Reference sequence (1): NC_045512.2__SARS2 Identities normalised by aligned length. Colored by: identity |
cov pid 1 [ . . . . : . . . 80 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGT--AACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTG-TAGATCTGTTCTCTAAACGAACTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATATTAGGTTTTTACCTACCCAGG----AAAAGCCAACCAAC-CTCGATCTCTTG-TAGATCTGTTCTCTAAACGAACTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------GATTTAAGTGAATAGCTT--GGCTATCTCACTTCCCCTCGTTCTCTTG-CAGAACTTTGATTTTAACGAACTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------ATTGTGAGCGATTTGCGTGCGTGCATCCCGCTTCACT--GATCTCTTGTTAGATCTTTTTGTAATCTAAACTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ------GAGTTTGAGCGATTGACGTTCGTACCGTCTATCAGCTTACGATCTCTTGTCAGATCTCATTA-AATCTAAACTT consensus/100% .......usTsssAsssssssuss....ssssssssusssss.s..GsTCTCTTG.sAGAsCTsssss.sssssuAACTT consensus/90% .......usTsssAsssssssuss....ssssssssusssss.s..GsTCTCTTG.sAGAsCTsssss.sssssuAACTT consensus/80% .......usTTTsAsCsAsssusGT..usssAsCCsACsssCsssCGATCTCTTG.sAGATCTsTTssssAsssuAACTT consensus/70% .......usTTTsAsCsAsssusGT..usssAsCCsACsssCsssCGATCTCTTG.sAGATCTsTTssssAsssuAACTT cov pid 81 . 1 . . . . : . 160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAAAATCT-----------------------------GTGTGGCTGT--------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAAAATCT-----------------------------GTGTAGCTGT--------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAATAAAA-----------------------------GCCCTGTTGTTTAGCGTATCGTTGCACTTGTCTGGTGGGATTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATAAAAACATCCACTCCCTGTAATCTATGCTTGTGGGCGTAGATTT--------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTAAACA---AGATTCCCTGTTATCCATGCTTGTGAGTGTGGTTTA--------------------------------- consensus/100% ssssAsss.............................GssssGsTss................................. consensus/90% ssssAsss.............................GssssGsTss................................. consensus/80% TAsAAsss.............................GsGTuGsTsT................................. consensus/70% TAsAAsss.............................GsGTuGsTsT................................. cov pid 161 . . . 2 . . . . 240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% --------------------CACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAA--TTACTGTCGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% --------------------CGCTCGGCTGCATGCCTAGTGCACCTACGCAGTATAAACAATAATAAATTTTACTGTCGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGCATTAATTTGCCTGCTCATCTAGGCAGTGGACATATGCTCAACACTGGGTATAATTCTAATTGAATACTATTTTTCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ---------------------------------------------TTCATAGTGGTGTTTATATTCATTTCTGCTGTTAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---------------------------------------------ATCATAATCTTG--TATTTTACTTTCCACACTTTT consensus/100% .............................................ssCssuuTsssu..sssssssss..ssusssTsss consensus/90% .............................................ssCssuuTsssu..sssssssss..ssusssTsss consensus/80% .............................................ssCusAGTuTsusssATAsTsAsTssTACTsTsss consensus/70% .............................................ssCusAGTuTsusssATAsTsAsTssTACTsTsss cov pid 241 : . . . . 3 . . 320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGACAGGACACGAGTAACTCGTCT-ATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGACAAGAAACGAGTAACTCGTCC-CTCTTCTGCAGACTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGTCGATCATCAGCATAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTAGAGCGTCGTGTCTCTTGTAC-GTCTCGGTCACAATAC--ACGGTTTCGTCCGGTGCGTGGCAATTCGGGGCACATC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGCTTTCAGCCAGGGACGTGTTGTATCCTAGGCAGTGGCC--------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CATCTCTCTGCCAGTGACGTGTTG-GTTGTCCTCAGCGTCC--------------------------------------- consensus/100% ssssssssssCssGsssCssGTss.sTssssssCAsssssC....................................... consensus/90% ssssssssssCssGsssCssGTss.sTssssssCAsssssC....................................... consensus/80% susCsssssuCsAGTuACssGTss.uTCsTsssCAGssTsC....................................... consensus/70% susCsssssuCsAGTuACssGTss.uTCsTsssCAGssTsC....................................... cov pid 321 . . : . . . . 4 400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTAGGTTTCGT-CCGGGTGTGAC--CGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTAGGTTTCGT-CCGGGTGTGAC--CGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTTCTTGGTGTCAACGAGAAAACACACGTCCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGTCTTTCGTGGCTGGTGTGACCGCGCAAGGTGCGCGCGGTACGTATCGAGCAGCGCTCAACTCTGAAAAACAT----- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ----------------------------------------------------------------------CGCCCATAGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ----------------------------------------------------------------------CTCCCATAGG consensus/100% ......................................................................ssCss..... consensus/90% ......................................................................ssCss..... consensus/80% ......................................................................CuCsCuTssu consensus/70% ......................................................................CuCsCuTssu cov pid 401 . . . . : . . . 480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGG----AGGTCTTATCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTCAGTTTGCCTGTCCTTCAGGTTAGAGACGTGCTAGTGCGTGGCTTCGGGGACTCTGTGGAAG----AGGCCCTATCG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ----------CAAGACCATGTGTCTCTAACTGTGCCACTCTGTGGTTCAGGAAACCTGGTTGAAA----AACTTTCACCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCACAATGTCGAAGATCAACAAATACGGTCTCGAACTACACTGGGCTCCAGAATTTCCATGGATGTTTGAGGACGCAGAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCGCAATGATTAAAACCAGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAGTGGGCGCCAGAATTTCGTTGGCTGCTTCCGGATGCAGCG consensus/100% ..........sssusssssssusssssssssssusssssssssGGssssuGuussssssTsGssu....susssssAssu consensus/90% ..........sssusssssssusssssssssssusssssssssGGssssuGuussssssTsGssu....susssssAssu consensus/80% sCsCAuTssssssGssCssCAuuTsCGusssssGCssssusssGGCTssuGAussTCsuTGGAsG....AGGssssAsCu consensus/70% sCsCAuTssssssGssCssCAuuTsCGusssssGCssssusssGGCTssuGAussTCsuTGGAsG....AGGssssAsCu cov pid 481 . 5 . . . . : . 560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GAGGCACGTGAACACCTCAAAAATGGCACTTGTGGTCTAGTAGAGCTGGAAAAAGGCGTACTGCCCCAGCTTGAACAGCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGG------------TTCATGGATGGCGAAAATGCCTATGAAGTGGTGAAGGCCATGTTACTTAAAAAGGAGCCACTTCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAG----------------------------------------------------------------AAGTTGGATAACC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GAG----------------------------------------------------------------GAGTTGGCTAGTC consensus/100% suG................................................................uusssssssssss consensus/90% suG................................................................uusssssssssss consensus/80% GAG................................................................AusTTGuAsAuCC consensus/70% GAG................................................................AusTTGuAsAuCC cov pid 561 . . . 6 . . . . 640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGG--------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTATGTGTTCATTAAACGTTCTGATGCCTTAAGCACCAATCACGGCCACAAGGTCGTTGAGCTGG--------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTATGTGCCCATCCGGCTGGCTGGACACACTAGACACCTCCCAGGTCCTCGTGTGTACCTGGTTGAGAGGCTCATTGCTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTAGTAGTTCAGAGGTGGATATGAT-----TTGCTCCACCACTGCGCAAAAGCTGGAAACAGACGG------AATTTGTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTATGAAGTCAGATGAGGGTGGGTT-----ATGCCCCTCTACTGGTCAAGCGATGGAAAGTGTTGG------ATTCGTTT consensus/100% CTAsssussCAsssusssssssGss.....sssssssssssssGssCssssssTssssssssssG............... consensus/90% CTAsssussCAsssusssssssGss.....sssssssssssssGssCssssssTssssssssssG............... consensus/80% CTATGsGsTCAsssuusGsTssGuT.....ssGssCCssssssGGsCAsussuTGGssususTsG............... consensus/70% CTATGsGsTCAsssuusGsTssGuT.....ssGssCCssssssGGsCAsussuTGGssususTsG............... cov pid 641 : . . . . 7 . . 720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ----------------------------------------TAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGT--GGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ----------------------------------------TTGCAGAAATGGACGGCATTCAGTACGGTCGTAGC--GGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGAAAATCCATTCATGGTTAACCAATTGGCTTATAGCTCTAGTGCAAATGGCAGCCTGGTTGGCACAACTTTGCAGGGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTGAAAATCATGTGATGGT----GGATTGTCGCCGACTTCTTAAACAAGAGTGTTGTGTGCAGTCTAGCCTAATA--CGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGATAATCATGTGAAGAT----AGATTGTCGCTGCATTCTTGGACAAGAATGGCATGTGCAGTCAAATCTTATC--CGT consensus/100% ........................................TsususAAssssssssssssssGssssusCsssss..sGs consensus/90% ........................................TsususAAssssssssssssssGssssusCsssss..sGs consensus/80% ........................................TsGsAsAAususussusuTsCAGTssuusCsTAss..sGT consensus/70% ........................................TsGsAsAAususussusuTsCAGTssuusCsTAss..sGT cov pid 721 . . : . . . . 8 800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGT------------------------------------ 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATAACACTGGGAGTACTCGTGCCACATGTGGGCGAAACCCCAAT------------------------------------ 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAGCCTATTGGTATGTTCTTCCCTTATGACATCGAACTTGTCAC------------------------------------ 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAAATTGTTATGAATGCAAGTCCATATGATTTGGAGGTGCTACTTCAAGATGCTTTGCAGTCCCGTGAAGCAGTTTTGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GATATTTTTGTTCATGAAGATCTACATGTTGTAGAAGTTCTAACTAAAACAGCCGTAAAGTCCGGTACGGCAATTTTAAT consensus/100% ussssssTsusssssssssssCsssATGsssssGAussssssss.................................... consensus/90% ussssssTsusssssssssssCsssATGsssssGAussssssss.................................... consensus/80% uAuAsssTTGssusssssussCCssATGssussGAAuTsCsAus.................................... consensus/70% uAuAsssTTGssusssssussCCssATGssussGAAuTsCsAus.................................... cov pid 801 . . . . : . . . 880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TACAACCCCCTTAGGTATGTCTTTAGAGGCATGCTATGTGAGAGGTTGTAATCCTAAAGGATGGACCATGGGTTTGTTTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAAATCACCTTTGCATAGCTT---------------------GGGTGGTTTTCCTAAAGGGTATGTTATGGGCTTGTTCC consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 881 . 9 . . . . : . 960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGCGTAGAAGTGTGTGTAACACTGGTCGTTGCACTGTTAATAAGCATGTGGCCTATCAGTTATATATGATTGATCCTGCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ------------------------GTTCATACAAGACTAAACGTTATGTTGTACATCATCTTTCTATGA------CTACA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 961 . . . 0 . . . . 1040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTGTCTGTCTTGGTGCAGGTCAATTCGTGGGTTGGGTCATACCCTTAGCCTTTATGCCTGTGCAATCCCGGAAATTTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCTACTACTAATTTTGGTGAAGATTTTTTGGGTTGGATTGTACCTTTTGGTTTTATGCCATCTTATGTTCACAAATGGTT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 1041 : . . . . 1 . . 1120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ---------------------GGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ---------------------TGCATACCGCAATGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAGGGAGCCGGTGGTCATAGCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ---------------------AGGAAAGCAAAATATTCTCCTGCGCAAGTA---------------TGGCCGTGGTGGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTCCATGGGTTATGTACTTGCGTAAGCGTGGCGAAAAGGGTGCTTACAATAAAGATCATGGACGTGGCGGTTTTGGAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCAATTCTGTAGGTTGTATATTGAAGAGAGTGATTTAATAATTTCAAATTTTAAATTTGATGA----------------- consensus/100% .....................sssssAssusuussssssssssssssAsss............................. consensus/90% .....................sssssAssusuussssssssssssssAsss............................. consensus/80% .....................sGsssAsCGsuAsuTssTssTTsssAAssAsuusssTsAsGu...sGGssGsssTuGss consensus/70% .....................sGsssAsCGsuAsuTssTssTTsssAAssAsuusssTsAsGu...sGGssGsssTuGss cov pid 1121 . . : . . . . 2 1200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGGCATCGATCTAAAGTCTTATGACTTAGGTGACGAGCTTGGCACTGATCCCATTGAAGATTATGAACAAAACTGGAAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATCACTACACCCCATTCCACTATGAGCGAGACAACACCTCTTGCCCTGAGTGGATGGACGATTTTGAGGCGGATCCTAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGTTTATGATTTTAAAGTTGAAGATGCTTATGACCAGGTGCATGATGAGCCTAAGGGTAAGTTTTCTAAGAAGGCTTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ----TTATGATTTTAGTGTAGAAGATGCTTATGCTGAGGTTCATGCTGAGCCTAAAGGTAAATATTCACAAAAAGCTTAT consensus/100% ....ssssussssssssssssssGAsssssususssssssssusssTGAsssssssGusuAsTsTsssssuuAsssssAs consensus/90% ....ssssussssssssssssssGAsssssususssssssssusssTGAsssssssGusuAsTsTsssssuuAsssssAs consensus/80% AsssssssGATsTsAusssssAsGAsssssusGACuAGsTTsusuCTGAsCCsAssGusuAsTsTssusAuAAsssssAs consensus/70% AsssssssGATsTsAusssssAsGAsssssusGACuAGsTTsusuCTGAsCCsAssGusuAsTsTssusAuAAsssssAs cov pid 1201 . . . . : . . . 1280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTAAGCATGGCAGTGGTGCACTCCGTGAACTCACTCGTGAGCTCAATGGAGGTGCAGTCACTCGCTATGTCGACAACAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGCAAATATG------------CCCAGAATCTGCTTAAGAAGTTGATTGGCGGTGATGTCACTCCA---GTTGACCAATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCTTTAATTA---------------------------GAGGGTATCGTGGTGTTAAACCACTTCTCTATGTAGACCAGTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCTTTACTTA---------------------------GACAATATCGTGGTATTAAACCCGTACTTTTTGTAGACCAGTA consensus/100% ussssussTu...........................ussuussssssGGsussussssssssCss...GTsGAssAssA consensus/90% ussssussTu...........................ussuussssssGGsussussssssssCss...GTsGAssAssA consensus/80% uCTssAssTu...........................GsuAGssssuTGGsGsTusAssCusTCssTsTGTsGACsAssA consensus/70% uCTssAssTu...........................GsuAGssssuTGGsGsTusAssCusTCssTsTGTsGACsAssA cov pid 1281 . 3 . . . . : . 1360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTCTGTGGCCCAGATGGGTACCCTCTTGATTGCATCAAAGATTTTCTCGCACGCGCGGGCAAGTCAATGTGCACTCTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CATGTGTGGCGTTGATGGAAAACCCATTAGTGCCTACGCATTTTTAATGGCCAAGGATGGAATAACCAAACTGGCTGATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGGTTGTGATTATACTGGTAGTCTTGCAGATGGCTTAGAGGCTTATGCTGATAAGACATTGCAAGAAATGAAGGCATTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGGTTGTGACTATTCTGGTAAATTAGCAGATTGTCTTCAAGCTTATGGTCATTATTCTTTGCAAGATATGAGACAAAAGC consensus/100% ssssTGTGussssssTGGssusssssssuusssssssssusssssssssssssusssssssssusssssussssssssss consensus/90% ssssTGTGussssssTGGssusssssssuusssssssssusssssssssssssusssssssssusssssussssssssss consensus/80% ssssTGTGuCssTusTGGssAsCsssssGATsGCsTsuAAGsTTsTsssGsssusuCsssssAAussAsususuCsssss consensus/70% ssssTGTGuCssTusTGGssAsCsssssGATsGCsTsuAAGsTTsTsssGsssusuCsssssAAussAsususuCsssss cov pid 1361 . . . 4 . . . . 1440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCGAA---CAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCGAA---CAACTTGATTACATCGAGTCGAAGAGAGGTGTCTACTGCTGCCGTGACCATGAGCATGAAATTGCCTGGTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGAAGCGGACGTCGCAGCACGTGCTGATGACGAAGGCTTCATCACATTAAAGAACAATCTATATAGATTGGTTTGGCAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTCCTACTTGGAGTCAGGAACTCCTTTTTGATGTAATTGTGGCATGGCATGTTGTGCGTGATCCACGTTATGTTATGAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGTCTGTATGGCTTGCCAATTGTGACTTTGATATTGTAGTGGCTTGGCATGTAGTTCGTGATTCACGATTTGTTATGCGC consensus/100% sssss...susssssssssssssssssssuAsussusssTsssssssssssssusssuTsssssssussssGssssGsss consensus/90% sssss...susssssssssssssssssssuAsussusssTsssssssssssssusssuTsssssssussssGssssGsss consensus/80% sssss...suusTsGssssssssGssssTuAsusuGssGTssssTGssussssGssCuTGAsssssuAsTTGsTssGsus consensus/70% sssss...suusTsGssssssssGssssTuAsusuGssGTssssTGssussssGssCuTGAsssssuAsTTGsTssGsus cov pid 1441 : . . . . 5 . . 1520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTGAGCGCTCTGATAAGAGCTACGAGCACCAGACACCCTTCGAAATTAAGAGTGCCAAGAAATTTGACACTTTCAAAGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTGAGCGTAAAGACGTTCCATATCCTAAGCAATCTATTTTTACTATTAATAGTGTGGTCCAAAAGGATGGTGTTGAAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGCAGAGTGCTGCTACTATACGTAGTGTTGCATATGTTGCTAATCCTACTGAAGACTTGTGTGATGGTTCTGTTGTTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTGCAGACTATAGCTACTATTTGTGGTATTAAATATGTTGCACAACCTACAGAAGATGTAGTAGATGGAGATGTAGTTAT consensus/100% ssssAussssssGssussssssusssssssssussssssssssssssTAsssssGsssssssssssGusssssTsussus consensus/90% ssssAussssssGssussssssusssssssssussssssssssssssTAsssssGsssssssssssGusssssTsussus consensus/80% ssssAGsGTsssGssAssAssTuTuusssssAusssssTsssuAsssTAssuusGssususuAssTGususTsTsussus consensus/70% ssssAGsGTsssGssAssAssTuTuusssssAusssssTsssuAsssTAssuusGssususuAssTGususTsTsussus cov pid 1521 . . : . . . . 6 1600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGAATGCCCAAAGTTTGTGTTTCCTCTTAACTCAAAAGTCAAAGTCATTCAACCACGTGTTGAAAAGAAAAAGACTGAGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CACTCCTCCTCACTAT---TTTACTCTTGGATGCAAAATTTTAACGCTCACCCCACGCAACAAGTGGAGTGGCGTTTCTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAAAGAACCTGTGCATGTTTATGCAGATGACTCTATTATTTTA---CGTCAATATAATTTAGTTGACATTATGAGTCATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACGTGAACCTGTACATTTATTATCTGCTGATGCAATAGTTTTA---AAGCTTCCTAGTTTGATGAAAGTTATGACTCATA consensus/100% sssssssCCssssssT...TsssCssssuussssAssuTsssu...ssssssssssussssusssusussussssTssss consensus/90% sssssssCCssssssT...TsssCssssuussssAssuTsssu...ssssssssssussssusssusussussssTssss consensus/80% uuussusCCsussssTsTsTTTsCsssTuAsTCsAsAuTsssA...sssCssCCssGssTsusuuAuAssAsGusTsATu consensus/70% uuussusCCsussssTsTsTTTsCsssTuAsTCsAsAuTsssA...sssCssCCssGssTsusuuAuAssAsGusTsATu cov pid 1601 . . . . : . . . 1680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTTTATGGGTAGA---------ATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTTTCATGGGGCGT---------ATACGCTCTGTGTACCCTGTTGCATCTCCACAGGAGTGTAACAATATGCACTTGTCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACTTGTCCCTCAAACAAAAACTCCTTTACACCTTCTATGGTAAGGAGTCACTTGAGAACCCAACCTACATTTACCACTCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTATATGGAGGCAGATACAGTTGTAAATGCTTTTTATGGTGTTGCTT---TGAAAGATTGCGGTTTTGTTATGCAGTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% T---------GGATGATTTTTCTATTAAATCTATATATAATGTTGATT---TGTGTGATTGTGGTTTTGTTATGCAGTAT consensus/100% s.........ssss.........sTssussCssTsTAssssussGssT...sssusuAssssusssssuTsssssssTss consensus/90% s.........ssss.........sTssussCssTsTAssssussGssT...sssusuAssssusssssuTsssssssTss consensus/80% ssTssssssssuus.........uTssussCTsTsTATssTGTTGssT...susAsGAsTGsuussssuTssssCssTss consensus/70% ssTssssssssuus.........uTssussCTsTsTATssTGTTGssT...susAsGAsTGsuussssuTssssCssTss cov pid 1681 . 7 . . . . : . 1760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTCTCATGAAGTGTGATCA------TTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCA---CTTGCGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACCTTGATGAAATGTAATCA------TTGCGATGAAGTTTCATGGCAGACGTGCGACTTTCTGAAAGCCA---CTTGTGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCATTCATTGAGTGTGGAAG------TTGTGGTAATGATTCCTGGCTTACAGGGAATGCTATCCAAGGGT---TTGCCTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTTACATTGATTGCGAACAAGACTCGTGTGATTTTAAAGGTTGGATTCCTGGTAACATGATAGATGGTTTTGCTTGCAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGTTATGTAGATTGTTTTAATGATAATTGTGATTTTTATGGTTGGGTTTCAGGTAATATGATGGATGGTTTTTCTTGTCC consensus/100% usssssuTsuAsTGsssssu......sTGsGuTsssssssssTGGssssCssGsuAsssssTssAsGsss...sTsssss consensus/90% usssssuTsuAsTGsssssu......sTGsGuTsssssssssTGGssssCssGsuAsssssTssAsGsss...sTsssss consensus/80% ussTssATsuAsTGTuussA......TTGTGuTsssusTsssTGGssssCuGGsuAssTsuTsuAsGsss...CTTGsss consensus/70% ussTssATsuAsTGTuussA......TTGTGuTsssusTsssTGGssssCuGGsuAssTsuTsuAsGsss...CTTGsss cov pid 1761 . . . 8 . . . . 1840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGA---AGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACATTGTGGCACTGAAAATTTAGTTATTGA---AGGACCTACTACATGTGGGTACCTACCTACTAATGCTGTAGTGAAAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGATGTGGGGCATCATATACAGCTAATGATGTCGAAGTCCAATCATCTGGCATGATTAAGCCAAATGCTCTTCTTTGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CACTTGTGGTCATGTTTATGAAGTAGGTGATTTGATGGCACAATCTTCAGGTGTTTTGCCTGTTAACCCTGTATTGCATA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTGTGTTGTACAGTTTATGACTCTAGCGAAGTTAAAGCCCAATCATCTGGTGTTATTCCTGAAAATCCTGTGTTATTTA consensus/100% ssssTGTsGssssssssATssssssussGA...susssssssssCsTssGGsssssTsssssssAAssCTsTssTssssu consensus/90% ssssTGTsGssssssssATssssssussGA...susssssssssCsTssGGsssssTsssssssAAssCTsTssTssssu consensus/80% ssssTGTGGsuCsGsssATssuusTAusGA...suuuGCsssssCsTsTGGsssssTsCCssssAATsCTGTssTssusA consensus/70% ssssTGTGGsuCsGsssATssuusTAusGA...suuuGCsssssCsTsTGGsssssTsCCssssAATsCTGTssTssusA cov pid 1841 : . . . . 9 . . 1920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCCATGTCCTGCCTGTCAAGACCCAGAGATTGGACCTGAGCATAGTGTTGCAGATTATCACAACCACTCAAACATTGAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTACTTGCCCC--------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTAAGAGTGCA--------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTAATAGTAC---------------------------------------------------------------------- consensus/100% ssssssGssC...................................................................... consensus/90% ssssssGssC...................................................................... consensus/80% sTssssGTsCs..................................................................... consensus/70% sTssssGTsCs..................................................................... cov pid 1921 . . : . . . . 0 2000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGC-------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTCGACTCCGCAAGGGAGGTAGG-------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ------TTTGCTAAGGGTGATAGCTGTTCTTCTAATTGCAAACATTCAGTTGCTCAGTTGGTTAGTTACCTTTCTGAACG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ---------------GCAGGCTATGGTGGTTTTGGTTGTAAAGATTCTTTTACTCTGTATGGCCAAACT----------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% --------------------------TGATACTGTTAACCATGATTCTTTTAATTTGTATGGTTATTCT----------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ...............GssGussus........................................................ consensus/70% ...............GssGussus........................................................ cov pid 2001 . . . . : . . . 2080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------ACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------ACTAGATGTTTTGGAGGCTGTGTGTTTGCCTATGTTGGCTGCTATAATA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTGTAATGTTATTGCTGATTCTAAGTCCTTCACACTTATCTTTGGTGGCGTAGCTTACGCCTACTTTGGATGTGAGGAAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------GTAGTTTATTTTGGAGGTTGTGTGTATTGGAGTCCAGCACGTAATATAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------GTCACACCATTTGGTTCTTGTATATATTGGTCGCCGCGTCCTGGATTGT consensus/100% ...............................ussssssssTTTGGsssssssussTssssssssssssssssssusssss consensus/90% ...............................ussssssssTTTGGsssssssussTssssssssssssssssssusssss consensus/80% ...............................ussusssssTTTGGsGGsTGTGTuTsssssTussssGGssGssAsusss consensus/70% ...............................ussusssssTTTGGsGGsTGTGTuTsssssTussssGGssGssAsusss cov pid 2081 . 1 . . . . : . 2160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACAT------------AGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGCGTGCCTACTGGGTTCCTCGTGCTAGTGCTGATAT------------TGGCTCAGGCCATACTGGCATTACTGGTGAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTACTATGTACTTTGTGCCTAGAGCTAAGTCTGTTGTCTCAAGGATTGGAGACTCCATCTTTACAGGCTGTACTGG---C 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGATTCCTATATTAAAATCCTCTGTTAAGTCATATGA------------CAGTTTGGTTTATACTGGAGTTTTAGG---- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGATTCCTATAATTAAATCTTCAGTCAAGTCTTATGA------------TGATTTGGTTTATTCAGGTGTAGTAGG---- consensus/100% usssTsssssssssusssCssssGssAussCssssus............suusTssussssTsCsGGsssssssGG.... consensus/90% usssTsssssssssusssCssssGssAussCssssus............suusTssussssTsCsGGsssssssGG.... consensus/80% uGssTsCssssTssusssCssssGsTAussCTsATus............sGusTssusssATACsGGsuTTussGG.... consensus/70% uGssTsCssssTssusssCssssGsTAussCTsATus............sGusTssusssATACsGGsuTTussGG.... cov pid 2161 . . . 2 . . . . 2240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AATGTGGAGACCTTGAATGAGGATCTCCTTGAGATACTGAGTCGTGAACGTGTTAACATTAACATTGTTGGCGATTTTCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCTTGGAACAAGGTCACTCAAATTGCTAACATGTTCTTGGAACAGACTCAGCATTCCCTTAACTTTGTGGGAGAGTTCGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% --------------------------------------------------------------------TTGCAAGGCTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% --------------------------------------------------------------------TTGTAAATCTAT consensus/100% ....................................................................ssGsuAssssss consensus/90% ....................................................................ssGsuAssssss consensus/80% ....................................................................TsGsuAsTsTus consensus/70% ....................................................................TsGsuAsTsTus cov pid 2241 : . . . . 3 . . 2320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCA--------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTGAATGAAGAGGTTGCCATCATTTTGGCATCTTTCTCTGCTTCTA--------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTCAACGATGTTGTCCTC---------GCAATTCTCTCTGGAACCA--------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTAAAGGAAACAAATCTCATTTGCAAAGCTTTGTACCTTGATTATGTTCAACACAAGTGTGGCAATTTACACCAACGGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTAAAGAAACTGCTCTTATTACTCATGCACTTTACTTAGATTATGTTCAATGTAAGTGTGGTAATCTTGAACAAAATC consensus/100% ssTsAAsGAsussusssss.........GCssssssssssGsssssu................................. consensus/90% ssTsAAsGAsussusssss.........GCssssssssssGsssssu................................. consensus/80% TsTsAAsGAAussussssCATsssssssGCAssTTsCTsTGsTTssu................................. consensus/70% TsTsAAsGAAussussssCATsssssssGCAssTTsCTsTGsTTssu................................. cov pid 2321 . . : . . . . 4 2400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ---------------------------------------------------------------------CAAGTGCTTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ---------------------------------------------------------------------CAAGTGCCTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ---------------------------------------------------------------------CAACTAATGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGTTGCTAGGTGTTTCAGATGTGTGGCATAAACAATTGCTATTAAATAGAGGTGTTTATAAACCTCTGTTAGAGAATATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATATTCTTGGCGTTAATAATTCTTGGTGTAGGCAACTGTTGCTTAATAGAGGTGATTATAATATGCTTCTAAAAAATATT consensus/100% .....................................................................sAussusssTT consensus/90% .....................................................................sAussusssTT consensus/80% .....................................................................sAAususTsTT consensus/70% .....................................................................sAAususTsTT cov pid 2401 . . . . : . . . 2480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACA----- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATTGACACTATAAAGAGTCTTGATTACAAGTCTTTCAAAACCATTGTTGAGTCCTGCGGTAACTATAAAGTTACC----- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GACAAAATACGCCAGCTTCTCAAAGGTGTCACCCTTGACAAGTTGCGTGATTATTTAGCTGACTATGACGTAGCAGTCAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATTATTTTAATATGCGGCGCGCTAAATTTAGTTTAGAAACTTTTACTGTTTGTGCAGATGGCTTTATGCCTTTT----- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GACTTGTTTGTTAAGCGTCGTGCTGATTTTGCTT---GCAAGTTTGCAGTTTGTGGAGATGGTTTTGTACCTTTT----- consensus/100% usssssssssssssussssssusssussssssss...usssssTssssGssTsssssGsTuusTsTussssssss..... consensus/90% usssssssssssssussssssusssussssssss...usssssTssssGssTsssssGsTuusTsTussssssss..... consensus/80% GsssAsssTussAAGsGTCssGsTsAssssuCsTTsuAsAsssTTusTGssTsssssGuTuusTsTusussTsss..... consensus/70% GsssAsssTussAAGsGTCssGsTsAssssuCsTTsuAsAsssTTusTGssTsssssGuTuusTsTusussTsss..... cov pid 2481 . 5 . . . . : . 2560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ------------AAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ------------AAGGGAAAGCCCGTAAAAGGTGCTTGGAACATTGGACAACAGAGATCAGTTTTAACACCACTGTGTGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCCGGCCCATTCATGGATAATGCTATTAATGTTGGTGGTACA--GGATTACAGTATGCCGCCATTACTGCACCTTATGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ---------------------------------------------CTTTTAGATGATTTAGTTCCACGCGCATATTATTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---------------------------------------------TTACTAGATGGTTTAATTCCCCGTAGTTATTATCT consensus/100% .............................................sssssAsAssussssussssssssssssssTuTss consensus/90% .............................................sssssAsAssussssussssssssssssssTuTss consensus/80% .............................................sssssAsAsuusTsAuTssssssssCsssTTATss consensus/70% .............................................sssssAsAsuusTsAuTssssssssCsssTTATss cov pid 2561 . . . 6 . . . . 2640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% A------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% T------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTTCTCACTGGCTTAGGTGAGTCCTTTAAGAAAGTTGCAACCATACCGTATAAGGTTTGCAACTCTGTTAAGGATACTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGCAGTAAGTGGTCAAGCATTTTGTGATTATGCAGATAAA---------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATTCAGAGTGGTATTTTCTTTACATCTTTGATGTCTCAA---------------------------------------- consensus/100% s............................................................................... consensus/90% s............................................................................... consensus/80% u............................................................................... consensus/70% u............................................................................... cov pid 2641 : . . . . 7 . . 2720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -----------------------------------TTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -----------------------------------TTTCCCTCACAGGCTGCTGGTGTTATCAGATCAATTTTTGCGCGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGCTTATTATGCTCACAGCGTGTTGTACAGAGTTTTTCCTTATGACATGGATTCTGGTGTGTCATCCTTTAGTGAACTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -----------------------------------CTTTGCCATGCCGTTGTGTCTAAGAGTAAAGAGTTACTTGATGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -----------------------------------TTTTCACAAGAAGTTTCTGATATGTGTTTAAAAATGTGTATTTTG consensus/100% ...................................sTTsssssssssusssssssTusssssssAssssTssssssssss consensus/90% ...................................sTTsssssssssusssssssTusssssssAssssTssssssssss consensus/80% ...................................TTTsCssssGAsGsTGsTssTussussssAssusTsssTusssss consensus/70% ...................................TTTsCssssGAsGsTGsTssTussussssAssusTsssTusssss cov pid 2721 . . : . . . . 8 2800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTT----------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACACTTGATGCAGCAAACCACTCAATTCCTGAT----------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTTTTTGATTGCGTTGATCTTTCAGTAGCTTCTACCTATTTTTTAGTCCGCATCTTGCAAGATAAGACTGGCGACTTTAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCTCTGGATTCTTTAGGTGCAGCTATACATTATTTGAATTCTAAGATTGTTGATTTGGCTCAACATTTTAGTGATTTTGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTATGGACAGAGTTTCAGTTGCTACATTTTATATAGAGCATTATGTTAATAGGTTGGTTACTCAATTTAAGTTATTGGG consensus/100% ssssTsGAssssssssssssssCsussssTssT............................................... consensus/90% ssssTsGAssssssssssssssCsussssTssT............................................... consensus/80% ssTsTsGAssssGsssusssssCsuTussTssT............................................... consensus/70% ssTsTsGAssssGsssusssssCsuTussTssT............................................... cov pid 2801 . . . . : . . . 2880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------TTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------TTGCAAAGAGCAGCTGTCACCATACTTGATGGTATTTCTGAACAGTCATTACGTCTTGTCG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTCTACAATTATTACTTCCTGCCAAACTGCTGTTAGTAAGCTTCTAGATACATGTTTTGAAGCTACAGAAGCAACATTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AACAAGTTTCGTTTCTAAAATTGTTCATTTCTTTAAGACTTTTACTACTAGCACTGCTCTTGCATTTGCATGGGTTTTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACTACACTTGTTAATAAAATGGTTAATTGGTTTAATACCATGTTAGATGCTAGTGCACCTGCTACAGGCTGGCTTCTTT consensus/100% ...................ssssssssssssssTussAsssTssssusTussssTssssssssssssssssssssssTss consensus/90% ...................ssssssssssssssTussAsssTssssusTussssTssssssssssssssssssssssTss consensus/80% ...................sTssssAussssssTAssACssTssTsGATussAsTsCssssssssCAssusGusTssTss consensus/70% ...................sTssssAussssssTAssACssTssTsGATussAsTsCssssssssCAssusGusTssTss cov pid 2881 . 9 . . . . : . 2960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACGCCATGGTTTATACTTCAGACCTGCTCACCAACAGTGTCATTATTATGGCATATGTAACTGGTGGTCTTGTACAACAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACTTCTTGTTAGATTTGGCAGGATTGTTCAGAATCTTTCTC---------------------CGCAATGCCTATGTGTAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTCATGTTTTGCATGGTGCTTATATAGTAGTGGAGAGTGAT---------------------ATATATTTTGTTAAAAAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACCAATTATTGAATGGTCTTTTTGTAGTATCTCAAGCCAAC---------------------TTTAATTTTGTTGCTTTA consensus/100% ssssssTssTssssssssssssssTusssssssssssssss.....................ssssuTssssssssssss consensus/90% ssssssTssTssssssssssssssTusssssssssssssss.....................ssssuTssssssssssss consensus/80% AsssssTusTusATusssCssussTusTsussuAsusTsss.....................sssuuTsTTGTTssusss consensus/70% AsssssTusTusATusssCssussTusTsussuAsusTsss.....................sssuuTsTTGTTssusss cov pid 2961 . . . 0 . . . . 3040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTTCTCAGTGGTTGTCTAATCTTTTGGGCACTACTGTTGAAAAACTCAGGCCTATCTTTGAATGGATTGAGGCGAAACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACTTCACAAGGGTTTGTGGTGGTCAATGGCAAAGTTTCTACACTTGTCAAACAAGTGTTAGACTTGCTTAATAAG----- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTCCTCGTTATGCTAGTGCTGTTGCACAAGCATTTCAGAGTGTTGCTAAAGTTGTACTGGACTCTTTAAGAGTTACTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATACCTGATTATGCTAAAATTTTAGTTAATAAATTTTACACTTTTTTTAAGTTATTATTAGAGTGTGTTACAGTTGATGT consensus/100% AsssCssussusssssssusssTsssssusussssTsssussssssssAuussssTssTsGAsTsssTsussuss..... consensus/90% AsssCssussusssssssusssTsssssusussssTsssussssssssAuussssTssTsGAsTsssTsussuss..... consensus/80% AsTsCsCAsTussssussusssTssssuusAsssTTsssussssssTsAAusssuTssTsGAsTsssTTuuuGssusssT consensus/70% AsTsCsCAsTussssussusssTssssuusAsssTTsssussssssTsAAusssuTssTsGAsTsssTTuuuGssusssT cov pid 3041 : . . . . 1 . . 3120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAGTGCAGGAGTTGAATTTCTCAAGGATGCTTGGGAGATTCTCAAATTTCTCATTACAGGTGTTTTTGACATCGTCAAGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATTGATGGCCTTTCTTGTTTTAAGATTGGACGTAGAAGAATTTGTCTTTCAGGCAGAAAAATTTATGAAGTTGAGCGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTAAAAGATATGCCTGTTCTTAAAACTATTAATGGTTTAGTTTGTATTGTAGGCAATAAGTTTTATAACGTTAGTACAG consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% TsssussGussTssssssTsTsAuuussusssusuusssssTssussTTssssssAsssusssTTsTuAsuTsusssssG consensus/70% TsssussGussTssssssTsTsAuuussusssusuusssssTssussTTssssssAsssusssTTsTuAsuTsusssssG cov pid 3121 . . : . . . . 2 3200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTCAAATACAGGTTGCTTCAGATAACATCAAGGATTGTGTAAAATGCTTCATTGATGTTGTTAACAAGGCACTCGAAATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ----------------------GGTATGCAACTTTTGCATACAAAGGTCTCCTGGGCTGGTTCTAAAATCATTGCTGTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCTTGTTACATTCATCCCAATTGCCATTAGATGTTTATGATTTAACCATGCCTAGTCAAGTTCAGAAAGCCAAGCAAAAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGTTAATTCCTGGTTTTGTTTTACCATGTAATGCACAGG---------------------------------AACAACAA consensus/100% ......................sssssssuAsssssusu.................................sssssssu consensus/90% ......................sssssssuAsssssusu.................................sssssssu consensus/80% GsssusTsssssssssssssssussAsssAAsGsssusGssssussssssssTuussssGTssssAAusssssussussu consensus/70% GsssusTsssssssssssssssussAsssAAsGsssusGssssussssssssTuussssGTssssAAusssssussussu cov pid 3201 . . . . : . . . 3280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGA----------ATTTAGGTGAAACA--TTTGTCAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCATTGATCAAGTCACTATCGCTGGCGCAAAGTTGCGATCACTCA----------ACTTAGGTGAAGTC--TTCATCGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCTACAGCGGCAGGGAGTCTCTAATATTCCCATCGGGAACCTATTACTGTGTCACCACTAAGGCTAAGTCCGTTCAACAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CCTATTTATTTAAAAGGTTCTGGTTCTGATTTTTCATTAGCGGATAGTGTAGTTGAAGTTGTTACAACTT---------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTTATTTTTTTGAAGGCGTTGCAGAATCTGTTATAGTAGAAGATGATGTTATTGAGAATGTCAAATCTT---------- consensus/100% ssssssssssssussussssssssssssssssssssssAssssssu..........usssussssAssss.......... consensus/90% ssssssssssssussussssssssssssssssssssssAssssssu..........usssussssAssss.......... consensus/80% ssTusTssssssussusTsTsGsssussCssssssussAsCssssA..........AsTTussssAAsTs.......... consensus/70% ssTusTssssssussusTsTsGsssussCssssssussAsCssssA..........AsTTussssAAsTs.......... cov pid 3281 . 3 . . . . : . 3360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCAAAGCAAGGGACTTTACCGTCAGTGTATACGTGGCAAGGAGCAGCTGCAACTACTCATGCCTCTTAAGGCACCAAAAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GATCTTGACGTTATTTTGCCTGGTGAGTTT----TCCAAGAAGCAGTTAGGACTGCTCCAACCTACTGACAATTCTACAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ----------------------------------CACTTACACCATGTGGTTATTCTGA-ACCACCTAAAGTTGCAGCTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ----------------------------------CTTTATCATCTTATGAGTATTGTCA-ACCACCTAAATCTGTAGAAA consensus/100% ..................................sssssssAsssssssssssTssTss.uCCssssuAsssssssussu consensus/90% ..................................sssssssAsssssssssssTssTss.uCCssssuAsssssssussu consensus/80% ..................................ssCsuusAsCAssTuuussTsCTCA.uCCsCsTAAuusssCAusAu consensus/70% ..................................ssCsuusAsCAssTuuussTsCTCA.uCCsCsTAAuusssCAusAu cov pid 3361 . . . 4 . . . . 3440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAATTATCTTCTTAGA------------GGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAGTAACCTTTCTTGA------------AGGTGATTCACATGACACAGTACTTACCTCTGAGGAGGTTGTTCTCAAGAAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTGTTAGTGTTACTG------------------------------------TATCCAGTAACATGGTTGAAACTGTTGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAATTTGCATTGTGGATAATGTTTATATGGCCAAGGCTGGTGACAAATATTACCCTGTTG---TGGTTGATGATCATGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAATTTGTATTATAGATAATATGTACATGGGTAAGTGTGGTGATAAATTTTTCCCTATTGTCATGAATGATAAAAATATT consensus/100% ssuTsssssTssssG....................................ssssssssu...suusTGssssssssuss consensus/90% ssuTsssssTssssG....................................ssssssssu...suusTGssssssssuss consensus/80% AAuTTssssTTsTsGA............uGssuAssssssTsssAsAssssTssCsusTGssusGGTTGsssssuAsuss consensus/70% AAuTTssssTTsTsGA............uGssuAssssssTsssAsAssssTssCsusTGssusGGTTGsssssuAsuss cov pid 3441 : . . . . 5 . . 3520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGTGAACTCGAAGCACTCGAGACGCCCGTTGATAGCTTCACAAATGGAGCTATCGTTGGCACACCAGTCTGTGTAAATGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGTCAACTTGAGCAAACTAATATGCATAGTCCTGATGTTATAGTAGGTGACTATGTCATTA------TTAGTGAAAAATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGACTCTTGGATCAAGCATGGAGAGTTCCTTGTGCTGGAAGGCGTGTTACATTTAAGGAAC------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTCTTTTAGATCAGGCTTGGCGTTTTCCATGTGCAGGTAGAAAAGTTAATTTTAACGAGA------------------- consensus/100% sGsssssTssAsssussssussssssssssssTusssssusssssGssssssssussusss................... consensus/90% sGsssssTssAsssussssussssssssssssTusssssusssssGssssssssussusss................... consensus/80% GGTssssTsGAsCsAssssuussussTssTsuTGssGssAsuuusGsTussTTsussGusA................... consensus/70% GGTssssTsGAsCsAssssuussussTssTsuTGssGssAsuuusGsTussTTsussGusA................... cov pid 3521 . . : . . . . 6 3600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCTCATGCTCTTAGAGATTAAGGACAAAGAACAATACTGCGCATTGTCTCCTGGTTTACTGGCTACAAACAATGTCTTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTTGTGCGTAGTAAGGAAGAAGACGGATTTGCCTTCTACCCTGCTTGCACTAATGGTCATGCTGTACCGACTCTCTTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 3601 . . . . : . . . 3680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTT---ACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTAC---AAGAGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTTAAAAGGGGGTGCACCAATTAAAGGTGTAACCTTTGGAGAAGATACTGTTTGGGAAGTTCAAGGTTAC---AAGAAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GACTTAAGGGAGGTGCACCTGTAAAAAAAGTAGCCTTTGGCGGTGATCAAGTACATGAGGTTGCTGCTGTA---AGAAGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ------------------------------------------AGCCTACAGTAAAGGAGATTATAAGCATGCCTAAGATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ------------------------------------------AACCTGTTGTTATGGAGATTCCGTCTTTG---ATGACA consensus/100% ..........................................usssssssGTssssGAuuTssssssssss...AsuAss consensus/90% ..........................................usssssssGTssssGAuuTssssssssss...AsuAss consensus/80% ..........................................AsssTussGTsssuGAuuTTssuusTsss...AuGAsT consensus/70% ..........................................AsssTussGTsssuGAuuTTssuusTsss...AuGAsT cov pid 3681 . 7 . . . . : . 3760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCT---GCCTATACAGTTGAACT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGAGAATCACATTTGAGCTTGATGAACGTGTTGACAAAGTGCTTAATGAAAAGTGCTCT---GTCTACACTGTTGAATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTACTGTCGAGTACAACATTCATGCTGTATTAGACACACTACTTGCTTCTTCTAGTCTTAGAACCTTTGTTGTAGATAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTAAGGTTTTTTATGAGCTTGACAACGATTTTAATACTATTTTAAATACTGCGTGTGGA---GTGTTTGAAGTGGATGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTAAGGTTATGTTTGATTTAGATTCTACTTTTGATGATATTTTAGGTAAAGTTTGTTCA---GAATTTGAAGTAGAAAA consensus/100% uTsAssuTssssTssuAssTssAssssssssTsuAsusssTssTsusTsssssssGssss...ussTssussGTsGAsss consensus/90% uTsAssuTssssTssuAssTssAssssssssTsuAsusssTssTsusTsssssssGssss...ussTssussGTsGAsss consensus/80% GTsAusuTsussTsTGAssTTGATussusssTTGAsAssuTssTsuuTussussTGssss...GssTsTussGTsGAsss consensus/70% GTsAusuTsussTsTGAssTTGATussusssTTGAsAssuTssTsuuTussussTGssss...GssTsTussGTsGAsss cov pid 3761 . . . 8 . . . . 3840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAG---------TATCTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGGTACCGAAGTTACTGAGTTTGCATGTGTTGTAGCAGAGGCTGTTGTGAAGACTTTACAACCAG---------TTTCTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTCTTTGTCAATTGAGGAGTTTGCTGACGTAGTAAAGGAACAAGTCTCAGACTTGCTTGTTAAAT---------TACTGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TACTGTTGATATGGAGGAATTTTATGCTGTGGTGATTGATGCCATAGAAGAGAAACTTTCTCCATGTAAGGAGCTTGAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGGTGTTACTGTAGATGATTTTGTTGCTGTTGTTTGTGATGCTATAGAGAATGCTTTAAACTCTTGTAAAGAGCATCCAG consensus/100% sssTssssssuTsussGAsTTsssssssGTsGTssssGAssssuTsssuuAsssssTssssssss.........ssssss consensus/90% sssTssssssuTsussGAsTTsssssssGTsGTssssGAssssuTsssuuAsssssTssssssss.........ssssss consensus/80% susTussussuTsuAsGAuTTTGssssTGTsGTuussGAsGCsuTsusuuAsusssTsssssCAs.........TssssG consensus/70% susTussussuTsuAsGAuTTTGssssTGTsGTuussGAsGCsuTsusuuAsusssTsssssCAs.........TssssG cov pid 3841 : . . . . 9 . . 3920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATCTCCTTACCAACATGGGTATTGATCTTGATGAGTGGAGTGTAGCTACATTCTACTTATTTGATGATGCTGGTGAAGAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGGAATGCCGATTCCAGATTTTGATTTAGACGATTTTATTGACGCACCATGCTATTGCTTTAACGCTGAGGGTGATGCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTGTAGGTGCTAAAGTTAGTGCCTTTTTACAGAAATTAGAGGATAATCCCCTATTTTTATTTGATGAGGCTGGCGAGGAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGGTTGGTTATCAAGTTCGTGCATTTTTAAATAAACTTAATGAGAATGTTGTTTATTTATTTGATGAGGCTGGTGATGAA consensus/100% ssssssssssssssssssussssssTsTssAsuAssssussussussssssssTssTssTTTuAsGsssssGGsGAssss consensus/90% ssssssssssssssssssussssssTsTssAsuAssssussussussssssssTssTssTTTuAsGsssssGGsGAssss consensus/80% ussTsssTsCsssssTsuGTussssTTTAuAsuAuTssAuTGssusTsCssssTAsTTATTTGATGAsGCTGGTGAsGsA consensus/70% ussTsssTsCsssssTsuGTussssTTTAuAsuAuTssAuTGssusTsCssssTAsTTATTTGATGAsGCTGGTGAsGsA cov pid 3921 . . : . . . . 0 4000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTC---TACCCTCCAGATGAGGA------------TGAAGAAGAAGGT---GA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACTTTTCATCACGTATGTATTGTTCCTTT---TACCCTCCAGATGAGGA------------AGAAGAGGACGATGCAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCCTGGTCTTCTACTATGATCTTCTCTCTT---CACCCCGTCGAGTGTGACGAGGAGTGTTCTGAAGTAGAGGCTTCAGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTCTTGCTCCTAAATTGTATTGTGCCTTTACAGCTCCTGAAGATGATGA------------CTTTCTTGAGGAAAGTGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCAATGGCCTCTCGTATGTATTGTACTTTT---GCTATTGAGGATGTTGA------------AGACGTTATCAGTAGTGA consensus/100% sssssssCssCsssssTGsssTsssCssTs...sssssssssGAssssGA............sssssssussuss...GA consensus/90% sssssssCssCsssssTGsssTsssCssTs...sssssssssGAssssGA............sssssssussuss...GA consensus/80% usssTssCsTCssuTATGTATTGTsCsTTT...sssCCTssuGATGusGA............sGAsGssGAsGuTsssGA consensus/70% usssTssCsTCssuTATGTATTGTsCsTTT...sssCCTssuGATGusGA............sGAsGssGAsGuTsssGA cov pid 4001 . . . . : . . . 4080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAG---------------------------------------------CCATCAACTCAAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGTGAGGAAGAAGAAATTGAT---------------------------------------------GAAACCTGTGAAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTAGAAGAAGGTGAATCAGAGTG---CATTTCTGAGACTTCAACTGAACAAGTTGACGTTTCTCATGAGACTTCTGACG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTGAAGAAGATGATGTAGAAGGT------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGCTGTCGAAGATACTATTGATGGTGTCGTTGAAGACACTATTAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACG consensus/100% ssssGssGAAGususssssGAs.......................................................... consensus/90% ssssGssGAAGususssssGAs.......................................................... consensus/80% sssTGAuGAAGAsGAssTsGAs.............................................ssssssssTsAss consensus/70% sssTGAuGAAGAsGAssTsGAs.............................................ssssssssTsAss cov pid 4081 . 1 . . . . : . 4160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACT------------------------ 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGAGTACGGTACAGAGGATGATTATCAAGGTCTCCCTCTGGAATTTGGTGCCTCA------------------------ 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACGAGTGGGCTGCTGCAGTTGATGAAGCGTTCCCTCTCGATGAAGCAGAAGATGTT------------------------ 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% AsGAususGsTussussGsTGAssAssssssssssssssssGsssssGusGsssss........................ consensus/70% AsGAususGsTussussGsTGAssAssssssssssssssssGsssssGusGsssss........................ cov pid 4161 . . . 2 . . . . 4240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 4241 : . . . . 3 . . 4320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------TCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------GCTGAAACAGTTCGAGTTGAGGAAGAAGAAGAGGAAGACTGGCTGGATGATACTACTGAGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------ACTGAATCTGTGCAAGAAGAAGCACAACCAGTAGAAGTACCTGTTGAAGATATTGCGCAG- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------GAGGAAACTGATTTAACTGTCACAAGTGCTGGACAGCCTTGTGTTGCTAGTGAACAGGAGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACG consensus/100% ...................sssGssssssssssssssGssusssussssGsssAusssssssTsussuuTussssssAs. consensus/90% ...................sssGssssssssssssssGssusssussssGsssAusssssssTsussuuTussssssAs. consensus/80% ...................usTGAAuCTGTTssAusTGusGsAuAssssGuuGAAGssssssTsGsTGuTussusssAus consensus/70% ...................usTGAAuCTGTTssAusTGusGsAuAssssGuuGAAGssssssTsGsTGuTussusssAus cov pid 4321 . . : . . . . 4 4400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AATC---------------------------------------------------------------------------A 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -----GTTGTCATAGCTGACACCTTACAGGAAACTC------CTGTTGTGCCTGATACTGTTGAAGTCCCACCGCAAGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGTCTTCTGAAGTCTTAGAGGACACTTTGGATGATGGTCCAAGTGTGGAGACATCTGATTCACAAGTTGAAGAAGATGTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGT consensus/100% ...............................................................................s consensus/90% ...............................................................................s consensus/80% Asss.ssTGssssssssGususCssssssGAsusss......sTussussssssssussssssAuGsssssssssssssu consensus/70% Asss.ssTGssssssssGususCssssssGAsusss......sTussussssssssussssssAuGsssssssssssssu cov pid 4401 . . . . : . . . 4480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGA---AGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAAC------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GAGATTGAGCCAGAACCAGAACCTACACCTGAAGAACCAGTTAATCAGTTTACTGGTTATTTAAAAC------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGA---AACTTCCGTCTGCACCTCAGACTATCCAGCCCGAGGTAAAAGAAGTTGCACCTGTCTATGAGGCTGATACC-- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAAATGTCGGATTTTGTTGATCTTGAATCTGTGATTCAGGATTATGAAAATGTTTGTTTTGAGTTTTATACTACAGAG-- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATGACGATGAAGATGTTGTTACTGGTGACAATAACGATGAAGAGAT consensus/100% GssA...sssssssssssGssssTsssssTussss...sGssssssussssusTsssssTsssssss............. consensus/90% GssA...sssssssssssGssssTsssssTussss...sGssssssussssusTsssssTsssssss............. consensus/80% GAuAsssAussTssusssGssssTssusCTussuAssssGssuAsuAsssTusTusTssTssssAss............. consensus/70% GAuAsssAussTssusssGssssTssusCTussuAssssGssuAsuAsssTusTusTssTssssAss............. cov pid 4481 . 5 . . . . : . 4560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTACTGGTGACAATGATGACCAAATTGTTGTTACTGGTGATGATGTAGATGATATTGAAAGTATTTATGACTTTGATA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 4561 . . . 6 . . . . 4640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -----------------------------------------------------------------------------CCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTTATAAAGCTCTTTTAGTTTTTAATGATGTCTATAATGATGCTTTGTTTGTTAGTTATGGTTCTAGTGTTGAAACAGAA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 4641 : . . . . 7 . . 4720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAATTTGTTAAAGTTTTGGGTCTGTATGTGCCTAAAGCAACTCGCAACAATTGCTGGTTGCGATCAGTTTTGGCAGTGAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACATATTTTAAAGTTAATGGTTTATGGTCACCTACTATTACACATACTAATTGTTGGTTGCGTTCTGTGTTACTTGTAAT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 4721 . . : . . . . 8 4800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCAGAAATTGCCCTGTCAATTTAAAGATAAAAATTTGCAGGATCTTTGGGTGTTATACAAGCAACAGTATAGTCAGTTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCAGAAATTACCTTTTAAGTTTAAGGATTTAGCTATTGAAAATATGTGGTTATCTTATAAGGTGGGTTATAATCAAAGTT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 4801 . . . . : . . . 4880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGTTGATACCTTGGTTAATAAGATACCTGCTAATATTGTACTTCCACAAGGTGGTTATGTTGCTGATTTTGCATATTGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGTTGATTATTTACTGACCACTATTCCTAAAGCTATTGTTTTGCCTCAAGGTGGTTTTGTAGCTGATTTTGCTTATTGG consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 4881 . 9 . . . . : . 4960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTTTAACCTTATGTGATTGGCAGTGTGTTGCATACTGGAAATGCATTAAATGTGATTTAGCTCTTAAGCTTAAAGGCTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTTAAACCAGTTTGATATTAATGCGTATGCTAATTGGTGTTGTTTAAAATGTGGTTTTTCTTTTGATTTAAATGGTTT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 4961 . . . 0 . . . . 5040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGATGCTATGTTCTTTTATGGTGATGTTGTTTCACATATATGCAAGTGTGGTGAGTCTATGGTACTTATTGATGTTGATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGATGCTTTGTTTTTTTATGGAGATATTGTGTCTCATGTTTGTAAGTGTGGACATAATATGACTCTAATAGCAGCGGACT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 5041 : . . . . 1 . . 5120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGCCATTTACAGCCCACTTTGCTCTTAAAGATAAGTTGTTTTGTGCATTTATTACTAAGCGTATTGTGTATAAAGCAGCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACCTTGTACATTACATTTTTCATTATTTGATGACAATTTTTGTGCTTTTTGCACCCCTAAAAAAATTTTTATTGCTGCA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 5121 . . : . . . . 2 5200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTGTTGTGGATGTTAATGATAGTCATTCTATGGCTGTTGTTGATGGTAAACAAATTGATGATCATCGTATCACTAGTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTGCTGTGGATGTAAACGTTTGTCATTCTGTAGCTGTTATAGGTGATGAACAAATAGATGGTAAGTTTGTTACTAAATT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 5201 . . . . : . . . 5280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ----GAACAGACACAGAATGTTACTGTTAAACCTAAGAGGTTACGCAAAAAGCGTAATGTTGACCCTTTGTCCAATTTTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TACTAGTGATAAGTTTGATTTTATTATTGGGCATGGTATGTCATTTTCAATGACTACTTTTGAA---ATTGCCCAATTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGTGGTGATAAATTTGATTTTATAGTAGGTTATGGAATGTCATTTAGTATGTCTTCTTTTGAG---TTACCTCAATTGT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 5281 . 3 . . . . : . 5360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ------------TTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ------------TTACTGACAATGTTGCCATTAAATGTGTTGACATCGTTAAGGAGGCACAAAGTGCTAATCCTATGGTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AACATAAGGTTATTACAGAGTGCGTTACCATAGTTTTAGGTGACGCAATTCAAGTAGCCAAGTGCTATGGGGAGTCTGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGTTCTTGTATAACACCTAATGTGTGTTTTGTTAAAGGTGATATAATTAAAGTATCTAAGCTTGTTAAAGCAGAAGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGGTTTGTGTATAACACCTAATGTATGTTTTGTTAAAGGTGATATTATAAATGTTGCTAGACTTGTTAAAGCTGATGTT consensus/100% ............TsACsssssusGTsssssTsusssssGssGAsussuTssAsGsssCssuussssssuusssssssGTs consensus/90% ............TsACsssssusGTsssssTsusssssGssGAsussuTssAsGsssCssuussssssuusssssssGTs consensus/80% ............TsACssssAATGTsssssTTusssusGsTGAsATsuTsuAuGsuGCsAAusssGsTAAusCsussGTs consensus/70% ............TsACssssAATGTsssssTTusssusGsTGAsATsuTsuAuGsuGCsAAusssGsTAAusCsussGTs cov pid 5361 . . . 4 . . . . 5440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATTGTAAATGCTGCTAACATACACCTGAAACATGGTGGTGGTGTAGCAGGTGCACTCAACAAGGCAACCAATGGTGCCAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTAGTTAATGCTGCTAACACACATCTTAAGCATGGCGGTGGTATCGCTGGTGCTATTAATGCGGCTTCAAAAGGGGCTGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTGTAAACCCTGCTAATGGCCATATGGCACATGGTGGTGGTGTTGCAAAAGCTATTGCAGTAGCAGCTGGACAGCAGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTGTTAATCCTGCTAATGGGCATATGCTCCATGGTGGTGGAGTTGCAAAAGCTATAGCTGTAGCTGCAGGTAAAAAATT consensus/100% sTsGTsAAssCsGCsAAsusssAssTssssCATGGsGGsGGsuTsGCsuusGCssTsussusuGCssCsuussusssssT consensus/90% sTsGTsAAssCsGCsAAsusssAssTssssCATGGsGGsGGsuTsGCsuusGCssTsussusuGCssCsuussusssssT consensus/80% uTTGTsAATsCTGCTAAsussCAssTsusuCATGGsGGTGGTGTsGCAuusGCssTsussusuGCsuCsuusuususssT consensus/70% uTTGTsAATsCTGCTAAsussCAssTsusuCATGGsGGTGGTGTsGCAuusGCssTsussusuGCsuCsuusuususssT cov pid 5441 : . . . . 5 . . 5520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCAAAAGGAGAGTGATGATTACATTAAGCTAAATGGCCCTCTTACAGTAGGAGGGTCTTGTTTGCTTTCTGGACATAATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCAAAAAGAGTCAGATGAGTATATTCTGGCTAAAGGGCCGTTACAAGTAGGAGATTCAGTTCTCTTGCAAGGCCATTCTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTAAAGAGACTACCGATATGGTTAAGTCTAAAGGAGTTTGTGCTACTGGAGATTGTTATGTCTCTACAGGGGGCAAAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTCTAAAGAAACTGCTGCTATGGTTAAATCTAAAGGTGTTTGCCAAGTAGGAGATTGTTATGTTTCTACCGGTGGTAAAT consensus/100% ssssussGAusssussGsssssuTsssssssAAsGGssssssssssussGGsGussssssTsTsssssssGGssusssss consensus/90% ssssussGAusssussGsssssuTsssssssAAsGGssssssssssussGGsGussssssTsTsssssssGGssusssss consensus/80% ssssAAuGAusCTGsTGATsssuTTususCTAAsGGsssssssssAGTuGGAGuTTsTTuTsTsTsssssGGssusAAss consensus/70% ssssAAuGAusCTGsTGATsssuTTususCTAAsGGsssssssssAGTuGGAGuTTsTTuTsTsTsssssGGssusAAss cov pid 5521 . . : . . . . 6 5600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTA------ACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGCTAAGAAGTGTCTGCATGTTGTTGGACCTAACCTAA------ATGCAGGTGAGGACATCCAGCTTCTTAAGGCAGCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAGCTAAGAATATCCTGCATGTCGTAGGCCCAGATGCCC------GCGCTAAACAGGATGTTTCTCTCCTTAGTAAGTGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATGTAAAACTGTGCTTAATGTTGTTGGACCTGATGCGAGAACACAGGGTAAACAAAGTTATGTATTGTTAGAGCGTGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATGTAAAACAATTCTTAATATTGTAGGCCCTGATGCTAGACAAGATGGAAGACAATCTTATGTTTTGTTAGCACGTGCT consensus/100% TsssTAAussssssCTssATuTsGTsGGsCCsuAsssss......usussuussAussssssssssTssTsussssssss consensus/90% TsssTAAussssssCTssATuTsGTsGGsCCsuAsssss......usussuussAussssssssssTssTsussssssss consensus/80% TsssTAAuAsssssCTssATGTTGTsGGsCCsuATGssA......AsGssuussAuuusssTssssTssTsuuususGss consensus/70% TsssTAAuAsssssCTssATGTTGTsGGsCCsuATGssA......AsGssuussAuuusssTssssTssTsuuususGss cov pid 5601 . . . . : . . . 5680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TATGAAAATTTCAATTCACAGGACATCTTACTTGCACCATTGTTGTCAGCAGGCATATTTGGTGCTAAACCACTTCAGTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATAAGGCTATGAATGCATATCCTCTTGTAGTCACTCCTCTTGTTTCAGCAGGCATATTTGGTGTAAAACCAGCTGTGTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATAAACATCTTAACAACTATGACTGTGTTGTTACAACTTTGATCTCAGCTGGTATATTTAGTGTGCCTTCTGATGTGTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATAAGCATCTTAATAATTATGATTGTTGTTTGTCTACTCTCATATCGGCTGGTATATTTAGTGTTCCTGCTGATGTGTC consensus/100% TATuAussTsTsAAsssssAsssssssssssTssCssCssTssTsTCuGCsGGsATsTTTuGTGssssssCsssssssTC consensus/90% TATuAussTsTsAAsssssAsssssssssssTssCssCssTssTsTCuGCsGGsATsTTTuGTGssssssCsssssssTC consensus/80% TATuAusATsTsAATssssAsGAsssTsTssTsuCssCssTssTsTCAGCsGGsATATTTuGTGssssssCsusTssGTC consensus/70% TATuAusATsTsAATssssAsGAsssTsTssTsuCssCssTssTsTCAGCsGGsATATTTuGTGssssssCsusTssGTC cov pid 5681 . 7 . . . . : . 5760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTACAAGTGTGCGTGCAGACGGTTCGTACACAGGTTTATATTGCAGTCAATGACAAAGCTCTTTATGAGCAGGTTGTCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTTGATTATCTTATTAGGGAGGCTAAGACTAGAGTTTTAGTCGTCGTTAATTCCCAAGATGTCTATAAGAGTCTTACCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTAACATATCTACTTGGTACTGCTAAGAAACAAGTTGTTCTTGTTAGCAATAATCAAGA-------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTAACTTACCTTCTAGGTGTTGTTGATAAACAAGTTATCCTTGTTAGTAATAATAAAGA-------------------- consensus/100% sTTsssssssssssTssusussGsTsusAsssusGTsssssTsGssussssTssssAAus.................... consensus/90% sTTsssssssssssTssusussGsTsusAsssusGTsssssTsGssussssTssssAAus.................... consensus/80% TTTAusssssssssTsuusussGsTsusAsAsAuGTTssssTsGssussAATuAssAAGA.................... consensus/70% TTTAusssssssssTsuusussGsTsusAsAsAuGTTssssTsGssussAATuAssAAGA.................... cov pid 5761 . . . 8 . . . . 5840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGGATTATCTTGATAACCTGAAGCCTAGAGTGGAAGCACCTAAACAAGAGGAGCCACCAAACACAGAAGAT------TCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAGTTGACATTCCACAGAGTTTGACTTTTTCATATGATGGGTTACGTGGCGCAATACGTAAAGCTAAAGAT--------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 5841 : . . . . 9 . . 5920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAAACTGAGGAGAAATCTGTCGTACAGAAGCCTGTCGATGTGAAGCCAAAAATTAAGGCCTGCATTGATGAGGTTACCAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 5921 . . : . . . . 0 6000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACACTGGAAGAAACTAAGTTTCTTACCAATAAGTTACTCTTGTTTGCTGATATCAATGGTAAGCTTTACCATGATTCTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------TATGGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 6001 . . . . : . . . 6080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGAACATGCTTAGAGGTGAAGATATGTCTTTCCTTGAGAAGGATGCACCTTACATGGTAGGTGATGTTATCACTAGTGGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTACTGTTTTTGTGTGCACAGACAACTCTGCTAACACTAAAGTTCTTAGGAACAAGGGTGTTGATTATACTAAGAAGTTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------GGATTTTGATCTTATTTCTAAGTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------AGATTTTGATATTATTCAAAAATGT consensus/100% .......................................................uGssssTGATssTusssssuusssT consensus/90% .......................................................uGssssTGATssTusssssuusssT consensus/80% .......................................................uGssssTGATsTTATTsssAAusGT consensus/70% .......................................................uGssssTGATsTTATTsssAAusGT cov pid 6081 . 1 . . . . : . 6160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GATATCACTTGTGTTGTAATACCCTCCAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAGATGCTCTCAAGAGCTTTGAAGAAAGTGCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTTACAGTTG---------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGATAACTGCTGTTGAGGGCACTAAGAAATTGGCAGCGCGTCTTTCTTTTAATGTTGGACGTTCCATTGTTTACGAAAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAAATTACTTCAGTTGTTGGTACTAAAGCATTGGCTGTTAGATTAACTGCTAATGTAGGCCGTGTTATTAAATTTGAGAC consensus/100% ssssssusTs...................................................................... consensus/90% ssssssusTs...................................................................... consensus/80% sssATsACTsssGTsGssusssCssssusAssGGCsGsssGsssssCTsssAsssTsssssusssssTsusssssGsusC consensus/70% sssATsACTsssGTsGssusssCssssusAssGGCsGsssGsssssCTsssAsssTsssssusssssTsusssssGsusC cov pid 6161 . . . 2 . . . . 6240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACAGACAATTA------TATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGTTGATGAGTA------TATAACCACGTACCCTGGACAAGGATGTGCTGGTTATACACTTGAGGAAGCTAAGACTGCTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGATGCTAATAAGTTGATTTTAATCAATGACGTTGCATTTGTTTCGACATTTAATGTTTTACAGGATGTTTTATCCTTAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGATGCATACAAACTTTTTTTGAGTGGTGATGATTGTTTTGTTTCAAATTCTTCTGTTATACAAGAAGTTTTATTGCTTC consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% AussGsssAssA......TsTuAssusssAssssssssssGssTssussssTsssusssTssAuGAsGssssusssssss consensus/70% AussGsssAssA......TsTuAssusssAssssssssssGssTssussssTsssusssTssAuGAsGssssusssssss cov pid 6241 : . . . . 3 . . 6320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTAAGAAATGCAAATCTGCATTTTATGTACTACCTTCAGAAGCACCTAATGCTAAGGAAGAGATTCTAGGAACTGTATCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GACATGATATAGCACTTGATGATGATGCACGAACCTTCGTTCAGAGCAATGTTGA---------TGTTGTACCTGAGGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTCATGATATACAATTGAATAATGACGTTCGTGATTATTTGTTGTCTAAGATGAC---------TAGTCTTCCTAAAGAT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% sssAsuAssssssAsssussssTsAsussCsssssTsssssssssssAAsussus.........TsssssssCTusssss consensus/70% sssAsuAssssssAsssussssTsAsussCsssssTsssssssssssAAsussus.........TsssssssCTusssss cov pid 6321 . . : . . . . 4 6400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGGAATTTGAGAGAAATGCTTGCTCATGCTGAAGAGACAAGAAAATTAATGCCTATATGCATGGATGTTAGAGCCATAAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGGCGTGTTGTCAATAAGTTTTATCAAATTAATGGTGTTAGAACCGTTAAGTAT---TTTGAGTGTACTGGAGGCATAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGGCGTCTTATCAATAAATTTGATGTTATTAACGGTGTTAAAACTGTTAAGTAT---TTTGAGTGTCCTAATTCTATTTA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% TGGsuTsTssssuAsAsusTTssssssussuAsGususssusAsssTsAsGssT...TssusGsusssTuussssATsss consensus/70% TGGsuTsTssssuAsAsusTTssssssussuAsGususssusAsssTsAsGssT...TssusGsusssTuussssATsss cov pid 6401 . . . . : . . . 6480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGCAACCATCCAACGTAAGTATAAAGGAATTAAAATTCAAGAGGGCATCGTTGACTATGGTGTCCGATTCTTCTTTTATA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% --------------------------------------------------------ACGGTGTGCAATATTATTGCTACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATATGCAGCCAGGATAAAGTTT---------------------------------TTGGTTATGTACAGCAGGGTATTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATATGTAGTCAGGGTAAAGACT---------------------------------TTGGTTATGTATGTGATGGTTCTT consensus/100% ........................................................ssGGTsssssAsssssssssssss consensus/90% ........................................................ssGGTsssssAsssssssssssss consensus/80% sssAsssAssCAusuTAAussss.................................sTGGTsssssATsssAsssTTsss consensus/70% sssAsssAssCAusuTAAussss.................................sTGGTsssssATsssAsssTTsss cov pid 6481 . 5 . . . . : . 6560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTAGTAAAGAGCCTGTAGCTTCTATTATTACGAAGCTGAACTCTCTAAATGAGCCGCTTGTCACAATGCCAATTGGTTAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CGTCTAAGGACACTTTAGATGATATCTTACAACAGGCTAA---TAAGTCTGTTGGTATTATATCTATGCCTTTGGGATAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTAATAAGGCTACTGTTGCTCAAATTAAAGCCTTGTTTTT---------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTATAAAGCAACTGTTAATCAAGTTTGTGTTTTATTAGC---------------------------------------- consensus/100% ssssTAAuusssCTsTsussssssTsssssssssusssss........................................ consensus/90% ssssTAAuusssCTsTsussssssTsssssssssusssss........................................ consensus/80% sssuTAAuGssACTGTsGsTsssuTTsssussssusTsus........................................ consensus/70% sssuTAAuGssACTGTsGsTsssuTTsssussssusTsus........................................ cov pid 6561 . . . 6 . . . . 6640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGACACATGGTTTTAATCTTGAAGAGGCTGCGCGCTGTATGCGTTCTCTTAAAGCTCCTGCCGTAGTGTCAGTATCATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGTCTCATGGTTTAGACTTAATGCAAGCAGGGAGTGTCGTGCGTAGAGTTAACGTGCCCTACG-----TGTGTCTCCTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 6641 : . . . . 7 . . 6720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACCAGATGCTGTTACTACATATAATGGATACCTCACTTCGTCATCAAAGACATCTGAGGAGCACTTTGTAGAAACAGTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTAATAAAGAGCAAGAAGCTATTTTGATGTCTGAAGACGTTAAGTTAAAC-CCTTCAGAAGATTTTATAAAGCACGTCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 6721 . . : . . . . 8 6800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAAT---------------TT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTTTGGCTGGCTCTTACAGAGATTGGTCCTATTCAGGACAGCGTACAGAGTTAGGTGTTGAAT---------------TT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCACTAATGGTGGTTACAATTCTTGG---CATTTAGTCGAGGGTGAACTATTGGTGCAAGACTTACGCTTAAATAAGCTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 6801 . . . . : . . . 6880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTA---GTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTTAAGCGTGGTGACAAAATTGTGTACCACACTCTGGAGAGCCCCGTCGAGTTTCATCTTGACGGTGAGGTTCTTTCACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTGCATTGGTCTGATCAAACCATATGCTACAAGG---ATAGTGTGTTTTATGTTGTAAAGAATAGTACAGCTTTTCCATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 6881 . 9 . . . . : . 6960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTACA---------------ACAGTAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGACAAACTAAAGAGTCTCTTATCCCTGCGGGAGGTTAAGACTATAAAAGTGTTCACA---------------ACTGTGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGAAACACTTTCAGCATGTCGTGCGTATTTGGATTCACGCACGACACAGCAGTTAACAATCGAAGTCTTAGTGACTGTCG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ---------------------------------------------------GGATAAAGTGGACATCTTGCTAACTGTTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---------------------------------------------------TAAGAAGATAGATGTTTTGCTTACTGTAG consensus/100% ...................................................ssssAsu...............ACsGTsG consensus/90% ...................................................ssssAsu...............ACsGTsG consensus/80% ...................................................GsssAsA...............ACTGTsG consensus/70% ...................................................GsssAsA...............ACTGTsG cov pid 6961 . . . 0 . . . . 7040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACAACACTAATCTCCACACACAGCTTGTGGATATGTCTATGACATATGGACAGCAGTTTGGTCCAACATACTTGGATGGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGGTGTAAATTTTAGAACAGTCGTTCTAAATAATAAGAACACTTATAGATCACAGCTTGGATGCGTTTTCTTTAATGGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGTGTTAATTTCACTAATAGGTTTGTGCCTGTTGGTGAAAGTTTTGGTAAGAGTCTAGGAAATGTGTTTTGTGATGGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGGTGTTAATTTTAAATCTATTTCTCTTACTGTAGGTGAAGTTTTTGGTAAAATACTTGGTAATGTTTTCTGTGATGGC consensus/100% AsuusussAAssTssssssssssssTsTssssusssssussussTsTuGsssussssTsGGssssussTssTssuATGGs consensus/90% AsuusussAAssTssssssssssssTsTssssusssssussussTsTuGsssussssTsGGssssussTssTssuATGGs consensus/80% AsuusuTTAATsTssusACsssssTTsTuusTuTssssusuAssTsTGGssAusuusTTGGssssussTssTssGATGGs consensus/70% AsuusuTTAATsTssusACsssssTTsTuusTuTssssusuAssTsTGGssAusuusTTGGssssussTssTssGATGGs cov pid 7041 : . . . . 1 . . 7120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTGATGTTACAAAAATTAAACCTCATGTAAATCATGAGGGTAAGACTTTCTTTGTACTACCTAGTGATGACACACTACG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTGATATTTCTGACACCATTCCTGATGAGAAACAGAATGGTCACAGTTTATATCTAGCAGACAATTTGACTGCTGATGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTAATGTCACGAAGCATAAGTGTGATATAAATTATAAAGGTAAAGTCTTTTTCCAGTTTGATAATCTTTCTAGTGAAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTGATGTTACTAAGTTAAAGTGTAGTGATTTTTATGCCGATAAAATTTTATATCAGTATGAAAATTTGTCTTTAGCTGA consensus/100% usTuATuTssCsuAssssAssssTsuTussssssAsussGuTsAsussTTsTsssssssssssAuTsssssssssssssu consensus/90% usTuATuTssCsuAssssAssssTsuTussssssAsussGuTsAsussTTsTsssssssssssAuTsssssssssssssu consensus/80% GsTGATGTTACsAAusssAAussTsATussssssATuAsGGTAAuAssTTsTsTssussssssAATssssssussssssu consensus/70% GsTGATGTTACsAAusssAAussTsATussssssATuAsGGTAAuAssTTsTsTssussssssAATssssssussssssu cov pid 7121 . . : . . . . 2 7200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTTGAGGCTTTT---GAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTAGGTACATGTCAGCATTAAATCACACTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAGTGAAGCTTTC---GAGTACTACCATACTCTTGATGAGAGTTTTCTTGGTAGGTACATGTCTGCTTTAAACCACACAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AACAAAGGCGCTTAAAGAGTTATATGGCCCCGTTGATCCTACTTTCTTACACAGATTCTATTCACTTAAGGCTGCAGTCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTAAAGGCTGTAAGAAGTTCCTTTAATTTTGATCAGAAGGAATTGCTTGCCTATTACAACATGCTTGTTAATTGTTTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATTTCTGCTGTACAAAGTTCATTTGGGTTTGATCAGCAACAATTGCTTGCTTATTATAAT---TTTTTAACAGTATGTA consensus/100% sssssssGCssTs...uusTssTsssussssssTsAsssssssTTssTsssssusTsssss...ssssssusssssssss consensus/90% sssssssGCssTs...uusTssTsssussssssTsAsssssssTTssTsssssusTsssss...ssssssusssssssss consensus/80% TussuAuGCTsTs...uusTssTsssussssusTsAssssuusTTsCTsGsssusTACAsssssssTsTuAssssssssA consensus/70% TussuAuGCTsTs...uusTssTsssussssusTsAssssuusTTsCTsGsssusTACAsssssssTsTuAssssssssA cov pid 7201 . . . . : . . . 7280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAACTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATCTTGCCACTGCATTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGAAATGGAAATTTCCTCAAGTTGGTGGTTTAACTTCAATTAAATGGGCTGATAACAATTGTTATTTGTCTAGTGTTTTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGGGTGGAAGATGGTTGTGTGTGATAAGGTACGTTCTCTCAAATTGAGTGATAATAATTGTTATCTTAATGCAGTTATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% A---GTGGCAGGTTGTTGTTAATGGTAAGTATTTCACTTTTAAGCAAGCTAATAACAATTGTTTTGTTAATGTTTCTTGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% A---ATGGTCTGTAGTTGTTAACGGTCCATTTTTTTCTTTTGAACAGTCTCATAATAATTGTTATGTGAATGTAGCTTGT consensus/100% A...uTGGsssssssssssssssuuTssssssssssCssTsuAussussssATAAsAAsTGTTsTsTssssussssssss consensus/90% A...uTGGsssssssssssssssuuTssssssssssCssTsuAussussssATAAsAAsTGTTsTsTssssussssssss consensus/80% A...uTGGsAusTsssTsssusTGuTuusTTsssTTCTsTTAAAsuGuCTuATAAsAATTGTTATsTsusTussGsTTss consensus/70% A...uTGGsAusTsssTsssusTGuTuusTTsssTTCTsTTAAAsuGuCTuATAAsAATTGTTATsTsusTussGsTTss cov pid 7281 . 3 . . . . : . 7360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTAACACTCCA---ACAAATAGAGTTGAAGTTTAATCCACCTGCTCTACAAGATGCTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTAGCACTTCA---ACAGCTTGAAGTCAAATTCAATGCACCAGCACTTCAAGAGGCTTATTATAGAGCCCGTGCTGGTGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGACACTTGATTTATTGAAGGACATTAAATTTGTTATACCTGCTCTACAGCATGCATTTATGAAACATAAGGGCGGTGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTAATGCTCCA---GAGTTTGCATCTGACATTTAAAATTGTTCAATGGCAAGAGGCATGGCTTGAATTTCGTTCTGGCCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTTATGTTGCA---GCATATTAATCTTAAATTTAATAAATGGCAGTGGCAGGAAGCATGGTATGAATTTCGTGCTGGCAG consensus/100% sTsususTssA...usssssssAssTsAsuTTsussssssssssssssCAusAsGCsTsssssuuAssssussssGGssu consensus/90% sTsususTssA...usssssssAssTsAsuTTsussssssssssssssCAusAsGCsTsssssuuAssssussssGGssu consensus/80% sTuAsuCTsCA...usussTsuAssTsAAATTTAATusAssssssssuCAuGAsGCsTussssuuAssssGsGCTGGsuu consensus/70% sTuAsuCTsCA...usussTsuAssTsAAATTTAATusAssssssssuCAuGAsGCsTussssuuAssssGsGCTGGsuu cov pid 7361 . . . 4 . . . . 7440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGCTGCTAACTTTTGTGCACTTATCTTAGCCTACTGTAATAAGACAGTAGGTGAGTTAGGTGATGTTAGAGAAACAATGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCTGCTAACTTTTGTGCACTCATACTCGCTTACAGTAATAAAACTGTTGGCGAGCTTGGTGATGTCAGAGAAACTATGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCAACTGACTTCATAGCCCTCATTATGGCTTATGGCAATTGCACATTTGGTGCTCCAGATGATGCCTCTCGGTTACTTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CCCTGCTAGATTTGTAGCTTTGGTTTTGGCCAAAGGTGGGTTTAAATTTGGAGATCCTGCTGATTCTAGAGATTTCTTGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACCACATAGGTTAGTTGCTCTTGTTTTAGCTAAAGGTCATTTTAAATTTGATGAACCATCAGATGCTACTGATTTTATTC consensus/100% ssCsssTuusTTssssGCssTsuTssTsGCssAssGssussssAsssTsGusGssssssssGATsssssssusssssTss consensus/90% ssCsssTuusTTssssGCssTsuTssTsGCssAssGssussssAsssTsGusGssssssssGATsssssssusssssTss consensus/80% ssCsuCTAusTTssssGCsCTsuTssTuGCssAsuGTuATsssAsAsTTGGsGAsCssGsTGATGssAssGAsssssTss consensus/70% ssCsuCTAusTTssssGCsCTsuTssTuGCssAsuGTuATsssAsAsTTGGsGAsCssGsTGATGssAssGAsssssTss cov pid 7441 : . . . . 5 . . 7520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTACTTGTTTCAACATGCCAATTTA---GATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTGTAAAACTTGTGGACAACAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCCATCTTCTACAGCATGCTAATTTG---GAATCTGCAAAGCGAGTTCTTAATGTGGTGTGTAAACATTGTGGTCAGAAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATACCGTGCTTGCAAAGGCTGAGTTATGCTGTTCTGCACGCATGGTTTGGAGAGAGTGGTGCAATGTCTGTGGCATAAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTGTTGTGTTTAGTCAAGTTGATTTG---ACTGGGGCAATATGTGATTTTGAAATTGCATGTAAA---TGTGGTGTAAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTGTTGTTTTGAAACAAGCTGATTTA---TCAGGTGCAATTTGTGAATTAGAACTTATTTGTGAT---TGTGGTATTAAA consensus/100% ssssssTssTsssssAsGssuAsTTu...sssssssssssssssGsssssuusssssssTGsuAs...TGTGGsssssAu consensus/90% ssssssTssTsssssAsGssuAsTTu...sssssssssssssssGsssssuusssssssTGsuAs...TGTGGsssssAu consensus/80% uTssssTssTssuuCAsGCTuATTTu...sssssTGCAAsssGsGssTTsuAsuTsusuTGTAAs...TGTGGsssuAAu consensus/70% uTssssTssTssuuCAsGCTuATTTu...sssssTGCAAsssGsGssTTsuAsuTsusuTGTAAs...TGTGGsssuAAu cov pid 7521 . . : . . . . 6 7600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAGACAACCCTTAAGGGTGTAGAAGCTGTTATGTACATGGGCACACTTTCTTATGAACAATTTAAGAAAGGTGTTCAGAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTACTACCTTAACGGGTGTAGAAGCTGTGATGTATATGGGTACTCTATCTTATGATAATCTTAAGACAGGTGTTTCCAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GATGTTGTTCTACAAGGCTTAAAAGCTTGTTGTTACGTGGGTGTGCAAACTGTTGAAGATCTGCGTGCTCGCATGACATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGGAACAGCGTACTGGTCTGGACGCTGTTATGCATTTTGGTACATTGAGTCGTGAAGATCTTGAGATTGGTTATACCGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAAGAAAGTCGTGTTGGTGTTGATGCTGTTATGCATTTTGGTACATTAGCAAAGACTGATCTTTTTAATGGTTATAAGAT consensus/100% sssusssssssssssGGssTsuAsGCTsssssssAssTsGGsusssssssssssusssAssTssssusssGsssssssss consensus/90% sssusssssssssssGGssTsuAsGCTsssssssAssTsGGsusssssssssssusssAssTssssusssGsssssssss consensus/80% sAsussussCssussGGTsTuGAsGCTGTTATGsAssTsGGTACusTusCTsuTGAsuATCTTsusAssGGTssTsssuT consensus/70% sAsussussCssussGGTsTuGAsGCTGTTATGsAssTsGGTACusTusCTsuTGAsuATCTTsusAssGGTssTsssuT cov pid 7601 . . . . : . . . 7680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACCTTGTACGTGTGGTAAACAAGCTACAAAATATCTAGTACAACAGGAGTCACCTTTTGTTATGATGTCAGCACCACCTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCCATGTGTGTGTGGTCGTGATGCTACACAATATCTAGTACAACAAGAGTCTTCTTTTGTTATGATGTCTGCACCACCTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTATGCCAGTGTGGTGGTGAACGTCATCGGCAATTAGTCGAACACACCACCCCCTGGTTGCTGCTCTCAGGCACACCAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGACTGTTCTTGCGGTAAAAAGCTAATTCATTGTGTACGATTTGATGTACCATTTTTAATTTGCAGTAATACACCTGCTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGGCTGTAATTGTGCAGGTAGAATTGTCCATTGTACTAAATTGAATGTACCATTTTTGATTTGTTCTAATACTCCTCTGA consensus/100% ssssTGssssTGsGsssussussssssssussusssssssssssAsusssCssssTsssTssssssssssusssCssssu consensus/90% ssssTGssssTGsGsssussussssssssussusssssssssssAsusssCssssTsssTssssssssssusssCssssu consensus/80% ssssTGTsssTGTGGTuusuAussTussCAsTuTsTAusAssusAsGsusCsssTTTsuTTsssssssssuCsCCsCCsu consensus/70% ssssTGTsssTGTGGTuusuAussTussCAsTuTsTAusAssusAsGsusCsssTTTsuTTsssssssssuCsCCsCCsu cov pid 7681 . 7 . . . . : . 7760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTCAGTA-----TGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGTGAGTACA---CTGGTAATTACCAGTG----TGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTGAGTA-----TAAATTACAGCAAGGTACATTCTTATGTGCGAATGAGTACA---CTGGTAACTATCAGTG----TGGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGAAAAATTGGTGACAACCTCCACGGCGCCTGATTTTGTAGCATTTAATGTCTTTCAGGGCATTGAAACGGCTGTTGGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTGTAAA------------------ATTACCTAAGGGTGTAGGAAGTGCAAAT---ATTTTTATAGGTGATAAGGTTGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTAAGGA------------------TTTACCTGATGATGTTGTTGCAGCTAAC---ATGTTTATGGGTGTAGGTGTAGGC consensus/100% sTssusA..................sssuCsTsssssTGTsssssssussuss...ssssssAssussussu....sGGs consensus/90% sTssusA..................sssuCsTsssssTGTsssssssussuss...ssssssAssussussu....sGGs consensus/80% sTuAusA..................usTACsTsssssTGTussAussusTAss...sTGsTsATsussussG....TGGs consensus/70% sTuAusA..................usTACsTsssssTGTussAussusTAss...sTGsTsATsussussG....TGGs cov pid 7761 . . . 8 . . . . 7840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CACTATAAACATATAACTTCTAAAGAAACTTTGTATTGCA---TAGACGGTGCTTTACTTACAAAGTCCTCAGAATACAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATTACACTCATATAACTGCTAAGGAGACCCTCTATCGTA---TTGACGGAGCTCACCTTACAAAGATGTCAGAGTACAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CATTATGTTCATGCTCGCCTGAAGGGTGGTCTTATTTTAAAGTTTGACTCTGGCACCGTTAGCAAGACTTCAGACTGGAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CATTATGTTCATGTTAAGTGTGAACAATCTTATCAGCTTT---ATGATGCTTCTAATGTTAAGAAGGTTACAGATGTTAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CATTATACACATTTGAAATGTGGTTCACCTTACCAACATT---ATGATGCTTGTAGTGTTAAAAAATATACAGGTGTTAG consensus/100% CAsTAsussCATsssssssssuusssssssssssssssss...ssGAsssssssssssTTAssAAussssCAGussssAs consensus/90% CAsTAsussCATsssssssssuusssssssssssssssss...ssGAsssssssssssTTAssAAussssCAGussssAs consensus/80% CATTATussCATuTsAssssTuAusuusCTssssAsssss...sTGAsGsTssTssssTTAsuAAGssssCAGAssssAu consensus/70% CATTATussCATuTsAssssTuAusuusCTssssAsssss...sTGAsGsTssTssssTTAsuAAGssssCAGAssssAu cov pid 7841 : . . . . 9 . . 7920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGGTCCTATTACGGATGTTTTCTACAAAGAAAA---CAGTTACACAACAACCATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGGACCAGTGACTGATGTTTTCTACAAGGAAAC---ATCTTACACTACAACCATCAAGCCTGTGTCGTATAAACTCGATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGCAAGGTGACAGATGTACTTTTCCCCGGCCA---AAAATACAGTAGCGATTGTAATGTCGTACGGTATTCTTTGGACG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGGCAAGTTGTCAGATTGTCTGTATCTTAAAAATTTGAAACAAACTTTTAAATCGGTGTTAACCACCTATTATTTGGATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGGTTGTTTAACTGACTGCTTGTATCTTAAAAATTTAACCCAGACTTTTACATCTATGTTGACTAATTATTTTTTGGATG consensus/100% ssGsssssTssCsGAsssssTsTsssssuusss...sssssAsAsssssusssssusssssusssssTATssssTsGAsG consensus/90% ssGsssssTssCsGAsssssTsTsssssuusss...sssssAsAsssssusssssusssssusssssTATssssTsGAsG consensus/80% sGGsssssTuACsGATssssTsTAssssuAAAA...uAsssAsACTsssAsssssAsusssusssssTATsssTTGGATG consensus/70% sGGsssssTuACsGATssssTsTAssssuAAAA...uAsssAsACTsssAsssssAsusssusssssTATsssTTGGATG cov pid 7921 . . : . . . . 0 8000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTGTTGTTTGTACAGAAATTGACCCTAAGTTGGACAATTATTATAAGAAAGACAATTCTTATTTCACA---GAGCAACCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GAGTTACTTACACAGAGATTGAACCAAAATTGGATGGGTATTATAAAAAGGATAATGCTTACTATACA---GAGCAGCCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTAATTTCAGAACAGAGGTTGATCCCGACCTATCTGCTTTCTATGTTAAGGATGGTAAATACTTTACAAGTGAACCACCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGTTAAGAAAATTGAGTATAAACCTGACTTGTCACAATATTATTGTGACGGAGGTAAGTATTATACT------CAGCGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGTTGAAATGGTTGCTTATAACCCTGATCTTTCACAATATTATTGTGATAATGGTAAGTATTATACA------AAACCT consensus/100% ususTssssssussGssssTuAsCCsuAssTsssssssTssTATsssuAsuusuuTsssTAsTssACs......ssuCss consensus/90% ususTssssssussGssssTuAsCCsuAssTsssssssTssTATsssuAsuusuuTsssTAsTssACs......ssuCss consensus/80% uTGTTusssusAssGAussTuAsCCsuAssTussssusTATTATsusuAsGAsuuTussTAsTsTACA......CAuCCs consensus/70% uTGTTusssusAssGAussTuAsCCsuAssTussssusTATTATsusuAsGAsuuTussTAsTsTACA......CAuCCs cov pid 8001 . . . . : . . . 8080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATTGATCTTGTACCAAACCAACCATATCC------AAACGCAAGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGTGATAATATCAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATAGACCTTGTACCAACTCAACCATTACC------AAATGCGAGTTTTGATAATTTCAAACTCACATGTTCTAACACAAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTAACATATTCACCAGCTACAATTTTAGC------TGGTAGTGTCTACACTAATAGCTGCCTTGTATCGTCTGATGGACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTATTAAAGCCCAATTTAAAACATTCGAGAAAGTAGATGGTGTGTATACTAATTTTAAATTGATAGGACACACCGTC-- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTATAAAGGCTCAGTTTAAACCATTTGCTAAAGTTGACGGTGTTTATACTAACTTTAAGTTAGTTGGACATGATATT-- consensus/100% uTsussssssssCsusssssAsssTssss......suusussussTssusTAAsssssussTsussssssssussuss.. consensus/90% uTsussssssssCsusssssAsssTssss......suusussussTssusTAAsssssussTsussssssssussuss.. consensus/80% ATsusssssGssCsAssTsAAsCATTssC......suAsGssussTssusTAATTTsAAusTsuTAsGsssTuAsuss.. consensus/70% ATsusssssGssCsAssTsAAsCATTssC......suAsGssussTssusTAATTTsAAusTsuTAsGsssTuAsuss.. cov pid 8081 . 1 . . . . : . 8160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATTTGCTGATGATTTAAACCAGTTAAC---------------------TGGTTATAAGAAACCTGCTTCAAGAGAGCTTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATTTGCTGATGATTTAAATCAAATGAC---------------------AGGCTTCACAAAGCCAGCTTCACGAGAGCTAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACCTGGCGGTGATGCTATTAGTTTGAGTTTTAATAACCTTTTAGGGTTTGATTCTAGTAAACCAGTCACTAAGAAATACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -TGTGACAGTCTTAATGCTAAGTTGGGTTTTGATAGCTCTAAAGAGTTTGTT---------------------GAATATA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -TGTGCTCAATTGAATGATAAGTTAGGTTTTAATGTAGATTTGCCGTTTGTT---------------------GAGTACA consensus/100% .ssTGsssusssssssusssussTuus.....................sGss.....................uAussss consensus/90% .ssTGsssusssssssusssussTuus.....................sGss.....................uAussss consensus/80% .TsTGssuuTssTsssusTsAuTTuus.....................TGsT.....................GAusssA consensus/70% .TsTGssuuTssTsssusTsAuTTuus.....................TGsT.....................GAusssA cov pid 8161 . . . 2 . . . . 8240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAGTTACATTTTTCCCTGACTTAAATGGTGATGTGGTGGCTATTGATTATAAACACTACACACCCTCTTTTAAGAAAGGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTGTCACATTCTTCCCAGACTTGAATGGCGATGTAGTGGCTATTGACTATAGACACTATTCAGCGAGTTTCAAGAAAGGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTTACTCCTTCTTGCCTAAAGAAGACGGCGATGTGTTGTTGGCTGAGTTTGACACTTATGACCCTATTTATAAGAATGGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGATTACTGAGTGGCCAACAGCTACAGGTGATGTGGTGTTGGCTACTGATGATTTGTATGTTAAGAGATATGAGAGGGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAGTAACAGTCTGGCCTGTAGCTACTGGTGATGTTGTTTTGGCATCTGATGATTTATATGTGAAACGTTATTTTAAAGGA consensus/100% ssssssCssssTssCCsusssssussGGsGATGTssTssssusssssssTuussssTAssssssssssTsssssAusGGs consensus/90% ssssssCssssTssCCsusssssussGGsGATGTssTssssusssssssTuussssTAssssssssssTsssssAusGGs consensus/80% ssuTsACssTsTssCCsusssssAssGGsGATGTuGTGsssusTusssATuAssssTATusssssssTTsTuAGAAuGGs consensus/70% ssuTsACssTsTssCCsusssssAssGGsGATGTuGTGsssusTusssATuAssssTATusssssssTTsTuAGAAuGGs cov pid 8241 : . . . . 3 . . 8320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTAAATTGTTACATAAACCTATTGTTTGGCATGTTAACAATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACCAAATACCTGGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTAAATTACTGCATAAGCCAATTGTTTGGCACATTAACCAGGCTACAACCAAGACAACGTTCAAACCAAACACTTGGTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCCATGTATAAAGGCAAACCAATTCTTTGGGTCAATAAAGCATCTTATGATACTAATCTTAATAAGTTCAATAGAGCTAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTATTACTTTTGGTAAACCTGTTATATGGTTAAGCCATGAGAAAGCTTCCCTCAATTCTTTAACATA------------ 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTGAAACTTTTGGTAAGCCTGTTATTTGGTTTTGTCATGATGAAGCATCATTGAATTCTCTTACTTA------------ consensus/100% sssusssssssssusAAuCCsuTTsTsTGGsssssssAssssssssssssssssussssssssAssss............ consensus/90% sssusssssssssusAAuCCsuTTsTsTGGsssssssAssssssssssssssssussssssssAssss............ consensus/80% ssTAsussssTssuTAAuCCsuTTuTTTGGsssusTsAsuAsussuCsssssssAsssCssssAsuss............ consensus/70% ssTAsussssTssuTAAuCCsuTTuTTTGGsssusTsAsuAsussuCsssssssAsssCssssAsuss............ cov pid 8321 . . : . . . . 4 8400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TATACGTTGTCTTTGGAGCACAAAACCAGTTGAAACATCAAATTCGTTTGATGTACTGAAGTCAGAGGACGCGCAGGGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTACGTTGTCTTTGGAGTACAAAGCCAGTAGATACTTCAAATTCATTTGAAGTTCTGGCAGTAGAAGACACACAAGGAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTGCGTCAAATTTTTGACGTAGCCCCCATTGAACTCGAAAATAAATTCACACCTTTGAGTGTGGAGTCTACACCAG--- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ------------TTTTAATAGACCTTCATTGGTTGATGATAATAAATTTGATGTTTTAAAAGTGGATGATGTTGACG--- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ------------TTTTAATAAACCTAGTTTTAAATCTGAAAATAGATATAGTGTTTTGTCTGTTGATTCTGTATCTG--- consensus/100% ............TTssuususAsssssssTsussssssssAATssuTssussssssTussssssGAssssusssssG... consensus/90% ............TTssuususAsssssssTsussssssssAATssuTssussssssTussssssGAssssusssssG... consensus/80% ............TTssAusAsAssssCssTsGAssssssAAATssATTTuusGTTsTGussGTuGAssssususssG... consensus/70% ............TTssAusAsAssssCssTsGAssssssAAATssATTTuusGTTsTGussGTuGAssssususssG... cov pid 8401 . . . . : . . . 8480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGGATAATCTTGCCTGCGAAGATCTAAAACCAGTCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGAAAGACGTTCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGGACAATCTTGCTTGTGAAAGTCAACAACCCACCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGAAGGAAGTCATA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ------------------------TTGAACCTCCAACTGTAGATGTGGTAGCACTTCAACAGGAAATGACAATTGTCAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ---------------ATGGTGGTGACAGCTCAGAGAGTGGTGCCAAAGAAACCAAAGAAATCAACATTA------TTAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---------------AGGAGTCACAAGGTAATGTGGTTACTTCTGTTATGGAATCGCAGATTAGTACTAAAGAGGTTAAG consensus/100% ........................sssusssssssssTusssssussusuusssssssssssusssssA......Tssss consensus/90% ........................sssusssssssssTusssssussusuusssssssssssusssssA......Tssss consensus/80% ...............usGusssssssuussCsussssTGssGssGTuGTuGsAsssCssAssAsssssAsuussGTsAsu consensus/70% ...............usGusssssssuussCsussssTGssGssGTuGTuGsAsssCssAssAsssssAsuussGTsAsu cov pid 8481 . 5 . . . . : . 8560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAGTGTAATGTGAAAACTACCG---AAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTAAAAATTACAGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GAGTGTGACGTGAAAACTACCG---AAGTTGTAGGCAATGTCATACTTAAACCATCAGATGAAGGTGTTAAAGTAACACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTAAGGGTTTAAATAAACCTT---TCGTGAAGGACAATGTCAGTTTCGTTGCTGATGATTCAGGTACTCCCGTTGTTGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTAAGTGGTGTTAAAAAACCATTTAAGGTTGAAGATAGTGTCATTGTTAATGATGATACTAGTGAAACCAAATATGTTAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTAAAGGGTGTTAGAAAGACTGTTAAAATAGAAGATGCTATTATTGTTAATGATGAAAATAGTTCTATTAAGGTTGTTAA consensus/100% ssssusuussTsAusAsssCss...ssuTsusuGusussuTsAsssTsussssssssusTsssssssssssssssusssA consensus/90% ssssusuussTsAusAsssCss...ssuTsusuGusussuTsAsssTsussssssssusTsssssssssssssssusssA consensus/80% ssususGuTGTsAAAAsssCss...AuGTsGsAGusuuTuTsATssTTAAssssGssuATuusuuTussAAuuTTussuA consensus/70% ssususGuTGTsAAAAsssCss...AuGTsGsAGusuuTuTsATssTTAAssssGssuATuusuuTussAAuuTTussuA cov pid 8561 . . . 6 . . . . 8640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATT-----CTAGTCTTACTATTAAGAAACCTAATGAATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGAGTTAGGTCATGAGGATCTTATGGCTGCTTATGTGGAAAACA-----CAAGCATTACCATTAAGAAACCTAATGAGCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTATCTGTCTAAAGAAGACCTACATACATTGTATGTAGACCCTAAGTATCAAGTCATTGTCTTAAAAGAC--AATGTACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAGTTTGTCTATTGTTGATGTGTATGATATGTGGCTTACAGGTT-----GTAAGTATGTTGTTAGAACTGCTAATGCTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAGTTTATCTTTAGTTGATGTTTGGGATATGTATTTGACAGGTT-----GTGATTATGTTGTTTGGGTTGCTAATGAATT consensus/100% usussTsssssssussGAssTssssusssssTussTsussssss.....ssuusssTssssTTsuuusss..AATGsssT consensus/90% usussTsssssssussGAssTssssusssssTussTsussssss.....ssuusssTssssTTsuuusss..AATGsssT consensus/80% uuussTussTsssGssGATsTssssGsTussTATsTuussuuTs.....ssAusssTusTuTTAuuAsssCTAATGsusT consensus/70% uuussTussTsssGssGATsTssssGsTussTATsTuussuuTs.....ssAusssTusTuTTAuuAsssCTAATGsusT cov pid 8641 : . . . . 7 . . 8720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTCATGGTTTAGCTGCTGTT-----------AATAGTGTCCCTTGGGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTCACTAGCCTTAGGTTTAAAAACAATTGCCACTCATGGTATTGCTGCAATT-----------AATAGTGTTCCTTGGAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCTTCTATGCTTAGATTGCACACCGTTGAGTCAGGTGATATTAACGTTGTTGCAGCTTCCGGATCTTTGACACGTAAAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAGCAGAGCAGTTAACGTACCTACAAT----------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTCACGCCTAGTTAAATCACCAACAGT----------------------------------------------------- consensus/100% sssssssssssTsuusssusssACssT..................................................... consensus/90% sssssssssssTsuusssusssACssT..................................................... consensus/80% sTCssssususTsuusTTusssACsuT..................................................... consensus/70% sTCssssususTsuusTTusssACsuT..................................................... cov pid 8721 . . : . . . . 8 8800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTTTTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAAC- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAAAATTTTGGCTTATGTCAAACCATTCTTAGGACAAGCAGCAATTACAACATCAAATTGCGCTAAGAGATTAGCACAA- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGAAGTTACTATTTAGGGC--TTCATTTTATTTCAAAGAATTTGCTACCCGCACTTTCACTGCTACCACTGCTGTAGGT- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ---------------------ACGTAAGTTTATAAAATTTGGTATGACTCTTGTTAGTATACCAATTGATTTGTTAAATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---------------------TAGGGAATATATACGATATGGTATTAAACCTATTACTATACCTATAGATTTGTTATGTT consensus/100% .....................ssssssssssssssuAssssssussAsssssssssssssssssAssssssssssAsus. consensus/90% .....................ssssssssssssssuAssssssussAsssssssssssssssssAssssssssssAsus. consensus/80% .....................sssssssTsTusssAAsssGsTAsTACssssusTAssAsssCTAssuusTsssTAsus. consensus/70% .....................sssssssTsTusssAAsssGsTAsTACssssusTAssAsssCTAssuusTsssTAsus. cov pid 8801 . . . . : . . . 8880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% --CGTGTTTGTACTAATTATATGCCTTATTT------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% --CGTGTGTTTAACAATTATATGCCTTATGT------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% --AGTTGTATAAAGAGTGTAGTGCGGCATCTAGGTGTTACTAAAGGCATATTGACAGGCTGTTTTAGTTTTGCCAAGATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAAGAGAGATTAAGCCTGCTGTTAATGTGGTTAAAGCTGTGCGAAATAAAATTTCTGTATGCTTTAATTTTATTAAATGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAAGAGATGATAATCAAACTCTTTTAGTTCCTAAAATTTTTAAAGCAAGAGCTATAGAATTTTATGGTTTTTTGAAGTGG consensus/100% ..sGsssssssAsssssssssTsssssssss................................................. consensus/90% ..sGsssssssAsssssssssTsssssssss................................................. consensus/80% ..sGsGssssTAAssuTssTuTssssssTsT................................................. consensus/70% ..sGsGssssTAAssuTssTuTssssssTsT................................................. cov pid 8881 . 9 . . . . : . 8960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ------------------CTTTACTTTATTGCTACAATTGT-----GTACTTTTACTAGAAGTACAAATTCTAGAATTAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ------------------GTTTACATTATTGTTCCAATTGT-----GTACTTTTACTAAAAGTACCAATTCTAGAATTAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTATTTATGCTTCCACTAGCTTACTTTAGTGATTCAAAACTCGGCACCACAGAGGTTAAAGTGAGTGCTTTGAAAACAGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTTTTTGTCTTATTATTTGGCTGGATTAAAATATCCGCTGA---------------------------------TAATAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGTTTATTTATGTTTTTAGTTTATTACATTTTACAAATGA---------------------------------TAAAAC consensus/100% ..................sssTsssTssssssssCsussss.................................sAssus consensus/90% ..................sssTsssTssssssssCsussss.................................sAssus consensus/80% ..................usTTussTTAsTusTsCAAsTGs.................................sAssAs consensus/70% ..................usTTussTTAsTusTsCAAsTGs.................................sAssAs cov pid 8961 . . . 0 . . . . 9040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGAATACTGTTAAGAGTGTCGGTAAATTTTGTCTAGAGGCTT---CATTTAATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGCTTCACTACCTACAACTATTGCTAAAAATAGTGTTAAGAGTGTTGCTAAATTATGTTTGGATGCCG---GCATTAATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CGGCGTTGTGACAGGTAATGTTGTAAAACAGTGTTGCACTGCTGCTGTTGATTTAAGTATGGATAAGTTGCGCCGTGTGG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGTAATCTACACCACAGAAATTGCATCAAAGCTTACGTGTAAGCTTGTAGCTTTAGCTTTTAAAAATG---CATTTTTGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CATTTTTTATACTACAGAAATAGCTTCTAAGTTTACTTTTAATTTGTTTTGTTTGGCTCTTAAAAATG---CTTTTCAGA consensus/100% susssssssssCsussussuTsGssssssAsssTssssssusssssssssssTTsssTsTsuAsusss...ssssTssss consensus/90% susssssssssCsussussuTsGssssssAsssTssssssusssssssssssTTsssTsTsuAsusss...ssssTssss consensus/80% sGsssssssssCsACsussATsGCsssuAAsssTusssssAuTsTsGsTuusTTussTsTsuAsusss...sssTTssss consensus/70% sGsssssssssCsACsussATsGCsssuAAsssTusssssAuTsTsGsTuusTTussTsTsuAsusss...sssTTssss cov pid 9041 : . . . . 1 . . 9120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATTTGAAGTCACCTAATTTTTCTAAACTGATAAATATTATAATTTGGTTTTTACTATTAAGTGTTTGCCTAGGTTCTTTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGTGAAGTCACCCAAATTTTCTAAATTGTTCACAATCGCTATGTGGCTATTGTTGTTAAGTATTTGCTTAGGTTCTCTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTGGAAATCAACCCTACGGTTGTTACTTATGTTATGCACAACTATGGTATTGTTGTCTTCTGTGTATCACTTGTATGTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CATTTAAGTGGAGTATGGTTGCTAGAGGTGCTTGCATTATAGCGACTATATTTCTATTGTGGTTTAATTTTATATATGCC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CATTTAGATGGAGTATATTTATAAAAGGTTTTCTTGTTGTAGCCACTGTGTTTTTGTTTTGGTTTAATTTTTTGTATATA consensus/100% sssssAuuTsussssssssssssssAssssssssssssussussssssTsTTssTuTssssssTssusssssssTsTsss consensus/90% sssssAuuTsussssssssssssssAssssssssssssussussssssTsTTssTuTssssssTssusssssssTsTsss consensus/80% ssTTsAAuTsusssAsusTTsssAuAssssTssssuTsusAussssssTuTTssTuTTssGssTTsussTssssTsTsTs consensus/70% ssTTsAAuTsusssAsusTTsssAuAssssTssssuTsusAussssssTuTTssTuTTssGssTTsussTssssTsTsTs cov pid 9121 . . : . . . . 2 9200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATCTACTCAACCGCTGCTTTAGGTGTTTTAAT------------------------------------------GTCTAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATCTGTGTAACTGCTGCTTTTGGTGTACTCTT------------------------------------------ATCTAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCAATCAGGTCTTATCAAGTGATGTTATGTTTGAAGATGCCCAAGGTTTGAAAAAGTTCTACAAAGAAGTTAGAGCTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% A------ATGTAATTTTTAGTGATTTTTATTT------------------------------------------GCCTAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% A------ATGTTATTTTTAGTGACTTTTATCT------------------------------------------TCCTAA consensus/100% s......ssusssssssssssGussTsssssT..........................................ssCTsA consensus/90% s......ssusssssssssssGussTsssssT..........................................ssCTsA consensus/80% A......ssussusTssTssTGuTsTTssssT..........................................usCTAA consensus/70% A......ssussusTssTssTGuTsTTssssT..........................................usCTAA cov pid 9201 . . . . : . . . 9280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTAGGCATGCCTTCTTACTGTACTGGTTACAGAGAAGGCTATTTGAACTCTACTAATGTCACTATTGCAACCTA----- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTTGGTGCTCCTTCTTATTGTAATGGCGTTAGAGAATTGTATCTTAATTCGTCTAACGTTACTACTATGGATTT----- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCTAGGAATCTCTTCTGCTTGTGACGGTCTTGCTTCAGCTTATAGGGCGAATTCCTTTGATGTACCTACATTCTG----- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATCGGTTTCTTGCCGACTTTTGTTGGTAAGATTGCACAGTGGATTAAGAACACTTTTAGTCTTGTAACTATTTGTGATC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATTAGTGTTTTTCCTATTTTTGTGGGAAGAATTGTTATGTGGATAAAGGCTACTTTTGGTTTGGTTACAATTTGTGATT consensus/100% ssTsuGssssssssCssssTsTussGGssssussssssssTussssussssssCssssussssssssusssssTs..... consensus/90% ssTsuGssssssssCssssTsTussGGssssussssssssTussssussssssCssssussssssssusssssTs..... consensus/80% ssTsGGsuTsssTsCTssTTsTussGGssssAssGsAsssTussTsAAsssssCTssTGsTsssusTACuussTu..... consensus/70% ssTsGGsuTsssTsCTssTTsTussGGssssAssGsAsssTussTsAAsssssCTssTGsTsssusTACuussTu..... cov pid 9281 . 3 . . . . : . 9360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------CTGTACTGGTTCTATACCTTGTAGTGTTTGTCTTAGTGGTTTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------CTGTGAAGGTTCTTTTCCTTGCAGCATTTGTTTAAGTGGATTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------CGCAAACCGTTCTGCAATGTGTAATTGGTGCTTGATTAGCCAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATATTCCATTCAGGATGTGGGTTTTAAGAATCAGTATTGTAATGGAAGTATTGCATGTCAGTTCTGCTTGGCAGGATTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTATTCTAAGTTAGGTGTAGGTTTTACAAGTCATTTTTGTAATGGTAGTTTTATATGTGAATTGTGTCATTCTGGTTTT consensus/100% .....................................ssssusssGsssTssssssTGssussssTGsssssssuGssss consensus/90% .....................................ssssusssGsssTssssssTGssussssTGsssssssuGssss consensus/80% .....................................sTGTAAsGGTssTsTssssTGTuussTsTGssTsusTGGsTTs consensus/70% .....................................sTGTAAsGGTssTsTssssTGTuussTsTGssTsusTGGsTTs cov pid 9361 . . . 4 . . . . 9440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GATTCTTTAGACACCTATCCTTCTTTAGAAACTATAC------AAATTACCATTTCATCTTTTAAATGGGATTTAACTGC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GACTCCCTTGATTCTTATCCAGCTCTTGAAACCATTC------AGGTGACGATTTCATCGTACAAGCTAGACTTGACAAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GATTCCATAACTCACTACCCAGCTCTTAAGATGGTTC------AAACACATCTTAGCCACTATGTTCTTAACATAGATTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATATGTTAGATAATTATAAAGCCATTGATGTAGTACAGTATGAAGCTGATAGGAGAGCATTTGTTGATTATACAGGTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GATATGTTGGATACATATGCAGCTATAGATTTTGTTCAGTATGAAGTAGATAGACGTGTTTTATTTGATTATGTTAGTTT consensus/100% GAsssssTsusssssTAsssssCssTsuAssssuTsC......AuussssssssssssssTsssssssssAssssussss consensus/90% GAsssssTsusssssTAsssssCssTsuAssssuTsC......AuussssssssssssssTsssssssssAssssussss consensus/80% GATssssTuGATsssTATsCAGCTsTsGAsussuTsC......AAussussAssssssssTssussssssAssTuusTss consensus/70% GATssssTuGATsssTATsCAGCTsTsGAsussuTsC......AAussussAssssssssTssussssssAssTuusTss cov pid 9441 : . . . . 5 . . 9520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTTGGCTTAGTTGCAGAGTGGTTTTTGGCATATATTCTTTTCACTAGGTTTTTCTATGTACTTGGATTGGCTGCAATCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTAGGTCTGGCCGCTGAGTGGGTTTTGGCATATATGTTGTTCACAAAATTCTTTTATTTATTAGGTCTTTCAGCTATAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTGTGGTTTGCATTTGAGACTGGTTTGGCATACATGCTCTATACCTCGGCCTTCAACTGGTTGTTGTTGGCAGGTACAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTAAAGATTGTCATTGAATTGATAGTTAGTTACGCCCTGTATACGGCATGGTTTTATCCATTGTTTGCCCTTATCAGTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGTCAAATTAATTGTTGAACTCGTTATTGGTTATTCATTATACACAGTATGGTTTTATCCATTATTTTGTCTTATTGGTT consensus/100% ssTssussTsusssssGAusssssssTsussTAsssssTsTssACsssusssTTssAsssusTssssssssssussusss consensus/90% ssTssussTsusssssGAusssssssTsussTAsssssTsTssACsssusssTTssAsssusTssssssssssussusss consensus/80% sTTsuussTsGssusTGAusssuTTsTsGssTAsusssTsTssACsusuTssTTsTATssATTusssssssssussAsss consensus/70% sTTsuussTsGssusTGAusssuTTsTsGssTAsusssTsTssACsusuTssTTsTATssATTusssssssssussAsss cov pid 9521 . . : . . . . 6 9600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGCAATTGTT-----TTTCAGCTATTTTGCAGTACATTT-TATTAGTAATTCTTGGCTTATGTGGTTAATAATTAATCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCAGGTGTT-----CTTTGGCTATTTTGCTAGTCATTT-CATCAGCAATTCTTGGCTCATGTGGTTTATCATTAGTATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCATTATTT-----CTTTGCACAGACTTCCATATTTGTAGACTGGCGGTCATACAATTATGCTGTGTCTAGTGCCTTCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTCAGATCTTGACCACTTGGCTGCCTGAGCTTTTTATGCTTAGTACATTACATTGGAGTTTTAGGTTGCTGGTGGCTTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACAATTATTTACTACATGGTTGCCTGATTTGTTTATGTTAGAAACTATGCATTGGTTGATTAGATTTATTGTATTTGTA consensus/100% TsCAssssTT.....ssTsussssssssssssssssTss.sussusssssssTssussssTsssuTsssTsuTsssTsss consensus/90% TsCAssssTT.....ssTsussssssssssssssssTss.sussusssssssTssussssTsssuTsssTsuTsssTsss consensus/80% TuCAusTsTT.....CTTsGsssssTsssCsuTssATsT.sAssAssussssTTGGsTsATssGGTTssTsuTsssTsTs consensus/70% TuCAusTsTT.....CTTsGsssssTsssCsuTssATsT.sAssAssussssTTGGsTsATssGGTTssTsuTsssTsTs cov pid 9601 . . . . : . . . 9680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTACAAATGGCC-----CCGATTTCAGCTATGGTTAGAATGTACATCTTCTTTGCATCATTTTATTATGTATGGAAAAGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTACAAATGGCA-----CCCGTTTCTGCAATGGTTAGGATGTACATCTTCTTTGCTTCTTTCTACTACATATGGAAGAGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGTTATTCACCCACATTCCAATGGCGGGTTTGGTACGAATGTATAATTTGTTAGCATGCCTTTGGCTTTTACGCAAGTTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCTAATATGTTA-----CCAGCACATGTGTTTATGAGGTTTTATATTATTATTGCCTCTTTTATTAAGCTCTTTAGCTTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCTAATATGTTA-----CCTGCTTTTGTCTTGTTGCGGTTTTATATAGTTGTTACTGCTATGTATAAAGTAGTTGGTTTT consensus/100% GsssAsssusss.....CCsusssssGsssTssTssGusTsTAsAsssTssTsuCsssssTssssssssTssssuussss consensus/90% GsssAsssusss.....CCsusssssGsssTssTssGusTsTAsAsssTssTsuCsssssTssssssssTssssuussss consensus/80% GsssAsATGsss.....CCsusssssGsssTGuTssGusTsTAsATssTssTTGCsTCssTsTussAssTAsssAussss consensus/70% GsssAsATGsss.....CCsusssssGsssTGuTssGusTsTAsATssTssTTGCsTCssTsTussAssTAsssAussss cov pid 9681 . 7 . . . . : . 9760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TATGTGCATGTTGTAGACGGTTGTAATTCATCAACTTGTATGATGTGTTACAAACGTAATAGAGCAACAAGAGTCGAATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TATGTTCATATCATGGATGGTTGCACCTCTTCGACTTGCATGATGTGCTATAAGCGCAATCGTGCCACACGCGTTGAGTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATCAGCATGTAATCAATGGTTGCAAAGATACGGCATGCTTGCTCTGCTATAAGAGGAACCGACTTACTAGAGTTGAAGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTAGGCATGTTGCCTATGGTTGTAGTAAATCTGGTTGTTTGTTTTGTTACAAGAGGAATCGTAGTCTACGTGTTAAATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTAGGCATATTGTCTATGGTTGTAATAAAGCTGGTTGTTTATTTTGTTATAAACGAAATTGTAGTGTTCGTGTTAAGTG consensus/100% ssTsssCATuTsusssAsGGTTGsAssssssCsussTGssTusTsTGsTAsAAusGsAAssGssssssssGsGTsuAuss consensus/90% ssTsssCATuTsusssAsGGTTGsAssssssCsussTGssTusTsTGsTAsAAusGsAAssGssssssssGsGTsuAuss consensus/80% TsTusGCATuTsuTssATGGTTGsAusssssCsusTTGssTGsTsTGsTAsAAusGsAATsGsussusssGsGTTuAuTG consensus/70% TsTusGCATuTsuTssATGGTTGsAusssssCsusTTGssTGsTsTGsTAsAAusGsAATsGsussusssGsGTTuAuTG cov pid 9761 . . . 8 . . . . 9840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TACAACTATTGTTAATGGTGTTAGAAGGTCCTTTTATGTCTATGCTAATGGAGGTAAAGGCTTTTGCAAACTACACAATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TACAACTATTGTTAATGGCATGAAGAGATCTTTCTATGTCTATGCAAATGGAGGCCGTGGCTTCTGCAAGACTCACAATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCTACCGTTGTCTGTGGTGGAAAACGTACGTTTTATATCACAGCAAATGGCGGTATTTCATTCTGTCGTAGGCATAATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAGTACTATCGTTGGTGGCATGATACGCTATTACGATGTTATGGCTAATGGTGGCACTGGCTTTTGTTCAAAACATCAAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGTACTATTGTTGGTGGTGTAATTCGTTATTATGATATTACTGCTAATGGTGGTACTGGTTTTTGTGTTAAACATCAAT consensus/100% TsssACsuTsGTssuTGGsussAsssGssssTsssATuTssssGCsAATGGsGGsssssssTTsTGsssssssCAssAsT consensus/90% TsssACsuTsGTssuTGGsussAsssGssssTsssATuTssssGCsAATGGsGGsssssssTTsTGsssssssCAssAsT consensus/80% TAssACTATTGTTuuTGGsuTuAsusGsTssTsssATuTssssGCsAATGGsGGsAsTGGsTTsTGssssAsuCAssAsT consensus/70% TAssACTATTGTTuuTGGsuTuAsusGsTssTsssATuTssssGCsAATGGsGGsAsTGGsTTsTGssssAsuCAssAsT cov pid 9841 : . . . . 9 . . 9920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGAATTGTGTTAATTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTATTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGAATTGTCTCAATTGTGACACATTTTGCACTGGTAGTACATTCATTAGTGATGAAGTTGCTCGTGATTTGTCACTCCAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGAATTGTGTGGATTGTGACACTGCAGGTGTGGGGAATACCTTCATCTGTGAAGAAGTCGCAAATGACCTCACTACCGCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGAATTGCATTGATTGTGATTCTTATAAACCAGGTAATACTTTTATTACTGTTGAGGCCGCTCTTGATCTATCTAAGGAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGAATTGTTTTAATTGCCATTCTTTTAAACCAGGTAACACTTTTATAACTGTAGAAGCTGCTATAGAACTTTCTAAAGAG consensus/100% GGAATTGssTsuATTGssAssCsssssussssGGsAusACsTTsATsssTGssGAuGssGCssssGAssTssCsssssss consensus/90% GGAATTGssTsuATTGssAssCsssssussssGGsAusACsTTsATsssTGssGAuGssGCssssGAssTssCsssssss consensus/80% GGAATTGTsTsuATTGTGAssCsTsssussCsGGTAuTACsTTsATsAsTGssGAAGssGCssssGAssTsTCsssssAu consensus/70% GGAATTGTsTsuATTGTGAssCsTsssussCsGGTAuTACsTTsATsAsTGssGAAGssGCssssGAssTsTCsssssAu cov pid 9921 . . : . . . . 0 10000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTAAAAGACCAATAAATCCTACTGACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTAAAAGACCAATCAACCCTACTGACCAGTCATCGTATATTGTTGATAGTGTTGCTGTGAAAAATGGCGCGCTTCACCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTACGCAGGCCTATTAACGCTACGGATAGATCACATTATTATGTGGATTCCGTTACAGTTAAAGAGACTGTTGTTCAGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGAAACGGCCCATTCAGCCTACAGATGTTGCTTATCATACGGTTACTGATGTTAAGCAAGTTGGTTGTTCTATGCGCTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTTAAACGACCTGTAAATCCAACTGATGCTTCACATTATGTAGTTACTGATATTAAGCAAGTTGGTTGTATGATGCGTTT consensus/100% sTssussGuCCsuTssAssCsACsGAsssssCsssssAssssGTsusTsssuTTusssssussuussssssssTsCussT consensus/90% sTssussGuCCsuTssAssCsACsGAsssssCsssssAssssGTsusTsssuTTusssssussuussssssssTsCussT consensus/80% sTsAAAsGuCCsATsAAsCCTACsGAssssTCsssTTATussGTTusTuuTGTTAsussuussuuTsGTsssuTsCussT consensus/70% sTsAAAsGuCCsATsAAsCCTACsGAssssTCsssTTATussGTTusTuuTGTTAsussuussuuTsGTsssuTsCussT cov pid 10001 . . . . : . . . 10080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTACTTTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAGACAACCTGAG----- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTACTTTGACAAGGCTGGTCAAAAGACCTATGAGAGACATCCGCTCTCCCATTTTGTCAATTTAGACAATTTGAG----- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAATTATCGTAGAGACGGTCAACCATTCTACGAGCGGTTTCCCCTCTGCGCTTTTACAAATCTAGATAAGTTGAAGTTCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTCTATGATCGTGATGGACAGCGCACATATGATGATGTTAATGCTAGTTTGTTTGTGGATTATAGTAATTTGCT----- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTCTATGATAGAGATGGACAGCGTGTTTACGATGATGTTGATGCTAGTTTATTTGTAGATATTAATAATCTGTT----- consensus/100% ssssTsTsussusGssGGsCAussssssTAsGAssusssTssssssssssssTTTussuAssssuusAAssTGss..... consensus/90% ssssTsTsussusGssGGsCAussssssTAsGAssusssTssssssssssssTTTussuAssssuusAAssTGss..... consensus/80% sTsCTsTGATAuuGsTGGsCAususussTAsGAsuusssTssssssssssssTTTGTsuATsTsuAsAAssTGss..... consensus/70% sTsCTsTGATAuuGsTGGsCAususussTAsGAsuusssTssssssssssssTTTGTsuATsTsuAsAAssTGss..... cov pid 10081 . 1 . . . . : . 10160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------AGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATGGTAAATCAAAATGTGAAGAATCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------AGCTAACAACACTAAAGGTTCACTGCCTATTAATGTCATAGTTTTTGATGGCAAGTCCAAATGCGACGAGTCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAGAGGTCTGTAAAACTACTACTGGTATACCTGAATACAACTTTATCATCTACGACTCATCAGATCGTGGCCAGGAAAGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------ACATTCTAAGGTTAAGAGTGTGCCTAATATGCATGTTGTGGTAGTGGAAAATGATGCTGATAAAGCC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------ACATTCTAAAGTTAAAGTTGTTCCTAATTTGTATGTAGTTGTAGTAGAGAGTGATGCTGATAGAGCT consensus/100% .............sssssCTAssGsTssusssssssssAAssTssssuTssssGsssssssussssusssssAsuuusss consensus/90% .............sssssCTAssGsTssusssssssssAAssTssssuTssssGsssssssussssusssssAsuuusss consensus/80% .............ssAssCTAAuGsTssAssssssssTAATsTssssGTssTsGssGssuAusssuAssssGAsuAAsCs consensus/70% .............ssAssCTAAuGsTssAssssssssTAATsTssssGTssTsGssGssuAusssuAssssGAsuAAsCs cov pid 10161 . . . 2 . . . . 10240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTATGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTTCTAAGTCTGCTTCTGTGTACTACAGTCAGCTGATGTGCCAACCTATTCTGTTGCTTGACCAAGCTCTTGTATCAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTAGCTAGGTCTGCATGTGTTTATTATTCTCAAGTCTTGTGTAAATCAATTCTTTTGGTTGACTCAAGTTTGGTTACTTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATTTTCTGAATGCTGCTGTATTTTATGCACAGTCTTTGTTTAGACCTATTTTAATGGTTGATAAAAATCTGATAACTAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATTTTCTGAATGCTGTTGTGTTTTATGCACAATCATTGTATAGGCCTATATTACTTGTAGACAAAAAGTTAATTACTAC consensus/100% ssssssssusssGCsssTGTsTssTAssssCAussssTGTsssuusCsATssTssTssTsGAsssuusssTsuTssCsss consensus/90% ssssssssusssGCsssTGTsTssTAssssCAussssTGTsssuusCsATssTssTssTsGAsssuusssTsuTssCsss consensus/80% ssTssTssGssTGCsssTGTsTssTAsussCAussssTGTuTsuACCTATssTusTusTsGAssAAusssTuuTssCTus consensus/70% ssTssTssGssTGCsssTGTsTssTAsussCAussssTGTuTsuACCTATssTusTusTsGAssAAusssTuuTssCTus cov pid 10241 : . . . . 3 . . 10320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTTGGTGATAGTGCGGAAGTTGCAGTTAAAATGTTTGATGCTTACGTTAATACGTTTTCATCAACTTTTAACGTACCAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGTTGGAGATAGTACTGAAGTTTCCGTTAAGATGTTTGATGCTTATGTCGACACCTTTTCAGCAACTTTTAGTGTTCCTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTTGGTGATTCTAGTGAAATCGCCACTAAAATGTTTGATTCCTTTGTTAATAGTTTCGTCTCGCTGTATAATGTCACAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGCTAACACTGGTACGTCTGTTACAGAAACTATGTTTGATGTTTATGTGGATACATTTTTGTCTATGTTTGATGTGGATA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGCTTGTAATGGTATCTCTGTAACCCAGACTATGTTTGATGTTTATGTTGATACTTTTATGTCTCATTTTGATGTTGATA consensus/100% sGsTsususTssTusssssuTssCssssAssATGTTTGATsssTssGTsuAsAssTTsssssCssssTsTuusGTsssss consensus/90% sGsTsususTssTusssssuTssCssssAssATGTTTGATsssTssGTsuAsAssTTsssssCssssTsTuusGTsssss consensus/80% sGsTuGsuATuGTAsssssGTsuCsussAssATGTTTGATGsTTATGTsuATACsTTTssuTCssssTTTuATGTssssA consensus/70% sGsTuGsuATuGTAsssssGTsuCsussAssATGTTTGATGsTTATGTsuATACsTTTssuTCssssTTTuATGTssssA cov pid 10321 . . : . . . . 4 10400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGGAAAAACTCAAAACACTAGTTGCAACTGCAGAAGCTGAACTTGCAAAGAATGTGTCCTTAGACAATGTCTTATCTACT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGGAAAAACTTAAGGCACTTGTTGCTACAGCTCACAGCGAGTTAGCAAAGGGTGTAGCTTTAGATGGTGTCCTTTCTACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCGATAAGTTGGAAAAACTTATCTCTACTGCTCGTGATGGCGTAAGGCGAGGCGATAACTTCCATAGTGTCTTAACAACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAAAGAGTCTTAATGCTTTAATAGCAACTGCGCATTCTTCTATAAAACAGGGTACGCAGATTTATAAAGTTTTGGATACC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GAAAGAGTTTTAATAATTTTGTTAACATTGCTCATGCTTCTCTTAGAGAGGGTGTGCAATTAGAAAAGGTTTTAGATACT consensus/100% ssuAsAussTsuAsusssTsuTssssAssGCssussssssssTsususuuuusussssssTssAsuusGTssTssssACs consensus/90% ssuAsAussTsuAsusssTsuTssssAssGCssussssssssTsususuuuusussssssTssAsuusGTssTssssACs consensus/80% suuAuAussTsAAsusssTsuTsuCsACTGCsCAsusTssssTsusAsAGGGTGsusssTTssAsAusGTsTTussTACs consensus/70% suuAuAussTsAAsusssTsuTsuCsACTGCsCAsusTssssTsusAsAGGGTGsusssTTssAsAusGTsTTussTACs cov pid 10401 . . . . : . . . 10480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTATTTCAGCAGCTCGG---CAAGGGTTTGTTGATTCAGATGTAGAAACTAAAGATGTTGTTGAATGTCTTAAATTGTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTCGTGTCAGCTGCCCGA---CAAGGTGTTGTTGATACCGATGTTGACACAAAGGATGTTATTGAATGTCTCAAACTTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCATTGACGCAGCACGAGGCCCCGCAGGTGTGGAGTCTGATGTTGAGACCAATGAAATTGTTGACTCTGTGCAGTATGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTTTAAGCTGTGCTCGTAAAAGTTGTTCTATTGATTCAGATGTTGATACTAAGTGTTTAGCTGATTCTGTCATGTCTGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTGTGGGATGTGTACGTAAATGTTGTTCCATTGATTCAGATGTTGAAACAAGATTTATTACTAAATCTATGATATCTGC consensus/100% TTssTsssssssGssCGs...sssssssssuTsGAssCsGATGTsGAsACsAusssssTsusTuAsTsTsTsssussssC consensus/90% TTssTsssssssGssCGs...sssssssssuTsGAssCsGATGTsGAsACsAusssssTsusTuAsTsTsTsssussssC consensus/80% TTsuTsssssssGCsCGs...sussGsssTuTTGATTCsGATGTTGAsACsAAusuTuTTusTGAsTsTsTsAsuTsTsC consensus/70% TTsuTsssssssGCsCGs...sussGsssTuTTGATTCsGATGTTGAsACsAAusuTuTTusTGAsTsTsTsAsuTsTsC cov pid 10481 . 5 . . . . : . 10560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACATCAATCTGACATAGAAGTTACTGGCGATAGTTGTAATAACTATATGCTCACCTATAACAAAGTTGAAAACATGACAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACATCACTCTGACTTAGAAGTGACAGGTGACAGTTGTAACAATTTCATGCTCACCTATAATAAGGTTGAAAACATGACGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCATAAACATGACATACAAATTACTAATGAGAGCTACAATAATTATGTACCCTCATATGTTAAACCTGATAGTGTGTCTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTATCGGCAGGTCTTGAATTGACGGATGAAAGTTGTAATAACTTGGTGCCAACATATTTGAAGAGTGACAACATTGTGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGTAGCTGCTGGTTTGGAATTTACTGATGAAAATTATAACAATTTGGTACCTACATATTTAAAGAGTGATAATATTGTAG consensus/100% ssssssssssGussTssAAsTsACsuusGAsAusTusAAsAAsTssuTuCsssCsTATsssAAussTGAsAusuTsssss consensus/90% ssssssssssGussTssAAsTsACsuusGAsAusTusAAsAAsTssuTuCsssCsTATsssAAussTGAsAusuTsssss consensus/80% ssssssssCTGussTuGAAsTsACsGuTGAsAGTTuTAAsAAsTssuTuCssACsTATsssAAuusTGAsAAsATsusus consensus/70% ssssssssCTGussTuGAAsTsACsGuTGAsAGTTuTAAsAAsTssuTuCssACsTATsssAAuusTGAsAAsATsusus cov pid 10561 . . . 6 . . . . 10640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCCGTGACCTTGGTGCTTGTATTGACTGTAGTGCGCGTCATATTAATGCGCAGGTAGCAAAAAGTCACAACATTGCTTTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCAGAGATCTTGGCGCATGTATTGACTGTAATGCAAGGCATATCAATGCCCAAGTAGCAAAAAGTCACAATGTTTCACTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCAGCGATTTAGGTAGTCTCATTGATTGTAATGCGGCTTCAGTTAACCAAATTGTCTTGCGTAATTCTAATGGTGCTTGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGCTGATTTAGGTGTTCTGATTCAAAATTCTGCAAAGCATGTGCAGGGTAATGTTGCTAAAATAGCTGGTGTTTCCTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTGCTGATTTAGGTGTTCTTATACAGAATGGTGCTAAGCATGTACAGGGTAATGTTGCTAAGGCAGCTAATATTTCTTGT consensus/100% CssssGAssTsGGsusssssATssAssuTssTGCsssssssuTssAsssssssGTsssssususssssuususTsCssss consensus/90% CssssGAssTsGGsusssssATssAssuTssTGCsssssssuTssAsssssssGTsssssususssssuususTsCssss consensus/80% CsussGATsTsGGTGsTsssATTsAssuTuuTGCuuusCATuTssAsGsssAsGTsGCsAAuAsssssAATuTTsCsTss consensus/70% CsussGATsTsGGTGsTsssATTsAssuTuuTGCuuusCATuTssAsGsssAsGTsGCsAAuAsssssAATuTTsCsTss cov pid 10641 : . . . . 7 . . 10720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATATGGAACGTTAAAGATTTCATGTCATTGTCTGAACAACTACGAAAACAAATACGTAGTGCTGCTAAAAAGAATAACTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATCTGGAATGTAAAAGACTACATGTCTTTATCTGAACAGCTGCGTAAACAAATTCGTAGTGCTGCCAAGAAGAACAACAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTTGGAACGCTGCTGCATATATGAAACTCTCGGATGCACTTAAACGACAGATTCGCATTGCATGCCGTAAGTGTAATTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATATGGTCTGTGGATGCTTTTAATCAGTTTAGTTCTGATTTCCAGCATAAATTGAAGAAAGCATGTTGTAAAACTGGTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATATGGTTTATTGATGCTTTTAATCAACTTACTGCTGATTTACAGCATAAATTAAAAAAAGCATGTGTTAAAACTGGCTT consensus/100% ATsTGGsssussussGssTssAssssssTsssssssssssTssussussAusTssusAssGCsssssssAAusssuussT consensus/90% ATsTGGsssussussGssTssAssssssTsssssssssssTssussussAusTssusAssGCsssssssAAusssuussT consensus/80% ATsTGGsssGTsuAsGssTssAssssusTssCTGsssAssTsCuusAssAAsTssusAusGCsssssusAAuAsTuusTT consensus/70% ATsTGGsssGTsuAsGssTssAssssusTssCTGsssAssTsCuusAssAAsTssusAusGCsssssusAAuAsTuusTT cov pid 10721 . . : . . . . 8 10800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACCTTTTAAGTTGACATGTGCAACTACTAGACAAGTTGTTAATGTTGTAACAACAAAGATA---GCACTTAAGGGTGGTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACCTTTTAGACTAACTTGTGCTACAACTAGACAGGTTGTCAATGTCATAACTACTAAAATC---TCACTCAAGGGTGGTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGCTTTCCGGTTAACCACCTCAAAGCTACGCGCTAATGATAATATCTTATCAGTTAGATTCACTGCTAACAAAATTGTTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAAACTGAAGCTTACTTATAATAAGCAGATGGCTAATGTCTCTGTTTTAACTACACCCTTT---AGTCTTAAAGGGGGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GAAGTTAAAATTGACTTTTAATAAGCAAGAGGCAAGTGTCCCTATTCTTACAACACCCTTT---TCACTTAAAGGAGGTG consensus/100% ussssTssuusTsACsssssssAsssssssssssusTGssssTuTssTssCsussssssTs...ssssssAAuussGsTu consensus/90% ussssTssuusTsACsssssssAsssssssssssusTGssssTuTssTssCsussssssTs...ssssssAAuussGsTu consensus/80% usssTTsAuusTuACsTsTussAsusssuuusssusTGTsssTuTssTAACsACsssssTs...sCsCTsAAuGGsGGTu consensus/70% usssTTsAuusTuACsTsTussAsusssuuusssusTGTsssTuTssTAACsACsssssTs...sCsCTsAAuGGsGGTu cov pid 10801 . . . . : . . . 10880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAATTGTTAATAATTGGTTGAAGCAGTTAATTAAAGTTACACTTGTGTTCCTTTTTGTTGCTGCTATTTTC--------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGATTGTTAGTACTTGTTTTAAACTTATGCTTAAGGCCACATTATTGTGCGTTCTTGCTGCATTGGTTTGT--------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGGTGCTCCTACATGGTTTAATGCGTTGCGTGACTTTACGTTAAAGGGTTATGTTCTTGCTACCATTATTGTGTTTCTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGTTTTTAGTTATTTTGTTTATGTGTGTTTTGTGTTGAGTTTGGTCTGTTTTATTGGACTGTGGTGCTTA--------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGTATTGAGTAATTTGTTATATATATTATTTTTTGTTAGTTTAATCTGTTTTATATTATTGTGGGCTTTA--------- consensus/100% ssusssssssTsssTsssTssAsssssssssTssssssAsssTsssssssssTsTssssssssssssssss......... consensus/90% ssusssssssTsssTsssTssAsssssssssTssssssAsssTsssssssssTsTssssssssssssssss......... consensus/80% ssuTTsTTAuTAsTTssTTssAsssuTTusTTusssTsAssTTuuTsTGssTTsTTsssssssssusTTTs......... consensus/70% ssuTTsTTAuTAsTTssTTssAsssuTTusTTusssTsAssTTuuTsTGssTTsTTsssssssssusTTTs......... cov pid 10881 . 9 . . . . : . 10960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ---------------TATTTAATAACACCTGTTCATGTCATGTCTAAACATACTGACTTTTCAAGTGAAATCATAGGATA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ---------------TATATCGTTATGCCAGTACATACATTGTCAATCCATGATGGTTACACAAATGAAATCATTGGTTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTGCTGTACTGATGTATTTGTGTTTACCTACATTTTCTATGGCACCTGTTGAATTTTATGAAGACCGCATCTTGGACTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ------------------------ATGCCCACTTACACAGTACACAAATCAGATTTTCAGCTTCCCGTTTATGCCAGTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ------------------------TTGCCTACATATAGTGTTTATAAGTCTGATATTCATTTGCCTGCTTATGCTAGTTT consensus/100% ........................ssuCCsusssssssssTssssssssssusssssssssssssssssssssssuusTs consensus/90% ........................ssuCCsusssssssssTssssssssssusssssssssssssssssssssssuusTs consensus/80% ........................sTuCCsusssATussuTusssAssssTGATssTsAsssusssGsssssussuGsTs consensus/70% ........................sTuCCsusssATussuTusssAssssTGATssTsAsssusssGsssssussuGsTs cov pid 10961 . . . 0 . . . . 11040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAGGCTATTGATGGTGGTGTCACTCGTGACATAGCATCTACAGATACTTGTTTTGCTAACAAACATGCTGATTTTGACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAAAGCCATTCAGGATGGTGTCACTCGTGACATCATTTCTACTGATGATTGTTTTGCAAATAAACATGCTGGTTTTGACG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAAAGTTCTTGATAATGGTATCATTAGGGATGTAAATCCTGATGATAAGTGCTTTGCTAATAAGCACCGGTCCTTCACAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAAAGTTTTAGATAATGGTGTTATTAGAGATGTTAGCGTTGAAGATGTTTGTTTCGCTAACAAATTTGAACAATTTGATC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAAAGTTATTGATAATGGTGTTGTTAGAGATATTTCAGTTAATGATTTATGTTTTGCTAATAAATTTTTCCAATTTGATC consensus/100% sAAuGsssTssAsuuTGGTuTsusTsGsGAsuTssssssTussGATsssTGsTTsGCsAAsAAusssssssssTTsusss consensus/90% sAAuGsssTssAsuuTGGTuTsusTsGsGAsuTssssssTussGATsssTGsTTsGCsAAsAAusssssssssTTsusss consensus/80% sAAAGsTsTTGATuATGGTGTsAsTsGsGAsuTsussssTussGATussTGTTTTGCTAAsAAAssTssssusTTTGAss consensus/70% sAAAGsTsTTGATuATGGTGTsAsTsGsGAsuTsussssTussGATussTGTTTTGCTAAsAAAssTssssusTTTGAss cov pid 11041 : . . . . 1 . . 11120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATGGTTTAGCCAGCGTGGTGGTAGT------TATACTAATGACAAAGCTTGCCCATTGATTGCTGCAGTCATAACAAGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATGGTTTAGCCAGCGTGGTGGTTCA------TACAAAAATGACAAAAGCTGCCCTGTAGTAGCTGCTATCATTACAAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AATGGTATCATGAGCATGTTGGTGGTGT---CTATGACAACTCTATCACATGCCCATTGACAGTTGCAGTAATTGCTGGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATGGTATGAGTCTACATTTGGTCTAAGTTATTATAGTAACAGTATGGCTTGTCCCATTGTTGTTGCTGTAATAGATCAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATGGTATGAGTCCACTTTTGGGTCTGTTTACTATCATAATTCTATGGATTGCCCTATTGTAGTGGCAGTTATGGATGAA consensus/100% sATGGTsTsusssssssssTGGssss......TAssssAAssssAssussTGsCCssTsussGssGCsuTsATsusssuu consensus/90% sATGGTsTsusssssssssTGGssss......TAssssAAssssAssussTGsCCssTsussGssGCsuTsATsusssuu consensus/80% sATGGTsTuussssssTssTGGTsss......TATuusAAssssAsuussTGCCCssTsuTsGsTGCsGTsATsussuuA consensus/70% sATGGTsTuussssssTssTGGTsss......TATuusAAssssAsuussTGCCCssTsuTsGsTGCsGTsATsussuuA cov pid 11121 . . : . . . . 2 11200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAAGTGGGTTTTGTCGTGCCTGGTTTGCCTGGCACGATATTACGCACAACTAATGGTGACTTTTTGCATTTCTTACCTAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GAGATTGGTTTCATAGTGCCTGGCTTACCGGGTACTGTGCTGAGAGCAATCAATGGTGACTTCTTGCATTTTCTACCTCG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTGCTGGTGCTCGCATTCCAGACGTACCTACTACATTGGCTTGGGTGAACAATCAGATAATTTTC---TTTGTTTCTCG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATTTTGGCTCTACAGTGTTTAATGTCCCTACCAAAGTGTTACGATATGGTTATCATG---TGTTGCACTTTATTACACA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GATATCGGTTCTACTATGTTTAATGTTCCTACTAAAGTTTTGAGACATGGCTTTCATG---TTTTACATTTTTTAACTTA consensus/100% GsssssGGsssssssuTssssuussTsCCsussAsssTsssssGssssussssTsusu...TsTTs...TTssTssCssu consensus/90% GsssssGGsssssssuTssssuussTsCCsussAsssTsssssGssssussssTsusu...TsTTs...TTssTssCssu consensus/80% GAsuTsGGTTsTussuTGssTuussTsCCTussAsuuTusTusGusssusssATsuTG...TsTTuCAsTTTsTssCTsu consensus/70% GAsuTsGGTTsTussuTGssTuussTsCCTussAsuuTusTusGusssusssATsuTG...TsTTuCAsTTTsTssCTsu cov pid 11201 . . . . : . . . 11280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGTTTTTAGTGCAGTTGGTAACATCTGTTACACACCATCAAAACTTATAGAGTACACTGACTTTGCAACATCAGCTTGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTTTTTAGTGCTGTTGGCAACATTTGCTACACACCTTCCAAACTCATTGAGTATAGTGATTTTGCTACCTCTGCTTGCG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTCTTTGCTAATACAGGCAGTGTTTGCTACACTCCTATAGATGAGATACCCTATAAGAGTTTCTCTGATAGTGGTTGCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGCACTTTCTGCTGATGGAGTGCAGTGTTATACGCCACATAGTCAAATATCGTATTCTAATTTTTATGCTAGTGGCTGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGCATTTGCTAGTGATAGTGTTCAGTGCTATACACCACATATTCAGATTTCTTATAATGATTTTTATGCTAGTGGTTGTG consensus/100% sGsssTTssTussussuGsusssssTGsTAsACsCCssssusssssATssssTAssssuusTTssssusssssGssTGsu consensus/90% sGsssTTssTussussuGsusssssTGsTAsACsCCssssusssssATssssTAssssuusTTssssusssssGssTGsu consensus/80% sGssTTTusTusTGsTGGsusssssTGsTAsACuCCssssAusCssATssssTATAsTuATTTTssTuCsssTGsTTGsG consensus/70% sGssTTTusTusTGsTGGsusssssTGsTAsACuCCssssAusCssATssssTATAsTuATTTTssTuCsssTGsTTGsG cov pid 11281 . 3 . . . . : . 11360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTTGGCTGCTGAATGTACAATTTTTAAAGATGCTTCTGGTAAGCCAGTACCATATTGTTATGATACCAATGTACTAGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTCTTGCTGCTGAGTGTACAATTTTTAAGGATGCTATGGGCAAACCTGTGCCATATTGTTATGACACTAATTTGCTAGAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCTTCCATCTGAGTGCACTATGTTTAGGGATGCAGAGGGCCGTATGACACCATACTGCCATGATCCTACTGTTTTGCCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGCTTTCCTCTGCTTGCACTATGTTTACAATGGCCGATGGTAGTCCACAACCTTATTGTTATACAGAGGGGCTTATGCAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTATCATCTTTGTGTACTATGTTTAAAAGAGGTGATGGTACACCACATCCTTATTGTTATTCAGATGGTGTTATGAAG consensus/100% TssTssCssCTsssTGsACsATsTTTAsuussGsssssGGssssssssssCCsTAsTGssATssssssusssTssTusss consensus/90% TssTssCssCTsssTGsACsATsTTTAsuussGsssssGGssssssssssCCsTAsTGssATssssssusssTssTusss consensus/80% TTsTssCssCTGsuTGsACsATsTTTAuuuusGCsussGGsAusCCussuCCsTATTGTTATussussuuTsTssTusAu consensus/70% TTsTssCssCTGsuTGsACsATsTTTAuuuusGCsussGGsAusCCussuCCsTATTGTTATussussuuTsTssTusAu cov pid 11361 . . . 4 . . . . 11440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTTCTGTTGCTTATGAAAGTTTACGCCCTGACACACGTTATGTGCTCATGGATGGCTCTA---TTATTCAATTTCCTAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGTTCTATTTCTTATAGTGAGCTTCGTCCAGACACTCGTTATGTGCTTATGGATGGTTCCA---TCATACAGTTTCCTAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGGGCTTTTGCGTACAGTCAGATGAGGCCTCATGTTCGTTACGACTTGTATGATGGTAACATGTTTATTAAATTTCCTGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATGCTTCTCTGTATAGTTCATTGGTACCTCACGTGCGGTATAATCTTGCTAATGCTAAAGGTTTTATCCGTTTTCCAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATGCTTCTTTGTATACATCTTTGGTTCCACATACACGTTATAGCCTTGCTAATTCTAATGGTTTTATAAGATTTCCTGA consensus/100% uussCTssTsssTAsussssssTssssCCssAsussCGsTAsusssTssssuATssssssu...TsATssusTTTCCsuA consensus/90% uussCTssTsssTAsussssssTssssCCssAsussCGsTAsusssTssssuATssssssu...TsATssusTTTCCsuA consensus/80% uuTsCTssTsssTATAusssssTusssCCssAsussCGTTATussCTsussuATGsTsssu...TTATssuuTTTCCTuA consensus/70% uuTsCTssTsssTATAusssssTusssCCssAsussCGTTATussCTsussuATGsTsssu...TTATssuuTTTCCTuA cov pid 11441 : . . . . 5 . . 11520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CACCTACCTTGAAGGTTCTGTTAGAGTGGTAACAACTTTTGATTCTGAGTACTGTAGGCACGGCACTTGTGAAAGATCAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CACTTACCTGGAGGGTTCTGTTAGAGTAGTAACAACTTTTGATGCTGAGTACTGTAGACATGGTACATGCGAAAGGTCAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTAGTATTTGAAAGTACACTTAGGATTACTAGAACTCTGTCAACTCAGTACTGCCGGTTCGGTAGTTGTGAGTATGCAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGTGTTGCGAGAAGGGCTTGTACGTATCGTGCGTACTCGTTCTATGTCGTATTGCAGAGTTGGATTATGTGAGGAAGCTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTATTAGTGAAGGTATTGTACGTATTGTAAGAACGCGCTCTATGACTTATTGTAGAGTGGGTGCATGTGAATACGCCG consensus/100% sussssssssGAuuGsssssTssGsuTsusssssACsssssssssssssTAsTGssGusssGGssssTGsGAusussCss consensus/90% sussssssssGAuuGsssssTssGsuTsusssssACsssssssssssssTAsTGssGusssGGssssTGsGAusussCss consensus/80% sussssssssGAAGGTssTGTssGsuTsGTuAsAACTsssssTussssGTAsTGsAGusssGGsussTGTGAusussCsG consensus/70% sussssssssGAAGGTssTGTssGsuTsGTuAsAACTsssssTussssGTAsTGsAGusssGGsussTGTGAusussCsG cov pid 11521 . . : . . . . 6 11600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAGCTGGTGTTTGTGTATCTACTAGTGGTAGATGGGTACTTAACAATGATTATTACAGATCTTTACCAGGAGTTTTCTGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAGTAGGTATTTGCCTATCTACCAGTGGTAGATGGGTTCTTAATAATGAGCATTACAGAGCTCTATCAGGAGTTTTCTGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAGAGGGTGTTTGTATTACCACAAATGGCTCGTGGGCCATTTTTAATGACCACCATCTTAATAGACCTGGTGTCTATTGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGAGGGTATATGCTTTAATTTTAATGGTTCTTGGGTGCTTAATAATGATTATTATAGATCATTGCCTGGGACCTTTTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAGAGGGTATATGTTTTAATTTTAATAGTTCCTGGGTTTTGAATAATGATTATTATAGAAGTATGCCTGGAACTTTTTGT consensus/100% AsGssGGTuTsTGssTsssssssAuTuGssssTGGGsssTssssAATGAssAssAsssssssssusCsGGsussTssTGT consensus/90% AsGssGGTuTsTGssTsssssssAuTuGssssTGGGsssTssssAATGAssAssAsssssssssusCsGGsussTssTGT consensus/80% AAGsuGGTuTsTGssTsssTsssAuTGGTsssTGGGTssTTAATAATGAssATTAsAGAssTsTuCCsGGuussTTsTGT consensus/70% AAGsuGGTuTsTGssTsssTsssAuTGGTsssTGGGTssTTAATAATGAssATTAsAGAssTsTuCCsGGuussTTsTGT cov pid 11601 . . . . : . . . 11680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTGTAGATGCTGTAAATTTACTTACTAATATGTTTACACCACTAATTCAACCTATTGGTGCTTTGGACATATCAGCATC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGTGTTGATGCGATGAATCTCATAGCTAACATCTTTACTCCTCTTGTGCAACCTGTGGGTGCTTTAGATGTGTCTGCTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGCTCTGATTTTATTGACATTGTCAGGCGGTTAGCAGTATCACTGTTCCAGCCTATTACTTATTTCCAATTGACTACCTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTAGAGATGTTTTTGATTTAATTTATCAGCTATTTAAAGGTTTAGCACAGCCTGTGGATTTTTTGGCATTGACTGCTAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGTAGAGATCTTTTTGATTTGTTTTATCAATTTTTTAGTAGTTTAATTCGTCCTATAGATTTCTTTTCTCTTACTGCTAG consensus/100% GGssssGATssssTsuAssTssTsssssussTssssussssssTssssCusCCTuTsusTsssTTsssssTssCsuCsss consensus/90% GGssssGATssssTsuAssTssTsssssussTssssussssssTssssCusCCTuTsusTsssTTsssssTssCsuCsss consensus/80% GGTussGATssTsTsuATsTssTsssTsAssTsTTTAssssssTuuTsCAuCCTuTsGuTssTTTsssssTusCTGCsss consensus/70% GGTussGATssTsTsuATsTssTsssTsAssTsTTTAssssssTuuTsCAuCCTuTsGuTssTTTsssssTusCTGCsss cov pid 11681 . 7 . . . . : . 11760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TATAGTAGCTGGTGGTATTGTAGCTATCGTAGTAACATGCCTTGCCTACTATTTTATGAGGTTTAGAAGAGCTTTTGGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGTAGTGGCTGGTGGTATTATTGCCATATTGGTGACTTGTGCTGCCTACTACTTTATGAAATTCAGACGTGTTTTTGGTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTGGTCTTGGGTATAGGTTTGTGTGCGTTCCTGACTTTGCTCTTCTATTATATTAATAAAGTAAAACGTGCTTTTGCAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTCCATTGCTGGTGCTATACTCGCTGTAATTGTTGTTTTGGTGTTTTATTACCTAATAAAGCTTAAACGTGCTTTTGGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTCTATTTTTGGAGCTATATTGGCTATAGTTGTTGTCTTGGTTTTTTATTATTTAATAAAACTTAAGCGTGCTTTTGGAG consensus/100% ssssuTssssGGsussusssTssssusssTssTsussTssssssssTAsTAssTsAssAuusTsAuusGsGsTTTTGssG consensus/90% ssssuTssssGGsussusssTssssusssTssTsussTssssssssTAsTAssTsAssAuusTsAuusGsGsTTTTGssG consensus/80% ssssuTsssTGGTGsTATssTsGCTuTusTsGTsussTsssTssssTAsTAssTsATuAAusTsAuACGTGCTTTTGGsG consensus/70% ssssuTsssTGGTGsTATssTsGCTuTusTsGTsussTsssTssssTAsTAssTsATuAAusTsAuACGTGCTTTTGGsG cov pid 11761 . . . 8 . . . . 11840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AATACAGTCATGTAGTTGCCTTTAATACTTTACTATTCCTTATGTCATTCACTGTACTCTGTTTAACACCAGTTTACTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGTACAACCATGTTGTTGCTGCTAATGCACTTTTGTTTTTGATGTCTTTCACTATACTCTGTCTGGTACCAGCTTACAGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTACACCCAGTGTGCTGTAATTGCTGTTGTTGCTGCTGTTCTTAATAGCTTGTGCATCTGCTTTGTTACCTCTATACCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTACACCAGTGTTGTTTTTGTTAACGTGATTGTGTGGTGTGTAAATTTTATGATGCTTTTTGTGTTTCAAGTTTACCCC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTATACTAGTGTTGTAGTTATAAATGTTGTTGTTTGGTGTATTAATTTTCTTATGCTTTTTGTTTTTCAAGTTTATCCT consensus/100% AsTAsAsssussssGssssssssussusssTsssssssssssTssssssssssssssTsTsssTsssssssssTssssss consensus/90% AsTAsAsssussssGssssssssussusssTsssssssssssTssssssssssssssTsTsssTsssssssssTssssss consensus/80% AsTACAsssuTGTTGTTGssuTTAATGsssTTsTsTssssTuTsssTTTssssuTuCTsTsTsTssTsCsAGsTTAssCs consensus/70% AsTACAsssuTGTTGTTGssuTTAATGsssTTsTsTssssTuTsssTTTssssuTuCTsTsTsTssTsCsAGsTTAssCs cov pid 11841 : . . . . 9 . . 11920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTCTTACCTGGTGTTTATTCTGTTATTTACTTGTACTTGACATTTTATCTTACTAATGATGTTTCTTTTTTAGCACATAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTCTGCCGGGAGTCTACTCAGTCTTTTACTTGTACTTGACATTCTATTTCACCAATGATGTTTCATTCTTGGCTCACCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGTGTATAGTACCTTACACTGCATTGTACTATTATGCTACATTCTATTTTACTAATGAGCCTGCATTTATTATGCATGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATACTTTCTTGTGTATATGCTATTTGTTATTTTTATGCCACGCTTTATTTCCCTTCGGAGATAAGTGTGATAATGCACTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTTGTGCATGTGTTTATGCTTGTTTTTATTTTTATGTAACATTGTATTTTCCTTCTGAAATTAGTGTAATTATGCATTT consensus/100% sTsssssssssssssTAssCsssssssTAsTssTAssssACusTsTATsTssCssssGAssssssssTssTsussCAssT consensus/90% sTsssssssssssssTAssCsssssssTAsTssTAssssACusTsTATsTssCssssGAssssssssTssTsussCAssT consensus/80% sTsssssCssGsGTsTAssCTussTTTTAsTTsTAssssACATTsTATTTssCTssTGAsuTTssssTssTsusuCAssT consensus/70% sTsssssCssGsGTsTAssCTussTTTTAsTTsTAssssACATTsTATTTssCTssTGAsuTTssssTssTsusuCAssT cov pid 11921 . . : . . . . 0 12000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCAGTGGATGGTTATGTTCACACCTTTAGTACCTTTCTGGATAACAATTGCTTATATCATTTGTATTTCCACAAAGCATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCAATGGTTTGCCATGTTTTCTCCTATTGTGCCTTTTTGGATAACAGCAATCTATGTATTCTGTATTTCTCTGAAGCACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCTTGGTACATTATGTTCGGGCCTATCGTTCCCATATGGATGACCTGCGTCTATACAGTTGCAATGTGCTTTAGACACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACAATGGCTAGTTATGTATGGCACTATTATGCCTTTATGGTTTTGTTTGCTATATATAGCTGTTGTTGTTTCAAATCATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCAATGGATTGTTATGTATGGTGCTATAATGCCTTTTTGGTTTTGTGTCACATATGTAGCTATGGTTATTGCAAACCATG consensus/100% ssssTGGsssussATGTssssssCTsTsuTsCCssTsTGGsTssssssssssTATussssssssuTsssssssAusCAss consensus/90% ssssTGGsssussATGTssssssCTsTsuTsCCssTsTGGsTssssssssssTATussssssssuTsssssssAusCAss consensus/80% sCAuTGGsTsGTTATGTssusssCTATsuTuCCTTTsTGGsTsssssssussTATuTAusTsssuTTsssssuAAsCAss consensus/70% sCAuTGGsTsGTTATGTssusssCTATsuTuCCTTTsTGGsTsssssssussTATuTAusTsssuTTsssssuAAsCAss cov pid 12001 . . . . : . . . 12080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCTATTGGTTCTTTAGTAATTACCTAAAGAGACGTGT---AGTCTTTAATGGTGTTTCCTTTA---GTACTTTTGAAGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCCATTGGTTCTTTAACAACTATCTTAGGAAAAGAGT---CATGTTTAATGGAGTTACATTTA---GTACCTTCGAGGAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCTTCTGGGTTTTAGCTTATTTTAGTAAGAAACATGTAGAAGTTTTTACTGATGGTAAGCTTAATTGTAGTTTCCAGGAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTTTTTGGGTATTTTCTTACTGCAGAAAGCTTGGTACTTCTGTTCGTAGTGATGGTACATTTG------------AAGAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTATGGTTATTTTCATATTGTAGGAAAATTGGTGTTAATGTATGTAGTGATAGTACATTTG------------AAGAA consensus/100% sssssTGGsTsTTsssssAsTsssssAuussssusus...suTsssTAsTGususTssssTTu............AuGAs consensus/90% sssssTGGsTsTTsssssAsTsssssAuussssusus...suTsssTAsTGususTssssTTu............AuGAs consensus/80% ssTssTGGsTsTTTssssAsTussssAAGAsssGTGT...sGTsTsTAuTGuTGsTACuTTTu............AuGAu consensus/70% ssTssTGGsTsTTTssssAsTussssAAGAsssGTGT...sGTsTsTAuTGuTGsTACuTTTu............AuGAu cov pid 12081 . 1 . . . . : . 12160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTGCGCTGTGCACCTTTTTGTTAAATAAAGAAATGTATCTAAAGTTGCGTAGTGATGTGCTATTACCTCTTACGCAATA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTGCTTTGTGTACCTTTTTGCTCAACAAGGAAATGTACCTAAAATTGCGTAGCGAGACACTGTTGCCACTTACACAGTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTGCCTCTAATATCTTTGTTATTAACAAGGACA-----CTTATGCAGCTCTTAGAAACTCTTTAACTAATGATGC-CTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGCTCTCACTACTTTTATGATTACAAAAGATT-----CTTATTGTAAGCTTAAGAATTCTTTGTCTGATGTTGC-TTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACATCTCTTACTACTTTTATGATTACTAAAGATT-----CTTATTGTAGATTAAAGAATTCTGTTTCTGATGTTGC-CTA consensus/100% usssCsssssssAssTTTsTssTsAssAAuGAss.....CTsAssssussssssuusussCTsTssCsssTsssuC.sTs consensus/90% usssCsssssssAssTTTsTssTsAssAAuGAss.....CTsAssssussssssuusussCTsTssCsssTsssuC.sTs consensus/80% uCsGCssTsssTACsTTTsTGsTsAssAAuGAss.....CTsAsssTusussssuuuAssCTsTssCsusTsssGC.sTA consensus/70% uCsGCssTsssTACsTTTsTGsTsAssAAuGAss.....CTsAsssTusussssuuuAssCTsTssCsusTsssGC.sTA cov pid 12161 . . . 2 . . . . 12240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAATAGATACTTAGCTCTTTATAATAAGTACAAGTATTTTAGTGGAGCAATGGATACAACTAGCTACAGAGAAGCTGCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAACAGGTATCTTGCTCTATATAACAAGTACAAGTATTTCAGTGGAGCCTTAGATACTACCAGCTATCGTGAAGCAGCTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCACGATTTTTGGGGTTGTTTAACAAGTATAAGTACTTCTCTGGTGCTATGGAAACAGCCGCTTATCGTGAAGCTGCAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAATAGATATTTGAGTTTGTATAATAAATATAGGTATTACAGCGGTAAAATGGATACTGCTGCATATAGGGAGGCTGCTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAATAGATATTTGAGTTTGTATAATAAGTATCGTTACTATAGTGGTAAAATGGATACTGCTGCCTATAGAGAAGCGGCGT consensus/100% sssssGuTsssTsusssTsTsTAAsAAuTAssusTAsTsssssGGsusssTuGAsACsuCsussTAssGsGAuGCsGCss consensus/90% sssssGuTsssTsusssTsTsTAAsAAuTAssusTAsTsssssGGsusssTuGAsACsuCsussTAssGsGAuGCsGCss consensus/80% TAAsAGATATTTuusTsTuTATAAsAAGTAsAuGTAsTssAGTGGsussATGGATACsuCsussTATsGsGAAGCsGCsT consensus/70% TAAsAGATATTTuusTsTuTATAAsAAGTAsAuGTAsTssAGTGGsussATGGATACsuCsussTATsGsGAAGCsGCsT cov pid 12241 : . . . . 3 . . 12320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTGTCATCTCGCAAAGGCTCTCAATGACTTCAGTAAC---TCAGGTTCTGATGTTCTTTACCAACCACCACAAACCTCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTGCCACTTAGCAAAGGCTCTAAATGACTTTAGCAAC---TCAGGTGCTGATGTTCTCTACCAACCACCACAGACATCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CATGTCATCTTGCTAAAGCCTTACAAACATACAGCGAG---ACTGGTAGTGATCTTCTTTACCAACCACCCAACTGTAGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCTCTCAGTTGGCTAAAGCAATGGACACATTTACCAATAATAATGGTAGTGATGTGCTTTACCAACCGCCTACTGCTTCC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTCTCAGTTAGCTAAAGCTATGGAAACATTTAATCACAATAATGGTAATGATGTCTTATACCAACCTCCTACAGCATCT consensus/100% ssTssCAssTsGCsAAuGCssTssAsussTssAsssAs...sssGGTssTGATsTssTsTACCAACCsCCssssssssss consensus/90% ssTssCAssTsGCsAAuGCssTssAsussTssAsssAs...sssGGTssTGATsTssTsTACCAACCsCCssssssssss consensus/80% GsTsTCAssTsGCsAAuGCssTuuAsussTTsAusuAs...sssGGTusTGATGTsCTsTACCAACCuCCssssuCsTCs consensus/70% GsTsTCAssTsGCsAAuGCssTuuAsussTTsAusuAs...sssGGTusTGATGTsCTsTACCAACCuCCssssuCsTCs cov pid 12321 . . : . . . . 4 12400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATCACCTCAGCTGTTTTGCAGAGTGGTTTTAGAAAAATGGCATTCCCATCTGGTAAAGTTGAGGGTTGTATGGTACAAGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATCACTTCTGCTGTTCTGCAGAGTGGTTTTAGGAAAATGGCATTCCCGTCAGGCAAAGTTGAAGGGTGCATGGTACAAGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATAACCTCTGGCGTGTTGCAAAGCGGTTTGGTGAAAATGTCACATCCCAGTGGAGATGTTGAGGCTTGTATGGTTCAGGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTCTCAACTTCATTCTTGCAATCTGGTATTGTGAAAATGGTAAATCCTACTTCTAAGGTAGAACCATGTGTTGTCAGTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTTCTACATCTTTTTTGCAATCAGGTATTGTAAAGATGGTATCTCCTACGTCAAAAATTGAACCTTGTATTGTTAGTGT consensus/100% uTssCssCsssssTssTGCAusssGGTsTsusuAAuATGssAsssCCsssssssuAsuTsGAusssTGsuTsGTssusGT consensus/90% uTssCssCsssssTssTGCAusssGGTsTsusuAAuATGssAsssCCsssssssuAsuTsGAusssTGsuTsGTssusGT consensus/80% uTssCssCssCssTsTTGCAusssGGTsTTusuAAAATGGsAsssCCssCssssAAuGTTGAusssTGTATsGTssusGT consensus/70% uTssCssCssCssTsTTGCAusssGGTsTTusuAAAATGGsAsssCCssCssssAAuGTTGAusssTGTATsGTssusGT cov pid 12401 . . . . : . . . 12480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACTTGTGGTACAACTACACTTAACGGTCTTTGGCTTGATGACGTAGTTTACTGTCCAAGACATGTGATCTGCACCTCTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACCTGTGGAACTACAACTCTTAATGGATTGTGGTTGGATGACACAGTATACTGTCCAAGACATGTCATTTGCACAGCAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TACCTGCGGTAGCATGACTCTTAATGGTCTTTGGCTTGACAACACAGTCTGGTGCCCACGACACGTAATGTGCCCGGCTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TACCTATGGTAATATGACATTGAATGGTTTATGGTTGGATGACAAGGTCTACTGTCCCAGACATGTAATATGTTCTGCTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACTTATGGTAGTATGACTTTGAATGGTTTATGGTTAGATGACAAAGTTTATTGTCCTCGTCATGTTATATGTTCATCCT consensus/100% sACsTusGGsAssAssACssTsAAsGGssTsTGGsTsGAsuACusuGTsTusTGsCCssGsCAsGTsATsTGssCssCss consensus/90% sACsTusGGsAssAssACssTsAAsGGssTsTGGsTsGAsuACusuGTsTusTGsCCssGsCAsGTsATsTGssCssCss consensus/80% sACsTuTGGTAssAsuACssTsAATGGTsTsTGGsTsGATGACAsAGTsTAsTGTCCssGACATGTsATsTGssCssCss consensus/70% sACsTuTGGTAssAsuACssTsAATGGTsTsTGGsTsGATGACAsAGTsTAsTGTCCssGACATGTsATsTGssCssCss cov pid 12481 . 5 . . . . : . 12560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAGACATGCTTAACCCTAATTATGAAGATTTACTCATTCGTAAGTCTAATCATAATTTCTTGGTACAG---------GCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAGACATGCTTAATCCTAACTATGAAGATCTGCTCATTCGCAAATCCAACCATAGCTTTCTTGTTCAG---------GCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACCAGTTGTCTGATCCTAATTATGATGCCTTGTTGATTTCTATGACTAATCATAGTTTCAGTGTGCAAAAACACATTGGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGATATGACTAATCCAGATTATACAAATTTGTTGTGTAGAGTAACATCAAGTGATTTTACTGTATTG---------TTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTAATATGAACGAACCTGATTATTCTGCCTTATTGTGTAGAGTTACTCTAGGTGATTTTACTATAATG---------TCT consensus/100% sssAssTGsssuAsCCsuAsTATsssusssTusTsssTsssusssCsssssuTuusTTssssuTsssu.........sss consensus/90% sssAssTGsssuAsCCsuAsTATsssusssTusTsssTsssusssCsssssuTuusTTssssuTsssu.........sss consensus/80% ssuAsATGssTuAsCCTuATTATussGssTTusTsssTsGsususCsssssuTuuTTTsssTGTussG.........ssT consensus/70% ssuAsATGssTuAsCCTuATTATussGssTTusTsssTsGsususCsssssuTuuTTTsssTGTussG.........ssT cov pid 12561 . . . 6 . . . . 12640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTAATGTTCAACTCAGGGTTATTGGACATTCTATGCAAAATTGTGTACTTAAGCTTAAGGTTGATACAGCCAATCCTAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGCAATGTTCAACTTCGTGTTATTGGCCATTCTATGCAAAATTGTCTGCTTAGGCTTAAAGTTGATACTTCTAACCCTAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTCCAGCAAACTTGCGTGTTGTTGGTCATGCCATGCAAGGCACTCTTTTGAAGTTGACTGTCGATGTTGCTAACCCTAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATCGTCTAAGCCTTACAGTGATGTCTTATCAAATGCGGGGTTGTATGCTTGTTCTTACAGTGACCCTGCAAAATTCTCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGTCGGATGAGTTTAACAGTTGTGTCTTACCAGATGCAGGGCTGTCAACTTGTTTTGACAGTCTCTTTACAAAATCCTTA consensus/100% GsssssssssussTssssGTsuTsssssAssssATGCuuuusssTssssTsusssTsAssGTssssssssssAAssCTsu consensus/90% GsssssssssussTssssGTsuTsssssAssssATGCuuuusssTssssTsusssTsAssGTssssssssssAAssCTsu consensus/80% GuTsusuTssussTssssGTTuTsssssATsssATGCAuuusTGTsTuCTTusssTsAsuGTsusTssssssAAsCCTsu consensus/70% GuTsusuTssussTssssGTTuTsssssATsssATGCAuuusTGTsTuCTTusssTsAsuGTsusTssssssAAsCCTsu cov pid 12641 : . . . . 7 . . 12720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GACACCTAAGTATAAGTTTGTTCGCATTCAACCAGGACAGACTTTTTCAGTGTTAGCTTGTTACAATGGTTCACCATCTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GACACCCAAGTATAAATTTGTCCGTATCCAACCTGGTCAAACATTTTCAGTTCTAGCATGCTACAATGGTTCACCATCTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CACTCCAGCCTACACTTTTACAACAGTGAAACCTGGCGCAGCATTTAGTGTGTTAGCATGCTATAATGGTCGTCCGACTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TACGCCAAAATATACATTTGGTGTGGTTAAACCTGGTGAGACTTTTACTGTTTTAGCTGCTTATAACGGCAAACCACAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CACTCCAAAATATACTTTTGGTAATGTTAAACCTGGTGAAACTTTTACTGTTTTAGCTGCGTATAATGGCCGACCACAAG consensus/100% sACsCCsussTAsAssTTTusssssuTssAACCsGGsssuuCsTTTsssGTssTAGCssssTAsAAsGGssssCCusssG consensus/90% sACsCCsussTAsAssTTTusssssuTssAACCsGGsssuuCsTTTsssGTssTAGCssssTAsAAsGGssssCCusssG consensus/80% sACsCCsAAuTATAssTTTGsssssuTssAACCTGGssAuACsTTTsCsGTsTTAGCssssTAsAATGGsssACCAsssG consensus/70% sACsCCsAAuTATAssTTTGsssssuTssAACCTGGssAuACsTTTsCsGTsTTAGCssssTAsAATGGsssACCAsssG cov pid 12721 . . : . . . . 8 12800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTGTTTACCAATGTGCTATGAGGCCCAATTTCACTATTAAGGGTTCATTCCTTAATGGTTCATGTGGTAGTGTTGGTTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGTTTATCAGTGTGCCATGAGACCTAATCATACCATTAAAGGTTCTTTCCTTAATGGATCATGTGGTAGTGTTGGTTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTACATTCACTGTTGTAATGCGCCCTAACTACACAATTAAGGGTTCCTTTCTGTGTGGTTCTTGTGGTAGTGTTGGTTAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAGCCTTTCATGTAACTATGCGTAGTAGTTATACCATTAAGGGTTCCTTTTTATGCGGATCTTGTGGATCTGTTGGTTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGGCATTTCATGTTACTATGCGTAGTAGTTATACTATTAAAGGTTCTTTTTTGTGTGGGTCATGTGGATCTGTTGGTTAT consensus/100% GsussTssssssssussATGsGssssAussssACsATTAAuGGTTCsTTssTssusGGsTCsTGTGGsssTGTTGGTTss consensus/90% GsussTssssssssussATGsGssssAussssACsATTAAuGGTTCsTTssTssusGGsTCsTGTGGsssTGTTGGTTss consensus/80% GsGssTssCAsssTuCsATGsGsssTAuTTAsACsATTAAuGGTTCsTTssTssuTGGsTCsTGTGGsssTGTTGGTTsT consensus/70% GsGssTssCAsssTuCsATGsGsssTAuTTAsACsATTAAuGGTTCsTTssTssuTGGsTCsTGTGGsssTGTTGGTTsT cov pid 12801 . . . . : . . . 12880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACATAGATTATGACTGTGTCTCTTTTTGTTACATGCACCATATGGAATTACCAACTGGAGTTCATGCTGGCACAGACTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACATTGATTATGATTGCGTGTCTTTCTGCTATATGCATCATATGGAGCTTCCAACAGGAGTACACGCTGGTACTGACTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACCAAGGAGGGTAGTGTGATCAATTTCTGTTACATGCATCAAATGGAACTTGCTAATGGTACACATACCGGTTCAGCATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTAATAATGGGTGATTGTGTTAAATTTGTTTATATGCATCAATTGGAGCTTAGTACTGGTTGTCATACTGGTACTGACTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTATTAACAGGTGATAGTGTTAAGTTTGTATATATGCATCAATTAGAGCTCAGTACTGGTTGTCACACTGGCACTGATTT consensus/100% usssssusssuTuussssuTssssTTssssTAsATGCAsCAssTuGAusTssssAssGGssssCAsuCsGGssCsGssTT consensus/90% usssssusssuTuussssuTssssTTssssTAsATGCAsCAssTuGAusTssssAssGGssssCAsuCsGGssCsGssTT consensus/80% ussATuusssuTGATsGsGTssssTTssssTAsATGCATCAssTGGAuCTssssACTGGssssCAsuCTGGsACsGAsTT consensus/70% ussATuusssuTGATsGsGTssssTTssssTAsATGCATCAssTGGAuCTssssACTGGssssCAsuCTGGsACsGAsTT cov pid 12881 . 9 . . . . : . 12960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGAAGGTAACTTTTATGGACCTTTTGTTGACAGGCAAACAGCACAAGCAGCTGGTACGGACACAACTATTACAGTTAATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGAAGGTAAATTCTATGGTCCATTTGTTGACAGACAAACTGCACAGGCTGCAGGTACAGACACAACCATAACATTAAATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGATGGTACTATGTATGGTGCCTTTATGGATAAACAAGTGCACCAAGTTCAGTTAACAGACAAATACTGCAGTGTTAATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAATGGGGATTTTTATGGTCCTTATAAGGATGCTCAGGTTGTTCAGTTGCTCATTCAGGATTATATACAATCTGTTAATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACTGGTAATTTTTATGGTCCATATAGAGATGCTCAAGTTGTACAGTTGCCAGTTAAGGACTACGTCCAGACTGTTAATG consensus/100% sussGGsusssTsTATGGssCsTsTussGAsussCAuusssssCAusssssssssssuGAssssssssssssssTsAATs consensus/90% sussGGsusssTsTATGGssCsTsTussGAsussCAuusssssCAusssssssssssuGAssssssssssssssTsAATs consensus/80% suAsGGTAAsTTsTATGGTCCsTsTussGAsussCAAussGssCAussssssusTAsuGACsssusssssACsGTTAATG consensus/70% suAsGGTAAsTTsTATGGTCCsTsTussGAsussCAAussGssCAussssssusTAsuGACsssusssssACsGTTAATG cov pid 12961 . . . 0 . . . . 13040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTTAGCTTGGTTGTACGCTGCTGTTATAAATGGAGACAGGTGGTTTCTCAATCGATTTACCACAACTCTTAATGACTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTTGGCATGGCTGTATGCTGCTGTTATCAATGGTGATAGGTGGTTTCTTAATAGATTCACCACTACTTTGAATGACTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAGTAGCTTGGCTTTACGCAGCAATACTTAATGGTTGCGCTTGGTTTGTAAAACCTAATCGCACTAGTGTTGTTTCTTTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGTAGCATGGCTTTATGCTGCTATACTTAACAATTGTAATTGGTTTGTACAAAGTGATAAGTGTTCTGTAGAAGATTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTATTGCTTGGCTCTATGCAGCTATACTTAATAATTGTGCTTGGTTTGTACAAAATGATGTTTGTTCTACTGAAGATTTT consensus/100% TssTsGCsTGGsTsTAsGCsGCsuTssTsAAsuussusussTGGTTTsTssAsssssssssssssssTsssusssssTTT consensus/90% TssTsGCsTGGsTsTAsGCsGCsuTssTsAAsuussusussTGGTTTsTssAsssssssssssssssTsssusssssTTT consensus/80% TTsTuGCsTGGCTsTAsGCsGCTuTssTsAATuuTsusussTGGTTTsTssAssusssTussssTsCTsTsuAsGAsTTT consensus/70% TTsTuGCsTGGCTsTAsGCsGCTuTssTsAATuuTsusussTGGTTTsTssAssusssTussssTsCTsTsuAsGAsTTT cov pid 13041 : . . . . 1 . . 13120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACCTTGTGGCTATGAAGTACAATT---ATGAACCTCTAACACAAGACCATGTTGACATACTAGGACCTCTTTCTGCTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACCTTGTGGCAATGAAGTACAACT---ATGAACCTTTGACACAAGATCATGTTGACATATTGGGACCTCTTTCTGCTCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AATGAATGGGCTCTTGCCAACCAATTCACTGAATTTGTTGGCACTCAATCCGTTGACATGTTAG---------CTGTCAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATGTGTGGGCTCTGTCCAATGGATTTAGCCAAGTTAAATCTGACCTTGTTATAGATGCTTTAG---------CTTCTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATGTTTGGGCTATGGCAAATGGTTTTAGCCAAGTAAAAGCAGATCTTGTCTTAGATGCTTTGG---------CTTCAAT consensus/100% AAssssssGGCssTsssssAssusT...sssAAsssssssssssssssssssTsGAsusssTuG.........CTsssss consensus/90% AAssssssGGCssTsssssAssusT...sssAAsssssssssssssssssssTsGAsusssTuG.........CTsssss consensus/80% AAssTsssGGCTsTGusssAsuusT...ussAAssTssuuCssAsssssssuTsGAsussTTuG.........CTsCsss consensus/70% AAssTsssGGCTsTGusssAsuusT...ussAAssTssuuCssAsssssssuTsGAsussTTuG.........CTsCsss cov pid 13121 . . : . . . . 2 13200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACTGGAATTGCCGTTTTAGATATGTGTGCTTCATTAAAAGAATTACTGCAAAATGGTATGAATGGACGTACCATATTGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACAGGAATTGCCGTCTTAGATATGTGTGCTGCTTTGAAAGAGCTGCTGCAGAATGGTATGAATGGTCGTACTATCCTTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AACAGGCGTTGCTATTGAACAGCTGCTTTATGCGATCCAACA---ACTGTATACTGGGTTCCAGGGAAAGCAAATCCTTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GACTGGTGTGTCTTTGGAAACACTGTTGGCTGCTATTAAGCG---TCTTAAGAATGGTTTCCAAGGACGTCAGATTATGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GACAGGTGTTTCTATTGAAACTTTATTGGCTGCTATTAAGCG---TCTATATATGGGATTTCAAGGTCGTCAAATACTAG consensus/100% uACsGGsuTssCssTsssAssssTusssssTsCssTssAusu...sCTssAsAssGGssTssAsGGssussssATssTsG consensus/90% uACsGGsuTssCssTsssAssssTusssssTsCssTssAusu...sCTssAsAssGGssTssAsGGssussssATssTsG consensus/80% uACsGGsuTTsCsuTsssAusssTGTssGCTGCssTsAAusu...sCTusAsAsTGGssTssAsGGsCGTsssATssTsG consensus/70% uACsGGsuTTsCsuTsssAusssTGTssGCTGCssTsAAusu...sCTusAsAsTGGssTssAsGGsCGTsssATssTsG cov pid 13201 . . . . : . . . 13280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTAGTGCTTTATTAGAAGATGAATTTACACCTTTTGATGTTGTTAGACAATGCTCAGGTGTTACTTTCCAAAGTGCAGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTAGCACTATTTTAGAAGATGAGTTTACACCATTTGATGTTGTTAGACAATGCTCTGGTGTTACCTTCCAAGGTAAGTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCAGTACCATGTTGGAAGATGAATTCACACCTGAGGATGTTAATATGCAGATTATGGGTGTGGTTATGCAGAGTGGTGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTAGTTGCTCTTTTGAGGATGAATTGACACCTAGCGATGTTTATCAACAACTCGCTGGTATCAAGTTACAATCAAAACGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GAAGTTGTACTTTTGAAGATGAATTGGCACCTTCTGACGTTTATCAACAATTGGCTGGTGTTAAATTGCAATCTAAAACA consensus/100% GsAGsssssssTTsGAuGATGAuTTsuCACCssssGAsGTTssTssuCAussssssGGTuTsusssTsCAusssusssss consensus/90% GsAGsssssssTTsGAuGATGAuTTsuCACCssssGAsGTTssTssuCAussssssGGTuTsusssTsCAusssusssss consensus/80% GsAGTssssssTTsGAAGATGAATTsACACCTsssGATGTTssTsuACAAssssCsGGTGTsAssTTsCAAssTuuusss consensus/70% GsAGTssssssTTsGAAGATGAATTsACACCTsssGATGTTssTsuACAAssssCsGGTGTsAssTTsCAAssTuuusss cov pid 13281 . 3 . . . . : . 13360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAAAGAACAATCAAGGGTACACACCACTGGTTGTTACTCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAGAAAATTGTTAAGGGCACTCATCATTGGATGCTTTTAACTTTCTTGACATCACTATTGATTCTTGTTCAAAGTACACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGAAAAGTTACATATGGTACTGCGCATTGGTTGTTTGCGACCCTTGTCTCAACCTATGTGATAATCTTACAAGCCACTAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACTAGATTGTTTAAAGGCACTGTTTGTTGGATTATGGCTTCTACATTTTTGTTTAGTTGCATAATTACAGCATTTGTGAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAAAGATTTATTAAAGAAACAATTTATTGGATTTTGATATCTACATTTTTGTTTAGTTGTATAATTTCTGCATTTGTTAA consensus/100% AssAuAsssssssAsGusACsssssusTGGsTssTsssssCsssssTsssssssssssssuTssTssssssusssusssA consensus/90% AssAuAsssssssAsGusACsssssusTGGsTssTsssssCsssssTsssssssssssssuTssTssssssusssusssA consensus/80% AuuAuAsTsuTsAAuGGsACsssssATTGGsTssTsssssCssssTTsssuTssssTTssATssTssssssAssTusssA consensus/70% AuuAuAsTsuTsAAuGGsACsssssATTGGsTssTsssssCssssTTsssuTssssTTssATssTssssssAssTusssA cov pid 13361 . . . 4 . . . . 13440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGGTCTTTGTTCTTTTTTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTGCAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGGTCACTGTTTTTCTTTGTTTACGAGAATGCTTTCTTGCCATTTACTCTTGGTATTATGGCAATTGCTGCATGTGCTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTTACTTTGTGGAACTACTTGTTTGAGACTATTCCCACACAGTTGTTCCCACTCTTATTTGTGACTATGGCCTTCGTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGACTATGTTTATGTATGTAACT---ACTAATATGTTTAGTATTACGTTTTGTGCACTTTGTGTTATAAGTTTGGCCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGGACTATATTTATGTATATTAAT---ACACATATGATTGGTGTTACATTATGTGTACTTTGTTTTGTTAGTTTTATGA consensus/100% uTsssCssTuTsssssTsssTssss...AsssssssssssssssTssssssssssssssTssssssssssussTssussA consensus/90% uTsssCssTuTsssssTsssTssss...AsssssssssssssssTssssssssssssssTssssssssssussTssussA consensus/80% ATGGsCTsTGTTssTsTsTsTsssT...AsTusTsTssTsssssTTuCssTssGTuTssTTsssuTTussussTTsGssA consensus/70% ATGGsCTsTGTTssTsTsTsTsssT...AsTusTsTssTsssssTTuCssTssGTuTssTTsssuTTussussTTsGssA cov pid 13441 : . . . . 5 . . 13520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTGCCACTGTAGCTTATTTTAAT--- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCTGCTTGTTAAGCATAAGCACGCATTCTTGTGCTTGTTTCTGTTACCTTCTCTTGCAACAGTTGCTTACTTTAAT--- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTTGTTGGTTAAACACAAACACACCTTTTTGACACTTTTCTTGTTGCCTGTGGCTATTTGTTTGACTTATGCAAAC--- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTGTTGGTTAAGCATAAGCATCTTTATTTGACTATGTATATAACTCCTGTGCTTTTTACACTGTTGTATAACAACTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTACTAGTTAAACATAAGCATTTTTATTTGACTATGTATATAATTCCTGTACTCTGTACCTTGTTTTATGTAAATTAT consensus/100% TGsTusTsGTsAAuCAsAAuCAssssTsssTsssssTsTsssTusssCCTsssssssssssssTssssTAssssAAs... consensus/90% TGsTusTsGTsAAuCAsAAuCAssssTsssTsssssTsTsssTusssCCTsssssssssssssTssssTAssssAAs... consensus/80% TGsTGsTsGTTAAuCATAAGCAssssTsTTTGssssTGTsTsTusTsCCTsssCTTsssACssTussTTATsssAAs... consensus/70% TGsTGsTsGTTAAuCATAAGCAssssTsTTTGssssTGTsTsTusTsCCTsssCTTsssACssTussTTATsssAAs... cov pid 13521 . . : . . . . 6 13600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ---ATGGTCTATATGCCTGCTAGTTG-GGTGATGCGTATTATGACATGGTTGGATATGGTTG-ATACTAGTTTGTCTGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ---ATGGTCTACATGCCTGCTAGCTG-GGTGATGCGTATCATGACATGGCTTGAATTGGCTG-ACACTAGCTTGTCTGGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ---ATAGTCTACGAGCCCACTACT----------CCCATTTCGTCAGCGCTGATTGCAGTTGCAAATTGGCTTGCCCCCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGGTTGTGTACAAGCATACATTTAGAGGCTATGTCTATGCATGGCTATCATATTATGTTCC------------------ 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTAGTTGTTTATAAGGAAGGTTTTAGAGGTTTTACTTATGTCTGGCTCTCATATTTTGTTCC------------------ consensus/100% ...uTsGTsTAsusGsssusssss..........sssATsssssssssssssussssussss.................. consensus/90% ...uTsGTsTAsusGsssusssss..........sssATsssssssssssssussssussss.................. consensus/80% ...uTsGTsTAsAsGCssuCTssTsG.GGsssTuCsTATssssussTssCssusTsTGsTss.................. consensus/70% ...uTsGTsTAsAsGCssuCTssTsG.GGsssTuCsTATssssussTssCssusTsTGsTss.................. cov pid 13601 . . . . : . . . 13680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGTATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGA--T 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TATAGGCTTAAGGATTGTGTTATGTATGCTTCAGCTTTAGTTTTGCTTATTCTCATGACAGCTCGCACTGTTTATGA--T 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTAATGC------------TTATATGCGCACTACACATACTGATATTGGTGTCTACATTAGTATGTCACTTGTATTA--G 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------ATCAGTTGAGTACACTTATACTGATGAAGTTATTTATGGCATGTTATTGCTTGTAGGAATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------TGCTGTGAATTTTACTTATGTTTATGAAGTATTTTATGGTTGTATTTTATGTGTTTTTGCT consensus/100% ...................ssssuTssussssAssssTusTssTusssssssssAsusssssssssssssTsTssss..s consensus/90% ...................ssssuTssussssAssssTusTssTusssssssssAsusssssssssssssTsTssss..s consensus/80% ...................TTsTGTusussssAssTuTAsTssTussusTssTTATGusAGsssusssssTGTATsA..s consensus/70% ...................TTsTGTusussssAssTuTAsTssTussusTssTTATGusAGsssusssssTGTATsA..s cov pid 13681 . 7 . . . . : . 13760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GATGGTGCTAGGAGAGTGTGGAC-ACTTATGAATGTCTTGACACTCGTTTATAAAGTTTATTATGGTAATGCTTTAGATC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GATGCTGCTAGACGTGTTTGGAC-ACTGATGAATGTCATTACACTTGTTTACAAAGTCTACTATGGTAATGCTTTAGATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCATTGTAGTGAAGAGATTGTACAACCCATCACTTTCTAACTTTGCGTTAGCATTGTGCAGTGGTGTAATGTGGTTGTAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTCTTTGTTACATTACGTAGCATTAACCATGATTTGTTTTC--TTTTATAATGTTTGTTGGTCGTTTGATTTCTGTTTTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTTTTATAACTATGCATAGTATTAATCATGACATTTTTTC--TTTGATGTTTTTGGTTGGTAGAATAGTTACTTTAATT consensus/100% sssssssssssssssssssGsAs.AsssATsAsssssssss..sssssTssssssssssusTssssTuuTssssssssss consensus/90% sssssssssssssssssssGsAs.AsssATsAsssssssss..sssssTssssssssssusTssssTuuTssssssssss consensus/80% ussssTussAsussussTsGsAs.AsssATGAsTsTsTTss..sTsGsTsusussGssTusTussuTAATsssTTsusTC consensus/70% ussssTussAsussussTsGsAs.AsssATGAsTsTsTTss..sTsGsTsusussGssTusTussuTAATsssTTsusTC cov pid 13761 . . . 8 . . . . 13840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% A-------------------------AGCCATTTCCATGTGGGCTCTTATAATCTCTGTTACTTCTAACTACTCAGGTGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% A-------------------------AGCTATTTCCATGTGGGCCTTAGTTATTTCTGTAACCTCTAACTATTCTGGTGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACTTATAGCATTGGAGAAGCCTCAAGCCCCATTGCCTATCTGGTTTTTGTCACTACACTCACTAGTGATTATACGATTAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCTTTGTGGTACAAGGGTTCTAACTTAGAGGAAGAAATTCTTCTTATGTTGGCTTCCCTTTTTGGTACTTACACATGGAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCTATGTGGTATTTTGGGTCGAATTTAGAAGAGGATGTTTTGTTATTTATTACAGCCTTTTTAGGTACTTATACATGGAC consensus/100% s.........................ssssusssssssssssssssTssTsusssCssTssssssTussTAssCssssus consensus/90% s.........................ssssusssssssssssssssTssTsusssCssTssssssTussTAssCssssus consensus/80% s.........................AGssusssssuTsssGssssTsuTsAsssCssTssssssTAssTAssCusGsus consensus/70% s.........................AGssusssssuTsssGssssTsuTsAsssCssTssssssTAssTAssCusGsus cov pid 13841 : . . . . 9 . . 13920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGTTACAACTGTCATGTTTTTGGCCAGAGGTATTGTTTTTATGTGTGTTGAGTATTGCCCTATTTTCTTCATAACTGGTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGTTACGACTATCATGTTTTTAGCTAGAGCTATAGTGTTTGTGTGTGTTGAGTATTACCCATTGTTATTTATTACTGGCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTCTTTGTTACTGTCAACCTTGCAAAAGTTTGCACTTATGCCATCTTTGCTTACTCACCACAGCTTACACTTGTGTTTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AACAGTTTTATCTATGGCTGTAGCAAAGGTTATTGCTAAGTGGGTTGCTGTGAATGTC---TTGTATTTCACAGATATAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CACTATTTTGTCATTAGCTATAGCAAAAATTGTTGCTAATTGGTTGTCTGTTAATATA---TTTTATTTTACAGATGTAC consensus/100% sussssssssssssTsssssTsGCsAuuusTsssusssssssssssssTGsssAssss...ssssssssssssussssss consensus/90% sussssssssssssTsssssTsGCsAuuusTsssusssssssssssssTGsssAssss...ssssssssssssussssss consensus/80% sussussssssssuTussTsTuGCsAuAGsTuTsGsTssTssGsssssTGsssATsss...sTsTssTTsAssusTusss consensus/70% sussussssssssuTussTsTuGCsAuAGsTuTsGsTssTssGsssssTGsssATsss...sTsTssTTsAssusTusss cov pid 13921 . . : . . . . 0 14000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTTTCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCTTTTGTTTACTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACACCTTACAGTGTATCATGCTTGTTTATTGTTTCTTAGGCTATTGTTGCTGCTGCTACTTTGGCCTTTTCTGTTTACTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CGGAAGTGAAGATGATACTTTTATTATACACATGTTTAGGTTTCATGTGTACTTGCTATTTTGGTGTCTTCTCTCTTTTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTCAAATTAAGATAGTGCTTTTGTGCTATTTGTTTATTGGTTATATTATTAGCTGTTATTGGGGCTTGTTTTCCTTGATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTTATATTAAATTGATTCTCTTGAGTTACTTATTTATAGGGTATATTTTATCTTGTTATTGGGGATTTTTCTCTCTTTTA consensus/100% ssssssTssAusssuTssTssTssssTAssssTsssTsGGsTsssssssssssTGsTAsTssGGssTsTTsTsssTssTs consensus/90% ssssssTssAusssuTssTssTssssTAssssTsssTsGGsTsssssssssssTGsTAsTssGGssTsTTsTsssTssTs consensus/80% ssssssTssAGsssATssTssTusssTAsTssTTssTAGGsTATsTTTsssssTGsTAsTssGGssTsTTsTsTsTssTs consensus/70% ssssssTssAGsssATssTssTusssTAsTssTTssTAGGsTATsTTTsssssTGsTAsTssGGssTsTTsTsTsTssTs cov pid 14001 . . . . : . . . 14080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACCGCTACTTTAGACTGACTCTTGGTGTTTATGATTACTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATTCACAGGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACCGTTACTTCAGGCTTACTCTTGGTGTTTATGACTACTTGGTCTCTACACAAGAATTTAGGTATATGAACTCCCAGGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AACCTTAAGCTTAGAGCACCTATGGGTGTCTATGACTTTAAGGTCTCAACACAAGAGTTCAGATTCATGACTGCTAACAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AACAGTTTGTTTAGAATGCCTTTGGGTGTTTATAATTATAAAATTTCAGTACAGGAATTAAGATATATGAATGCTAATGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AACAGTGTTTTTAGAATGCCTATGGGTGTTTATAATTATAAAATTTCTGTTCAAGAATTGCGTTATATGAATGCTAATGG consensus/100% AACsssssssTsAGussssCTsTsGGTGTsTATuAsTssssuuTsTCsussCAuGAuTTssGsTssATGAsssCssAsuu consensus/90% AACsssssssTsAGussssCTsTsGGTGTsTATuAsTssssuuTsTCsussCAuGAuTTssGsTssATGAsssCssAsuu consensus/80% AACsGTsssTTTAGAsTusCTsTsGGTGTTTATuAsTAsssuuTsTCsusACAuGAuTTsAGuTATATGAATsCssAsGG consensus/70% AACsGTsssTTTAGAsTusCTsTsGGTGTTTATuAsTAsssuuTsTCsusACAuGAuTTsAGuTATATGAATsCssAsGG cov pid 14081 . 1 . . . . : . 14160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGTTGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTTTTGCCTCCTAAGAGTAGTATTGATGCTTTCAAGCTTAACATTAAGTTGTTGGGTATTGGAGGTAAACCATGTATCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCTAACTGCACCTAGAAATTCTTGGGAGGCTATGGCTCTGAACTTTAAGTTAATAGGTATTGGCGGTACACCTTGTATAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTGCGCCCTCCTAAGAATAGTTTTGAAGCCCTTATGCTTAATTTTAAGCTGTTGGGTATTGGAGGTGTTCCAATCATTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTTACGTCCACCTCGTAATAGTTTTGAGGCTATTTTGTTAAATTTAAAACTGCTTGGAATAGGTGGCGTGCCAGTTATTG consensus/100% ssTsssssCsCCssusAuTssssssGAsGCssTsssssTsAAssTsAAusTusTsGGsuTsGGsGGsussCCssssATsu consensus/90% ssTsssssCsCCssusAuTssssssGAsGCssTsssssTsAAssTsAAusTusTsGGsuTsGGsGGsussCCssssATsu consensus/80% ssTusssCCsCCTAuuAATAGTsTsGAsGCssTsusuCTsAAssTTAAusTGsTuGGTATTGGsGGsusuCCsssTATsu consensus/70% ssTusssCCsCCTAuuAATAGTsTsGAsGCssTsusuCTsAAssTTAAusTGsTuGGTATTGGsGGsusuCCsssTATsu cov pid 14161 . . . 2 . . . . 14240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATGTAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGGTTGCTACTGTACAGTCTAAAATGTCTGACGTAAAGTGCACATCTGTGGTACTGCTCTCGGTTCTTCAACAACTTAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGGTTGCTGCTATGCAGTCTAAACTTACAGATCTTAAATGCACATCTGTGGTTCTCCTCTCTGTGCTCCAACAGTTACAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAGTATCTCAATTTCAATCAAAATTGACTGATGTCAAATGTGCTAATGTCGTCTTGCTTAATTGCTTGCAACATTTGCAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAGTCTCCCAAATTCAATCAAAATTGACTGATGTGAAATGTGCTAATGTTGTTTTGTTAAATTGTTTACAGCATTTGCAT consensus/100% AuGTssCsssssTsCAuTCsAAAsTssCsGAssTsAAuTGsuCssssGTsGTssTssTssssssssTsCAuCAssTssus consensus/90% AuGTssCsssssTsCAuTCsAAAsTssCsGAssTsAAuTGsuCssssGTsGTssTssTssssssssTsCAuCAssTssus consensus/80% AuGTssCssssuTsCAuTCsAAAsTGsCsGATGTsAAuTGsuCsssTGTsGTssTuCTssssssssTsCAACAssTssus consensus/70% AuGTssCssssuTsCAuTCsAAAsTGsCsGATGTsAAuTGsuCsssTGTsGTssTuCTssssssssTsCAACAssTssus cov pid 14241 : . . . . 3 . . 14320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTAGAATCATCATCTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTACACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTACTGAAGC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTAGAGTCATCTTCTAAATTGTGGGCACAATGTGTACAACTCCACAATGATATTCTTCTTGCAAAAGACACAACTGAAGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTAGAGGCTAATAGTAGGGCCTGGGCTTTCTGTGTTAAATGCCATAATGATATATTGGCAGCAACAGACCCCAGTGAGGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTGCTTCTAATTCTAAGTTGTGGCATTATTGTAGCACTTTGCACAATGAAATACTTGCCACTTCGGATCTGAGTGTTGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTGCTTCTAATTCTAAGTTGTGGCAGTATTGTAGTGTTTTACATAATGAAATACTATCTACTTCAGATTTGAGTGTAGC consensus/100% sTsGsssCssssssTAuusssTGGssssssTGTussssssssCAsAATGAsATssTssssuCsssuGAssssAsTGssGC consensus/90% sTsGsssCssssssTAuusssTGGssssssTGTussssssssCAsAATGAsATssTssssuCsssuGAssssAsTGssGC consensus/80% GTsGssTCsssTTCTAAuTTGTGGssssAsTGTusssssTTsCAsAATGAsATsCTssssuCsssAGAssssAsTGsuGC consensus/70% GTsGssTCsssTTCTAAuTTGTGGssssAsTGTusssssTTsCAsAATGAsATsCTssssuCsssAGAssssAsTGsuGC cov pid 14321 . . : . . . . 4 14400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTGTAGA------------------CATAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTCGAGAAGATGGTTTCTCTTTTGTCTGTTTTGCTATCCATGCAGGGTGCTGTAGA------------------CATTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTCGAGAAATTCGTAAGTCTCTTTGCTACTTTAATGACTTTTTCTGGTAATGTAGA------------------TCTTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTTGAAAAGCTTGCTCAGTTATTAATTGTTTTGTTTGCTAATCCAGCTGCTGTGGATAGCAAGTGCCTGACTAGTATTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTGATAAGCTTGCTCAATTATTGATTGTTTTATTCGCCAATCCTGCTGCAGTTGATACTAAGTGTCTTGCAAGTATAG consensus/100% sTTsGAsAAusTsGssssssTssTsssTusTTTusTssCsssssssGsTussGTsGA..................ssTsu consensus/90% sTTsGAsAAusTsGssssssTssTsssTusTTTusTssCsssssssGsTussGTsGA..................ssTsu consensus/80% TTTsGAuAAusTsGsTssssTsTTsssTGTTTTusTssCsAssCssGsTGCTGTuGA..................sATsu consensus/70% TTTsGAuAAusTsGsTssssTsTTsssTGTTTTusTssCsAssCssGsTGCTGTuGA..................sATsu cov pid 14401 . . . . : . . . 14480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAGCCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATAGGTTGTGCGAGGAAATGCTCGATAACCGTGCTACTCTTCAGGCTATTGCTTCAGAATTTAGTTCTTTACCATCATAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGCGTTAGCTAGTGATATTTTTGACACTCCTAGCGTACTTCAAGCTACTCTTTCTGAGTTTTCACACTTAGCTACCTTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAGAAGTTTGCGATGATTACGCAAAGGACAATACTGTTTTGCAGGCTTTACAGAGTGAATTTGTTAATATGGCTAGCTTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGAAGTTAGCGATGATTATGTTCAAGATAGTACCGTTTTGCAGGCTTTGCAAAGTGAGTTTGTAAATATGGCTAGTTTT consensus/100% AsususTssssuusGAssssssssAsusssssussusssTsCAuGCTsssssssssGAuTTTsssssssTssCssssTss consensus/90% AsususTssssuusGAssssssssAsusssssussusssTsCAuGCTsssssssssGAuTTTsssssssTssCssssTss consensus/80% AsuuusTssGsGAsGAsssssTsuAsuAssuTuCsusssTsCAuGCTsTsssssssGAuTTTussssssTusCssssTsT consensus/70% AsuuusTssGsGAsGAsssssTsuAsuAssuTuCsusssTsCAuGCTsTsssssssGAuTTTussssssTusCssssTsT cov pid 14481 . 5 . . . . : . 14560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATGAGCAGGCTGTTGCTAATGGTGA---TTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCCGCTTATGCCACTGCCCAGGAGGCCTATGAGCAGGCTGTAGCTAATGGTGA---TTCTGAAGTCGTTCTCAAAAAGTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTGAGTTGGAAGCTGCGCAGAAAGCCTATCAGGAAGCTATGGACTCTGGTGACACCTCACCACAAGTTCTTAAGGCTTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTGAATATGAAGTTGCTAAGAAAAATCTTGATGAGGCGCGTTTTAGTGGTTCTGCTAATCAACAGCAGTTAAAACAGCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTGAATATGAAGTCGCAAAGAAAAATTTGGCTGATGCTAAAAATAGTGGTTCTGTTAATCAACAACAGATAAAACAGTT consensus/100% GssGssTssGssussGCssAuuAuusssssssssAsGCsssssssssTGGTss...ssssssAsssssssTsAAussssT consensus/90% GssGssTssGssussGCssAuuAuusssssssssAsGCsssssssssTGGTss...ssssssAsssssssTsAAussssT consensus/80% GssGssTsTGssusTGCssAGuAAussTsTGAssAuGCTussusTAuTGGTss...TssTsAAsssssssTsAAAsAGTT consensus/70% GssGssTsTGssusTGCssAGuAAussTsTGAssAuGCTussusTAuTGGTss...TssTsAAsssssssTsAAAsAGTT cov pid 14561 . . . 6 . . . . 14640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAAGAAGTCTTTGAATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGGCTGATC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAAGAAATCTTTGAATGTGGCTAAATCTGAGTTTGACCGTGATGCTGCCATGCAACGCAAGTTGGAAAAGATGGCAGATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCAGAAGGCTGTTAATATAGCTAAAAACGCCTATGAGAAGGATAAGGCAGTGGCCCGTAAGTTAGAACGTATGGCTGATC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGAGAAAGCCTGTAATATTGCTAAATCTGCTTATGAACGCGACCGTGCTGTAGCAAAAAAGTTGGAGCGTATGGCTGATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGAAAAAGCATGTAATATAGCTAAGTCTGTGTATGAACGTGATAAAGCTGTAGCTCGCAAACTTGAACGTATGGCAGACC consensus/100% usAuAAusCssssAATuTsGCTAAusssGssTsTGAssusGAssssGCsuTussssusAAusTsGAususATGGCsGAss consensus/90% usAuAAusCssssAATuTsGCTAAusssGssTsTGAssusGAssssGCsuTussssusAAusTsGAususATGGCsGAss consensus/80% uuAGAAusCsTssAATuTuGCTAAATCTGssTsTGAsCGsGATussGCsuTusssCGsAAGTTuGAAsusATGGCsGATC consensus/70% uuAGAAusCsTssAATuTuGCTAAATCTGssTsTGAsCGsGATussGCsuTusssCGsAAGTTuGAAsusATGGCsGATC cov pid 14641 : . . . . 7 . . 14720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAGTTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGGCTATGACCCAAATGTACAAACAGGCAAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAGTAACTAGTGCTATGCAAACAATGCTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGGCTATGACTTCTATGTATAAGCAAGCACGTGCTGAAGACAAGAAAGCAAAAATTGTCAGTGCTATGCAAACTATGTTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGGCTCTCACTAATATGTATAAAGAAGCTAGAATTAATGATAAGAAGAGTAAGGTTGTTTCTGCCTTGCAAACTATGCTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGCACTTACTAACATGTATAAAGAGGCTCGGATTAATGATAAGAAGAGTAAAGTTGTTTCCGCTTTGCAGACAATGCTT consensus/100% suGCssTsACssssATGTAsAAusAuGCssGsssTuAsGAsAAGAuuussAAuuTsusssssGCssTGCAuACsATGsTs consensus/90% suGCssTsACssssATGTAsAAusAuGCssGsssTuAsGAsAAGAuuussAAuuTsusssssGCssTGCAuACsATGsTs consensus/80% suGCTsTsACssAsATGTATAAAsAuGCssGussTuAsGAsAAGAuGussAAAGTTusTssTGCTsTGCAuACsATGCTs consensus/70% suGCTsTsACssAsATGTATAAAsAuGCssGussTuAsGAsAAGAuGussAAAGTTusTssTGCTsTGCAuACsATGCTs cov pid 14721 . . : . . . . 8 14800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCACTCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTCACTATGCTTAGGAAGCTTGATAATGATGCACTTAACAACATTATCAACAATGCGCGTGATGGTTGTGTTCCACTCAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTGGTATGATTAAGAAGCTCGACAACGATGTTCTTAATGGTATCATTTCTAACGCTAGGAATGGTTGTATACCTCTTAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTAGTATGGTGCGTAAGTTAGATAATCAAGCTCTGAATTCAATATTAGATAACGCTGTGAAGGGTTGTGTACCATTGAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTAGCATGGTTCGTAAATTGGATAATCAGGCTTTAAATTCTATTCTGGATAATGCTGTTAAAGGTTGTGTACCTTTGAG consensus/100% TTsussATGsTssusAAusTsGAsAAssAsGsssTsAAssssATssTssssAAsGCssssuAsGGTTGTuTsCCssTsAu consensus/90% TTsussATGsTssusAAusTsGAsAAssAsGsssTsAAssssATssTssssAAsGCssssuAsGGTTGTuTsCCssTsAu consensus/80% TTsAsTATGsTTsGsAAGsTsGATAATsAsGCsCTsAAssssATssTsuAsAAsGCsussuAsGGTTGTGTsCCssTsAu consensus/70% TTsAsTATGsTTsGsAAGsTsGATAATsAsGCsCTsAAssssATssTsuAsAAsGCsussuAsGGTTGTGTsCCssTsAu cov pid 14801 . . . . : . . . 14880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATAATACCTCTTACAACAGCAGCCAAACTAATGGTTGTCATACCAGACTATAACACATATAAAAATACGTGTGATGGTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATCATACCATTGACTACAGCAGCCAAACTCATGGTTGTTGTCCCTGATTATGGTACCTACAAGAACACTTGTGATGGTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTCATCCCACTGTGTGCTTCAAATAAACTTCGCGTTGTAATTCCTGACTTCACCGTCTGGAATCAGGTAGTCACATATC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGCAATACCTTCATTGGCAGCAAATACTCTGAATATAATTGTACCAGATAAAAGTGTTTATGACCAGGTAGTTGATAATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGCTATTCCAGCATTGGCTGCTAATACTTTAACTATAGTAATACCAGATAAACAAGTTTTTGATAAAGTTGTTGATAATG consensus/100% sussATsCCsssssssuCssCsussAsssTssssuTsuTsuTsCCsGAsssssssussTssuAssAsusssssusssuTs consensus/90% sussATsCCsssssssuCssCsussAsssTssssuTsuTsuTsCCsGAsssssssussTssuAssAsusssssusssuTs consensus/80% sussATsCCsssusssuCsGCAussAssCTsAssuTsGTsuTsCCsGAssAsuusussTusuAssAsussssTGATuuTu consensus/70% sussATsCCsssusssuCsGCAussAssCTsAssuTsGTsuTsCCsGAssAsuusussTusuAssAsussssTGATuuTu cov pid 14881 . 9 . . . . : . 14960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAACATTTACTTATGCATCAGCATTGTGGGAAATCCAACAGGTTGTAGATGCAGATAGTAAAATTGTTCAACTTAGTGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACACCTTTACATATGCATCTGCACTCTGGGAAATCCAGCAAGTTGTTGATGCGGATAGCAAGATTGTTCAACTTAGTGAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCTCGCTTAACTACGCTGGGGCTTTGTGGGACATTACAGTTATAAACAATGTGGACAATGAAATTGTTAAGTCTTCAGAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCTATGTTACCTATGCGGGTAATGTATGGCAGATTCAAACTATCCAGGATTCAGATGGTACAAATAAGCAGTTGAATGAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTATGTTACATATGCTGGTAGTGTATGGCATATACAGACTGTTCAAGATGCTGATGGTATTAATAAACAGTTAACTGAT consensus/100% ssssssTTAssTAsGCssssusssTsTGGsAsATsssusssuTssssuATsssGAsuusussAsTusssAussssssGAs consensus/90% ssssssTTAssTAsGCssssusssTsTGGsAsATsssusssuTssssuATsssGAsuusussAsTusssAussssssGAs consensus/80% ssssssTTACsTATGCssssusssTuTGGsAsATsCAusssuTssssGATGCuGATuGTAsuAsTussCAusTsAsTGAs consensus/70% ssssssTTACsTATGCssssusssTuTGGsAsATsCAusssuTssssGATGCuGATuGTAsuAsTussCAusTsAsTGAs cov pid 14961 . . . 0 . . . . 15040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATTAGTATGGACAATTCACCTAATTTAGCATGGCCTCTTATTGTAACAGCTTTAAGGG---CCAAT------TCTGCTGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATTAACATGGACAATTCACCAAATTTGGCTTGGCCTCTTATTGTTACAGCTCTAAGAG---CCAAC------TCAGCTGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTT---GTAGACAGCAATGAAAATTTAACATGGCCACTTGTTTTAGAATGCACTAGGGCATCCACT------TCTGCCGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATA------------TCTGATGATTGTAACTGGCCACTAGTTATTATTGCAAATCGGT---ATAATGAGGTATCTGCTAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATT------------AGTGTTGATTCTAATTGGCCTCTTGTTATCATTGCGAACAGGT---ATAATGAAGTTGCTAATGC consensus/100% uTs............ssssssuATTssussTGGCCsCTsuTTsTsusssssssssGus...ssAss......sCsussus consensus/90% uTs............ssssssuATTssussTGGCCsCTsuTTsTsusssssssssGus...ssAss......sCsussus consensus/80% ATT............ssssssuATTssussTGGCCsCTTuTTuTsAssGCssssAGGs...ssAAT......TCTGCTGs consensus/70% ATT............ssssssuATTssussTGGCCsCTTuTTuTsAssGCssssAGGs...ssAAT......TCTGCTGs cov pid 15041 : . . . . 1 . . 15120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAATTACAGAATAATGAGCTTAGTCCTGTTGCACTACGACAGATGTCTTGTGCTGCCGGTACTACACAAACTGCTTGCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAAACTACAGAATAATGAACTGAGTCCAGTAGCACTACGACAGATGTCCTGTGCGGCTGGTACCACACAAACAGCTTGTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAAGTTGCAAAATAATGAGATCAAACCTTCAGGTCTAAAAACCATGGTTGTGTCTGCGGGTCAAGAGCAAACTAACTGTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTTTGCAAAATAATGAATTAATGCCTGCTAAGTTGAAAATTCAGGTTGTTAATAGTGGTCCAGATCAGACT---TGTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTATGCAGAATAATGAGTTGATGCCTCATAAATTAAAAATACAAGTTGTTAATAGTGGTTCTGATATGAAT---TGTA consensus/100% susssTuCAuAATAATGAusTsAssCCssssusssTusuAsssssusssssssssussGGTsssussssuAss...TGsA consensus/90% susssTuCAuAATAATGAusTsAssCCssssusssTusuAsssssusssssssssussGGTsssussssuAss...TGsA consensus/80% TusssTuCAuAATAATGAusTsAssCCTsssususTAsuAsssssGssTssTusTussGGTsCsussCAuACT...TGTA consensus/70% TusssTuCAuAATAATGAusTsAssCCTsssususTAsuAsssssGssTssTusTussGGTsCsussCAuACT...TGTA cov pid 15121 . . : . . . . 2 15200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTGATGACAATGCGTTAGCTTACTACAACACAACAAAGGGAGGTAGGTTTGTACTTGCACTGTTATCCGATTTACAGGAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTGATGACAATGCACTTGCCTACTATAACAATTCGAAGGGAGGTAGGTTTGTGCTGGCATTACTATCAGACCACCAAGAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATACT---AGTTCCTTAGCTTATTACGAACCTGTGCAGGGTCGTAAAATGCTGATGGCTCTTCTTTCTGATAATGCCTAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATACA---CCTACTCAATGTTACTATAATAATAGTAACAATGGGAAGATTGTTTATGCTATACTTAGTGATGTTGATGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATATT---CCTACTCAATGTTATTATAATAATGGTAGTAGTGGTAGAATAGTTTATGCTGTTCTTAGTGATGTTGATGGT consensus/100% sTuss...ssTsCsssssssTAsTAsuAssssssssusuussGsAuusTssTssssGCssTssTssssGAssssssssuT consensus/90% sTuss...ssTsCsssssssTAsTAsuAssssssssusuussGsAuusTssTssssGCssTssTssssGAssssssssuT consensus/80% sTusT...ssTuCsssAssTTAsTAsAAsAsTussAAsuGsGGTAuusTsGTssssGCssTsCTssssGATssssAsGuT consensus/70% sTusT...ssTuCsssAssTTAsTAsAAsAsTussAAsuGsGGTAuusTsGTssssGCssTsCTssssGATssssAsGuT cov pid 15201 . . . . : . . . 15280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGAAATGGGCTAGATTCCCTAAGAGTGATGGAACTGGTACTATCTATACAGAACTGGAACCACCTTGTAGGTTTGTTAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTCAAATGGGCTAGATTCCCTAAGAGTGATGGTACAGGTACAATTTACACAGAACTGGAACCACCTTGTAGGTTTGTTAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTCAAATGGGCGCGTGTTGAAGGTAAGGACGGATTTGTCAGTGT------AGAGCTACAACCTCCTTGCAAATTCTTGAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTTAAGTATACAAAAATTCTTAAAGATGATGGCAATTTTGTTGTTT---TGGAGTTAGATCCTCCTTGTAAATTTACTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTTAAGTATACTAAGATAATGAAAGATGATGGAAATTGTGTTGTTT---TAGAGCTTGATCCTCCTTGTAAATTTTCTAT consensus/100% sTsAAuTusuCssussTssssuusuusGAsGGsssssssussuT......uGAusTssAsCCsCCTTGsAuuTTssssus consensus/90% sTsAAuTusuCssussTssssuusuusGAsGGsssssssussuT......uGAusTssAsCCsCCTTGsAuuTTssssus consensus/80% CTsAAuTusuCsAuusTssssAAuuuTGATGGsAsTssTusTuTsT...sAGAuCTuGAsCCsCCTTGTAuuTTTssTAs consensus/70% CTsAAuTusuCsAuusTssssAAuuuTGATGGsAsTssTusTuTsT...sAGAuCTuGAsCCsCCTTGTAuuTTTssTAs cov pid 15281 . 3 . . . . : . 15360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGACACACCTAAAGGTCCTAAAGTGAAGTATTTATACTTTATTAAAGGATTAAACAACCTAAATAGAGGTATGGTACTTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGACACACCAAAAGGGCCTAAAGTGAAATACTTGTACTTCATCAAAGGCTTAAACAACCTAAATAGAGGTATGGTGCTGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCGGGACCAAAAGGACCTGAAATCCGATATCTCTATTTTGTTAAAAATCTTAACAACCTTCATCGCGGGCAAGTGTTAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCAAGATGCTAAAGGTCTTAAAATTAAGTACCTTTATTTTGTAAAAGGTTGTAACACACTAGCAAGAGGCTGGGTTGTTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACAAGATGTTAAGGGACTTAAAATTAAGTATCTTTATTTTATTAAAGGATGTAACACTTTAGCTAGAGGGTGGGTTGTTG consensus/100% ssssusssssAAuGGsCsTuAAuTssuuTAssTsTAsTTsuTsAAAuussssAACAsssTsssssGsGGsssuGTssTsG consensus/90% ssssusssssAAuGGsCsTuAAuTssuuTAssTsTAsTTsuTsAAAuussssAACAsssTsssssGsGGsssuGTssTsG consensus/80% ssAsusssCsAAAGGsCsTAAAuTsAAuTAssTsTAsTTTuTsAAAGGsTssAACAssCTAusTAGAGGsssGGTssTsG consensus/70% ssAsusssCsAAAGGsCsTAAAuTsAAuTAssTsTAsTTTuTsAAAGGsTssAACAssCTAusTAGAGGsssGGTssTsG cov pid 15361 . . . 4 . . . . 15440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTAGTTTAGCTGCCACAGTACGTCTACAAGCTGGTAATGCAACAGAAGTGCCTGCCAATTCAACTGTATTATCTTTCTGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCAGTTTAGCTGCTACAGTACGTCTTCAGGCTGGAAATGCTACAGAAGTACCTGCCAATTCAACTGTGCTTTCCTTCTGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGCACATTGCTGCGACTGTTAGATTGCAAGCTGGTTCTAACACCGAGTTTGCCTCTAATTCCTCGGTGTTGTCACTTGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTACAATTTCTTCTACAGTTAGATTGCAAGCTGGAACTGCTACTGAATATGCTTCCAACTCATCTATATTGTCTTTATGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTACTTTATCTTCAACAATTAGATTGCAGGCTGGTGTTGCTACTGAGTATGCAGCTAATTCTTCTATACTTTCATTATGT consensus/100% GsssssTssCTsCsACsuTssGssTsCAuGCTGGsssTussACsGAussssCssCsAAsTCssCsuTusTsTCssTsssT consensus/90% GsssssTssCTsCsACsuTssGssTsCAuGCTGGsssTussACsGAussssCssCsAAsTCssCsuTusTsTCssTsssT consensus/80% GsAsssTssCTsCsACAGTssGssTuCAuGCTGGsusTGCsACsGAussssCssCsAATTCssCTuTusTsTCsTTsTGT consensus/70% GsAsssTssCTsCsACAGTssGssTuCAuGCTGGsusTGCsACsGAussssCssCsAATTCssCTuTusTsTCsTTsTGT cov pid 15441 : . . . . 5 . . 15520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTTTTGCTGTAGATGCTGCTAAAGCTTACAAAGATTATCTAGCTAGTGGGGGACAACCAATCACTAATTGTGTTAAGAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTTTTGCAGTAGACCCTGCTAAAGCATATAAGGATTACCTAGCAAGTGGAGGACAACCAATCACCAACTGTGTGAAGAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AACTTCACCGTTGATCCTCAAAAAGCTTATCTCGATTTCGTCAATGCGGGAGGTGCCCCATTGACAAATTGTGTTAAGAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCGTTTTCTGTAGATCCTAAGAAAACGTATTTAGATTTTATACAACAAGGAGGAACACCTATTGCCAATTGTGTTAAAAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCATTTTCTGTAGATCCTAAGAAAACTTATTTAGATTATATACAACAAGGTGGTGTACCTATAATTAATTGTGTTAAAAT consensus/100% ussTTssCsGTsGAssCTsssAAAuCsTAssssGATTsssTsssssssGGsGGssssCCssTsussAAsTGTGTsAAuAT consensus/90% ussTTssCsGTsGAssCTsssAAAuCsTAssssGATTsssTsssssssGGsGGssssCCssTsussAAsTGTGTsAAuAT consensus/80% GCsTTTsCsGTAGATCCTussAAAuCsTATssuGATTsssTAssssusGGuGGsssACCsATsACsAATTGTGTTAAuAT consensus/70% GCsTTTsCsGTAGATCCTussAAAuCsTATssuGATTsssTAssssusGGuGGsssACCsATsACsAATTGTGTTAAuAT cov pid 15521 . . : . . . . 6 15600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTGTGTACACACACTGGTACTGGTCAGGCAATAACAGTTACACCGGAAGCCAATATGGATCAAGAATCCTTTGGTGGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTTGTGTACACACACTGGTACAGGACAGGCAATTACTGTAACACCAGAAGCTAACATGGACCAAGAGTCCTTTGGTGGTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTTACTCCTAAAACTGGTACAGGTATAGCTATATCTGTTAAACCAGAGAGTACAGCTGATCAAGAGACTTATGGTGGAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTGTGTGACCATGCTGGTACCGGTATGGCCATTACTGTTAAACCCGATGCTACCACTAGTCAGGATTCATATGGTGGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCTCTGTGATCATGCTGGTACTGGTATGGCCATTACTATTAAACCTGAGGCTACTATTAACCAAGATTCTTATGGTGGTG consensus/100% GsTsssTssssAsuCTGGTACsGGsssuGCsATssCsuTsAsACCsGAsussAssussuusCAuGAssCsTsTGGTGGsG consensus/90% GsTsssTssssAsuCTGGTACsGGsssuGCsATssCsuTsAsACCsGAsussAssussuusCAuGAssCsTsTGGTGGsG consensus/80% GsTsTGTussCAsuCTGGTACsGGTssGGCsATsACTGTTAsACCsGAuGCTAssAssuAsCAAGAsTCsTsTGGTGGTG consensus/70% GsTsTGTussCAsuCTGGTACsGGTssGGCsATsACTGTTAsACCsGAuGCTAssAssuAsCAAGAsTCsTsTGGTGGTG cov pid 15601 . . . . : . . . 15680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATCGTGTTGTCTGTACTGCCGTTGCCACATAGATCATCCAAATCCTAAAGGATTTTGTGACTTAAAAGGTAAGTATGTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTTCATGTTGTCTGTATTGTAGATGCCACATTGACCATCCAAATCCTAAAGGATTCTGTGACTTGAAAGGTAAGTACGTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTTCAGTGTGTCTCTATTGCCGTGCGCATATAGAACATCCTGATGTCTCTGGTGTTTGTAAATATAAGGGTAAGTTTGTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CGTCTGTTTGTATATATTGCCGCGCACGAGTTGAACACCCAGATGTTGATGGGTTGTGCAAATTACGCGGCAAGTTTGTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CCTCAGTTTGTATTTATTGCCGTGCACGTGTAGAGCATCCAGATGTAGATGGTATATGTAAATTACGTGGTAAATTTGTA consensus/100% CsTCssssTGTsTsTAsTGssGssssCusuTsGAsCAsCCsuATssssssGGssTsTGsuAsTsssusGGsAAuTssGTs consensus/90% CsTCssssTGTsTsTAsTGssGssssCusuTsGAsCAsCCsuATssssssGGssTsTGsuAsTsssusGGsAAuTssGTs consensus/80% CsTCussTTGTsTsTATTGCCGssssCusuTsGAsCATCCAuATsssuAsGGssTsTGTuAsTTususGGTAAGTsTGTs consensus/70% CsTCussTTGTsTsTATTGCCGssssCusuTsGAsCATCCAuATsssuAsGGssTsTGTuAsTTususGGTAAGTsTGTs cov pid 15681 . 7 . . . . : . 15760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAATACCTACAACTTGTGCTAATGACCCTGTGGGTTTTACACTTAAAAACACAGTCTGTACCGTCTGCGGTATGTGGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAAATACCTACCACTTGTGCTAATGACCCAGTGGGTTTTACACTTAGAAACACAGTCTGTACCGTCTGCGGAATGTGGAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CAAATCCCTGCTCAGTGTGTCCGTGACCCTGTGGGATTTTGTTTGTCAAATACCCCCTGTAATGTCTGTCAATATTGGAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAAGTGCCTGTAG---GTATAAAAGATCCTGTGTCTTATGTTTTGACACATGATGTTTGTCGAGTTTGTGGATTTTGGCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAAGTCCCTTTGG---GTATAAAAGATCCTATTCTTTATGTGTTAACACATGATGTTTGTCAAGTCTGTGGTTTTTGGAG consensus/100% CAAuTsCCTssss...GTusssusGAsCCsuTssssTsTssssTsssAsAsusssssTGTsssGTsTGssussssTGGss consensus/90% CAAuTsCCTssss...GTusssusGAsCCsuTssssTsTssssTsssAsAsusssssTGTsssGTsTGssussssTGGss consensus/80% CAAuTsCCTussu...GTussAAsGAsCCTGTGssTTsTusssTsAsAsAsussGTsTGTsssGTCTGsGGssTsTGGAu consensus/70% CAAuTsCCTussu...GTussAAsGAsCCTGTGssTTsTusssTsAsAsAsussGTsTGTsssGTCTGsGGssTsTGGAu cov pid 15761 . . . 8 . . . . 15840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGGTTATGGCTGTAGTTGTGATCAACTCCGCGAACCCATGCTTCAGTCAGCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGGGTTTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGGTTATGGCTGTAGTTGTGACCAACTCCGCGAACCCTTGATGCAGTCTGCGGATGCATCAACGTTTTTAAACGGGTTTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGATATGGGTGCAATTGTGACTCGCTTAGGCAAGCAGCACTGCCCCAATCTAAAGATTCCAATTTTTTAAACGAGTCCG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGAT------GGAAGTTGTTCATGTGTTAGCACTGACACTACTGTTCAATCAAAAGATACTAATTTTTTAAACGGGTTCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGAT------GGCAGTTGTTCCTGTGTAGGTTCAAGTGTCGCTGTTCAATCTAAAGATTTAAATTTTTTAAACGGGTTCG consensus/100% sGus......sGsAuTTGTsssssssTssGssssssssssssssssssssCsuAsGssssssssTTTTTAAACGuGTssG consensus/90% sGus......sGsAuTTGTsssssssTssGssssssssssssssssssssCsuAsGssssssssTTTTTAAACGuGTssG consensus/80% uGuT......sGsAGTTGTssssussTssGsssAsssussssssssssAsCsuAsGsssssAssTTTTTAAACGGGTTsG consensus/70% uGuT......sGsAGTTGTssssussTssGsssAsssussssssssssAsCsuAsGsssssAssTTTTTAAACGGGTTsG cov pid 15841 : . . . . 9 . . 15920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CGGTGTAAGTGCA---GCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTATACAGGGCTTTTGACATCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGGTGTAAGTGCA---GCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTCTACAGGGCTTTTGATATTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGGTTCTATTGTAAATGCCCGAATAGAACCCTGTTCAAGTGGTTTGTCCACTGATGTCGTCTTTAGGGCATTTGACATCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGGTACGAGTGTAGATGCCCGTCTCGTACCCTGCGCCAGTGGTTTATCTACTGATGTACAATTAAGGGCATTTGATATTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGGTACTAGTGTGAATGCCCGGCTAGTACCCTGTGCTAGTGGTTTATCTACTGATGTTCAATTAAGGGCATTTGACATTT consensus/100% sGGTsssAsTGsu...GCCCGssTsusACCsTGssssAssGGsssssssACTGATGTssssTssAGGGCsTTTGAsATsT consensus/90% sGGTsssAsTGsu...GCCCGssTsusACCsTGssssAssGGsssssssACTGATGTssssTssAGGGCsTTTGAsATsT consensus/80% sGGTussAGTGsA...GCCCGsCTsusACCsTGsGssAssGGssssssTACTGATGTssssTssAGGGCsTTTGAsATsT consensus/70% sGGTussAGTGsA...GCCCGsCTsusACCsTGsGssAssGGssssssTACTGATGTssssTssAGGGCsTTTGAsATsT cov pid 15921 . . : . . . . 0 16000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACAAT------GATAAAGTAGCTGGTTTTGCTAAATTCCTAAAAACTAATTGTTGTCGCTTCCAAGAAAAGGACGAAGAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACAAC------GAAAAAGTTGCTGGTTTTGCAAAGTTCCTAAAAACTAATTGCTGTCGCTTCCAGGAGAAGGATGAGGAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCAACTATAAGGCTAAGGTTGCTGGTATTGGAAAATACTACAAGACTAATACTTGTAGGTTTGTAGAATTAGATGACCAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACAAT------GCTAGTGTTGCTGGCATTGGTTTACATTTAAAAGTTAATTGTTGCCGTTTTCAGCGTGTTGATGAGAAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTAAT------ACCAATAGAGCTGGTATAGGTTTATATTATAAAGTGAATTGTTGCCGTTTTCAGCGTATAGATGACGAC consensus/100% usAAs......ussAusussGCTGGssTsGssssussssssAAuussAATsssTGssGsTTsssusussssGAsGAssAs consensus/90% usAAs......ussAusussGCTGGssTsGssssussssssAAuussAATsssTGssGsTTsssusussssGAsGAssAs consensus/80% uCAAs......GssAAsGTsGCTGGTsTTGssssATsssssAAAusTAATTGTTGsCGsTTsCAusususuGATGAsuAs consensus/70% uCAAs......GssAAsGTsGCTGGTsTTGssssATsssssAAAusTAATTGTTGsCGsTTsCAusususuGATGAsuAs cov pid 16001 . . . . : . . . 16080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GACAATTTAATTGATTCTTACTTTGTAGTTAAGAGACACACTTTCTCTAACTACCAACATGAAGAAACAATTTATAATTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGCAATTTATTAGACTCTTACTTTGTAGTTAAGAGGCATACTATGTCTAACTACCAACATGAAGAGACTATTTATAACTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGGCATCATTTAGACTCCTATTTTGTCGTTAAGAGGCATACTATGGAGAATTATGAACTAGAGAAGCACTGTTACGACTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTGATAAATTAGATCAGTTCTTTGTTGTTAAGAGGACAGATCTGACTATATATAATAGAGAGATGAAATGCTATGAGCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGTAATAAATTGGATAAGTTCTTTGTTGTCAAAAGAACTAATTTAGAAGTTTATAATAAAGAGAAAACTTATTATGAGTT consensus/100% GussATssssTsGAssssTssTTTGTsGTsAAuAGusssusTsTssssussTAssAssssGAuusussssssTAsuAsss consensus/90% GussATssssTsGAssssTssTTTGTsGTsAAuAGusssusTsTssssussTAssAssssGAuusussssssTAsuAsss consensus/80% GGsuATssATTuGAssssTsCTTTGTsGTTAAGAGusssAsTsTusssAssTAssAssusGAuuAuAssssTTATuAsTT consensus/70% GGsuATssATTuGAssssTsCTTTGTsGTTAAGAGusssAsTsTusssAssTAssAssusGAuuAuAssssTTATuAsTT cov pid 16081 . 1 . . . . : . 16160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTTAAGGATTGTCCAGCTGTTGCTAAACATGACTTCTTTAAGTTTAGAATAGACGGTGACATGGTACCACATATATCAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGTTAAAGATTGTCCAGCGGTTGCTGTCCATGACTTTTTCAAGTTTAGAGTAGATGGTGACATGGTACCACATATATCAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTACGTGACTGTGATGCTGTAGCTCCCCATGATTTCTTCATCTTTGATGTAGACAAAGTTAAAACACCTCATATTGTAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTAAAAGATTGTAAGTTTGTGGCTGAACACGATTTCTTTACATTTGATGTAGAAGGTAGTCGTGTGCCACACATTGTAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GACTAAAAGTTGTGGTGTTGTGGCTGAACATGATTTCTTTACATTTGATATTGATGGTAGTCGCGTGCCACATATAGTTC consensus/100% sssssusuusTGTssssssGTsGCTsssCAsGAsTTsTTsAssTTTuusuTsGAsuususssssusuCCsCAsATssssC consensus/90% sssssusuusTGTssssssGTsGCTsssCAsGAsTTsTTsAssTTTuusuTsGAsuususssssusuCCsCAsATssssC consensus/80% usTsAAuGATTGTsssGsTGTsGCTussCATGAsTTCTTsAsuTTTuusuTAGAsGGTuussssGTuCCACATATsssAC consensus/70% usTsAAuGATTGTsssGsTGTsGCTussCATGAsTTCTTsAsuTTTuusuTAGAsGGTuussssGTuCCACATATsssAC cov pid 16161 . . . 2 . . . . 16240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTCAACGTCTTACTAAATACACAATGGCAGACCTCGTCTATGCTTTAAGGCATTTTGATGAAGGTAATTGTGACACATTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTCAGCGTCTAACTAAATACACAATGGCTGATTTAGTCTATGCTCTACGTCATTTTGATGAGGGTAATTGTGATACATTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTCAGCGTTTAACTGAGTACACTATGATGGATCTTGTATATGCCCTGAGGCACTTTGATCAA---AATAGCGAAGTGCTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCAAGGATTTAACAAAGTATACTATGTTGGATCTTTGCTATGCATTGCGACATTTTGATCGCAATGATTGCATGCTGCTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTAGGAATCTTTCAAAGTATACTATGTTAGATCTTTGCTATGCATTGCGTCATTTTGATCGTAATGATTGTTCAATATTG consensus/100% GssuusuTsTssCsuAuTAsACsATGsssGAssTssssTATGCssTusGsCAsTTTGATsus...uATsGssssssusTs consensus/90% GssuusuTsTssCsuAuTAsACsATGsssGAssTssssTATGCssTusGsCAsTTTGATsus...uATsGssssssusTs consensus/80% GTsAGsuTsTsACsAAuTAsACsATGssuGATCTsssCTATGCssTusGsCATTTTGATsusuuTuATTGsussususTs consensus/70% GTsAGsuTsTsACsAAuTAsACsATGssuGATCTsssCTATGCssTusGsCATTTTGATsusuuTuATTGsussususTs cov pid 16241 : . . . . 3 . . 16320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAAGAAATACTTGTCACATACAATTGTTGTGATGATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATGATTTTGTAGAAAACCC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAAGAAATACTCGTCACATACAATTGCTGTGATGATGATTATTTCAATAAGAAGGATTGGTATGACTTCGTAGAGAATCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAGGCTATCTTAGTGAAGTATGGTTGCTGTGATGTTACCTACTTTGAAAATAAACTCTGGTTTGATTTTGTTGAAAATCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTGACATTCTCTCTATATATGCTGGTTGTGAACAATCCTACTTTACTAAGAAGGATTGGTATGATTTTGTTGAAAATCC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTGAAATTCTTTGTGAGTATGCTGATTGTAAAGAATCCTACTTTTCTAAGAAAGATTGGTATGATTTTGTTGAAAATCC consensus/100% susGssATssTssssusuTAsusTsusTGTuAsssssssTAsTTssssAAsAAusssTGGTsTGAsTTsGTsGAuAAsCC consensus/90% susGssATssTssssusuTAsusTsusTGTuAsssssssTAsTTssssAAsAAusssTGGTsTGAsTTsGTsGAuAAsCC consensus/80% susGAsATsCTssssAsuTAsusTsGsTGTGAsGAssssTAsTTsusTAAuAAuGAsTGGTATGATTTTGTsGAAAATCC consensus/70% susGAsATsCTssssAsuTAsusTsGsTGTGAsGAssssTAsTTsusTAAuAAuGAsTGGTATGATTTTGTsGAAAATCC cov pid 16321 . . : . . . . 4 16400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGATATATTACGCGTATACGCCAACTTAGGTGAACGTGTACGCCAAGCTTTGTTAAAAACAGTACAATTCTGTGATGCCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGACATCTTACGCGTATATGCTAACTTAGGTGAGCGTGTACGCCAATCATTATTAAAGACTGTACAATTCTGCGATGCTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CAGTGTTATTGGTGTTTATCATAAACTTGGAGAACGTGTACGCCAAGCTATCTTAAACACTGTTAAATTTTGTGACCACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGATATTATTAATGTGTATAAAAAGCTAGGACCTATTTTTAATAGAGCCCTAGTTAGCGCTACTGAGTTTGCGGACAAAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGATATTATTAATATATATAAAAAATTAGGCCCTATTTTTAATAGAGCTTTACTTAATACTGTCATTTTTGCAGACACCT consensus/100% suusuTssTssusuTsTAssssAAssTsGGssssssTsTssussuAsCssTssTsAusuCsusssssTTssssGAsssss consensus/90% suusuTssTssusuTsTAssssAAssTsGGssssssTsTssussuAsCssTssTsAusuCsusssssTTssssGAsssss consensus/80% sGATATssTssusGTuTATussAAssTAGGssssssTsTssussuAGCssTusTsAAsACTGTssAuTTssssGAsusss consensus/70% sGATATssTssusGTuTATussAAssTAGGssssssTsTssussuAGCssTusTsAAsACTGTssAuTTssssGAsusss cov pid 16401 . . . . : . . . 16480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGCGAAATGCTGGTATTGTTGGTGTACTGACATTAGATAATCAAGATCTCAATGGTAACTGGTATGATTTCGGTGATTTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCGTGATGCAGGCATTGTAGGCGTACTGACATTAGATAATCAGGATCTTAATGGGAACTGGTACGATTTCGGTGATTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGTCAAGGCTGGTTTAGTCGGTGTGCTCACACTAGACAACCAGGACCTTAATGGCAAGTGGTATGATTTTGGTGACTTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGGTGGAGGTAGGCTTAGTAGGCGTTTTAACACTTGATAATCAAGATTTAAATGGTAAATGGTATGATTTTGGTGACTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGTTGAAGTAGGTTTAGTTGGTGTTTTAACTTTAGATAACCAAGATTTGTATGGTCAATGGTATGATTTTGGTGATTTT consensus/100% TusssuAsGssGGssTsGTsGGsGTssTsACssTsGAsAAsCAuGAssTssATGGssAsTGGTAsGATTTsGGTGAsTss consensus/90% TusssuAsGssGGssTsGTsGGsGTssTsACssTsGAsAAsCAuGAssTssATGGssAsTGGTAsGATTTsGGTGAsTss consensus/80% TGsssuAsGssGGssTsGTsGGsGTssTuACAsTAGATAAsCAuGATsTsAATGGsAAsTGGTATGATTTsGGTGAsTTs consensus/70% TGsssuAsGssGGssTsGTsGGsGTssTuACAsTAGATAAsCAuGATsTsAATGGsAAsTGGTATGATTTsGGTGAsTTs cov pid 16481 . 5 . . . . : . 16560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATACAAACCACGCCAGGTAGTGGAGTTCCTGTTGTAGATTCTTATTATTCATTGTTAATGCCTATATTAACCTTGACCAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTACAAGTAGCACCAGGCTGCGGAGTTCCTATTGTGGATTCATATTACTCATTGCTGATGCCCATCCTCACTTTGACTAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTAATCACTCAACCTGGTTCAGGAGTAGCTATAGTTGATAGCTACTATTCTTATTTGATGCCTGTGCTCTCAATGACCGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTATTGCAGCCCCAGGATGTGGTGTTGCTATAGCAGATTCTTATTATTCTTATATCATGCCTATGCTGACCATGTGTCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATACAAACAGCCCCAGGGTTTGGTGTGGCAGTTGCAGATTCTTACTATTCTTATATGATGCCTATGTTGACTATGTGTCA consensus/100% uTssssusssssCCsGGssssGGsGTssCsuTsGssGATsssTAsTAsTCsTsssTsATGCCsuTssTssCssTGssssu consensus/90% uTssssusssssCCsGGssssGGsGTssCsuTsGssGATsssTAsTAsTCsTsssTsATGCCsuTssTssCssTGssssu consensus/80% uTAsssuCsuCsCCAGGsTssGGsGTssCTuTsGsuGATTCsTAsTATTCsTsssTuATGCCTATusTsACssTGssssu consensus/70% uTAsssuCsuCsCCAGGsTssGGsGTssCTuTsGsuGATTCsTAsTATTCsTsssTuATGCCTATusTsACssTGssssu cov pid 16561 . . . 6 . . . . 16640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGCTTTAACTGCAGAGTCACATGTTGACACTGACTTAACAAAGCCTTACATTAAGTGGGATTTGTTAAAATATGACTTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGCATTGGCTGCTGAGTCCCATATGGATGCTGATCTCGCAAAACCACTTATTAAGTGGGATTTGCTGAAATATGATTTTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGTCTGGCCGCTGAGACACATAGGGATTGTGATTTTAATAAACCACTCATTGAGTGGCCACTTACTGAGTATGATTTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGCATTGGATTGCGAATTGTATGTGAATAATGCTTATAGACTA------------TTTGATCTTGTACAGTATGATTTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTATTAGATTGTGAATTATTTGTTAATGATAGTTATAGACAA------------TTCGATCTTGTACAGTATGATTTTA consensus/100% sssssTuusssssGAusssssTussuAsssTusssssussssu............TssssssTsssssAuTATGAsTTsA consensus/90% sssssTuusssssGAusssssTussuAsssTusssssussssu............TssssssTsssssAuTATGAsTTsA consensus/80% sGssTTuGsTsssGAuTsusATuTsuATusTGuTTssAsAsAA............TssGATsTssTusAuTATGATTTTA consensus/70% sGssTTuGsTsssGAuTsusATuTsuATusTGuTTssAsAsAA............TssGATsTssTusAuTATGATTTTA cov pid 16641 : . . . . 7 . . 16720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CGGAAGAGAGGTTAAAACTCTTTGACCGTTATTTTAAATATTGGGATCAGACATACCACCCAAATTGTGTTAACTGTTTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGGAAGAGAGACTTTGTCTCTTCGACCGTTATTTTAAATATTGGGACCAGACATACCATCCCAATTGTATTAACTGTTTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTGATTATAAGGTACAACTCTTTGAGAAGTACTTTAAATATTGGGATCAGACGTATCACGCAAATTGCGTTAATTGTACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTGATTACAAGCTTGAATTGTTTAATAAGTATTTTAAGCACTGGAGTATGCCATATCATCCTAACACTGTTGATTGTCAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTGATTACAAGTTAGAGTTGTTTAATAAGTATTTTAAGTATTGGGGTATGAAGTATCATCCTAATACTGTGGATTGTGAT consensus/100% CsGAssAsAuusTssussTsTTsuAssusTAsTTTAAusAsTGGuusssGssuTAsCAssCsAAssssuTsuAsTGTsss consensus/90% CsGAssAsAuusTssussTsTTsuAssusTAsTTTAAusAsTGGuusssGssuTAsCAssCsAAssssuTsuAsTGTsss consensus/80% CsGAssAsAuGsTssAusTsTTTuAssusTATTTTAAuTATTGGGuTssGACuTAsCAsCCsAATssTGTTuAsTGTsss consensus/70% CsGAssAsAuGsTssAusTsTTTuAssusTATTTTAAuTATTGGGuTssGACuTAsCAsCCsAATssTGTTuAsTGTsss cov pid 16721 . . : . . . . 8 16800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GATGACAGATGCATTCTGCATTGTGCAAACTTTAATGTTTTATTCTCTACAGTGTTCCCACCTACAAGTTTTGGACCACT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GATGATAGGTGTATCCTTCATTGTGCAAACTTTAATGTGTTATTTTCTACTGTGTTTCCACCTACAAGTTTTGGACCACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GATGACCGTTGTGTGTTACATTGTGCTAATTTCAATGTATTGTTTGCTATGACCATGCCTAAGACTTGTTTCGGACCCAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATGATCGGTGTATTATACATTGTGCTAATTTTAACATACTTTTTAGTATGGTTTTACCTAATACATGTTTTGGGCCTCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATGATAGGTGTATTATTCATTGTGCTAATTTTAATATACTATTTAGTATGGTTTTACCTAATACTTGTTTTGGTCCCCT consensus/100% uATGAssGsTGsuTssTsCATTGTGCsAAsTTsAAsuTssTsTTsssTAssusssTsCCssssACssGTTTsGGsCCssT consensus/90% uATGAssGsTGsuTssTsCATTGTGCsAAsTTsAAsuTssTsTTsssTAssusssTsCCssssACssGTTTsGGsCCssT consensus/80% GATGAssGuTGTATssTsCATTGTGCsAAsTTTAATuTusTuTTTssTAsuGTsTTsCCsssTACssGTTTTGGuCCsCT consensus/70% GATGAssGuTGTATssTsCATTGTGCsAAsTTTAATuTusTuTTTssTAsuGTsTTsCCsssTACssGTTTTGGuCCsCT cov pid 16801 . . . . : . . . 16880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGTGAGAAAAATATTTGTTGATGGTGTTCCATTTGTAGTTTCAACTGGATACCACTTCAGAGAGCTAGGTGTTGTACATA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGTAAGAAAAATATTTGTAGATGGTGTTCCTTTTGTTGTTTCAACTGGATACCATTTTCGTGAGTTAGGAGTCGTACATA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTCCGAAAGATCTTTGTTGATGGCGTGCCATTTGTAGTATCTTGTGGTTATCACTACAAAGAATTAGGTTTAGTCATGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTAGGCAAATTTTTGTGGATGGTGTGCCTTTTGTTGTTTCAATTGGCTACCATTATAAAGAACTTGGTATTGTGATGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTAGACAAATTTTTGTAGATGGTGTACCGTTTGTTGTTTCTATTGGTTACCATTACAAAGAGTTAGGTGTAGTTATGA consensus/100% sGTssGusAuATsTTTGTsGATGGsGTsCCsTTTGTsGTsTCsssTGGsTAsCAsTsssusGAusTsGGssTsGTssssA consensus/90% sGTssGusAuATsTTTGTsGATGGsGTsCCsTTTGTsGTsTCsssTGGsTAsCAsTsssusGAusTsGGssTsGTssssA consensus/80% sGTsAGAsAAATsTTTGTsGATGGTGTsCCsTTTGTsGTTTCsAsTGGsTACCAsTssAuAGAusTAGGTuTsGTssssA consensus/70% sGTsAGAsAAATsTTTGTsGATGGTGTsCCsTTTGTsGTTTCsAsTGGsTACCAsTssAuAGAusTAGGTuTsGTssssA cov pid 16881 . 9 . . . . : . 16960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCTAGACTTAGTTTTAAGGAATTACTTGTGTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCGCGTCTCAGTTTCAAGGAACTTTTAGTGTATGCTGCTGATCCAGCTATGCATGCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATATGGATGTTAGTCTCCATAGACATAGGCTCTCTCTTAAGGAGTTGATGATGTATGCCGCTGATCCAGCCATGCACATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATATGGATGTGGATACACATCGTTATCGCTTGTCTTTAAAAGACTTGCTTTTATATGCTGCTGATCCAGCTTTGCATGTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACTTAGATGTTGACACACACCGTTATCGTTTGTCTCTTAAAGATTTACTTCTTTATGCAGCAGATCCTGCTATGCACGTT consensus/100% AsssuGATGTsuussssCAssGsssssGssTsssTsTsAAuGAssTssTssTsTATGCsGCsGAsCCsGCssTGCAsuss consensus/90% AsssuGATGTsuussssCAssGsssssGssTsssTsTsAAuGAssTssTssTsTATGCsGCsGAsCCsGCssTGCAsuss consensus/80% ATssGGATGTsuAsssACATsGsTsTsGssTsssTsTsAAuGAsTTusTssTuTATGCsGCTGATCCsGCTATGCAsGss consensus/70% ATssGGATGTsuAsssACATsGsTsTsGssTsssTsTsAAuGAsTTusTssTuTATGCsGCTGATCCsGCTATGCAsGss cov pid 16961 . . . 0 . . . . 17040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCACTACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTTCTGGCAATTTATTGCTAGATAAACGCACTACATGCTTTTCAGTAGCTGCACTAACAAACAATGTTGCTTTTCAAAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCCTCCTCTAACGCTTTTCTTGATTTGAGGACATCATGTTTTAGTGTCGCTGCACTTACAACTGGTTTGACTTTTCAAAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCTTCTGCTAGTGCATTGTATGATTTACGCACTTGCTGTTTTAGTGTTGCCGCTATAACAAGCGGTGTAAAATTTCAAAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCATCTGCTAGTGCTCTGCTTGATTTACGAACTTGTTGTTTTAGTGTAGCTGCCATTACAAGTGGTATAAAATTTCAAAC consensus/100% GCsTCssssAusssssTssssGATssusGsACssssTGsTTTsssGTsGCsGCssTsACsAssuuTsTsussTTTCAAAC consensus/90% GCsTCssssAusssssTssssGATssusGsACssssTGsTTTsssGTsGCsGCssTsACsAssuuTsTsussTTTCAAAC consensus/80% GCsTCTGsTAuTsssTTuCTsGATssACGsACTsssTGsTTTsssGTsGCTGCssTsACAAusuuTuTsussTTTCAAAC consensus/70% GCsTCTGsTAuTsssTTuCTsGATssACGsACTsssTGsTTTsssGTsGCTGCssTsACAAusuuTuTsussTTTCAAAC cov pid 17041 : . . . . 1 . . 17120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTCAAACCCGGTAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTCAAACCCGGTAATTTTAATAAAGACTTTTATGACTTTGCTGTGTCTAAAGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTGCGGCCTGGCAATTTTAACCAAGACTTCTATGATTTCGTGGTATCTAAAGGTTTCTTTAAGGAGGGCTCTTCAGTGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGTTAAACCTGGTAATTTTAATCAGGATTTTTATGATTTTGTTTTAAGTAAAGGCCTGCTTAAAGAGGGTAGCTCAGTTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTAAAACCAGGTAACTTTAACCAAGACTTTTACGAGTTTGTTAAAAGTAAAGGCTTGTTTAAAGAGGGTAGTACAGTTG consensus/100% sGTssuuCCsGGsAAsTTTAAssAuGAsTTsTAsGAsTTsGssssussTAAuGGssTssTTAAuGAuGGsssssCsGTsu consensus/90% sGTssuuCCsGGsAAsTTTAAssAuGAsTTsTAsGAsTTsGssssussTAAuGGssTssTTAAuGAuGGsssssCsGTsu consensus/80% TGTsAAACCsGGTAATTTTAAssAAGACTTsTATGAsTTTGsTuTussTAAAGGsTTsTTTAAuGAuGGsAGTTCsGTTG consensus/70% TGTsAAACCsGGTAATTTTAAssAAGACTTsTATGAsTTTGsTuTussTAAAGGsTTsTTTAAuGAuGGsAGTTCsGTTG cov pid 17121 . . : . . . . 2 17200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTGCTATCAGCGATTATGACTACTATCGTTATAATCTACCAACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGCAACGCTGCTATCAGTGATTATGACTATTATCGTTATAATCTGCCAACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CGCTCAAACATTTTTTCTTTGCTCAAGATGGTAATGCTGCTATTACAGATTATAATTACTATTCTTATAATCTGCCTACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATCTGAAGCACTTTTTCTTTACACAGGATGGTAATGCTGCTATTACTGATTATAATTATTATAAGTATAATTTGCCCACC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTTGAAACATTTTTTCTTTACTCAAGATGGTAATGCTGCAATTACTGATTATAATTATTATAAGTATAATTTACCTACT consensus/100% sssTsAAuCAsTTsTTCTTTuCsCAuGATGGsAAsGCTGCsATsAssGATTATuAsTAsTATsssTATAATsTuCCsACs consensus/90% sssTsAAuCAsTTsTTCTTTuCsCAuGATGGsAAsGCTGCsATsAssGATTATuAsTAsTATsssTATAATsTuCCsACs consensus/80% AssTuAAACAsTTsTTCTTTuCTCAuGATGGTAATGCTGCTATsAssGATTATuAsTAsTATsusTATAATsTuCCsACs consensus/70% AssTuAAACAsTTsTTCTTTuCTCAuGATGGTAATGCTGCTATsAssGATTATuAsTAsTATsusTATAATsTuCCsACs cov pid 17201 . . . . : . . . 17280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGTTGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGTGTGATATCAGACAACTCCTATTCGTAGTTGAAGTTGTTGATAAATACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGTGTGACATCAAACAAATGTTGTTCTGCATGGAAGTTGTAAACAAGTACTTCGAAATCTATGACGGTGGTTGTCTTAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGTGGACATTAAGCAGTTGTTGTTTGTTTTGGAAGTTGTTTATAAGTATTTTGAGATTTATGATGGTGGGTGTATACC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGGTTGATATTAAGCAGTTATTGTTTGTATTAGAAGTTGTTTATAAATATTTTGAAATTTATGATGGTGGTTGTATACC consensus/100% ATGsssGAsATsAuuCAusTssTuTTsssssTsGAAGTTGTssAsAAuTAsTTsGAssssTAsGAsGGTGGsTGTsTsss consensus/90% ATGsssGAsATsAuuCAusTssTuTTsssssTsGAAGTTGTssAsAAuTAsTTsGAssssTAsGAsGGTGGsTGTsTsss consensus/80% ATGssTGAsATsAuuCAusTusTuTTsGTssTsGAAGTTGTTsATAAuTAsTTTGAsssTTAsGATGGTGGsTGTATsss consensus/70% ATGssTGAsATsAuuCAusTusTuTTsGTssTsGAAGTTGTTsATAAuTAsTTTGAsssTTAsGATGGTGGsTGTATsss cov pid 17281 . 3 . . . . : . 17360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGCTAACCAAGTCATCGTCAACAACCTAGACAAATCAGCTGGTTTTCCATTTAATAAATGGGGTAAGGCTAGACTTTATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCCAACCAAGTAATCGTTAACAATCTGGATAAATCAGCTGGTTTCCCATTTAATAAATGGGGTAAGGCTAGACTTTATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCTTCTGAAGTGGTTGTTAATAATTTAGACAAGAGTGCTGGCCATCCTTTTAATAAGTTTGGCAAAGCTCGTGTCTATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGCATCACAAGTCATTGTTAATAATTATGATAAGAGTGCTGGCTATCCATTTAACAAATTTGGAAAAGCCAGGCTCTATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGCATCACAAGTTATTGTTAATAATTATGATAAAAGTGCTGGTTATCCATTTAATAAATTTGGTAAAGCCAGACTTTATT consensus/100% sGCsssssAAGTsuTsGTsAAsAAssssGAsAAusssGCTGGssssCCsTTTAAsAAuTssGGsAAuGCssGssTsTATT consensus/90% sGCsssssAAGTsuTsGTsAAsAAssssGAsAAusssGCTGGssssCCsTTTAAsAAuTssGGsAAuGCssGssTsTATT consensus/80% sGCssssCAAGTsATsGTTAAsAATsssGAsAAusssGCTGGsTsTCCATTTAATAAATssGGsAAuGCsAGuCTsTATT consensus/70% sGCssssCAAGTsATsGTTAAsAATsssGAsAAusssGCTGGsTsTCCATTTAATAAATssGGsAAuGCsAGuCTsTATT cov pid 17361 . . . 4 . . . . 17440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGATTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCATATACAAAACGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGACTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCGTATACTAAGCGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGAGAGCATGTCTTACCAGGAGCAAGATGAACTTTTTGCCATGACAAAGCGTAACGTCATTCCTACCATGACTCAAATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGAAGCATTATCATTTGAGGAACAGGATGAAATTTACGCTTATACTAAGCGTAATGTCCTGCCAACACTTACTCAAATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGAGGCATTATCATTTGAGGAACAGAATGAAATTTATGCATATACTAAACGTAATGTTCTGCCCACCTTAACTCAAATG consensus/100% ATGAsssssTusssTsssAGGAsCAuuATGsAsTTTssGCssssACsAAuCGTAAsGTssTsCCsACssTsACTCAAATG consensus/90% ATGAsssssTusssTsssAGGAsCAuuATGsAsTTTssGCssssACsAAuCGTAAsGTssTsCCsACssTsACTCAAATG consensus/80% ATGAssCAsTusssTsTGAGGAsCAuGATGsAsTTTssGCsTATACsAAuCGTAATGTCsTsCCsACssTuACTCAAATG consensus/70% ATGAssCAsTusssTsTGAGGAsCAuGATGsAsTTTssGCsTATACsAAuCGTAATGTCsTsCCsACssTuACTCAAATG cov pid 17441 : . . . . 5 . . 17520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AATCTTAAGTATGCCATTAGTGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACCAATAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AATCTTAAGTATGCCATTAGTGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACAAATAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AATCTAAAATATGCTATTAGTGCTAAGAATAGAGCTCGCACTGTTGCAGGCGTGTCCATACTTAGCACAATGACTAATCG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATTTGAAATATGCTATTAGTGCTAAGAATAGAGCCCGCACTGTTGCTGGTGTTTCCATACTTAGTACTATGACTGGCAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATTTAAAATATGCTATCAGTGCTAAGAATAGAGCTCGCACTGTAGCAGGTGTTTCTATTCTTAGTACTATGACAGGCCG consensus/100% AATsTsAAuTATGCsATsAGTGCsAAGAATAGAGCsCGCACsGTsGCsGGsGTsTCsATsssTAGsACsATGACsuussG consensus/90% AATsTsAAuTATGCsATsAGTGCsAAGAATAGAGCsCGCACsGTsGCsGGsGTsTCsATsssTAGsACsATGACsuussG consensus/80% AATsTsAAuTATGCsATTAGTGCsAAGAATAGAGCTCGCACsGTsGCsGGTGTsTCsATsssTAGTACTATGACsuussG consensus/70% AATsTsAAuTATGCsATTAGTGCsAAGAATAGAGCTCGCACsGTsGCsGGTGTsTCsATsssTAGTACTATGACsuussG cov pid 17521 . . : . . . . 6 17600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACAGTTTCATCAAAAATTATTGAAATCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTAGTAATTGGAACAAGCAAATTCTATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACAGTTTCATCAGAAATTATTGAAGTCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTGGTAATTGGAACAAGCAAGTTTTACG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCAGTACCATCAGAAAATGCTTAAGTCCATGGCTGCAACTCGTGGAGCGACTTGCGTCATTGGTACTACAAAGTTCTACG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATGTTTCATCAAAAATGTTTGAAAAGTATAGCAGCTACACGTGGTGTTCCTGTAGTTATAGGCACCACTAAATTTTATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATGTTCCATCAAAAATGTTTGAAGAGTATAGCAGCTACCCGAGGTGTTCCTGTTGTTATAGGAACCACTAAATTTTATG consensus/100% sssGTssCATCAuAAAssssTsAAusssATuGCsGCsACssGsGGsGsssCTsssGTsATsGGsACsAssAAuTTsTAsG consensus/90% sssGTssCATCAuAAAssssTsAAusssATuGCsGCsACssGsGGsGsssCTsssGTsATsGGsACsAssAAuTTsTAsG consensus/80% AssGTTsCATCAuAAATssTTGAAusssATAGCsGCsACssGsGGsGsTsCTGTsGTsATsGGsACsAssAAuTTsTAsG consensus/70% AssGTTsCATCAuAAATssTTGAAusssATAGCsGCsACssGsGGsGsTsCTGTsGTsATsGGsACsAssAAuTTsTAsG cov pid 17601 . . . . : . . . 17680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTGGTTGGCACAACATGTTAAAAACTGTTTATAGTGATGTAGAAAACCCTCACCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGGCTGGCATAATATGTTAAAAACTGTTTACAGTGATGTAGAAACTCCACACCTTATGGGTTGGGATTATCCAAAATGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGGCTGGGATTTCATGCTTAAAACATTGTACAAAGATGTTGATAATCCGCATCTTATGGGTTGGGATTACCCTAAGTGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTGGCTGGGATGATATGTTACGCCGCCTTATTAAAGATGTTGACAATCCTGTACTTATGGGTTGGGATTATCCTAAGTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTGGTTGGGACGATATGTTACGTCATCTTATAAAGGATGTTGACAACCCTGTTCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGT consensus/100% GTGGsTGGsAssssATGsTssusssssTssssAusGATGTsGAsAssCCssssCTTATGGGTTGGGATTAsCCsAAuTGT consensus/90% GTGGsTGGsAssssATGsTssusssssTssssAusGATGTsGAsAssCCssssCTTATGGGTTGGGATTAsCCsAAuTGT consensus/80% GTGGsTGGsAsuAsATGTTAsusssssTTsssAusGATGTsGAsAAsCCssssCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAuTGT consensus/70% GTGGsTGGsAsuAsATGTTAsusssssTTsssAusGATGTsGAsAAsCCssssCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAuTGT cov pid 17681 . 7 . . . . : . 17760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GATAGAGCCATGCCTAACATGCTTAGAATTATGGCCTCACTTGTTCTTGCTCGCAAACATACAACGTGTTGTAGCTTGTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GACAGAGCCATGCCTAACATGCTTAGGATAATGGCCTCTCTTGTTCTTGCTCGCAAACATAACACTTGCTGTAACTTATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GATAGAGCTATGCCTAATATGTGTAGAATCTTCGCTTCACTCATATTAGCTCGTAAACATGGCACTTGTTGTACTACAAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATCGTGCTATGCCAAACCTACTACGTATTGTTAGTAGTTTGGTATTAGCCCGAAAACATGAGACATGTTGTTCGCAAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GATCGTGCTATGCCAAATATTTTGCGTATTGTTAGTAGTTTAGTTTTGGCCCGCAAACATGAATTTTGTTGTTCACATGG consensus/100% GAssGsGCsATGCCsAAssTsssssGsATssTsussssssTsuTssTsGCsCGsAAACATusssssTGsTGTssssssss consensus/90% GAssGsGCsATGCCsAAssTsssssGsATssTsussssssTsuTssTsGCsCGsAAACATusssssTGsTGTssssssss consensus/80% GATsGsGCsATGCCsAAsATusTssGsATsuTsussssssTsGTssTsGCsCGsAAACATuusACsTGTTGTsssssuss consensus/70% GATsGsGCsATGCCsAAsATusTssGsATsuTsussssssTsGTssTsGCsCGsAAACATuusACsTGTTGTsssssuss cov pid 17761 . . . 8 . . . . 17840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACACCGTTTCTATAGATTAGCTAATGAGTGTGCTCAAGTATTGAGTGAAATGGTCATGTGTGGCGGTTCACTATATGTTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACACCGTTTCTACAGGTTAGCTAACGAGTGTGCGCAAGTATTAAGTGAGATGGTCATGTGTGGCGGCTCACTATATGTTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGACAGATTTTATCGCTTGGCAAATGAGTGTGCTCAGGTGCTAAGCGAATATGTTCTATGTGGTGGTGGTTACTACGTCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CGATAGGTTTTATCGACTTGCGAATGAATGCGCACAAGTTTTGAGTGAAATTGTTATGTGTGGTGGCTGTTATTATGTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGATAGATTTTATCGCCTTGCGAATGAATGTGCTCAAGTTTTGAGTGAAATAGTTATGTGTGGCGGTTGCTATTATGTTA consensus/100% ssAssGsTTsTAssGssTsGCsAAsGAuTGsGCsCAuGTssTuAGsGAusssGTssTuTGTGGsGGsssssssTAsGTsA consensus/90% ssAssGsTTsTAssGssTsGCsAAsGAuTGsGCsCAuGTssTuAGsGAusssGTssTuTGTGGsGGsssssssTAsGTsA consensus/80% ssAssGsTTsTATsGssTsGCsAATGAuTGTGCsCAAGTsTTuAGTGAAATsGTsATGTGTGGsGGsTsssssTATGTTA consensus/70% ssAssGsTTsTATsGssTsGCsAATGAuTGTGCsCAAGTsTTuAGTGAAATsGTsATGTGTGGsGGsTsssssTATGTTA cov pid 17841 : . . . . 9 . . 17920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACCAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGTTTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACCAGGTGGAACATCATCCGGTGATGCTACAACTGCTTATGCTAATAGTGTCTTTAACATTTGTCAAGCTGTTACAGCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AACCTGGAGGTACCAGTAGCGGAGATGCCACCACTGCATATGCCAATAGTGTCTTTAACATTTTGCAGGCGACAACTGCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGCCTGGTGGCACTAGTAGTGGTGATGCAACTACTGCTTTTGCTAATTCAGTCTTTAACATATGTCAAGCTGTTTCAGCC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGCCTGGTGGTACTAGCAGTGGTGATGCAACTACTGCTTTTGCTAATTCTGTTTTTAATATATGTCAGGCTGTTACTGCT consensus/100% AuCCsGGsGGsACsssssssGGsGATGCsACsACTGCsTsTGCsAATsssGTsTTTAAsATsTssCAuGCsusssCsGCs consensus/90% AuCCsGGsGGsACsssssssGGsGATGCsACsACTGCsTsTGCsAATsssGTsTTTAAsATsTssCAuGCsusssCsGCs consensus/80% AuCCsGGTGGsACsssssssGGsGATGCsACsACTGCTTsTGCTAATssTGTsTTTAACATsTGTCAuGCTGTsACsGCs consensus/70% AuCCsGGTGGsACsssssssGGsGATGCsACsACTGCTTsTGCTAATssTGTsTTTAACATsTGTCAuGCTGTsACsGCs cov pid 17921 . . : . . . . 0 18000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAACAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AATGTAAATGCACTTCTTTCAACTGATGGTAATAAGATAGCTGACAAGTATGTCCGCAATCTACAACACAGGCTCTATGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AATGTCAGTGCACTTATGGGTGCTAATGGCAACAAGATTGTTGACAAAGAAGTTAAAGACATGCAGTTTGATTTGTATGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATGTATGTGCCTTAATGTCATGCAATGGCAATAAGATTGAAGATCTTAGTATACGTGCTCTTCAGAAGCGCTTATACTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATGTTTGTTCTCTTATGGCCTGTAATGGCCATAAGATTGAAGATTTAAGTATACGCAATTTACAAAAACGCTTATACTC consensus/100% AATGTssuTsCssTssTsssssssuATGGssAsAAuATsGssGAsssssusuTssususssTsCAussssussTsTAsss consensus/90% AATGTssuTsCssTssTsssssssuATGGssAsAAuATsGssGAsssssusuTssususssTsCAussssussTsTAsss consensus/80% AATGTssuTGCsCTTsTusCsssTuATGGsAAsAAGATTGssGAsssusuTuTsCGsuATsTuCAusAssGssTsTAsss consensus/70% AATGTssuTGCsCTTsTusCsssTuATGGsAAsAAGATTGssGAsssusuTuTsCGsuATsTuCAusAssGssTsTAsss cov pid 18001 . . . . : . . . 18080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTGTCTCTATAGAAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTTCTCAATGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGTCTCTATAGAAATAGGGATGTTGATCATGAATTCGTGGATGAGTTTTACGCTTACCTGCGTAAACATTTCTCCATGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CAATGTTTACAGGAGCACTAGCCCAGACCCCAAATTTGTTGATAAATACTATGCTTTTCTTAATAAGCACTTTTCTATGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACATGTGTATAGAAGTGATAAGGTTGATTCAACCTTTGTCACAGAATATTATGAATTTTTAAATAAGCATTTTAGTATGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAATGTTTATCGTACAGATTATGTTGATTATACATTTGTTAATGAGTATTATGAATTTTTATGTAAGCATTTTAGTATGA consensus/100% ssuTsTsTAssGsAssusssussssGAssssussTTsGTsussuAuTssTAsGssTsssTssuTAAuCAsTTssssATGA consensus/90% ssuTsTsTAssGsAssusssussssGAssssussTTsGTsussuAuTssTAsGssTsssTssuTAAuCAsTTssssATGA consensus/80% ssuTsTsTATAGuAusuusuAsGTTGAssssussTTTGTsuATGAuTsTTAsGssTsTsTusuTAAuCATTTssssATGA consensus/70% ssuTsTsTATAGuAusuusuAsGTTGAssssussTTTGTsuATGAuTsTTAsGssTsTsTusuTAAuCATTTssssATGA cov pid 18081 . 1 . . . . : . 18160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCAAGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGATTCTTTCTGATGATGCCGTTGTGTGCTATAACAGTAACTATGCGGCTCAAGGTTTAGTAGCTAGCATTAAGAACTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGATACTGTCTGATGACGGTGTCGTTTGCTATAATAGTGATTATGCAGCTAAGGGTTACATTGCTGGAATACAGAATTTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGATTTTGAGTGATGATGGGGTTGTGTGTTATAATTCTGATTATGCGTCCAAAGGGTATATTGCTAATATAAGTGCCTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGATTTTGAGTGATGATGGTGTTGTCTGTTATAACTCTGATTATGCTAGTAAGGGTTATATAGCTAATATAAGTGTTTTT consensus/100% TGATssTsssTGAsGAsGssGTsGTsTGsTssAAssssussTATGCsssssAuGGssssuTsGCTuusATssusussTTT consensus/90% TGATssTsssTGAsGAsGssGTsGTsTGsTssAAssssussTATGCsssssAuGGssssuTsGCTuusATssusussTTT consensus/80% TGATssTsssTGATGATGssGTTGTsTGsTATAAsssTuATTATGCusCTsAuGGTTssuTsGCTAusATAAusussTTT consensus/70% TGATssTsssTGATGATGssGTTGTsTGsTATAAsssTuATTATGCusCTsAuGGTTssuTsGCTAusATAAusussTTT cov pid 18161 . . . 2 . . . . 18240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTTTATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAGGCAGTTCTTTATTATCAAAATAATGTGTTCATGTCTGAGGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAGGAAACGCTGTATTATCAGAACAATGTCTTTATGTCTGAAGCTAAATGCTGGGTGGAAACCGATCTGAAGAAAGGGCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAACAGGTATTATATTATCAAAATAACGTTTTTATGTCAGAATCCAAATGTTGGGTTGAACATGACATAAATAATGGACC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAACAAGTTTTGTACTATCAGAATAATGTCTTTATGTCTGAATCTAAATGTTGGGTTGAAAATGATATTACTAATGGTCC consensus/100% sAussuusssTsTAsTATCAuAAsAAsGTsTTsATGTCsGAusCsAAATGsTGGussGAusssGAssTsAssAAsGGsCC consensus/90% sAussuusssTsTAsTATCAuAAsAAsGTsTTsATGTCsGAusCsAAATGsTGGussGAusssGAssTsAssAAsGGsCC consensus/80% sAussAGTssTsTATTATCAuAAsAATGTsTTTATGTCTGAAsCsAAATGTTGGusTGAuAsTGAssTsAsTAAsGGuCC consensus/70% sAussAGTssTsTATTATCAuAAsAATGTsTTTATGTCTGAAsCsAAATGTTGGusTGAuAsTGAssTsAsTAAsGGuCC cov pid 18241 : . . . . 3 . . 18320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCATGAATTTTGCTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGATCCATCAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCACGAATTTTGCTCACAGCATACAATGCTAGTTAAACAAGGAGATGATTACGTGTACCTGCCTTACCCAGATCCATCAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACATGAATTCTGTTCACAGCATACGCTTTATATTAAGGATGGCGACGATGGTTACTTCCTTCCTTATCCAGACCCTTCAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCATGAATTCTGTTCACAACACACAATGCTTGTAAAGATGGATGGTGACGATGTCTACCTTCCATATCCTAATCCTAGTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCATGAATTTTGTTCCCAACATACTATGTTAGTTAAGATAGATGGTGATTATGTTTATTTACCATATCCAGATCCTTCTA consensus/100% sCAsGAATTsTGsTCsCAuCAsACssTssssuTsAAusssGusGusGAssussssTsssTsCCsTAsCCsuAsCCsssss consensus/90% sCAsGAATTsTGsTCsCAuCAsACssTssssuTsAAusssGusGusGAssussssTsssTsCCsTAsCCsuAsCCsssss consensus/80% TCATGAATTsTGsTCsCAuCATACuATGsTsGTTAAussuGusGuTGATsATGTsTACCTsCCsTAsCCAGATCCsTCsA consensus/70% TCATGAATTsTGsTCsCAuCATACuATGsTsGTTAAussuGusGuTGATsATGTsTACCTsCCsTAsCCAGATCCsTCsA cov pid 18321 . . : . . . . 4 18400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GAATATTAGGCGCAGGCTGTTTTGTCGATGATATTGTCAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAAAGGTTCGTGTCACTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GAATTTTGTCTGCCGGTTGCTTTGTAGATGATATCGTTAAGACTGACGGTACACTCATGGTAGAGCGGTTTGTGTCTTTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTATATTAGGAGCTGGATGTTTTGTAGATGATTTGTTAAAGACTGATAGTGTTCTTTTAATAGAACGATTTGTAAGTCTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GAATTTTAGGAGCTGGTTGTTTTGTTGATGATTTATTGAAGACTGACAGTGTTCTTTTGATAGAGCGCTTTGTAAGTCTA consensus/100% GsATssTusssGCsGGsTGsTTTGTsGATGATsTssTsAAuACsGAsuGTussCTssTuuTsGAusGsTTsGTussssTs consensus/90% GsATssTusssGCsGGsTGsTTTGTsGATGATsTssTsAAuACsGAsuGTussCTssTuuTsGAusGsTTsGTussssTs consensus/80% GAATsTTAGGsGCsGGsTGTTTTGTsGATGATsTssTsAAuACsGAsuGTussCTTsTGATsGAuCGuTTsGTussTsTu consensus/70% GAATsTTAGGsGCsGGsTGTTTTGTsGATGATsTssTsAAuACsGAsuGTussCTTsTGATsGAuCGuTTsGTussTsTu cov pid 18401 . . . . : . . . 18480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCCTAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTATTGATGCTTACCCACTTACAAAACATCCTAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCACTTGTATTTACAATACATTAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTATAGATGCTTACCCTCTCACAAAGCATGAAGATATAGAATACCAGAATGTATTCTGGGTCTACTTACAGTATATAGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCAATAGATGCTTATCCACTTGTGTATCATGAAAATGAAGAATACCAAAAGGTTTTTCGTGTTTATTTGGCGTATATAAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCTATAGATGCTTACCCTTTAGTACATCATGAAAATGAAGAATACCAAAAAGTCTTTCGTGTATATTTAGAATATATAAA consensus/100% GCsATsGATGCTTAsCCssTsusssAsCATsssuATssuGAuTAssssuAsGTsTTssussTsTAsTTussuTAsATsuu consensus/90% GCsATsGATGCTTAsCCssTsusssAsCATsssuATssuGAuTAssssuAsGTsTTssussTsTAsTTussuTAsATsuu consensus/80% GCTATAGATGCTTACCCsCTsususAsCATsssAATsAuGAuTAssssuAsGTsTTTCussTsTAsTTAsAuTAsATAAu consensus/70% GCTATAGATGCTTACCCsCTsususAsCATsssAATsAuGAuTAssssuAsGTsTTTCussTsTAsTTAsAuTAsATAAu cov pid 18481 . 5 . . . . : . 18560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAAGCTACATGATGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTCAAGGTATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAAGTTACATGATGAGCTTACTGGCCACATGTTGGACATGTATTCCGTAATGCTAACTAATGATAACACCTCACGGTACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAAACTGTATAAAGACCTTACAGGACACATGCTTGACAGTTATTCTGTCATGCTATGTGGTGATAATTCTGCTAAGTTTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAAGTTGTACAATGACCTGGGTAATCAGATCTTGGATAGCTACAGTGTTATTTTAAGTACTTGTGATGGACAAAAGTTCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAAACTGTATAATGATCTTGGTACTCAGATCTTAGATAGTTATAGTGTTATTTTAAGTACTTGTGATGGTTTAAAGTTTA consensus/100% uAAusTusAsuAsGAssTsussussCAsATssTsGAsAssTAssssGTsATssTsssTusTsuTuAssssssssuGTsss consensus/90% uAAusTusAsuAsGAssTsussussCAsATssTsGAsAssTAssssGTsATssTsssTusTsuTuAssssssssuGTsss consensus/80% AAAusTusATuATGAsCTsussuusCAsATsTTuGAsAssTATssTGTsATssTAAsTAsTsuTuAsussssAAuGTsss consensus/70% AAAusTusATuATGAsCTsussuusCAsATsTTuGAsAssTATssTGTsATssTAAsTAsTsuTuAsussssAAuGTsss cov pid 18561 . . . 6 . . . . 18640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGCTGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCACATACAGTCTTGCAGGCTGTAGGTGCTTGTGTATTGTGCAATTCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGGAAGAGGCATTCTATAGAGATCTCTATAGTTCGCCTACCACTTTGCAGGCTGTCGGTTCATGCGTTGTATGCCATTCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTGATGAGTCCTTTTACAAGAACATGTATTTAAGAAGTGCAGTTATGCAGAGTGTTGGAGCTTGCGTGGTCTGCTCTTCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTGAAGAATCATTTTACAAGAATATGTATTTAAAAAGTGCCGTGATGCAGAGTGTAGGTGCATGCGTTGTTTGTTCATCA consensus/100% ssGAsssssssTTsTAsuuuusssTsTAssssssussTuCsusssTuCAGusTGTsGGssCsTGsGTssTsTGssssTCs consensus/90% ssGAsssssssTTsTAsuuuusssTsTAssssssussTuCsusssTuCAGusTGTsGGssCsTGsGTssTsTGssssTCs consensus/80% ssGAAsssssuTTTTAsuAGusTATGTAsssAssusuTuCsGTssTGCAGusTGTsGGsGCsTGsGTssTsTGCssTTCA consensus/70% ssGAAsssssuTTTTAsuAGusTATGTAsssAssusuTuCsGTssTGCAGusTGTsGGsGCsTGsGTssTsTGCssTTCA cov pid 18641 : . . . . 7 . . 18720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACGTAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAGACTTCACTTCGTTGCGGTGCCTGTATTAGGAGACCATTCCTATGTTGCAAGTGCTGCTATGACCATGTCATTTCAAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CAGACTTCCCTACGCTGTGGGACATGCATCCGTAGACCATTTCTCTGCTGTAAATGCTGCTATGATCATGTTATAGCAAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAAACATCATTACGTTGTGGCAGTTGCATCAGAAAGCCTCTTCTTTGCTGCAAGTGTTGTTATGATCATGTTATGGCGAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAAACTTCTTTGCGTTGTGGCAGTTGTATACGTAAGCCTTTGTTATGTTGTAAATGTTGTTATGACCATGTTATGGCAAC consensus/100% CAuACsTCssTssGsTGsGGsussTGsATssGsAuuCCssTssTsTGsTGsAAuTGsTGsTAsGAsCATGTsATssCuAC consensus/90% CAuACsTCssTssGsTGsGGsussTGsATssGsAuuCCssTssTsTGsTGsAAuTGsTGsTAsGAsCATGTsATssCuAC consensus/80% CAuACTTCssTuCGsTGTGGsussTGsATssGsAuuCCsTTssTsTGsTGsAAuTGsTGsTATGAsCATGTsATusCAAC consensus/70% CAuACTTCssTuCGsTGTGGsussTGsATssGsAuuCCsTTssTsTGsTGsAAuTGsTGsTATGAsCATGTsATusCAAC cov pid 18721 . . : . . . . 8 18800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATCACATAAATTAGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGACTCAACTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATCACACAAATTAGTGTTGTCTGTTAATCCCTATGTTTGCAATGCCCCAGGTTGTGATGTCACTGATGTGACACAACTGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCCACATAAGATGGTTTTGTCTGTTTCTCCTTACGTTTGTAATGCCCCTGGTTGTGGCGTTTCAGACGTTACTAAGCTAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGATCATAAATATGTCTTGAGTGTTTCACCATATGTGTGTAATGCACCAGGATGTGATGTAAATGATGTTACCAAATTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAATCATAAATATGTTTTGAGTGTCTCACCTTACGTTTGTAATGCACCTAACTGTGATGTGAGTGATGTCACCAAATTAT consensus/100% ssssCAsAAusssGTsTTGssTGTssssCCsTAsGTsTGsAATGCsCCsuusTGTGusGTssssGAsGTsACssAusTsT consensus/90% ssssCAsAAusssGTsTTGssTGTssssCCsTAsGTsTGsAATGCsCCsuusTGTGusGTssssGAsGTsACssAusTsT consensus/80% ssssCATAAATssGTsTTGssTGTTsssCCsTAsGTTTGsAATGCsCCsGGsTGTGATGTsAssGATGTsACssAAsTuT consensus/70% ssssCATAAATssGTsTTGssTGTTsssCCsTAsGTTTGsAATGCsCCsGGsTGTGATGTsAssGATGTsACssAAsTuT cov pid 18801 . . . . : . . . 18880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTTTCCATTGTGTGCTAATGGACAAGTTTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATCTAGGAGGTATGAGCTATTATTGCAAGTCACATAAGCCTCCCATTAGTTTTCCATTATGTGCTAATGGTCAGGTTTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTTAGGTGGTATGAGCTACTTTTGTGTAGATCATAGACCTGTGTGTAGTTTTCCACTTTGCGCTAATGGTCTTGTATTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATCTAGGTGGTATGTCATATTATTGTGAAGACCATAAGCCACAATATTCATTCAAGTTGGTAATGAATGGTCTGGTTTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTTGGGCGGTATGTCTTACTATTGTGAAAACCATAAACCCCATTATTCATTTAAGTTAGTTATGAATGGTATGGTCTTT consensus/100% AssTuGGsGGTATGsssTAsTsTTGsususssCATAuuCCssssssTsssTTsssusTssssussAATGGssssGTsTTs consensus/90% AssTuGGsGGTATGsssTAsTsTTGsususssCATAuuCCssssssTsssTTsssusTssssussAATGGssssGTsTTs consensus/80% ATsTAGGsGGTATGsssTAsTATTGTuAAsssCATAAuCCsCssssTsssTTTssuTTusssussAATGGTCsuGTsTTT consensus/70% ATsTAGGsGGTATGsssTAsTATTGTuAAsssCATAAuCCsCssssTsssTTTssuTTusssussAATGGTCsuGTsTTT cov pid 18881 . 9 . . . . : . 18960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTTTATATAAAAATACATGTGTTGGTAGCGATAATGTTACTGACTTTAATGCAATTGCAACATGTGACTGGACAAATGC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGTTTATACAAAAACACATGTGTAGGCAGTGACAATGTCACTGACTTCAATGCGATAGCAACATGTGATTGGACTAATGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGCTTATACAAGAATATGTGCACAGGTAGTCCTTCTATAGTTGAATTTAATAGGTTGGCTACCTGTGACTGGACTGAAAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTCTATATAAACAATCTTGTACAGGATCTCCGTACATAGACGATTTTAATCGTATAGCTAGTTGTAAATGGACCGATGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGTTTGTATAAACAATCTTGCACGGGTTCACCTTATATAGATGATTTTAATAAGATAGCTAGTTGTAAATGGACAGAAGT consensus/100% GGssTuTAsAAusAssssTGsussGGssssssssssuTsussGAsTTsAATssssTsGCsAssTGTuAsTGGACsuAsus consensus/90% GGssTuTAsAAusAssssTGsussGGssssssssssuTsussGAsTTsAATssssTsGCsAssTGTuAsTGGACsuAsus consensus/80% GGTTTATAsAAAsAssCsTGsusuGGssssssssATuTsusTGAsTTTAATusuATuGCsAssTGTuAsTGGACsuAsGs consensus/70% GGTTTATAsAAAsAssCsTGsusuGGssssssssATuTsusTGAsTTTAATusuATuGCsAssTGTuAsTGGACsuAsGs cov pid 18961 . . . 0 . . . . 19040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGGTGATTACATTTTAGCTAACACCTGTACTGAAAGACTCAAGCTTTTTGCAGCAGAAACGCTCAAAGCTACTGAGGAGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGGCGATTACATACTTGCCAACACTTGTACTGAGAGACTCAAGCTTTTCGCAGCAGAAACGCTCAAAGCCACTGAGGAAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGTGATTACACCCTTGCCAATACTACAACAGAACCACTCAAACTTTTTGCTGCTGAGACTTTACGTGCCACTGAAGAGG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGATGATTACATACTAGCTAATGAATGTACAGAGCGCTTGAAATTGTTTGCTGCAGAAACGCAAAAGGCAACCGAGGAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGATGATTATGTTCTGGCAAATGAGTGTATTGAACGTTTAAAGTTATTTGCTGCAGAAACTCAAAAGGCAACTGAAGAGG consensus/100% sGusGATTAsusssTsGCsAAsusssssAssGAussssTsAAusTsTTsGCsGCsGAuACsssssusGCsACsGAuGAuu consensus/90% sGusGATTAsusssTsGCsAAsusssssAssGAussssTsAAusTsTTsGCsGCsGAuACsssssusGCsACsGAuGAuu consensus/80% TGuTGATTACATsCTsGCsAAsussTGTACsGAusGssTsAAusTsTTTGCsGCAGAAACsCssAAuGCsACTGAuGAuu consensus/70% TGuTGATTACATsCTsGCsAAsussTGTACsGAusGssTsAAusTsTTTGCsGCAGAAACsCssAAuGCsACTGAuGAuu cov pid 19041 : . . . . 1 . . 19120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATTTAAACTGTCTTATGGTATTGCTACTGTACGTGAAGTGCTGTCTGACAGAGAATTACATCTTTCATGGGAAGTTGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATTTAAGCTGTCATATGGTATTGCCACTGTACGCGAAGTACTCTCTGACAGAGAATTGCATCTTTCATGGGAGGTTGGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CGTCTAAGCAGTCTTATGCTATTGCCACCATCAAAGAAATTGTTGGTGAGCGCCAACTATTACTTGTGTGGGAGGCTGGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CCTTTAAGCAGAGTTATGCATCAGCAACAATACAAGAGATTGTTAGTGAGCGCGAATTGATTCTCTCTTGGGAGATTGGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTTTTAAACAAAGCTATGCTTCTGCTACCATTCAAGAGATTGTTAGTGATAGAGAAGTTATTTTGTGTTGGGAGACAGGT consensus/100% CsTsTAAuCsusssTATGsssssGCsACsuTssusGAuuTssTsssTGAssGssAAsTsssssTssssTGGGAuussGGs consensus/90% CsTsTAAuCsusssTATGsssssGCsACsuTssusGAuuTssTsssTGAssGssAAsTsssssTssssTGGGAuussGGs consensus/80% CsTTTAAuCsGsssTATGsTssTGCsACsuTsCusGAuuTssTsssTGAssGsGAAsTussTCTsTssTGGGAGusTGGs consensus/70% CsTTTAAuCsGsssTATGsTssTGCsACsuTsCusGAuuTssTsssTGAssGsGAAsTussTCTsTssTGGGAGusTGGs cov pid 19121 . . : . . . . 2 19200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAACCTAGACCACCACTTAACCGAAATTATGTCTTTACTGGTTATCGTGTAACTAAAAACAGTAAAGTACAAATAGGAGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAACCTAGACCACCATTGAACAGAAACTATGTCTTTACTGGTTACCGTGTAACTAAAAATAGTAAAGTACAGATTGGAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAGTCCAAACCACCACTCAATCGTAATTATGTTTTTACTGGTTATCATATAACCAAAAATAGTAAAGTGCAGCTCGGTGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAAGTTAAGCCACCACTTAATAAAAATTATGTTTTTACTGGCTACCATTTTACTAAAAATGGTAAGACAGTTTTAGGTGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAAGTTAAACCACCACTTAATAAAAATTATGTTTTCACAGGCTACCATTTTACTAGTACTGGTAAGACAGTTTTAGGTGA consensus/100% AAusssAuuCCACCAsTsAAssusAAsTATGTsTTsACsGGsTAsCuTsTsACsAusAssuGTAAuusussssTsGGsGA consensus/90% AAusssAuuCCACCAsTsAAssusAAsTATGTsTTsACsGGsTAsCuTsTsACsAusAssuGTAAuusussssTsGGsGA consensus/80% AAAssTAuACCACCACTsAAssuAAATTATGTsTTTACTGGsTAsCuTsTsACTAAAAATuGTAAuusAssssTsGGsGA consensus/70% AAAssTAuACCACCACTsAAssuAAATTATGTsTTTACTGGsTAsCuTsTsACTAAAAATuGTAAuusAssssTsGGsGA cov pid 19201 . . . . : . . . 19280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTACACCTTTGAAAAAGGTGACTATGGTGATGCTGTTGTTTACCGAGGTACAACAACTTACAAATTAAATGTTGGTGATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTACACCTTTGAAAAAGGTGACTATGGTGATGCTGTTGTGTACAGAGGTACTACGACATACAAGTTGAATGTTGGTGATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTACATTTTCGAGCGCATTGATTATAGTGATGCTGTATCCTACAAGTCTAGTACAACGTATAAACTGACTGTAGGTGACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTATGTTTTTGATAAGAGTGAGTTGACTAATGGTGTGTATTATCGCGCCACAACCACTTATAAGCTATCTGTAGGAGATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTATGTTTTTGATAAAAGTGAATTAACTAACGGTGTGTATTACCGCGCTACAACTACTTATAAACTTTCTATAGGTGATG consensus/100% GTAsussTTsGAssususTGAsTssusTuAsGsTGTssssTAssussssAssACsACsTAsAAusTsssTuTsGGsGAss consensus/90% GTAsussTTsGAssususTGAsTssusTuAsGsTGTssssTAssussssAssACsACsTAsAAusTsssTuTsGGsGAss consensus/80% GTAsussTTTGAsAAuuGTGAsTssusTuATGsTGTssssTACsGsGsTACsACsACsTAsAAusTussTGTsGGTGATs consensus/70% GTAsussTTTGAsAAuuGTGAsTssusTuATGsTGTssssTACsGsGsTACsACsACsTAsAAusTussTGTsGGTGATs cov pid 19281 . 3 . . . . : . 19360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATTTTGTGCTGACATCACATACAGTAATGCCATTAAGTGCACCTACACTAGTGCCACAAGAGCACTATGTTAGAATTACT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTTTGTGTTGACATCTCACACTGTAATGCCACTTAGTGCACCTACTCTAGTGCCACAAGAGCACTATGTGAGAATTACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCTTCGTACTTACCTCTCACTCTGTGGCTACCTTGACGGCGCCCACAATTGTGAATCAAGAGAGGTATGTTAAAATTACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTTTGTTTTAACCTCTCATTCAGTAGCTAATTTAAGTGCTCCTACGCTTGTTCCGCAGGAGAATTATAGTAGTATTA-- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTTGTTTTAACATCACATTCTGTAGCTAGTTTAAGTGCACCTACACTTGTCCCACAAGAGAACTATGCTAGTATAA-- consensus/100% ssTTsGTssTsACsTCsCAssCsGTuussssssTsAssGCsCCsACssTsGTssssCAuGAGsusTATussAusATsA.. consensus/90% ssTTsGTssTsACsTCsCAssCsGTuussssssTsAssGCsCCsACssTsGTssssCAuGAGsusTATussAusATsA.. consensus/80% ssTTTGTssTuACsTCsCAssCsGTAusssssTTuAGTGCuCCTACuCTsGTsCCuCAAGAGsAsTATGsTAGsATTA.. consensus/70% ssTTTGTssTuACsTCsCAssCsGTAusssssTTuAGTGCuCCTACuCTsGTsCCuCAAGAGsAsTATGsTAGsATTA.. cov pid 19361 . . . 4 . . . . 19440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGCTTATACCCAACACTCAATATCTCAGATGAGTTTTCTAGCAATGTTGCAAATTATCAAAAGGTTGGTATGCAAAAGTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGCTTGTACCCAACACTCAACATCTCAGATGAGTTTTCTAGCAATGTTGCAAATTATCAAAAGGTCGGCATGCAAAAGTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGGTTGTACCCAACCATTACGGTACCTGAAGAGTTCGCAAGTCATGTTGCCAACTTCCAAAAATCAGGTTATAGTAAATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -GATTTGCTAGTGTTTATAGTGTGCTTGAGACGTTTCAGAACAATGTTGTTAATTATCAACACATTGGTATGAAACGTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -GATTTTCTAGTGTTTATAGTGTTCCATTGGTGTTTCAAAATAATGTTGCTAATTATCAGCACATTGGAATGAAACGTTA consensus/100% .GsTTsssssssusssssAssuTsssssssusGTTssssAussATGTTGssAAsTssCAusAssssGGsssssussusTA consensus/90% .GsTTsssssssusssssAssuTsssssssusGTTssssAussATGTTGssAAsTssCAusAssssGGsssssussusTA consensus/80% .GsTTsTsssssusssssAusuTssCsGAsGsGTTTsssAusAATGTTGCsAATTATCAAsAsuTsGGsATGsAAsusTA consensus/70% .GsTTsTsssssusssssAusuTssCsGAsGsGTTTsssAusAATGTTGCsAATTATCAAsAsuTsGGsATGsAAsusTA cov pid 19441 : . . . . 5 . . 19520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTCTACACTCCAGGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTCTGCTCGCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTCTACACTCCAAGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCCATCGGACTTGCTCTCTATTACCCATCTGCTCGCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTCACTGTTCAGGGACCACCTGGCACTGGCAAAAGTCATTTTGCTATAGGGTTAGCGATTTACTACCCTACAGCACGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTGCACCGTGCAAGGACCTCCTGGTACAGGGAAGTCACATCTTGCTATTGGTCTTGCTGTATTCTATTGTACAGCACGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGCACTGTTCAAGGTCCCCCTGGTACGGGAAAGTCTCATCTTGCTATAGGTCTAGCTGTTTATTACTACACAGCACGTG consensus/100% ssssACssTsCAuGGsCCsCCTGGsACsGGsAAusssCATsTTGCsATsGGssTsGCssTsTssTAsssssCsGCsCGsu consensus/90% ssssACssTsCAuGGsCCsCCTGGsACsGGsAAusssCATsTTGCsATsGGssTsGCssTsTssTAsssssCsGCsCGsu consensus/80% sTssACssTsCAuGGACCsCCTGGTACsGGsAAGssTCATsTTGCTATsGGsCTsGCTsTsTAsTACssssCsGCsCGsu consensus/70% sTssACssTsCAuGGACCsCCTGGTACsGGsAAGssTCATsTTGCTATsGGsCTsGCTsTsTAsTACssssCsGCsCGsu cov pid 19521 . . : . . . . 6 19600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGCATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAGTGTATACGGCATGCTCTCATGCAGCTGTTGATGCCCTATGTGAAAAGGCATTAAAATATTTGCCCATAGATAAATGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGTTTATACAGCATGTTCACACGCAGCTGTTGATGCTTTGTGTGAAAAAGCTTTTAAATATTTGAACATTGCTAAATGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGTATACACAGCGGCCAGCCATGCAGCTGTTGACGCATTGTGTGAAAAAGCATATAAATTTTTGAATATAAATGATTGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGTTTATACTGCTGCTAGTCATGCTGCTGTAGATGCATTGTGTGAAAAAGCTTATAAGTTTTTAAATATTAACGATTGT consensus/100% TsGTsTAsACsGCsssssssCAsGCsGCTGTsGAsGCssTuTGTGAuAAuGCsTssAAuTsTTTusssATsussuAsTGs consensus/90% TsGTsTAsACsGCsssssssCAsGCsGCTGTsGAsGCssTuTGTGAuAAuGCsTssAAuTsTTTusssATsussuAsTGs consensus/80% TsGTsTATACuGCsssssssCATGCsGCTGTTGATGCssTuTGTGAAAAuGCsTssAAATsTTTGsssATsuATuAsTGT consensus/70% TsGTsTATACuGCsssssssCATGCsGCTGTTGATGCssTuTGTGAAAAuGCsTssAAATsTTTGsssATsuATuAsTGT cov pid 19601 . . . . : . . . 19680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGAGTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGTAGAATCATACCTGCGCGTGCGCGCGTAGAGTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACACTAGAACAGTATGTTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCCCGTATCATTCCTGCAAAGGCACGTGTTGAGTGCTATGACAGGTTTAAAGTTAATGAGACAAATTCTCAATATTTGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACTCGTATTGTTCCGGCCAAGGTCAGGGTGGAGTGCTATGATAAGTTTAAAATTAATGACACCACTCGTAAGTATGTGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACACGTATTATTCCTGCTAAAGTTCGTGTAGATTGTTATGATAAGTTTAAAATTAATGATACCACTTGTAAGTATGTTTT consensus/100% ssssGsATsuTsCCsGCssusGsssGsGTsGAsTGsTsTGAsAuuTTsAAAuTsAATsssACssssssssAuTATsTsTT consensus/90% ssssGsATsuTsCCsGCssusGsssGsGTsGAsTGsTsTGAsAuuTTsAAAuTsAATsssACssssssssAuTATsTsTT consensus/80% AsssGsATsATsCCTGCssusGssCGsGTuGAGTGsTsTGATAAuTTsAAAuTsAATsssACsssssussAGTATGTsTT consensus/70% AsssGsATsATsCCTGCssusGssCGsGTuGAGTGsTsTGATAAuTTsAAAuTsAATsssACsssssussAGTATGTsTT cov pid 19681 . 7 . . . . : . 19760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGTACTGTAAATGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAATTATGATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTGCACTGTAAATGCATTGCCAGAAACAACTGCTGACATTGTAGTCTTTGATGAAATCTCTATGGCTACTAATTATGACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAGTACTATTAATGCTCTACCAGAAACTTCTGCCGATATTCTGGTGGTTGATGAGGTTAGTATGTGCACTAATTATGATC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TACTACCATAAATGCATTACCTGAGATGGTGACTGATATTGTTGTTGTAGATGAAGTTAGTATGCTTACCAATTATGAGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACCACAATAAATGCATTACCAGAGTTGGTTACAGATATTGTTGTTGTTGATGAAGTTAGTATGCTTACTAATTATGAAT consensus/100% ssssACsuTsAATGCssTuCCsGAussssssuCsGAsATssTsGTssTsGATGAuuTssssATGsssACsAATTATGAss consensus/90% ssssACsuTsAATGCssTuCCsGAussssssuCsGAsATssTsGTssTsGATGAuuTssssATGsssACsAATTATGAss consensus/80% TsssACsuTAAATGCATTuCCsGAuAsuussuCsGATATTGTsGTssTTGATGAAuTTssTATGsssACsAATTATGAss consensus/70% TsssACsuTAAATGCATTuCCsGAuAsuussuCsGATATTGTsGTssTTGATGAAuTTssTATGsssACsAATTATGAss cov pid 19761 . . . 8 . . . . 19840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGACCCTGCTCAATTACCTGCACCACGCACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGAGTGTTGTCAATGCTAGACTTCGTGCAAAACACTACGTCTATATTGGCGATCCTGCTCAATTACCAGCCCCCCGCACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTCAATTATTAATGCACGTATTAAAGCTAAGCACATTGTCTATGTAGGAGATCCAGCACAGTTGCCAGCTCCTAGGACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTCTGTTATTAATGCTCGTATTCGCGCTAAGCATTATGTTTATATTGGTGATCCTGCTCAATTGCCAGCACCACGTGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTCTGTTATAAATGCTCGTATTAAAGCTAAACATTATGTATATATTGGAGATCCTGCTCAATTACCTGCACCACGTGTG consensus/100% TssssuTTuTsAATGCssGssTssusGCsAAuCAssssGTsTAsuTsGGsGAsCCsGCsCAuTTuCCsGCsCCssGsuss consensus/90% TssssuTTuTsAATGCssGssTssusGCsAAuCAssssGTsTAsuTsGGsGAsCCsGCsCAuTTuCCsGCsCCssGsuss consensus/80% TsssTGTTuTsAATGCssGssTTsusGCTAAuCAsTATGTsTATATTGGsGATCCTGCTCAATTuCCsGCsCCsCGsusu consensus/70% TsssTGTTuTsAATGCssGssTTsusGCTAAuCAsTATGTsTATATTGGsGATCCTGCTCAATTuCCsGCsCCsCGsusu cov pid 19841 : . . . . 9 . . 19920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGCTAACTAAGGGCACACTAGAACCAGAATATTTCAATTCAGTGTGTAGACTTATGAAAACTATAGGTCCAGACATGTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGCTGACTAAAGGCACACTAGAACCAGAATATTTTAATTCAGTGTGCAGACTTATGAAAACAATAGGTCCAGACATGTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGTTGACTAGAGGCACATTGGAACCAGAAAATTTCAATAGTGTCACTAGATTGATGTGTAACTTAGGTCCTGACATATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTATTGAGCAAGGGTACACTTGAACCTAAATATTTTAACACTGTTACTAAGCTCATGTGTTGCTTAGGGCCAGACATTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTGTTGAGCAAGGGTTCTTTAGAACCTAGGCACTTCAATTCTATTACTAAAATAATGTGTTGTTTAGGTCCTGATATCTT consensus/100% sTusTuAssAuuGGssCssTsGAACCsuuusAsTTsAAssssuTssssAuusTsATGsusssssTAGGsCCsGAsATsTT consensus/90% sTusTuAssAuuGGssCssTsGAACCsuuusAsTTsAAssssuTssssAuusTsATGsusssssTAGGsCCsGAsATsTT consensus/80% TTGsTGAssAAuGGsACAsTuGAACCsuAAsATTTsAATsCsGTsssTAuAsTsATGsusssssTAGGTCCsGACATsTT consensus/70% TTGsTGAssAAuGGsACAsTuGAACCsuAAsATTTsAATsCsGTsssTAuAsTsATGsusssssTAGGTCCsGACATsTT cov pid 19921 . . : . . . . 0 20000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCTCGGAACTTGTCGGCGTTGTCCTGCTGAAATTGTTGACACTGTGAGTGCTTTGGTTTATGATAATAAGCTTAAAGCAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCTTGGAACTTGTCGCCGTTGTCCTGCTGAAATTGTTGACACTGTGAGTGCTTTAGTTTATGACAATAAGCTAAAAGCAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTAAGTATGTGCTACAGGTGTCCTAAGGAAATAGTAAGCACTGTGAGCGCTCTTGTCTACAATAATAAATTGTTAGCCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCTTGGTACATGTTATAGATGTCCTAAGGAAATCGTTGATACAGTGTCCGCCTTGGTTTATGAAAATAAGCTTAAGGCTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTGGGAAATTGTTATAGGTGTCCTAAAGAAATTGTAGAAACTGTTTCAGCATTGGTTTATGATAATAAACTCAAGGCTA consensus/100% ssTsuGsAssTGssussGsTGTCCTussGAAATsGTsuusACsGTssssGCssTsGTsTAsuAsAATAAusTsssuGCss consensus/90% ssTsuGsAssTGssussGsTGTCCTussGAAATsGTsuusACsGTssssGCssTsGTsTAsuAsAATAAusTsssuGCss consensus/80% ssTsGGsAssTGTsussGsTGTCCTussGAAATsGTsGAsACTGTGsssGCsTTuGTTTATGAsAATAAuCTsAAuGCss consensus/70% ssTsGGsAssTGTsussGsTGTCCTussGAAATsGTsGAsACTGTGsssGCsTTuGTTTATGAsAATAAuCTsAAuGCss cov pid 20001 . . . . : . . . 20080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATAAAGACAAATCAGCTCAATGCTTTAAAATGTTTTATAAGGGTGTTATCACGCATGATGTTTCATCTGCAATTAACAGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACAAGGATAAGTCAGCTCAATGCTTCAAAATGTTCTACAAAGGTGTTATTACACATGATGTTTCATCTGCAATCAACAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGAAGGAGCTTTCAGGCCAGTGCTTTAAAATACTCTATAAGGGCAATGTGACGCATGATGCTAGCTCTGCCATTAATAGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGAATGAGAGTAGTTCATTGTGTTTTAAGGTCTATTATAAGGGCGTTACAACACATGAAAGTTCTAGTGCTGTAAATATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAAATGATAATAGTTCATTATGTTTTAAAGTATATTTTAAGGGACAGACAACACATGAGAGTTCAAGTGCTGTAAATATT consensus/100% AsAAsGAssssssssssssuTGsTTsAAuuTssssTssAAuGGssssussACuCATGAsusTsssssTGCsuTsAAsAss consensus/90% AsAAsGAssssssssssssuTGsTTsAAuuTssssTssAAuGGssssussACuCATGAsusTsssssTGCsuTsAAsAss consensus/80% AsAAsGAsAusssssCsssuTGsTTTAAAuTuTssTATAAGGGsusTAssACuCATGAsusTTCsssTGCsuTsAAsAsu consensus/70% AsAAsGAsAusssssCsssuTGsTTTAAAuTuTssTATAAGGGsusTAssACuCATGAsusTTCsssTGCsuTsAAsAsu cov pid 20081 . 1 . . . . : . 20160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCACAAATAGGCGTGGTAAGAGAATTCCTTACACGTAACCCTGCTTGGAGAAAAGCTGTCTTTATTTCACCTTATAATTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCTCAAATAGGCGTTGTAAGAGAATTTCTTACACGCAATCCTGCTTGGAGAAAAGCTGTTTTTATCTCACCTTATAATTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCACAACTCACATTTGTGAAGAATTTTATTACTGCCAATCCGGCATGGAGTAAGGCAGTCTTTATTTCGCCTTACAATTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGCAGATTTATTTGATTAATAAGTTTTTGAAGGCTAACCCTTTGTGGCATAAAGCTGTTTTTATTAGCCCATATAATAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAACAGATATATCTAATTAGTAAATTTTTAAAAGCTAATCCAGTTTGGAATAGTGCTGTTTTTATTAGTCCTTATAATAG consensus/100% CssCAusTsssssTsuTsAusuAsTTssTsAsssssAAsCCssssTGGsusAusGCsGTsTTTATssssCCsTAsAATss consensus/90% CssCAusTsssssTsuTsAusuAsTTssTsAsssssAAsCCssssTGGsusAusGCsGTsTTTATssssCCsTAsAATss consensus/80% CsuCAuATssussTsuTsAusuAuTTTsTsAsusssAAsCCsGssTGGAusAAuGCTGTsTTTATTsssCCTTATAATss consensus/70% CsuCAuATssussTsuTsAusuAuTTTsTsAsusssAAsCCsGssTGGAusAAuGCTGTsTTTATTsssCCTTATAATss cov pid 20161 . . . 2 . . . . 20240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACAGAATGCTGTAGCCTCAAAGATTTTGGGACTACCAACTCAAACTGTTGATTCATCACAGGGCTCAGAATATGACTATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACAGAACGCTGTAGCTTCAAAAATCTTAGGATTGCCTACGCAGACTGTTGATTCATCACAGGGTTCTGAATATGACTATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACAGAATGCTGTGTCTCGTTCAATGCTGGGTCTTACCACTCAGACTGTTGATTCCTCACAGGGTTCAGAATACCAGTACG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCAGAACTTTGCAGCTAAGCGTGTTTTGGGTTTACAAACCCAAACCGTGGATTCTGCTCAAGGTTCTGAATATGATTATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCAGAATTATGTTGCTAAGCGTGTTTTAGGTGTTCAAACACAAACTGTAGATTCTGCTCAAGGTTCGGAATATGATTATG consensus/100% sCAGAAsssTGsssCsssssssuTssTuGGssTssssACsCAuACsGTsGATTCssCsCAuGGsTCsGAATAssAsTAsG consensus/90% sCAGAAsssTGsssCsssssssuTssTuGGssTssssACsCAuACsGTsGATTCssCsCAuGGsTCsGAATAssAsTAsG consensus/80% sCAGAAsssTGTuGCTssususuTsTTuGGssTsCssACsCAuACTGTsGATTCssCsCAuGGTTCsGAATATGAsTATG consensus/70% sCAGAAsssTGTuGCTssususuTsTTuGGssTsCssACsCAuACTGTsGATTCssCsCAuGGTTCsGAATATGAsTATG cov pid 20241 : . . . . 3 . . 20320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCATATTCACTCAAACCACTGAAACAGCTCACTCTTGTAATGTAAACAGATTTAATGTTGCTATTACCAGAGCAAAAGTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCATATTCACACAAACTACTGAAACAGCACACTCTTGTAATGTCAACCGCTTCAATGTGGCTATCACAAGGGCAAAAATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTATCTTCTGTCAAACAGCAGATACGGCACATGCTAACAACATTAACAGATTTAATGTTGCAATCACTCGTGCCCAAAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTATATATTCACAGACTGCAGAAACAGCGCATTCTGTAAATGTTAATCGCTTCAATGTTGCTATTACTCGAGCCAAGAAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTATATATTCACAAACAGCAGAAACAGCCCATTCTGTTAATGTTAATCGATTTAATGTTGCCATAACTAGAGCCAAGAAG consensus/100% TsATsTsssssCAuACsuCsGAsACuGCsCAssCTsssAAsuTsAAssGsTTsAATGTsGCsATsACssGsGCssAuuss consensus/90% TsATsTsssssCAuACsuCsGAsACuGCsCAssCTsssAAsuTsAAssGsTTsAATGTsGCsATsACssGsGCssAuuss consensus/80% TsATATsssCsCAAACsuCsGAAACAGCsCAsTCTsssAATGTsAAssGsTTsAATGTTGCsATsACssGuGCsAAuAsu consensus/70% TsATATsssCsCAAACsuCsGAAACAGCsCAsTCTsssAATGTsAAssGsTTsAATGTTGCsATsACssGuGCsAAuAsu cov pid 20321 . . : . . . . 4 20400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGCATACTTTGCATAATGTCTGATAGAGACCTTTATGACAAGTTGCAATTTACAAGTCTTGAAAT---TCCACGTAGGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGCATTTTGTGCATAATGTCTGATAGAGATCTTTATGACAAACTGCAATTTACAAGTCTAGAAAT---ACCACGTCGCAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGTATTCTTTGTGTTATGACATCTCAGGCACTCTTTGAGTCCTTAGAGTTTACTGAATTGTCTTT---TACTAATTACAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTATTCTTTGTGTTATGAGTAATATGCAGTTGTTTGAAGCATTACAGTTTACTACATTGACCTTAGATAAAGTGCCACA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGCATTTTTTGTGTTATGAGTAATATGCAATTATTTGAATCTCTTAATTTTATTACTCTACCTTTAGATAAAATTCAAAA consensus/100% GGsATssTsTGsuTsATGsssssTssussssTsTsTGAsssssTssAsTTTAssusssTsssssT...sssssssssssA consensus/90% GGsATssTsTGsuTsATGsssssTssussssTsTsTGAsssssTssAsTTTAssusssTsssssT...sssssssssssA consensus/80% GGsATTsTTTGsuTsATGssTuATAsusAssTsTsTGAsssssTusAuTTTACsAsssTussssT...TssAssTsusAA consensus/70% GGsATTsTTTGsuTsATGssTuATAsusAssTsTsTGAsssssTusAuTTTACsAsssTussssT...TssAssTsusAA cov pid 20401 . . . . : . . . 20480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTGGCAACTTTACAAGCTGAAAATGTAACAGGACTCTTTAAAGATTGTAGTAAGGTAATCACTGGGTTACATCCTACAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTGGCTACATTACAAGCAGAAAATGTAACTGGACTTTTTAAGGACTGTAGTAAGATCATTACTGGTCTTCATCCTACAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTC---------CAGTCTCAGATTGTAACTGGCCTTTTTAAAGATTGCTCTAGAGAAACTTCTGGCCTCTCACCTGCTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGCCGTCGAAACTAAAGTTCAATGTAGTACTAATTTATTTAAAGATTGTAGCAAGAGTTATAGCGGTTATCACCCAGCTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCAAACTTTACCTCGTTTGCATTGCACAACTAATCTTTTTAAAGATTGTAGTAAAAGTTGCTTAGGTTATCATCCAGCGC consensus/100% ssss.........susssssAssssussACsuussTsTTTAAuGAsTGssssAuuussssssssGGsssssssCCsuCss consensus/90% ssss.........susssssAssssussACsuussTsTTTAAuGAsTGssssAuuussssssssGGsssssssCCsuCss consensus/80% ssssussssssssCAussssAusuTusAACTuusCTsTTTAAAGATTGTAGTAAuussssssssGGssssCAsCCsuCsC consensus/70% ssssussssssssCAussssAusuTusAACTuusCTsTTTAAAGATTGTAGTAAuussssssssGGssssCAsCCsuCsC cov pid 20481 . 5 . . . . : . 20560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGGCACCTACACACCTCAGTGTTGACACTAAATTCAAAACTGAAGGTTTATGTGTTGACATACCTGGCATACCTAAG--- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGGCACCTACACACCTCAGCGTTGATATAAAGTTCAAGACTGAAGGATTATGTGTTGACATACCAGGCATACCAAAG--- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGCACCAACATATGTTAGTGTTGATGACAAGTATAAGACGAGTGATGAGCTTTGCGTGAATCTTAATTTACCCGCA--- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGCTCCTTCATTTTTGGCAGTAGATGACAAATATAAGGCAACTGGCGATTTAGCCGTGTGTCTTGGTATTGGTGATTCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGCCCCCTCATTTTTAGCAGTTGATGATAAATATAAGGTTAATGAAAATTTGGCTGTAAATTTAAATATTTGTGAACCT consensus/100% AsGCsCCssCAssssTsussGTsGAsussAAuTssAAuussussGussssssssssGssssssssuussTssssuss... consensus/90% AsGCsCCssCAssssTsussGTsGAsussAAuTssAAuussussGussssssssssGssssssssuussTssssuss... consensus/80% AsGCsCCssCAssssTsussGTTGATussAAuTssAAGuCsuusGussssTssGssGssAssCssuusATssssuAu... consensus/70% AsGCsCCssCAssssTsussGTTGATussAAuTssAAGuCsuusGussssTssGssGssAssCssuusATssssuAu... cov pid 20561 . . . 6 . . . . 20640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GACATGACCTATAGAAGACTCATCTCTATGATGGGTTTTAAAATGAATTATCAAGTTAATGGTTACCCTAACATGTTTAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GACATGACCTACCGTAGACTCATCTCTATGATGGGTTTCAAAATGAATTACCAAGTCAATGGTTACCCTAATATGTTTAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AATGTCCCATACTCTCGTGTTATTTCCAGGATGGGCTTTAAACTCGATGCAACAGTTCCTGGATATCCTAAGCTTTTCAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCTGTTACATATTCAAGATTAATATCACTCATGGGTTTTAAATTGGATGTTACCCTTGATGGGTATTGTAAGCTTTTTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTTTAACATATTCTCGTTTAATATCTCTTATGGGTTTTAAATTAGATTTGACTCTTGATGGTTATTCTAAATTGTTTAT consensus/100% usssTssCsTAsssssGssTsATsTCssssATGGGsTTsAAAsTsuATsssssssTsssTGGsTAsssTAAssTsTTsAT consensus/90% usssTssCsTAsssssGssTsATsTCssssATGGGsTTsAAAsTsuATsssssssTsssTGGsTAsssTAAssTsTTsAT consensus/80% GssuTsACsTAsssssGssTsATsTCssTsATGGGTTTTAAAsTuuATsssssssTTuATGGsTAssCTAAssTsTTTAT consensus/70% GssuTsACsTAsssssGssTsATsTCssTsATGGGTTTTAAAsTuuATsssssssTTuATGGsTAssCTAAssTsTTTAT cov pid 20641 : . . . . 7 . . 20720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CACCCGCGAAGAAGCTATAAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGCTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CACCCGCGAAGAAGCTATTCGTCACGTTCGTGCGTGGATTGGCTTTGATGTAGAGGGCTGTCATGCAACTAGAGATGCTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TACTCGTGAAGAGGCTGTAAGGCAAGTTCGAAGCTGGATAGGCTTCGATGTTGAGGGTGCTCATGCTTCCCGTAATGCAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AACTAAAGAAGAAGCTGTTAAACGCGTGCGTGCCTGGGTTGGCTTTGATGCTGAAGGTGCTCATGCCACGCGTGATAGCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACTAAAGATGAAGCCATTAAACGTGTTAGAGGTTGGGTTGGTTTTGATGTTGAGGGCGCTCATGCTACTCGCGAAAACA consensus/100% sACssusGAsGAuGCsuTssusCusGTssGsussTGGuTsGGsTTsGATGssGAuGGsssTCATGCssCssGsuAsusss consensus/90% sACssusGAsGAuGCsuTssusCusGTssGsussTGGuTsGGsTTsGATGssGAuGGsssTCATGCssCssGsuAsusss consensus/80% sACssusGAAGAAGCTuTsAuuCusGTsCGsGssTGGuTTGGCTTsGATGTsGAGGGsssTCATGCsACssGsGAsussu consensus/70% sACssusGAAGAAGCTuTsAuuCusGTsCGsGssTGGuTTGGCTTsGATGTsGAGGGsssTCATGCsACssGsGAsussu cov pid 20721 . . : . . . . 8 20800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGTACCTACAGGTTATGTTGATACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGGGTACTAACCTACCTCTCCAGCTAGGATTTTCTACAGGTGTTAACTTAGTAGCTGTACCGACTGGTTATGTTGACACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGGCACCAATGTGCCTCTACAATTAGGATTTTCAACTGGTGTGAACTTTGTTGTTCAGCCAGTTGGTGTTGTAGACACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGGGACAAATTTCCCACTTCAATTAGGATTTTCCACAGGAATTGATTTTGTTGTGGAAGCCACTGGTTTGTTTGCTGAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGGAACAAACTTTCCACTGCAAATAGGTTTTTCAACTGGTGTGGATTTTGTAGTTGAAGCTACTGGCTTATTTGCTGAG consensus/100% ssGGsACsAAssTsCCssTsCAusTAGGsTTTTCsACsGGsuTsuAssTsGTsGssssusCsussGGsssssTsGssuss consensus/90% ssGGsACsAAssTsCCssTsCAusTAGGsTTTTCsACsGGsuTsuAssTsGTsGssssusCsussGGsssssTsGssuss consensus/80% TTGGsACsAAssTsCCsCTsCAusTAGGsTTTTCsACsGGTGTsuAsTTsGTsGsTGsAsCsACTGGTTsssTTGssuss consensus/70% TTGGsACsAAssTsCCsCTsCAusTAGGsTTTTCsACsGGTGTsuAsTTsGTsGsTGsAsCsACTGGTTsssTTGssuss cov pid 20801 . . . . : . . . 20880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACCACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GAAAATAACACAGAATTCACCAGAGTTAATGCAAAACCTCCACCAGGTGACCAGTTTAAACATCTTATACCACTCATGTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GAGTGGGGTAACATGTTAACGGGCATTGCTGCACGTCCTCCACCAGGTGAACAGTTTAAGCACCTCGTGCCTCTTATGCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGAGATGGTTACAGCTTTAAAAAGGCTGTGGCGAAAGCTCCTCCTGGTGAACAATTTAAGCACCTCATCCCTTTGATGAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGAGATTGTTATACTTTTAAAAAAACTGTAGCTAAAGCTCCTCCTGGTGAAAAATTTAAACATTTAATACCCCTTATGTC consensus/100% ssssussussssussTTssssuususTussGCssussCsCCsCCsGGsGAssAuTTTAAuCAssTsuTsCCssTsATGss consensus/90% ssssussussssussTTssssuususTussGCssussCsCCsCCsGGsGAssAuTTTAAuCAssTsuTsCCssTsATGss consensus/80% uuuuATuuTsssussTTsAssAuuusTussGCsAAAsCTCCsCCsGGTGAsCAuTTTAAuCAsCTsATuCCsCTsATGss consensus/70% uuuuATuuTsssussTTsAssAuuusTussGCsAAAsCTCCsCCsGGTGAsCAuTTTAAuCAsCTsATuCCsCTsATGss cov pid 20881 . 9 . . . . : . 20960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAAGGACTTCCTTGGAATGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAGAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAAAGGCTTGCCCTGGAATGTAGTGCGTATTAAGATAGTACAAATGCTCAGTGATACACTGAAAGGATTGTCAGACAGAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAAGGGGGCTGCGTGGCCTATTGTTAGACGACGTATAGTGCAAATGTTGTCAGACACTTTAGACAAATTGTCTGATTACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAGAGGTCATCGCTGGGATGTTGTTAGACCTAGAATAGTACAAATGTTTGCAGATCATTTAATTGATCTGTCTGATTGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAAAGGTCAAAAGTGGGATATTGTTAGAATTAGAATTGTTCAAATGTTATCTGATTATCTTTTAGACCTTTCTGATAGTG consensus/100% sAuuGGsssssssTGGssTuTsGTssGsssssusATsGTsCAAATGsTssssGAsssssTssssuussTsTCsGAssuss consensus/90% sAuuGGsssssssTGGssTuTsGTssGsssssusATsGTsCAAATGsTssssGAsssssTssssuussTsTCsGAssuss consensus/80% sAAAGGsssssssTGGuATuTsGTssGssssAuuATsGTuCAAATGTTssssGAsssssTsussuAssTsTCTGAssGsG consensus/70% sAAAGGsssssssTGGuATuTsGTssGssssAuuATsGTuCAAATGTTssssGAsssssTsussuAssTsTCTGAssGsG cov pid 20961 . . . 0 . . . . 21040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAAAATAGGACCTGAGCGCACCTGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCGTGTTCGTCCTTTGGGCGCATGGCTTTGAGCTTACATCAATGAAGTACTTTGTCAAGATTGGACCTGAAAGAACGTGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTACGTTTGTTTGTTGGGCTCATGGCTTTGAATTAACGTCTGCATCATACTTTTGCAAGATAGGTAAGGAACAGAAGTGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGTGCTAGTTACATGGGCAGCCAACTTTGAGCTCACTTGTCTCCGCTACTTTGCAAAAGTAGGGCGTGAGATTTCTTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGTATTTATTACTTGGTCTGCCAGTTTTGAACTTACTTGTTTAAGGTATTTTGCTAAATTAGGCAGAGAGCTTAATTGT consensus/100% ssususTsuTssssTGGsCssssuusTTTGAusTsACsTssssssssTAsTTTsssAAusTsGGssssGAussssssTGT consensus/90% ssususTsuTssssTGGsCssssuusTTTGAusTsACsTssssssssTAsTTTsssAAusTsGGssssGAussssssTGT consensus/80% TsGTuTTsGTssssTGGGCssssuGCTTTGAusTsACsTsTsTusuuTAsTTTGssAAuuTAGGssssGAusssAssTGT consensus/70% TsGTuTTsGTssssTGGGCssssuGCTTTGAusTsACsTsTsTusuuTAsTTTGssAAuuTAGGssssGAusssAssTGT cov pid 21041 : . . . . 1 . . 21120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGCTTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTCTGTGTGACAAACGTGCAACTTGCTTTTCTACTTCATCAGATACTTATGCCTGCTGGAATCATTCTGTGGGTTTTGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCATGTGCAATAGACGCGCTGCAGCGTACTCTTCACCTCTGCAATCTTATGCCTGCTGGACTCATTCCTGCGGTTATGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATGTATGCACTAAACGTGCCACAGTTTACAATTCTAGAACTGGTTACTATGGTTGTTGGCGCCATAGTGTTACATGTGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATGTGTGTTCTAATCGTGCTACATGCTACAATTCTAGAACTGGTTATTATGGTTGTTGGCGCCATAGTTATACTTGTGA consensus/100% sussTuTGssssAusCGsGCsuCssssTssssssCssssssssussssTATGssTGsTGGsssCATssssssussTsTGA consensus/90% sussTuTGssssAusCGsGCsuCssssTssssssCssssssssussssTATGssTGsTGGsssCATssssssussTsTGA consensus/80% suTsTuTGsusTAuACGTGCsACAsssTssssTsCTssssCsGusssTTATGssTGsTGGsusCATssTsssussTsTGA consensus/70% suTsTuTGsusTAuACGTGCsACAsssTssssTsCTssssCsGusssTTATGssTGsTGGsusCATssTsssussTsTGA cov pid 21121 . . : . . . . 2 21200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTACGTCTATAATCCGTTTATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTATGTCTATAACCCATTTATGATTGATGTTCAGCAGTGGGGCTTTACGGGTAACCTTCAGAGTAACCATGACCAACATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTATGTCTACAACCCTTTCTTTGTCGATGTTCAACAGTGGGGTTATGTAGGCAATCTTGCTACTAATCACGATCGTTATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTACTTGTATAATCCACTTATTGTTGATATTCAACAGTGGGGATATATTGGTTCTTTATCAAGTAATCATGATTTATATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTATGTGTATAATCCACTTATTGTAGATATACAACAGTGGGGTTATACAGGTTCTTTAACTAGTAATCACGATATAATTT consensus/100% sTAssTsTAsAAsCCssTssTsuTsGATuTsCAuCAuTGGGGsTsTussGGsssssTssssAssAAsCAsGAssssssTT consensus/90% sTAssTsTAsAAsCCssTssTsuTsGATuTsCAuCAuTGGGGsTsTussGGsssssTssssAssAAsCAsGAssssssTT consensus/80% TTAsGTsTATAAsCCusTTATsuTsGATuTTCAACAGTGGGGsTsTAsuGGTssssTssssAGTAAsCAsGATssusATT consensus/70% TTAsGTsTATAAsCCusTTATsuTsGATuTTCAACAGTGGGGsTsTAsuGGTssssTssssAGTAAsCAsGATssusATT cov pid 21201 . . . . : . . . 21280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCTAGCTGTCCACGAGTGCTTTGTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCCAGGTACATGGAAATGCACATGTGGCTAGTTGTGATGCTATCATGACTAGATGTTTAGCAGTCCATGAGTGCTTTGTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTCTGTCCATCAAGGAGCTCATGTGGCTTCTAATGATGCAATAATGACTCGTTGTTTAGCTATTCATTCTTGTTTTATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTAGTGTCCATAAAGGAGCACATGTTGCTTCCTCTGATGCTATAATGACACGGTGTTTGGCCGTTTATGATTGCTTTTGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTAATGTACATAAAGGTGCACATGTTGCGTCAGCTGATGCAATTATGACTCGTTGTTTAGCAATCTATGATTGTTTTTGT consensus/100% GssssGTsCATsusuusGCsCATGTsGCssssssTGATGCsATsATGACssGsTGTsTuGCsuTssAssssTGsTTTsss consensus/90% GssssGTsCATsusuusGCsCATGTsGCssssssTGATGCsATsATGACssGsTGTsTuGCsuTssAssssTGsTTTsss consensus/80% GssusGTsCATuuAuusGCACATGTsGCTsssssTGATGCsATsATGACTsGsTGTTTAGCsuTssATGAsTGsTTTsss consensus/70% GssusGTsCATuuAuusGCACATGTsGCTsssssTGATGCsATsATGACTsGsTGTTTAGCsuTssATGAsTGsTTTsss cov pid 21281 . 3 . . . . : . 21360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGGTGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAGCGCGTTGATTGGTCTGTTGAATACCCTATTATAGGAGATGAACTGAGGGTTAATTCTGCTTGCAGAAAAGTACAACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GAACGTGTGGATTGGGATATAGAGTATCCTTATATCTCACATGAAAAGAAATTGAATTCCTGTTGTAGAATCGTTGAGCG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATAATATTAATTGGAATGTGGAGTATCCCATCATTTCAAATGAGTTAAGTATTAATACCTCTTGTAGGGTCTTGCAGCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAATCTGTTAATTGGAATTTAGAGTATCCAATAATTTCTAATGAGGTCAGTATAAATACATCTTGTAGGTTATTGCAGCG consensus/100% uAssssuTsuAsTGGssTsTsGAuTAsCCssssATsssssATGAusssAussTsAATsCsssTTGsAGussssTssAuCu consensus/90% uAssssuTsuAsTGGssTsTsGAuTAsCCssssATsssssATGAusssAussTsAATsCsssTTGsAGussssTssAuCu consensus/80% AAusuTGTTuATTGGusTuTsGAuTATCCsATsATssssuATGAusTuAusuTsAATsCssCTTGTAGuusssTsCAuCu consensus/70% AAusuTGTTuATTGGusTuTsGAuTATCCsATsATssssuATGAusTuAusuTsAATsCssCTTGTAGuusssTsCAuCu cov pid 21361 . . . 4 . . . . 21440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATGGTTGTTAAAGCTGCATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATGGTTGTGAAGTCTGCATTGCTTGCTGATAAGTTTCCAGTTCTTCATGACATTGGAAATCCAAAGGCTATCAAGTGTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CAACGTCGTACGTGCTGCTCTTCTTGCCGGTTCATTTGACAAAGTCTATGATATTGGCAATCCTAAAGGAATTCCTATTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTGATTCTTAAAGCTGCCATGCTCTGCAACAGATATACTTTGTGTTATGATATTGGCAACCCAAAAGCGATTGCCTGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTCATGCTTAAAGCTGCCATGCTATGTAATAGATACAACTTATGTTATGACATAGGCAATCCTAAAGGTTTAGCTTGTG consensus/100% sussuTssTssussCTGCssTssTssssuusssuTssssssssssssAsGAsATsGGsAAsCCsAAuGsssTssssssTG consensus/90% sussuTssTssussCTGCssTssTssssuusssuTssssssssssssAsGAsATsGGsAAsCCsAAuGsssTssssssTG consensus/80% suTsuTssTsAAuGCTGCssTuCTssssuAsAuATssssssTsssTsATGAsATTGGsAAsCCsAAAGssATsussTGTG consensus/70% suTsuTssTsAAuGCTGCssTuCTssssuAsAuATssssssTsssTsATGAsATTGGsAAsCCsAAAGssATsussTGTG cov pid 21441 : . . . . 5 . . 21520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGCTTATAAAATAGAAGAATTATTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCCTCAGGCTGAAGTAGAATGGAAGTTCTACGATGCTCAGCCATGTAGTGACAAAGCTTACAAAATAGAGGAACTCTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGATGACCCTGTGGTTGATTGGCATTATTTTGATGCACAGCCCTTGACCAGGAAGG---------TACAACAGCTTTTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% T------CAAAGATTTTGATTTTAAGTTCTATGATGCCCAACCAATTGTTAAGTCTG---------TTAAGACTCTTTTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% T------CAAAGATTATGAATTTAAATTTTATGATGCTTTTCCTGTAGCCAAGTCTG---------TTAAACAGTTATTT consensus/100% T......ssssGsssssGAsTsssAsTssTssGATGCssssCCssssussuussssG.........TssAussssTsTTs consensus/90% T......ssssGsssssGAsTsssAsTssTssGATGCssssCCssssussuussssG.........TssAussssTsTTs consensus/80% T......sussGAssTsGAsTssAAuTTsTATGATGCsCAuCCssssussuAssssG.........TsuAusAusTsTTs consensus/70% T......sussGAssTsGAsTssAAuTTsTATGATGCsCAuCCssssussuAssssG.........TsuAusAusTsTTs cov pid 21521 . . : . . . . 6 21600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGGTGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TATTCTTATGCTACACATCACGATAAATTCACTGATGGTGTTTGTTTGTTTTGGAATTGTAACGTTGATCGTTACCCAGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATACAGAGGACATGG---CCTCAAGATTTGCTGATGGGCTCTGCTTATTTTGGAACTGTAATGTACCAAAATATCCTAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATTCTTTTGAGGCACATAAGGACTCTTTTAAAGACGGTTTGTGTATGTTTTGGAACTGTAATGTGGATAAGTATCCACC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATGTCTATGATGTGCATAAAGATAATTTTAAAGATGGTTTATGTATGTTTTGGAATTGTAATGTTGATAAATATCCATC consensus/100% TATssssssGssusus...ssssssssTTsussGAsGGssTsTGssTuTTTTGGAAsTGsAAsGTsssssusTAsCCsss consensus/90% TATssssssGssusus...ssssssssTTsussGAsGGssTsTGssTuTTTTGGAAsTGsAAsGTsssssusTAsCCsss consensus/80% TATsCsTATGssusuCATsssGAsAusTTsAssGATGGTsTsTGssTuTTTTGGAAsTGTAATGTsGATAuuTATCCssC consensus/70% TATsCsTATGssusuCATsssGAsAusTTsAssGATGGTsTsTGssTuTTTTGGAAsTGTAATGTsGATAuuTATCCssC cov pid 21601 . . . . : . . . 21680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAATTCCATTGTTTGTAGATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAATGCAATTGTGTGTAGGTTTGACACAAGAGTCTTGTCAAACTTGAACTTACCAGGCTGTGATGGTGGTAGTTTGTATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAATGCAATTGTATGCAGGTTTGACACACGTGTGCATTCTGAGTTCAATTTGCCAGGTTGTGATGGCGGTAGTTTGTATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAATGCAGTTGTATGTAGATTTGACACTAGAGTGTTGAATAATTTAAATCTTCCTGGCTGTAATGGAGGTAGTTTGTATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAATTCAATTGTTTGTAGATTTGACACTCGAGTGTTAAATAAATTAAACCTTCCTGGATGTAATGGTGGTAGTTTGTATG consensus/100% sAATsCsuTTGTsTGsAGuTTTGACACssGsGTsssssssuAssTsAAssTsCCsGGsTGTuATGGsGGsAGTTTGTATG consensus/90% sAATsCsuTTGTsTGsAGuTTTGACACssGsGTsssssssuAssTsAAssTsCCsGGsTGTuATGGsGGsAGTTTGTATG consensus/80% sAATsCAATTGTsTGTAGuTTTGACACssGAGTGsTussTAAsTTsAAssTsCCsGGsTGTuATGGsGGTAGTTTGTATG consensus/70% sAATsCAATTGTsTGTAGuTTTGACACssGAGTGsTussTAAsTTsAAssTsCCsGGsTGTuATGGsGGTAGTTTGTATG cov pid 21681 . 7 . . . . : . 21760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAAATAAACATGCATTCCACACACCAGCTTTTGATAAAAGTGCTTTTGTTAATTTAAAACAATTACCATTTTTCTATTAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGAATAAGCATGCATTCCACACTCCAGCTTTCGATAAAAGTGCATTTACTAATTTAAAGCAATTGCCTTTCTTTTACTAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTAACAAGCACGCTTTTCATACACCAGCATATGATGTGAGTGCATTCCGTGATCTGAAACCTTTACCATTCTTTTATTAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTAATAAACATGCATTCCACACTAAACCCTTTGCTAGGGCAGCCTTTGAGCATTTGAAGCCTATGCCATTCTTCTATTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTAATAAACATGCATTCCATACTAATCCTTTTACTAGAACTGTTTTTGAAAATCTTAAGCCTATGCCTTTTTTCTATTAT consensus/100% TsAAsAAuCAsGCsTTsCAsACsssssCsTssusTusuussGssTTsssssATsTsAAuCsssTuCCsTTsTTsTAsTAs consensus/90% TsAAsAAuCAsGCsTTsCAsACsssssCsTssusTusuussGssTTsssssATsTsAAuCsssTuCCsTTsTTsTAsTAs consensus/80% TsAATAAuCATGCATTCCAsACsssAsCsTTTGsTAuuAsTGCsTTTussuATsTuAAuCsssTuCCsTTsTTsTATTAT consensus/70% TsAATAAuCATGCATTCCAsACsssAsCsTTTGsTAuuAsTGCsTTTussuATsTuAAuCsssTuCCsTTsTTsTATTAT cov pid 21761 . . . 8 . . . . 21840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCTGACAGTCCATGTGAGTCTCATGGAAAACAAGTAGTG---TCAGATATAGATTATGTACCACTAAAGTCTGCTACGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCTGATAGTCCTTGTGAGTCTCATGGCAAACAAGTAGTG---TCGGATATTGATTATGTTCCACTCAAATCTGCTACGTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCTACTACACCATGTGAAGTGCATGGTAATGGTAGTATGATAGAGGATATTGATTATGTACCCCTAAAATCTGCAGTCTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCAGATACGCCTTGTGTGTATATGGATGGCATGGATGCT---AAGCAGGTTGATTATGTACCTTTGAAATCTGCCACGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCAGATACGCCTTGTGTGTACGTAGATGGTTTAGAATCT---AAACAAGTTGATTACGTTCCTTTAAGAAGCGCCACTTG consensus/100% TCsussAssCCsTGTGsussssssGusuussssusssss...ssusAsuTsGATTAsGTsCCssTsAuusssGCsussTG consensus/90% TCsussAssCCsTGTGsussssssGusuussssusssss...ssusAsuTsGATTAsGTsCCssTsAuusssGCsussTG consensus/80% TCsGATAssCCsTGTGsGTsssssGusuusssuGssuss...ssusAsuTTGATTATGTsCCssTuAAATCTGCsACsTG consensus/70% TCsGATAssCCsTGTGsGTsssssGusuusssuGssuss...ssusAsuTTGATTATGTsCCssTuAAATCTGCsACsTG cov pid 21841 : . . . . 9 . . 21920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TATAACACGTTGCAATTTAGGTGGTGCTGTCTGTAGACATCATGCTAATGAGTACAGATTGTATCTCGATGCTTATAACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TATTACACGATGCAATTTAGGTGGTGCTGTTTGCAGACACCATGCAAATGAGTACCGACAGTACTTGGATGCATATAATA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATTACAGCTTGTAATTTAGGGGGCGCTGTTTGTAGGAAGCATGCTACAGAGTACAGAGAGTATATGGAAGCATATAATC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CATCACAAGATGCAATTTAGGTGGTGCAGTTTGTTTAAAACATGCTGAAGAGTATCGTGAGTACTTAGAGTCTTACAATA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATCACACGGTGTAATCTAGGTGGAGCTGTTTGTTCAAAGCATGCTGAAGAATATTGTAACTACCTTGAGTCTTATAATA consensus/100% sATsACAsssTGsAATsTAGGsGGsGCsGTsTGsssusAsCATGCsussGAuTAssGssssTAssTsGAssCsTAsAAss consensus/90% sATsACAsssTGsAATsTAGGsGGsGCsGTsTGsssusAsCATGCsussGAuTAssGssssTAssTsGAssCsTAsAAss consensus/80% TATsACAsGsTGsAATTTAGGTGGsGCTGTTTGTssAsAsCATGCTuAsGAGTAssGssAGTAssTsGAssCsTATAATA consensus/70% TATsACAsGsTGsAATTTAGGTGGsGCTGTTTGTssAsAsCATGCTuAsGAGTAssGssAGTAssTsGAssCsTATAATA cov pid 21921 . . : . . . . 0 22000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGATGATCTCAGCTGGCTTTAGCTTGTGGGTTTACAAACAATTTGATACTTATAACCTCTGGAACACTTTTACAAGACTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGATGATTTCTGCTGGATTTAGCCTATGGATTTACAAACAATTTGATACTTATAACCTGTGGAATACATTTACCAGGTTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGTCTCTGCATCAGGTTTCCGCCTTTGGTGTTATAAGACCTTTGATATTTATAATCTCTGGTCTACTTTTACAAAAGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGCTACTACAGCAGGTTTTACTTTTTGGGTCTATAAGACATTTGATTTTTATAATTTGTGGAATACGTTCACCAAGCTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGTTACTACAGCAGGCTTTACTTTTTGGGTTTATAAGAATTTTGATTTTTATAATTTATGGAACACTTTTACTACGTTA consensus/100% ssussssssCssCsGGsTTsssssTsTGGsssTAsAAusssTTTGATssTTATAAssTsTGGsssACsTTsACsAsusTs consensus/90% ssussssssCssCsGGsTTsssssTsTGGsssTAsAAusssTTTGATssTTATAAssTsTGGsssACsTTsACsAsusTs consensus/80% TuuTsAsTsCAGCsGGsTTTAsssTsTGGuTTTAsAAusssTTTGATssTTATAAssTsTGGAAsACsTTTACsAuusTs consensus/70% TuuTsAsTsCAGCsGGsTTTAsssTsTGGuTTTAsAAusssTTTGATssTTATAAssTsTGGAAsACsTTTACsAuusTs cov pid 22001 . . . . : . . . 22080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAGAGTTTAGAAAATGTGGCTTTTAATGTTGTAAATAAGGGACACTTTGATGGACAACAGGGTGAAGTACCAGTTTCTAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAGAGTTTAGAAAATGTGGCTTATAATGTTGTTAATAAAGGACACTTTGATGGACACGCCGGCGAAGCACCTGTTTCCAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CAAGGTTTGGAAAACATTGCTTTTAATGTTGTTAAACAAGGCCATTTTATTGGTGTTGAGGGTGAACTACCTGTAGCTGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAAAGCTTGGAGAATGTTGTATATAATTTAGTCAAGACTGGTCATTATACAGGACAGGCTGGTGAAATGCCTTGTGCCAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAGAGTTTAGAAAACGTAATATATAACTTGGTTAATGTTGGTCATTATGATGGACGTACAGGTGAATTACCTTGTGCTAT consensus/100% CAuuGsTTuGAuAAsuTsussTsTAAssTsGTsAAssssGGsCAsTsTussGGsssssssGGsGAAssuCCsssssCsuT consensus/90% CAuuGsTTuGAuAAsuTsussTsTAAssTsGTsAAssssGGsCAsTsTussGGsssssssGGsGAAssuCCsssssCsuT consensus/80% CAuAGTTTuGAAAAsGTsGssTsTAATsTsGTsAAsussGGsCAsTsTusTGGACusussGGTGAAsTACCTssTsCsAT consensus/70% CAuAGTTTuGAAAAsGTsGssTsTAATsTsGTsAAsussGGsCAsTsTusTGGACusussGGTGAAsTACCTssTsCsAT cov pid 22081 . 1 . . . . : . 22160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATTAATAACACTGTTTACACAAAAGTTGATGGTGTTGATGTAGAATTGTTTGAAAATAAAACAACATTACCTGTTAATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATTAATAATGCTGTTTACACAAAGGTAGATGGTATTGATGTGGAGATCTTTGAAAATAAGACAACACTTCCTGTTAATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTCAATGATAAGATCTTCACCAAGAGTGGCGTTAATGACATTTGTATGTTTGAGAATAAAACCACTTTGCCTACTAATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATAAATGATAAAGTTGTGGCTAAGATCGATAAGGAGGATGTTGTCATTTTTATTAATAATACAACATACCCTACTAATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATGAATGACAAAGTTGTTGTTAAGATTAATAATGTAGATACTGTTATTTTTAAAAATAATACATCATTTCCTACTAATA consensus/100% suTsAATuAsussuTssssussAAuussuusussussGAsussssssTsTTTussAATAAsACssCssssCCTusTAATu consensus/90% suTsAATuAsussuTssssussAAuussuusussussGAsussssssTsTTTussAATAAsACssCssssCCTusTAATu consensus/80% sATsAATuAsAssGTTsssuCsAAGuTsGATuuTussGATuTsGssATsTTTuAuAATAAsACAACATTsCCTusTAATu consensus/70% sATsAATuAsAssGTTsssuCsAAGuTsGATuuTussGATuTsGssATsTTTuAuAATAAsACAACATTsCCTusTAATu cov pid 22161 . . . 2 . . . . 22240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAGCATTTGAGCTTTGGGCTAAGCGCAACATTAAACCAGTACCAGAGGTGAAAATACTCAATAATTTGGGTGTGGACATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGCATTTGAGCTTTGGGCTAAGCGTAACATTAAACCAGTGCCAGAGATTAAGATACTCAATAATTTGGGTGTTGATATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAGCTTTTGAACTCTATGCTAAGCGTGCTGTACGCTCGCATCCCGATTTCAAATTGCTACACAATTTACAAGCAGACATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGGCCGTTGAATTATTTGCCAAGCGCAGTGTTCGACACCACCCAGAGCTTAAGCTCTTTAGAAATTTAAATATAGACGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGCTGTTGAATTGTTTACAAAACGTAGTATCCGGCACCACCCTGAACTTAAGATTCTTAGAAATTTGAACATTGATATT consensus/100% TsGCssTTGAusTsTssuCsAAuCGsussuTssusssssssCCsGAssTsAAusTssTssusAATTTususussGAsuTs consensus/90% TsGCssTTGAusTsTssuCsAAuCGsussuTssusssssssCCsGAssTsAAusTssTssusAATTTususussGAsuTs consensus/80% TuGCssTTGAusTsTssGCsAAGCGsAusuTssuuCsssssCCsGAusTsAAusTsCTsAusAATTTuuusuTsGAsATs consensus/70% TuGCssTTGAusTsTssGCsAAGCGsAusuTssuuCsssssCCsGAusTsAAusTsCTsAusAATTTuuusuTsGAsATs cov pid 22241 : . . . . 3 . . 22320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTGCTAATACTGTGATCTGGGACTACAAAAGAGATGCTCCAGCACATATATCTACTATTGGTGTTTGTTCTATGACTGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTGCTAATACTGTAATCTGGGACTACAAAAGAGAAGCCCCAGCACATGTATCTACAATAGGTGTCTGCACAATGACTGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCTACAAGTTCGTCCTTTGGGATTATGAACGTAGCAATATTTATGGTACTGCTACTATTGGTGTATGTAAGTACACTGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTGGAAGCACGTCATTTGGGATTATGCTAGAGAAAGTATATTTTGCAGTAATACCTATGGTGTCTGCATGTATACAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTGGAAGCATGTCCTGTGGGATTATGTTAAAGATAGTTTGTTTTGTAGTTCCACTTATGGTGTTTGTAAATACACAGA consensus/100% ssssssAAssssGTssTsTGGGAsTAsusssusuususssssssssususssssACssssGGTGTsTGsssssssACsGA consensus/90% ssssssAAssssGTssTsTGGGAsTAsusssusuususssssssssususssssACssssGGTGTsTGsssssssACsGA consensus/80% ssTsssAAssssGTssTsTGGGAsTAsussAGAGAsusTssussssuTAsssCTACsssTGGTGTsTGsAsusssACsGA consensus/70% ssTsssAAssssGTssTsTGGGAsTAsussAGAGAsusTssussssuTAsssCTACsssTGGTGTsTGsAsusssACsGA cov pid 22321 . . : . . . . 4 22400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATAGCCAAGAAACCAACTGAAACGATTTGTGCACCACTCACTGTCTTTTTTGATGGTAGAGTTGATGGTCAAGTAGACT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATTGCCAAGAAACCTACTGAGAGTGCTTGTTCTTCACTTACTGTCTTGTTTGATGGTAGAGTGGAAGGACAGGTAGACC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATTGA------------------TGTTAATTCAGCTTTGAATATATGTTTTGACATACGCGATAATTGTTCATTGGAGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTAAA------------------GTTCATTGATAAATTGAATGTCCTTTTTGATGGTCGTGATAATGGTGCTCTTGAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTGAA------------------GTTCATCGAAAATTTGAATATACTTTTTGATGGTCGTGACACTGGCGCTTTAGAAG consensus/100% ssTsus..................ssssssssssssssTsAsTuTssssTTTGAsusssGsGssusssGsssssTsGAss consensus/90% ssTsus..................ssssssssssssssTsAsTuTssssTTTGAsusssGsGssusssGsssssTsGAss consensus/80% ssTsus..................ssTsssTsssssssTsAsTuTssTTTTTGATGGTsGsGssuATGGsssssTuGAss consensus/70% ssTsus..................ssTsssTsssssssTsAsTuTssTTTTTGATGGTsGsGssuATGGsssssTuGAss cov pid 22401 . . . . : . . . 22480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TATTTAGAAATGCCCGTAATGGTGTTCTTATTACAGAAGGTAGTGTTAAAGGTTTACAACCATCTGTAGGTCCCAAACAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTTTAGAAACGCCCGTAATGGTGTTTTAATAACAGAAGGTTCAGTCAAAGGTCTAACACCTTCAAAGGGACCAGCACAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTTCATGTCTACTCCCAATGCCATCTTTATTTCTGATAGAAAAATCAAGAAATACCCTTGTATGGTAGGTCCTGATTAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTTTTAAACGTTCTAATAATGGCGTTTACATTTCCACGACAAAAGTTAAGAGTCTTTCGATGATAAGAGGTCCACCGCGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTTTTAGAAAAGCAAGAAATGGTGTTTTTATTAGTACTGAAAAATTAAGTAGGTTATCAATGATTAAAGGTCCGCAACGA consensus/100% ssTTsAsussssCssssAATGssuTssssATssssussussssssTsAusuusssssssssssssusuGGsCCsssssus consensus/90% ssTTsAsussssCssssAATGssuTssssATssssussussssssTsAusuusssssssssssssusuGGsCCsssssus consensus/80% ssTTTAuAsusuCssusAATGGsGTTTTsATTsCsussuusAuAuTsAAuuGssTssCussssssusAGGTCCsssuCus consensus/70% ssTTTAuAsusuCssusAATGGsGTTTTsATTsCsussuusAuAuTsAAuuGssTssCussssssusAGGTCCsssuCus cov pid 22481 . 5 . . . . : . 22560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTAGTCTTAATGGAGTCACATTAATTG---GAGAAGCCGTAAAAACAC------AGTTCAATTATTATAAG-------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTAGCGTCAATGGAGTCACATTAATTG---GAGAATCAGTAAAAACAC------AGTTTAACTACTTTAAG-------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTTACTTCAATGGTGCTATCATCCGTGATAGTGATGTTGTTAAACAACCAGTGAAGTTCTACTTGTATAAG-------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCTGAATTAAATGGCGTAGTGGTGGACAAGGTTGGAGACACTGATTGTG------TGTTTTATTTTGCTGTGCGTAAAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCTGATTTAAATGGTGTGATTGTGGATAAAGTTGGAGAACTCAAAGTTG------AGTTTTGGTTCGCTATGAGAAAAGA consensus/100% GCTsussTsAATGGsGssusssTssssu...ssGusssssssuAsssss......sGTTssusTssssTusG........ consensus/90% GCTsussTsAATGGsGssusssTssssu...ssGusssssssuAsssss......sGTTssusTssssTusG........ consensus/80% GCTuussTsAATGGsGTsAsssTuusTu...ssGuAGssuTsAAAssss......AGTTssAsTssssTAsG........ consensus/70% GCTuussTsAATGGsGTsAsssTuusTu...ssGuAGssuTsAAAssss......AGTTssAsTssssTAsG........ cov pid 22561 . . . 6 . . . . 22640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGGTCAGGATGTCATCTTCAGCCAATTCGACAGCCTGGGAGTCAGCTCTAACCAGAGCCCACAAGGTAATCTGGGGAGTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGGTGACGATGTTATCTTCAGCCGAACAGACAGCCTATGCTCAAGCCATTACTGGAGCCCACAAGGTAATCTAGGTGGTA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 22641 : . . . . 7 . . 22720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% --------------AAAGTTGATGGTGTTGTCCAACAATTACCTGAAACTTACTTTACTCAGAGTAGAAATTTACAAGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% --------------AAAGTAGACGGCATTATTCAACAGTTGCCTGAAACCTACTTTACTCAGAGCAGAGACTTAGAGGAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% --------------AAAGTCAATAATGAGTTTATTGATCCTACTGAGTGTATTTACACTCAGAGTCGCTCTTGTAGTGAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGTAAACCCGGTAATGTCGGTGGTAATGATGCTCTGTCAATCTCTACTATCTTTACACAAAGCCGTGTTATTAGCTCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTG---CGCGGGTAATGTCATTGGTAATGATGCTCTAACACGTTTTACTATCTTTACTCAGAGTCGTGTATTGTCAAGT consensus/100% ..............AAsGTsussuusussssssssssssssssssssssssssTssACsCAuAGssGsssssssssssss consensus/90% ..............AAsGTsussuusussssssssssssssssssssssssssTssACsCAuAGssGsssssssssssss consensus/80% ..............AAsGTsuuTGGTusTusTsssCsussussTsssACTssCTTTACTCAGAGssGsussTTssusuus consensus/70% ..............AAsGTsuuTGGTusTusTsssCsussussTsssACTssCTTTACTCAGAGssGsussTTssusuus cov pid 22721 . . : . . . . 8 22800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTAAACCCAGGAGTCAAATGGAAATTGATTTCTTAGAATTAGCTATGGATGAATTCATTGAACGGTATAAATTAGAAGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTAAGCCCAGATCACAAATGGAAACTGACTTTCTCGAGCTCGCTATGGATGAATTCATACAGCGATATAAGCTCGAGGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCCTACCCCTTTCTGACATGGAGAAAGACTTTCTATCTTTTGATAGTGATGTTTTCATTAAGAAGTATGGCTTGGAAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTACATGTCGTACTGATATGGAAAAAGATTTTATAGCTTTAGATCAAGATGTGTTTATTCAGAAGTATGGTTTGGAGGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTGAACCTCGCTCAGATTTAGAACGGGATTTTATTGATATGGATGATAATCTGTTTATTGCTAAATATGGTTTAGAAGA consensus/100% TTsssussssssssssAssTuGAusssGAsTTssTsssssTsGsTsssuATsssTTsATsssssuuTATuussTsGAuuu consensus/90% TTsssussssssssssAssTuGAusssGAsTTssTsssssTsGsTsssuATsssTTsATsssssuuTATuussTsGAuuu consensus/80% TTTusACCssGssCssAsATGGAAAssGAsTTTsTsGsssTsGsTussGATGsuTTsATTsAusuuTATuusTTuGAuGu consensus/70% TTTusACCssGssCssAsATGGAAAssGAsTTTsTsGsssTsGsTussGATGsuTTsATTsAusuuTATuusTTuGAuGu cov pid 22801 . . . . : . . . 22880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTATGCCTTCGAACATATCGTTTATGGAGATTTTAGTCATAGTCAGTTAGGTGGTTTACATCTACTGATTGGACTAGCTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTATGCCTTCGAACACATCGTTTATGGAGATTTCAGTCATGGACAACTTGGCGGTCTTCATTTAATGATAGGCTTAGCCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTATGCTTTTGAGCACGTAGTCTATGGAGACTTCTCTCATACTACGTTAGGCGGTCTTCACTTGCTTATTGGTTTATACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTATGCCTTTGAACACATTGTTTATGGTAACTTCAACCAGAAGATTATTGGTGGTTTGCATTTGTTAATAGGCTTGTACC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTATGCATTTGATCATATAGTTTATGGTAGTTTTAACCATAAAGTTATAGGAGGTTTGCATTTGCTTATAGGCTTATTTC consensus/100% CTATGCsTTsGAsCAsuTsGTsTATGGsuusTTssssCAsussssssTsGGsGGTsTsCAssTusTsATsGGssTussss consensus/90% CTATGCsTTsGAsCAsuTsGTsTATGGsuusTTssssCAsussssssTsGGsGGTsTsCAssTusTsATsGGssTussss consensus/80% CTATGCsTTsGAuCAsATsGTTTATGGsuAsTTsAusCATAusssssTsGGsGGTsTsCATTTusTsATsGGsTTAssss consensus/70% CTATGCsTTsGAuCAsATsGTTTATGGsuAsTTsAusCATAusssssTsGGsGGTsTsCATTTusTsATsGGsTTAssss cov pid 22881 . 9 . . . . : . 22960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACGTTTTAAGGAATCACCTTTTGAATTAGAAGATTTTATTCCTATGGACAGTACAGTTAAAAACTATTTCATAACAGAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGCGCTCACAAGATTCACCACTTAAATTAGAGGATTTTATCCCTATGGACAGCACAGTGAAAAATTACTTCATAACAGAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGAAGCAACAGGAAGGTCATATTATTATGGAAGAAATGCTAAAAGGTAGCTCAACTATTCATAACTATTTTATTACTGAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAAGACAGCAAACTTCCAATCTGGTTGTTCAGGAGTTTGTTTCATATGACTCCAGCATACACTCTTATTTTATCACTGAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTAGGAAAAAAAAATCTAATTTGTTAATTCAAGAGTTTTTACAGTATGATTCTAGTATTCATTCATATTTTATTACTGAT consensus/100% ussusssssAuusssssssssTsssssTssAuGAssTssTsssssssuussssAssuTssAssssTAsTTsATsACsGAs consensus/90% ussusssssAuusssssssssTsssssTssAuGAssTssTsssssssuussssAssuTssAssssTAsTTsATsACsGAs consensus/80% uusGsssusAuuAsTCsssTsTsusssTssAuGAsTTTsTsssssssGACsssAssuTssAssssTATTTsATsACsGAs consensus/70% uusGsssusAuuAsTCsssTsTsusssTssAuGAsTTTsTsssssssGACsssAssuTssAssssTATTTsATsACsGAs cov pid 22961 . . . 0 . . . . 23040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCGCAAACAGGTTCATCTAAGTGTGTGTGTTCTGTTATTGATTTATTACTTGATGATTTTGTTGAAATAATAAAATCCCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCGCAAACAGGTTCATCAAAATGTGTGTGTTCTGTGATTGATCTTTTACTTGATGACTTTGTCGAGATAATAAAGTCACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACTAACACAGCGGCTTTTAAGGCGGTGTGTTCTGTTATAGATTTAAAGCTTGACGACTTTGTTATGATTTTAAAGAGTCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAGAAGAGTGGTGGTAGTAAGAGTGTTTGCACTGTTATAGATATTTTGTTGGATGATTTTGTGGCTCTTGTTAAGTCACT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAGGAGTGTGGTAGTAGTAAGAGTGTTTGTACAGTTATTGATTTATTATTAGATGATTTTGTTTCTATTGTTAAGTCATT consensus/100% ssssAssssGssssssssAAusssGTsTGssCsGTsATsGATsTsssusTsGAsGAsTTTGTsssssTssTsAAusssss consensus/90% ssssAssssGssssssssAAusssGTsTGssCsGTsATsGATsTsssusTsGAsGAsTTTGTsssssTssTsAAusssss consensus/80% usGsAuAssGGTsssssTAAGsGTGTsTGTsCTGTTATsGATsTsTTusTsGATGAsTTTGTsussATsuTsAAGTCsCs consensus/70% usGsAuAssGGTsssssTAAGsGTGTsTGTsCTGTTATsGATsTsTTusTsGATGAsTTTGTsussATsuTsAAGTCsCs cov pid 23041 : . . . . 1 . . 23120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGATTTATCTGTAGTTTCTAAGGTTGTCAAAGTGACTATTGACTATACAGAAATTTCATTTATGCTTTGGTGTAAAGATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGATTTGTCAGTGATTTCAAAAGTGGTCAAGGTTACAATTGACTATGCTGAAATTTCATTCATGCTTTGGTGTAAGGATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGACCTTGGCGTAGTATCCAAGGTTGTCAAGGTTCCTATTGACTTAACAATGATTGAGTTTATGTTATGGTGTAAGGATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAATCTTAATTGTGTGAGTAAGGTTGTTAATGTTAATGTTGATTTTAAAGATTTTCAGTTTATGCTTTGGTGTAACGATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAATTTGAGTTGTGTTAGTAAAGTTGTTAATATTAATGTTGATTTTAAGGATTTTCAATTTATGTTGTGGTGTAATGATA consensus/100% suAssTsssssssuTssssAAuGTsGTsAAsuTssssuTTGAsTssussusssTTssuTTsATGsTsTGGTGTAAsGATu consensus/90% suAssTsssssssuTssssAAuGTsGTsAAsuTssssuTTGAsTssussusssTTssuTTsATGsTsTGGTGTAAsGATu consensus/80% AuATsTsssssssGTssssAAuGTTGTsAAsGTTAsTuTTGAsTsTAsuGAssTTssuTTTATGsTsTGGTGTAAsGATG consensus/70% AuATsTsssssssGTssssAAuGTTGTsAAsGTTAsTuTTGAsTsTAsuGAssTTssuTTTATGsTsTGGTGTAAsGATG cov pid 23121 . . : . . . . 2 23200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCCATGTAGAAACATTTTACCCAAAATTACAATCTAGTCAAGCGTGGCAACCGGGTGTTGCTATGCCTAATCTTTACAAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GACATGTTGAAACCTTCTACCCAAAACTACAAGCAAGTCAAGCGTGGCAACCAGGTGTTGCGATGCCTAACTTGTACAAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GACAGGTTCAAACCTTCTACCCTCGACTCCAGGCTTCTGCAGATTGGAAACCTGGTCATGCAATGCCATCCCTCTTTAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGAAAGTTATGACTTTCTATCCTCGTTTGCAAGCTGCATCTGACTGGAAGCCTGGTTATTCTATGCCTGTATTATATAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATAAAATTATGACTTTTTATCCTAAAATGCAAGCCACTAATGATTGGAAACCTGGCTATTCTATGCCTGTTTTGTATAAG consensus/100% ussAsuTsssuACsTTsTAsCCssussTsCAusCsssssssGssTGGsAuCCsGGsssTsCsATGCCsssssTsTssAAu consensus/90% ussAsuTsssuACsTTsTAsCCssussTsCAusCsssssssGssTGGsAuCCsGGsssTsCsATGCCsssssTsTssAAu consensus/80% ussAsGTTusuACsTTsTAsCCssuAsTuCAAGCsusTsssGssTGGsAACCsGGTssTsCsATGCCTusssTsTAsAAu consensus/70% ussAsGTTusuACsTTsTAsCCssuAsTuCAAGCsusTsssGssTGGsAACCsGGTssTsCsATGCCTusssTsTAsAAu cov pid 23201 . . . . : . . . 23280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGCAAAGAATGCTATTAGAAAAGTGTGACCTTCAAAATTATGGTGATAGTGCAACATTACCTAAAGGCATAATGATGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGCAAAGAATGCTTCTTGAAAAGTGTGACCTTCAGAATTATGGTGAAAATGCTGTTATACCAAAAGGAATAATGATGAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTCAAAATGTAAACCTTGAACGTTGTGAGCTTGCTAATTACAAGCAATCTATTCCTATGCCTCGCGGTGTGCACATGAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATTTGAATTCTCCAATGGAAAGAGTTAGTCTCTGGAATTATGGGAAGCCAGTTACTTTGCCTACAGGCTGTATGATGAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATTTGAATGTTCCATTAGAGAGAGTCTCTTTATGGAATTATGGTAAACCTATTAATTTGCCTACAGGCTGTATGATGAA consensus/100% sssssuAussssssssTsGAusussssssssTssssAATTAsuussAssssussssssTuCCssssGGsssssssATGAA consensus/90% sssssuAussssssssTsGAusussssssssTssssAATTAsuussAssssussssssTuCCssssGGsssssssATGAA consensus/80% sssssuAusuTsCsssTsGAAAuussTuusCTssuuAATTATGGsuAussTusTusTsTuCCTAsAGGssssATGATGAA consensus/70% sssssuAusuTsCsssTsGAAAuussTuusCTssuuAATTATGGsuAussTusTusTsTuCCTAsAGGssssATGATGAA cov pid 23281 . 3 . . . . : . 23360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTCGCAAAATATACTCAACTGTGTCAATATTTAAACACATTAACATTAGCTGTACCCTATAATATGAGAGTTATACATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTCGCAAAGTATACTCAACTGTGTCAATACTTAAATACACTTACTTTAGCTGTACCCTACAACATGAGAGTTATTCACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CATCGCTAAATATATGCAATTGTGCCAGTATTTAAATACTTGCACATTAGCCGTGCCTGCCAATATGCGTGTTATACATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTGCTAAGTATACTCAGTTATGTCAATATCTGAATACTACAACATTAGCTGTACCTGTTAATATGCGAGTTTTGCATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTGCTAAGTACACTCAATTATGTCAGTATTTGAATACTACAACATTAGCTGTTCCTGTTAATATGCGTGTTTTACATT consensus/100% suTsGCsAAuTAsAssCAusTuTGsCAuTAssTuAAsACssssACsTTAGCsGTsCCssssAAsATGsGsGTTsTsCAsT consensus/90% suTsGCsAAuTAsAssCAusTuTGsCAuTAssTuAAsACssssACsTTAGCsGTsCCssssAAsATGsGsGTTsTsCAsT consensus/80% TGTsGCsAAuTATACTCAAsTuTGTCAuTATTTuAATACssssACATTAGCTGTuCCssssAATATGsGsGTTsTuCATT consensus/70% TGTsGCsAAuTATACTCAAsTuTGTCAuTATTTuAATACssssACATTAGCTGTuCCssssAATATGsGsGTTsTuCATT cov pid 23361 . . . 4 . . . . 23440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGGTGCTGGTTCTGATAAAGGAGTTGCACCAGGTACAGCTGTTTTAAGACAGTGGTTGCCTACGGGTACGCTGCTTGTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGGTGCTGGCTCTGATAAAGGAGTTGCACCAGGTACAGCTGTGCTCAGACAATGGTTGCCAACTGGCACACTACTTGTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGGCGCTGGTTCTGATAAAGGTATCGCTCCTGGTACCTCAGTTTTACGACAGTGGCTTCCTACAGATGCCATTATTATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAGGTGCAGGTTCAGAAAAAGGAGTAGCACCGGGTTCTGCAGTTCTTAGGCAGTGGTTGCCTGCTGGTACTATTCTTGTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGGTGCAGGGTCTGATAAAGAAGTAGCTCCAGGTTCTGCTGTTTTAAGACAGTGGTTACCATCTGGTAGTATTCTTGTA consensus/100% TsGGsGCsGGsTCsGAsAAAGusuTsGCsCCsGGTsCssCsGTssTssGuCAuTGGsTsCCssCsGususssTssTTuTs consensus/90% TsGGsGCsGGsTCsGAsAAAGusuTsGCsCCsGGTsCssCsGTssTssGuCAuTGGsTsCCssCsGususssTssTTuTs consensus/80% TsGGTGCsGGsTCTGATAAAGGAGTsGCsCCuGGTsCsGCsGTTsTsAGACAGTGGTTuCCsuCsGGTACssTsCTTGTs consensus/70% TsGGTGCsGGsTCTGATAAAGGAGTsGCsCCuGGTsCsGCsGTTsTsAGACAGTGGTTuCCsuCsGGTACssTsCTTGTs cov pid 23441 : . . . . 5 . . 23520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GATTCAGATCTTAATGACTTTGTCTCTGATGCAGATTCAACTTTGATTGGTGATTGTGCAACTGTACATACAGCTAATAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GATTCAGATCTTAATGACTTCGTCTCCGACGCAGATTCTACTTTAATTGGAGACTGTGCAACAGTACATACGGCTAATAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GATAATGATTTAAATGAGTTCGTGTCAGATGCTGACATAACTTTATTTGGAGATTGTGTAACTGTACGTGTCGGCCAACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATAACGATTTATACCCATTTGTTAGTGACAGTGTCGCTACATATTTTGGGGATTGTATAACTTTACCCTTTGATTGTCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GATAATGATTTAAACCCATTTGTTAGCGATAGTTTAGTTACTTATTTTGGAGATTGTATGACTTTACCATTTGATTGTCA consensus/100% GATsssGATsTssAssssTTsGTssssGAsussssssssACsTsssTTGGsGAsTGTusuACssTACsssssGsssussA consensus/90% GATsssGATsTssAssssTTsGTssssGAsussssssssACsTsssTTGGsGAsTGTusuACssTACsssssGsssussA consensus/80% GATsssGATsTsAAssssTTsGTssssGAsussGsssssACTTsssTTGGuGATTGTusAACTsTACsssssGsTsuTsA consensus/70% GATsssGATsTsAAssssTTsGTssssGAsussGsssssACTTsssTTGGuGATTGTusAACTsTACsssssGsTsuTsA cov pid 23521 . . : . . . . 6 23600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGGGATCTCATTATTAGTGATATGTACGACCCTAAGACTAAAAATGTTACAAAAGAAAATGACTCTAAAGAGGGTTTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGGGACCTTATTATTAGCGATATGTATGACCCTAGGACCAAACATGTGACAAAAGAGAATGACTCTAAAGAAGGGTTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTGGATCTTGTTATTTCCGACATGTATGATCCTACTACTAAGAATGTAACAGGTAGTAATGAGTCAAAGGCTTTATTCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGGATTTGATAATTTCTGATATGTATGACCCTATTACTAAGAACATAGGGGAGTACAATGTGAGTAAAGATGGTTTCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGGGATTTGATAATATCTGATATGTATGATCCTCTTACTAAAAATATTGGTGATTATAATGTGAGTAAGGATGGGTTTT consensus/100% sssGGAssTsuTsATssssGAsATGTAsGAsCCTsssACsAAusAsuTsussuussusAATGsssssAAuGsssssTTsT consensus/90% sssGGAssTsuTsATssssGAsATGTAsGAsCCTsssACsAAusAsuTsussuussusAATGsssssAAuGsssssTTsT consensus/80% ATGGGATsTsATsATTsssGATATGTATGAsCCTAssACTAAuAATuTsusuuAssAsAATGssssTAAuGAsGGsTTsT consensus/70% ATGGGATsTsATsATTsssGATATGTATGAsCCTAssACTAAuAATuTsusuuAssAsAATGssssTAAuGAsGGsTTsT cov pid 23601 . . . . : . . . 23680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCACTTACATTTGTGGGTTTATACAACAAAAGCTAGCTCTTGGAGGTTCCGTGGCTATAAAGATAACAGAACATTCTTGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCACTTATCTGTGTGGATTTATAAAGCAAAAACTAGCCCTGGGTGGTTCTATAGCTGTAAAGATAACAGAGCATTCTTGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTACTTACCTGTGTAACCTCATTAATAATAATCTTGCTCTTGGTGGGTCTGTTGCTATTAAAATAACAGAACACTCTTGG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTACATACATTTGTCATATGATTCGAGACAAGTTAGCTCTGGGTGGCAGTGTTGCTATAAAAATAACAGAGTTTTCTTGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTACTTACATTTGTCATTTAATTCGTGATAAATTATCTTTGGGTGGTAGTGTAGCTATAAAAATTACAGAGTTTTCTTGG consensus/100% TsACsTAssTsTGTsussTsATssussAsAAssTssCssTsGGsGGssssuTsGCTuTsAAuATsACAGAusssTCTTGG consensus/90% TsACsTAssTsTGTsussTsATssussAsAAssTssCssTsGGsGGssssuTsGCTuTsAAuATsACAGAusssTCTTGG consensus/80% TsACTTACsTsTGTsussTsATssussAsAAusTAGCTCTsGGTGGsssTGTsGCTATAAAuATAACAGAussTTCTTGG consensus/70% TsACTTACsTsTGTsussTsATssussAsAAusTAGCTCTsGGTGGsssTGTsGCTATAAAuATAACAGAussTTCTTGG cov pid 23681 . 7 . . . . : . 23760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AATGCTGATCTTTATAAGCTCATGGGACACTTCGCATGGTGGACAGCCTTTGTTACTAATGTGAATGCGTCATCATCTGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AATGCTGACCTTTACAAGCTTATGGGCCATTTCTCATGGTGGACAGCTTTTGTTACAAATGTAAATGCATCATCATCGGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGCGTTGAACTTTATGAACTTATGGGAAAATTTGCTTGGTGGACTGTTTTCTGCACCAATGCAAATGCATCCTCATCTGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AATGCAGAATTATATAAGTTAATGGGGTATTTTGCATTTTGGACTGTGTTTTGCACAAATGCAAATGCTTCTTCTAGTGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AATGCTGATTTATATAAATTAATGAGTTGTTTTGCATTTTGGACAGTTTTTTGTACTAATGTAAATGCTTCTTCTAGTGA consensus/100% AusGssGAssTsTAsuAusTsATGuGssusTTssCsTssTGGACsGssTTssssACsAATGsuAATGCsTCsTCssssGA consensus/90% AusGssGAssTsTAsuAusTsATGuGssusTTssCsTssTGGACsGssTTssssACsAATGsuAATGCsTCsTCssssGA consensus/80% AATGCTGAssTsTATAAusTsATGGGssAsTTsGCATssTGGACsGssTTTsssACsAATGsAAATGCsTCsTCsssTGA consensus/70% AATGCTGAssTsTATAAusTsATGGGssAsTTsGCATssTGGACsGssTTTsssACsAATGsAAATGCsTCsTCsssTGA cov pid 23761 . . . 8 . . . . 23840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGCATTTTTAATTGGATGTAATTATCTTGGCAAACCACGCGAACAAATAGATGGTTATGTCATGCATGCAAATTACATAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGCATTTTTAATTGGGGCTAACTATCTTGGCAAGCCGAAGGAACAAATTGATGGCTATACCATGCATGCTAACTACATTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGGATTCCTCTTAGGTATTAATTACTTGGGTACTATTAAAGAAAATATAGATGGTGGTGCTATGCACGCCAACTATATAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGGATTTTTAATTGGCATAAATTATTTGTGTAAGCCCAAGGTTGAGATAGATGGAAATGTTATGCATGCCAATTATTTGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGGGTTTTTAATAGGTATAAATTACCTGGGTAAATCTTCTTTTGAAATAGATGGCAATGTTATGCATGCTAACTATTTGT consensus/100% AGsuTTssTssTsGGssssAAsTAssTssGsAssssssssssssAsATsGATGGssuTussATGCAsGCsAAsTAssTsT consensus/90% AGsuTTssTssTsGGssssAAsTAssTssGsAssssssssssssAsATsGATGGssuTussATGCAsGCsAAsTAssTsT consensus/80% AGsATTTTTAATsGGsussAATTAssTsGGsAAusCssusGsssAuATAGATGGssATGssATGCATGCsAAsTAssTuT consensus/70% AGsATTTTTAATsGGsussAATTAssTsGGsAAusCssusGsssAuATAGATGGssATGssATGCATGCsAAsTAssTuT cov pid 23841 : . . . . 9 . . 23920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTGGAGGAATACAAATCCAATTCAGTTGTCTTCCTATTCTTTATTTGACATGAGTAAATTTCCCCTTAAATTAAGGGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCTGGAGGAACACAAATCCTATCCAGTTGTCTTCCTATTCACTCTTTGACATGAGCAAATTTCCTCTTAAATTAAGAGGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTGGAGAAATTCCACTCCTATGAATCTGAGTACTTACTCACTTTTTGATTTATCCAAGTTTCAATTAAAATTAAAAGGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTGGAGAAATTCCACAGTTTGGAACGGGGGTGCTTATAGCCTGTTTGATATGGCTAAATTCCCGCTTAAGTTGGCTGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTGGAGAAATAGTACAACATGGAATGGCGGTGCTTATAGTTTATTTGATATGACTAAATTTTCTTTGAAATTGGCTGGC consensus/100% TsTGGAGuAAssssAsssssssssAssssssTsCsTAsssssTsTTTGAssTusssAAuTTsssssTsAAuTTuussGGs consensus/90% TsTGGAGuAAssssAsssssssssAssssssTsCsTAsssssTsTTTGAssTusssAAuTTsssssTsAAuTTuussGGs consensus/80% TTTGGAGuAATsCsAsssCsssssAsssGssTsCsTATssssTsTTTGAsATGussAAATTTCCssTsAAATTuussGGs consensus/70% TTTGGAGuAATsCsAsssCsssssAsssGssTsCsTATssssTsTTTGAsATGussAAATTTCCssTsAAATTuussGGs cov pid 23921 . . : . . . . 0 24000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTGCTGTTATGTCTTTAAAAGAAGGTCAAATCAATGATATGATTTTATCTCTTCTTAGTAAAGGTAGACTTATAATTAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTGCTGTAATGTCTCTTAAGGAGAATCAAATCAATGATATGATTTATTCTCTTCTGGAAAAAGGTAGGCTTATCATTAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACACCAGTTCTTCAATTAAAGGAGAGTCAAATTAACGAACTCGTAATATCTCTCCTGTCGCAGGGTAAGTTACTTATCCG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACTGCCGTAATAAATTTAAGAGCAGACCAGATTAATGATATGGTTTATTCCCTTCTTGAAAAGGGTAAACTACTTATTAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACTGCTGTTGTTAATTTAAGACCAGATCAATTAAATGATTTAGTTTATTCTCTTATTGAAAGAGGTAAATTATTAGTTCG consensus/100% ACssCsGTssTsssssTsAuussuuusCAusTsAAsGAssTsuTssssTCsCTssTsssssuuGGTAuusTssTsuTssG consensus/90% ACssCsGTssTsssssTsAuussuuusCAusTsAAsGAssTsuTssssTCsCTssTsssssuuGGTAuusTssTsuTssG consensus/80% ACTGCsGTsuTsssTTTAAuuGsuuuTCAAATsAATGATsTuuTTTssTCTCTTCTsuuuAAuGGTAuusTssTsATTsG consensus/70% ACTGCsGTsuTsssTTTAAuuGsuuuTCAAATsAATGATsTuuTTTssTCTCTTCTsuuuAAuGGTAuusTssTsATTsG cov pid 24001 . . . . : . . . 24080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGAAAACAACAGAGTTGTTATTTCTAGTGATGTTCTTGTTAACAACT---------------------------AAACGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGAAAACAACAGAGTTGTGGTTTCAAGTGATATTCTTGTTAACAACT---------------------------AAACGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGACAATGATACACTCAGTGTTTCTACTGATGTTCTTGTTAACACCT---------------------------ACAGAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGATACAAATAAAGAAGTTTTCGTTGGTGACAGTTTGGTTAATGTAATCTAAACTTTAAAAATGGCTGTCGCTTATGCAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CGATACGCGTAAAGAGATTTTTGTTGGTGATAGTCTTGTAAATACTTGTTAGATCTCATTAA------------ATCTAA consensus/100% sGAsAsssusAsAsssusssTssssusTGAsusTsTsGTsAAsusss...........................Asssuu consensus/90% sGAsAsssusAsAsssusssTssssusTGAsusTsTsGTsAAsusss...........................Asssuu consensus/80% sGAsAssuAsAuAGssuTTsTTssTuGTGATusTCTTGTTAAsAssT...........................AsusuA consensus/70% sGAsAssuAsAuAGssuTTsTTssTuGTGATusTCTTGTTAAsAssT...........................AsusuA cov pid 24081 . 1 . . . . : . 24160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACAATGTTTGTTTTTCTTGTTTTATTGCCACT------------------------------------------------ 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AC-ATGTTTATTTTCTTATTATTTCTTACTCT------------------------------------------------ 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AG------------------------------------------------------------------------------ 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACAAGCCTAATCATTTTATCAATTTTCCACTTACCCATTTTCAGGGTTTTGTGTTAAATTATAAAGGTTTACAATTTCAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACTATGTTAATTATTTTTTTATTTTTTTATTT------------------------------------------------ consensus/100% As.............................................................................. consensus/90% As.............................................................................. consensus/80% AC.AsssTsuTssTssTsssssTssTsssssT................................................ consensus/70% AC.AsssTsuTssTssTsssssTssTsssssT................................................ cov pid 24161 . . . 2 . . . . 24240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTCTCGATGAAGGAGTGGATTGTAAAATACAAACAGCGCCACACATTAGTCTTACTATGCTGGACATACAGCCTGAAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24241 : . . . . 3 . . 24320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTATAAAAGTGTTGATGTCGCTATTCAAGAAGTTATTGATGATATGCATTGGGGTGATGGTTTTCAGATTAAATTTGAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24321 . . : . . . . 4 24400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATCCTCACATCCTAGGAAGATGCATAGTTTTAGATGTTAAAGGTGTAGAAGAATTGCATGACGATTTAGTTAATTACATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24401 . . . . : . . . 24480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CGTGATAAAGGTTGTGTTGCTGACCAATCCAGGAAATGGATTGGCCATTGCACCATAGCTCAACTCACGGATGCAGCACT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24481 . 5 . . . . : . 24560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTCCATTAAGGAAAATGTTGATTTTATAAACAGCATGCAATTCAATTATAAAATCACCATCAACCCCTCATCACCGGCTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24561 . . . 6 . . . . 24640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GACTTGAAATAGTTAAGCTCGGTGCTGAAAAGAAAGATGGTTTTTATGAAACCATAGTTAGTCACTGGATGGGAATTCGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24641 : . . . . 7 . . 24720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTGAATACACATCACCCACTGATAAGCTAGCTATGATTATGGGTTATTGTTGTTTAGATGTGGTACGTAAAGAGCTAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24721 . . : . . . . 8 24800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGAAGGCGATCTTCCCGAGAATGATGATGATGCTTGGTTTAAGCTATCGTACCATTATGAAAACAATTCTTGGTTCTTCC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24801 . . . . : . . . 24880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GACATGTCTACAGGAAAAGTTTTCATTTCCGTAAGGCTTGTCAAAATTTAGATTGTAATTGTTTGGGGTTTTATGAATCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24881 . 9 . . . . : . 24960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCAGTTGAAGAATATTAAACTCAGTGAAAATGTTTTTGCTTCCTAGATTTATTCTAGTTAGCTGCATAATTGGTAGCTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ----------------------------------------------------------------------------CTGT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 24961 . . . 0 . . . . 25040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTTTTTACAACCCTCCTACCAATGTTGTTTCGCATGTAAATGGAGATTGGTTTTTATTTGGTGACAGTCGTTCAGATTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATGGTTTTAATGAACCTCTTAATGTTGTGTCTCATTTAAACCATGACTGGTTTTTATTTGGTGATAGTCGTTCTGATTG consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 25041 : . . . . 1 . . 25120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAATCATATTGTTAATATCAACCCCCATAATTATTCTTATATGGACCTTAATCCTGTTCTGTGTGATTCTGGTAAAATAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAACCATATTAATAATTTAAAAATTAAAAATTTTGATTATTTGGATATTCACCCTAGTTTGTGCAACAATGGTAAGATTT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 25121 . . : . . . . 2 25200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CATCTAAAGCTGGCAACTCCATTTTTAGGAGTTTTCACTTTACCGATTTTTATAATTACACAGGCGAAGGTCAACAAATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CATCTAGTGCCGGTGATTCTATTTTTAAGAGTTTTCATTTCACTCGATTTTATAATTACACTGGCGAAGGTGATCAAATT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 25201 . . . . : . . . 25280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTTTTTATGAGGGTGTTAATTTTACGCCTTATCATGCCTTTAAATGCAACCGTTCTGGTAGTAATGATATTTGGATGCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTTTTTATGAGGGTGTTAATTTTAATCCTTATCATAGATTTAAGTGTTTTCCTAATGGTAGTAATGATGTATGGCTTCT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 25281 . 3 . . . . : . 25360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ---------------------------AGTCTCTAGTCAGTGTGTTAATCTTACAACC---------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ---------------------------CACTAGTGGTAGTGACCTTGACCGGTGCACCACTTTTGATGATGTTCA----- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAATAAAGGCTTGTTTTATACTCAGGTTTATAAGAATATGGCTGTGTATCGCAGCCTTACTTTTGTTAATGTACCATATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAACAAGGTAAGATTTTATCGTGCCTTATATTCTAATATGGCCTTTTTTCGTTATCTTACTTTTGTTGATATTCC----- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ...........................sssssssuuTsssssssTssssCssssssss...................... consensus/70% ...........................sssssssuuTsssssssTssssCssssssss...................... cov pid 25361 . . . 4 . . . . 25440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------AGAACTCAATTACCCCCTGCATACA-CTAAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------AGCTCCTAATTACACTCAACATAC------T 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTATAATGGCTCCGCACAAGCTACAGCTCTTTGTAAATCTGGTAGTTTAGTCCTTAATAACCCTGCATATATAGCTCCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -TTATAATGTTTCTCTTTCTAAGTTTAATTCTTGTAAAAGTGATATTTTATCACTTAACAATCCTATTTTTAT------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% .................................................AsssCssAAssAssCssssssTAs....... consensus/70% .................................................AsssCssAAssAssCssssssTAs....... cov pid 25441 : . . . . 5 . . 25520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCTTTCACACGTGGTGTTTATTACCCTGACAAAGTTTTCAGATCCTCAGTTTTACATTCAACTCAGGACTTGTTCTTACC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCATCTATGAGGGGGGTTTACTATCCTGATGAAATTTTTAGATCAGACACTCTTTATTTAACTCAGGATTTATTTCTTCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% --------------------TTACGTTGATGTAGGGCCAGATTCTGTTAAGTCTGCTTGTATTGAGGTTGATATACAACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAAGCTAACTCTGGGGATTATTATTATAAGGTTGAAGCTGATTTTTATTTGTCAGGTTGTGACGAGTATATCGTACCACT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% --------------------TAATTATTCTAAGGAAGTTTATTTTACTTTATTAGGTTGTTCTCTTTATTTAGTACCGCT consensus/100% ....................ssAsssTsssussussssssusTsssssssssssssTTsssssssssssssssTssssCs consensus/90% ....................ssAsssTsssussussssssusTsssssssssssssTTsssssssssssssssTssssCs consensus/80% ....................TTAsssTuAsusuGsssssuusTssssssssTsssuTTssusTsAGsATsTssTsCsuCs consensus/70% ....................TTAsssTuAsusuGsssssuusTssssssssTsssuTTssusTsAGsATsTssTsCsuCs cov pid 25521 . . : . . . . 6 25600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTTCTTTTCCAATGTTACTTGGTTCCATGCTATACATGTCTCTGGGACCAATGGTA---------CTAAGAGGTTTGATA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATTTTATTCTAATGTTACAGGGTTTCATACTAT---------------------TA---------ATCATACGTTTGGCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GACTTTCTTTGATAAAACTTGGCCTAGGCCAATTGATGTTTCTAAGGCTGACGGTATTATATACCCTCAAGGCCGTACAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGTATTTTTAACGGCAAGTTTTTGTCGAATAC----------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGCCTTTTTAAATCTAACTT----------------------------------------------------------- consensus/100% sssssssTssuAssssAssss........................................................... consensus/90% sssssssTssuAssssAssss........................................................... consensus/80% sTsssTTTsTAAsussAssTsssssssssssAs............................................... consensus/70% sTsssTTTsTAAsussAssTsssssssssssAs............................................... cov pid 25601 . . . . : . . . 25680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACCCTGTCCTACCATTTAATGATGGTGTTTATTTTGCTTCCACTGAGAAGTCTAACATAATAAGAGGCTGGATTTTTGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACCCTGTCATACCTTTTAAGGATGGTATTTATTTTGCTGCCACAGAGAAATCAAATGTTGTCCGTGGTTGGGTTTTTGGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTCTAACATAACTATCACTTATCAAGGTCTTTTTCCCTATCAGGGAGACCATGGTGATATGTATGTTTACTCTGCAGGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ----------AAAGTATTATGATGATAGTCAATATTATTTTAATAAAGACACTGGTGTTATTTATGGTCTCAATTCTACA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------TAGTCAGTACTATTATAACATAGATACTGGCTCTGTTTATGGTTTT--------- consensus/100% .........................susTsssTsssssssssssusuuAssssuussssuTssusGsssss......... consensus/90% .........................susTsssTsssssssssssusuuAssssuussssuTssusGsssss......... consensus/80% ..........AssssssssssATsuTusTsAsTsTssTTssAssuuuuAssCTuususTuTssuTGGTTssssTsssuss consensus/70% ..........AssssssssssATsuTusTsAsTsTssTTssAssuuuuAssCTuususTuTssuTGGTTssssTsssuss cov pid 25681 . 7 . . . . : . 25760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTACTTTAGATTCGAAGACCCAGTCCCTACTTATTGTTAATAACGCTACTAATGTTGTTATTAAAGTCTGTGAATTTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCTACCATGAACAACAAGTCACAGTCGGTGATTATTATTAACAATTCTACTAATGTTGTTATACGAGCATGTAACTTTGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CATGCTACAGGCACAACTCCACAAAAGTTGTTTGTAGCTAACTATTCTCAGGACGTCAAACAGTTTGCTAATGGGTTTG- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GAAACCATTACCACTGGTTT------------TGATCTTAATTGTTATTATTTAGTTTTACCCTCTGGTAATTATTTAGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---TCTAATGTTGTTTATCC------------TGATTTAGACTGTATTTATATTTCTCTTAAACCAGGTTCTTATAAAGT consensus/100% ...sCssssussssssssss............TusssssuAssusssTssssssssssssssssssGssssTsusssss. consensus/90% ...sCssssussssssssss............TusssssuAssusssTssssssssssssssssssGssssTsusssss. consensus/80% sssuCsAssussussuussC............TusTsTTAAssuTssTssTussGTTsTsssssssGsssuTsAsTTsGs consensus/70% sssuCsAssussussuussC............TusTsTTAAssuTssTssTussGTTsTsssssssGsssuTsAsTTsGs cov pid 25761 . . . 8 . . . . 25840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATTTTGTAATGATCCATTTTTGGGTGTTTATTACC--------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATTGTGTGACAACCCTTTCTTTGCTGTTTCTAAAC--------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CATTTCAAATGAGCTATTGTTAACTGTTCCTACGAAAGCAATCTGTCTTAATAAGCGTAAGGATTTTACGCCTGTACAGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTCCACCACTGCACCTTTTTTATCCTTACCTACTAAAGCTCTCTGTTTTGATAAATCTAAACAATTTGTACCTGTACAGG consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% sssssssussussCssTTsTTsssssTsssTssss............................................. consensus/70% sssssssussussCssTTsTTsssssTsssTssss............................................. cov pid 25841 : . . . . 9 . . 25920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGTTGATTCGCGGTGGAACAATGCCAGGCAGTCTGATAACATGACGGCGGTTGCTTGTCAACCTCCGTACTGTTATTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGTTGATTCTAGATGGAACAACGAGCGTGCCTCAGATATTTCTTTATCTGTTGCATGTCAATTGCCATATTGTTATTTT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 25921 . . : . . . . 0 26000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CGTAATTCTACTACCAACTATGTTGGTGTTTATGATATTAATCATGGAGATGCTGGTTTTACTAGCATACTTAGTGGTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CGCAATTCTTCTGCTAATTATGTTGGCAAGTATGATATTAACCACGGTGATAGTGGTTTTATTTCTATTTTATCTGGTCT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 26001 . . . . : . . . 26080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTATATAATTCACCTTGTTTTTCGCAGCAAGGCGTTTTTAGGTATGATAATGTTAGCAGTGTCTGGCCTCTCTACCCCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTATATAATGTTTCTTGTATTTCATATTATGGTGTATTTTTATATGATAATTTTACATCCATTTGGCCCTATTATTCTT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 26081 . 1 . . . . : . 26160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% --------------------------------------------ACAAAAACAACAAAAGTTGGATGGAAAGTGAGTTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% --------------------------------------------CCA--------------TGGGTACACAGACACATAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGCAGATGTCCCACTGCTGCTGATATTAATATCCCTGATTTACCCATTTGTGTGTATGATCCGCTACCAGTTATTTTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGGTAGGTGTCCTACATCTTCTATTATTAAACAT---------CCAATTTGTGTTTATGATTTTTTGCCTATTATTTTA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ............................................sCs..............TsssssssssussAssTss consensus/70% ............................................sCs..............TsssssssssussAssTss cov pid 26161 . . . 2 . . . . 26240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAGTTTATTC--TAGTGCGAATAATTGCACTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTT--------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TATGATATTCGATAATGCATTTAATTGCACTTTCGAGTACATATCTGATGCCT--------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ------------TCGTCCGTATAGGAGCAGCTGCCAATTCCACTGGCACTGTTATTATTAGCCCATCTACCAGCGCTACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTTGGCATTCTTTTGGGCGTTGCGATTGTAATTATTGTAGTTTTGTTGTTATATTTTATGGTGGATAATGTTACTAGGCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAAGGTATTTTATTATGTTTAGCTTTACTTTTTGTTGTTTTTCTATTATTTTTGTTATATAACGATAAATCTCATTA--- consensus/100% ............TsussssssssssssssssTssssuTsssssTsssusssss........................... consensus/90% ............TsussssssssssssssssTssssuTsssssTsssusssss........................... consensus/80% ssssssATTs..TsuTGCuTsssusTuCsssTTsssuTsssTsTsTsAsssTT........................... consensus/70% ssssssATTs..TsuTGCuTsssusTuCsssTTsssuTsssTsTsTsAsssTT........................... cov pid 26241 : . . . . 3 . . 26320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATACGAAAAATTTACCCTGCTTTTATGCTGGGTTCTTCAGTTGGTAAT-------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCATGATGCTTAGACCATAATCTAAACATGTTTTTGATACTTTTAATTTCCTTACCAACGGCTTTTGCTGTTATAGGAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ------------------AATCTAAACATGTTATTAATTATTTTTATT---TTGCCTACAACATTAGCTGTTATAGGTGA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 26321 . . : . . . . 4 26400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ----------TTCTCAGATGGTAAAATGGGCCGCTTCTTCAATCATACTCTAGTTCTTTTGCCCGATGGATGTGGCACTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTAAAGTGTACTTCAGATAATATTAATGATAAAGACACCGGTCCTCCTCCTATAAGTACTGATACTGTTGATGTTACTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTAATTGTACTAATTTTGCTATTAATGATTTAAACACCACAGTTCCTCGCATAAGTGAGTATGTTGTGGATGTTTCTT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 26401 . . . . : . . . 26480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TACTTAGAGCTTTTTATTGTATTCTAGAGCCTCGCTCTGGAAATCAT------TGTCCTGCTGGCAATTCCTATACTTCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGGTTTGGGTACTTATTATGTTTTAGATCGTGTGTATTTAAATACTACGTTGTTTCTTAATGGTTATTACCCTACTTCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGGTTTGGGTACATATTATATACTTGATCGTGTTTATTTAAATACTACTATATTATTTACTGGTTATTTCCCTAAATCT consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 26481 . 5 . . . . : . 26560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTGCCACTTATCACACTCCTGCAACAGATTGTTCTG------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTTCCACATATCGTAATATGGCACTGAAGGGAAGTGTACTATTGAGCAGACTATGGTTTAAACCACCATTTCTTTCTGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGTGCCAATTTTAGGGATCTATCTTTAAAAGGTACTACATATTTGAGTACTCTTTGGTATCAGAAACCCTTTTTATCTGA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 26561 . . . 6 . . . . 26640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTTATTAATGGTATTTTTGCTAAGGTCAAAAATACCAAGGTTATTAAAGATCGTGTAATGTATAGTGAGTTCCCTGCTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTAATAATGGTATTTTTTCTAGAGTTAAGAATACTAAGTTGTATGTTAATAAAACTTTGTATAGTGAGTTTAGTACTA consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 26641 : . . . . 7 . . 26720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAACTATAGGTAGTACTTTTGTAAATACATCCTATAGTGTGGTAGTACAACCACGTACAATCAATTCAACACAGGATGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGTTATAGGTAGTGTTTTTATTAACAACTCTTATACTATTGTTGTTCAACCTCATA----------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 26721 . . : . . . . 8 26800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -----------------------------------------------------------TTCTTA--------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -----------------------------------------------------------TTTCGC--------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------ATGGCAATTACAATCGTAATGCCAGTCTGAACTCTTTTAAGGAGTATTTTAA--------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATAATAAATTACAAGGTCTTTTAGAGGTCTCTGTTTGCCAGTATAATATGTGCGAGTACCCACAAACGATTTGTCATCC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------ATGGTGTTTTGGAGATTACAGCTTGTCAATACACTATGTGTGAGTATCCTCATACTATTTGTAAATC consensus/100% ...........................................................ssssss............... consensus/90% ...........................................................ssssss............... consensus/80% ...........................................................TssssA............... consensus/70% ...........................................................TssssA............... cov pid 26801 . . . . : . . . 26880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -----------------------------------TGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATTTCAAAAATCTTAGGGAAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -----------------------------------TTGATGTTTCAGAAAAGTCAGGTAATTTTAAACACTTACGAGAGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -----------------------------------TTTACGTAACTGCACCTTTATGTACACTTATAACATTACCGAAGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAACCTGGGTAATCATCGCAAAGAACTATGGCATTTGGATACAGGTGTTGTTTCCTGTTTATATAAGCGTAATTTCACAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAAA---GGTAGTTCTCGTAATGAATCTTGGCATTTTGATAAATCTGAACCTTTGTGTCTGTTCAAGAAAAATTTTACTT consensus/100% ...................................TssAsssssssGsssssssssGTssssssAsusssssssssusss consensus/90% ...................................TssAsssssssGsssssssssGTssssssAsusssssssssusss consensus/80% ...................................TsGAsusssssGsAsssTsusGTsssTTsAAususssssssusuT consensus/70% ...................................TsGAsusssssGsAsssTsusGTsssTTsAAususssssssusuT cov pid 26881 . 9 . . . . : . 26960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTAAGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGTGTTTAAAAATAAAGATGGGTTTCTCTATGTTTATAAGGGCTATCAACCTATAGATGTAGTTCGTGATCTACCTTCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGAGATTTTAGAGTGGTTTGGCATTACACAAACTGCTCAAGGTGTTCACCTCT------------TCTCATCTCGGTATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGATGTGAATGCTGATTATTTGTATTTTCATTTTTATCAAGAAGGTGGTACTTTTTATGCATATTTTACAGACACTGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATAATGTTTCTACAGATTGGTTGTATTTTCATTTTTATCAAGAACGTGGCACTTTTTATGCTTATTATGCTGATTCTGGC consensus/100% ssusssTssssussussssssssTssssssAssTsssssssusssssssssCT............ssTssssssssTsss consensus/90% ssusssTssssussussssssssTssssssAssTsssssssusssssssssCT............ssTssssssssTsss consensus/80% sTusssTTsAsAsTuuTsusssuTsTsTssAssTsTATsAuGuusususssCTsTssATssssssssTusTssssCTsss consensus/70% sTusssTTsAsAsTuuTsusssuTsTsTssAssTsTATsAuGuusususssCTsTssATssssssssTusTssssCTsss cov pid 26961 . . . 0 . . . . 27040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTTTTTCGGCTTTAGAACCATTGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGTTTTAACACTTTGAAACCTATTTTTAAGTTGCCTCTTGGTATTAACATTACAAATTTTAGAGCCATTCTTAC------ 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGATTTGTACGGCGGCAATATGTTTCAATTTGCCACCTTGCCTGTTTATGATACTATTAAGTATTATTCTATC------ 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTGTTACTAAGTT------TTTGTTTAATGTTTATTTAGGCATGGCGCTTTCACACTATTATGTCATGCCTCT------ 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGCCTACTACTTT------TTTATTTAGTTTGTATCTTGGTACTCTTTTATCTCATTATTATGTTTTGCCTTT------ consensus/100% sssssTsssussss......sssssTsuussTssssssssGssssssssTsssssssTsssususssTsCssss...... consensus/90% sssssTsssussss......sssssTsuussTssssssssGssssssssTsssssssTsssususssTsCssss...... consensus/80% usssTTsssACsTT......sTTsTTsAATTTGssssTsGGsATsssssTssCssusTsTsususssTsCsTss...... consensus/70% usssTTsssACsTT......sTTsTTsAATTTGssssTsGGsATsssssTssCssusTsTsususssTsCsTss...... cov pid 27041 : . . . . 1 . . 27120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAGAAGTTATTTGACTCCTGGTGATTCTTCTTCAGGTTGGACAGCTGGTGCTGCAGCTTATTATGTGGGTTATCTTCAAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ------AGCCTTTTCACCTGCTCAAGACATTTGGGGCACGTCA------GCTGCAGCCTATTTTGTTGGCTATTTAAAGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ------ATTCCTCACA-GTATTCGTTCTATCCAAAGTGATAGAAAAGCTTGGGCTGCCTTCTACGTATATAAACTTCAAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ------------GACTTGTAATAG------------------TAAGCTTACTTTAGAATATTGGGTTACACCTCTCACTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ------------GACTTGTAATGCTATATCTTCTAATACTGATAATGAGACTTTACAATATTGGGTCACACCTTTGTCTA consensus/100% ............ssCs.sTusTss..................s......sssssssssTssTssGTssssssssTsssss consensus/90% ............ssCs.sTusTss..................s......sssssssssTssTssGTssssssssTsssss consensus/80% ............sACsssTusTsussssssssssuusssssssusssssuCTssAGssTATTusGTsussssTsTsssss consensus/70% ............sACsssTusTsussssssssssuusssssssusssssuCTssAGssTATTusGTsussssTsTsssss cov pid 27121 . . : . . . . 2 27200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTAGGACTTTTCTATTAAAATATAATGAAAATGGAACCATTACAGATGCTGTAGACTGTGCACTTGACCCTCTCTCAGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAACTACATTTATGCTCAAGTATGATGAAAATGGTACAATCACAGATGCTGTTGATTGTTCTCAAAATCCACTTGCTGAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CGTTAACTTTCCTGTTGGATTTTTCTGTTGATGGTTATATACGCAGAGCTATAGACTGTGGTTTTAATGATTTGTCACAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTAGACAATATTTACTCGCTTTCAATCAAGATGGTATTATTTTTAATGCTGTTGATTGTATGAGTGATTTTATGAGTGAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AACGCCAATATCTTCTTAAATTTGACAACCGTGGTGTTATTACTAATGCTGTTGATTGTTCTAGTAGTTTCTTTAGCGAG consensus/100% ssssssssTsssTssTsussTsssssssssuTGGssssATssssuusGCTuTsGAsTGTssssssuusssssTsssssAu consensus/90% ssssssssTsssTssTsussTsssssssssuTGGssssATssssuusGCTuTsGAsTGTssssssuusssssTsssssAu consensus/80% CsssssssTsTsTusTsuAsTsTuATuAsuATGGTussATssssuATGCTGTsGAsTGTsssssTuATssssTssssGAu consensus/70% CsssssssTsTsTusTsuAsTsTuATuAsuATGGTussATssssuATGCTGTsGAsTGTsssssTuATssssTssssGAu cov pid 27201 . . . . : . . . 27280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACAAAGTGTACGTTGAAATCCTTCACTGTAGAAAAAGGAATCTATCAAACTTCTAACTTTAGAGTCCAACCAACAGAATC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTCAAATGCTCTGTTAAGAGCTTTGAGATTGACAAAGGAATTTACCAGACCTCTAATTTCAGGGTTGTTCCCTCAGGAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTCCACTGCTCATATGAATCCTTCGATGTTGAATCTGGAGTTTATTCAGTTTCGTCTTTCGAAGCAAAACCTTCTGGCTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTAAGTGTAAAACACAATCTATAGCACCACCTACTGGTGTTTATGAATTAAACGGTTACACTGTTCAGCCAATCGCAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTCAATGTAAAACTAAATCTTTATTACCTAATACTGGTGTTTATGACTTATCTGGTTTTACTGTTAAGCCTGTTGCAAC consensus/100% ssssAsTGssssssssAussssTsssssssssssssGGsuTsTAsssssssssssssTssussGsssssCCssssGssss consensus/90% ssssAsTGssssssssAussssTsssssssssssssGGsuTsTAsssssssssssssTssussGsssssCCssssGssss consensus/80% sTssAuTGsssusssuAATCsTTsusssssuAsAssGGsuTTTATsAusssTCsuuTTTsAssGTssAuCCssssGsAss consensus/70% sTssAuTGsssusssuAATCsTTsusssssuAsAssGGsuTTTATsAusssTCsuuTTTsAssGTssAuCCssssGsAss cov pid 27281 . 3 . . . . : . 27360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TATTGTTAGATTTCCTAATATTACAAACTTGTGCCCTTTTGGTGAAGTTTTTAACGCCACCAGATTTGCATCTGTTTATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTTGTGAGATTCCCTAATATTACAAACTTGTGTCCTTTTGGAGAGGTTTTTAATGCTACTAAATTCCCTTCTGTCTATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTTGTGGAACAGGCTGAAGGTGTTGAATGTGATTTTT------CACCTCTTCTGTCTGGCACACCTCCTCAGGTTTATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTTACCGACGTAAACCTAATCTTCCCAATTGCAATATAGAAGCTTGGCTTAATGATAAGTCGGTGCCCTCTCCATTAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTACATCGTCGTATTCCTGATTTACCTGATTGTGACATTGATAAATGGCTTAACAATTTTAATGTACCCTCACCTCTTA consensus/100% suTsssssussssssssssusTssssssssssusssss......ssssssTTssssssssssssssssCssssssssssu consensus/90% suTsssssussssssssssusTssssssssssusssss......ssssssTTssssssssssssssssCssssssssssu consensus/80% TGTTssssGAsssssTssTusTsssssssssTGsssTsTsGususussssTTAAsusTussAsusTsCCsTCssssTsTu consensus/70% TGTTssssGAsssssTssTusTsssssssssTGsssTsTsGususussssTTAAsusTussAsusTsCCsTCssssTsTu cov pid 27361 . . . 4 . . . . 27440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTTGGAACAGGAAGAGAATCAGCAACTGTGTTGCTGATTATTCTGTCCTATATAATTCCGCATCATTTTCCACTTTTAAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATGGGAGAGAAAAAAAATTTCTAATTGTGTTGCTGATTACTCTGTGCTCTACAACTCAACATTTTTTTCAACCTTTAAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTTCAAGCGTTTGGTTTTTACCAATTGCAATTATAATCTTACCAAATTGCTTTCACTTTTTTCTGTGAATGATTTTACT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTGGGAACGTAAGACATTTTCAAATTGTAATTTTAATATGAGCAGCCTGATGTCTTTTATTCAGGCAGACTCATTTACT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTGGGAACGTAAAATTTTTTCTAATTGCAACTTTAATTTGAGTACTTTGCTTCGTTTAGTTCATACTGATTCTTTTTCT consensus/100% ssTssuAssGsssuusssTssssAAsTGsussssTuATssssssusssTsssssssssssssssssssssssssTTTsss consensus/90% ssTssuAssGsssuusssTssssAAsTGsussssTuATssssssusssTsssssssssssssssssssssssssTTTsss consensus/80% sTTGGuAusGsAAuAsssTTsCsAATTGsusTssTuATssssssusssTussssssTssussssssssssssCsTTTAss consensus/70% sTTGGuAusGsAAuAsssTTsCsAATTGsusTssTuATssssssusssTussssssTssussssssssssssCsTTTAss cov pid 27441 : . . . . 5 . . 27520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTTATGGAGTGTCTCC--TACTAAATTAAATGATCTCTGCTTTACTAATGTCTATGCAGATTCATTTGTAATTAGAGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCTATGGCGTTTCTGC--CACTAAGTTGAATGATCTTTGCTTCTCCAATGTCTATGCAGATTCTTTTGTAGTCAAGGGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTAGTCAAATATCTCCAGCAGCAATTGCTAGCAACTGTTATTCTTCACTGATTTTGGATTACTTTTCATACCCACTTAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTAATAATATTGATGCTGCTAAGATATATGGTATGTGTTTTTCCAGCATAACTATAGATAAGTTTGCTATACCCAATGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTAATAATTTTGATGAATCTAAGATATATGGTAGTTGTTTTAAGAGTATTGTTTTAGATAAATTTGCCATACCCAACTC consensus/100% TGssuTsussTsssTss..ssssuAsssssussAssTsTssTsssssssTsssTsTusAssssssTssssssssssssss consensus/90% TGssuTsussTsssTss..ssssuAsssssussAssTsTssTsssssssTsssTsTusAssssssTssssssssssssss consensus/80% TGTsATuusuTsssTsC..CsssuAssTusussAssTsTssTTsssssATussTsTusAsAsssTTsssssusCsuusus consensus/70% TGTsATuusuTsssTsC..CsssuAssTusussAssTsTssTTsssssATussTsTusAsAsssTTsssssusCsuusus cov pid 27521 . . : . . . . 6 27600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GATGAAGTCAGACAAATCGCTCCAGGGCAAACTGGAAAGATTGCTGATTATAATTATAAATTACCAGATGATTTTACAGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GATGATGTAAGACAAATAGCGCCAGGACAAACTGGTGTTATTGCTGATTATAATTATAAATTGCCAGATGATTTCATGGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATGAAATCCGAT--CTCAGTGTTAGTTCTGCTGGTCCAATATCCCAGTTTAATTATAAACAGTCCTTTTCTAATCCCAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGGAAGGTTGAC--CTACAATTGGGTAATTTGGGCTATTTGCAGTCATTTAACTATAGAATTGATACTACTGCAACAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CAGACGATCTGAT--TTGCAGTTGGGCAGTTCTGGTTTTCTGCAATCTTCTAATTATAAAATTGACACTACTTCTAGTTC consensus/100% sAsussusssGAs..sTsssssssuGsssssssGGsssssTsssssssTsTAAsTATAuAssssssssTssTssssssss consensus/90% sAsussusssGAs..sTsssssssuGsssssssGGsssssTsssssssTsTAAsTATAuAssssssssTssTssssssss consensus/80% sAsGAuuTssGAs..sTssssssuGGssussCTGGsssssTsssssssTsTAATTATAAAsTssssusTusTsssAssus consensus/70% sAsGAuuTssGAs..sTssssssuGGssussCTGGsssssTsssssssTsTAATTATAAAsTssssusTusTsssAssus cov pid 27601 . . . . : . . . 27680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTGCGTTATAGCTTGGAATTCTAACAATCTTGATTCTAAGGTTGGTGGTAATTATAATTACCTGTATAGATTGTTTAGGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGTGTCCTTGCTTGGAATACTAGGAACATTGATGCTACTTCAACTGGTAATTATAATTATAAATATAGGTATCTTAGAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGTTTGATTTTAGCGACTGTTCCTCATAACCTTACTACTATTACTAAGCCTCTTAAGTACAGCTATATTAACAAGTGCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGTCAGTTGTATTATAATTTACCTGCTGCTAATGTTTCTGTTA---GCAGGTTTAATCCTTCTACTTGGAATAAGAGAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGTCAATTGTATTATAGTTTGCCTGCAATTAATGTTACTATTA---ATAATTATAATCCTTCTTCTTGGAATAGAAGGT consensus/100% sTGsssssTsssssssAsTssssssssssssssTssTssssssu...ussssssTAAsssssssssTssssssssssGss consensus/90% sTGsssssTsssssssAsTssssssssssssssTssTssssssu...ussssssTAAsssssssssTssssssssssGss consensus/80% sTGTssssTsssTTusAuTssssssussusTuATusTACTuTTA...usAuTTsTAATssssssTsTsGusAssssAGus consensus/70% sTGTssssTsssTTusAuTssssssussusTuATusTACTuTTA...usAuTTsTAATssssssTsTsGusAssssAGus cov pid 27681 . 7 . . . . : . 27760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGTCTAATC----------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGGCAAGC----------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTCGTCTTC----------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGGTTTTATAGAAGATTCTGTTTTTAAGCCTCGACCTGCAGGTGTTCTTACTAATCATGATGTAGTTTATGCACAACAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGGTTTTA---------------------------ATAATTTTAATTTGAGCTCTCATAGTGTTGTTTACTCACGTTAT consensus/100% sssssssss....................................................................... consensus/90% sssssssss....................................................................... consensus/80% sTsGTssTs....................................................................... consensus/70% sTsGTssTs....................................................................... cov pid 27761 . . . 8 . . . . 27840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ----------------------TCAAACCTTTTGA---GAGAGATATTTCAACTGAAATCTATCAGGCCGGTAGCACACC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ----------------------TTAGGCCCTTTGA---GAGAGACATATCTAATGTGCCTTTCTCCCCTGATGGCAAACC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ----------------------TTTCTGATGATCG---TACTGAAGTACCTCAGTTAGTGAACGCTAATCAATACTCACC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTTCAAAGCTCCTAAAAATTTCTGTCCGTGTAAATTGAATGGTTCGTGTGTAGGTAGTGGTCCTGGTAAAAATAATGG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTTTTCTGTTAATAATACTTTTTGTCCTTGTGC---TAAACCTTCTTTTGCTTCAAGTTGCAAGAGTCATAAACCACC consensus/100% ......................TsssssssssTss...sAssssssssssssssssssssssssssssssussussssss consensus/90% ......................TsssssssssTss...sAssssssssssssssssssssssssssssssussussssss consensus/80% ......................TssusCCsTsTuu...sAusGussssTsTussssuusssussssusTsAsuusssACC consensus/70% ......................TssusCCsTsTuu...sAusGussssTsTussssuusssussssusTsAsuusssACC cov pid 27841 : . . . . 9 . . 27920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGTAATGGTGTTGAAGGTTTTAATTGTTACTTTCCTTTACAATCATATGGTTTCCAACCCACTAATGGTGTTGGTTACC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGCACCCCACCT---GCTCTTAATTGTTATTGGCCATTAAATGATTATGGTTTTTACACCACTACTGGCATTGGCTACC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTGTGTATCCATT---------------------------------------GTCCCATCCACTGTGTGGGAAGACGGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATAGGCACTTGTCCTGCAGGTACTAATTATTTAACTTGTGATA------------------------------------ 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTCTGCTTCCTGTCCTATTGGTACTAATTATCGTTCTTGTGAGAGTACTACTGTACTCGACCACACTGACTGGTGTAGGT consensus/100% ssssusssssssT................................................................... consensus/90% ssssusssssssT................................................................... consensus/80% TTssusssCsssT...ussssTAsTsuTTAsssssCsTsssAss........sTssssssCsssusssusssssussuss consensus/70% TTssusssCsssT...ussssTAsTsuTTAsssssCsTsssAss........sTssssssCsssusssusssssussuss cov pid 27921 . . : . . . . 0 28000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACCATACAGAGTAGTAGTACTTTCTTTTGAA------------------------------------------------ 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACCTTACAGAGTTGTAGTACTTTCTTTTGAA------------------------------------------------ 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATTATTATAGGAAACAACTATCTCCACTTGAAGGTGGTGGCTGGCTTGTTGCTAGTGGCTCAACTGTTGCCATGACTGAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATTTGTGCACTCCTGATCCTATTACATTTACAGGTACTTATAAGTGCCCCCAAACTAAATCTTTAGTTGGCATAGGTGAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTCTTGTTTACCTGATCCTATAACTGCTTATGACCCTAGGTCTTGTTCTCAAAAAAAGTCTCTGGTTGGTGTTGGTGAA consensus/100% ussssTusssssssssssssssssCsssTsss................................................ consensus/90% ussssTusssssssssssssssssCsssTsss................................................ consensus/80% AssssTusAsusssGssssssTTsCssTTuAA................................................ consensus/70% AssssTusAsusssGssssssTTsCssTTuAA................................................ cov pid 28001 . . . . : . . . 28080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ------------------------------------------------------------------------CTTCTACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ------------------------------------------------------------------------CTTTTAAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CAATTACAGATGGGCTTTGGTATTACAGTTCAATATGGTACAGAC------------------ACCAATAGTGTTTGCCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CACTGTTC---GGGTCTTGCTGTTAAAAGTGATTATTGTGGAGGC------------------AATTCTTGTACTTGCCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CATTGTGC---AGGGTTCGGTGTTGATGAAGAAAAGTGTGGTGTATTGGATGGATCATATAATGTTTCTTGTCTTTGTAG consensus/100% ........................................................................ssTsssss consensus/90% ........................................................................ssTsssss consensus/80% ........................................................................sTTTsssu consensus/70% ........................................................................sTTTsssu cov pid 28081 . 1 . . . . : . 28160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGCACCAGCAACTGTTTGTGGACCTAAAAAGTC----------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCACCGGCCACGGTTTGTGGACCAAAATTATC----------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CAAGCTTGAATTTGCTAATGACACAAAAATTGC----------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACCACAAGCATTTTTGGGTTGGTCTGCAGACTCTTGTTTACAAGGAGACAAGTGTAATATTTTTGCTAATTTTATTTTGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACTGATGCCTTTCTAGGTTGGTCTTATGACACTTGCGTCAGTAACAACCGTTGTAATATTTTTTCTAATTTTATTTTAA consensus/100% sssssssGsssssssssuTsussCssssssssC............................................... consensus/90% sssssssGsssssssssuTsussCssssssssC............................................... consensus/80% suCuCssGCsssTsTssGTsGusCsuAAusssC............................................... consensus/70% suCuCssGCsssTsTssGTsGusCsuAAusssC............................................... cov pid 28161 . . . 2 . . . . 28240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------TACTAATTTGGTTAAAAACAAATGTGTCAAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------CACTGACCTTATTAAGAACCAGTGTGTCAAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------CTCTCAATTAG------GCAATTGCGTGGAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGATGTTAATAGTGGTCTTACTTGTTCTACTGATTTACAAAAAGCTAACACAGACATAATTCTTGGTGTTTGTGTTAAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGGTATCAATAGTGGTACCACTTGTTCTAATGATTTATTGCAGCCTAATACTGAAGTTTTTACTGATGTTTGTGTTGAT consensus/100% .................................................ssCssAssTss......ussssTGsGTsuAs consensus/90% .................................................ssCssAssTss......ussssTGsGTsuAs consensus/80% .................................................sACTuAssTsuTTsssuusussTGTGTsuAT consensus/70% .................................................sACTuAssTsuTTsssuusussTGTGTsuAT cov pid 28241 : . . . . 3 . . 28320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTCAACTTCAATGGTTTAACAGGCACAGGTGTTCTTACTGAGTCTAACAAAAAGTTTCTGCCTTTCCAACAATTTGGCAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTTAATTTTAATGGACTCACTGGTACTGGTGTGTTAACTCCTTCTTCAAAGAGATTTCAACCATTTCAACAATTTGGCCG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATTCCCTCTATGGTGTTTCGGGCCGTGGTGTTTTTCAGAATTGCACAGC------TGTAGGTGTTCGACAGCAGCGCTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATGACCTCTATGGTATTTTAGGCCAAGGCATTTTTGTTGAGGTTAATGCGACTTATTATAATAGTTGGCAGAACCTTTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACGACCTTTATGGTATTACAGGACAAGGTATTTTTAAAGAAGTTTCTGCTGTTTATTATAATAGTTGGCAAAATCTTTT consensus/100% TssssssTssATGGssTssssGGssssGGsuTssTsssssssssssssus......TssssssssssuuCAussssssss consensus/90% TssssssTssATGGssTssssGGssssGGsuTssTsssssssssssssus......TssssssssssuuCAussssssss consensus/80% TssuACsTssATGGTsTssCuGGssssGGTuTTTTTussuAsssTsssussussTsTsssssTssTsuuCAussssssss consensus/70% TssuACsTssATGGTsTssCuGGssssGGTuTTTTTussuAsssTsssussussTsTsssssTssTsuuCAussssssss cov pid 28321 . . : . . . . 4 28400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGACATTGCTGACACTACTGATGCTGTCCGTGATCCACAGACACTTGAGATTCTTGACATTACACCATGTTCTTTTGGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGATGTTTCTGATTTCACTGATTCCGTTCGAGATCCTAAAACATCTGAAATATTAGACATTTCACCTTGCGCTTTTGGGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTTTATGATGCGTACCAGAATTTAGTTGGCTATTATTCTGATGATGGCAACTACTACTGTTTGCGTGCTTGTGTTAGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATATGATTCTAATGGTAATCTCTACGGTTTTAGAGACTACATAACAAACAGAACTTTTATGATTCGTAGTTGCTATAGCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTATGATTCTAATGGCAACATTATTGGTTTTAAAGATTTTGTTACTAATAAAACATATAATATTTTCCCTTGTTATGCAG consensus/100% ssssssTssTussssssssssssssGssssssusssssssusssssuusAsssssssssssssssssssssssssTussG consensus/90% ssssssTssTussssssssssssssGssssssusssssssusssssuusAsssssssssssssssssssssssssTussG consensus/80% ssATusTsCTuAssssAssusTsssGsTsssuAsssssssussssTuAsAssssssAsAsTsssCssssTTsTTsTuGsG consensus/70% ssATusTsCTuAssssAssusTsssGsTsssuAsssssssussssTuAsAssssssAsAsTsssCssssTTsTTsTuGsG cov pid 28401 . . . . : . . . 28480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTGTCAGTGTTATAACACCAGGAACAAATACTTCTAACCAGGTTGCTGTTCTTTATCAGGATGTTAACTGCACAGAAGTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGTAAGTGTAATTACACCTGGAACAAATGCTTCATCTGAAGTTGCTGTTCTATATCAAGATGTTAACTGCACTGATGTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCCTGTTTCTGTCATCTATGATAAAGAAACTAAAACCCAC---GCTACTCTATTTGGTAGTGTTGCATGTGAACACATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTCGTGTTTCTGCGGCCTTTCACGCTAACTCTTCCGAACCA---GCATTGCTATTTCGGAATATTAAATGCAACTACGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GAAGAGTTTCTGCTGCTTTTCATCAAAATGCTTCCTCTTTG---GCTTTACTTTATCGTAATTTAAAATGTAGCTATGTT consensus/100% sssssusTsssussussssssussssuAssCTsssssssss...GCssssCTsTsTsusuuTsTsussTGsusssAsuTs consensus/90% sssssusTsssussussssssussssuAssCTsssssssss...GCssssCTsTsTsusuuTsTsussTGsusssAsuTs consensus/80% GTsssusTssTussuCsssTsususAAAsuCTTCssssssu...GCTsTsCTsTsTCusuATuTTAAsTGsAsssAsGTT consensus/70% GTsssusTssTussuCsssTsususAAAsuCTTCssssssu...GCTsTsCTsTsTCusuATuTTAAsTGsAsssAsGTT cov pid 28481 . 5 . . . . : . 28560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCTGTTGCTATTCATGCAGATCAACTTACTCCTACTTGGCGTGTTTATTCTACAGGTTCTAATGTTT-------TTCAAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCTACAGCAATTCATGCAGATCAACTCACACCAGCTTGGCGCATATATTCTACTGGAAACAATGTAT-------TCCAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCTTCTACCATGTCTCAATACTCCCGTTCTAC-GCGATCAATGCTTAAACGGCGAGATTCTACATATGGCCCCCTTCAGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTAATAATAGTCTTACACGACAGCTGCAACC------------------------CATTAACTATT-------TTGATA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGAATAATATTTCTTTAACTACTCAGCCA---------------------------------TATT-------TTGATA consensus/100% ssssssussAssssTssAssssssCsssss.................................sssT.......TssAsA consensus/90% ssssssussAssssTssAssssssCsssss.................................sssT.......TssAsA consensus/80% TsTusTussATTssTssAsussssCsssCssC........................sssssAssssT.......TTsAsA consensus/70% TsTusTussATTssTssAsussssCsssCssC........................sssssAssssT.......TTsAsA cov pid 28561 . . . 6 . . . . 28640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CACGTGCAGGCTGTTTAATAGGGGCTGAACATG---TCAACAACT---CATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTCAAGCAGGCTGTCTTATAGGAGCTGAGCATG---TCGACACTT---CTTATGAGTGCGACATTCCTATTGGAGCTGGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CACCTGTTGGTTGTGTCCTAGGACTTGTTAATT---CCTCTTTGTTCGTAGAGGACTGCAAGTTGCCTCTTGGTCAATCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTATCTTGGTTGTGTTGTCAATGCTTATAATAGTACTGCTATTTCTGTTCAAACATGTGATCTCACAGTAGGTAGTGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTATCTTGGTTGCGTTTTTAATGCTGATAATTTAACTGATTATTCTGTTTCTTCTTGTGCTCTTCGCATGGGTAGTGGT consensus/100% ssssssssGGsTGssTssTsuusssTssssATs...ssssssssT...ssssssssTGsusssTsssssTsGGsssssss consensus/90% ssssssssGGsTGssTssTsuusssTssssATs...ssssssssT...ssssssssTGsusssTsssssTsGGsssssss consensus/80% sssuTsssGGsTGTsTssTsuusGCTGAssATs...ssusssssT...sssAsussTGsGAssTsCCsuTsGGTussGGT consensus/70% sssuTsssGGsTGTsTssTsuusGCTGAssATs...ssusssssT...sssAsussTGsGAssTsCCsuTsGGTussGGT cov pid 28641 : . . . . 7 . . 28720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATATGCGCTAGTTATCAGACTCA---GACTAATTCTCCTCGGCGGGCACG---------TAGTGTAGCTAGTCAATCCAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATTTGTGCTAGTTACCATACAGT---TTCTTTAT------------TACG---------TAGTACTAGCCAAAAATCTAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTCTGTGCTCTTCCTGACACACCTAGTACTCTCACACCTCGCAGTGTGCG---------CTCTGTTCCAGGTGAAATGCG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TACTGTGTGGATTA---------------CTCTAAAAACAGACGAAGTCGTGGAGCGATTACCACTGGTTATCGGTTTAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTGTGTTGATTATAACTCACCTTCTTCTTCCTCTTCGCGTCGTAAACGTAGAAGTATTTCTGCTTCTTATCGTTTTGT consensus/100% sssTGsGssssTss...............sssss............ssCG.........ssssussssssussussssss consensus/90% sssTGsGssssTss...............sssss............ssCG.........ssssussssssussussssss consensus/80% sTsTGTGsTuuTTAssAssCsss...ssCTssssssssssGssGsusuCG.........TssTusTssssuTsuuTssus consensus/70% sTsTGTGsTuuTTAssAssCsss...ssCTssssssssssGssGsusuCG.........TssTusTssssuTsuuTssus cov pid 28721 . . : . . . . 8 28800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATTGCCTACACTATGTCACTTGGTGCAGAAAATTCAGTTGCTTACTCTAATAACTCT---------ATTGCCATACCCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTGGCTTATACTATGTCTTTAGGTGCTGATAGTTCAATTGCTTACTCTAATAACACC---------ATTGCTATACCTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTTGGCAT---CCATTGCTTTTAATCATCCTATTCAGGTTGATCAACTTAATAGTAGTTATTTTAAATTAAGTATACCCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAATTTTGAGCCATTTACTGTTAATTCAGTAAACGATAGTTTAGAACCTGTAGGTGGTTTGTATGAAATTCAAATACCTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACTTTTGAACCCTTTAATGTCAGTTTTGTTAATGACAGTATTGAGTCTGTGGGTGGTCTTTATGAGATCAAAATTCCCA consensus/100% ssssssss...CssTsssssTsuuTssssssAsssssusTssssAsssTussuussss.........sTssssATsCCss consensus/90% ssssssss...CssTsssssTsuuTssssssAsssssusTssssAsssTussuussss.........sTssssATsCCss consensus/80% sussssssAssCssTssCTsTsuuTsssGssAuTsssusTusTsAssCTussuususT.........ATsussATACCsA consensus/70% sussssssAssCssTssCTsTsuuTsssGssAuTsssusTusTsAssCTussuususT.........ATsussATACCsA cov pid 28801 . . . . : . . . 28880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAATTTTACTATTAGTGTTACCACAGAAATTCTACCAGTGTCTATGACCAAGACATCAGTAGATTGTACAATGTACATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTAACTTTTCAATTAGCATTACTACAGAAGTAATGCCTGTTTCTATGGCTAAAACCTCCGTAGATTGTAATATGTACATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTAATTTTTCCTTTGGTGTGACTCAGGAGTACATTCAGACAACCATTCAGAAAGTTACTGTTGATTGTAAACAGTACGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGAGTTTACTATAGGTAATATGGTGGAGTTTATTCAAACAAGCTCTCCTAAAGTTACTATTGATTGTGCTGCATTTGTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTAACTTTACTATAGTTGGTCAAGAGGAATTTATTCAAACTAATTCTCCTAAAGTTACTATTGATTGTTCTTTATTTGTC consensus/100% CsuAsTTTsCssTsussusssssssuGAussssTsCssusssssssssssAAuusssCsuTsGATTGTsssssuTssuTs consensus/90% CsuAsTTTsCssTsussusssssssuGAussssTsCssusssssssssssAAuusssCsuTsGATTGTsssssuTssuTs consensus/80% CsAAsTTTsCsATsuGTusTAssusuGAusTsATsCsuusssssssssCsAAAusssCsuTsGATTGTussssuTssuTs consensus/70% CsAAsTTTsCsATsuGTusTAssusuGAusTsATsCsuusssssssssCsAAAusssCsuTsGATTGTussssuTssuTs cov pid 28881 . 9 . . . . : . 28960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTGGTGATTCAACTGAATGCAGCAATCTTTTGTTGCAATATGGCAGTTTTTGTACACAATTAAACCGTGCTTTAACTGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCGGAGATTCTACTGAATGTGCTAATTTGCTTCTCCAATATGGTAGCTTTTGCACACAACTAAATCGTGCACTCTCAGG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCAATGGTTTCCAGAAGTGTGAGCAATTACTGCGCGAGTATGGCCAGTTTTGTTCCAAAATAAACCAGGCTCTCCATGG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTGGTGATTATGCAGCATGTAAATCACAGTTGGTTGAATATGGTAGTTTCTGTGATAACATTAATGCCATACTCACAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTCTAATTATGCAGCTTGCCATGACTTATTGTCAGAGTATGGCACTTTTTGTGATAATATTAATAGTATTTTAGATGA consensus/100% TGssssuuTTsssssussTGsssssssssssTsssssAuTATGGssssTTsTGsssssAssTsAAssssusssTssssGu consensus/90% TGssssuuTTsssssussTGsssssssssssTsssssAuTATGGssssTTsTGsssssAssTsAAssssusssTssssGu consensus/80% TGsuuTGATTssuCsGsuTGsuussAssTusTGssssAuTATGGsAusTTTTGTusssAssTsAAssususssTssssGu consensus/70% TGsuuTGATTssuCsGsuTGsuussAssTusTGssssAuTATGGsAusTTTTGTusssAssTsAAssususssTssssGu cov pid 28961 . . . 0 . . . . 29040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AATAGCTGTTGAACAAGACAAAAACACCCAAGAAGTTTTTGCACAAGTCAAACAA----ATTTACAAAACACCACCAATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TATTGCTGCTGAACAGGATCGCAACACACGTGAAGTGTTCGCTCAAGTCAAACAA----ATGTACAAAACCCCAACTTTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCCAATTTACGCCAGGATGATTCTGTACGTAATTTGTTTGCGAGCGTGAAAAGC----TCTCAATCATCTCCTATCATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGTAAATGAACTACTTGACACTACACAGTTGCAAGTAGCTAATAGTTTAATGAATGGTGTTACTCTTAGCACTAAGCTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AGTTAATGGTTTACTTGATACTACTCAATTGCATGTAGCTGATACTCTTATGCAAGGTGTCACACTTAGCTCCAATCTTA consensus/100% sussusTssssssCssGAssssssssssssssAssTssssussssssTsAsusus....ssssssssAsCsCssssssTs consensus/90% sussusTssssssCssGAssssssssssssssAssTssssussssssTsAsusus....ssssssssAsCsCssssssTs consensus/80% suTsusTGssssACssGAsussAssssussssAsGTussTGsssussTsAsusAs....ssssACssAuCsCCAAsssTu consensus/70% suTsusTGssssACssGAsussAssssussssAsGTussTGsssussTsAsusAs....ssssACssAuCsCCAAsssTu cov pid 29041 : . . . . 1 . . 29120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAA-----------GATTTTGGTGGT---TTTAATTTTTCACAAATATTACCAGATCCATCA---------AAA---CCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAA-----------TATTTTGGTGGT---TTTAATTTTTCACAAATATTACCTGACCCTCTA---------AAG---CCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCA-----------GGTTTTGGAGGTGACTTTAATTTGACACTTCTAGAACCTGTTTCTATATCTACTGGCAGT---CGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAGATGGCGTTAATTTCAATGTAGACGACATCAATTTTTCCCCTGTATTAGGTTGTCTAGGCAGCGAATGTAGTAAAGCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATACTAATTTGCATTTTGATGTTGATAATATTAATTTTAAATCCCTAGTTGGATGTTTAGGTCCACACTGCGGT---TCT consensus/100% ssu...........sssssTGssGus...sTsAATTTssssssssTAsssssssssssssss.........uus...sss consensus/90% ssu...........sssssTGssGus...sTsAATTTssssssssTAsssssssssssssss.........uus...sss consensus/80% AsA...........ssTssTGssGuT...sTTAATTTTsCACsssTAsTAssssuTssssss.........Aus...sCs consensus/70% AsA...........ssTssTGssGuT...sTTAATTTTsCACsssTAsTAssssuTssssss.........Aus...sCs cov pid 29121 . . : . . . . 2 29200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGCAAGAGGTCATTTATTGAAGATCTACTTTTCAACAAAGTGACACTTGCAGATGCTGGCTTCATCAAACAATATGGTGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACTAAGAGGTCTTTTATTGAGGACTTGCTCTTTAATAAGGTGACACTCGCTGATGCTGGCTTCATGAAGCAATATGGCGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTGCACGTAGTGCTATTGAGGATTTGCTATTTGACAAAGTCACTATAGCTGATCCTGGTTATATGCAAGGTTACGATGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCCAGTAGATCTGCTATAGAGGATTTACTTTTTGATAAAGTAAAGTTATCTGATGTCGGTTTTGTTGAGGCTTATAATAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCTTCTCGTTCTTTTTTTGAAGATTTATTGTTTGACAAAGTTAAACTTTCAGATGTTGGTTTTGTTGAAGCTTATAACAA consensus/100% sssssssGssssssTsTsGAuGAssTusTsTTsuAsAAuGTsAsssTssCsGATsssGGsTssuTssAusssTAsuusuA consensus/90% sssssssGssssssTsTsGAuGAssTusTsTTsuAsAAuGTsAsssTssCsGATsssGGsTssuTssAusssTAsuusuA consensus/80% sssusssGsTCTssTATTGAuGATTTuCTsTTTuAsAAAGTsAsusTssCsGATGsTGGsTTsuTsuAusssTATuusuA consensus/70% sssusssGsTCTssTATTGAuGATTTuCTsTTTuAsAAAGTsAsusTssCsGATGsTGGsTTsuTsuAusssTATuusuA cov pid 29201 . . . . : . . . 29280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGC------CTTGGTGATATTGCTGCTAGAGACCTCATTTGTGCACAAAAGTTTAACGGCCTTACTGTTTTGCCACCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGC------CTAGGTGATATTAATGCTAGAGATCTCATTTGTGCGCAGAAGTTCAATGGACTTACAGTGTTGCCACCTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGCATGCAGCAAGGTCCAGCATCAGCTCGTGATCTTATTTGTGCTCAATATGTGGCTGGTTACAAAGTATTACCTCCTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGT------ACAGGAGGTGCCGAAATTAGGGACCTCATTTGTGTGCAAAGTTATAAAGGCATCAAAGTGTTGCCTCCAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTGT------ACTGGTGGTAGTGAAATTAGAGATCTTCTTTGTGTACAATCCTTTAATGGTATTAAAGTTTTGCCTCCTA consensus/100% sTGs......sssGGssssusssssusTsGsGAsCTssTTTGTGssCAussssssussGGssssAssGTsTTuCCsCCss consensus/90% sTGs......sssGGssssusssssusTsGsGAsCTssTTTGTGssCAussssssussGGssssAssGTsTTuCCsCCss consensus/80% TTGs......sssGGTGuTussussusTAGuGAsCTsATTTGTGsuCAAsusTTsAAsGGssTsAsAGTsTTGCCsCCTs consensus/70% TTGs......sssGGTGuTussussusTAGuGAsCTsATTTGTGsuCAAsusTTsAAsGGssTsAsAGTsTTGCCsCCTs cov pid 29281 . 3 . . . . : . 29360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGCTCACAGATGAAATGATTGCTCAATACACTTCTGCACTGTTAGCGGGTACAATCACTTCTGGTTGGACCTTTGGTGCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCTCACTGATGATATGATTGCTGCCTACACTGCTGCTCTAGTTAGTGGTACTGCCACTGCTGGATGGACATTTGGTGCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTATGGATGTTAATATGGAAGCCGCGTATACTTCATCTTTGCTTGGCAGCATAGCAGGTGTTGGCTGGACTGCTGGCTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGCTCTCAGAAAATCAGATCAGTGGATACACTTTGGCTGCCACCTCTGCTAGTCTATTTCCTCCTTGGACAGCAGCAGCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTTGTCTGAATCTCAAATTTCTGGTTACACCACAGCCGCTACTGTTGCTGCTATGTTTCCACCATGGTCAGCAGCAGCT consensus/100% TssTssssGsssssssuussssssssTAsACsssssCssssssssssussusssssssTssssssTGGsCssssGsssss consensus/90% TssTssssGsssssssuussssssssTAsACsssssCssssssssssussusssssssTssssssTGGsCssssGsssss consensus/80% TssTssCsGAsuATssGATsuCTGssTACACTsCsGCsssssssussGsTAssussssTsCTsssTGGACssssGssGCs consensus/70% TssTssCsGAsuATssGATsuCTGssTACACTsCsGCsssssssussGsTAssussssTsCTsssTGGACssssGssGCs cov pid 29361 . . . 4 . . . . 29440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTGCTGCATTACAAATACCATTTGCTATGCAAATGGCTTATAGGTTTAATGGTATTGGAGTTACACAGAATGTTCTCTA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGCGCTGCTCTTCAAATACCTTTTGCTATGCAAATGGCATATAGGTTCAATGGCATTGGAGTTACCCAAAATGTTCTCTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCCTCCTTTGCTGCTATTCCATTTGCACAGAGTATCTTTTATAGGTTAAACGGTGTTGGCATTACTCAACAGGTTCTTTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGT------------GTACCATTTTATTTAAATGTTCAGTATCGCATTAATGGGCTTGGTGTCACCATGGATGTGCTAAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGC------------ATACCATTTTCTCTTAATGTACAATATAGAATTAATGGTTTGGGTGTTACTATGGATGTTCTTAA consensus/100% sss............uTsCCsTTTsssssssusuTssssTATsGssTsAAsGGssTsGGsuTsACsssusAsGTsCTsss consensus/90% sss............uTsCCsTTTsssssssusuTssssTATsGssTsAAsGGssTsGGsuTsACsssusAsGTsCTsss consensus/80% GGs............ATACCATTTsCTsTusAsuTssssTATAGusTsAATGGssTTGGsGTTACsssuuATGTTCTssu consensus/70% GGs............ATACCATTTsCTsTusAsuTssssTATAGusTsAATGGssTTGGsGTTACsssuuATGTTCTssu cov pid 29441 : . . . . 5 . . 29520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGAGAACCAAAAATTGATTGCCAACCAATTTAATAGTGCTATTGGCAAAATTCAAGACTCACTTTCTTCCACAGCAAGTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGAGAACCAAAAACAAATCGCCAACCAATTTAACAAGGCGATTAGTCAAATTCAAGAATCACTTACAACAACATCAACTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGAGAACCAAAAGCTTATTGCCAATAAGTTTAATCAGGCTCTGGGAGCTATGCAAACAGGCTTCACTACAACTAATGAAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCAAAATCAAAAGCTTATTGCTAATGCATTTAACAATGCCCTTTATGCTATTCAGGAAGGGTTCGATGCAACTAATTCTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAAAAATCAAAAGTTGATAGCTACTGCTTTTAATAATGCTCTTCTTTCTATTCAGAATGGTTTTAGTGCTACCAACTCTG consensus/100% ssAuAAsCAAAAusssATsGCsAsssssTTTAAssusGCssTsssssssATsCAuussssssTsssssCsACsssssssG consensus/90% ssAuAAsCAAAAusssATsGCsAsssssTTTAAssusGCssTsssssssATsCAuussssssTsssssCsACsssssssG consensus/80% TuAuAAsCAAAAusTsATsGCsAAsssuTTTAAsAAsGCssTTsussssATTCAuuAsssssTsusTuCsACsussssTG consensus/70% TuAuAAsCAAAAusTsATsGCsAAsssuTTTAAsAAsGCssTTsussssATTCAuuAsssssTsusTuCsACsussssTG cov pid 29521 . . : . . . . 6 29600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CACTTGGAAAACTTCAAGATGTGGTCAACCAAAATGCACAAGCTTTAAACACGCTTGTTAAACAACTTAGCTCCAATTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATTGGGCAAGCTGCAAGACGTTGTTAACCAGAATGCTCAAGCATTAAACACACTTGTTAAACAACTTAGCTCTAATTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTTTTCAGAAGGTTCAGGATGCTGTGAACAACAATGCACAGGCTCTATCCAAATTAGCTAGCGAGCTATCTAATACTTTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTTTAGTTAAAATTCAAGCTGTTGTTAATGCAAATGCTGAAGCTCTTAATAACTTATTGCAACAACTCTCTAATAGATTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CACTTGCTAAAATACAAAGTGTTGTTAATTCTAATGCTCAAGCACTTAATAGTTTGTTACAGCAATTATTTAATAAATTT consensus/100% CssTssssAAusTsCAuussGssGTsAAssssAATGCssAuGCssTssssAsssTsssssussAusTsssssssAssTTT consensus/90% CssTssssAAusTsCAuussGssGTsAAssssAATGCssAuGCssTssssAsssTsssssussAusTsssssssAssTTT consensus/80% CssTsGssAAusTsCAAGuTGTTGTsAAssssAATGCsCAAGCssTsAAsAsssTssTssAuCAACTssssssTAusTTT consensus/70% CssTsGssAAusTsCAAGuTGTTGTsAAssssAATGCsCAAGCssTsAAsAsssTssTssAuCAACTssssssTAusTTT cov pid 29601 . . . . : . . . 29680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTGCAATTTCAAGTGTTTTAAATGATATCCTTTCACGTCTTGACAAAGTTGAGGCTGAAGTGCAAATTGATAGGTTGAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGTGCAATTTCAAGTGTGCTAAATGATATCCTTTCGCGACTTGATAAAGTCGAGGCGGAGGTACAAATTGACAGGTTAAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGTGCTATTTCCGCCTCTATTGGAGACATCATACAACGTCTTGATGTTCTCGAACAGGACGCCCAAATAGACAGACTTAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GGTGCTATAAGTGCTTCTTTACAAGAAATTCTATCTAGACTTGATGCTCTTGAAGCGGAAGCTCAGATAGATAGACTTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GGTGCAATTAGTTCTTCTTTACAAGAAATTTTATCTCGTCTCGATGCTTTAGAGGCTCAGGTTCAGATTGATAGGCTTAT consensus/100% GGTGCsATsssssssssssTssusGAsATssTsssssGsCTsGAsusssTsGAussssAsGssCAuATsGAsAGusTsAT consensus/90% GGTGCsATsssssssssssTssusGAsATssTsssssGsCTsGAsusssTsGAussssAsGssCAuATsGAsAGusTsAT consensus/80% GGTGCsATTsssusTssTsTAsAsGAsATssTsTCsCGsCTTGATusssTsGAuGCsGAuGssCAuATsGAsAGusTsAT consensus/70% GGTGCsATTsssusTssTsTAsAsGAsATssTsTCsCGsCTTGATusssTsGAuGCsGAuGssCAuATsGAsAGusTsAT cov pid 29681 . 7 . . . . : . 29760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CACAGGCAGACTTCAAAGTTTGCAGACATATGTGACTCAACAATTAATTAGAGCTGCAGAAATCAGAGCTTCTGCTAATC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TACAGGCAGACTTCAAAGCCTTCAAACCTATGTAACACAACAACTAATCAGGGCTGCTGAAATCAGGGCTTCTGCTAATC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAATGGCCGTTTGACAACACTAAATGCTTTTGTTGCACAGCAGCTTGTTCGTTCCGAATCAGCTGCTCTTTCCGCTCAAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAATGGTCGTCTTACCGCTCTTAATGCTTATGTTTCTCAACAGCTTAGTGATTCTACACTGGTAAAATTTAGTGCAGCAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAATGGTCGTTTAACTGCTTTAAATGCTTATGTCTCTCAACAGCTTAGTGATATTTCTCTTGTAAAATTTGGTGCTGCTT consensus/100% sAssGGssGssTssssusssTssAsuCsTsTGTssCsCAuCAusTsusssussssssssssussussssTsssGCsssss consensus/90% sAssGGssGssTssssusssTssAsuCsTsTGTssCsCAuCAusTsusssussssssssssussussssTsssGCsssss consensus/80% TAssGGssGssTssssusssTssAsuCsTATGTssCsCAACAuCTsAsTuussCTuCsssuuTsAuussTssTGCTusss consensus/70% TAssGGssGssTssssusssTssAsuCsTATGTssCsCAACAuCTsAsTuussCTuCsssuuTsAuussTssTGCTusss cov pid 29761 . . . 8 . . . . 29840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGCTGCTACTAAAATGTCAGAGTGTGTACTTGGACAATCAAAAAGAGTTGATTTTTGTGGAAAGGGCTATCATCTTATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGCTGCTACTAAAATGTCTGAGTGTGTTCTTGGACAATCAAAAAGAGTTGACTTTTGTGGAAAGGGCTACCACCTTATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGCTAAAGATAAAGTCAATGAGTGTGTCAAGGCACAATCCAAGCGTTCTGGATTTTGCGGTCAAGGCACACATATAGTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAGCTATGGAGAAGGTTAATGAATGTGTCAAAAGCCAATCATCTAGGATAAATTTCTGTGGTAATGGTAATCATATTATA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAGCTATGGAGAAGGTTAATGAGTGTGTTAAAAGTCAATCTCCTCGTATTAATTTTTGTGGTAATGGTAATCATATTTTG consensus/100% ssGCTussussAAuuTssssGAuTGTGTssssussCAATCsssssGssssuusTTsTGsGGssAsGGssssCAssTssTu consensus/90% ssGCTussussAAuuTssssGAuTGTGTssssussCAATCsssssGssssuusTTsTGsGGssAsGGssssCAssTssTu consensus/80% TsGCTussussAAuuTsssTGAGTGTGTssssuGsCAATCsssssGsuTTuAsTTTTGTGGsAAsGGssAsCATsTTuTG consensus/70% TsGCTussussAAuuTsssTGAGTGTGTssssuGsCAATCsssssGsuTTuAsTTTTGTGGsAAsGGssAsCATsTTuTG cov pid 29841 : . . . . 9 . . 29920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGACTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCCTTCCCACAAGCAGCCCCGCATGGTGTTGTCTTCCTACATGTCACGTATGTGCCATCCCAGGAGAGGAACTTCACCAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCCTTTGTTGTAAATGCCCCTAATGGCCTTTACTTCATGCATGTTGGTTATTACCCTAGCAACCACATTGAGGTTGTTTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TCATTAGTGCAGAATGCTCCATATGGTTTGTATTTTATCCACTTTAGTTATGTCCCTACTAAGTATGTCACAGCGAGGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCATTAGTTCAAAATGCTCCTTATGGTTTGTTGTTTATGCATTTTAGTTATAAACCTATTTCTTTTAAAACTGTTTTAGT consensus/100% TCsTTssssssusssGCsCCssATGGssTssssTTssTsCAssTsussTATsssCCssssssssssussussssssssss consensus/90% TCsTTssssssusssGCsCCssATGGssTssssTTssTsCAssTsussTATsssCCssssssssssussussssssssss consensus/80% TCsTTssssCAuussGCsCCssATGGTsTssssTTssTuCATsTsAsTTATussCCTusssAssAsAssAsssTsussus consensus/70% TCsTTssssCAuussGCsCCssATGGTsTssssTTssTuCATsTsAsTTATussCCTusssAssAsAssAsssTsussus cov pid 29921 . . : . . . . 0 30000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAAAAGCACA---------CTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGCGCCAGCAATTTGTCATGAAGGCAAAGCATA---------CTTCCCTCGTGAAGGTGTTTTTGTGTTTAATGGCACTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCTTATGGTCTTTGCGATGCAGCTAACCCTACTAATTGTATAGCCCCTGTTAATGGCTACTTTATTAAAACTAATAACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAGTCCTGGTCTGTGCATTGCTGGTGA------TAGAGGTATAGCTCCTAAGAGTGGTTATTTTGTTAATGTAAATAATA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAGTCCTGGTTTGTGTATATCAGGTGA------TGTAGGTATTGCACCTAAACAAGGGTATTTTATTAAACATAATGATC consensus/100% susssssGsssTsTGsssssssGssuA...............ssssCCTssssusGGssssTTTuTsssssssuususss consensus/90% susssssGsssTsTGsssssssGssuA...............ssssCCTssssusGGssssTTTuTsssssssuususss consensus/80% susTCCTGsssTsTGsssTGssGGsuA...............ssssCCTsusuAsGGssssTTTuTTsssusTuusAsss consensus/70% susTCCTGsssTsTGsssTGssGGsuA...............ssssCCTsusuAsGGssssTTTuTTsssusTuusAsss cov pid 30001 . . . . : . . . 30080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACTGGTTTGTAACACAAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACTGTGAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTTGGTTTATTACACAGAGGAACTTCTTTTCTCCACAAATAATTACTACAGACAATACATTTGTCTCAGGAAATTGTGAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTAGGATTGTTGATGAGTGGTCATATACTGGCTCGTCCTTCTATGCACCTGAGCCCATTACCTCCCTTAATACTAAGTAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTTGGATGTACACTGGTAGTGGTTACTACTACCCTGAACCTATAACTGAAAATAATGTTGTTGTTATGAGTACCTGCGCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTGGATGTTCACTGGTAGTTCTTACTATTATCCTGAACCAATTTCAGATAAAAATGTTGTTTTTATGAATACTTGTTCT consensus/100% sssGGsTssssusssussGssssTsssssssssCsssssssssssCssssuAssssusssssssssssuusAsssusssT consensus/90% sssGGsTssssusssussGssssTsssssssssCsssssssssssCssssuAssssusssssssssssuusAsssusssT consensus/80% sTTGGsTssTsACssusAGssssTssTsTsusCCssAAsssATTuCsussuAsAAsusssTTsTssssuuTAssTGsssT consensus/70% sTTGGsTssTsACssusAGssssTssTsTsusCCssAAsssATTuCsussuAsAAsusssTTsTssssuuTAssTGsssT cov pid 30081 . 1 . . . . : . 30160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAGACTC------------------ATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTCGTTATTGGCATCATTAACAACACAGTTTATGATCCTCTGCAACCTGAGCTTGACTC------------------ATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTGCACCACAGGTGACATACCAAAACATTTCTACTAACCTCCCTCCTCCTCTTCTCGGCAATTCCACCGGGATTGACTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTAATTATACTAAAGCGCCGTATGTAATGCTGAACACTTCAATACCCAACCTTCCTGA------------------TTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTTAATTTTACTAAAGCGCCTCTTGTTTATTTGAATCATTCTGTACCAAAATTGTCTGA------------------TTT consensus/100% GTsussssssssussussssssssussssssssusssssssssssCCsssssTssssss..................sTT consensus/90% GTsussssssssussussssssssussssssssusssssssssssCCsssssTssssss..................sTT consensus/80% GTTusssssussAssussssssAsussuTTTssuATssTsssssACCsuAssTssssss..................sTT consensus/70% GTTusssssussAssussssssAsussuTTTssuATssTsssssACCsuAssTssssss..................sTT cov pid 30161 . . . 2 . . . . 30240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATTTAGGTG---ACATCTCTGGCATTAATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAAAGAAGAGCTGGACAAGTACTTCAAAAATCATACATCACCAGATGTTGATCTTGGCG---ACATTTCAGGCATTAACG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCAAGATGAGTTGGATGAGTTTTTCAAAAATGTTAGCACCAGTATACCTAATTTTGGTT---CCCTAACACAGATTAATA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAAGGAAGAGTTGGATCAATGGTTTAAAAATCAAACATCAGTGGCACCAGATTTGTC------ACTTGATTATATAAATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGAATCTGAGTTATCTCATTGGTTTAAAAATCAAACATCCATTGCGCCTAATTTGACTTTAAATCTTCATACTATTAATG consensus/100% ssAusssGAGsTussssAsTssTTsAAuAATsssAsssCssssusssssuATsTsss......ssTsssssssATsAAsu consensus/90% ssAusssGAGsTussssAsTssTTsAAuAATsssAsssCssssusssssuATsTsss......ssTsssssssATsAAsu consensus/80% suAuGAsGAGTTuGATsAuTusTTsAAAAATCAsACATCssssGssssTuATTTsusss...sssTsssssusATTAATG consensus/70% suAuGAsGAGTTuGATsAuTusTTsAAAAATCAsACATCssssGssssTuATTTsusss...sssTsssssusATTAATG cov pid 30241 : . . . . 3 . . 30320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTTCAGTTGTAAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTTGCCAAGAATTTAAATGAATCTCTCATCGATCTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTTCTGTCGTCAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTCGCTAAAAATTTAAATGAATCACTCATTGACCTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTACATTACTCGATCTTACCTACGAGATGTTGTCTCTTCAACAAGTTGTTAAAGCCCTTAATGAGTCTTACATAGACCTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTACATTCTTGGACCTACAAGTTGAAATGAATAGGTTACAGGAGGCAATAAAAGTCTTAAATCAGAGCTACATCAATCTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTACTTTTTTAGATTTGTATTATGAGATGAATCTTATTCAAGAGTCTATTAAGTCTTTGAATAATAGTTATATCAATCTT consensus/100% sTsCssTssTsuAssTsssssssGAuATssssssssTssAssAusssussAAussssTsAATsAsssssssATsuAsCTs consensus/90% sTsCssTssTsuAssTsssssssGAuATssssssssTssAssAusssussAAussssTsAATsAsssssssATsuAsCTs consensus/80% CTsCssTssTsuAssTssAssAsGAuATsuAsssssTssAsGAGGssussAAuussTTuAATuAusssssCATsuAsCTs consensus/70% CTsCssTssTsuAssTssAssAsGAuATsuAsssssTssAsGAGGssussAAuussTTuAATuAusssssCATsuAsCTs cov pid 30321 . . : . . . . 4 30400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAGAACTTGGAAAGTATGAGCAGTATATAAAATGGCCATGGTACATTTGGCTAGGTTTTATAGCTGGCTTGATTGCCAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAAGAATTGGGAAAATATGAGCAATATATTAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTCGGCTTCATTGCTGGACTAATTGCCAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAAGAGCTTGGCAATTATACTTATTACAACAAATGGCCGTGGTACATTTGGCTTGGTTTCATTGCTGGGCTTGTTGCCTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAGGACATTGGTACATATGAATATTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTATGGCTTTTAATCTGCCTTGCTGGTGTAGCTAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAAGATATAGGTACATATGAAATGTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTACTAATTTCTTTTTCATTTATAATATT consensus/100% sAuGAssTsGGsAssTATusssssTAsussAAATGGCCsTGGTAsuTsTGGCTsssssTssssssTssssssuTsusssT consensus/90% sAuGAssTsGGsAssTATusssssTAsussAAATGGCCsTGGTAsuTsTGGCTsssssTssssssTssssssuTsusssT consensus/80% sAAGAssTsGGsAsuTATGAusAsTATuTsAAATGGCCsTGGTAsuTTTGGCTsssssTssssssTGsssTsuTsGCssT consensus/70% sAAGAssTsGGsAsuTATGAusAsTATuTsAAATGGCCsTGGTAsuTTTGGCTsssssTssssssTGsssTsuTsGCssT cov pid 30401 . . . . : . . . 30480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AG---TAATGGTGACAATTATGCTTTGCTGTATGACCAGTTGCTGTAGTTGTCTCAAGGGCTGTTGTTCTTGTGGATCCT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CG---TCATGGTTACAATCTTGCTTTGTTGCATGACTAGTTGTTGCAGTTGCCTCAAGGGTGCATGCTCTTGTGGTTCTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGCTCTATGCGTCTTCTTCATACTGTGCTGCACTGGTTGTGGCACAAACTGTATGGGAAAACTTAAGTGTAATCGTTGTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCTTGTTTTACTATTCTTCATATGCTGTTGTACAGGATGTGGGACTAGTTGTTTTAAGAAA------TGTGGTGGTTGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CCTTGTATTGCTCTTTTTTATATGTTGTTGTACTGGTTGTGGTTCTGCATGTTTTAGTAAA------TGTCATAATTGTT consensus/100% ss...TsssssTsssssTssTusssTGsTGsAssusssGTsGssssussTGssTsuusuus......TsTsuTsusTssT consensus/90% ss...TsssssTsssssTssTusssTGsTGsAssusssGTsGssssussTGssTsuusuus......TsTsuTsusTssT consensus/80% ss...TssTusTsssssTsATusssTGsTGsAssusssGTsGssssAusTGTsTsAuuuus......TsTsuTuGTTsTT consensus/70% ss...TssTusTsssssTsATusssTGsTGsAssusssGTsGssssAusTGTsTsAuuuus......TsTsuTuGTTsTT cov pid 30481 . 5 . . . . : . 30560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTGCAAATTTGATGAAGACGACTCTGAGCCAG----------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTGCAAGTTTGATGAGGATGACTCTGAGCCAG----------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGATAGATACGAGGAATACGACCTCGAGCCGCATAAGGTTCATGTTCACTAATTAACGAACTATTAATGAGAGTTCAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTGATGATTATACTGGATACCA---GGAGTTAG----------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTGATGAGTATGGTGGTCATCA---TGATTTTG----------------------------------------------- consensus/100% GssusuusTssussGussAssA...sGAsssss............................................... consensus/90% GssusuusTssussGussAssA...sGAsssss............................................... consensus/80% GssusuAuTsTGuTGuusAssA...sGAGssuG............................................... consensus/70% GssusuAuTsTGuTGuusAssA...sGAGssuG............................................... cov pid 30561 . . . 6 . . . . 30640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GACCACCCACTCTCTTGTTAGTGTTTTCACTCTCTCTTTTGGTCACTGCATCCTCAAAACCTCTCTATGTACCTGAGCAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 30641 : . . . . 7 . . 30720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTCAGAATTATTCTGGTTGCATGCTTAGGGCTTGTATTAAAACTGCCCAAGCTGATACAGCTGGTCTTTATACAAATTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 30721 . . : . . . . 8 30800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------TGCTCAAAGGAGTCAAATTACATTACACATA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------TTCTCAAGGGTGTCAAATTACATTACACATA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCGAATTGACGTCCCATCTGCAGAATCAACTGGTACTCAATCAGTTTCTGTCGATCTTGAGTCAACTTCAACTCATGATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 30801 . . . . : . . . 30880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACGAACTTATGGATTTGTTTATGAGAATCTT------------------------------------------------ 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACGAACTTATGGATTTGTTTATGAGATTTTT------------------------------------------------ 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTCCTACCGAACATGTTACTAGTGTGAATCTTTTTGACGTTGGTTACTCAGTTAATTAACGAACTCTATGGATTACGTGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 30881 . 9 . . . . : . 30960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTCTGCTTAATCAAATTTGGCAGAAGTACCTTAACTCACCGTATACTACTTGTTTGTACATCCCTAAACCCACAGCTAAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 30961 . . . 0 . . . . 31040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATACACCTTTAGTTGGCACTTCATTGCACCCTGTGCTGTGGAACTGTCAGCTATCCTTTGCTGGTTATACTGAATCTGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31041 : . . . . 1 . . 31120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTTAATTCTACAAAAGCTTTGGCCAAACAGGACGCAGCTCAGCGAATCGCTTGGTTGCTACATAAGGATGGAGGAATCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31121 . . : . . . . 2 31200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTGATGGATGTTCCCTCTACCTCCGGCACTCAAGTTTATTCGCGCAAAGCGAGGAAGAGGAGCCATTCTCCAACTAAGAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31201 . . . . : . . . 31280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ACTGCGCTACGTTAAGCGTAGATTTTCTCTTCTGCGCCATGAAGACCTTAGTGTTATTGTCCAACCAACACACTATGTCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31281 . 3 . . . . : . 31360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GGGTTACATTTTCAGACCCCAACATGTGGTATCTACGTTCGGGTCATCATTTACACTCAGTTCACAATTGGCTTAAACCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31361 . . . 4 . . . . 31440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATGGCGGCCAACCTGTTTCTGAGTACCATATTACTCTAGCTTTGCTAAATCTCACTGATGAAGATTTAGCTAGAGATTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31441 : . . . . 5 . . 31520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCACCCATTGCGCTCTTTTTGCGCAATGTCAGATTTGAGCTACATGAGTTCGCCTTGCTGCGCAAAACTCTTGTTCTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31521 . . : . . . . 6 31600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------CACAATTGGAACTGTAACTTTGAAGCAAGGTGAAATCAAGGATGCTACTCCTTCA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------TACTCTTAGATCAATTACTGCACAGCCAGTAAAAATTGACAATGCTTCTCCTGCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGCATCAGAGATCTACTGTGCTAACATACATAGATTTAAGCCTGTGTATAGAGTTAACACGGCAATCCCTACTATTAAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ------------------------------------------------------------TAATCAAAACTTCACATGAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ------------------------------------------------------------TTATCAAAACATCTCATGAT consensus/100% ............................................................ssussusssCssCsssTsss consensus/90% ............................................................ssussusssCssCsssTsss consensus/80% ............................................................TsussAAsuCTsCTCsTuss consensus/70% ............................................................TsussAAsuCTsCTCsTuss cov pid 31601 . . . . : . . . 31680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GATTTTGTTCGCGCTACTGCAACGATACCGATACAAGCCTCACTCCCTTTCGGATGGCTTATTGTTGGCGTTGCACTT-C 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGTACTGTTCATGCTACAGCAACGATACCGCTACAAGCCTCACTCCCTTTCGGATGGCTTGTTATTGGCGTTGCATTT-C 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GATTGGCTTCTCGTT-CAGGGATTTTCCCTTTACCATAGTGGCCTCCCTTTACATATGTCAATCTCTAAATTGCATGCAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GACTAAGTTCGTCTTTGATTCATTGCACTGATCTCTTGTTAGATCTTTTTGCAATCTAGCATTTGTTAAAGTTCTTAA-- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GATTAGAATCTCTTGTCA-------------------------------------------------GATCTCATTAA-- consensus/100% uussssssTCsssss.ss.................................................usssTssssss.. consensus/90% uussssssTCsssss.ss.................................................usssTssssss.. consensus/80% GATTssuTTCssssTsCAsssAsssssCsssTsssssssTsussssssTTsssATsssssusTssssususTsCsTss.. consensus/70% GATTssuTTCssssTsCAsssAsssssCsssTsssssssTsussssssTTsssATsssssusTssssususTsCsTss.. cov pid 31681 . 7 . . . . : . 31760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGCTGTTTTTCAGAGCGCTTCCAAAATCATAACCCTCAAAAAGAGATGGCAACTAGCACTCTCCAAGGGTGTTCACTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTGCTGTTTTTCAGAGCGCTACCAAAATAATTGCGCTCAATAAAAGATGGCAGCTAGCCCTTTATAAGGGCTTCCAGTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGATGATGTTACTCGCAATTACATCATTACAATGC-----CATGCTTTAGAACTTACCCTCAACAAATGTTTGTTACTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31761 . . . 8 . . . . 31840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTTGCAACTTGCTGTTG-------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATTTGCAATTTACTGCTG-------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTTTGGCCGTAGATGTTGTCTCCATACGGTCTTCCAATCAGGGTAATAAACAAATTGTTCATTCTTATCCCATTTTACAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31841 : . . . . 9 . . 31920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CATCCAGGATTTTAACGAACTATGGCTTTCTCGGCGTCTTTATTTAAACCCGTCCAGCTAGTCCCAGTTTCTCCTGCATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 31921 . . : . . . . 0 32000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% --------------TTGTTTGTAACAGTTTACTCACACCTTTTGCTCGTTGCTGCTGGCCTTGAAGCCCCTTTTCTCTAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% --------------CTATTTGTTACCATCTATTCACATCTTTTGCTTGTCGCTGCAGGTATGGAGGCGCAATTTTTGTAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TCATCGCATTGAGTCTACTGACTCTATTGTTTTCACATACATTCCTGCTAGCGGC------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 32001 . . . . : . . . 32080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTTTATGCTTTAGTCTACTTCTTGCAGAGTATAAACTTTGTAAGAATAATAATGAGGCTTTGGCTTTGCTGGAAATGCCG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTCTATGCCTTGATATATTTTCTACAATGCATCAACGCATGTAGAATTATTATGAGATGTTGGCTTTGTTGGAAGTGCAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ----------------------------------------------------TATGTAGCTGCTTTAGCTGTCAATGTGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 32081 . 1 . . . . : . 32160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTCCAAAAACCCATTACTTTATGATGCCAACTATTTTCTTTGCTGGCATACTAATTGTTACGACTATTGTATACCTTACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATCCAAGAACCCATTACTTTATGATGCCAACTACTTTGTTTGCTGGCACACACATAACTATGACTACTGTATACCATATA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTCTCATTCCCCTATTATTACTGCTACGTCAAGATACTTGTCGTCGCAGCATTATCAGAACTATGGTTCTCTATTTCCTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------GGCCACGCCCTATTAATGGACATTTGGAGACCTGAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------ATCTAAACTTTATTTATGGACGTTTGGAGACCTAGCT consensus/100% ...........................................ssssAssssssssssssssAssssTssssAsssssss consensus/90% ...........................................ssssAssssssssssssssAssssTssssAsssssss consensus/80% ...........................................sssCAsuCssssssssssGACssTTGsAsACCTsuss consensus/70% ...........................................sssCAsuCssssssssssGACssTTGsAsACCTsuss cov pid 32161 . . . 2 . . . . 32240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATAGTGTAACTTCTTCAATTGTCATTACTTCAGGTGATGGCACAACAAGTCCTATTTCTGAACATGACTACCAGATTGGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACAGTGTCACAGATACAATTGTCGTTACTGAAGGTGACGGCATTTCAACACCAAAACTCAAAGAAGACTACCAAATTGGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTTCTGTATAACTTTTTATTAGCCATTGTACTAGTCAATGGTGTACATTATCCAACTGGAAGTTGCCTGATAGCCTTCTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGAAATATCTCCGTTATATTAACGGTTTTAATGTCTCAGAATTAGAAGATGCTTGTTTTAAATTTAACTATCAATTTCCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ACACACATTCTCTTGTTATTAGAGAATTTGGTGTTACAAACCTTGAAGATTTGTGTCTAAAGTATAATTACTGTCAACCT consensus/100% ussssssssssssTsssATTusssssssTsssussssssussssssAssssssssssssuAusssssssAssussssssT consensus/90% ussssssssssssTsssATTusssssssTsssussssssussssssAssssssssssssuAusssssssAssussssssT consensus/80% AsAssssssssssTsssATTusCusTssTussGsTsssuussssusAusssCssussssAAusssuAsTAssussTTssT consensus/70% AsAssssssssssTsssATTusCusTssTussGsTsssuussssusAusssCssussssAAusssuAsTAssussTTssT cov pid 32241 : . . . . 3 . . 32320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGTTATACTGAAAAATG-------GGAATCTGGAGTAAAAGACTGTGTTGTATTACACAGTTACTTCACTTCAGACTATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGTTATTCTGAGGATAG-------GCACTCAGGTGTTAAAGACTATGTCGTTGTACATGGCTATTTCACCGAAGTTTACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGTTATCCTCATAATACTTTGGTTTGTAGATAGAATTCGTTTCTGTCTCATGCTGAATTCCTACATTCCACTGTTTGACA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAAGTAGGATATTGTAG-------AGTTCCTAGTCATGCTTGGTGCCGTAATCAAGGTAGATTTTGTGCTACATTCACTC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTGTTGGTTACTGTAT-------TGTACCTTTAAATGTTTGGTGTCGCAAGTTTGGCAAATTTGCTTCTCACTTTACAT consensus/100% usssssssssAssusss.......sssssssssssssssssssTussssussssssussssTssssssCsssssssssss consensus/90% usssssssssAssusss.......sssssssssssssssssssTussssussssssussssTssssssCsssssssssss consensus/80% uuTssTssTsAssuTAs.......sGsssCTuGsusTusssusTGTsssusssTususuusTssssssCsssusTsssss consensus/70% uuTssTssTsAssuTAs.......sGsssCTuGsusTusssusTGTsssusssTususuusTssssssCsssusTsssss cov pid 32321 . . : . . . . 4 32400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACCAGCTGTACTCAACTCAATTGAGTACAGACACTGGTGTTGAACATGTTACCTTCTTCATCTACAATAAAAT------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACCAGCTTGAGTCTACACAAATTACTACAGACACTGGTATTGAAAATGCTACATTCTTCATCTTTAACAAGCT------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGCGTTCCCACTTTATTCGTGTTAGTACAGTTTCTTCTCATGGTATGGTCCCTGTAATACACACCAAACCATTATTTATT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTTATGGTAAATCCAAACATTATGATAAATATTTTGGAGTAATAAATGGTTTCACAGCATTCGCTAATACTGT------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACGTAGTCACGATATTTCCCATAGTAATAATTTTGGTGTTGTAACTAGTTTTACTACTTATGGTAATACTGT------- consensus/100% sssusssssAssssAssssssssusTAsssssssTssssssusssssusssssssssssssssssAAsssssT....... consensus/90% sssusssssAssssAssssssssusTAsssssssTssssssusssssusssssssssssssssssAAsssssT....... consensus/80% ssCusssssAsTssAssCusssTAuTAsAuAsssTGGTuTTGsAAsTGsTsssssssssssCsssAAsAsssT....... consensus/70% ssCusssssAsTssAssCusssTAuTAsAuAsssTGGTuTTGsAAsTGsTsssssssssssCsssAAsAsssT....... cov pid 32401 . . . . : . . . 32480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -------------------------------------------------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% -------------------------------------------------------------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGAAACTTCGATCAGCGTTGCAGCTGTTCTCGTTGTTTTTATTTGCACTCTTCCACTTATATAGAGTGCACTTATATTAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 32481 . 5 . . . . : . 32560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ---------------------------------------------------------------TGTTGATGAGCCTGAAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ---------------------------------------------------------------TGTTAAAGACCC---AC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCGTTTTAGTAAGATTAGCCTAGTTTCTGTAACTGACTTCTCCTTAAACGGCAATGTTTCCACTGTTTTCGTGCCTGCAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 32561 . . . 6 . . . . 32640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACAT------GTCCAAATTCACACAATCGACGGTTCATCCGGAGTTGTTAATCCAGTAATGGAACCAATTTATGATGAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGAAT------GTGCAAATACACACAATCGACGGCTCTTCAGGAGTTGCTAATCCAGCAATGGATCCAATTTATGATGAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CGCGCGATTCAGTTCCTCTTCACATAATCGCCCCGAGCTCGCTTATCGTTTAAGCAGCTCTGCGCTACTATGGGTCCCGT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------AGAGGATGCTGTTAACAAACTGGTTTTCTTAGCTGTTGACTTTATTACCTGGCGC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------TTCTGAGGCTGTGTCTAGATTAGTTGAATCAGCTTCTGAATTTATTGTTTGGCGT consensus/100% .........................ssssGsssssssssssssssTsGsTsssssAGssssssussssssTsssssssus consensus/90% .........................ssssGsssssssssssssssTsGsTsssssAGssssssussssssTsssssssus consensus/80% .........................AussGAsGsssssTCsuuAsTsGTTsAssCAGCssTsGAssssATTssssussus consensus/70% .........................AussGAsGsssssTCsuuAsTsGTTsAssCAGCssTsGAssssATTssssussus cov pid 32641 : . . . . 7 . . 32720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCGACGACGACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGCACAAGCTGATGAGTACGAACTTATGTACTCATTCGTTTCGGAAGAGAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCGACGACGACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGCACAAGAAAGTGAGTACGAACTTATGTACTCATTCGTTTCGGAAGAAAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTAGAGGCTAATCCATTAGTCTCTCTTTGGACATATG-----GAAAACGAAC-TATGTTACCCTTTGTCCAAGAACGAAT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGACAGGAGTTAAATGTT-----------------------------------TATGGCTGATGCTTATCTTGCAGACAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GCAGAGGCACTTAATAAG-----------------------------------TATGGTTGATTTATTTTTCAATGATAC consensus/100% ssussGusssssssssss...................................TATGsssssssssssssssusssusAs consensus/90% ssussGusssssssssss...................................TATGsssssssssssssssusssusAs consensus/80% ssuusGuCussTAsTuss...................................TATGssssssTTssTTsssGAAGAsAC consensus/70% ssuusGuCussTAsTuss...................................TATGssssssTTssTTsssGAAGAsAC cov pid 32721 . . : . . . . 8 32800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGCCATCCTTACTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTCACACTAGCCATCCTTACTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGGGTTGTTCATAGTAAACTTTTTCATTTTTACCGTAGTATGTGCTATAACACTCTTGGTGTGTATGGCTTTCCTTACGG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTGTGGTATGTGGGGCAAATAATTTTTATAGTTGCCATTTGTTTATTGGTTACAATAGTTGTAGTGGCATTTTTGGCAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGCTTGGTACATAGGACAGATTTTAGTTTTAGTTTTATTTTGTCTTATTTCTTTAATCTTTGTTGTTGCTTTTTTAGCAA consensus/100% sGssssGTssuTuGsssAsssssTssTTsTssssssssssTssssssTssssssssTssTsssssTsGCssTssTsuCsu consensus/90% sGssssGTssuTuGsssAsssssTssTTsTssssssssssTssssssTssssssssTssTsssssTsGCssTssTsuCsu consensus/80% sGssssGTssATAGsssAsAsssTssTTsTssTTsTsusTTsssTsuTussssTusTuGTsusssTuGCssTssTsuCsu consensus/70% sGssssGTssATAGsssAsAsssTssTTsTssTTsTsusTTsssTsuTussssTusTuGTsusssTuGCssTssTsuCsu cov pid 32801 . . . . : . . . 32880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGTGAGTCTTGTAAAACCTTCTTTTTACGTTTACTCT------ 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGTGAGTTTAGTAAAACCAACGGTTTACGTCTACTCG------ 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTACTAGATTATGTGTGCAATGTATGACAGGCTTCAATACCCTGTTAGTTCAGCCCGCATTATACTTGTATAATACTGGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTTTTAAATTGTGTATTCAACTTTGCGGTATGTGTAATACCTTAGTACTGTCCCCTTCTATTTATGTGTTTAATAGAGGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTATTAAGCTTTGTATGCAACTTTGTGGTTTTTGTAATTTCTTTATTATTTCACCTTCGGCTTACGTTTATAAAAGAGGT consensus/100% CsssTsuusTsTGTusssAsssssssussssssssAAssssssssTssTssssCCssCssssTAssTsTsssss...... consensus/90% CsssTsuusTsTGTusssAsssssssussssssssAAssssssssTssTssssCCssCssssTAssTsTsssss...... consensus/80% CssTTsuATTuTGTusGsAssssTGsuuTuTsssTAAsussssssTsuTsssuCCssCssTTTACGTsTAssss...... consensus/70% CssTTsuATTuTGTusGsAssssTGsuuTuTsssTAAsussssssTsuTsssuCCssCssTTTACGTsTAssss...... cov pid 32881 . 9 . . . . : . 32960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CGTGTTAAAAATCTGAATTCTTCT---AGAGTTCCTGATCTTC-----------TGGTCTAAACGAACTAAATATTATAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGTGTTAAAAATCTGAACTCTTCTGAAGGAGTTCCTGATCTTC-----------TGGTCTAAACGAACTAACTATTA--- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CGTTCAGTCTATGTAAAATTCCAGGATAGTAAACCCCCTCTACCACCTGACGAGTGGGTTTAACGAACTCCTTCATA--- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGGCAGTTTTATGAGTTTTACAATGATGTAAAACCACCAGTCCTTGATGTGGATGACGTTTAGGTAATCCAAACATT--- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGCAGTTGTATAAGTCTTATAGTGAACAAGTTATACCACCCACTTCAGATTATTTAATCTA---AATCTAAACATT--- consensus/100% ssssssssssATssusssTsssss...sssussssssssssss...........sssssssA...AAssssssssTs... consensus/90% ssssssssssATssusssTsssss...sssussssssssssss...........sssssssA...AAssssssssTs... consensus/80% sGssssssssATssGsssTssssTGAsuuAussCCssssCTsC...........TuussTsAussAAsssAssssTs... consensus/70% sGssssssssATssGsssTssssTGAsuuAussCCssssCTsC...........TuussTsAussAAsssAssssTs... cov pid 32961 . . . 0 . . . . 33040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAGTTTTTCTGTTTGGAACTTTAATTTTAGCCATGGCAGATTCCAACGGTACTATT------------------ACCGTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTATTATTCTGTTTGGAACTTTAACATTGCTTATCATGGCAGACAACGGTACTATT------------------ACCGTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -----------------------------------ATGTCTAATATGACGCAACTC------------------ACTGAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -----------------------------------ATGAGTAGTAAAACTACACCAGCACCAGTTTATATCTGGACTGCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -----------------------------------ATG---AATAAATCTTTTCTTCCTCAATTT---------ACTTCT consensus/100% ...................................usu...sssAsssssssssss..................ACssss consensus/90% ...................................usu...sssAsssssssssss..................ACssss consensus/80% ...................................ATGsssuusAAsusTssssTs..................ACsGsT consensus/70% ...................................ATGsssuusAAsusTssssTs..................ACsGsT cov pid 33041 : . . . . 1 . . 33120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GAAGAGCTTAAAAAGCTCCTTGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTTACATGGATTTGTCTTCTACAATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GAGGAGCTTAAACAACTCCTGGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTAGCCTGGATTATGTTACTACAATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCGCAGATTATTGCCATTATTAAAGACTGGAACTTTGCATGGTCCCTGATCTTTCTCTTAATTACTATCGTACTACAGTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GATGAAGCTATTAAATTCCTAAAGGAATGGAATTTTTCTTTGGGTATTATACTACTTTTTATTACAATCATATTGCAATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GATCAAGCTGTTACATTCTTAAAAGAATGGAATTTCTCTTTGGGTGTAATACTACTTTTTATTACTATCATATTGCAGTT consensus/100% GsssAussTussssssTssTsuAusAsTGGAAssTssssssussssTssTssTsCTsssssssAssssssTssTuCAuTs consensus/90% GsssAussTussssssTssTsuAusAsTGGAAssTssssssussssTssTssTsCTsssssssAssssssTssTuCAuTs consensus/80% GAssAussTAssususTCsTsuAAsAATGGAAssTsssssTuGGTsTssTAsTsCTsssssssAsTATssTAsTuCAuTT consensus/70% GAssAussTAssususTCsTsuAAsAATGGAAssTsssssTuGGTsTssTAsTsCTsssssssAsTATssTAsTuCAuTT cov pid 33121 . . : . . . . 2 33200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGCCTATGCCAACAGGAATAGGTTTTTGTATATAATTAAGTTAATTTTCCTCTGGCTGTTATGGCCAGTAACTTTAGCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGCCTATTCTAATCGGAACAGGTTTTTGTACATAATAAAGCTTGTTTTCCTCTGGCTCTTGTGGCCAGTAACACTTGCTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGATACCCATCCCGTAGTATGACTGTCTATGTCTTTAAAATGTTTGTTTTATGGCTCCTATGGCCATCTTCCATGGCGC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGGATATACAAGTCGCAGTATGTTTGTTTATGTTATTAAGATGATTATTTTGTGGCTTATGTGGCCCCTTACTATAATCT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CGGTTATACGAGCCGTAGTATGTTTGTTTATCTTATCAAGATGATTATTCTTTGGCTTATGTGGCCATTGACTATCACCT consensus/100% sGssTAssCsssssGsAusAsGssTsTsTAssTssTsAAusTssTTsTssTsTGGCTssTuTGGCCsssssCssTsusss consensus/90% sGssTAssCsssssGsAusAsGssTsTsTAssTssTsAAusTssTTsTssTsTGGCTssTuTGGCCsssssCssTsusss consensus/80% TGssTATsCsAusCGsAuTAsGTTTsTsTATuTsATsAAGsTuuTTsTssTsTGGCTssTuTGGCCAsTsACssTsuCsT consensus/70% TGssTATsCsAusCGsAuTAsGTTTsTsTATuTsATsAAGsTuuTTsTssTsTGGCTssTuTGGCCAsTsACssTsuCsT cov pid 33201 . . . . : . . . 33280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTTTGTGCTTGCTGCTGTTTACAGAATAAATTGGATCACCGGTGGAATTGCTATCGCAATGGCTTGTCTTGTAGGCTTG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTTTTGTGCTTGCTGCTGTCTACAGAATTAATTGGGTGACTGGCGGGATTGCGATTGCAATGGCTTGTATTGTAGGCTTG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TATCAATATTTAGCGCCGTTTATCCAATTGATCTAGCTTCCCAGATAATCTCTGGCATTGTAGCAGCTGTTTCAGCTATG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAACTATTTTCAATTGCGTATACGCATTGAATAATGTGTATCTTGGCCTTTCTATAGTTTTTACCATAGTGGCCATTATT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGACTATATTTAATTGTTTTTATGCTTTGAATAATGCTTTTCTTGCATTTTCTATAGTGTTTACTATTATTTCTATTGTT consensus/100% sssssuTssTsussssssTsTAsssssTsuATsssussssssssusssTssCsussusssTsuCsssssTssssusssTs consensus/90% sssssuTssTsussssssTsTAsssssTsuATsssussssssssusssTssCsussusssTsuCsssssTssssusssTs consensus/80% ssssTuTusTTusTsssGTsTAsusAsTsAATsusGssssssssGsusTTsCTATsGsssTsuCsssTuTTsssusssTs consensus/70% ssssTuTusTTusTsssGTsTAsusAsTsAATsusGssssssssGsusTTsCTATsGsssTsuCsssTuTTsssusssTs cov pid 33281 . 3 . . . . : . 33360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGTGGCTCAGCTACTTCATTGCTTCTTTCAGACTGTTTGCGCGTACGCGTTCCATGTGGTCATTCAATCCAGAAACTAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATGTGGCTTAGCTACTTCGTTGCTTCCTTCAGGCTGTTTGCTCGTACCCGCTCAATGTGGTCATTCAACCCAGAAACAAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATGTGGATTTCCTACTTTGTGCAGAGTATCCGGCTGTTTATGAGAACTGGATCATGGTGGTCATTCAATCCTGAGACTAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATGTGGATTGTGTATTTTGTGAATAGTATCAGGTTGTTTATTAGAACTGGAAGTTTTTGGAGTTTCAACCCAGAAACAAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATATGGATTCTTTATTTTGTTAATAGTATTCGGCTTTTTATTAGAACTGGCAGTTGGTGGAGTTTTAATCCAGAGACCAA consensus/100% ATuTGGsTssssTAsTTsuTssssssssTssGusTsTTTusssGsACssGsssssssTGGsssTTsAAsCCsGAuACsAA consensus/90% ATuTGGsTssssTAsTTsuTssssssssTssGusTsTTTusssGsACssGsssssssTGGsssTTsAAsCCsGAuACsAA consensus/80% ATGTGGsTTsssTAsTTsGTsusTssTsTCsGGCTGTTTusssGsACssGssssssGTGGsssTTCAAsCCAGAuACsAA consensus/70% ATGTGGsTTsssTAsTTsGTsusTssTsTCsGGCTGTTTusssGsACssGssssssGTGGsssTTCAAsCCAGAuACsAA cov pid 33361 . . . 4 . . . . 33440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CATTCTTCTCAACGTGCCACTCCATGGCACTATTCTGACCAGACCGCTTCTAGAAAGTGAACTCGTAATCGGAGCTGTGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CATTCTTCTCAATGTGCCTCTCCGGGGGACAATTGTGACCAGACCGCTCATGGAAAGTGAACTTGTCATTGGTGCTGTGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGCCTTTTGAACGTTCCATTTGGTGGTACAACTGTCGTACGTCCACTCGTAGAGGACTCTACCAGTGTAACTGCTGTTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAACTTGATGTGTATAGATATGAAAGGAACAATGTATGTTAGGCCGATAATTGAGGACTATCATACTCTGACGGTCACAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAATCTTATGTGTATTGATATGAAAGGCAAGATGTTTGTTAGGCCAGTTATTGAGGACTATCACACATTAACTGCTACTG consensus/100% sssssTssTssusuTsssssTssusGGsAssAsssssusssGsCCusTssTsGAuuusssssssusssTsussGssussu consensus/90% sssssTssTssusuTsssssTssusGGsAssAsssssusssGsCCusTssTsGAuuusssssssusssTsussGssussu consensus/80% sAssCTTsTssusuTsssssTssusGGsACuATssTsussAGuCCusTsuTsGAuuussAsCssusssTsussGCTussu consensus/70% sAssCTTsTssusuTsssssTssusGGsACuATssTsussAGuCCusTsuTsGAuuussAsCssusssTsussGCTussu cov pid 33441 : . . . . 5 . . 33520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCCTTCGTGGACATCTTCGTATTGCTGGACACCATCTAGG---ACGCTGTGACATCAAGGACCTGCCTAAAGAAATCACT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCATTCGTGGTCACTTGCGAATGGCCGGACACTCCCTAGG---GCGCTGTGACATTAAGGACCTGCCAAAAGAGATCACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TAACCAATGGCCACCTCAAAATGGCTGGCATGCATTTCGG---TGCTTGTGACTACGACAGACTTCCTAATGAAGTCACC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAATACGCGGCCATCTTTACATTCAAGGTATAAAACTAGGTACTGGCTATTCTTTGGCAGATTTGCCAGCTTATATGACT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTATTCGTGGTCATCTTTATATACAGGGTGTCAAACTTGGCACTGGTTATACTCTTTCAGATTTGCCCGTATATGTTACT consensus/100% TsssssusGGsCAssTssusATssssGGssssssssTsGG...ssssTuTsssssssssuussTsCCsusssAsuTsACs consensus/90% TsssssusGGsCAssTssusATssssGGssssssssTsGG...ssssTuTsssssssssuussTsCCsusssAsuTsACs consensus/80% TsATsCGTGGsCAsCTssusATssssGGsssssAsCTsGG...ssGsTuTusssTsusuGAssTGCCsusssAsuTsACT consensus/70% TsATsCGTGGsCAsCTssusATssssGGsssssAsCTsGG...ssGsTuTusssTsusuGAssTGCCsusssAsuTsACT cov pid 33521 . . : . . . . 6 33600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTTGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTGGGAGCTTCGCAGCGTGTAGCAGGTGACTCAGGTTTTGCTGCATA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTGGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTAGGAGCGTCGCAGCGTGTAGGCACTGATTCAGGTTTTGCTGCATA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGGCCAAACCCAATGTGCTGATTGCTTTAAAAATGGTGAAGCGGCAAAGCTACGGAACTAATTCCGGCGTTGCCATTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTTGCTAAGGTTACACACCTGTGCACATATAAGCGTGGTTTTCTTGACAGGATAAGCGATACTAGTGGTTTTGCTGTTTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTAGCTAAGGTGCAAGTACTTTGTACCTATAAACGTGCCTTTTTAGATAAGTTAGATGTTAATAGTGGTTTTGCTGTTTT consensus/100% GTsGCsAsusssssssssCTsssssssTssAAusssGsssssssssAssussssussusTusssssGGssTTGCsussTs consensus/90% GTsGCsAsusssssssssCTsssssssTssAAusssGsssssssssAssussssussusTusssssGGssTTGCsussTs consensus/80% GTsGCTAsussssuAusuCTsTsTsssTAsAAAsssGsssssssusAssGssTAGususTuATsssGGTTTTGCTGssTA consensus/70% GTsGCTAsussssuAusuCTsTsTsssTAsAAAsssGsssssssusAssGssTAGususTuATsssGGTTTTGCTGssTA cov pid 33601 . . . . : . . . 33680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAGTCGCTACAGGATTGGCAACTATAAATTAAACACAGACCATTCCAGTAGCAGTGACAATATTGCTTTGCTTGTACAGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAACCGCTACCGTATTGGAAACTATAAATTAAATACAGACCACGCCGGTAGCAACGACAATATTGCTTTGCTAGTACAGT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCATAGATATAAGGCAGGTAATTACAG----------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGTTAAGTCCAAAGTCGGTAATTACCGACTGCCATCAACCCAAAAGGGTTCTGGCATGGACACCGCATTGTTGAGAAATA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGTTAAGTCTAAAGTTGGTAACTATCGTTTACCGTCTAGTAAACCTAG---TGGTATGGATACTGCCTTGTTAAGAGCTT consensus/100% sssssusTsssusussGGsAAsTAssu..................................................... consensus/90% sssssusTsssusussGGsAAsTAssu..................................................... consensus/80% susTsusTssAuuuTsGGsAAsTAssussTussssCsusssAssssuG...suusussuAsAssGCsTTGsTsusAssss consensus/70% susTsusTssAuuuTsGGsAAsTAssussTussssCsusssAssssuG...suusussuAsAssGCsTTGsTsusAssss cov pid 33681 . 7 . . . . : . 33760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAGTGACAACAGATGTTTCATCTCGTTGACTTTCAGGTTACTATAGCAGAGATATTACTAATTATTATGAGGACTTTTAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAGTGACAACAGATGTTTCATCTTGTTGACTTCCAGGTTACAATAGCAGAGATATTGATTATCATTATGAGGACTTTCAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ATATCTAAATTTT------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% AAATCTAAACTAT------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% AsuTsssAAssss................................................................... consensus/70% AsuTsssAAssss................................................................... cov pid 33761 . . . 8 . . . . 33840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGTTTCCATTTGGAATCTTGATTACATCATAAACCTCATAATTAAAAATTTATCTAAGTCACTAACTGAGAATAAATATT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GATTGCTATTTGGAATCTTGACGTTATAATAAGTTCAATAGTGAGACAATTATTTAAGCCTCTAACTAAGAAGAATTATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ---------------------------------------------------GAGTCCGCCTATTACGGCGGATATTGAAC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ---------------------------------------------------AAGGATGTCTTTTACTCCTGGTAAGCAAT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---------------------------------------------------TAGGATGTCTTATACTCCCGGTCATTATG consensus/100% ...................................................ssssssGsCssssACssssuusssssAss consensus/90% ...................................................ssssssGsCssssACssssuusssssAss consensus/80% ...................................................usssAsGsCTsTsACTsssuuTAAssAss consensus/70% ...................................................usssAsGsCTsTsACTsssuuTAAssAss cov pid 33841 : . . . . 9 . . 33920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTCAATTAGATGAAGAGCAACCAATGGAGATTGATT-------AAACGAACATGAAAATTATTCTTTTCTTGGCACTGAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGGAGTTAGATGATGAAGAACCTATGGAGTTAGATTATCCATAAAACGAACATGAAAATTATTCTCTTCCTGACATTGAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTGCATTGCTTCGAGCTTAGGCTCTTTAGTAAGAGT-------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% C-----CAGTAGTAGAGCGTCCTCTGGAAATCGTTC-------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% C-----TGGAAGTAGAAGCTCCTCTGGAAATCGTTC-------------------------------------------- consensus/100% s.....sussssssGssssssCssTssAusssGsss............................................ consensus/90% s.....sussssssGssssssCssTssAusssGsss............................................ consensus/80% C.....TuGssGsAGAususCCTsTGGAusTsGsTs............................................ consensus/70% C.....TuGssGsAGAususCCTsTGGAusTsGsTs............................................ cov pid 33921 . . : . . . . 0 34000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACACTCGCTACTTGTGAGCTTTATCACTACCAAGAGTGTGTTAGAGGTACAACAGTACTTTTAAAAGAACCTTGCTCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTATTTACATCTTGCGAGCTATATCACTATCAGGAGTGTGTTAGAGGTACGACTGTACTACTAAAAGAACCTTGCCCAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34001 . . . . : . . . 34080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTGGAACATACGAGGGCAATTCACCATTTCATCCTCTAGCTGATAACAAATTTGCACTGACTTGCTTTAGCACTCAATTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAGGAACATACGAGGGCAATTCACCATTTCACCCTCTTGCTGACAATAAATTTGCACTAACTTGCACTAGCACACACTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34081 . 1 . . . . : . 34160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCTTTTGCTTGTCCTGACGGCGTAAAACACGTCTATCAGTTACGTGCCAGATCAGTTTCACCTAAACTGTTCATCAGACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCTTTTGCTTGTGCTGACGGTACTCGACATACCTATCAGCTGCGTGCAAGATCAGTTTCACCAAAACTTTTCATCAGACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34161 . . . 2 . . . . 34240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGAGGAAGTT---CAAGAACTTTACTCTCCAATTTTTCTTATTGTTGCGGCAATAGTGTTTATAACACTTTGCTTCACAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGAGGAGGTTCAACAAGAGCTCTACTCGCCACTTTTTCTCATTGTTGCTGCTCTAGTATTTTTAATACTTTGCTTCACCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34241 : . . . . 3 . . 34320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCAAAAGAAAGACAGAATGATTGAACTTTCATTAATTGACTTCTATTTGTGCTTTTTAGCCTTTCTGCTATTCCTTGTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TTAAGAGAAAGACAGAATGAATGAGCTCACTTTAATTGACTTCTATTTGTGCTTTTTAGCCTTTCTGCTATTCCTTGTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34321 . . : . . . . 4 34400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TAATTATGCTTATTATCTTTTGGTTCTCACTTGAACTGCAAGATCATAATGAAACTTGTCAC---GCCTAAACGAACATG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TAATAATGCTTATTATATTTTGGTTTTCACTCGAAATCCAGGATCTAGAAGAACCTTGTACCAAAGTCTAAACGAACATG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34401 . . . . : . . . 34480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAATTTCTTGTTTTCTTAGGAATCATCAC-AACTGTAGCTGCATTTCACCAAGAATGTAGTTTACAGTCATGTACTCAAC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAACTTCTCATTGTTTTGACTTGTATTTCTCTATGCAGTTGCATATGCACTGTAG-------TACAGCGCTGTGCATCTA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34481 . 5 . . . . : . 34560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATCAACCATATGTAGTTGATGACCCGTGTCCTATTCACTTCTA------------------------------------- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ATAAACCTCATGTGCTTGAAGATCCTTGTAAGGTACAACACTAGGGGTAATACTTATAGCACTGCTTGGCTTTGTGCTCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34561 . . . 6 . . . . 34640 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ------------------TTCTAAATGGTATATTAGAGTAGGAGCTAGAAAATCAGCACCTTTAATTGAATTGTGCGTGG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGGAAAGGTTTTACCTTTTCATAGATGGCACACTATGGTTCAAACATGCACACC-------------------------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34641 : . . . . 7 . . 34720 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ATGAGGCTGGTTCTAAATCACCCATTCAGTACATCGATATCGGTAATTATACAGTTTCCTGTTTACCTTTTACAATTAAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ----------------------------------------------------------------TAATGTTACTATCAAC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34721 . . : . . . . 8 34800 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGCCAGGAACCTAAATTGGGTAGTCTTGTAGTGCGTTGTTCGTTCTATGAAGACTTTTTAGAGTATCATGACGTTCGTGT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TGTCAAGATCCAGCTGGTGGTGCGCTTATAGCTAGGTGTTGGTACCTTCATGAAGGTCACCAAACTGCTGCATTTAGAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -------------------------------------------------------------------------------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------------------------------------------- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% -------------------------------------------------------------------------------- consensus/100% ................................................................................ consensus/90% ................................................................................ consensus/80% ................................................................................ consensus/70% ................................................................................ cov pid 34801 . . . . : . . . 34880 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TGTTTTAG--ATTTCATCTAAACGAACAAACTAAAATGTCTGATAATGGA--CCCCA---AAATCAGCGAAATGCACCCC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CGTACTTGTTGTTTTAAATAAACGAACAAATTAAAATGTCTGATAATGGA--CCCCAATCAAACCAACGTAGTGCCCCCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% -----------------------------ATCTTAATTGATTTTAACGAA--TCTCAATTTCATTGTTATGGCATCCCCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ----------------------------------------TGGTAATGGCATCCTCAAGTGGGCCGATCAGTCCGACCAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ----------------------------------------------AGGAATCCTCAAGAAAACTTCTTGGGCTGACCAA consensus/100% ..............................................sGus..sCsCA...ssusssssssusssssCCss consensus/90% ..............................................sGus..sCsCA...ssusssssssusssssCCss consensus/80% ........................................TssTAAsGGA..CCsCAAssuuAssussssuussssCCss consensus/70% ........................................TssTAAsGGA..CCsCAAssuuAssussssuussssCCss cov pid 34881 . 9 . . . . : . 34960 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GCATTACGTT-TGGTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAGTAACCAGAATGGAGAACGCAGTGGGGCGCGATCAAAACAACG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GCATTACATT-TGGTGGACCCACAGATTCAACTGACAATAACCAGAATGGAGGACGCAATGGGGCAAGGCCAAAACAGCG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GCTGCACCTCGTGCTGTTTCCTTTGCCGATAACAATGATATAACAAATACAAACCTATCTCGAGGTAGAGGACGTAATCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTT---AGAAATGTTCAAACC---------AGGGGTAGAAGAGCTCAACCCAAGCAAACTGCTACCTCTCAGCAACCATC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TCTGAGCGAAATTACCAAACCTTTAAT---AGAGGCAGAAAAACCCAACCTAAATTCACTGTGTCTACTCAACCACA--- consensus/100% sss...ssss.TsssssssCC.........AssuusuusAssssssAssssuussssssTsssssssssssusssss... consensus/90% sss...ssss.TsssssssCC.........AssuusuusAssssssAssssuussssssTsssssssssssusssss... consensus/80% sCsssuCuss.TGsTsuAsCCsssuss...AssGusAusAusssssAssssuAuCssAsTGsuuCssssssAsuACAsss consensus/70% sCsssuCuss.TGsTsuAsCCsssuss...AssGusAusAusssssAssssuAuCssAsTGsuuCssssssAsuACAsss cov pid 34961 . . . 0 . . . . 35040 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACCGCTCTCACTCAACATGGCAAGG---AAGACCTTAAAT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCGACCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACAGCTCTCACTCAGCATGGCAAGG---AGGAACTTAGAT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAAACCACGAGCTGCACCAAATAACACTGTCTCTTGGTACACTGGGCTTACCCAACACGGGAAAG---TCCCTCTTACCT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AGGAGGGAATGTTGTACCCTACTAT------TCTTGGTTCTCTGGAATTACTCAGTTTCAAAAGGGAAAGGAGTTTGAGT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---AGGAAATACTATCCCACATTAT------TCCTGGTTCTCCGGGATCACTCAATTTCAAAAAGGTAGAGACTTTAAAT consensus/100% ...ussssususTsssCCssAssAs......TCsTGGTsCsCsGsssTsACsCAussssusAAuG...ssssssTTussT consensus/90% ...ussssususTsssCCssAssAs......TCsTGGTsCsCsGsssTsACsCAussssusAAuG...ssssssTTussT consensus/80% ssuAssssAsGsTsTACCssATsAT......TCTTGGTTCsCsGsssTsACTCAussTsusAAuG...uuGAssTTAuuT consensus/70% ssuAssssAsGsTsTACCssATsAT......TCTTGGTTCsCsGsssTsACTCAussTsusAAuG...uuGAssTTAuuT cov pid 35041 : . . . . 1 . . 35120 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TCCCTCGAGGACAAGGCGTTCCAATTAACACCAATAGCAGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCAGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCCCTCGAGGCCAGGGCGTTCCAATCAACACCAATAGTGGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCCGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTCCACCTGGGCAGGGTGTACCTCTTAATGCCAATTCTACCCCTGCGCAAAATGCTGGGTATTGGCGGAGACAGGACAGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TTGTAGAAGGACAAGGTGTGCCTATTGCACCAGGAGTCCCAGCTACTGAAGCTAAGGGGTACTGGTACAGACACAACAGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTCAGATGGTCAAGGAGTTCCCATTGCTTTCGGAGTACCCCCTTCTGAAGCAAAAGGATATTGGTATAGACACAGCCGG consensus/100% TsssssssGGsCAuGGsGTsCCssTsusssssuussssssssCsssssAssssussGGsTAsTussusAGAsssusCsGu consensus/90% TsssssssGGsCAuGGsGTsCCssTsusssssuussssssssCsssssAssssussGGsTAsTussusAGAsssusCsGu consensus/80% TssCssusGGsCAuGGsGTsCCsATTusssCCuususssssCCsusTGAssssAssGGsTAsTussusAGAsssAsCsGA consensus/70% TssCssusGGsCAuGGsGTsCCsATTusssCCuususssssCCsusTGAssssAssGGsTAsTussusAGAsssAsCsGA cov pid 35121 . . : . . . . 2 35200 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CG---AATTCGTGGTGGTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTACCTAGGAACTGGGCCAGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CG---AGTTCGTGGTGGTGACGGCAAAATGAAAGAGCTCAGCCCCAGATGGTACTTCTATTACCTAGGAACTGGCCCAGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AA---AATTAATACCGGGAATGG---AATTAAGCAACTGGCTCCCAGGTGGTACTTCTACTACACTGGAACTGGACCCGA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CGTTCTTTTAAAACAGCCGATGGCAACCAGCGTCAACTGCTGCCACGATGGTATTTTTACTATCTGGGAACAGGACCGCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CGTTCTTTTAAAACAGCTGATGGTCAACAAAAGCAGTTGTTACCGAGATGGTATTTCTACTATCTCGGTACCGGCCCATA consensus/100% su...ssTTsusussGssuAsGG...sssssussAssTssssCCssGuTGGTAsTTsTAsTAssssGGsACsGGsCCssA consensus/90% su...ssTTsusussGssuAsGG...sssssussAssTssssCCssGuTGGTAsTTsTAsTAssssGGsACsGGsCCssA consensus/80% CG...ssTTsusussGssGAsGGssAAssuAAusAuCTssssCCsAGATGGTAsTTCTACTAsCTsGGAACsGGsCCusA consensus/70% CG...ssTTsusussGssGAsGGssAAssuAAusAuCTssssCCsAGATGGTAsTTCTACTAsCTsGGAACsGGsCCusA cov pid 35201 . . . . : . . . 35280 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGCTGGACTTCCCTATGGTGCTAACAAAGACGGCATCATATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCAAAAGATC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGCTTCACTTCCCTACGGCGCTAACAAAGAAGGCATCGTATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCCAAAGACC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGCAGCACTCCCATTCCGGGCTGTTAAGGATGGCATCGTTTGGGTCCATGAAGATGGCGCCACTGATGCTCCTTCAACTT 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGCTAAAGACCAGTACGGCACCGATATTGACGGAGTCTACTGGGTCGCTAGCAACCAGGCTGATGTCAATACCCCGGCTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGCCAATGCATCCTATGGTGAATCCCTCGAAGGGGTCTTCTGGGTTGCTAATCACCAAGCTGACACTTCTACTCCCTCCG consensus/100% sGCssssssssssTsssGsussssssssGAsGGsuTCsssTGGGTssssusssAssusGCssssussssssCssssssss consensus/90% sGCssssssssssTsssGsussssssssGAsGGsuTCsssTGGGTssssusssAssusGCssssussssssCssssssss consensus/80% sGCsusAsssCCsTAsGGsGCsussAssGAsGGsuTCsTsTGGGTsGCsAssuAssuuGCssssusTuCssCsssuusss consensus/70% sGCsusAsssCCsTAsGGsGCsussAssGAsGGsuTCsTsTGGGTsGCsAssuAssuuGCssssusTuCssCsssuusss cov pid 35281 . 3 . . . . : . 35360 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% ACATTGGCACCCGCAATCCTGCTAACAATGCTGCAATCGTGCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ACATTGGCACCCGCAATCCTAATAACAATGCTGCCACCGTGCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ---TTGGGACGCGGAACCCTAACAATGATTCAGCTATTGTTACACAATTCGCGCCCGGTACTAAGCTTCCTAAAAACTTC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACATTGTCGATCGGGACCCAAGTAGCGATGAGGCTATTCCGACTAGGTTTCCGCCTGGCACGGTACTCCCTCAGGGTTAC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATGTTTCGTCAAGGGATCCTACTACTCAAGAAGCTATCCCTACTAGGTTTCCGCCTGGTACGATTTTGCCTCAAGGCTAT consensus/100% ...TTsssssssGsuAsCCsussAsssAssssGCsAsssssssssuusTssCsCssGGsACsusssTsCCssAuuusTss consensus/90% ...TTsssssssGsuAsCCsussAsssAssssGCsAsssssssssuusTssCsCssGGsACsusssTsCCssAuuusTss consensus/80% AsuTTGssuCsCGsuAsCCTAsTAusuATGssGCsATssssssssuusTTCCsCssGGsACuAsusTsCCssAAGGCTsC consensus/70% AsuTTGssuCsCGsuAsCCTAsTAusuATGssGCsATssssssssuusTTCCsCssGGsACuAsusTsCCssAAGGCTsC cov pid 35361 . . . 4 . . . . 35440 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TACGCAGAAGGGAGCAGAGGC---------GGCAGTCAAGCCTCTTCTCGTTCCTCATCACGTAGTCGCAACAGTTCAAG 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TACGCAGAGGGAAGCAGAGGC---------GGCAGTCAAGCCTCTTCTCGCTCCTCATCACGTAGTCGCGGTAATTCAAG 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CACATTGAGGGGACTGGAGGC---------AATAGTCAATCATCTTCAAGAGCCTCTAGCTTAAGCAGAAACTCTTCCAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TATATTGAAGGCTCAGGAAGGTCTGCTCCTAATTCCAGATCTACTTCGCGCACATCCAGCAGAGCCTCTAGTGCAGGATC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATGTTGAAGGCTCAGGAAGGTCTGCTTCTAATAGTCGACCAGGTTCACGTTCTCAATCACGTGGACCCAATAATCGTTC consensus/100% sAsussGAuGGssssuGAuGs.........uusssssuAsCsssTTCssGssCssssssssssusssssuusssssssss consensus/90% sAsussGAuGGssssuGAuGs.........uusssssuAsCsssTTCssGssCssssssssssusssssuusssssssss consensus/80% TAsussGAuGGssssuGAuGs.........uusAGTCuAsCssCTTCsCGssCsTCsssssGsuGssssAususTsssss consensus/70% TAsussGAuGGssssuGAuGs.........uusAGTCuAsCssCTTCsCGssCsTCsssssGsuGssssAususTsssss cov pid 35441 : . . . . 5 . . 35520 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAATTCAACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAACTTCT---------CCTGCTAGAATGGCTGGCAATGGCGGTGATGCTGCTC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AAATTCAACTCCTGGCAGCAGTAGGGGAAATTCT---------CCTGCTCGAATGGCTAGCGGAGGTGGTGAAACTGCCC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATCTAGTTCACAAGGTTCAAGATCAGGAAACTCTACCCGCGGCACTTCTCCAGGTCCATCTGGAATCGGAGCAGTAGGAG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCGTAGTAGAGCCAATTCTGGCAATAGAACCCCT---------ACCTCTGGTGTAACACCTGACATGGCTGATCAAATTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTAAGTAGAAGTAATTCTAATTTTAGACATTCA---------GATTCTATAGTAAAACCTGATATGGCTGATGAGATCG consensus/100% ussssssssssssuussssuussssuGAssssCs.........ssssCTsssussssssssuusussGssGsssssusss consensus/90% ussssssssssssuussssuussssuGAssssCs.........ssssCTsssussssssssuusussGssGsssssusss consensus/80% AssTsssAsssssuussssAGssssuGAAssTCT.........sCTsCTssAuTuuCssssGusussGsTGAsussusss consensus/70% AssTsssAsssssuussssAGssssuGAAssTCT.........sCTsCTssAuTuuCssssGusussGsTGAsussusss cov pid 35521 . . : . . . . 6 35600 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% TTGCTTTGCTGCTGCTTGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAATGTCTGGTAAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% TCGCGCTATTGCTGCTAGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAGTTTCTGGTAAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% GTGATCTACTTTACCTTGATCTTCTGAACAGACTACAAGCCCTTGAGTCTGGCAAAGTAAAGCAATCGCAGCCAAAAGTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CTAGTCTTGTTCTGGCAAAACTTGGCAA------GGATGCCACTAAACCTCAGCAAGTAACTAAGCATACTGCCAAAGAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTAATCTTGTTTTAGCCAAGCTTGGTAA------AGATT---CTAAACCTCAGCAAGTCACTAAGCAAAATGCCAAGGAA consensus/100% ssusssTssTsssssssuAsssssssAA......ssAss...ssusssCTsussAAGssssssAussssssssssAuuss consensus/90% ssusssTssTsssssssuAsssssssAA......ssAss...ssusssCTsussAAGssssssAussssssssssAuuss consensus/80% sTusTCTssTssTusssuAsssssssAA......sGAsusCsssususCTsussAAGssssssAuCAusAsGsCsAAuss consensus/70% sTusTCTssTssTusssuAsssssssAA......sGAsusCsssususCTsussAAGssssssAuCAusAsGsCsAAuss cov pid 35601 . . . . : . . . 35680 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GTCACTAAGAAATCTGCTGCTGAGGCTTCTAAGAAGCCTCGGCAAAAACGTACTGCCACTAAAGCATACAATGTAACACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GTCACTAAGAAATCTGCTGCTGAGGCATCTAAAAAGCCTCGCCAAAAACGTACTGCCACAAAACAGTACAACGTCACTCA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ATCACTAAGAAAGATGCTGCTGCTGCTAAAAATAAGATGCGCCACAAGCGCACTTCCACCAAAAGTTTCAACATGGTGCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTCAGACAGAAAATT------------TTGAATAAGCCCCGCCAGAAGAGGAGCCCCAATAAACAATGCACTGTTCAGCA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATCAGGCATAAAATT------------TTAACAAAACCTCGCCAAAAGCGAACTCCTAATAAACATTGTAATGTTCAACA consensus/100% uTCAsssAsAAAssT............sssAssAAusssCGsCAsAAusGsAsssCsAssAAAsssTssAssuTssssCA consensus/90% uTCAsssAsAAAssT............sssAssAAusssCGsCAsAAusGsAsssCsAssAAAsssTssAssuTssssCA consensus/80% uTCAsssAGAAAssT............TssAAsAAGCCsCGCCAuAAuCGsACTsCCAssAAAsusTuCAAsGTsssuCA consensus/70% uTCAsssAGAAAssT............TssAAsAAGCCsCGCCAuAAuCGsACTsCCAssAAAsusTuCAAsGTsssuCA cov pid 35681 . 7 . . . . : . 35760 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AGCTTTCGGCAGACGTGGTCCAGAACAAACCCAAGGAAATTTTGGGGACCAGGAACTAATCAGACAAGGAACTGATTACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AGCATTTGGGAGACGTGGTCCAGAACAAACCCAAGGAAATTTCGGGGACCAAGACCTAATCAGACAAGGAACTGATTACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AGCTTTTGGTCTTCGCGGACCAGGAGACCTCCAGGGAAACTTTGGTGATCTTCAATTGAATAAACTCGGCACTGAGGACC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTGTTTTGGTAAGAGAGGCCCTAATCA---------GAATTTTGGTGGTGGAGAAATGTTAAAACTTGGAACTAGTGACC 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GTGTTTTGGTAAAAGAGGACCTTCTCA---------AAATTTTGGTAATGCTGAAATGTTAAAGCTTGGTACTAATGATC consensus/100% usssTTsGGsssssGsGGsCCsssssA.........uAAsTTsGGsuusssssAssTusssAuuCssGGsACTuussAss consensus/90% usssTTsGGsssssGsGGsCCsssssA.........uAAsTTsGGsuusssssAssTusssAuuCssGGsACTuussAss consensus/80% ussTTTTGGsAuusGsGGsCCsuusCA.........AAATTTTGGsGAssssGAAsTusTsAuACssGGsACTuATsACs consensus/70% ussTTTTGGsAuusGsGGsCCsuusCA.........AAATTTTGGsGAssssGAAsTusTsAuACssGGsACTuATsACs cov pid 35761 . . . 8 . . . . 35840 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAGCGTTCTTCGGAATGTCGCGCATTGGCATGGAAGTCACA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCTCCAAGTGCCTCTGCATTCTTTGGAATGTCACGCATTGGCATGGAAGTCACA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CACGTTGGCCCCAAATTGCTGAGCTTGCTCCTACAGCCAGTGCTTTTATGGGTATGTCGCAATTT--------AAACTTA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CACAGTTCCCCATTCTTGCAGAACTCGCACCCACAGCTGGTGCGTTTTTCTTTGGATCAAGATTAGAGTTGGCCAAAGTG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% CTCAGTTTCCTATTCTTGCAGAATTAGCTCCTACACCAGGTGCTTTTTTCTTTGGTTCTAAATTAGACTTGGTTAAAAGA consensus/100% ssCusTssCCsssssTTGCssAusTsGCsCCsAsssCssssGCsTTssTssssussTCssussTs........sussssu consensus/90% ssCusTssCCsssssTTGCssAusTsGCsCCsAsssCssssGCsTTssTssssussTCssussTs........sussssu consensus/80% sACAsTssCCsssssTTGCAsAAsTsGCsCCsAssGCsssTGCsTTsTTssssusuTCusussTsGussTGGssussusA consensus/70% sACAsTssCCsssssTTGCAsAAsTsGCsCCsAssGCsssTGCsTTsTTssssusuTCusussTsGussTGGssussusA cov pid 35841 : . . . . 9 . . 35920 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCTT-------CGGGAACGTGGTTGACC--------------------------TACACAGGTGCCATCAAATTGGATGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCTT-------CGGGAACATGGCTGACT--------------------------TATCATGGAGCCATTAAATTGGATGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CCCA-------TCAGAACAATGATGATCATGGCAACCCTGTGTACTTCCTTCGGTACAGTGGAGCCATTAAACTTGACCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGAATTTATCTGGGAATCCTGACGAGCCCCAGAAGGATGTTTATGAATTGCGCTATAACGGCGCAATTAGGTTTGACAG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% GA---------TTCCGAGGCTGACTCACCTGTTAAAGATGTTTTTGAACTTCATTATTCTGGTTCTATTAGGTTTGATAG consensus/100% ss.........ssssuAssssGssssss..........................TAssssGGssCsATsAuusTsGAsss consensus/90% ss.........ssssuAssssGssssss..........................TAssssGGssCsATsAuusTsGAsss consensus/80% Csss.......ssuGAAsussGssGAsC..........................TAssssGGsGCsATTAuuTTsGAsuu consensus/70% Csss.......ssuGAAsussGssGAsC..........................TAssssGGsGCsATTAuuTTsGAsuu cov pid 35921 . . : . . . . 0 36000 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CAAAGATCCAAATTTCAAAGATCAAGTCATTTTGCTGAATAAGCATATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGC 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CAAAGATCCACAATTCAAAGACAACGTCATACTGCTGAACAAGCACATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGC 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AAAGAATCCCAACTACAATAAGTGGTTGGAGCTTCTTGAGCAAAATATTGATGCCTACAAAACCTTC------------C 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TACACTTTCAGGTTTTGAGACCATAATGAAGGTGCTGAATGAGAATTTGAATGCCTA---------TCAACAACAAGATG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TACTTTACCAGGCTTTGAGACAATTATGAAAGTTCTTGAAGAGAATTTAAATGCTTACGTTAATTCTAATCAGAACACTG consensus/100% sAssssssCssusTssuAsussssssTsusssTsCTsuAssAusAssTsuAsGCsTA.........s............s consensus/90% sAssssssCssusTssuAsussssssTsusssTsCTsuAssAusAssTsuAsGCsTA.........s............s consensus/80% sAsussTCCAuusTTsuAuusssssuTsAsusTsCTsuAsuAGsATsTsuAsGCsTACussAssTsssssCsusssusss consensus/70% sAsussTCCAuusTTsuAuusssssuTsAsusTsCTsuAsuAGsATsTsuAsGCsTACussAssTsssssCsusssusss cov pid 36001 . . . . : . . . 36080 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTAAAAAGGACAAAAAGAAGAAGGCTGATGAAACTCAAGCCTTACCGCAGAGACAGAAGAAACAGCAAACTGTGACTCTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTAAAAAGGACAAAAAGAAAAAGACTGATGAAGCTCAGCCTTTGCCGCAGAGACAAAAGAAGCAGCCCACTGTGACTCTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CTAAGAAGGAAAAGAAACAAAAG-----------------------GCACCAAAAGAAGAATCAACAGACCAAATGTCTG 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GTATGATGAATATGAGTCCAAAACCACAGCGTCAGCGTGGTCATAAGAATGGACAAGGAGAAAATGATAATATAAGTGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ATTCTGATTCGTTGAGTTCTAAACCTCAGCGTAAAAGAGGTGTTAAACAATTACCAGAACAGTTTGACTCTCTTA--ATT consensus/100% sTsssusssssssuAussssAAu.......................usAsssAssuuuusAssssssssssssss..sTs consensus/90% sTsssusssssssuAussssAAu.......................usAsssAssuuuusAssssssssssssss..sTs consensus/80% sTAsuAAGuAsAsuAusssuAAusCssAssusssssusssssssssGCAssuACAuuAuuAusAssAsACTuTuAsTsTT consensus/70% sTAsuAAGuAsAsuAusssuAAusCssAssusssssusssssssssGCAssuACAuuAuuAusAssAsACTuTuAsTsTT cov pid 36081 . 1 . . . . : . 36160 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CTTC----------CTGCTGCAGATTTG----------GATGATTTCTCCAAACAATTGCAACAATCCATGAGCAG---- 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CTTC----------CTGCGGCTGACATG----------GATGATTTCTCCAGACAACTTCAAAATTCCATGAGTGGAGCT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% AACCTCCAAAGGAGCAGCGTGTGCAAGG----------TAGCATCACTCAGCGCACTCGCACCCGTCCAAGTGTTCAGCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% GCAGTGCCCAAAAGCCGCGTGCAGCAAAATAAGAGTAGAGAGTTGACTGCAGAGGACATCAGCCTTCTTAAGAAGATGGA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TAAGTGCTGGTACTCAGCACATTTCAAA----------TGATTTTACTCCTGAGGATCATAGTTTACTTGCTACTCTTGA consensus/100% ssss..........CsGCsssssssssu..........susssTssCTssssususssssAsssssCsssssusss.... consensus/90% ssss..........CsGCsssssssssu..........susssTssCTssssususssssAsssssCsssssusss.... consensus/80% ssss..........CsGCusssussAsu..........susssTssCTCCuuAsuAsssCAusssTCsssususssssss consensus/70% ssss..........CsGCusssussAsu..........susssTssCTCCuuAsuAsssCAusssTCsssususssssss cov pid 36161 . . . 2 . . . . 36240 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% -----TGCTGACTCAACTCAGGCCTAA--ACTCATGCAGACCACACAAGGCAGATGGGCTATATAAACGTTTTCGCTTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% ---TCTGCTGATTCAACTCAGGCATAAACACTCATGATGACCACACAAGGCAGATGGGCTATGTAAACGTTTTCGCAATT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGGTCCAATGATTGATGTTAACACTGATTAGTGTCACTCAAAGTAACAAGATCGCGGCAATCGTTTGTGTTTGGCAACCC 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TGAGCCCTATACTGAAGACACCTCAGA------AATATAAGAGAATGAACCTTATGTCGGCATCTGGTGGTAACCCCTCG 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TGATCCTTATGTAGAAGACTCTGTTG--------CTTAATGAGAATGAATCCTAATTCGACACTAGGTGGTAACCCCTCG consensus/100% .....sssssusssAssssssssssu........ssssssssusAssAussssussssssssssssusGsTsssssssss consensus/90% .....sssssusssAssssssssssu........ssssssssusAssAussssussssssssssssusGsTsssssssss consensus/80% ...sCsssssAsTsAAssCAssssTuA......sssssuAssusAsuAusCssAsGsssssssTsuusGsTssCsCssss consensus/70% ...sCsssssAsTsAAssCAssssTuA......sssssuAssusAsuAusCssAsGsssssssTsuusGsTssCsCssss cov pid 36241 : . . . . 3 . . 36320 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% CCGTTTACGATATATAGTCTACTCTTGTGCAGAATGAAT-TCTCGTAACTA-CATAGCACAAGTAGATGTAGTTAACTTT 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% CCGTTTACGATACATAGTCTACTCTTGTGCAGAATGAAT-TCTCGTAACTA-AACAGCACAAGTAGGTTTAGTTAACTTT 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% CATCTCACCATCGCTTGTCCACTCTTGCACAGAATGGAA-TCATGTTGTAATTACAGTGCAATAAGGTAATTATAACCCA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% CAGAAAAGTCGAGATAAGGCACTCTCTATCAGAATGGATGTCTTGCTGCTATAATAGATAGAGAAGGTTATAGCAGACTA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% C-TATTATTCGGAATAGGACACTCTCTATCAGAATGAAT-TCTTGCTGTAATAACAGATAGAGTAGGTTGTTACAGACTA consensus/100% C.ssssAsssssssTsusssACTCTssssCAGAATGuAs.TCssGssussA.sAsAGsssuAssAGuTssssssAussss consensus/90% C.ssssAsssssssTsusssACTCTssssCAGAATGuAs.TCssGssussA.sAsAGsssuAssAGuTssssssAussss consensus/80% CsssTsAssssusATAGsssACTCTssssCAGAATGuAT.TCTsGssussA.sAsAGsssuAGsAGGTssssssAussTs consensus/70% CsssTsAssssusATAGsssACTCTssssCAGAATGuAT.TCTsGssussA.sAsAGsssuAGsAGGTssssssAussTs cov pid 36321 . . : . . . . 4 36400 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AATCTCACATAG--CAATCTTTAAT--CAGTGTGTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGA--G-CCACCACATTTTCACCGA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% AATCTCACATAG--CAATCTTTAAT--CAATGTGTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGA--G-CCACCACATTTTCATCGA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TTTAATTGATAG--CTATGCTTTATTAAAGTGTGTAGCTGTAGAGAGAATGTTAAAGACTG-TCACCTCTGCTTGAT--- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% TAGATTAATTAGTTGAAAGTTTTGTGTTGTAATGTATAGTGTTGGAGAAAGTGAAAGACTT-GCGGAAGTAATTGCC--- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TATATTAATTAGTAGAAATTTTATATTTAGACATTTGATTGTTAGAGTAGTTATAAGGTTTAGCTGTAGT---------- consensus/100% sssssssssTAG..ssAsssTTsss..susssssTssssssssuGAGsAssTssAAGu..s.sCssssss.......... consensus/90% sssssssssTAG..ssAsssTTsss..susssssTssssssssuGAGsAssTssAAGu..s.sCssssss.......... consensus/80% sATsTsAssTAG..sAAssTTTsuT..sAusuTGTAussTsssuGAGuAssTuAAAGA..s.sCussAssssTTsss... consensus/70% sATsTsAssTAG..sAAssTTTsuT..sAusuTGTAussTsssuGAGuAssTuAAAGA..s.sCussAssssTTsss... cov pid 36401 . . . . : . . . 36480 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% GGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% GGCCACGCGGAGTACGATCGAGGGTACAGTGAATAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ------------------------------------TGCAAGTGAACAGTGCCCCCCGGGAAGAGCTCTACAGTGTGAAA 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% -------------------------------------------GACAAGTGCCCA-AGGGAAGAGCCAGCATGTTAAGTT 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% --------------------------------------------ATAAACGCCTC-CGGGAAGAGCTATCAATTGTAGTG consensus/100% ............................................AssussGCCss.ssGGAAGAGCsssssssTssuuss consensus/90% ............................................AssussGCCss.ssGGAAGAGCsssssssTssuuss consensus/80% ...........................................GAsAusTGCCss.ssGGAAGAGCssTsAsGTGTAusu consensus/70% ...........................................GAsAusTGCCss.ssGGAAGAGCssTsAsGTGTAusu cov pid 36481 . 5 . . . . : . 36560 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% T-TAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATT-TTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% T-TAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATT-TTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% TGTAAATAAAAAATAGCTATTATTCAATTAGA-TTA--GGCTAATTAGATGATTTGCAAAAAAAAAAAA----------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% ACCACCCAGTA-ATTAGTAAATGAATGAAGTTAATTATGGCCAATTGGAAGAATCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% TTTAATATATATATTAGTATATGATTGAAATTAATTATAGCCTTTTGGAGGAATTAC----------------------- consensus/100% s.sAssssssu.AssusTAsssssssussuss.sTs..uGCsssTTuGusGAsTsuC....................... consensus/90% s.sAssssssu.AssusTAsssssssussuss.sTs..uGCsssTTuGusGAsTsuC....................... consensus/80% T.TAAsssssusAsTusTATsssssTGsuATT.sTsATuGCsssTTuGuuGAATsACAAAAAAAAAAAA........... consensus/70% T.TAAsssssusAsTusTATsssssTGsuATT.sTsATuGCsssTTuGuuGAATsACAAAAAAAAAAAA........... cov pid 36561 ] 36570 1 NC_045512.2__SARS2 100.0% 100.0% AAAAAAAAAA 2 NC_004718.3__SARS1 99.1% 78.8% A--------- 3 NC_019843.3__MERS 91.4% 45.4% ---------- 4 NC_006213.1__OC43 87.8% 39.5% AAAAA----- 5 NC_006577.2__HKU1 87.4% 40.8% ---------- consensus/100% .......... consensus/90% .......... consensus/80% .......... consensus/70% .......... |
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