAAsussGGsCAsTsTusTGGACusussGGTGAAsTACCTssTsCsAT      

                        cov    pid 22081          .         1         .         .         .         .         :         . 22160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATTAATAACACTGTTTACACAAAAGTTGATGGTGTTGATGTAGAATTGTTTGAAAATAAAACAACATTACCTGTTAATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATTAATAATGCTGTTTACACAAAGGTAGATGGTATTGATGTGGAGATCTTTGAAAATAAGACAACACTTCCTGTTAATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTCAATGATAAGATCTTCACCAAGAGTGGCGTTAATGACATTTGTATGTTTGAGAATAAAACCACTTTGCCTACTAATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATAAATGATAAAGTTGTGGCTAAGATCGATAAGGAGGATGTTGTCATTTTTATTAATAATACAACATACCCTACTAATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATGAATGACAAAGTTGTTGTTAAGATTAATAATGTAGATACTGTTATTTTTAAAAATAATACATCATTTCCTACTAATA      
  consensus/100%                         suTsAATuAsussuTssssussAAuussuusussussGAsussssssTsTTTussAATAAsACssCssssCCTusTAATu      
  consensus/90%                          suTsAATuAsussuTssssussAAuussuusussussGAsussssssTsTTTussAATAAsACssCssssCCTusTAATu      
  consensus/80%                          sATsAATuAsAssGTTsssuCsAAGuTsGATuuTussGATuTsGssATsTTTuAuAATAAsACAACATTsCCTusTAATu      
  consensus/70%                          sATsAATuAsAssGTTsssuCsAAGuTsGATuuTussGATuTsGssATsTTTuAuAATAAsACAACATTsCCTusTAATu      

                        cov    pid 22161          .         .         .         2         .         .         .         . 22240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAGCATTTGAGCTTTGGGCTAAGCGCAACATTAAACCAGTACCAGAGGTGAAAATACTCAATAATTTGGGTGTGGACATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGCATTTGAGCTTTGGGCTAAGCGTAACATTAAACCAGTGCCAGAGATTAAGATACTCAATAATTTGGGTGTTGATATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAGCTTTTGAACTCTATGCTAAGCGTGCTGTACGCTCGCATCCCGATTTCAAATTGCTACACAATTTACAAGCAGACATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGGCCGTTGAATTATTTGCCAAGCGCAGTGTTCGACACCACCCAGAGCTTAAGCTCTTTAGAAATTTAAATATAGACGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGCTGTTGAATTGTTTACAAAACGTAGTATCCGGCACCACCCTGAACTTAAGATTCTTAGAAATTTGAACATTGATATT      
  consensus/100%                         TsGCssTTGAusTsTssuCsAAuCGsussuTssusssssssCCsGAssTsAAusTssTssusAATTTususussGAsuTs      
  consensus/90%                          TsGCssTTGAusTsTssuCsAAuCGsussuTssusssssssCCsGAssTsAAusTssTssusAATTTususussGAsuTs      
  consensus/80%                          TuGCssTTGAusTsTssGCsAAGCGsAusuTssuuCsssssCCsGAusTsAAusTsCTsAusAATTTuuusuTsGAsATs      
  consensus/70%                          TuGCssTTGAusTsTssGCsAAGCGsAusuTssuuCsssssCCsGAusTsAAusTsCTsAusAATTTuuusuTsGAsATs      

                        cov    pid 22241          :         .         .         .         .         3         .         . 22320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTGCTAATACTGTGATCTGGGACTACAAAAGAGATGCTCCAGCACATATATCTACTATTGGTGTTTGTTCTATGACTGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTGCTAATACTGTAATCTGGGACTACAAAAGAGAAGCCCCAGCACATGTATCTACAATAGGTGTCTGCACAATGACTGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCTACAAGTTCGTCCTTTGGGATTATGAACGTAGCAATATTTATGGTACTGCTACTATTGGTGTATGTAAGTACACTGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTGGAAGCACGTCATTTGGGATTATGCTAGAGAAAGTATATTTTGCAGTAATACCTATGGTGTCTGCATGTATACAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTGGAAGCATGTCCTGTGGGATTATGTTAAAGATAGTTTGTTTTGTAGTTCCACTTATGGTGTTTGTAAATACACAGA      
  consensus/100%                         ssssssAAssssGTssTsTGGGAsTAsusssusuususssssssssususssssACssssGGTGTsTGsssssssACsGA      
  consensus/90%                          ssssssAAssssGTssTsTGGGAsTAsusssusuususssssssssususssssACssssGGTGTsTGsssssssACsGA      
  consensus/80%                          ssTsssAAssssGTssTsTGGGAsTAsussAGAGAsusTssussssuTAsssCTACsssTGGTGTsTGsAsusssACsGA      
  consensus/70%                          ssTsssAAssssGTssTsTGGGAsTAsussAGAGAsusTssussssuTAsssCTACsssTGGTGTsTGsAsusssACsGA      

                        cov    pid 22321          .         .         :         .         .         .         .         4 22400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATAGCCAAGAAACCAACTGAAACGATTTGTGCACCACTCACTGTCTTTTTTGATGGTAGAGTTGATGGTCAAGTAGACT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATTGCCAAGAAACCTACTGAGAGTGCTTGTTCTTCACTTACTGTCTTGTTTGATGGTAGAGTGGAAGGACAGGTAGACC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATTGA------------------TGTTAATTCAGCTTTGAATATATGTTTTGACATACGCGATAATTGTTCATTGGAGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTAAA------------------GTTCATTGATAAATTGAATGTCCTTTTTGATGGTCGTGATAATGGTGCTCTTGAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTGAA------------------GTTCATCGAAAATTTGAATATACTTTTTGATGGTCGTGACACTGGCGCTTTAGAAG      
  consensus/100%                         ssTsus..................ssssssssssssssTsAsTuTssssTTTGAsusssGsGssusssGsssssTsGAss      
  consensus/90%                          ssTsus..................ssssssssssssssTsAsTuTssssTTTGAsusssGsGssusssGsssssTsGAss      
  consensus/80%                          ssTsus..................ssTsssTsssssssTsAsTuTssTTTTTGATGGTsGsGssuATGGsssssTuGAss      
  consensus/70%                          ssTsus..................ssTsssTsssssssTsAsTuTssTTTTTGATGGTsGsGssuATGGsssssTuGAss      

                        cov    pid 22401          .         .         .         .         :         .         .         . 22480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TATTTAGAAATGCCCGTAATGGTGTTCTTATTACAGAAGGTAGTGTTAAAGGTTTACAACCATCTGTAGGTCCCAAACAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTTTAGAAACGCCCGTAATGGTGTTTTAATAACAGAAGGTTCAGTCAAAGGTCTAACACCTTCAAAGGGACCAGCACAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTTCATGTCTACTCCCAATGCCATCTTTATTTCTGATAGAAAAATCAAGAAATACCCTTGTATGGTAGGTCCTGATTAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTTTTAAACGTTCTAATAATGGCGTTTACATTTCCACGACAAAAGTTAAGAGTCTTTCGATGATAAGAGGTCCACCGCGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTTTTAGAAAAGCAAGAAATGGTGTTTTTATTAGTACTGAAAAATTAAGTAGGTTATCAATGATTAAAGGTCCGCAACGA      
  consensus/100%                         ssTTsAsussssCssssAATGssuTssssATssssussussssssTsAusuusssssssssssssusuGGsCCsssssus      
  consensus/90%                          ssTTsAsussssCssssAATGssuTssssATssssussussssssTsAusuusssssssssssssusuGGsCCsssssus      
  consensus/80%                          ssTTTAuAsusuCssusAATGGsGTTTTsATTsCsussuusAuAuTsAAuuGssTssCussssssusAGGTCCsssuCus      
  consensus/70%                          ssTTTAuAsusuCssusAATGGsGTTTTsATTsCsussuusAuAuTsAAuuGssTssCussssssusAGGTCCsssuCus      

                        cov    pid 22481          .         5         .         .         .         .         :         . 22560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTAGTCTTAATGGAGTCACATTAATTG---GAGAAGCCGTAAAAACAC------AGTTCAATTATTATAAG--------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTAGCGTCAATGGAGTCACATTAATTG---GAGAATCAGTAAAAACAC------AGTTTAACTACTTTAAG--------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTTACTTCAATGGTGCTATCATCCGTGATAGTGATGTTGTTAAACAACCAGTGAAGTTCTACTTGTATAAG--------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCTGAATTAAATGGCGTAGTGGTGGACAAGGTTGGAGACACTGATTGTG------TGTTTTATTTTGCTGTGCGTAAAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCTGATTTAAATGGTGTGATTGTGGATAAAGTTGGAGAACTCAAAGTTG------AGTTTTGGTTCGCTATGAGAAAAGA      
  consensus/100%                         GCTsussTsAATGGsGssusssTssssu...ssGusssssssuAsssss......sGTTssusTssssTusG........      
  consensus/90%                          GCTsussTsAATGGsGssusssTssssu...ssGusssssssuAsssss......sGTTssusTssssTusG........      
  consensus/80%                          GCTuussTsAATGGsGTsAsssTuusTu...ssGuAGssuTsAAAssss......AGTTssAsTssssTAsG........      
  consensus/70%                          GCTuussTsAATGGsGTsAsssTuusTu...ssGuAGssuTsAAAssss......AGTTssAsTssssTAsG........      

                        cov    pid 22561          .         .         .         6         .         .         .         . 22640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGGTCAGGATGTCATCTTCAGCCAATTCGACAGCCTGGGAGTCAGCTCTAACCAGAGCCCACAAGGTAATCTGGGGAGTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGGTGACGATGTTATCTTCAGCCGAACAGACAGCCTATGCTCAAGCCATTACTGGAGCCCACAAGGTAATCTAGGTGGTA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 22641          :         .         .         .         .         7         .         . 22720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------AAAGTTGATGGTGTTGTCCAACAATTACCTGAAACTTACTTTACTCAGAGTAGAAATTTACAAGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------AAAGTAGACGGCATTATTCAACAGTTGCCTGAAACCTACTTTACTCAGAGCAGAGACTTAGAGGAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------AAAGTCAATAATGAGTTTATTGATCCTACTGAGTGTATTTACACTCAGAGTCGCTCTTGTAGTGAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGTAAACCCGGTAATGTCGGTGGTAATGATGCTCTGTCAATCTCTACTATCTTTACACAAAGCCGTGTTATTAGCTCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTG---CGCGGGTAATGTCATTGGTAATGATGCTCTAACACGTTTTACTATCTTTACTCAGAGTCGTGTATTGTCAAGT      
  consensus/100%                         ..............AAsGTsussuusussssssssssssssssssssssssssTssACsCAuAGssGsssssssssssss      
  consensus/90%                          ..............AAsGTsussuusussssssssssssssssssssssssssTssACsCAuAGssGsssssssssssss      
  consensus/80%                          ..............AAsGTsuuTGGTusTusTsssCsussussTsssACTssCTTTACTCAGAGssGsussTTssusuus      
  consensus/70%                          ..............AAsGTsuuTGGTusTusTsssCsussussTsssACTssCTTTACTCAGAGssGsussTTssusuus      

                        cov    pid 22721          .         .         :         .         .         .         .         8 22800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTAAACCCAGGAGTCAAATGGAAATTGATTTCTTAGAATTAGCTATGGATGAATTCATTGAACGGTATAAATTAGAAGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTAAGCCCAGATCACAAATGGAAACTGACTTTCTCGAGCTCGCTATGGATGAATTCATACAGCGATATAAGCTCGAGGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCCTACCCCTTTCTGACATGGAGAAAGACTTTCTATCTTTTGATAGTGATGTTTTCATTAAGAAGTATGGCTTGGAAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTACATGTCGTACTGATATGGAAAAAGATTTTATAGCTTTAGATCAAGATGTGTTTATTCAGAAGTATGGTTTGGAGGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTGAACCTCGCTCAGATTTAGAACGGGATTTTATTGATATGGATGATAATCTGTTTATTGCTAAATATGGTTTAGAAGA      
  consensus/100%                         TTsssussssssssssAssTuGAusssGAsTTssTsssssTsGsTsssuATsssTTsATsssssuuTATuussTsGAuuu      
  consensus/90%                          TTsssussssssssssAssTuGAusssGAsTTssTsssssTsGsTsssuATsssTTsATsssssuuTATuussTsGAuuu      
  consensus/80%                          TTTusACCssGssCssAsATGGAAAssGAsTTTsTsGsssTsGsTussGATGsuTTsATTsAusuuTATuusTTuGAuGu      
  consensus/70%                          TTTusACCssGssCssAsATGGAAAssGAsTTTsTsGsssTsGsTussGATGsuTTsATTsAusuuTATuusTTuGAuGu      

                        cov    pid 22801          .         .         .         .         :         .         .         . 22880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTATGCCTTCGAACATATCGTTTATGGAGATTTTAGTCATAGTCAGTTAGGTGGTTTACATCTACTGATTGGACTAGCTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTATGCCTTCGAACACATCGTTTATGGAGATTTCAGTCATGGACAACTTGGCGGTCTTCATTTAATGATAGGCTTAGCCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTATGCTTTTGAGCACGTAGTCTATGGAGACTTCTCTCATACTACGTTAGGCGGTCTTCACTTGCTTATTGGTTTATACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTATGCCTTTGAACACATTGTTTATGGTAACTTCAACCAGAAGATTATTGGTGGTTTGCATTTGTTAATAGGCTTGTACC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTATGCATTTGATCATATAGTTTATGGTAGTTTTAACCATAAAGTTATAGGAGGTTTGCATTTGCTTATAGGCTTATTTC      
  consensus/100%                         CTATGCsTTsGAsCAsuTsGTsTATGGsuusTTssssCAsussssssTsGGsGGTsTsCAssTusTsATsGGssTussss      
  consensus/90%                          CTATGCsTTsGAsCAsuTsGTsTATGGsuusTTssssCAsussssssTsGGsGGTsTsCAssTusTsATsGGssTussss      
  consensus/80%                          CTATGCsTTsGAuCAsATsGTTTATGGsuAsTTsAusCATAusssssTsGGsGGTsTsCATTTusTsATsGGsTTAssss      
  consensus/70%                          CTATGCsTTsGAuCAsATsGTTTATGGsuAsTTsAusCATAusssssTsGGsGGTsTsCATTTusTsATsGGsTTAssss      

                        cov    pid 22881          .         9         .         .         .         .         :         . 22960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACGTTTTAAGGAATCACCTTTTGAATTAGAAGATTTTATTCCTATGGACAGTACAGTTAAAAACTATTTCATAACAGAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGCGCTCACAAGATTCACCACTTAAATTAGAGGATTTTATCCCTATGGACAGCACAGTGAAAAATTACTTCATAACAGAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGAAGCAACAGGAAGGTCATATTATTATGGAAGAAATGCTAAAAGGTAGCTCAACTATTCATAACTATTTTATTACTGAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAAGACAGCAAACTTCCAATCTGGTTGTTCAGGAGTTTGTTTCATATGACTCCAGCATACACTCTTATTTTATCACTGAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTAGGAAAAAAAAATCTAATTTGTTAATTCAAGAGTTTTTACAGTATGATTCTAGTATTCATTCATATTTTATTACTGAT      
  consensus/100%                         ussusssssAuusssssssssTsssssTssAuGAssTssTsssssssuussssAssuTssAssssTAsTTsATsACsGAs      
  consensus/90%                          ussusssssAuusssssssssTsssssTssAuGAssTssTsssssssuussssAssuTssAssssTAsTTsATsACsGAs      
  consensus/80%                          uusGsssusAuuAsTCsssTsTsusssTssAuGAsTTTsTsssssssGACsssAssuTssAssssTATTTsATsACsGAs      
  consensus/70%                          uusGsssusAuuAsTCsssTsTsusssTssAuGAsTTTsTsssssssGACsssAssuTssAssssTATTTsATsACsGAs      

                        cov    pid 22961          .         .         .         0         .         .         .         . 23040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCGCAAACAGGTTCATCTAAGTGTGTGTGTTCTGTTATTGATTTATTACTTGATGATTTTGTTGAAATAATAAAATCCCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCGCAAACAGGTTCATCAAAATGTGTGTGTTCTGTGATTGATCTTTTACTTGATGACTTTGTCGAGATAATAAAGTCACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACTAACACAGCGGCTTTTAAGGCGGTGTGTTCTGTTATAGATTTAAAGCTTGACGACTTTGTTATGATTTTAAAGAGTCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAGAAGAGTGGTGGTAGTAAGAGTGTTTGCACTGTTATAGATATTTTGTTGGATGATTTTGTGGCTCTTGTTAAGTCACT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAGGAGTGTGGTAGTAGTAAGAGTGTTTGTACAGTTATTGATTTATTATTAGATGATTTTGTTTCTATTGTTAAGTCATT      
  consensus/100%                         ssssAssssGssssssssAAusssGTsTGssCsGTsATsGATsTsssusTsGAsGAsTTTGTsssssTssTsAAusssss      
  consensus/90%                          ssssAssssGssssssssAAusssGTsTGssCsGTsATsGATsTsssusTsGAsGAsTTTGTsssssTssTsAAusssss      
  consensus/80%                          usGsAuAssGGTsssssTAAGsGTGTsTGTsCTGTTATsGATsTsTTusTsGATGAsTTTGTsussATsuTsAAGTCsCs      
  consensus/70%                          usGsAuAssGGTsssssTAAGsGTGTsTGTsCTGTTATsGATsTsTTusTsGATGAsTTTGTsussATsuTsAAGTCsCs      

                        cov    pid 23041          :         .         .         .         .         1         .         . 23120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGATTTATCTGTAGTTTCTAAGGTTGTCAAAGTGACTATTGACTATACAGAAATTTCATTTATGCTTTGGTGTAAAGATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGATTTGTCAGTGATTTCAAAAGTGGTCAAGGTTACAATTGACTATGCTGAAATTTCATTCATGCTTTGGTGTAAGGATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGACCTTGGCGTAGTATCCAAGGTTGTCAAGGTTCCTATTGACTTAACAATGATTGAGTTTATGTTATGGTGTAAGGATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAATCTTAATTGTGTGAGTAAGGTTGTTAATGTTAATGTTGATTTTAAAGATTTTCAGTTTATGCTTTGGTGTAACGATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAATTTGAGTTGTGTTAGTAAAGTTGTTAATATTAATGTTGATTTTAAGGATTTTCAATTTATGTTGTGGTGTAATGATA      
  consensus/100%                         suAssTsssssssuTssssAAuGTsGTsAAsuTssssuTTGAsTssussusssTTssuTTsATGsTsTGGTGTAAsGATu      
  consensus/90%                          suAssTsssssssuTssssAAuGTsGTsAAsuTssssuTTGAsTssussusssTTssuTTsATGsTsTGGTGTAAsGATu      
  consensus/80%                          AuATsTsssssssGTssssAAuGTTGTsAAsGTTAsTuTTGAsTsTAsuGAssTTssuTTTATGsTsTGGTGTAAsGATG      
  consensus/70%                          AuATsTsssssssGTssssAAuGTTGTsAAsGTTAsTuTTGAsTsTAsuGAssTTssuTTTATGsTsTGGTGTAAsGATG      

                        cov    pid 23121          .         .         :         .         .         .         .         2 23200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCCATGTAGAAACATTTTACCCAAAATTACAATCTAGTCAAGCGTGGCAACCGGGTGTTGCTATGCCTAATCTTTACAAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GACATGTTGAAACCTTCTACCCAAAACTACAAGCAAGTCAAGCGTGGCAACCAGGTGTTGCGATGCCTAACTTGTACAAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GACAGGTTCAAACCTTCTACCCTCGACTCCAGGCTTCTGCAGATTGGAAACCTGGTCATGCAATGCCATCCCTCTTTAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGAAAGTTATGACTTTCTATCCTCGTTTGCAAGCTGCATCTGACTGGAAGCCTGGTTATTCTATGCCTGTATTATATAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATAAAATTATGACTTTTTATCCTAAAATGCAAGCCACTAATGATTGGAAACCTGGCTATTCTATGCCTGTTTTGTATAAG      
  consensus/100%                         ussAsuTsssuACsTTsTAsCCssussTsCAusCsssssssGssTGGsAuCCsGGsssTsCsATGCCsssssTsTssAAu      
  consensus/90%                          ussAsuTsssuACsTTsTAsCCssussTsCAusCsssssssGssTGGsAuCCsGGsssTsCsATGCCsssssTsTssAAu      
  consensus/80%                          ussAsGTTusuACsTTsTAsCCssuAsTuCAAGCsusTsssGssTGGsAACCsGGTssTsCsATGCCTusssTsTAsAAu      
  consensus/70%                          ussAsGTTusuACsTTsTAsCCssuAsTuCAAGCsusTsssGssTGGsAACCsGGTssTsCsATGCCTusssTsTAsAAu      

                        cov    pid 23201          .         .         .         .         :         .         .         . 23280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGCAAAGAATGCTATTAGAAAAGTGTGACCTTCAAAATTATGGTGATAGTGCAACATTACCTAAAGGCATAATGATGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGCAAAGAATGCTTCTTGAAAAGTGTGACCTTCAGAATTATGGTGAAAATGCTGTTATACCAAAAGGAATAATGATGAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTCAAAATGTAAACCTTGAACGTTGTGAGCTTGCTAATTACAAGCAATCTATTCCTATGCCTCGCGGTGTGCACATGAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATTTGAATTCTCCAATGGAAAGAGTTAGTCTCTGGAATTATGGGAAGCCAGTTACTTTGCCTACAGGCTGTATGATGAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATTTGAATGTTCCATTAGAGAGAGTCTCTTTATGGAATTATGGTAAACCTATTAATTTGCCTACAGGCTGTATGATGAA      
  consensus/100%                         sssssuAussssssssTsGAusussssssssTssssAATTAsuussAssssussssssTuCCssssGGsssssssATGAA      
  consensus/90%                          sssssuAussssssssTsGAusussssssssTssssAATTAsuussAssssussssssTuCCssssGGsssssssATGAA      
  consensus/80%                          sssssuAusuTsCsssTsGAAAuussTuusCTssuuAATTATGGsuAussTusTusTsTuCCTAsAGGssssATGATGAA      
  consensus/70%                          sssssuAusuTsCsssTsGAAAuussTuusCTssuuAATTATGGsuAussTusTusTsTuCCTAsAGGssssATGATGAA      

                        cov    pid 23281          .         3         .         .         .         .         :         . 23360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTCGCAAAATATACTCAACTGTGTCAATATTTAAACACATTAACATTAGCTGTACCCTATAATATGAGAGTTATACATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTCGCAAAGTATACTCAACTGTGTCAATACTTAAATACACTTACTTTAGCTGTACCCTACAACATGAGAGTTATTCACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CATCGCTAAATATATGCAATTGTGCCAGTATTTAAATACTTGCACATTAGCCGTGCCTGCCAATATGCGTGTTATACATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTGCTAAGTATACTCAGTTATGTCAATATCTGAATACTACAACATTAGCTGTACCTGTTAATATGCGAGTTTTGCATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTGCTAAGTACACTCAATTATGTCAGTATTTGAATACTACAACATTAGCTGTTCCTGTTAATATGCGTGTTTTACATT      
  consensus/100%                         suTsGCsAAuTAsAssCAusTuTGsCAuTAssTuAAsACssssACsTTAGCsGTsCCssssAAsATGsGsGTTsTsCAsT      
  consensus/90%                          suTsGCsAAuTAsAssCAusTuTGsCAuTAssTuAAsACssssACsTTAGCsGTsCCssssAAsATGsGsGTTsTsCAsT      
  consensus/80%                          TGTsGCsAAuTATACTCAAsTuTGTCAuTATTTuAATACssssACATTAGCTGTuCCssssAATATGsGsGTTsTuCATT      
  consensus/70%                          TGTsGCsAAuTATACTCAAsTuTGTCAuTATTTuAATACssssACATTAGCTGTuCCssssAATATGsGsGTTsTuCATT      

                        cov    pid 23361          .         .         .         4         .         .         .         . 23440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGGTGCTGGTTCTGATAAAGGAGTTGCACCAGGTACAGCTGTTTTAAGACAGTGGTTGCCTACGGGTACGCTGCTTGTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGGTGCTGGCTCTGATAAAGGAGTTGCACCAGGTACAGCTGTGCTCAGACAATGGTTGCCAACTGGCACACTACTTGTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGGCGCTGGTTCTGATAAAGGTATCGCTCCTGGTACCTCAGTTTTACGACAGTGGCTTCCTACAGATGCCATTATTATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAGGTGCAGGTTCAGAAAAAGGAGTAGCACCGGGTTCTGCAGTTCTTAGGCAGTGGTTGCCTGCTGGTACTATTCTTGTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGGTGCAGGGTCTGATAAAGAAGTAGCTCCAGGTTCTGCTGTTTTAAGACAGTGGTTACCATCTGGTAGTATTCTTGTA      
  consensus/100%                         TsGGsGCsGGsTCsGAsAAAGusuTsGCsCCsGGTsCssCsGTssTssGuCAuTGGsTsCCssCsGususssTssTTuTs      
  consensus/90%                          TsGGsGCsGGsTCsGAsAAAGusuTsGCsCCsGGTsCssCsGTssTssGuCAuTGGsTsCCssCsGususssTssTTuTs      
  consensus/80%                          TsGGTGCsGGsTCTGATAAAGGAGTsGCsCCuGGTsCsGCsGTTsTsAGACAGTGGTTuCCsuCsGGTACssTsCTTGTs      
  consensus/70%                          TsGGTGCsGGsTCTGATAAAGGAGTsGCsCCuGGTsCsGCsGTTsTsAGACAGTGGTTuCCsuCsGGTACssTsCTTGTs      

                        cov    pid 23441          :         .         .         .         .         5         .         . 23520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GATTCAGATCTTAATGACTTTGTCTCTGATGCAGATTCAACTTTGATTGGTGATTGTGCAACTGTACATACAGCTAATAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GATTCAGATCTTAATGACTTCGTCTCCGACGCAGATTCTACTTTAATTGGAGACTGTGCAACAGTACATACGGCTAATAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GATAATGATTTAAATGAGTTCGTGTCAGATGCTGACATAACTTTATTTGGAGATTGTGTAACTGTACGTGTCGGCCAACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATAACGATTTATACCCATTTGTTAGTGACAGTGTCGCTACATATTTTGGGGATTGTATAACTTTACCCTTTGATTGTCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GATAATGATTTAAACCCATTTGTTAGCGATAGTTTAGTTACTTATTTTGGAGATTGTATGACTTTACCATTTGATTGTCA      
  consensus/100%                         GATsssGATsTssAssssTTsGTssssGAsussssssssACsTsssTTGGsGAsTGTusuACssTACsssssGsssussA      
  consensus/90%                          GATsssGATsTssAssssTTsGTssssGAsussssssssACsTsssTTGGsGAsTGTusuACssTACsssssGsssussA      
  consensus/80%                          GATsssGATsTsAAssssTTsGTssssGAsussGsssssACTTsssTTGGuGATTGTusAACTsTACsssssGsTsuTsA      
  consensus/70%                          GATsssGATsTsAAssssTTsGTssssGAsussGsssssACTTsssTTGGuGATTGTusAACTsTACsssssGsTsuTsA      

                        cov    pid 23521          .         .         :         .         .         .         .         6 23600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGGGATCTCATTATTAGTGATATGTACGACCCTAAGACTAAAAATGTTACAAAAGAAAATGACTCTAAAGAGGGTTTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGGGACCTTATTATTAGCGATATGTATGACCCTAGGACCAAACATGTGACAAAAGAGAATGACTCTAAAGAAGGGTTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTGGATCTTGTTATTTCCGACATGTATGATCCTACTACTAAGAATGTAACAGGTAGTAATGAGTCAAAGGCTTTATTCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGGATTTGATAATTTCTGATATGTATGACCCTATTACTAAGAACATAGGGGAGTACAATGTGAGTAAAGATGGTTTCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGGGATTTGATAATATCTGATATGTATGATCCTCTTACTAAAAATATTGGTGATTATAATGTGAGTAAGGATGGGTTTT      
  consensus/100%                         sssGGAssTsuTsATssssGAsATGTAsGAsCCTsssACsAAusAsuTsussuussusAATGsssssAAuGsssssTTsT      
  consensus/90%                          sssGGAssTsuTsATssssGAsATGTAsGAsCCTsssACsAAusAsuTsussuussusAATGsssssAAuGsssssTTsT      
  consensus/80%                          ATGGGATsTsATsATTsssGATATGTATGAsCCTAssACTAAuAATuTsusuuAssAsAATGssssTAAuGAsGGsTTsT      
  consensus/70%                          ATGGGATsTsATsATTsssGATATGTATGAsCCTAssACTAAuAATuTsusuuAssAsAATGssssTAAuGAsGGsTTsT      

                        cov    pid 23601          .         .         .         .         :         .         .         . 23680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCACTTACATTTGTGGGTTTATACAACAAAAGCTAGCTCTTGGAGGTTCCGTGGCTATAAAGATAACAGAACATTCTTGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCACTTATCTGTGTGGATTTATAAAGCAAAAACTAGCCCTGGGTGGTTCTATAGCTGTAAAGATAACAGAGCATTCTTGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTACTTACCTGTGTAACCTCATTAATAATAATCTTGCTCTTGGTGGGTCTGTTGCTATTAAAATAACAGAACACTCTTGG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTACATACATTTGTCATATGATTCGAGACAAGTTAGCTCTGGGTGGCAGTGTTGCTATAAAAATAACAGAGTTTTCTTGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTACTTACATTTGTCATTTAATTCGTGATAAATTATCTTTGGGTGGTAGTGTAGCTATAAAAATTACAGAGTTTTCTTGG      
  consensus/100%                         TsACsTAssTsTGTsussTsATssussAsAAssTssCssTsGGsGGssssuTsGCTuTsAAuATsACAGAusssTCTTGG      
  consensus/90%                          TsACsTAssTsTGTsussTsATssussAsAAssTssCssTsGGsGGssssuTsGCTuTsAAuATsACAGAusssTCTTGG      
  consensus/80%                          TsACTTACsTsTGTsussTsATssussAsAAusTAGCTCTsGGTGGsssTGTsGCTATAAAuATAACAGAussTTCTTGG      
  consensus/70%                          TsACTTACsTsTGTsussTsATssussAsAAusTAGCTCTsGGTGGsssTGTsGCTATAAAuATAACAGAussTTCTTGG      

                        cov    pid 23681          .         7         .         .         .         .         :         . 23760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AATGCTGATCTTTATAAGCTCATGGGACACTTCGCATGGTGGACAGCCTTTGTTACTAATGTGAATGCGTCATCATCTGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AATGCTGACCTTTACAAGCTTATGGGCCATTTCTCATGGTGGACAGCTTTTGTTACAAATGTAAATGCATCATCATCGGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGCGTTGAACTTTATGAACTTATGGGAAAATTTGCTTGGTGGACTGTTTTCTGCACCAATGCAAATGCATCCTCATCTGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AATGCAGAATTATATAAGTTAATGGGGTATTTTGCATTTTGGACTGTGTTTTGCACAAATGCAAATGCTTCTTCTAGTGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AATGCTGATTTATATAAATTAATGAGTTGTTTTGCATTTTGGACAGTTTTTTGTACTAATGTAAATGCTTCTTCTAGTGA      
  consensus/100%                         AusGssGAssTsTAsuAusTsATGuGssusTTssCsTssTGGACsGssTTssssACsAATGsuAATGCsTCsTCssssGA      
  consensus/90%                          AusGssGAssTsTAsuAusTsATGuGssusTTssCsTssTGGACsGssTTssssACsAATGsuAATGCsTCsTCssssGA      
  consensus/80%                          AATGCTGAssTsTATAAusTsATGGGssAsTTsGCATssTGGACsGssTTTsssACsAATGsAAATGCsTCsTCsssTGA      
  consensus/70%                          AATGCTGAssTsTATAAusTsATGGGssAsTTsGCATssTGGACsGssTTTsssACsAATGsAAATGCsTCsTCsssTGA      

                        cov    pid 23761          .         .         .         8         .         .         .         . 23840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGCATTTTTAATTGGATGTAATTATCTTGGCAAACCACGCGAACAAATAGATGGTTATGTCATGCATGCAAATTACATAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGCATTTTTAATTGGGGCTAACTATCTTGGCAAGCCGAAGGAACAAATTGATGGCTATACCATGCATGCTAACTACATTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGGATTCCTCTTAGGTATTAATTACTTGGGTACTATTAAAGAAAATATAGATGGTGGTGCTATGCACGCCAACTATATAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGGATTTTTAATTGGCATAAATTATTTGTGTAAGCCCAAGGTTGAGATAGATGGAAATGTTATGCATGCCAATTATTTGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGGGTTTTTAATAGGTATAAATTACCTGGGTAAATCTTCTTTTGAAATAGATGGCAATGTTATGCATGCTAACTATTTGT      
  consensus/100%                         AGsuTTssTssTsGGssssAAsTAssTssGsAssssssssssssAsATsGATGGssuTussATGCAsGCsAAsTAssTsT      
  consensus/90%                          AGsuTTssTssTsGGssssAAsTAssTssGsAssssssssssssAsATsGATGGssuTussATGCAsGCsAAsTAssTsT      
  consensus/80%                          AGsATTTTTAATsGGsussAATTAssTsGGsAAusCssusGsssAuATAGATGGssATGssATGCATGCsAAsTAssTuT      
  consensus/70%                          AGsATTTTTAATsGGsussAATTAssTsGGsAAusCssusGsssAuATAGATGGssATGssATGCATGCsAAsTAssTuT      

                        cov    pid 23841          :         .         .         .         .         9         .         . 23920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTGGAGGAATACAAATCCAATTCAGTTGTCTTCCTATTCTTTATTTGACATGAGTAAATTTCCCCTTAAATTAAGGGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCTGGAGGAACACAAATCCTATCCAGTTGTCTTCCTATTCACTCTTTGACATGAGCAAATTTCCTCTTAAATTAAGAGGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTGGAGAAATTCCACTCCTATGAATCTGAGTACTTACTCACTTTTTGATTTATCCAAGTTTCAATTAAAATTAAAAGGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTGGAGAAATTCCACAGTTTGGAACGGGGGTGCTTATAGCCTGTTTGATATGGCTAAATTCCCGCTTAAGTTGGCTGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTGGAGAAATAGTACAACATGGAATGGCGGTGCTTATAGTTTATTTGATATGACTAAATTTTCTTTGAAATTGGCTGGC      
  consensus/100%                         TsTGGAGuAAssssAsssssssssAssssssTsCsTAsssssTsTTTGAssTusssAAuTTsssssTsAAuTTuussGGs      
  consensus/90%                          TsTGGAGuAAssssAsssssssssAssssssTsCsTAsssssTsTTTGAssTusssAAuTTsssssTsAAuTTuussGGs      
  consensus/80%                          TTTGGAGuAATsCsAsssCsssssAsssGssTsCsTATssssTsTTTGAsATGussAAATTTCCssTsAAATTuussGGs      
  consensus/70%                          TTTGGAGuAATsCsAsssCsssssAsssGssTsCsTATssssTsTTTGAsATGussAAATTTCCssTsAAATTuussGGs      

                        cov    pid 23921          .         .         :         .         .         .         .         0 24000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTGCTGTTATGTCTTTAAAAGAAGGTCAAATCAATGATATGATTTTATCTCTTCTTAGTAAAGGTAGACTTATAATTAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTGCTGTAATGTCTCTTAAGGAGAATCAAATCAATGATATGATTTATTCTCTTCTGGAAAAAGGTAGGCTTATCATTAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ACACCAGTTCTTCAATTAAAGGAGAGTCAAATTAACGAACTCGTAATATCTCTCCTGTCGCAGGGTAAGTTACTTATCCG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACTGCCGTAATAAATTTAAGAGCAGACCAGATTAATGATATGGTTTATTCCCTTCTTGAAAAGGGTAAACTACTTATTAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACTGCTGTTGTTAATTTAAGACCAGATCAATTAAATGATTTAGTTTATTCTCTTATTGAAAGAGGTAAATTATTAGTTCG      
  consensus/100%                         ACssCsGTssTsssssTsAuussuuusCAusTsAAsGAssTsuTssssTCsCTssTsssssuuGGTAuusTssTsuTssG      
  consensus/90%                          ACssCsGTssTsssssTsAuussuuusCAusTsAAsGAssTsuTssssTCsCTssTsssssuuGGTAuusTssTsuTssG      
  consensus/80%                          ACTGCsGTsuTsssTTTAAuuGsuuuTCAAATsAATGATsTuuTTTssTCTCTTCTsuuuAAuGGTAuusTssTsATTsG      
  consensus/70%                          ACTGCsGTsuTsssTTTAAuuGsuuuTCAAATsAATGATsTuuTTTssTCTCTTCTsuuuAAuGGTAuusTssTsATTsG      

                        cov    pid 24001          .         .         .         .         :         .         .         . 24080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGAAAACAACAGAGTTGTTATTTCTAGTGATGTTCTTGTTAACAACT---------------------------AAACGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGAAAACAACAGAGTTGTGGTTTCAAGTGATATTCTTGTTAACAACT---------------------------AAACGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGACAATGATACACTCAGTGTTTCTACTGATGTTCTTGTTAACACCT---------------------------ACAGAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGATACAAATAAAGAAGTTTTCGTTGGTGACAGTTTGGTTAATGTAATCTAAACTTTAAAAATGGCTGTCGCTTATGCAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CGATACGCGTAAAGAGATTTTTGTTGGTGATAGTCTTGTAAATACTTGTTAGATCTCATTAA------------ATCTAA      
  consensus/100%                         sGAsAsssusAsAsssusssTssssusTGAsusTsTsGTsAAsusss...........................Asssuu      
  consensus/90%                          sGAsAsssusAsAsssusssTssssusTGAsusTsTsGTsAAsusss...........................Asssuu      
  consensus/80%                          sGAsAssuAsAuAGssuTTsTTssTuGTGATusTCTTGTTAAsAssT...........................AsusuA      
  consensus/70%                          sGAsAssuAsAuAGssuTTsTTssTuGTGATusTCTTGTTAAsAssT...........................AsusuA      

                        cov    pid 24081          .         1         .         .         .         .         :         . 24160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACAATGTTTGTTTTTCTTGTTTTATTGCCACT------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AC-ATGTTTATTTTCTTATTATTTCTTACTCT------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AG------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACAAGCCTAATCATTTTATCAATTTTCCACTTACCCATTTTCAGGGTTTTGTGTTAAATTATAAAGGTTTACAATTTCAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACTATGTTAATTATTTTTTTATTTTTTTATTT------------------------------------------------      
  consensus/100%                         As..............................................................................      
  consensus/90%                          As..............................................................................      
  consensus/80%                          AC.AsssTsuTssTssTsssssTssTsssssT................................................      
  consensus/70%                          AC.AsssTsuTssTssTsssssTssTsssssT................................................      

                        cov    pid 24161          .         .         .         2         .         .         .         . 24240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTCTCGATGAAGGAGTGGATTGTAAAATACAAACAGCGCCACACATTAGTCTTACTATGCTGGACATACAGCCTGAAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24241          :         .         .         .         .         3         .         . 24320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTATAAAAGTGTTGATGTCGCTATTCAAGAAGTTATTGATGATATGCATTGGGGTGATGGTTTTCAGATTAAATTTGAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24321          .         .         :         .         .         .         .         4 24400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATCCTCACATCCTAGGAAGATGCATAGTTTTAGATGTTAAAGGTGTAGAAGAATTGCATGACGATTTAGTTAATTACATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24401          .         .         .         .         :         .         .         . 24480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CGTGATAAAGGTTGTGTTGCTGACCAATCCAGGAAATGGATTGGCCATTGCACCATAGCTCAACTCACGGATGCAGCACT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24481          .         5         .         .         .         .         :         . 24560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTCCATTAAGGAAAATGTTGATTTTATAAACAGCATGCAATTCAATTATAAAATCACCATCAACCCCTCATCACCGGCTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24561          .         .         .         6         .         .         .         . 24640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GACTTGAAATAGTTAAGCTCGGTGCTGAAAAGAAAGATGGTTTTTATGAAACCATAGTTAGTCACTGGATGGGAATTCGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24641          :         .         .         .         .         7         .         . 24720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTGAATACACATCACCCACTGATAAGCTAGCTATGATTATGGGTTATTGTTGTTTAGATGTGGTACGTAAAGAGCTAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24721          .         .         :         .         .         .         .         8 24800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGAAGGCGATCTTCCCGAGAATGATGATGATGCTTGGTTTAAGCTATCGTACCATTATGAAAACAATTCTTGGTTCTTCC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24801          .         .         .         .         :         .         .         . 24880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GACATGTCTACAGGAAAAGTTTTCATTTCCGTAAGGCTTGTCAAAATTTAGATTGTAATTGTTTGGGGTTTTATGAATCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24881          .         9         .         .         .         .         :         . 24960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCAGTTGAAGAATATTAAACTCAGTGAAAATGTTTTTGCTTCCTAGATTTATTCTAGTTAGCTGCATAATTGGTAGCTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ----------------------------------------------------------------------------CTGT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 24961          .         .         .         0         .         .         .         . 25040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTTTTTACAACCCTCCTACCAATGTTGTTTCGCATGTAAATGGAGATTGGTTTTTATTTGGTGACAGTCGTTCAGATTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATGGTTTTAATGAACCTCTTAATGTTGTGTCTCATTTAAACCATGACTGGTTTTTATTTGGTGATAGTCGTTCTGATTG      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 25041          :         .         .         .         .         1         .         . 25120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAATCATATTGTTAATATCAACCCCCATAATTATTCTTATATGGACCTTAATCCTGTTCTGTGTGATTCTGGTAAAATAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAACCATATTAATAATTTAAAAATTAAAAATTTTGATTATTTGGATATTCACCCTAGTTTGTGCAACAATGGTAAGATTT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 25121          .         .         :         .         .         .         .         2 25200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CATCTAAAGCTGGCAACTCCATTTTTAGGAGTTTTCACTTTACCGATTTTTATAATTACACAGGCGAAGGTCAACAAATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CATCTAGTGCCGGTGATTCTATTTTTAAGAGTTTTCATTTCACTCGATTTTATAATTACACTGGCGAAGGTGATCAAATT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 25201          .         .         .         .         :         .         .         . 25280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTTTTTATGAGGGTGTTAATTTTACGCCTTATCATGCCTTTAAATGCAACCGTTCTGGTAGTAATGATATTTGGATGCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTTTTTATGAGGGTGTTAATTTTAATCCTTATCATAGATTTAAGTGTTTTCCTAATGGTAGTAATGATGTATGGCTTCT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 25281          .         3         .         .         .         .         :         . 25360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ---------------------------AGTCTCTAGTCAGTGTGTTAATCTTACAACC----------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ---------------------------CACTAGTGGTAGTGACCTTGACCGGTGCACCACTTTTGATGATGTTCA-----      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAATAAAGGCTTGTTTTATACTCAGGTTTATAAGAATATGGCTGTGTATCGCAGCCTTACTTTTGTTAATGTACCATATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAACAAGGTAAGATTTTATCGTGCCTTATATTCTAATATGGCCTTTTTTCGTTATCTTACTTTTGTTGATATTCC-----      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ...........................sssssssuuTsssssssTssssCssssssss......................      
  consensus/70%                          ...........................sssssssuuTsssssssTssssCssssssss......................      

                        cov    pid 25361          .         .         .         4         .         .         .         . 25440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------------------------------------------------AGAACTCAATTACCCCCTGCATACA-CTAAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------------------------------------------------AGCTCCTAATTACACTCAACATAC------T      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTATAATGGCTCCGCACAAGCTACAGCTCTTTGTAAATCTGGTAGTTTAGTCCTTAATAACCCTGCATATATAGCTCCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -TTATAATGTTTCTCTTTCTAAGTTTAATTCTTGTAAAAGTGATATTTTATCACTTAACAATCCTATTTTTAT-------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          .................................................AsssCssAAssAssCssssssTAs.......      
  consensus/70%                          .................................................AsssCssAAssAssCssssssTAs.......      

                        cov    pid 25441          :         .         .         .         .         5         .         . 25520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCTTTCACACGTGGTGTTTATTACCCTGACAAAGTTTTCAGATCCTCAGTTTTACATTCAACTCAGGACTTGTTCTTACC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCATCTATGAGGGGGGTTTACTATCCTGATGAAATTTTTAGATCAGACACTCTTTATTTAACTCAGGATTTATTTCTTCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------TTACGTTGATGTAGGGCCAGATTCTGTTAAGTCTGCTTGTATTGAGGTTGATATACAACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAAGCTAACTCTGGGGATTATTATTATAAGGTTGAAGCTGATTTTTATTTGTCAGGTTGTGACGAGTATATCGTACCACT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------TAATTATTCTAAGGAAGTTTATTTTACTTTATTAGGTTGTTCTCTTTATTTAGTACCGCT      
  consensus/100%                         ....................ssAsssTsssussussssssusTsssssssssssssTTsssssssssssssssTssssCs      
  consensus/90%                          ....................ssAsssTsssussussssssusTsssssssssssssTTsssssssssssssssTssssCs      
  consensus/80%                          ....................TTAsssTuAsusuGsssssuusTssssssssTsssuTTssusTsAGsATsTssTsCsuCs      
  consensus/70%                          ....................TTAsssTuAsusuGsssssuusTssssssssTsssuTTssusTsAGsATsTssTsCsuCs      

                        cov    pid 25521          .         .         :         .         .         .         .         6 25600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTTCTTTTCCAATGTTACTTGGTTCCATGCTATACATGTCTCTGGGACCAATGGTA---------CTAAGAGGTTTGATA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATTTTATTCTAATGTTACAGGGTTTCATACTAT---------------------TA---------ATCATACGTTTGGCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GACTTTCTTTGATAAAACTTGGCCTAGGCCAATTGATGTTTCTAAGGCTGACGGTATTATATACCCTCAAGGCCGTACAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGTATTTTTAACGGCAAGTTTTTGTCGAATAC-----------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGCCTTTTTAAATCTAACTT-----------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         sssssssTssuAssssAssss...........................................................      
  consensus/90%                          sssssssTssuAssssAssss...........................................................      
  consensus/80%                          sTsssTTTsTAAsussAssTsssssssssssAs...............................................      
  consensus/70%                          sTsssTTTsTAAsussAssTsssssssssssAs...............................................      

                        cov    pid 25601          .         .         .         .         :         .         .         . 25680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACCCTGTCCTACCATTTAATGATGGTGTTTATTTTGCTTCCACTGAGAAGTCTAACATAATAAGAGGCTGGATTTTTGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACCCTGTCATACCTTTTAAGGATGGTATTTATTTTGCTGCCACAGAGAAATCAAATGTTGTCCGTGGTTGGGTTTTTGGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTCTAACATAACTATCACTTATCAAGGTCTTTTTCCCTATCAGGGAGACCATGGTGATATGTATGTTTACTCTGCAGGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ----------AAAGTATTATGATGATAGTCAATATTATTTTAATAAAGACACTGGTGTTATTTATGGTCTCAATTCTACA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -------------------------TAGTCAGTACTATTATAACATAGATACTGGCTCTGTTTATGGTTTT---------      
  consensus/100%                         .........................susTsssTsssssssssssusuuAssssuussssuTssusGsssss.........      
  consensus/90%                          .........................susTsssTsssssssssssusuuAssssuussssuTssusGsssss.........      
  consensus/80%                          ..........AssssssssssATsuTusTsAsTsTssTTssAssuuuuAssCTuususTuTssuTGGTTssssTsssuss      
  consensus/70%                          ..........AssssssssssATsuTusTsAsTsTssTTssAssuuuuAssCTuususTuTssuTGGTTssssTsssuss      

                        cov    pid 25681          .         7         .         .         .         .         :         . 25760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTACTTTAGATTCGAAGACCCAGTCCCTACTTATTGTTAATAACGCTACTAATGTTGTTATTAAAGTCTGTGAATTTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCTACCATGAACAACAAGTCACAGTCGGTGATTATTATTAACAATTCTACTAATGTTGTTATACGAGCATGTAACTTTGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CATGCTACAGGCACAACTCCACAAAAGTTGTTTGTAGCTAACTATTCTCAGGACGTCAAACAGTTTGCTAATGGGTTTG-      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GAAACCATTACCACTGGTTT------------TGATCTTAATTGTTATTATTTAGTTTTACCCTCTGGTAATTATTTAGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ---TCTAATGTTGTTTATCC------------TGATTTAGACTGTATTTATATTTCTCTTAAACCAGGTTCTTATAAAGT      
  consensus/100%                         ...sCssssussssssssss............TusssssuAssusssTssssssssssssssssssGssssTsusssss.      
  consensus/90%                          ...sCssssussssssssss............TusssssuAssusssTssssssssssssssssssGssssTsusssss.      
  consensus/80%                          sssuCsAssussussuussC............TusTsTTAAssuTssTssTussGTTsTsssssssGsssuTsAsTTsGs      
  consensus/70%                          sssuCsAssussussuussC............TusTsTTAAssuTssTssTussGTTsTsssssssGsssuTsAsTTsGs      

                        cov    pid 25761          .         .         .         8         .         .         .         . 25840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATTTTGTAATGATCCATTTTTGGGTGTTTATTACC---------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATTGTGTGACAACCCTTTCTTTGCTGTTTCTAAAC---------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CATTTCAAATGAGCTATTGTTAACTGTTCCTACGAAAGCAATCTGTCTTAATAAGCGTAAGGATTTTACGCCTGTACAGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTCCACCACTGCACCTTTTTTATCCTTACCTACTAAAGCTCTCTGTTTTGATAAATCTAAACAATTTGTACCTGTACAGG      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          sssssssussussCssTTsTTsssssTsssTssss.............................................      
  consensus/70%                          sssssssussussCssTTsTTsssssTsssTssss.............................................      

                        cov    pid 25841          :         .         .         .         .         9         .         . 25920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGTTGATTCGCGGTGGAACAATGCCAGGCAGTCTGATAACATGACGGCGGTTGCTTGTCAACCTCCGTACTGTTATTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGTTGATTCTAGATGGAACAACGAGCGTGCCTCAGATATTTCTTTATCTGTTGCATGTCAATTGCCATATTGTTATTTT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 25921          .         .         :         .         .         .         .         0 26000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CGTAATTCTACTACCAACTATGTTGGTGTTTATGATATTAATCATGGAGATGCTGGTTTTACTAGCATACTTAGTGGTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CGCAATTCTTCTGCTAATTATGTTGGCAAGTATGATATTAACCACGGTGATAGTGGTTTTATTTCTATTTTATCTGGTCT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 26001          .         .         .         .         :         .         .         . 26080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTATATAATTCACCTTGTTTTTCGCAGCAAGGCGTTTTTAGGTATGATAATGTTAGCAGTGTCTGGCCTCTCTACCCCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTATATAATGTTTCTTGTATTTCATATTATGGTGTATTTTTATATGATAATTTTACATCCATTTGGCCCTATTATTCTT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 26081          .         1         .         .         .         .         :         . 26160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------ACAAAAACAACAAAAGTTGGATGGAAAGTGAGTTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------CCA--------------TGGGTACACAGACACATAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGCAGATGTCCCACTGCTGCTGATATTAATATCCCTGATTTACCCATTTGTGTGTATGATCCGCTACCAGTTATTTTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGGTAGGTGTCCTACATCTTCTATTATTAAACAT---------CCAATTTGTGTTTATGATTTTTTGCCTATTATTTTA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ............................................sCs..............TsssssssssussAssTss      
  consensus/70%                          ............................................sCs..............TsssssssssussAssTss      

                        cov    pid 26161          .         .         .         2         .         .         .         . 26240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAGTTTATTC--TAGTGCGAATAATTGCACTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTT---------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TATGATATTCGATAATGCATTTAATTGCACTTTCGAGTACATATCTGATGCCT---------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ------------TCGTCCGTATAGGAGCAGCTGCCAATTCCACTGGCACTGTTATTATTAGCCCATCTACCAGCGCTACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTTGGCATTCTTTTGGGCGTTGCGATTGTAATTATTGTAGTTTTGTTGTTATATTTTATGGTGGATAATGTTACTAGGCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAAGGTATTTTATTATGTTTAGCTTTACTTTTTGTTGTTTTTCTATTATTTTTGTTATATAACGATAAATCTCATTA---      
  consensus/100%                         ............TsussssssssssssssssTssssuTsssssTsssusssss...........................      
  consensus/90%                          ............TsussssssssssssssssTssssuTsssssTsssusssss...........................      
  consensus/80%                          ssssssATTs..TsuTGCuTsssusTuCsssTTsssuTsssTsTsTsAsssTT...........................      
  consensus/70%                          ssssssATTs..TsuTGCuTsssusTuCsssTTsssuTsssTsTsTsAsssTT...........................      

                        cov    pid 26241          :         .         .         .         .         3         .         . 26320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATACGAAAAATTTACCCTGCTTTTATGCTGGGTTCTTCAGTTGGTAAT--------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCATGATGCTTAGACCATAATCTAAACATGTTTTTGATACTTTTAATTTCCTTACCAACGGCTTTTGCTGTTATAGGAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ------------------AATCTAAACATGTTATTAATTATTTTTATT---TTGCCTACAACATTAGCTGTTATAGGTGA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 26321          .         .         :         .         .         .         .         4 26400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ----------TTCTCAGATGGTAAAATGGGCCGCTTCTTCAATCATACTCTAGTTCTTTTGCCCGATGGATGTGGCACTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTAAAGTGTACTTCAGATAATATTAATGATAAAGACACCGGTCCTCCTCCTATAAGTACTGATACTGTTGATGTTACTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTAATTGTACTAATTTTGCTATTAATGATTTAAACACCACAGTTCCTCGCATAAGTGAGTATGTTGTGGATGTTTCTT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 26401          .         .         .         .         :         .         .         . 26480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TACTTAGAGCTTTTTATTGTATTCTAGAGCCTCGCTCTGGAAATCAT------TGTCCTGCTGGCAATTCCTATACTTCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGGTTTGGGTACTTATTATGTTTTAGATCGTGTGTATTTAAATACTACGTTGTTTCTTAATGGTTATTACCCTACTTCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGGTTTGGGTACATATTATATACTTGATCGTGTTTATTTAAATACTACTATATTATTTACTGGTTATTTCCCTAAATCT      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 26481          .         5         .         .         .         .         :         . 26560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTGCCACTTATCACACTCCTGCAACAGATTGTTCTG-------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTTCCACATATCGTAATATGGCACTGAAGGGAAGTGTACTATTGAGCAGACTATGGTTTAAACCACCATTTCTTTCTGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGTGCCAATTTTAGGGATCTATCTTTAAAAGGTACTACATATTTGAGTACTCTTTGGTATCAGAAACCCTTTTTATCTGA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 26561          .         .         .         6         .         .         .         . 26640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTTATTAATGGTATTTTTGCTAAGGTCAAAAATACCAAGGTTATTAAAGATCGTGTAATGTATAGTGAGTTCCCTGCTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTAATAATGGTATTTTTTCTAGAGTTAAGAATACTAAGTTGTATGTTAATAAAACTTTGTATAGTGAGTTTAGTACTA      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 26641          :         .         .         .         .         7         .         . 26720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAACTATAGGTAGTACTTTTGTAAATACATCCTATAGTGTGGTAGTACAACCACGTACAATCAATTCAACACAGGATGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGTTATAGGTAGTGTTTTTATTAACAACTCTTATACTATTGTTGTTCAACCTCATA-----------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 26721          .         .         :         .         .         .         .         8 26800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -----------------------------------------------------------TTCTTA---------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -----------------------------------------------------------TTTCGC---------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -------------ATGGCAATTACAATCGTAATGCCAGTCTGAACTCTTTTAAGGAGTATTTTAA---------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATAATAAATTACAAGGTCTTTTAGAGGTCTCTGTTTGCCAGTATAATATGTGCGAGTACCCACAAACGATTTGTCATCC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -------------ATGGTGTTTTGGAGATTACAGCTTGTCAATACACTATGTGTGAGTATCCTCATACTATTTGTAAATC      
  consensus/100%                         ...........................................................ssssss...............      
  consensus/90%                          ...........................................................ssssss...............      
  consensus/80%                          ...........................................................TssssA...............      
  consensus/70%                          ...........................................................TssssA...............      

                        cov    pid 26801          .         .         .         .         :         .         .         . 26880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -----------------------------------TGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATTTCAAAAATCTTAGGGAAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -----------------------------------TTGATGTTTCAGAAAAGTCAGGTAATTTTAAACACTTACGAGAGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -----------------------------------TTTACGTAACTGCACCTTTATGTACACTTATAACATTACCGAAGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAACCTGGGTAATCATCGCAAAGAACTATGGCATTTGGATACAGGTGTTGTTTCCTGTTTATATAAGCGTAATTTCACAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAAA---GGTAGTTCTCGTAATGAATCTTGGCATTTTGATAAATCTGAACCTTTGTGTCTGTTCAAGAAAAATTTTACTT      
  consensus/100%                         ...................................TssAsssssssGsssssssssGTssssssAsusssssssssusss      
  consensus/90%                          ...................................TssAsssssssGsssssssssGTssssssAsusssssssssusss      
  consensus/80%                          ...................................TsGAsusssssGsAsssTsusGTsssTTsAAususssssssusuT      
  consensus/70%                          ...................................TsGAsusssssGsAsssTsusGTsssTTsAAususssssssusuT      

                        cov    pid 26881          .         9         .         .         .         .         :         . 26960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTAAGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGTGTTTAAAAATAAAGATGGGTTTCTCTATGTTTATAAGGGCTATCAACCTATAGATGTAGTTCGTGATCTACCTTCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGAGATTTTAGAGTGGTTTGGCATTACACAAACTGCTCAAGGTGTTCACCTCT------------TCTCATCTCGGTATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGATGTGAATGCTGATTATTTGTATTTTCATTTTTATCAAGAAGGTGGTACTTTTTATGCATATTTTACAGACACTGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATAATGTTTCTACAGATTGGTTGTATTTTCATTTTTATCAAGAACGTGGCACTTTTTATGCTTATTATGCTGATTCTGGC      
  consensus/100%                         ssusssTssssussussssssssTssssssAssTsssssssusssssssssCT............ssTssssssssTsss      
  consensus/90%                          ssusssTssssussussssssssTssssssAssTsssssssusssssssssCT............ssTssssssssTsss      
  consensus/80%                          sTusssTTsAsAsTuuTsusssuTsTsTssAssTsTATsAuGuusususssCTsTssATssssssssTusTssssCTsss      
  consensus/70%                          sTusssTTsAsAsTuuTsusssuTsTsTssAssTsTATsAuGuusususssCTsTssATssssssssTusTssssCTsss      

                        cov    pid 26961          .         .         .         0         .         .         .         . 27040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTTTTTCGGCTTTAGAACCATTGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGTTTTAACACTTTGAAACCTATTTTTAAGTTGCCTCTTGGTATTAACATTACAAATTTTAGAGCCATTCTTAC------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGATTTGTACGGCGGCAATATGTTTCAATTTGCCACCTTGCCTGTTTATGATACTATTAAGTATTATTCTATC------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTGTTACTAAGTT------TTTGTTTAATGTTTATTTAGGCATGGCGCTTTCACACTATTATGTCATGCCTCT------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGCCTACTACTTT------TTTATTTAGTTTGTATCTTGGTACTCTTTTATCTCATTATTATGTTTTGCCTTT------      
  consensus/100%                         sssssTsssussss......sssssTsuussTssssssssGssssssssTsssssssTsssususssTsCssss......      
  consensus/90%                          sssssTsssussss......sssssTsuussTssssssssGssssssssTsssssssTsssususssTsCssss......      
  consensus/80%                          usssTTsssACsTT......sTTsTTsAATTTGssssTsGGsATsssssTssCssusTsTsususssTsCsTss......      
  consensus/70%                          usssTTsssACsTT......sTTsTTsAATTTGssssTsGGsATsssssTssCssusTsTsususssTsCsTss......      

                        cov    pid 27041          :         .         .         .         .         1         .         . 27120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAGAAGTTATTTGACTCCTGGTGATTCTTCTTCAGGTTGGACAGCTGGTGCTGCAGCTTATTATGTGGGTTATCTTCAAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ------AGCCTTTTCACCTGCTCAAGACATTTGGGGCACGTCA------GCTGCAGCCTATTTTGTTGGCTATTTAAAGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ------ATTCCTCACA-GTATTCGTTCTATCCAAAGTGATAGAAAAGCTTGGGCTGCCTTCTACGTATATAAACTTCAAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ------------GACTTGTAATAG------------------TAAGCTTACTTTAGAATATTGGGTTACACCTCTCACTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ------------GACTTGTAATGCTATATCTTCTAATACTGATAATGAGACTTTACAATATTGGGTCACACCTTTGTCTA      
  consensus/100%                         ............ssCs.sTusTss..................s......sssssssssTssTssGTssssssssTsssss      
  consensus/90%                          ............ssCs.sTusTss..................s......sssssssssTssTssGTssssssssTsssss      
  consensus/80%                          ............sACsssTusTsussssssssssuusssssssusssssuCTssAGssTATTusGTsussssTsTsssss      
  consensus/70%                          ............sACsssTusTsussssssssssuusssssssusssssuCTssAGssTATTusGTsussssTsTsssss      

                        cov    pid 27121          .         .         :         .         .         .         .         2 27200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTAGGACTTTTCTATTAAAATATAATGAAAATGGAACCATTACAGATGCTGTAGACTGTGCACTTGACCCTCTCTCAGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAACTACATTTATGCTCAAGTATGATGAAAATGGTACAATCACAGATGCTGTTGATTGTTCTCAAAATCCACTTGCTGAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CGTTAACTTTCCTGTTGGATTTTTCTGTTGATGGTTATATACGCAGAGCTATAGACTGTGGTTTTAATGATTTGTCACAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTAGACAATATTTACTCGCTTTCAATCAAGATGGTATTATTTTTAATGCTGTTGATTGTATGAGTGATTTTATGAGTGAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AACGCCAATATCTTCTTAAATTTGACAACCGTGGTGTTATTACTAATGCTGTTGATTGTTCTAGTAGTTTCTTTAGCGAG      
  consensus/100%                         ssssssssTsssTssTsussTsssssssssuTGGssssATssssuusGCTuTsGAsTGTssssssuusssssTsssssAu      
  consensus/90%                          ssssssssTsssTssTsussTsssssssssuTGGssssATssssuusGCTuTsGAsTGTssssssuusssssTsssssAu      
  consensus/80%                          CsssssssTsTsTusTsuAsTsTuATuAsuATGGTussATssssuATGCTGTsGAsTGTsssssTuATssssTssssGAu      
  consensus/70%                          CsssssssTsTsTusTsuAsTsTuATuAsuATGGTussATssssuATGCTGTsGAsTGTsssssTuATssssTssssGAu      

                        cov    pid 27201          .         .         .         .         :         .         .         . 27280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACAAAGTGTACGTTGAAATCCTTCACTGTAGAAAAAGGAATCTATCAAACTTCTAACTTTAGAGTCCAACCAACAGAATC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTCAAATGCTCTGTTAAGAGCTTTGAGATTGACAAAGGAATTTACCAGACCTCTAATTTCAGGGTTGTTCCCTCAGGAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTCCACTGCTCATATGAATCCTTCGATGTTGAATCTGGAGTTTATTCAGTTTCGTCTTTCGAAGCAAAACCTTCTGGCTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTAAGTGTAAAACACAATCTATAGCACCACCTACTGGTGTTTATGAATTAAACGGTTACACTGTTCAGCCAATCGCAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTCAATGTAAAACTAAATCTTTATTACCTAATACTGGTGTTTATGACTTATCTGGTTTTACTGTTAAGCCTGTTGCAAC      
  consensus/100%                         ssssAsTGssssssssAussssTsssssssssssssGGsuTsTAsssssssssssssTssussGsssssCCssssGssss      
  consensus/90%                          ssssAsTGssssssssAussssTsssssssssssssGGsuTsTAsssssssssssssTssussGsssssCCssssGssss      
  consensus/80%                          sTssAuTGsssusssuAATCsTTsusssssuAsAssGGsuTTTATsAusssTCsuuTTTsAssGTssAuCCssssGsAss      
  consensus/70%                          sTssAuTGsssusssuAATCsTTsusssssuAsAssGGsuTTTATsAusssTCsuuTTTsAssGTssAuCCssssGsAss      

                        cov    pid 27281          .         3         .         .         .         .         :         . 27360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TATTGTTAGATTTCCTAATATTACAAACTTGTGCCCTTTTGGTGAAGTTTTTAACGCCACCAGATTTGCATCTGTTTATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTTGTGAGATTCCCTAATATTACAAACTTGTGTCCTTTTGGAGAGGTTTTTAATGCTACTAAATTCCCTTCTGTCTATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTTGTGGAACAGGCTGAAGGTGTTGAATGTGATTTTT------CACCTCTTCTGTCTGGCACACCTCCTCAGGTTTATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTTACCGACGTAAACCTAATCTTCCCAATTGCAATATAGAAGCTTGGCTTAATGATAAGTCGGTGCCCTCTCCATTAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTACATCGTCGTATTCCTGATTTACCTGATTGTGACATTGATAAATGGCTTAACAATTTTAATGTACCCTCACCTCTTA      
  consensus/100%                         suTsssssussssssssssusTssssssssssusssss......ssssssTTssssssssssssssssCssssssssssu      
  consensus/90%                          suTsssssussssssssssusTssssssssssusssss......ssssssTTssssssssssssssssCssssssssssu      
  consensus/80%                          TGTTssssGAsssssTssTusTsssssssssTGsssTsTsGususussssTTAAsusTussAsusTsCCsTCssssTsTu      
  consensus/70%                          TGTTssssGAsssssTssTusTsssssssssTGsssTsTsGususussssTTAAsusTussAsusTsCCsTCssssTsTu      

                        cov    pid 27361          .         .         .         4         .         .         .         . 27440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTTGGAACAGGAAGAGAATCAGCAACTGTGTTGCTGATTATTCTGTCCTATATAATTCCGCATCATTTTCCACTTTTAAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATGGGAGAGAAAAAAAATTTCTAATTGTGTTGCTGATTACTCTGTGCTCTACAACTCAACATTTTTTTCAACCTTTAAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTTCAAGCGTTTGGTTTTTACCAATTGCAATTATAATCTTACCAAATTGCTTTCACTTTTTTCTGTGAATGATTTTACT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTGGGAACGTAAGACATTTTCAAATTGTAATTTTAATATGAGCAGCCTGATGTCTTTTATTCAGGCAGACTCATTTACT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTGGGAACGTAAAATTTTTTCTAATTGCAACTTTAATTTGAGTACTTTGCTTCGTTTAGTTCATACTGATTCTTTTTCT      
  consensus/100%                         ssTssuAssGsssuusssTssssAAsTGsussssTuATssssssusssTsssssssssssssssssssssssssTTTsss      
  consensus/90%                          ssTssuAssGsssuusssTssssAAsTGsussssTuATssssssusssTsssssssssssssssssssssssssTTTsss      
  consensus/80%                          sTTGGuAusGsAAuAsssTTsCsAATTGsusTssTuATssssssusssTussssssTssussssssssssssCsTTTAss      
  consensus/70%                          sTTGGuAusGsAAuAsssTTsCsAATTGsusTssTuATssssssusssTussssssTssussssssssssssCsTTTAss      

                        cov    pid 27441          :         .         .         .         .         5         .         . 27520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTTATGGAGTGTCTCC--TACTAAATTAAATGATCTCTGCTTTACTAATGTCTATGCAGATTCATTTGTAATTAGAGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCTATGGCGTTTCTGC--CACTAAGTTGAATGATCTTTGCTTCTCCAATGTCTATGCAGATTCTTTTGTAGTCAAGGGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTAGTCAAATATCTCCAGCAGCAATTGCTAGCAACTGTTATTCTTCACTGATTTTGGATTACTTTTCATACCCACTTAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTAATAATATTGATGCTGCTAAGATATATGGTATGTGTTTTTCCAGCATAACTATAGATAAGTTTGCTATACCCAATGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTAATAATTTTGATGAATCTAAGATATATGGTAGTTGTTTTAAGAGTATTGTTTTAGATAAATTTGCCATACCCAACTC      
  consensus/100%                         TGssuTsussTsssTss..ssssuAsssssussAssTsTssTsssssssTsssTsTusAssssssTssssssssssssss      
  consensus/90%                          TGssuTsussTsssTss..ssssuAsssssussAssTsTssTsssssssTsssTsTusAssssssTssssssssssssss      
  consensus/80%                          TGTsATuusuTsssTsC..CsssuAssTusussAssTsTssTTsssssATussTsTusAsAsssTTsssssusCsuusus      
  consensus/70%                          TGTsATuusuTsssTsC..CsssuAssTusussAssTsTssTTsssssATussTsTusAsAsssTTsssssusCsuusus      

                        cov    pid 27521          .         .         :         .         .         .         .         6 27600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GATGAAGTCAGACAAATCGCTCCAGGGCAAACTGGAAAGATTGCTGATTATAATTATAAATTACCAGATGATTTTACAGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GATGATGTAAGACAAATAGCGCCAGGACAAACTGGTGTTATTGCTGATTATAATTATAAATTGCCAGATGATTTCATGGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATGAAATCCGAT--CTCAGTGTTAGTTCTGCTGGTCCAATATCCCAGTTTAATTATAAACAGTCCTTTTCTAATCCCAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGGAAGGTTGAC--CTACAATTGGGTAATTTGGGCTATTTGCAGTCATTTAACTATAGAATTGATACTACTGCAACAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CAGACGATCTGAT--TTGCAGTTGGGCAGTTCTGGTTTTCTGCAATCTTCTAATTATAAAATTGACACTACTTCTAGTTC      
  consensus/100%                         sAsussusssGAs..sTsssssssuGsssssssGGsssssTsssssssTsTAAsTATAuAssssssssTssTssssssss      
  consensus/90%                          sAsussusssGAs..sTsssssssuGsssssssGGsssssTsssssssTsTAAsTATAuAssssssssTssTssssssss      
  consensus/80%                          sAsGAuuTssGAs..sTssssssuGGssussCTGGsssssTsssssssTsTAATTATAAAsTssssusTusTsssAssus      
  consensus/70%                          sAsGAuuTssGAs..sTssssssuGGssussCTGGsssssTsssssssTsTAATTATAAAsTssssusTusTsssAssus      

                        cov    pid 27601          .         .         .         .         :         .         .         . 27680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTGCGTTATAGCTTGGAATTCTAACAATCTTGATTCTAAGGTTGGTGGTAATTATAATTACCTGTATAGATTGTTTAGGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGTGTCCTTGCTTGGAATACTAGGAACATTGATGCTACTTCAACTGGTAATTATAATTATAAATATAGGTATCTTAGAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGTTTGATTTTAGCGACTGTTCCTCATAACCTTACTACTATTACTAAGCCTCTTAAGTACAGCTATATTAACAAGTGCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGTCAGTTGTATTATAATTTACCTGCTGCTAATGTTTCTGTTA---GCAGGTTTAATCCTTCTACTTGGAATAAGAGAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGTCAATTGTATTATAGTTTGCCTGCAATTAATGTTACTATTA---ATAATTATAATCCTTCTTCTTGGAATAGAAGGT      
  consensus/100%                         sTGsssssTsssssssAsTssssssssssssssTssTssssssu...ussssssTAAsssssssssTssssssssssGss      
  consensus/90%                          sTGsssssTsssssssAsTssssssssssssssTssTssssssu...ussssssTAAsssssssssTssssssssssGss      
  consensus/80%                          sTGTssssTsssTTusAuTssssssussusTuATusTACTuTTA...usAuTTsTAATssssssTsTsGusAssssAGus      
  consensus/70%                          sTGTssssTsssTTusAuTssssssussusTuATusTACTuTTA...usAuTTsTAATssssssTsTsGusAssssAGus      

                        cov    pid 27681          .         7         .         .         .         .         :         . 27760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGTCTAATC-----------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGGCAAGC-----------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTCGTCTTC-----------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGGTTTTATAGAAGATTCTGTTTTTAAGCCTCGACCTGCAGGTGTTCTTACTAATCATGATGTAGTTTATGCACAACAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGGTTTTA---------------------------ATAATTTTAATTTGAGCTCTCATAGTGTTGTTTACTCACGTTAT      
  consensus/100%                         sssssssss.......................................................................      
  consensus/90%                          sssssssss.......................................................................      
  consensus/80%                          sTsGTssTs.......................................................................      
  consensus/70%                          sTsGTssTs.......................................................................      

                        cov    pid 27761          .         .         .         8         .         .         .         . 27840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ----------------------TCAAACCTTTTGA---GAGAGATATTTCAACTGAAATCTATCAGGCCGGTAGCACACC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ----------------------TTAGGCCCTTTGA---GAGAGACATATCTAATGTGCCTTTCTCCCCTGATGGCAAACC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ----------------------TTTCTGATGATCG---TACTGAAGTACCTCAGTTAGTGAACGCTAATCAATACTCACC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTTCAAAGCTCCTAAAAATTTCTGTCCGTGTAAATTGAATGGTTCGTGTGTAGGTAGTGGTCCTGGTAAAAATAATGG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTTTTCTGTTAATAATACTTTTTGTCCTTGTGC---TAAACCTTCTTTTGCTTCAAGTTGCAAGAGTCATAAACCACC      
  consensus/100%                         ......................TsssssssssTss...sAssssssssssssssssssssssssssssssussussssss      
  consensus/90%                          ......................TsssssssssTss...sAssssssssssssssssssssssssssssssussussssss      
  consensus/80%                          ......................TssusCCsTsTuu...sAusGussssTsTussssuusssussssusTsAsuusssACC      
  consensus/70%                          ......................TssusCCsTsTuu...sAusGussssTsTussssuusssussssusTsAsuusssACC      

                        cov    pid 27841          :         .         .         .         .         9         .         . 27920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGTAATGGTGTTGAAGGTTTTAATTGTTACTTTCCTTTACAATCATATGGTTTCCAACCCACTAATGGTGTTGGTTACC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGCACCCCACCT---GCTCTTAATTGTTATTGGCCATTAAATGATTATGGTTTTTACACCACTACTGGCATTGGCTACC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTGTGTATCCATT---------------------------------------GTCCCATCCACTGTGTGGGAAGACGGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATAGGCACTTGTCCTGCAGGTACTAATTATTTAACTTGTGATA------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTCTGCTTCCTGTCCTATTGGTACTAATTATCGTTCTTGTGAGAGTACTACTGTACTCGACCACACTGACTGGTGTAGGT      
  consensus/100%                         ssssusssssssT...................................................................      
  consensus/90%                          ssssusssssssT...................................................................      
  consensus/80%                          TTssusssCsssT...ussssTAsTsuTTAsssssCsTsssAss........sTssssssCsssusssusssssussuss      
  consensus/70%                          TTssusssCsssT...ussssTAsTsuTTAsssssCsTsssAss........sTssssssCsssusssusssssussuss      

                        cov    pid 27921          .         .         :         .         .         .         .         0 28000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACCATACAGAGTAGTAGTACTTTCTTTTGAA------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACCTTACAGAGTTGTAGTACTTTCTTTTGAA------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATTATTATAGGAAACAACTATCTCCACTTGAAGGTGGTGGCTGGCTTGTTGCTAGTGGCTCAACTGTTGCCATGACTGAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATTTGTGCACTCCTGATCCTATTACATTTACAGGTACTTATAAGTGCCCCCAAACTAAATCTTTAGTTGGCATAGGTGAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTCTTGTTTACCTGATCCTATAACTGCTTATGACCCTAGGTCTTGTTCTCAAAAAAAGTCTCTGGTTGGTGTTGGTGAA      
  consensus/100%                         ussssTusssssssssssssssssCsssTsss................................................      
  consensus/90%                          ussssTusssssssssssssssssCsssTsss................................................      
  consensus/80%                          AssssTusAsusssGssssssTTsCssTTuAA................................................      
  consensus/70%                          AssssTusAsusssGssssssTTsCssTTuAA................................................      

                        cov    pid 28001          .         .         .         .         :         .         .         . 28080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ------------------------------------------------------------------------CTTCTACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ------------------------------------------------------------------------CTTTTAAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CAATTACAGATGGGCTTTGGTATTACAGTTCAATATGGTACAGAC------------------ACCAATAGTGTTTGCCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CACTGTTC---GGGTCTTGCTGTTAAAAGTGATTATTGTGGAGGC------------------AATTCTTGTACTTGCCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CATTGTGC---AGGGTTCGGTGTTGATGAAGAAAAGTGTGGTGTATTGGATGGATCATATAATGTTTCTTGTCTTTGTAG      
  consensus/100%                         ........................................................................ssTsssss      
  consensus/90%                          ........................................................................ssTsssss      
  consensus/80%                          ........................................................................sTTTsssu      
  consensus/70%                          ........................................................................sTTTsssu      

                        cov    pid 28081          .         1         .         .         .         .         :         . 28160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGCACCAGCAACTGTTTGTGGACCTAAAAAGTC-----------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCACCGGCCACGGTTTGTGGACCAAAATTATC-----------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CAAGCTTGAATTTGCTAATGACACAAAAATTGC-----------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACCACAAGCATTTTTGGGTTGGTCTGCAGACTCTTGTTTACAAGGAGACAAGTGTAATATTTTTGCTAATTTTATTTTGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACTGATGCCTTTCTAGGTTGGTCTTATGACACTTGCGTCAGTAACAACCGTTGTAATATTTTTTCTAATTTTATTTTAA      
  consensus/100%                         sssssssGsssssssssuTsussCssssssssC...............................................      
  consensus/90%                          sssssssGsssssssssuTsussCssssssssC...............................................      
  consensus/80%                          suCuCssGCsssTsTssGTsGusCsuAAusssC...............................................      
  consensus/70%                          suCuCssGCsssTsTssGTsGusCsuAAusssC...............................................      

                        cov    pid 28161          .         .         .         2         .         .         .         . 28240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------------------------------------------------TACTAATTTGGTTAAAAACAAATGTGTCAAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------------------------------------------------CACTGACCTTATTAAGAACCAGTGTGTCAAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -------------------------------------------------CTCTCAATTAG------GCAATTGCGTGGAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGATGTTAATAGTGGTCTTACTTGTTCTACTGATTTACAAAAAGCTAACACAGACATAATTCTTGGTGTTTGTGTTAAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGGTATCAATAGTGGTACCACTTGTTCTAATGATTTATTGCAGCCTAATACTGAAGTTTTTACTGATGTTTGTGTTGAT      
  consensus/100%                         .................................................ssCssAssTss......ussssTGsGTsuAs      
  consensus/90%                          .................................................ssCssAssTss......ussssTGsGTsuAs      
  consensus/80%                          .................................................sACTuAssTsuTTsssuusussTGTGTsuAT      
  consensus/70%                          .................................................sACTuAssTsuTTsssuusussTGTGTsuAT      

                        cov    pid 28241          :         .         .         .         .         3         .         . 28320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTCAACTTCAATGGTTTAACAGGCACAGGTGTTCTTACTGAGTCTAACAAAAAGTTTCTGCCTTTCCAACAATTTGGCAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTTAATTTTAATGGACTCACTGGTACTGGTGTGTTAACTCCTTCTTCAAAGAGATTTCAACCATTTCAACAATTTGGCCG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATTCCCTCTATGGTGTTTCGGGCCGTGGTGTTTTTCAGAATTGCACAGC------TGTAGGTGTTCGACAGCAGCGCTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATGACCTCTATGGTATTTTAGGCCAAGGCATTTTTGTTGAGGTTAATGCGACTTATTATAATAGTTGGCAGAACCTTTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACGACCTTTATGGTATTACAGGACAAGGTATTTTTAAAGAAGTTTCTGCTGTTTATTATAATAGTTGGCAAAATCTTTT      
  consensus/100%                         TssssssTssATGGssTssssGGssssGGsuTssTsssssssssssssus......TssssssssssuuCAussssssss      
  consensus/90%                          TssssssTssATGGssTssssGGssssGGsuTssTsssssssssssssus......TssssssssssuuCAussssssss      
  consensus/80%                          TssuACsTssATGGTsTssCuGGssssGGTuTTTTTussuAsssTsssussussTsTsssssTssTsuuCAussssssss      
  consensus/70%                          TssuACsTssATGGTsTssCuGGssssGGTuTTTTTussuAsssTsssussussTsTsssssTssTsuuCAussssssss      

                        cov    pid 28321          .         .         :         .         .         .         .         4 28400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGACATTGCTGACACTACTGATGCTGTCCGTGATCCACAGACACTTGAGATTCTTGACATTACACCATGTTCTTTTGGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGATGTTTCTGATTTCACTGATTCCGTTCGAGATCCTAAAACATCTGAAATATTAGACATTTCACCTTGCGCTTTTGGGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTTTATGATGCGTACCAGAATTTAGTTGGCTATTATTCTGATGATGGCAACTACTACTGTTTGCGTGCTTGTGTTAGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATATGATTCTAATGGTAATCTCTACGGTTTTAGAGACTACATAACAAACAGAACTTTTATGATTCGTAGTTGCTATAGCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTATGATTCTAATGGCAACATTATTGGTTTTAAAGATTTTGTTACTAATAAAACATATAATATTTTCCCTTGTTATGCAG      
  consensus/100%                         ssssssTssTussssssssssssssGssssssusssssssusssssuusAsssssssssssssssssssssssssTussG      
  consensus/90%                          ssssssTssTussssssssssssssGssssssusssssssusssssuusAsssssssssssssssssssssssssTussG      
  consensus/80%                          ssATusTsCTuAssssAssusTsssGsTsssuAsssssssussssTuAsAssssssAsAsTsssCssssTTsTTsTuGsG      
  consensus/70%                          ssATusTsCTuAssssAssusTsssGsTsssuAsssssssussssTuAsAssssssAsAsTsssCssssTTsTTsTuGsG      

                        cov    pid 28401          .         .         .         .         :         .         .         . 28480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTGTCAGTGTTATAACACCAGGAACAAATACTTCTAACCAGGTTGCTGTTCTTTATCAGGATGTTAACTGCACAGAAGTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGTAAGTGTAATTACACCTGGAACAAATGCTTCATCTGAAGTTGCTGTTCTATATCAAGATGTTAACTGCACTGATGTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCCTGTTTCTGTCATCTATGATAAAGAAACTAAAACCCAC---GCTACTCTATTTGGTAGTGTTGCATGTGAACACATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTCGTGTTTCTGCGGCCTTTCACGCTAACTCTTCCGAACCA---GCATTGCTATTTCGGAATATTAAATGCAACTACGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GAAGAGTTTCTGCTGCTTTTCATCAAAATGCTTCCTCTTTG---GCTTTACTTTATCGTAATTTAAAATGTAGCTATGTT      
  consensus/100%                         sssssusTsssussussssssussssuAssCTsssssssss...GCssssCTsTsTsusuuTsTsussTGsusssAsuTs      
  consensus/90%                          sssssusTsssussussssssussssuAssCTsssssssss...GCssssCTsTsTsusuuTsTsussTGsusssAsuTs      
  consensus/80%                          GTsssusTssTussuCsssTsususAAAsuCTTCssssssu...GCTsTsCTsTsTCusuATuTTAAsTGsAsssAsGTT      
  consensus/70%                          GTsssusTssTussuCsssTsususAAAsuCTTCssssssu...GCTsTsCTsTsTCusuATuTTAAsTGsAsssAsGTT      

                        cov    pid 28481          .         5         .         .         .         .         :         . 28560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCTGTTGCTATTCATGCAGATCAACTTACTCCTACTTGGCGTGTTTATTCTACAGGTTCTAATGTTT-------TTCAAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCTACAGCAATTCATGCAGATCAACTCACACCAGCTTGGCGCATATATTCTACTGGAAACAATGTAT-------TCCAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCTTCTACCATGTCTCAATACTCCCGTTCTAC-GCGATCAATGCTTAAACGGCGAGATTCTACATATGGCCCCCTTCAGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTAATAATAGTCTTACACGACAGCTGCAACC------------------------CATTAACTATT-------TTGATA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGAATAATATTTCTTTAACTACTCAGCCA---------------------------------TATT-------TTGATA      
  consensus/100%                         ssssssussAssssTssAssssssCsssss.................................sssT.......TssAsA      
  consensus/90%                          ssssssussAssssTssAssssssCsssss.................................sssT.......TssAsA      
  consensus/80%                          TsTusTussATTssTssAsussssCsssCssC........................sssssAssssT.......TTsAsA      
  consensus/70%                          TsTusTussATTssTssAsussssCsssCssC........................sssssAssssT.......TTsAsA      

                        cov    pid 28561          .         .         .         6         .         .         .         . 28640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CACGTGCAGGCTGTTTAATAGGGGCTGAACATG---TCAACAACT---CATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTCAAGCAGGCTGTCTTATAGGAGCTGAGCATG---TCGACACTT---CTTATGAGTGCGACATTCCTATTGGAGCTGGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CACCTGTTGGTTGTGTCCTAGGACTTGTTAATT---CCTCTTTGTTCGTAGAGGACTGCAAGTTGCCTCTTGGTCAATCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTATCTTGGTTGTGTTGTCAATGCTTATAATAGTACTGCTATTTCTGTTCAAACATGTGATCTCACAGTAGGTAGTGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTATCTTGGTTGCGTTTTTAATGCTGATAATTTAACTGATTATTCTGTTTCTTCTTGTGCTCTTCGCATGGGTAGTGGT      
  consensus/100%                         ssssssssGGsTGssTssTsuusssTssssATs...ssssssssT...ssssssssTGsusssTsssssTsGGsssssss      
  consensus/90%                          ssssssssGGsTGssTssTsuusssTssssATs...ssssssssT...ssssssssTGsusssTsssssTsGGsssssss      
  consensus/80%                          sssuTsssGGsTGTsTssTsuusGCTGAssATs...ssusssssT...sssAsussTGsGAssTsCCsuTsGGTussGGT      
  consensus/70%                          sssuTsssGGsTGTsTssTsuusGCTGAssATs...ssusssssT...sssAsussTGsGAssTsCCsuTsGGTussGGT      

                        cov    pid 28641          :         .         .         .         .         7         .         . 28720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATATGCGCTAGTTATCAGACTCA---GACTAATTCTCCTCGGCGGGCACG---------TAGTGTAGCTAGTCAATCCAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATTTGTGCTAGTTACCATACAGT---TTCTTTAT------------TACG---------TAGTACTAGCCAAAAATCTAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTCTGTGCTCTTCCTGACACACCTAGTACTCTCACACCTCGCAGTGTGCG---------CTCTGTTCCAGGTGAAATGCG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TACTGTGTGGATTA---------------CTCTAAAAACAGACGAAGTCGTGGAGCGATTACCACTGGTTATCGGTTTAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTGTGTTGATTATAACTCACCTTCTTCTTCCTCTTCGCGTCGTAAACGTAGAAGTATTTCTGCTTCTTATCGTTTTGT      
  consensus/100%                         sssTGsGssssTss...............sssss............ssCG.........ssssussssssussussssss      
  consensus/90%                          sssTGsGssssTss...............sssss............ssCG.........ssssussssssussussssss      
  consensus/80%                          sTsTGTGsTuuTTAssAssCsss...ssCTssssssssssGssGsusuCG.........TssTusTssssuTsuuTssus      
  consensus/70%                          sTsTGTGsTuuTTAssAssCsss...ssCTssssssssssGssGsusuCG.........TssTusTssssuTsuuTssus      

                        cov    pid 28721          .         .         :         .         .         .         .         8 28800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATTGCCTACACTATGTCACTTGGTGCAGAAAATTCAGTTGCTTACTCTAATAACTCT---------ATTGCCATACCCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTGGCTTATACTATGTCTTTAGGTGCTGATAGTTCAATTGCTTACTCTAATAACACC---------ATTGCTATACCTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTTGGCAT---CCATTGCTTTTAATCATCCTATTCAGGTTGATCAACTTAATAGTAGTTATTTTAAATTAAGTATACCCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAATTTTGAGCCATTTACTGTTAATTCAGTAAACGATAGTTTAGAACCTGTAGGTGGTTTGTATGAAATTCAAATACCTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACTTTTGAACCCTTTAATGTCAGTTTTGTTAATGACAGTATTGAGTCTGTGGGTGGTCTTTATGAGATCAAAATTCCCA      
  consensus/100%                         ssssssss...CssTsssssTsuuTssssssAsssssusTssssAsssTussuussss.........sTssssATsCCss      
  consensus/90%                          ssssssss...CssTsssssTsuuTssssssAsssssusTssssAsssTussuussss.........sTssssATsCCss      
  consensus/80%                          sussssssAssCssTssCTsTsuuTsssGssAuTsssusTusTsAssCTussuususT.........ATsussATACCsA      
  consensus/70%                          sussssssAssCssTssCTsTsuuTsssGssAuTsssusTusTsAssCTussuususT.........ATsussATACCsA      

                        cov    pid 28801          .         .         .         .         :         .         .         . 28880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAATTTTACTATTAGTGTTACCACAGAAATTCTACCAGTGTCTATGACCAAGACATCAGTAGATTGTACAATGTACATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTAACTTTTCAATTAGCATTACTACAGAAGTAATGCCTGTTTCTATGGCTAAAACCTCCGTAGATTGTAATATGTACATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTAATTTTTCCTTTGGTGTGACTCAGGAGTACATTCAGACAACCATTCAGAAAGTTACTGTTGATTGTAAACAGTACGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGAGTTTACTATAGGTAATATGGTGGAGTTTATTCAAACAAGCTCTCCTAAAGTTACTATTGATTGTGCTGCATTTGTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTAACTTTACTATAGTTGGTCAAGAGGAATTTATTCAAACTAATTCTCCTAAAGTTACTATTGATTGTTCTTTATTTGTC      
  consensus/100%                         CsuAsTTTsCssTsussusssssssuGAussssTsCssusssssssssssAAuusssCsuTsGATTGTsssssuTssuTs      
  consensus/90%                          CsuAsTTTsCssTsussusssssssuGAussssTsCssusssssssssssAAuusssCsuTsGATTGTsssssuTssuTs      
  consensus/80%                          CsAAsTTTsCsATsuGTusTAssusuGAusTsATsCsuusssssssssCsAAAusssCsuTsGATTGTussssuTssuTs      
  consensus/70%                          CsAAsTTTsCsATsuGTusTAssusuGAusTsATsCsuusssssssssCsAAAusssCsuTsGATTGTussssuTssuTs      

                        cov    pid 28881          .         9         .         .         .         .         :         . 28960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTGGTGATTCAACTGAATGCAGCAATCTTTTGTTGCAATATGGCAGTTTTTGTACACAATTAAACCGTGCTTTAACTGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCGGAGATTCTACTGAATGTGCTAATTTGCTTCTCCAATATGGTAGCTTTTGCACACAACTAAATCGTGCACTCTCAGG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCAATGGTTTCCAGAAGTGTGAGCAATTACTGCGCGAGTATGGCCAGTTTTGTTCCAAAATAAACCAGGCTCTCCATGG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTGGTGATTATGCAGCATGTAAATCACAGTTGGTTGAATATGGTAGTTTCTGTGATAACATTAATGCCATACTCACAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTCTAATTATGCAGCTTGCCATGACTTATTGTCAGAGTATGGCACTTTTTGTGATAATATTAATAGTATTTTAGATGA      
  consensus/100%                         TGssssuuTTsssssussTGsssssssssssTsssssAuTATGGssssTTsTGsssssAssTsAAssssusssTssssGu      
  consensus/90%                          TGssssuuTTsssssussTGsssssssssssTsssssAuTATGGssssTTsTGsssssAssTsAAssssusssTssssGu      
  consensus/80%                          TGsuuTGATTssuCsGsuTGsuussAssTusTGssssAuTATGGsAusTTTTGTusssAssTsAAssususssTssssGu      
  consensus/70%                          TGsuuTGATTssuCsGsuTGsuussAssTusTGssssAuTATGGsAusTTTTGTusssAssTsAAssususssTssssGu      

                        cov    pid 28961          .         .         .         0         .         .         .         . 29040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AATAGCTGTTGAACAAGACAAAAACACCCAAGAAGTTTTTGCACAAGTCAAACAA----ATTTACAAAACACCACCAATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TATTGCTGCTGAACAGGATCGCAACACACGTGAAGTGTTCGCTCAAGTCAAACAA----ATGTACAAAACCCCAACTTTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCCAATTTACGCCAGGATGATTCTGTACGTAATTTGTTTGCGAGCGTGAAAAGC----TCTCAATCATCTCCTATCATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGTAAATGAACTACTTGACACTACACAGTTGCAAGTAGCTAATAGTTTAATGAATGGTGTTACTCTTAGCACTAAGCTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AGTTAATGGTTTACTTGATACTACTCAATTGCATGTAGCTGATACTCTTATGCAAGGTGTCACACTTAGCTCCAATCTTA      
  consensus/100%                         sussusTssssssCssGAssssssssssssssAssTssssussssssTsAsusus....ssssssssAsCsCssssssTs      
  consensus/90%                          sussusTssssssCssGAssssssssssssssAssTssssussssssTsAsusus....ssssssssAsCsCssssssTs      
  consensus/80%                          suTsusTGssssACssGAsussAssssussssAsGTussTGsssussTsAsusAs....ssssACssAuCsCCAAsssTu      
  consensus/70%                          suTsusTGssssACssGAsussAssssussssAsGTussTGsssussTsAsusAs....ssssACssAuCsCCAAsssTu      

                        cov    pid 29041          :         .         .         .         .         1         .         . 29120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAA-----------GATTTTGGTGGT---TTTAATTTTTCACAAATATTACCAGATCCATCA---------AAA---CCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAA-----------TATTTTGGTGGT---TTTAATTTTTCACAAATATTACCTGACCCTCTA---------AAG---CCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCA-----------GGTTTTGGAGGTGACTTTAATTTGACACTTCTAGAACCTGTTTCTATATCTACTGGCAGT---CGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAGATGGCGTTAATTTCAATGTAGACGACATCAATTTTTCCCCTGTATTAGGTTGTCTAGGCAGCGAATGTAGTAAAGCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATACTAATTTGCATTTTGATGTTGATAATATTAATTTTAAATCCCTAGTTGGATGTTTAGGTCCACACTGCGGT---TCT      
  consensus/100%                         ssu...........sssssTGssGus...sTsAATTTssssssssTAsssssssssssssss.........uus...sss      
  consensus/90%                          ssu...........sssssTGssGus...sTsAATTTssssssssTAsssssssssssssss.........uus...sss      
  consensus/80%                          AsA...........ssTssTGssGuT...sTTAATTTTsCACsssTAsTAssssuTssssss.........Aus...sCs      
  consensus/70%                          AsA...........ssTssTGssGuT...sTTAATTTTsCACsssTAsTAssssuTssssss.........Aus...sCs      

                        cov    pid 29121          .         .         :         .         .         .         .         2 29200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGCAAGAGGTCATTTATTGAAGATCTACTTTTCAACAAAGTGACACTTGCAGATGCTGGCTTCATCAAACAATATGGTGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACTAAGAGGTCTTTTATTGAGGACTTGCTCTTTAATAAGGTGACACTCGCTGATGCTGGCTTCATGAAGCAATATGGCGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTGCACGTAGTGCTATTGAGGATTTGCTATTTGACAAAGTCACTATAGCTGATCCTGGTTATATGCAAGGTTACGATGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCCAGTAGATCTGCTATAGAGGATTTACTTTTTGATAAAGTAAAGTTATCTGATGTCGGTTTTGTTGAGGCTTATAATAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCTTCTCGTTCTTTTTTTGAAGATTTATTGTTTGACAAAGTTAAACTTTCAGATGTTGGTTTTGTTGAAGCTTATAACAA      
  consensus/100%                         sssssssGssssssTsTsGAuGAssTusTsTTsuAsAAuGTsAsssTssCsGATsssGGsTssuTssAusssTAsuusuA      
  consensus/90%                          sssssssGssssssTsTsGAuGAssTusTsTTsuAsAAuGTsAsssTssCsGATsssGGsTssuTssAusssTAsuusuA      
  consensus/80%                          sssusssGsTCTssTATTGAuGATTTuCTsTTTuAsAAAGTsAsusTssCsGATGsTGGsTTsuTsuAusssTATuusuA      
  consensus/70%                          sssusssGsTCTssTATTGAuGATTTuCTsTTTuAsAAAGTsAsusTssCsGATGsTGGsTTsuTsuAusssTATuusuA      

                        cov    pid 29201          .         .         .         .         :         .         .         . 29280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGC------CTTGGTGATATTGCTGCTAGAGACCTCATTTGTGCACAAAAGTTTAACGGCCTTACTGTTTTGCCACCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGC------CTAGGTGATATTAATGCTAGAGATCTCATTTGTGCGCAGAAGTTCAATGGACTTACAGTGTTGCCACCTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGCATGCAGCAAGGTCCAGCATCAGCTCGTGATCTTATTTGTGCTCAATATGTGGCTGGTTACAAAGTATTACCTCCTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGT------ACAGGAGGTGCCGAAATTAGGGACCTCATTTGTGTGCAAAGTTATAAAGGCATCAAAGTGTTGCCTCCAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTGT------ACTGGTGGTAGTGAAATTAGAGATCTTCTTTGTGTACAATCCTTTAATGGTATTAAAGTTTTGCCTCCTA      
  consensus/100%                         sTGs......sssGGssssusssssusTsGsGAsCTssTTTGTGssCAussssssussGGssssAssGTsTTuCCsCCss      
  consensus/90%                          sTGs......sssGGssssusssssusTsGsGAsCTssTTTGTGssCAussssssussGGssssAssGTsTTuCCsCCss      
  consensus/80%                          TTGs......sssGGTGuTussussusTAGuGAsCTsATTTGTGsuCAAsusTTsAAsGGssTsAsAGTsTTGCCsCCTs      
  consensus/70%                          TTGs......sssGGTGuTussussusTAGuGAsCTsATTTGTGsuCAAsusTTsAAsGGssTsAsAGTsTTGCCsCCTs      

                        cov    pid 29281          .         3         .         .         .         .         :         . 29360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGCTCACAGATGAAATGATTGCTCAATACACTTCTGCACTGTTAGCGGGTACAATCACTTCTGGTTGGACCTTTGGTGCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCTCACTGATGATATGATTGCTGCCTACACTGCTGCTCTAGTTAGTGGTACTGCCACTGCTGGATGGACATTTGGTGCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTATGGATGTTAATATGGAAGCCGCGTATACTTCATCTTTGCTTGGCAGCATAGCAGGTGTTGGCTGGACTGCTGGCTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGCTCTCAGAAAATCAGATCAGTGGATACACTTTGGCTGCCACCTCTGCTAGTCTATTTCCTCCTTGGACAGCAGCAGCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTTGTCTGAATCTCAAATTTCTGGTTACACCACAGCCGCTACTGTTGCTGCTATGTTTCCACCATGGTCAGCAGCAGCT      
  consensus/100%                         TssTssssGsssssssuussssssssTAsACsssssCssssssssssussusssssssTssssssTGGsCssssGsssss      
  consensus/90%                          TssTssssGsssssssuussssssssTAsACsssssCssssssssssussusssssssTssssssTGGsCssssGsssss      
  consensus/80%                          TssTssCsGAsuATssGATsuCTGssTACACTsCsGCsssssssussGsTAssussssTsCTsssTGGACssssGssGCs      
  consensus/70%                          TssTssCsGAsuATssGATsuCTGssTACACTsCsGCsssssssussGsTAssussssTsCTsssTGGACssssGssGCs      

                        cov    pid 29361          .         .         .         4         .         .         .         . 29440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTGCTGCATTACAAATACCATTTGCTATGCAAATGGCTTATAGGTTTAATGGTATTGGAGTTACACAGAATGTTCTCTA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGCGCTGCTCTTCAAATACCTTTTGCTATGCAAATGGCATATAGGTTCAATGGCATTGGAGTTACCCAAAATGTTCTCTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCCTCCTTTGCTGCTATTCCATTTGCACAGAGTATCTTTTATAGGTTAAACGGTGTTGGCATTACTCAACAGGTTCTTTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGT------------GTACCATTTTATTTAAATGTTCAGTATCGCATTAATGGGCTTGGTGTCACCATGGATGTGCTAAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGC------------ATACCATTTTCTCTTAATGTACAATATAGAATTAATGGTTTGGGTGTTACTATGGATGTTCTTAA      
  consensus/100%                         sss............uTsCCsTTTsssssssusuTssssTATsGssTsAAsGGssTsGGsuTsACsssusAsGTsCTsss      
  consensus/90%                          sss............uTsCCsTTTsssssssusuTssssTATsGssTsAAsGGssTsGGsuTsACsssusAsGTsCTsss      
  consensus/80%                          GGs............ATACCATTTsCTsTusAsuTssssTATAGusTsAATGGssTTGGsGTTACsssuuATGTTCTssu      
  consensus/70%                          GGs............ATACCATTTsCTsTusAsuTssssTATAGusTsAATGGssTTGGsGTTACsssuuATGTTCTssu      

                        cov    pid 29441          :         .         .         .         .         5         .         . 29520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGAGAACCAAAAATTGATTGCCAACCAATTTAATAGTGCTATTGGCAAAATTCAAGACTCACTTTCTTCCACAGCAAGTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGAGAACCAAAAACAAATCGCCAACCAATTTAACAAGGCGATTAGTCAAATTCAAGAATCACTTACAACAACATCAACTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGAGAACCAAAAGCTTATTGCCAATAAGTTTAATCAGGCTCTGGGAGCTATGCAAACAGGCTTCACTACAACTAATGAAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCAAAATCAAAAGCTTATTGCTAATGCATTTAACAATGCCCTTTATGCTATTCAGGAAGGGTTCGATGCAACTAATTCTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAAAAATCAAAAGTTGATAGCTACTGCTTTTAATAATGCTCTTCTTTCTATTCAGAATGGTTTTAGTGCTACCAACTCTG      
  consensus/100%                         ssAuAAsCAAAAusssATsGCsAsssssTTTAAssusGCssTsssssssATsCAuussssssTsssssCsACsssssssG      
  consensus/90%                          ssAuAAsCAAAAusssATsGCsAsssssTTTAAssusGCssTsssssssATsCAuussssssTsssssCsACsssssssG      
  consensus/80%                          TuAuAAsCAAAAusTsATsGCsAAsssuTTTAAsAAsGCssTTsussssATTCAuuAsssssTsusTuCsACsussssTG      
  consensus/70%                          TuAuAAsCAAAAusTsATsGCsAAsssuTTTAAsAAsGCssTTsussssATTCAuuAsssssTsusTuCsACsussssTG      

                        cov    pid 29521          .         .         :         .         .         .         .         6 29600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CACTTGGAAAACTTCAAGATGTGGTCAACCAAAATGCACAAGCTTTAAACACGCTTGTTAAACAACTTAGCTCCAATTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATTGGGCAAGCTGCAAGACGTTGTTAACCAGAATGCTCAAGCATTAAACACACTTGTTAAACAACTTAGCTCTAATTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTTTTCAGAAGGTTCAGGATGCTGTGAACAACAATGCACAGGCTCTATCCAAATTAGCTAGCGAGCTATCTAATACTTTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTTTAGTTAAAATTCAAGCTGTTGTTAATGCAAATGCTGAAGCTCTTAATAACTTATTGCAACAACTCTCTAATAGATTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CACTTGCTAAAATACAAAGTGTTGTTAATTCTAATGCTCAAGCACTTAATAGTTTGTTACAGCAATTATTTAATAAATTT      
  consensus/100%                         CssTssssAAusTsCAuussGssGTsAAssssAATGCssAuGCssTssssAsssTsssssussAusTsssssssAssTTT      
  consensus/90%                          CssTssssAAusTsCAuussGssGTsAAssssAATGCssAuGCssTssssAsssTsssssussAusTsssssssAssTTT      
  consensus/80%                          CssTsGssAAusTsCAAGuTGTTGTsAAssssAATGCsCAAGCssTsAAsAsssTssTssAuCAACTssssssTAusTTT      
  consensus/70%                          CssTsGssAAusTsCAAGuTGTTGTsAAssssAATGCsCAAGCssTsAAsAsssTssTssAuCAACTssssssTAusTTT      

                        cov    pid 29601          .         .         .         .         :         .         .         . 29680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTGCAATTTCAAGTGTTTTAAATGATATCCTTTCACGTCTTGACAAAGTTGAGGCTGAAGTGCAAATTGATAGGTTGAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGTGCAATTTCAAGTGTGCTAAATGATATCCTTTCGCGACTTGATAAAGTCGAGGCGGAGGTACAAATTGACAGGTTAAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GGTGCTATTTCCGCCTCTATTGGAGACATCATACAACGTCTTGATGTTCTCGAACAGGACGCCCAAATAGACAGACTTAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GGTGCTATAAGTGCTTCTTTACAAGAAATTCTATCTAGACTTGATGCTCTTGAAGCGGAAGCTCAGATAGATAGACTTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GGTGCAATTAGTTCTTCTTTACAAGAAATTTTATCTCGTCTCGATGCTTTAGAGGCTCAGGTTCAGATTGATAGGCTTAT      
  consensus/100%                         GGTGCsATsssssssssssTssusGAsATssTsssssGsCTsGAsusssTsGAussssAsGssCAuATsGAsAGusTsAT      
  consensus/90%                          GGTGCsATsssssssssssTssusGAsATssTsssssGsCTsGAsusssTsGAussssAsGssCAuATsGAsAGusTsAT      
  consensus/80%                          GGTGCsATTsssusTssTsTAsAsGAsATssTsTCsCGsCTTGATusssTsGAuGCsGAuGssCAuATsGAsAGusTsAT      
  consensus/70%                          GGTGCsATTsssusTssTsTAsAsGAsATssTsTCsCGsCTTGATusssTsGAuGCsGAuGssCAuATsGAsAGusTsAT      

                        cov    pid 29681          .         7         .         .         .         .         :         . 29760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CACAGGCAGACTTCAAAGTTTGCAGACATATGTGACTCAACAATTAATTAGAGCTGCAGAAATCAGAGCTTCTGCTAATC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TACAGGCAGACTTCAAAGCCTTCAAACCTATGTAACACAACAACTAATCAGGGCTGCTGAAATCAGGGCTTCTGCTAATC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAATGGCCGTTTGACAACACTAAATGCTTTTGTTGCACAGCAGCTTGTTCGTTCCGAATCAGCTGCTCTTTCCGCTCAAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAATGGTCGTCTTACCGCTCTTAATGCTTATGTTTCTCAACAGCTTAGTGATTCTACACTGGTAAAATTTAGTGCAGCAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAATGGTCGTTTAACTGCTTTAAATGCTTATGTCTCTCAACAGCTTAGTGATATTTCTCTTGTAAAATTTGGTGCTGCTT      
  consensus/100%                         sAssGGssGssTssssusssTssAsuCsTsTGTssCsCAuCAusTsusssussssssssssussussssTsssGCsssss      
  consensus/90%                          sAssGGssGssTssssusssTssAsuCsTsTGTssCsCAuCAusTsusssussssssssssussussssTsssGCsssss      
  consensus/80%                          TAssGGssGssTssssusssTssAsuCsTATGTssCsCAACAuCTsAsTuussCTuCsssuuTsAuussTssTGCTusss      
  consensus/70%                          TAssGGssGssTssssusssTssAsuCsTATGTssCsCAACAuCTsAsTuussCTuCsssuuTsAuussTssTGCTusss      

                        cov    pid 29761          .         .         .         8         .         .         .         . 29840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGCTGCTACTAAAATGTCAGAGTGTGTACTTGGACAATCAAAAAGAGTTGATTTTTGTGGAAAGGGCTATCATCTTATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGCTGCTACTAAAATGTCTGAGTGTGTTCTTGGACAATCAAAAAGAGTTGACTTTTGTGGAAAGGGCTACCACCTTATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGCTAAAGATAAAGTCAATGAGTGTGTCAAGGCACAATCCAAGCGTTCTGGATTTTGCGGTCAAGGCACACATATAGTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAGCTATGGAGAAGGTTAATGAATGTGTCAAAAGCCAATCATCTAGGATAAATTTCTGTGGTAATGGTAATCATATTATA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAGCTATGGAGAAGGTTAATGAGTGTGTTAAAAGTCAATCTCCTCGTATTAATTTTTGTGGTAATGGTAATCATATTTTG      
  consensus/100%                         ssGCTussussAAuuTssssGAuTGTGTssssussCAATCsssssGssssuusTTsTGsGGssAsGGssssCAssTssTu      
  consensus/90%                          ssGCTussussAAuuTssssGAuTGTGTssssussCAATCsssssGssssuusTTsTGsGGssAsGGssssCAssTssTu      
  consensus/80%                          TsGCTussussAAuuTsssTGAGTGTGTssssuGsCAATCsssssGsuTTuAsTTTTGTGGsAAsGGssAsCATsTTuTG      
  consensus/70%                          TsGCTussussAAuuTsssTGAGTGTGTssssuGsCAATCsssssGsuTTuAsTTTTGTGGsAAsGGssAsCATsTTuTG      

                        cov    pid 29841          :         .         .         .         .         9         .         . 29920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGACTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCCTTCCCACAAGCAGCCCCGCATGGTGTTGTCTTCCTACATGTCACGTATGTGCCATCCCAGGAGAGGAACTTCACCAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCCTTTGTTGTAAATGCCCCTAATGGCCTTTACTTCATGCATGTTGGTTATTACCCTAGCAACCACATTGAGGTTGTTTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TCATTAGTGCAGAATGCTCCATATGGTTTGTATTTTATCCACTTTAGTTATGTCCCTACTAAGTATGTCACAGCGAGGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCATTAGTTCAAAATGCTCCTTATGGTTTGTTGTTTATGCATTTTAGTTATAAACCTATTTCTTTTAAAACTGTTTTAGT      
  consensus/100%                         TCsTTssssssusssGCsCCssATGGssTssssTTssTsCAssTsussTATsssCCssssssssssussussssssssss      
  consensus/90%                          TCsTTssssssusssGCsCCssATGGssTssssTTssTsCAssTsussTATsssCCssssssssssussussssssssss      
  consensus/80%                          TCsTTssssCAuussGCsCCssATGGTsTssssTTssTuCATsTsAsTTATussCCTusssAssAsAssAsssTsussus      
  consensus/70%                          TCsTTssssCAuussGCsCCssATGGTsTssssTTssTuCATsTsAsTTATussCCTusssAssAsAssAsssTsussus      

                        cov    pid 29921          .         .         :         .         .         .         .         0 30000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAAAAGCACA---------CTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGCGCCAGCAATTTGTCATGAAGGCAAAGCATA---------CTTCCCTCGTGAAGGTGTTTTTGTGTTTAATGGCACTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCTTATGGTCTTTGCGATGCAGCTAACCCTACTAATTGTATAGCCCCTGTTAATGGCTACTTTATTAAAACTAATAACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAGTCCTGGTCTGTGCATTGCTGGTGA------TAGAGGTATAGCTCCTAAGAGTGGTTATTTTGTTAATGTAAATAATA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAGTCCTGGTTTGTGTATATCAGGTGA------TGTAGGTATTGCACCTAAACAAGGGTATTTTATTAAACATAATGATC      
  consensus/100%                         susssssGsssTsTGsssssssGssuA...............ssssCCTssssusGGssssTTTuTsssssssuususss      
  consensus/90%                          susssssGsssTsTGsssssssGssuA...............ssssCCTssssusGGssssTTTuTsssssssuususss      
  consensus/80%                          susTCCTGsssTsTGsssTGssGGsuA...............ssssCCTsusuAsGGssssTTTuTTsssusTuusAsss      
  consensus/70%                          susTCCTGsssTsTGsssTGssGGsuA...............ssssCCTsusuAsGGssssTTTuTTsssusTuusAsss      

                        cov    pid 30001          .         .         .         .         :         .         .         . 30080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACTGGTTTGTAACACAAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACTGTGAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTTGGTTTATTACACAGAGGAACTTCTTTTCTCCACAAATAATTACTACAGACAATACATTTGTCTCAGGAAATTGTGAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTAGGATTGTTGATGAGTGGTCATATACTGGCTCGTCCTTCTATGCACCTGAGCCCATTACCTCCCTTAATACTAAGTAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTTGGATGTACACTGGTAGTGGTTACTACTACCCTGAACCTATAACTGAAAATAATGTTGTTGTTATGAGTACCTGCGCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTGGATGTTCACTGGTAGTTCTTACTATTATCCTGAACCAATTTCAGATAAAAATGTTGTTTTTATGAATACTTGTTCT      
  consensus/100%                         sssGGsTssssusssussGssssTsssssssssCsssssssssssCssssuAssssusssssssssssuusAsssusssT      
  consensus/90%                          sssGGsTssssusssussGssssTsssssssssCsssssssssssCssssuAssssusssssssssssuusAsssusssT      
  consensus/80%                          sTTGGsTssTsACssusAGssssTssTsTsusCCssAAsssATTuCsussuAsAAsusssTTsTssssuuTAssTGsssT      
  consensus/70%                          sTTGGsTssTsACssusAGssssTssTsTsusCCssAAsssATTuCsussuAsAAsusssTTsTssssuuTAssTGsssT      

                        cov    pid 30081          .         1         .         .         .         .         :         . 30160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAGACTC------------------ATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTCGTTATTGGCATCATTAACAACACAGTTTATGATCCTCTGCAACCTGAGCTTGACTC------------------ATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTGCACCACAGGTGACATACCAAAACATTTCTACTAACCTCCCTCCTCCTCTTCTCGGCAATTCCACCGGGATTGACTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTAATTATACTAAAGCGCCGTATGTAATGCTGAACACTTCAATACCCAACCTTCCTGA------------------TTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTTAATTTTACTAAAGCGCCTCTTGTTTATTTGAATCATTCTGTACCAAAATTGTCTGA------------------TTT      
  consensus/100%                         GTsussssssssussussssssssussssssssusssssssssssCCsssssTssssss..................sTT      
  consensus/90%                          GTsussssssssussussssssssussssssssusssssssssssCCsssssTssssss..................sTT      
  consensus/80%                          GTTusssssussAssussssssAsussuTTTssuATssTsssssACCsuAssTssssss..................sTT      
  consensus/70%                          GTTusssssussAssussssssAsussuTTTssuATssTsssssACCsuAssTssssss..................sTT      

                        cov    pid 30161          .         .         .         2         .         .         .         . 30240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATTTAGGTG---ACATCTCTGGCATTAATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAAAGAAGAGCTGGACAAGTACTTCAAAAATCATACATCACCAGATGTTGATCTTGGCG---ACATTTCAGGCATTAACG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCAAGATGAGTTGGATGAGTTTTTCAAAAATGTTAGCACCAGTATACCTAATTTTGGTT---CCCTAACACAGATTAATA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAAGGAAGAGTTGGATCAATGGTTTAAAAATCAAACATCAGTGGCACCAGATTTGTC------ACTTGATTATATAAATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGAATCTGAGTTATCTCATTGGTTTAAAAATCAAACATCCATTGCGCCTAATTTGACTTTAAATCTTCATACTATTAATG      
  consensus/100%                         ssAusssGAGsTussssAsTssTTsAAuAATsssAsssCssssusssssuATsTsss......ssTsssssssATsAAsu      
  consensus/90%                          ssAusssGAGsTussssAsTssTTsAAuAATsssAsssCssssusssssuATsTsss......ssTsssssssATsAAsu      
  consensus/80%                          suAuGAsGAGTTuGATsAuTusTTsAAAAATCAsACATCssssGssssTuATTTsusss...sssTsssssusATTAATG      
  consensus/70%                          suAuGAsGAGTTuGATsAuTusTTsAAAAATCAsACATCssssGssssTuATTTsusss...sssTsssssusATTAATG      

                        cov    pid 30241          :         .         .         .         .         3         .         . 30320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTTCAGTTGTAAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTTGCCAAGAATTTAAATGAATCTCTCATCGATCTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTTCTGTCGTCAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTCGCTAAAAATTTAAATGAATCACTCATTGACCTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTACATTACTCGATCTTACCTACGAGATGTTGTCTCTTCAACAAGTTGTTAAAGCCCTTAATGAGTCTTACATAGACCTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTACATTCTTGGACCTACAAGTTGAAATGAATAGGTTACAGGAGGCAATAAAAGTCTTAAATCAGAGCTACATCAATCTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTACTTTTTTAGATTTGTATTATGAGATGAATCTTATTCAAGAGTCTATTAAGTCTTTGAATAATAGTTATATCAATCTT      
  consensus/100%                         sTsCssTssTsuAssTsssssssGAuATssssssssTssAssAusssussAAussssTsAATsAsssssssATsuAsCTs      
  consensus/90%                          sTsCssTssTsuAssTsssssssGAuATssssssssTssAssAusssussAAussssTsAATsAsssssssATsuAsCTs      
  consensus/80%                          CTsCssTssTsuAssTssAssAsGAuATsuAsssssTssAsGAGGssussAAuussTTuAATuAusssssCATsuAsCTs      
  consensus/70%                          CTsCssTssTsuAssTssAssAsGAuATsuAsssssTssAsGAGGssussAAuussTTuAATuAusssssCATsuAsCTs      

                        cov    pid 30321          .         .         :         .         .         .         .         4 30400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAGAACTTGGAAAGTATGAGCAGTATATAAAATGGCCATGGTACATTTGGCTAGGTTTTATAGCTGGCTTGATTGCCAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAAGAATTGGGAAAATATGAGCAATATATTAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTCGGCTTCATTGCTGGACTAATTGCCAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAAGAGCTTGGCAATTATACTTATTACAACAAATGGCCGTGGTACATTTGGCTTGGTTTCATTGCTGGGCTTGTTGCCTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAGGACATTGGTACATATGAATATTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTATGGCTTTTAATCTGCCTTGCTGGTGTAGCTAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAAGATATAGGTACATATGAAATGTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTACTAATTTCTTTTTCATTTATAATATT      
  consensus/100%                         sAuGAssTsGGsAssTATusssssTAsussAAATGGCCsTGGTAsuTsTGGCTsssssTssssssTssssssuTsusssT      
  consensus/90%                          sAuGAssTsGGsAssTATusssssTAsussAAATGGCCsTGGTAsuTsTGGCTsssssTssssssTssssssuTsusssT      
  consensus/80%                          sAAGAssTsGGsAsuTATGAusAsTATuTsAAATGGCCsTGGTAsuTTTGGCTsssssTssssssTGsssTsuTsGCssT      
  consensus/70%                          sAAGAssTsGGsAsuTATGAusAsTATuTsAAATGGCCsTGGTAsuTTTGGCTsssssTssssssTGsssTsuTsGCssT      

                        cov    pid 30401          .         .         .         .         :         .         .         . 30480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AG---TAATGGTGACAATTATGCTTTGCTGTATGACCAGTTGCTGTAGTTGTCTCAAGGGCTGTTGTTCTTGTGGATCCT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CG---TCATGGTTACAATCTTGCTTTGTTGCATGACTAGTTGTTGCAGTTGCCTCAAGGGTGCATGCTCTTGTGGTTCTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGCTCTATGCGTCTTCTTCATACTGTGCTGCACTGGTTGTGGCACAAACTGTATGGGAAAACTTAAGTGTAATCGTTGTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCTTGTTTTACTATTCTTCATATGCTGTTGTACAGGATGTGGGACTAGTTGTTTTAAGAAA------TGTGGTGGTTGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CCTTGTATTGCTCTTTTTTATATGTTGTTGTACTGGTTGTGGTTCTGCATGTTTTAGTAAA------TGTCATAATTGTT      
  consensus/100%                         ss...TsssssTsssssTssTusssTGsTGsAssusssGTsGssssussTGssTsuusuus......TsTsuTsusTssT      
  consensus/90%                          ss...TsssssTsssssTssTusssTGsTGsAssusssGTsGssssussTGssTsuusuus......TsTsuTsusTssT      
  consensus/80%                          ss...TssTusTsssssTsATusssTGsTGsAssusssGTsGssssAusTGTsTsAuuuus......TsTsuTuGTTsTT      
  consensus/70%                          ss...TssTusTsssssTsATusssTGsTGsAssusssGTsGssssAusTGTsTsAuuuus......TsTsuTuGTTsTT      

                        cov    pid 30481          .         5         .         .         .         .         :         . 30560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTGCAAATTTGATGAAGACGACTCTGAGCCAG-----------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTGCAAGTTTGATGAGGATGACTCTGAGCCAG-----------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGATAGATACGAGGAATACGACCTCGAGCCGCATAAGGTTCATGTTCACTAATTAACGAACTATTAATGAGAGTTCAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTGATGATTATACTGGATACCA---GGAGTTAG-----------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTGATGAGTATGGTGGTCATCA---TGATTTTG-----------------------------------------------      
  consensus/100%                         GssusuusTssussGussAssA...sGAsssss...............................................      
  consensus/90%                          GssusuusTssussGussAssA...sGAsssss...............................................      
  consensus/80%                          GssusuAuTsTGuTGuusAssA...sGAGssuG...............................................      
  consensus/70%                          GssusuAuTsTGuTGuusAssA...sGAGssuG...............................................      

                        cov    pid 30561          .         .         .         6         .         .         .         . 30640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GACCACCCACTCTCTTGTTAGTGTTTTCACTCTCTCTTTTGGTCACTGCATCCTCAAAACCTCTCTATGTACCTGAGCAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 30641          :         .         .         .         .         7         .         . 30720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTCAGAATTATTCTGGTTGCATGCTTAGGGCTTGTATTAAAACTGCCCAAGCTGATACAGCTGGTCTTTATACAAATTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 30721          .         .         :         .         .         .         .         8 30800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------------------------------------------------TGCTCAAAGGAGTCAAATTACATTACACATA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------------------------------------------------TTCTCAAGGGTGTCAAATTACATTACACATA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCGAATTGACGTCCCATCTGCAGAATCAACTGGTACTCAATCAGTTTCTGTCGATCTTGAGTCAACTTCAACTCATGATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 30801          .         .         .         .         :         .         .         . 30880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACGAACTTATGGATTTGTTTATGAGAATCTT------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACGAACTTATGGATTTGTTTATGAGATTTTT------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTCCTACCGAACATGTTACTAGTGTGAATCTTTTTGACGTTGGTTACTCAGTTAATTAACGAACTCTATGGATTACGTGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 30881          .         9         .         .         .         .         :         . 30960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
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3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTCTGCTTAATCAAATTTGGCAGAAGTACCTTAACTCACCGTATACTACTTGTTTGTACATCCCTAAACCCACAGCTAAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 30961          .         .         .         0         .         .         .         . 31040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
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3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATACACCTTTAGTTGGCACTTCATTGCACCCTGTGCTGTGGAACTGTCAGCTATCCTTTGCTGGTTATACTGAATCTGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31041          :         .         .         .         .         1         .         . 31120
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4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31121          .         .         :         .         .         .         .         2 31200
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4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
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  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31201          .         .         .         .         :         .         .         . 31280
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4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31281          .         3         .         .         .         .         :         . 31360
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  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31361          .         .         .         4         .         .         .         . 31440
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4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31441          :         .         .         .         .         5         .         . 31520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCACCCATTGCGCTCTTTTTGCGCAATGTCAGATTTGAGCTACATGAGTTCGCCTTGCTGCGCAAAACTCTTGTTCTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31521          .         .         :         .         .         .         .         6 31600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -------------------------CACAATTGGAACTGTAACTTTGAAGCAAGGTGAAATCAAGGATGCTACTCCTTCA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       -------------------------TACTCTTAGATCAATTACTGCACAGCCAGTAAAAATTGACAATGCTTCTCCTGCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGCATCAGAGATCTACTGTGCTAACATACATAGATTTAAGCCTGTGTATAGAGTTAACACGGCAATCCCTACTATTAAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ------------------------------------------------------------TAATCAAAACTTCACATGAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ------------------------------------------------------------TTATCAAAACATCTCATGAT      
  consensus/100%                         ............................................................ssussusssCssCsssTsss      
  consensus/90%                          ............................................................ssussusssCssCsssTsss      
  consensus/80%                          ............................................................TsussAAsuCTsCTCsTuss      
  consensus/70%                          ............................................................TsussAAsuCTsCTCsTuss      

                        cov    pid 31601          .         .         .         .         :         .         .         . 31680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GATTTTGTTCGCGCTACTGCAACGATACCGATACAAGCCTCACTCCCTTTCGGATGGCTTATTGTTGGCGTTGCACTT-C      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGTACTGTTCATGCTACAGCAACGATACCGCTACAAGCCTCACTCCCTTTCGGATGGCTTGTTATTGGCGTTGCATTT-C      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GATTGGCTTCTCGTT-CAGGGATTTTCCCTTTACCATAGTGGCCTCCCTTTACATATGTCAATCTCTAAATTGCATGCAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GACTAAGTTCGTCTTTGATTCATTGCACTGATCTCTTGTTAGATCTTTTTGCAATCTAGCATTTGTTAAAGTTCTTAA--      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GATTAGAATCTCTTGTCA-------------------------------------------------GATCTCATTAA--      
  consensus/100%                         uussssssTCsssss.ss.................................................usssTssssss..      
  consensus/90%                          uussssssTCsssss.ss.................................................usssTssssss..      
  consensus/80%                          GATTssuTTCssssTsCAsssAsssssCsssTsssssssTsussssssTTsssATsssssusTssssususTsCsTss..      
  consensus/70%                          GATTssuTTCssssTsCAsssAsssssCsssTsssssssTsussssssTTsssATsssssusTssssususTsCsTss..      

                        cov    pid 31681          .         7         .         .         .         .         :         . 31760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGCTGTTTTTCAGAGCGCTTCCAAAATCATAACCCTCAAAAAGAGATGGCAACTAGCACTCTCCAAGGGTGTTCACTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTGCTGTTTTTCAGAGCGCTACCAAAATAATTGCGCTCAATAAAAGATGGCAGCTAGCCCTTTATAAGGGCTTCCAGTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGATGATGTTACTCGCAATTACATCATTACAATGC-----CATGCTTTAGAACTTACCCTCAACAAATGTTTGTTACTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31761          .         .         .         8         .         .         .         . 31840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTTGCAACTTGCTGTTG--------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATTTGCAATTTACTGCTG--------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTTTGGCCGTAGATGTTGTCTCCATACGGTCTTCCAATCAGGGTAATAAACAAATTGTTCATTCTTATCCCATTTTACAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31841          :         .         .         .         .         9         .         . 31920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CATCCAGGATTTTAACGAACTATGGCTTTCTCGGCGTCTTTATTTAAACCCGTCCAGCTAGTCCCAGTTTCTCCTGCATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 31921          .         .         :         .         .         .         .         0 32000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------TTGTTTGTAACAGTTTACTCACACCTTTTGCTCGTTGCTGCTGGCCTTGAAGCCCCTTTTCTCTAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------CTATTTGTTACCATCTATTCACATCTTTTGCTTGTCGCTGCAGGTATGGAGGCGCAATTTTTGTAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TCATCGCATTGAGTCTACTGACTCTATTGTTTTCACATACATTCCTGCTAGCGGC-------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 32001          .         .         .         .         :         .         .         . 32080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTTTATGCTTTAGTCTACTTCTTGCAGAGTATAAACTTTGTAAGAATAATAATGAGGCTTTGGCTTTGCTGGAAATGCCG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTCTATGCCTTGATATATTTTCTACAATGCATCAACGCATGTAGAATTATTATGAGATGTTGGCTTTGTTGGAAGTGCAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ----------------------------------------------------TATGTAGCTGCTTTAGCTGTCAATGTGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 32081          .         1         .         .         .         .         :         . 32160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTCCAAAAACCCATTACTTTATGATGCCAACTATTTTCTTTGCTGGCATACTAATTGTTACGACTATTGTATACCTTACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATCCAAGAACCCATTACTTTATGATGCCAACTACTTTGTTTGCTGGCACACACATAACTATGACTACTGTATACCATATA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTCTCATTCCCCTATTATTACTGCTACGTCAAGATACTTGTCGTCGCAGCATTATCAGAACTATGGTTCTCTATTTCCTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------------------------------------------GGCCACGCCCTATTAATGGACATTTGGAGACCTGAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -------------------------------------------ATCTAAACTTTATTTATGGACGTTTGGAGACCTAGCT      
  consensus/100%                         ...........................................ssssAssssssssssssssAssssTssssAsssssss      
  consensus/90%                          ...........................................ssssAssssssssssssssAssssTssssAsssssss      
  consensus/80%                          ...........................................sssCAsuCssssssssssGACssTTGsAsACCTsuss      
  consensus/70%                          ...........................................sssCAsuCssssssssssGACssTTGsAsACCTsuss      

                        cov    pid 32161          .         .         .         2         .         .         .         . 32240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATAGTGTAACTTCTTCAATTGTCATTACTTCAGGTGATGGCACAACAAGTCCTATTTCTGAACATGACTACCAGATTGGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACAGTGTCACAGATACAATTGTCGTTACTGAAGGTGACGGCATTTCAACACCAAAACTCAAAGAAGACTACCAAATTGGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTTCTGTATAACTTTTTATTAGCCATTGTACTAGTCAATGGTGTACATTATCCAACTGGAAGTTGCCTGATAGCCTTCTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGAAATATCTCCGTTATATTAACGGTTTTAATGTCTCAGAATTAGAAGATGCTTGTTTTAAATTTAACTATCAATTTCCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ACACACATTCTCTTGTTATTAGAGAATTTGGTGTTACAAACCTTGAAGATTTGTGTCTAAAGTATAATTACTGTCAACCT      
  consensus/100%                         ussssssssssssTsssATTusssssssTsssussssssussssssAssssssssssssuAusssssssAssussssssT      
  consensus/90%                          ussssssssssssTsssATTusssssssTsssussssssussssssAssssssssssssuAusssssssAssussssssT      
  consensus/80%                          AsAssssssssssTsssATTusCusTssTussGsTsssuussssusAusssCssussssAAusssuAsTAssussTTssT      
  consensus/70%                          AsAssssssssssTsssATTusCusTssTussGsTsssuussssusAusssCssussssAAusssuAsTAssussTTssT      

                        cov    pid 32241          :         .         .         .         .         3         .         . 32320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGTTATACTGAAAAATG-------GGAATCTGGAGTAAAAGACTGTGTTGTATTACACAGTTACTTCACTTCAGACTATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGTTATTCTGAGGATAG-------GCACTCAGGTGTTAAAGACTATGTCGTTGTACATGGCTATTTCACCGAAGTTTACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGTTATCCTCATAATACTTTGGTTTGTAGATAGAATTCGTTTCTGTCTCATGCTGAATTCCTACATTCCACTGTTTGACA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAAGTAGGATATTGTAG-------AGTTCCTAGTCATGCTTGGTGCCGTAATCAAGGTAGATTTTGTGCTACATTCACTC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTGTTGGTTACTGTAT-------TGTACCTTTAAATGTTTGGTGTCGCAAGTTTGGCAAATTTGCTTCTCACTTTACAT      
  consensus/100%                         usssssssssAssusss.......sssssssssssssssssssTussssussssssussssTssssssCsssssssssss      
  consensus/90%                          usssssssssAssusss.......sssssssssssssssssssTussssussssssussssTssssssCsssssssssss      
  consensus/80%                          uuTssTssTsAssuTAs.......sGsssCTuGsusTusssusTGTsssusssTususuusTssssssCsssusTsssss      
  consensus/70%                          uuTssTssTsAssuTAs.......sGsssCTuGsusTusssusTGTsssusssTususuusTssssssCsssusTsssss      

                        cov    pid 32321          .         .         :         .         .         .         .         4 32400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACCAGCTGTACTCAACTCAATTGAGTACAGACACTGGTGTTGAACATGTTACCTTCTTCATCTACAATAAAAT-------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACCAGCTTGAGTCTACACAAATTACTACAGACACTGGTATTGAAAATGCTACATTCTTCATCTTTAACAAGCT-------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGCGTTCCCACTTTATTCGTGTTAGTACAGTTTCTTCTCATGGTATGGTCCCTGTAATACACACCAAACCATTATTTATT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTTATGGTAAATCCAAACATTATGATAAATATTTTGGAGTAATAAATGGTTTCACAGCATTCGCTAATACTGT-------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACGTAGTCACGATATTTCCCATAGTAATAATTTTGGTGTTGTAACTAGTTTTACTACTTATGGTAATACTGT-------      
  consensus/100%                         sssusssssAssssAssssssssusTAsssssssTssssssusssssusssssssssssssssssAAsssssT.......      
  consensus/90%                          sssusssssAssssAssssssssusTAsssssssTssssssusssssusssssssssssssssssAAsssssT.......      
  consensus/80%                          ssCusssssAsTssAssCusssTAuTAsAuAsssTGGTuTTGsAAsTGsTsssssssssssCsssAAsAsssT.......      
  consensus/70%                          ssCusssssAsTssAssCusssTAuTAsAuAsssTGGTuTTGsAAsTGsTsssssssssssCsssAAsAsssT.......      

                        cov    pid 32401          .         .         .         .         :         .         .         . 32480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       --------------------------------------------------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGAAACTTCGATCAGCGTTGCAGCTGTTCTCGTTGTTTTTATTTGCACTCTTCCACTTATATAGAGTGCACTTATATTAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 32481          .         5         .         .         .         .         :         . 32560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ---------------------------------------------------------------TGTTGATGAGCCTGAAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ---------------------------------------------------------------TGTTAAAGACCC---AC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCGTTTTAGTAAGATTAGCCTAGTTTCTGTAACTGACTTCTCCTTAAACGGCAATGTTTCCACTGTTTTCGTGCCTGCAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 32561          .         .         .         6         .         .         .         . 32640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACAT------GTCCAAATTCACACAATCGACGGTTCATCCGGAGTTGTTAATCCAGTAATGGAACCAATTTATGATGAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGAAT------GTGCAAATACACACAATCGACGGCTCTTCAGGAGTTGCTAATCCAGCAATGGATCCAATTTATGATGAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CGCGCGATTCAGTTCCTCTTCACATAATCGCCCCGAGCTCGCTTATCGTTTAAGCAGCTCTGCGCTACTATGGGTCCCGT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------------------------AGAGGATGCTGTTAACAAACTGGTTTTCTTAGCTGTTGACTTTATTACCTGGCGC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -------------------------TTCTGAGGCTGTGTCTAGATTAGTTGAATCAGCTTCTGAATTTATTGTTTGGCGT      
  consensus/100%                         .........................ssssGsssssssssssssssTsGsTsssssAGssssssussssssTsssssssus      
  consensus/90%                          .........................ssssGsssssssssssssssTsGsTsssssAGssssssussssssTsssssssus      
  consensus/80%                          .........................AussGAsGsssssTCsuuAsTsGTTsAssCAGCssTsGAssssATTssssussus      
  consensus/70%                          .........................AussGAsGsssssTCsuuAsTsGTTsAssCAGCssTsGAssssATTssssussus      

                        cov    pid 32641          :         .         .         .         .         7         .         . 32720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCGACGACGACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGCACAAGCTGATGAGTACGAACTTATGTACTCATTCGTTTCGGAAGAGAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCGACGACGACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGCACAAGAAAGTGAGTACGAACTTATGTACTCATTCGTTTCGGAAGAAAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTAGAGGCTAATCCATTAGTCTCTCTTTGGACATATG-----GAAAACGAAC-TATGTTACCCTTTGTCCAAGAACGAAT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGACAGGAGTTAAATGTT-----------------------------------TATGGCTGATGCTTATCTTGCAGACAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GCAGAGGCACTTAATAAG-----------------------------------TATGGTTGATTTATTTTTCAATGATAC      
  consensus/100%                         ssussGusssssssssss...................................TATGsssssssssssssssusssusAs      
  consensus/90%                          ssussGusssssssssss...................................TATGsssssssssssssssusssusAs      
  consensus/80%                          ssuusGuCussTAsTuss...................................TATGssssssTTssTTsssGAAGAsAC      
  consensus/70%                          ssuusGuCussTAsTuss...................................TATGssssssTTssTTsssGAAGAsAC      

                        cov    pid 32721          .         .         :         .         .         .         .         8 32800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGCCATCCTTACTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTCACACTAGCCATCCTTACTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGGGTTGTTCATAGTAAACTTTTTCATTTTTACCGTAGTATGTGCTATAACACTCTTGGTGTGTATGGCTTTCCTTACGG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTGTGGTATGTGGGGCAAATAATTTTTATAGTTGCCATTTGTTTATTGGTTACAATAGTTGTAGTGGCATTTTTGGCAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGCTTGGTACATAGGACAGATTTTAGTTTTAGTTTTATTTTGTCTTATTTCTTTAATCTTTGTTGTTGCTTTTTTAGCAA      
  consensus/100%                         sGssssGTssuTuGsssAsssssTssTTsTssssssssssTssssssTssssssssTssTsssssTsGCssTssTsuCsu      
  consensus/90%                          sGssssGTssuTuGsssAsssssTssTTsTssssssssssTssssssTssssssssTssTsssssTsGCssTssTsuCsu      
  consensus/80%                          sGssssGTssATAGsssAsAsssTssTTsTssTTsTsusTTsssTsuTussssTusTuGTsusssTuGCssTssTsuCsu      
  consensus/70%                          sGssssGTssATAGsssAsAsssTssTTsTssTTsTsusTTsssTsuTussssTusTuGTsusssTuGCssTssTsuCsu      

                        cov    pid 32801          .         .         .         .         :         .         .         . 32880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGTGAGTCTTGTAAAACCTTCTTTTTACGTTTACTCT------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGTGAGTTTAGTAAAACCAACGGTTTACGTCTACTCG------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTACTAGATTATGTGTGCAATGTATGACAGGCTTCAATACCCTGTTAGTTCAGCCCGCATTATACTTGTATAATACTGGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTTTTAAATTGTGTATTCAACTTTGCGGTATGTGTAATACCTTAGTACTGTCCCCTTCTATTTATGTGTTTAATAGAGGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTATTAAGCTTTGTATGCAACTTTGTGGTTTTTGTAATTTCTTTATTATTTCACCTTCGGCTTACGTTTATAAAAGAGGT      
  consensus/100%                         CsssTsuusTsTGTusssAsssssssussssssssAAssssssssTssTssssCCssCssssTAssTsTsssss......      
  consensus/90%                          CsssTsuusTsTGTusssAsssssssussssssssAAssssssssTssTssssCCssCssssTAssTsTsssss......      
  consensus/80%                          CssTTsuATTuTGTusGsAssssTGsuuTuTsssTAAsussssssTsuTsssuCCssCssTTTACGTsTAssss......      
  consensus/70%                          CssTTsuATTuTGTusGsAssssTGsuuTuTsssTAAsussssssTsuTsssuCCssCssTTTACGTsTAssss......      

                        cov    pid 32881          .         9         .         .         .         .         :         . 32960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CGTGTTAAAAATCTGAATTCTTCT---AGAGTTCCTGATCTTC-----------TGGTCTAAACGAACTAAATATTATAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGTGTTAAAAATCTGAACTCTTCTGAAGGAGTTCCTGATCTTC-----------TGGTCTAAACGAACTAACTATTA---      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CGTTCAGTCTATGTAAAATTCCAGGATAGTAAACCCCCTCTACCACCTGACGAGTGGGTTTAACGAACTCCTTCATA---      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGGCAGTTTTATGAGTTTTACAATGATGTAAAACCACCAGTCCTTGATGTGGATGACGTTTAGGTAATCCAAACATT---      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGCAGTTGTATAAGTCTTATAGTGAACAAGTTATACCACCCACTTCAGATTATTTAATCTA---AATCTAAACATT---      
  consensus/100%                         ssssssssssATssusssTsssss...sssussssssssssss...........sssssssA...AAssssssssTs...      
  consensus/90%                          ssssssssssATssusssTsssss...sssussssssssssss...........sssssssA...AAssssssssTs...      
  consensus/80%                          sGssssssssATssGsssTssssTGAsuuAussCCssssCTsC...........TuussTsAussAAsssAssssTs...      
  consensus/70%                          sGssssssssATssGsssTssssTGAsuuAussCCssssCTsC...........TuussTsAussAAsssAssssTs...      

                        cov    pid 32961          .         .         .         0         .         .         .         . 33040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAGTTTTTCTGTTTGGAACTTTAATTTTAGCCATGGCAGATTCCAACGGTACTATT------------------ACCGTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTATTATTCTGTTTGGAACTTTAACATTGCTTATCATGGCAGACAACGGTACTATT------------------ACCGTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -----------------------------------ATGTCTAATATGACGCAACTC------------------ACTGAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -----------------------------------ATGAGTAGTAAAACTACACCAGCACCAGTTTATATCTGGACTGCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       -----------------------------------ATG---AATAAATCTTTTCTTCCTCAATTT---------ACTTCT      
  consensus/100%                         ...................................usu...sssAsssssssssss..................ACssss      
  consensus/90%                          ...................................usu...sssAsssssssssss..................ACssss      
  consensus/80%                          ...................................ATGsssuusAAsusTssssTs..................ACsGsT      
  consensus/70%                          ...................................ATGsssuusAAsusTssssTs..................ACsGsT      

                        cov    pid 33041          :         .         .         .         .         1         .         . 33120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GAAGAGCTTAAAAAGCTCCTTGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTTACATGGATTTGTCTTCTACAATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GAGGAGCTTAAACAACTCCTGGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTAGCCTGGATTATGTTACTACAATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCGCAGATTATTGCCATTATTAAAGACTGGAACTTTGCATGGTCCCTGATCTTTCTCTTAATTACTATCGTACTACAGTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GATGAAGCTATTAAATTCCTAAAGGAATGGAATTTTTCTTTGGGTATTATACTACTTTTTATTACAATCATATTGCAATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GATCAAGCTGTTACATTCTTAAAAGAATGGAATTTCTCTTTGGGTGTAATACTACTTTTTATTACTATCATATTGCAGTT      
  consensus/100%                         GsssAussTussssssTssTsuAusAsTGGAAssTssssssussssTssTssTsCTsssssssAssssssTssTuCAuTs      
  consensus/90%                          GsssAussTussssssTssTsuAusAsTGGAAssTssssssussssTssTssTsCTsssssssAssssssTssTuCAuTs      
  consensus/80%                          GAssAussTAssususTCsTsuAAsAATGGAAssTsssssTuGGTsTssTAsTsCTsssssssAsTATssTAsTuCAuTT      
  consensus/70%                          GAssAussTAssususTCsTsuAAsAATGGAAssTsssssTuGGTsTssTAsTsCTsssssssAsTATssTAsTuCAuTT      

                        cov    pid 33121          .         .         :         .         .         .         .         2 33200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGCCTATGCCAACAGGAATAGGTTTTTGTATATAATTAAGTTAATTTTCCTCTGGCTGTTATGGCCAGTAACTTTAGCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGCCTATTCTAATCGGAACAGGTTTTTGTACATAATAAAGCTTGTTTTCCTCTGGCTCTTGTGGCCAGTAACACTTGCTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGATACCCATCCCGTAGTATGACTGTCTATGTCTTTAAAATGTTTGTTTTATGGCTCCTATGGCCATCTTCCATGGCGC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGGATATACAAGTCGCAGTATGTTTGTTTATGTTATTAAGATGATTATTTTGTGGCTTATGTGGCCCCTTACTATAATCT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CGGTTATACGAGCCGTAGTATGTTTGTTTATCTTATCAAGATGATTATTCTTTGGCTTATGTGGCCATTGACTATCACCT      
  consensus/100%                         sGssTAssCsssssGsAusAsGssTsTsTAssTssTsAAusTssTTsTssTsTGGCTssTuTGGCCsssssCssTsusss      
  consensus/90%                          sGssTAssCsssssGsAusAsGssTsTsTAssTssTsAAusTssTTsTssTsTGGCTssTuTGGCCsssssCssTsusss      
  consensus/80%                          TGssTATsCsAusCGsAuTAsGTTTsTsTATuTsATsAAGsTuuTTsTssTsTGGCTssTuTGGCCAsTsACssTsuCsT      
  consensus/70%                          TGssTATsCsAusCGsAuTAsGTTTsTsTATuTsATsAAGsTuuTTsTssTsTGGCTssTuTGGCCAsTsACssTsuCsT      

                        cov    pid 33201          .         .         .         .         :         .         .         . 33280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTTTGTGCTTGCTGCTGTTTACAGAATAAATTGGATCACCGGTGGAATTGCTATCGCAATGGCTTGTCTTGTAGGCTTG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTTTTGTGCTTGCTGCTGTCTACAGAATTAATTGGGTGACTGGCGGGATTGCGATTGCAATGGCTTGTATTGTAGGCTTG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TATCAATATTTAGCGCCGTTTATCCAATTGATCTAGCTTCCCAGATAATCTCTGGCATTGTAGCAGCTGTTTCAGCTATG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAACTATTTTCAATTGCGTATACGCATTGAATAATGTGTATCTTGGCCTTTCTATAGTTTTTACCATAGTGGCCATTATT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGACTATATTTAATTGTTTTTATGCTTTGAATAATGCTTTTCTTGCATTTTCTATAGTGTTTACTATTATTTCTATTGTT      
  consensus/100%                         sssssuTssTsussssssTsTAsssssTsuATsssussssssssusssTssCsussusssTsuCsssssTssssusssTs      
  consensus/90%                          sssssuTssTsussssssTsTAsssssTsuATsssussssssssusssTssCsussusssTsuCsssssTssssusssTs      
  consensus/80%                          ssssTuTusTTusTsssGTsTAsusAsTsAATsusGssssssssGsusTTsCTATsGsssTsuCsssTuTTsssusssTs      
  consensus/70%                          ssssTuTusTTusTsssGTsTAsusAsTsAATsusGssssssssGsusTTsCTATsGsssTsuCsssTuTTsssusssTs      

                        cov    pid 33281          .         3         .         .         .         .         :         . 33360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGTGGCTCAGCTACTTCATTGCTTCTTTCAGACTGTTTGCGCGTACGCGTTCCATGTGGTCATTCAATCCAGAAACTAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATGTGGCTTAGCTACTTCGTTGCTTCCTTCAGGCTGTTTGCTCGTACCCGCTCAATGTGGTCATTCAACCCAGAAACAAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATGTGGATTTCCTACTTTGTGCAGAGTATCCGGCTGTTTATGAGAACTGGATCATGGTGGTCATTCAATCCTGAGACTAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATGTGGATTGTGTATTTTGTGAATAGTATCAGGTTGTTTATTAGAACTGGAAGTTTTTGGAGTTTCAACCCAGAAACAAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATATGGATTCTTTATTTTGTTAATAGTATTCGGCTTTTTATTAGAACTGGCAGTTGGTGGAGTTTTAATCCAGAGACCAA      
  consensus/100%                         ATuTGGsTssssTAsTTsuTssssssssTssGusTsTTTusssGsACssGsssssssTGGsssTTsAAsCCsGAuACsAA      
  consensus/90%                          ATuTGGsTssssTAsTTsuTssssssssTssGusTsTTTusssGsACssGsssssssTGGsssTTsAAsCCsGAuACsAA      
  consensus/80%                          ATGTGGsTTsssTAsTTsGTsusTssTsTCsGGCTGTTTusssGsACssGssssssGTGGsssTTCAAsCCAGAuACsAA      
  consensus/70%                          ATGTGGsTTsssTAsTTsGTsusTssTsTCsGGCTGTTTusssGsACssGssssssGTGGsssTTCAAsCCAGAuACsAA      

                        cov    pid 33361          .         .         .         4         .         .         .         . 33440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CATTCTTCTCAACGTGCCACTCCATGGCACTATTCTGACCAGACCGCTTCTAGAAAGTGAACTCGTAATCGGAGCTGTGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CATTCTTCTCAATGTGCCTCTCCGGGGGACAATTGTGACCAGACCGCTCATGGAAAGTGAACTTGTCATTGGTGCTGTGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGCCTTTTGAACGTTCCATTTGGTGGTACAACTGTCGTACGTCCACTCGTAGAGGACTCTACCAGTGTAACTGCTGTTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAACTTGATGTGTATAGATATGAAAGGAACAATGTATGTTAGGCCGATAATTGAGGACTATCATACTCTGACGGTCACAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAATCTTATGTGTATTGATATGAAAGGCAAGATGTTTGTTAGGCCAGTTATTGAGGACTATCACACATTAACTGCTACTG      
  consensus/100%                         sssssTssTssusuTsssssTssusGGsAssAsssssusssGsCCusTssTsGAuuusssssssusssTsussGssussu      
  consensus/90%                          sssssTssTssusuTsssssTssusGGsAssAsssssusssGsCCusTssTsGAuuusssssssusssTsussGssussu      
  consensus/80%                          sAssCTTsTssusuTsssssTssusGGsACuATssTsussAGuCCusTsuTsGAuuussAsCssusssTsussGCTussu      
  consensus/70%                          sAssCTTsTssusuTsssssTssusGGsACuATssTsussAGuCCusTsuTsGAuuussAsCssusssTsussGCTussu      

                        cov    pid 33441          :         .         .         .         .         5         .         . 33520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCCTTCGTGGACATCTTCGTATTGCTGGACACCATCTAGG---ACGCTGTGACATCAAGGACCTGCCTAAAGAAATCACT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCATTCGTGGTCACTTGCGAATGGCCGGACACTCCCTAGG---GCGCTGTGACATTAAGGACCTGCCAAAAGAGATCACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TAACCAATGGCCACCTCAAAATGGCTGGCATGCATTTCGG---TGCTTGTGACTACGACAGACTTCCTAATGAAGTCACC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAATACGCGGCCATCTTTACATTCAAGGTATAAAACTAGGTACTGGCTATTCTTTGGCAGATTTGCCAGCTTATATGACT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTATTCGTGGTCATCTTTATATACAGGGTGTCAAACTTGGCACTGGTTATACTCTTTCAGATTTGCCCGTATATGTTACT      
  consensus/100%                         TsssssusGGsCAssTssusATssssGGssssssssTsGG...ssssTuTsssssssssuussTsCCsusssAsuTsACs      
  consensus/90%                          TsssssusGGsCAssTssusATssssGGssssssssTsGG...ssssTuTsssssssssuussTsCCsusssAsuTsACs      
  consensus/80%                          TsATsCGTGGsCAsCTssusATssssGGsssssAsCTsGG...ssGsTuTusssTsusuGAssTGCCsusssAsuTsACT      
  consensus/70%                          TsATsCGTGGsCAsCTssusATssssGGsssssAsCTsGG...ssGsTuTusssTsusuGAssTGCCsusssAsuTsACT      

                        cov    pid 33521          .         .         :         .         .         .         .         6 33600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTTGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTGGGAGCTTCGCAGCGTGTAGCAGGTGACTCAGGTTTTGCTGCATA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTGGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTAGGAGCGTCGCAGCGTGTAGGCACTGATTCAGGTTTTGCTGCATA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGGCCAAACCCAATGTGCTGATTGCTTTAAAAATGGTGAAGCGGCAAAGCTACGGAACTAATTCCGGCGTTGCCATTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTTGCTAAGGTTACACACCTGTGCACATATAAGCGTGGTTTTCTTGACAGGATAAGCGATACTAGTGGTTTTGCTGTTTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTAGCTAAGGTGCAAGTACTTTGTACCTATAAACGTGCCTTTTTAGATAAGTTAGATGTTAATAGTGGTTTTGCTGTTTT      
  consensus/100%                         GTsGCsAsusssssssssCTsssssssTssAAusssGsssssssssAssussssussusTusssssGGssTTGCsussTs      
  consensus/90%                          GTsGCsAsusssssssssCTsssssssTssAAusssGsssssssssAssussssussusTusssssGGssTTGCsussTs      
  consensus/80%                          GTsGCTAsussssuAusuCTsTsTsssTAsAAAsssGsssssssusAssGssTAGususTuATsssGGTTTTGCTGssTA      
  consensus/70%                          GTsGCTAsussssuAusuCTsTsTsssTAsAAAsssGsssssssusAssGssTAGususTuATsssGGTTTTGCTGssTA      

                        cov    pid 33601          .         .         .         .         :         .         .         . 33680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAGTCGCTACAGGATTGGCAACTATAAATTAAACACAGACCATTCCAGTAGCAGTGACAATATTGCTTTGCTTGTACAGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAACCGCTACCGTATTGGAAACTATAAATTAAATACAGACCACGCCGGTAGCAACGACAATATTGCTTTGCTAGTACAGT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCATAGATATAAGGCAGGTAATTACAG-----------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGTTAAGTCCAAAGTCGGTAATTACCGACTGCCATCAACCCAAAAGGGTTCTGGCATGGACACCGCATTGTTGAGAAATA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGTTAAGTCTAAAGTTGGTAACTATCGTTTACCGTCTAGTAAACCTAG---TGGTATGGATACTGCCTTGTTAAGAGCTT      
  consensus/100%                         sssssusTsssusussGGsAAsTAssu.....................................................      
  consensus/90%                          sssssusTsssusussGGsAAsTAssu.....................................................      
  consensus/80%                          susTsusTssAuuuTsGGsAAsTAssussTussssCsusssAssssuG...suusussuAsAssGCsTTGsTsusAssss      
  consensus/70%                          susTsusTssAuuuTsGGsAAsTAssussTussssCsusssAssssuG...suusussuAsAssGCsTTGsTsusAssss      

                        cov    pid 33681          .         7         .         .         .         .         :         . 33760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAGTGACAACAGATGTTTCATCTCGTTGACTTTCAGGTTACTATAGCAGAGATATTACTAATTATTATGAGGACTTTTAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAGTGACAACAGATGTTTCATCTTGTTGACTTCCAGGTTACAATAGCAGAGATATTGATTATCATTATGAGGACTTTCAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ATATCTAAATTTT-------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       AAATCTAAACTAT-------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          AsuTsssAAssss...................................................................      
  consensus/70%                          AsuTsssAAssss...................................................................      

                        cov    pid 33761          .         .         .         8         .         .         .         . 33840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGTTTCCATTTGGAATCTTGATTACATCATAAACCTCATAATTAAAAATTTATCTAAGTCACTAACTGAGAATAAATATT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GATTGCTATTTGGAATCTTGACGTTATAATAAGTTCAATAGTGAGACAATTATTTAAGCCTCTAACTAAGAAGAATTATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ---------------------------------------------------GAGTCCGCCTATTACGGCGGATATTGAAC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ---------------------------------------------------AAGGATGTCTTTTACTCCTGGTAAGCAAT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ---------------------------------------------------TAGGATGTCTTATACTCCCGGTCATTATG      
  consensus/100%                         ...................................................ssssssGsCssssACssssuusssssAss      
  consensus/90%                          ...................................................ssssssGsCssssACssssuusssssAss      
  consensus/80%                          ...................................................usssAsGsCTsTsACTsssuuTAAssAss      
  consensus/70%                          ...................................................usssAsGsCTsTsACTsssuuTAAssAss      

                        cov    pid 33841          :         .         .         .         .         9         .         . 33920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTCAATTAGATGAAGAGCAACCAATGGAGATTGATT-------AAACGAACATGAAAATTATTCTTTTCTTGGCACTGAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGGAGTTAGATGATGAAGAACCTATGGAGTTAGATTATCCATAAAACGAACATGAAAATTATTCTCTTCCTGACATTGAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTGCATTGCTTCGAGCTTAGGCTCTTTAGTAAGAGT--------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       C-----CAGTAGTAGAGCGTCCTCTGGAAATCGTTC--------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       C-----TGGAAGTAGAAGCTCCTCTGGAAATCGTTC--------------------------------------------      
  consensus/100%                         s.....sussssssGssssssCssTssAusssGsss............................................      
  consensus/90%                          s.....sussssssGssssssCssTssAusssGsss............................................      
  consensus/80%                          C.....TuGssGsAGAususCCTsTGGAusTsGsTs............................................      
  consensus/70%                          C.....TuGssGsAGAususCCTsTGGAusTsGsTs............................................      

                        cov    pid 33921          .         .         :         .         .         .         .         0 34000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACACTCGCTACTTGTGAGCTTTATCACTACCAAGAGTGTGTTAGAGGTACAACAGTACTTTTAAAAGAACCTTGCTCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTATTTACATCTTGCGAGCTATATCACTATCAGGAGTGTGTTAGAGGTACGACTGTACTACTAAAAGAACCTTGCCCAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34001          .         .         .         .         :         .         .         . 34080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTGGAACATACGAGGGCAATTCACCATTTCATCCTCTAGCTGATAACAAATTTGCACTGACTTGCTTTAGCACTCAATTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAGGAACATACGAGGGCAATTCACCATTTCACCCTCTTGCTGACAATAAATTTGCACTAACTTGCACTAGCACACACTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34081          .         1         .         .         .         .         :         . 34160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCTTTTGCTTGTCCTGACGGCGTAAAACACGTCTATCAGTTACGTGCCAGATCAGTTTCACCTAAACTGTTCATCAGACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCTTTTGCTTGTGCTGACGGTACTCGACATACCTATCAGCTGCGTGCAAGATCAGTTTCACCAAAACTTTTCATCAGACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34161          .         .         .         2         .         .         .         . 34240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGAGGAAGTT---CAAGAACTTTACTCTCCAATTTTTCTTATTGTTGCGGCAATAGTGTTTATAACACTTTGCTTCACAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGAGGAGGTTCAACAAGAGCTCTACTCGCCACTTTTTCTCATTGTTGCTGCTCTAGTATTTTTAATACTTTGCTTCACCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34241          :         .         .         .         .         3         .         . 34320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCAAAAGAAAGACAGAATGATTGAACTTTCATTAATTGACTTCTATTTGTGCTTTTTAGCCTTTCTGCTATTCCTTGTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TTAAGAGAAAGACAGAATGAATGAGCTCACTTTAATTGACTTCTATTTGTGCTTTTTAGCCTTTCTGCTATTCCTTGTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34321          .         .         :         .         .         .         .         4 34400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TAATTATGCTTATTATCTTTTGGTTCTCACTTGAACTGCAAGATCATAATGAAACTTGTCAC---GCCTAAACGAACATG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TAATAATGCTTATTATATTTTGGTTTTCACTCGAAATCCAGGATCTAGAAGAACCTTGTACCAAAGTCTAAACGAACATG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34401          .         .         .         .         :         .         .         . 34480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAATTTCTTGTTTTCTTAGGAATCATCAC-AACTGTAGCTGCATTTCACCAAGAATGTAGTTTACAGTCATGTACTCAAC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAACTTCTCATTGTTTTGACTTGTATTTCTCTATGCAGTTGCATATGCACTGTAG-------TACAGCGCTGTGCATCTA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34481          .         5         .         .         .         .         :         . 34560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATCAACCATATGTAGTTGATGACCCGTGTCCTATTCACTTCTA-------------------------------------      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ATAAACCTCATGTGCTTGAAGATCCTTGTAAGGTACAACACTAGGGGTAATACTTATAGCACTGCTTGGCTTTGTGCTCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34561          .         .         .         6         .         .         .         . 34640
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ------------------TTCTAAATGGTATATTAGAGTAGGAGCTAGAAAATCAGCACCTTTAATTGAATTGTGCGTGG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGGAAAGGTTTTACCTTTTCATAGATGGCACACTATGGTTCAAACATGCACACC--------------------------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34641          :         .         .         .         .         7         .         . 34720
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ATGAGGCTGGTTCTAAATCACCCATTCAGTACATCGATATCGGTAATTATACAGTTTCCTGTTTACCTTTTACAATTAAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ----------------------------------------------------------------TAATGTTACTATCAAC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34721          .         .         :         .         .         .         .         8 34800
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGCCAGGAACCTAAATTGGGTAGTCTTGTAGTGCGTTGTTCGTTCTATGAAGACTTTTTAGAGTATCATGACGTTCGTGT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TGTCAAGATCCAGCTGGTGGTGCGCTTATAGCTAGGTGTTGGTACCTTCATGAAGGTCACCAAACTGCTGCATTTAGAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       --------------------------------------------------------------------------------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       --------------------------------------------------------------------------------      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------------------------------------------      
  consensus/100%                         ................................................................................      
  consensus/90%                          ................................................................................      
  consensus/80%                          ................................................................................      
  consensus/70%                          ................................................................................      

                        cov    pid 34801          .         .         .         .         :         .         .         . 34880
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TGTTTTAG--ATTTCATCTAAACGAACAAACTAAAATGTCTGATAATGGA--CCCCA---AAATCAGCGAAATGCACCCC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CGTACTTGTTGTTTTAAATAAACGAACAAATTAAAATGTCTGATAATGGA--CCCCAATCAAACCAACGTAGTGCCCCCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       -----------------------------ATCTTAATTGATTTTAACGAA--TCTCAATTTCATTGTTATGGCATCCCCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ----------------------------------------TGGTAATGGCATCCTCAAGTGGGCCGATCAGTCCGACCAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ----------------------------------------------AGGAATCCTCAAGAAAACTTCTTGGGCTGACCAA      
  consensus/100%                         ..............................................sGus..sCsCA...ssusssssssusssssCCss      
  consensus/90%                          ..............................................sGus..sCsCA...ssusssssssusssssCCss      
  consensus/80%                          ........................................TssTAAsGGA..CCsCAAssuuAssussssuussssCCss      
  consensus/70%                          ........................................TssTAAsGGA..CCsCAAssuuAssussssuussssCCss      

                        cov    pid 34881          .         9         .         .         .         .         :         . 34960
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GCATTACGTT-TGGTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAGTAACCAGAATGGAGAACGCAGTGGGGCGCGATCAAAACAACG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GCATTACATT-TGGTGGACCCACAGATTCAACTGACAATAACCAGAATGGAGGACGCAATGGGGCAAGGCCAAAACAGCG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GCTGCACCTCGTGCTGTTTCCTTTGCCGATAACAATGATATAACAAATACAAACCTATCTCGAGGTAGAGGACGTAATCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTT---AGAAATGTTCAAACC---------AGGGGTAGAAGAGCTCAACCCAAGCAAACTGCTACCTCTCAGCAACCATC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TCTGAGCGAAATTACCAAACCTTTAAT---AGAGGCAGAAAAACCCAACCTAAATTCACTGTGTCTACTCAACCACA---      
  consensus/100%                         sss...ssss.TsssssssCC.........AssuusuusAssssssAssssuussssssTsssssssssssusssss...      
  consensus/90%                          sss...ssss.TsssssssCC.........AssuusuusAssssssAssssuussssssTsssssssssssusssss...      
  consensus/80%                          sCsssuCuss.TGsTsuAsCCsssuss...AssGusAusAusssssAssssuAuCssAsTGsuuCssssssAsuACAsss      
  consensus/70%                          sCsssuCuss.TGsTsuAsCCsssuss...AssGusAusAusssssAssssuAuCssAsTGsuuCssssssAsuACAsss      

                        cov    pid 34961          .         .         .         0         .         .         .         . 35040
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACCGCTCTCACTCAACATGGCAAGG---AAGACCTTAAAT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCGACCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACAGCTCTCACTCAGCATGGCAAGG---AGGAACTTAGAT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAAACCACGAGCTGCACCAAATAACACTGTCTCTTGGTACACTGGGCTTACCCAACACGGGAAAG---TCCCTCTTACCT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AGGAGGGAATGTTGTACCCTACTAT------TCTTGGTTCTCTGGAATTACTCAGTTTCAAAAGGGAAAGGAGTTTGAGT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ---AGGAAATACTATCCCACATTAT------TCCTGGTTCTCCGGGATCACTCAATTTCAAAAAGGTAGAGACTTTAAAT      
  consensus/100%                         ...ussssususTsssCCssAssAs......TCsTGGTsCsCsGsssTsACsCAussssusAAuG...ssssssTTussT      
  consensus/90%                          ...ussssususTsssCCssAssAs......TCsTGGTsCsCsGsssTsACsCAussssusAAuG...ssssssTTussT      
  consensus/80%                          ssuAssssAsGsTsTACCssATsAT......TCTTGGTTCsCsGsssTsACTCAussTsusAAuG...uuGAssTTAuuT      
  consensus/70%                          ssuAssssAsGsTsTACCssATsAT......TCTTGGTTCsCsGsssTsACTCAussTsusAAuG...uuGAssTTAuuT      

                        cov    pid 35041          :         .         .         .         .         1         .         . 35120
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TCCCTCGAGGACAAGGCGTTCCAATTAACACCAATAGCAGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCAGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCCCTCGAGGCCAGGGCGTTCCAATCAACACCAATAGTGGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCCGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTCCACCTGGGCAGGGTGTACCTCTTAATGCCAATTCTACCCCTGCGCAAAATGCTGGGTATTGGCGGAGACAGGACAGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TTGTAGAAGGACAAGGTGTGCCTATTGCACCAGGAGTCCCAGCTACTGAAGCTAAGGGGTACTGGTACAGACACAACAGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTCAGATGGTCAAGGAGTTCCCATTGCTTTCGGAGTACCCCCTTCTGAAGCAAAAGGATATTGGTATAGACACAGCCGG      
  consensus/100%                         TsssssssGGsCAuGGsGTsCCssTsusssssuussssssssCsssssAssssussGGsTAsTussusAGAsssusCsGu      
  consensus/90%                          TsssssssGGsCAuGGsGTsCCssTsusssssuussssssssCsssssAssssussGGsTAsTussusAGAsssusCsGu      
  consensus/80%                          TssCssusGGsCAuGGsGTsCCsATTusssCCuususssssCCsusTGAssssAssGGsTAsTussusAGAsssAsCsGA      
  consensus/70%                          TssCssusGGsCAuGGsGTsCCsATTusssCCuususssssCCsusTGAssssAssGGsTAsTussusAGAsssAsCsGA      

                        cov    pid 35121          .         .         :         .         .         .         .         2 35200
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CG---AATTCGTGGTGGTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTACCTAGGAACTGGGCCAGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CG---AGTTCGTGGTGGTGACGGCAAAATGAAAGAGCTCAGCCCCAGATGGTACTTCTATTACCTAGGAACTGGCCCAGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AA---AATTAATACCGGGAATGG---AATTAAGCAACTGGCTCCCAGGTGGTACTTCTACTACACTGGAACTGGACCCGA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CGTTCTTTTAAAACAGCCGATGGCAACCAGCGTCAACTGCTGCCACGATGGTATTTTTACTATCTGGGAACAGGACCGCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CGTTCTTTTAAAACAGCTGATGGTCAACAAAAGCAGTTGTTACCGAGATGGTATTTCTACTATCTCGGTACCGGCCCATA      
  consensus/100%                         su...ssTTsusussGssuAsGG...sssssussAssTssssCCssGuTGGTAsTTsTAsTAssssGGsACsGGsCCssA      
  consensus/90%                          su...ssTTsusussGssuAsGG...sssssussAssTssssCCssGuTGGTAsTTsTAsTAssssGGsACsGGsCCssA      
  consensus/80%                          CG...ssTTsusussGssGAsGGssAAssuAAusAuCTssssCCsAGATGGTAsTTCTACTAsCTsGGAACsGGsCCusA      
  consensus/70%                          CG...ssTTsusussGssGAsGGssAAssuAAusAuCTssssCCsAGATGGTAsTTCTACTAsCTsGGAACsGGsCCusA      

                        cov    pid 35201          .         .         .         .         :         .         .         . 35280
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGCTGGACTTCCCTATGGTGCTAACAAAGACGGCATCATATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCAAAAGATC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGCTTCACTTCCCTACGGCGCTAACAAAGAAGGCATCGTATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCCAAAGACC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGCAGCACTCCCATTCCGGGCTGTTAAGGATGGCATCGTTTGGGTCCATGAAGATGGCGCCACTGATGCTCCTTCAACTT      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGCTAAAGACCAGTACGGCACCGATATTGACGGAGTCTACTGGGTCGCTAGCAACCAGGCTGATGTCAATACCCCGGCTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGCCAATGCATCCTATGGTGAATCCCTCGAAGGGGTCTTCTGGGTTGCTAATCACCAAGCTGACACTTCTACTCCCTCCG      
  consensus/100%                         sGCssssssssssTsssGsussssssssGAsGGsuTCsssTGGGTssssusssAssusGCssssussssssCssssssss      
  consensus/90%                          sGCssssssssssTsssGsussssssssGAsGGsuTCsssTGGGTssssusssAssusGCssssussssssCssssssss      
  consensus/80%                          sGCsusAsssCCsTAsGGsGCsussAssGAsGGsuTCsTsTGGGTsGCsAssuAssuuGCssssusTuCssCsssuusss      
  consensus/70%                          sGCsusAsssCCsTAsGGsGCsussAssGAsGGsuTCsTsTGGGTsGCsAssuAssuuGCssssusTuCssCsssuusss      

                        cov    pid 35281          .         3         .         .         .         .         :         . 35360
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       ACATTGGCACCCGCAATCCTGCTAACAATGCTGCAATCGTGCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ACATTGGCACCCGCAATCCTAATAACAATGCTGCCACCGTGCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ---TTGGGACGCGGAACCCTAACAATGATTCAGCTATTGTTACACAATTCGCGCCCGGTACTAAGCTTCCTAAAAACTTC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACATTGTCGATCGGGACCCAAGTAGCGATGAGGCTATTCCGACTAGGTTTCCGCCTGGCACGGTACTCCCTCAGGGTTAC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATGTTTCGTCAAGGGATCCTACTACTCAAGAAGCTATCCCTACTAGGTTTCCGCCTGGTACGATTTTGCCTCAAGGCTAT      
  consensus/100%                         ...TTsssssssGsuAsCCsussAsssAssssGCsAsssssssssuusTssCsCssGGsACsusssTsCCssAuuusTss      
  consensus/90%                          ...TTsssssssGsuAsCCsussAsssAssssGCsAsssssssssuusTssCsCssGGsACsusssTsCCssAuuusTss      
  consensus/80%                          AsuTTGssuCsCGsuAsCCTAsTAusuATGssGCsATssssssssuusTTCCsCssGGsACuAsusTsCCssAAGGCTsC      
  consensus/70%                          AsuTTGssuCsCGsuAsCCTAsTAusuATGssGCsATssssssssuusTTCCsCssGGsACuAsusTsCCssAAGGCTsC      

                        cov    pid 35361          .         .         .         4         .         .         .         . 35440
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TACGCAGAAGGGAGCAGAGGC---------GGCAGTCAAGCCTCTTCTCGTTCCTCATCACGTAGTCGCAACAGTTCAAG      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TACGCAGAGGGAAGCAGAGGC---------GGCAGTCAAGCCTCTTCTCGCTCCTCATCACGTAGTCGCGGTAATTCAAG      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CACATTGAGGGGACTGGAGGC---------AATAGTCAATCATCTTCAAGAGCCTCTAGCTTAAGCAGAAACTCTTCCAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TATATTGAAGGCTCAGGAAGGTCTGCTCCTAATTCCAGATCTACTTCGCGCACATCCAGCAGAGCCTCTAGTGCAGGATC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATGTTGAAGGCTCAGGAAGGTCTGCTTCTAATAGTCGACCAGGTTCACGTTCTCAATCACGTGGACCCAATAATCGTTC      
  consensus/100%                         sAsussGAuGGssssuGAuGs.........uusssssuAsCsssTTCssGssCssssssssssusssssuusssssssss      
  consensus/90%                          sAsussGAuGGssssuGAuGs.........uusssssuAsCsssTTCssGssCssssssssssusssssuusssssssss      
  consensus/80%                          TAsussGAuGGssssuGAuGs.........uusAGTCuAsCssCTTCsCGssCsTCsssssGsuGssssAususTsssss      
  consensus/70%                          TAsussGAuGGssssuGAuGs.........uusAGTCuAsCssCTTCsCGssCsTCsssssGsuGssssAususTsssss      

                        cov    pid 35441          :         .         .         .         .         5         .         . 35520
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAATTCAACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAACTTCT---------CCTGCTAGAATGGCTGGCAATGGCGGTGATGCTGCTC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AAATTCAACTCCTGGCAGCAGTAGGGGAAATTCT---------CCTGCTCGAATGGCTAGCGGAGGTGGTGAAACTGCCC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATCTAGTTCACAAGGTTCAAGATCAGGAAACTCTACCCGCGGCACTTCTCCAGGTCCATCTGGAATCGGAGCAGTAGGAG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCGTAGTAGAGCCAATTCTGGCAATAGAACCCCT---------ACCTCTGGTGTAACACCTGACATGGCTGATCAAATTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTAAGTAGAAGTAATTCTAATTTTAGACATTCA---------GATTCTATAGTAAAACCTGATATGGCTGATGAGATCG      
  consensus/100%                         ussssssssssssuussssuussssuGAssssCs.........ssssCTsssussssssssuusussGssGsssssusss      
  consensus/90%                          ussssssssssssuussssuussssuGAssssCs.........ssssCTsssussssssssuusussGssGsssssusss      
  consensus/80%                          AssTsssAsssssuussssAGssssuGAAssTCT.........sCTsCTssAuTuuCssssGusussGsTGAsussusss      
  consensus/70%                          AssTsssAsssssuussssAGssssuGAAssTCT.........sCTsCTssAuTuuCssssGusussGsTGAsussusss      

                        cov    pid 35521          .         .         :         .         .         .         .         6 35600
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       TTGCTTTGCTGCTGCTTGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAATGTCTGGTAAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       TCGCGCTATTGCTGCTAGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAGTTTCTGGTAAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       GTGATCTACTTTACCTTGATCTTCTGAACAGACTACAAGCCCTTGAGTCTGGCAAAGTAAAGCAATCGCAGCCAAAAGTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CTAGTCTTGTTCTGGCAAAACTTGGCAA------GGATGCCACTAAACCTCAGCAAGTAACTAAGCATACTGCCAAAGAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTAATCTTGTTTTAGCCAAGCTTGGTAA------AGATT---CTAAACCTCAGCAAGTCACTAAGCAAAATGCCAAGGAA      
  consensus/100%                         ssusssTssTsssssssuAsssssssAA......ssAss...ssusssCTsussAAGssssssAussssssssssAuuss      
  consensus/90%                          ssusssTssTsssssssuAsssssssAA......ssAss...ssusssCTsussAAGssssssAussssssssssAuuss      
  consensus/80%                          sTusTCTssTssTusssuAsssssssAA......sGAsusCsssususCTsussAAGssssssAuCAusAsGsCsAAuss      
  consensus/70%                          sTusTCTssTssTusssuAsssssssAA......sGAsusCsssususCTsussAAGssssssAuCAusAsGsCsAAuss      

                        cov    pid 35601          .         .         .         .         :         .         .         . 35680
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GTCACTAAGAAATCTGCTGCTGAGGCTTCTAAGAAGCCTCGGCAAAAACGTACTGCCACTAAAGCATACAATGTAACACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GTCACTAAGAAATCTGCTGCTGAGGCATCTAAAAAGCCTCGCCAAAAACGTACTGCCACAAAACAGTACAACGTCACTCA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ATCACTAAGAAAGATGCTGCTGCTGCTAAAAATAAGATGCGCCACAAGCGCACTTCCACCAAAAGTTTCAACATGGTGCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTCAGACAGAAAATT------------TTGAATAAGCCCCGCCAGAAGAGGAGCCCCAATAAACAATGCACTGTTCAGCA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATCAGGCATAAAATT------------TTAACAAAACCTCGCCAAAAGCGAACTCCTAATAAACATTGTAATGTTCAACA      
  consensus/100%                         uTCAsssAsAAAssT............sssAssAAusssCGsCAsAAusGsAsssCsAssAAAsssTssAssuTssssCA      
  consensus/90%                          uTCAsssAsAAAssT............sssAssAAusssCGsCAsAAusGsAsssCsAssAAAsssTssAssuTssssCA      
  consensus/80%                          uTCAsssAGAAAssT............TssAAsAAGCCsCGCCAuAAuCGsACTsCCAssAAAsusTuCAAsGTsssuCA      
  consensus/70%                          uTCAsssAGAAAssT............TssAAsAAGCCsCGCCAuAAuCGsACTsCCAssAAAsusTuCAAsGTsssuCA      

                        cov    pid 35681          .         7         .         .         .         .         :         . 35760
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AGCTTTCGGCAGACGTGGTCCAGAACAAACCCAAGGAAATTTTGGGGACCAGGAACTAATCAGACAAGGAACTGATTACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AGCATTTGGGAGACGTGGTCCAGAACAAACCCAAGGAAATTTCGGGGACCAAGACCTAATCAGACAAGGAACTGATTACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AGCTTTTGGTCTTCGCGGACCAGGAGACCTCCAGGGAAACTTTGGTGATCTTCAATTGAATAAACTCGGCACTGAGGACC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTGTTTTGGTAAGAGAGGCCCTAATCA---------GAATTTTGGTGGTGGAGAAATGTTAAAACTTGGAACTAGTGACC      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GTGTTTTGGTAAAAGAGGACCTTCTCA---------AAATTTTGGTAATGCTGAAATGTTAAAGCTTGGTACTAATGATC      
  consensus/100%                         usssTTsGGsssssGsGGsCCsssssA.........uAAsTTsGGsuusssssAssTusssAuuCssGGsACTuussAss      
  consensus/90%                          usssTTsGGsssssGsGGsCCsssssA.........uAAsTTsGGsuusssssAssTusssAuuCssGGsACTuussAss      
  consensus/80%                          ussTTTTGGsAuusGsGGsCCsuusCA.........AAATTTTGGsGAssssGAAsTusTsAuACssGGsACTuATsACs      
  consensus/70%                          ussTTTTGGsAuusGsGGsCCsuusCA.........AAATTTTGGsGAssssGAAsTusTsAuACssGGsACTuATsACs      

                        cov    pid 35761          .         .         .         8         .         .         .         . 35840
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAGCGTTCTTCGGAATGTCGCGCATTGGCATGGAAGTCACA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCTCCAAGTGCCTCTGCATTCTTTGGAATGTCACGCATTGGCATGGAAGTCACA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CACGTTGGCCCCAAATTGCTGAGCTTGCTCCTACAGCCAGTGCTTTTATGGGTATGTCGCAATTT--------AAACTTA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CACAGTTCCCCATTCTTGCAGAACTCGCACCCACAGCTGGTGCGTTTTTCTTTGGATCAAGATTAGAGTTGGCCAAAGTG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       CTCAGTTTCCTATTCTTGCAGAATTAGCTCCTACACCAGGTGCTTTTTTCTTTGGTTCTAAATTAGACTTGGTTAAAAGA      
  consensus/100%                         ssCusTssCCsssssTTGCssAusTsGCsCCsAsssCssssGCsTTssTssssussTCssussTs........sussssu      
  consensus/90%                          ssCusTssCCsssssTTGCssAusTsGCsCCsAsssCssssGCsTTssTssssussTCssussTs........sussssu      
  consensus/80%                          sACAsTssCCsssssTTGCAsAAsTsGCsCCsAssGCsssTGCsTTsTTssssusuTCusussTsGussTGGssussusA      
  consensus/70%                          sACAsTssCCsssssTTGCAsAAsTsGCsCCsAssGCsssTGCsTTsTTssssusuTCusussTsGussTGGssussusA      

                        cov    pid 35841          :         .         .         .         .         9         .         . 35920
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCTT-------CGGGAACGTGGTTGACC--------------------------TACACAGGTGCCATCAAATTGGATGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCTT-------CGGGAACATGGCTGACT--------------------------TATCATGGAGCCATTAAATTGGATGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CCCA-------TCAGAACAATGATGATCATGGCAACCCTGTGTACTTCCTTCGGTACAGTGGAGCCATTAAACTTGACCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGAATTTATCTGGGAATCCTGACGAGCCCCAGAAGGATGTTTATGAATTGCGCTATAACGGCGCAATTAGGTTTGACAG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       GA---------TTCCGAGGCTGACTCACCTGTTAAAGATGTTTTTGAACTTCATTATTCTGGTTCTATTAGGTTTGATAG      
  consensus/100%                         ss.........ssssuAssssGssssss..........................TAssssGGssCsATsAuusTsGAsss      
  consensus/90%                          ss.........ssssuAssssGssssss..........................TAssssGGssCsATsAuusTsGAsss      
  consensus/80%                          Csss.......ssuGAAsussGssGAsC..........................TAssssGGsGCsATTAuuTTsGAsuu      
  consensus/70%                          Csss.......ssuGAAsussGssGAsC..........................TAssssGGsGCsATTAuuTTsGAsuu      

                        cov    pid 35921          .         .         :         .         .         .         .         0 36000
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CAAAGATCCAAATTTCAAAGATCAAGTCATTTTGCTGAATAAGCATATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGC      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CAAAGATCCACAATTCAAAGACAACGTCATACTGCTGAACAAGCACATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGC      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AAAGAATCCCAACTACAATAAGTGGTTGGAGCTTCTTGAGCAAAATATTGATGCCTACAAAACCTTC------------C      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TACACTTTCAGGTTTTGAGACCATAATGAAGGTGCTGAATGAGAATTTGAATGCCTA---------TCAACAACAAGATG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TACTTTACCAGGCTTTGAGACAATTATGAAAGTTCTTGAAGAGAATTTAAATGCTTACGTTAATTCTAATCAGAACACTG      
  consensus/100%                         sAssssssCssusTssuAsussssssTsusssTsCTsuAssAusAssTsuAsGCsTA.........s............s      
  consensus/90%                          sAssssssCssusTssuAsussssssTsusssTsCTsuAssAusAssTsuAsGCsTA.........s............s      
  consensus/80%                          sAsussTCCAuusTTsuAuusssssuTsAsusTsCTsuAsuAGsATsTsuAsGCsTACussAssTsssssCsusssusss      
  consensus/70%                          sAsussTCCAuusTTsuAuusssssuTsAsusTsCTsuAsuAGsATsTsuAsGCsTACussAssTsssssCsusssusss      

                        cov    pid 36001          .         .         .         .         :         .         .         . 36080
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTAAAAAGGACAAAAAGAAGAAGGCTGATGAAACTCAAGCCTTACCGCAGAGACAGAAGAAACAGCAAACTGTGACTCTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTAAAAAGGACAAAAAGAAAAAGACTGATGAAGCTCAGCCTTTGCCGCAGAGACAAAAGAAGCAGCCCACTGTGACTCTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CTAAGAAGGAAAAGAAACAAAAG-----------------------GCACCAAAAGAAGAATCAACAGACCAAATGTCTG      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GTATGATGAATATGAGTCCAAAACCACAGCGTCAGCGTGGTCATAAGAATGGACAAGGAGAAAATGATAATATAAGTGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ATTCTGATTCGTTGAGTTCTAAACCTCAGCGTAAAAGAGGTGTTAAACAATTACCAGAACAGTTTGACTCTCTTA--ATT      
  consensus/100%                         sTsssusssssssuAussssAAu.......................usAsssAssuuuusAssssssssssssss..sTs      
  consensus/90%                          sTsssusssssssuAussssAAu.......................usAsssAssuuuusAssssssssssssss..sTs      
  consensus/80%                          sTAsuAAGuAsAsuAusssuAAusCssAssusssssusssssssssGCAssuACAuuAuuAusAssAsACTuTuAsTsTT      
  consensus/70%                          sTAsuAAGuAsAsuAusssuAAusCssAssusssssusssssssssGCAssuACAuuAuuAusAssAsACTuTuAsTsTT      

                        cov    pid 36081          .         1         .         .         .         .         :         . 36160
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CTTC----------CTGCTGCAGATTTG----------GATGATTTCTCCAAACAATTGCAACAATCCATGAGCAG----      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CTTC----------CTGCGGCTGACATG----------GATGATTTCTCCAGACAACTTCAAAATTCCATGAGTGGAGCT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       AACCTCCAAAGGAGCAGCGTGTGCAAGG----------TAGCATCACTCAGCGCACTCGCACCCGTCCAAGTGTTCAGCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       GCAGTGCCCAAAAGCCGCGTGCAGCAAAATAAGAGTAGAGAGTTGACTGCAGAGGACATCAGCCTTCTTAAGAAGATGGA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TAAGTGCTGGTACTCAGCACATTTCAAA----------TGATTTTACTCCTGAGGATCATAGTTTACTTGCTACTCTTGA      
  consensus/100%                         ssss..........CsGCsssssssssu..........susssTssCTssssususssssAsssssCsssssusss....      
  consensus/90%                          ssss..........CsGCsssssssssu..........susssTssCTssssususssssAsssssCsssssusss....      
  consensus/80%                          ssss..........CsGCusssussAsu..........susssTssCTCCuuAsuAsssCAusssTCsssususssssss      
  consensus/70%                          ssss..........CsGCusssussAsu..........susssTssCTCCuuAsuAsssCAusssTCsssususssssss      

                        cov    pid 36161          .         .         .         2         .         .         .         . 36240
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       -----TGCTGACTCAACTCAGGCCTAA--ACTCATGCAGACCACACAAGGCAGATGGGCTATATAAACGTTTTCGCTTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       ---TCTGCTGATTCAACTCAGGCATAAACACTCATGATGACCACACAAGGCAGATGGGCTATGTAAACGTTTTCGCAATT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGGTCCAATGATTGATGTTAACACTGATTAGTGTCACTCAAAGTAACAAGATCGCGGCAATCGTTTGTGTTTGGCAACCC      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TGAGCCCTATACTGAAGACACCTCAGA------AATATAAGAGAATGAACCTTATGTCGGCATCTGGTGGTAACCCCTCG      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TGATCCTTATGTAGAAGACTCTGTTG--------CTTAATGAGAATGAATCCTAATTCGACACTAGGTGGTAACCCCTCG      
  consensus/100%                         .....sssssusssAssssssssssu........ssssssssusAssAussssussssssssssssusGsTsssssssss      
  consensus/90%                          .....sssssusssAssssssssssu........ssssssssusAssAussssussssssssssssusGsTsssssssss      
  consensus/80%                          ...sCsssssAsTsAAssCAssssTuA......sssssuAssusAsuAusCssAsGsssssssTsuusGsTssCsCssss      
  consensus/70%                          ...sCsssssAsTsAAssCAssssTuA......sssssuAssusAsuAusCssAsGsssssssTsuusGsTssCsCssss      

                        cov    pid 36241          :         .         .         .         .         3         .         . 36320
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       CCGTTTACGATATATAGTCTACTCTTGTGCAGAATGAAT-TCTCGTAACTA-CATAGCACAAGTAGATGTAGTTAACTTT      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       CCGTTTACGATACATAGTCTACTCTTGTGCAGAATGAAT-TCTCGTAACTA-AACAGCACAAGTAGGTTTAGTTAACTTT      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       CATCTCACCATCGCTTGTCCACTCTTGCACAGAATGGAA-TCATGTTGTAATTACAGTGCAATAAGGTAATTATAACCCA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       CAGAAAAGTCGAGATAAGGCACTCTCTATCAGAATGGATGTCTTGCTGCTATAATAGATAGAGAAGGTTATAGCAGACTA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       C-TATTATTCGGAATAGGACACTCTCTATCAGAATGAAT-TCTTGCTGTAATAACAGATAGAGTAGGTTGTTACAGACTA      
  consensus/100%                         C.ssssAsssssssTsusssACTCTssssCAGAATGuAs.TCssGssussA.sAsAGsssuAssAGuTssssssAussss      
  consensus/90%                          C.ssssAsssssssTsusssACTCTssssCAGAATGuAs.TCssGssussA.sAsAGsssuAssAGuTssssssAussss      
  consensus/80%                          CsssTsAssssusATAGsssACTCTssssCAGAATGuAT.TCTsGssussA.sAsAGsssuAGsAGGTssssssAussTs      
  consensus/70%                          CsssTsAssssusATAGsssACTCTssssCAGAATGuAT.TCTsGssussA.sAsAGsssuAGsAGGTssssssAussTs      

                        cov    pid 36321          .         .         :         .         .         .         .         4 36400
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AATCTCACATAG--CAATCTTTAAT--CAGTGTGTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGA--G-CCACCACATTTTCACCGA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       AATCTCACATAG--CAATCTTTAAT--CAATGTGTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGA--G-CCACCACATTTTCATCGA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TTTAATTGATAG--CTATGCTTTATTAAAGTGTGTAGCTGTAGAGAGAATGTTAAAGACTG-TCACCTCTGCTTGAT---      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       TAGATTAATTAGTTGAAAGTTTTGTGTTGTAATGTATAGTGTTGGAGAAAGTGAAAGACTT-GCGGAAGTAATTGCC---      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TATATTAATTAGTAGAAATTTTATATTTAGACATTTGATTGTTAGAGTAGTTATAAGGTTTAGCTGTAGT----------      
  consensus/100%                         sssssssssTAG..ssAsssTTsss..susssssTssssssssuGAGsAssTssAAGu..s.sCssssss..........      
  consensus/90%                          sssssssssTAG..ssAsssTTsss..susssssTssssssssuGAGsAssTssAAGu..s.sCssssss..........      
  consensus/80%                          sATsTsAssTAG..sAAssTTTsuT..sAusuTGTAussTsssuGAGuAssTuAAAGA..s.sCussAssssTTsss...      
  consensus/70%                          sATsTsAssTAG..sAAssTTTsuT..sAusuTGTAussTsssuGAGuAssTuAAAGA..s.sCussAssssTTsss...      

                        cov    pid 36401          .         .         .         .         :         .         .         . 36480
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       GGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       GGCCACGCGGAGTACGATCGAGGGTACAGTGAATAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ------------------------------------TGCAAGTGAACAGTGCCCCCCGGGAAGAGCTCTACAGTGTGAAA      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       -------------------------------------------GACAAGTGCCCA-AGGGAAGAGCCAGCATGTTAAGTT      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       --------------------------------------------ATAAACGCCTC-CGGGAAGAGCTATCAATTGTAGTG      
  consensus/100%                         ............................................AssussGCCss.ssGGAAGAGCsssssssTssuuss      
  consensus/90%                          ............................................AssussGCCss.ssGGAAGAGCsssssssTssuuss      
  consensus/80%                          ...........................................GAsAusTGCCss.ssGGAAGAGCssTsAsGTGTAusu      
  consensus/70%                          ...........................................GAsAusTGCCss.ssGGAAGAGCssTsAsGTGTAusu      

                        cov    pid 36481          .         5         .         .         .         .         :         . 36560
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       T-TAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATT-TTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       T-TAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATT-TTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       TGTAAATAAAAAATAGCTATTATTCAATTAGA-TTA--GGCTAATTAGATGATTTGCAAAAAAAAAAAA-----------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       ACCACCCAGTA-ATTAGTAAATGAATGAAGTTAATTATGGCCAATTGGAAGAATCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       TTTAATATATATATTAGTATATGATTGAAATTAATTATAGCCTTTTGGAGGAATTAC-----------------------      
  consensus/100%                         s.sAssssssu.AssusTAsssssssussuss.sTs..uGCsssTTuGusGAsTsuC.......................      
  consensus/90%                          s.sAssssssu.AssusTAsssssssussuss.sTs..uGCsssTTuGusGAsTsuC.......................      
  consensus/80%                          T.TAAsssssusAsTusTATsssssTGsuATT.sTsATuGCsssTTuGuuGAATsACAAAAAAAAAAAA...........      
  consensus/70%                          T.TAAsssssusAsTusTATsssssTGsuATT.sTsATuGCsssTTuGuuGAATsACAAAAAAAAAAAA...........      

                        cov    pid 36561          ] 36570
1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0%       AAAAAAAAAA      
2 NC_004718.3__SARS1  99.1%  78.8%       A---------      
3 NC_019843.3__MERS   91.4%  45.4%       ----------      
4 NC_006213.1__OC43   87.8%  39.5%       AAAAA-----      
5 NC_006577.2__HKU1   87.4%  40.8%       ----------      
  consensus/100%                         ..........      
  consensus/90%                          ..........      
  consensus/80%                          ..........      
  consensus/70%                          ..........      

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